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1.
猪流行性腹泻是猪场新生仔猪腹泻的主要病原之一。为确定云南省曲靖市某猪场新生仔猪出现呕吐、腹泻和高死亡率的病因,采集病死仔猪肠道、肠系膜淋巴结、脾脏等组织病料,处理后提取病原核酸,通过RT-PCR进行导致仔猪腹泻的猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪伪狂犬病病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒等病原核酸检测。结果显示,仅PEDV核酸阳性,其他病原均为阴性。对检出的PEDV阳性样品N基因进行序列分析发现:阳性样品N基因与河北的T10-HB2018毒株核苷酸同源性最高,为99.7%;与疫苗株AJ1102和LW/L毒株核苷酸同源性为97.4%~97.5%,在同一个分支上,均属于基因II群;与经典毒株CV777株核苷酸同源性略低,为95.7%。结果表明,引起该仔猪群腹泻的主要病因为PEDV感染,流行毒株未发生变异,当前疫苗对其防控有效。依据分析结果,该场采取PEDV疫苗紧急免疫,使疫情得到有效控制。本研究对于指导该地区猪群腹泻病防控具有参考意义。  相似文献   

2.
旨在对广西玉林市某规模化猪场免疫猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)AJ1102疫苗株和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)二联弱毒活疫苗后,猪群发生的腹泻进行确诊。通过对发病猪群临床观察、腹泻死亡仔猪病理解剖、实验室RT-PCR检测和基因测序,最终诊断为PEDV变异株感染。对PEDV变异毒株的S基因进行了扩增测序与分析发现,该毒株与国内外参考毒株S基因核苷酸同源性为92.8%~99.5%,氨基酸同源性为91.8%~99.2%;遗传进化分析表明,该PEDV毒株属于G2-a型变异毒株;氨基酸序列比较结果显示,该PEDV变异株氨基酸在多个位点发生了变异,S蛋白在第807位与第827位疏水性氨基酸处出现了较大的变化,在抗原位点第800~813位氨基酸处发生了较为明显的变化。本研究通过该例猪流行性腹泻病毒变异株感染的临床诊断和S基因变异分析,为PEDV病原学研究以及科学防控该病提供参考依据。  相似文献   

3.
根据猪流行性腹泻病毒S基因序列设计引物,应用RT-PCR方法从广东省某猪场采集的初生仔猪腹泻样品检测猪流行性腹泻病毒,并将其克隆测序分析。结果表明,病料样品中有猪流行性腹泻病毒,S基因与KNU-0801、KNU-0901亲缘关系最近,处于同一个分支;与弱毒疫苗株CV777的S基因亲缘关系较远,处于另外一个分支。  相似文献   

4.
我国部分省份猪流行性腹泻的流行病学监测   总被引:2,自引:0,他引:2  
[目的]为摸清我国猪群流行性腹泻的感染状况,[方法]从2011年底到2014年3月,对云南、广西等29个省份开展了猪群腹泻疫情流行病学调查,采集、收集了发生腹泻症状的发病猪群样品(新鲜粪便、肠道组织等),进行了猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)等多种病原检测。[结果]在7021个调查猪场中,出现腹泻的阳性猪场4060个(57.83%)。在收集的1383份腹泻样品中,利用RT-PCR方法检测到PEDV阳性样本686份(49.58%),其中腹泻发病猪样品中PEDV的检出率为67.82%,675份组织样品共检测出PEDV阳性样本86份(12.75%)。[结论]这表明我国猪场PEDV的感染十分普遍。对S基因进行分子流行病学分析发现,我国PEDV流行毒株与已有PEDV毒株可以分为2个完全不同的进化分支G1和G2,G1以CV777和DR13等疫苗株和早期毒株为主,G2则以2011-2013年流行毒株为主,流行毒株之间的同源性为97.8%-100%,与疫苗株CV777之间的同源性为94.3%-94.5%。  相似文献   

5.
从陕西地区26个疑似猪流行性腹泻病毒感染的猪场,采集发病仔猪的肛门拭子、粪便以及死亡仔猪的小肠,将其接种于Vero细胞,在添加胰酶的情况下,连续传代培养并观察,直至细胞出现典型的合胞体病变,经RT-PCR检测、测序、基因比对分析与动物回归实验,最终确定分离到一株PEDV病毒强毒株。经过测定毒株的S基因序列,进行序列比对分析和遗传进化分析,发现本次分离到的毒株与疫苗株CV777同源性较低,进化分支位于目前流行的PEDV G2a亚群。  相似文献   

6.
对临床分离鉴定的3株猪流行性腹泻病毒(PEDV)的S基因进行克隆及序列分析,对丰富我国PEDV的遗传衍化特征具有重要意义。S基因序列分析发现,JX18毒株与CV777亲缘关系较近,核苷酸同源性为99.71%,氨基酸同源性95.7%,属于G1-b进化分支。JX18毒株与CV777经典毒株S蛋白氨基酸序列相比较,不存在氨基酸的插入或缺失,在中和表位区及已鉴定抗原表位区仅有一处氨基酸突变。SD18、JingTai18与PEDV CV777亲缘关系较远,核苷酸同源性分别为93.64%和92.64%,S蛋白氨基酸序列同源性分别为93%和93.5%。SD18和JingTai18位于G2-b进化分支。SD18与JingTai18株与CV777经典毒株相比,S蛋白氨基酸序列中存在插入缺失及多位点的氨基酸突变。研究结果为进一步了解我国PEDV流行及变异情况提供了数据支持。  相似文献   

7.
【目的】了解猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的基因组特征及变异规律。【方法】以3只发病仔猪小肠病料作为模板,采用RT-PCR技术检测病原。以检测阳性的肝脏组织RNA为模板,进行RT-PCR,分段扩增PEDV全基因组,使用DNAStar软件对PEDV基因组测序结果进行剪辑、拼接和相似性分析,利用Mega X 10.0.5软件对PEDV基因组和S基因进行遗传进化分析;利用RDP4软件对PEDV基因组进行重组分析。【结果】PCR检测结果表明,3只病仔猪的小肠组织均检测到PEDV阳性。采用RT-PCR分段扩增成功获得1株PEDV全基因组序列,命名为HB/HEBEU/2020株,基因组大小为28 038 bp,含有7个开放阅读框,从5'到3'依次为复制酶1a基因、复制酶1b基因、S基因、ORF3基因、E基因、M基因和N基因。相似性分析结果显示,HB/HEBEU/2020与SNJ-P、USA/Colorado/2013和HB2018等变异毒株全基因组和S基因的相似性均较高,分别为97.8%~99.3%和95.7%~98.8%,在所有市售疫苗株中,与变异型疫苗株AJ1102毒株全基因组和S基因的相似性分别为98.3%和97.3%;遗传进化分析结果显示,21株PEDV可划分为G1群和G2群2个分支,G1群进一步分化为G1a亚群和G1b亚群,G2群进一步分化为G2a亚群和G2b亚群,HB/HEBEU/2020属于G2a亚群。在G2群内,所有流行株均为2010年后出现,HB/HEBEU/2020与市售疫苗株AJ1102遗传距离较近,其次是LW/L,与CV777和attenuated CV777株遗传距离较远;经重组分析,HB/HEBEU/2020基因组可能为重组毒株,存在3个潜在的重组事件,重组事件1~3的断点分别为15 918—22 119、100—734和2 214—2 729 bp,其中重组事件1和2发生概率较大。【结论】HB/HEBEU/2020为1株变异型PEDV,与以CV777为代表的经典毒株亲缘关系较远,与2010年后中国发生的变异型毒株亲缘性较近,并且存在潜在重组事件。本研究结果可为调研中国当前PEDV进化和变异提供重要资料,为遏制PEDV蔓延与进化、制定合理防控方案提供理论和现实依据。  相似文献   

8.
2022年1月份江苏南通一养猪场产房仔猪发生严重腹泻,发病率和死亡率均超过80%,原因未知。死亡仔猪肠道样本经RT-PCR检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)、传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)和猪轮状病毒(PoRV),结果显示:仅PEDV检测为阳性,TGEV、PDCoV和PoRV检测均为阴性。将处理好的肠内容物接种Vero细胞,接种后48 h即观察到典型细胞融合、聚集成合胞体的PEDV典型细胞病变,且能够在Vero细胞上稳定传代,表明成功分离到病毒,并将其命名为CH/JSNT/2022/Jan株。通过电镜观察,观察到近似球形、直径约为100 nm、表面有囊膜和纤突的冠状病毒样粒子,表明分离毒株可能为PEDV。进一步对该毒株的S基因进行测序,序列相似性分析结果显示,分离毒株CH/JSNT/2022/Jan与PEDV S基因参考毒株的核苷酸序列相似性为93.5%~99.7%,氨基酸序列相似性为92.8%~99.9%;遗传进化分析结果显示,该分离株为GⅡa型,与多个2020年和2021年中国流行株处于同一进化分支,与疫苗株CV777、AJ1102和LW/L的遗传进化距...  相似文献   

9.
为分析河南省猪流行性腹泻病毒(PEDV)S基因的遗传变异情况,设计并合成能够扩增N基因和S基因的引物,利用RT-PCR方法对2017年1月至2018年5月河南省11个地区规模猪场的178份病料进行检测、克隆和测序,并在氨基酸水平上将本研究分离株的S基因与国内外流行毒株的S基因进行比对分析。结果显示,河南省11个地区的178份样品,PEDV阳性样品113份,阳性率63.5%(113/178)。选取29株PEDV代表株进行氨基酸序列比较,结果显示,29株分离株与经典株CV777同源性为88.4%~90.3%,与经典株CV777相比,29株代表株在S1区域存在碱基的插入、缺失和变异现象;基于S基因的遗传进化分析表明,本研究的29株分离株均属于G2群,而以CV777为代表的经典株属于G1群。通过与经典株CV777的S蛋白进行抗原表位比对分析,在5~190 aa存在较大差异。本研究结果明确了目前河南省PEDV的遗传变异情况,为河南省猪流行性腹泻(PED)的诊断和防控提供参考依据。  相似文献   

10.
本试验对临床上猪腹泻相关的病原进行了检测并对广东部分地区的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)展开了分子流行病学的调查。对采集自广东地区的14个规模化猪场的19份腹泻病料进行了RT-PCR检测,并对检出的12株PEDV的COE、ORF3、M以及N基因进行测序和遗传进化分析。结果显示,临床的腹泻案列多为混合感染所致,检出的主要病原有猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、PEDV、猪嵴病毒(PKV)、猪A群轮状病毒(PoRV)以及牛流行性腹泻病毒(BVDV)。与参考毒株CV777相比12株PEDV的COE、ORF3、M、N基因均存在不同程度、不同位点的氨基酸突变。COE、ORF3、M以及N基因的遗传进化分析显示:广东地区的12株PEDV毒株属于同一个分支彼此间的亲缘关系较近但与CV777疫苗毒株以及2012年之前广东地区分离的毒株CHGD-01、CH-GDGZ-2012、GD-1以及GD-A等毒株分属于2个不同的分支,亲缘关系相对较远。结果表明,广东地区现阶段流行的PEDV优势毒株与2012年之前相比可能已经发生了改变,CV777疫苗毒株的免疫效果如何还有待于通过更多的临床实验来验证。  相似文献   

11.
为了解河南省引起仔猪腹泻的猪肠道冠状病毒的感染和流行情况,我们对2017年度发生仔猪腹泻的河南省25家养殖场送检的94份仔猪肠道或粪便样品开展了相关检测。结果显示猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhoea virus,PEDV)的样品检出率为68.1%(64/94),猪场阳性率为76.0%(19/25),但未检测到猪传染性胃肠炎病毒(porcine transmissible gastroenteritis virus,TGEV)、猪德尔塔冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDcoV)和猪急性腹泻综合征冠状病毒(swine acute diarrhoea syndrome coronavirus,SADS-CoV)。为进一步分析PEDV的遗传变异情况,利用RT-PCR和基因克隆测序技术,我们成功获得了8株PEDV的S1基因片段的核苷酸序列。分子进化树分析显示,我国流行毒株可以分为G1a(疫苗及其衍生株)、G1b(经典毒株)、G2a(2011-2013年变异株)、G2b(2016-2017年变异株)和G2c(重组毒株)5个进化分支,本研究获得的S1基因序列均处于G2b进化分支,且与2016-2017年间的流行毒株遗传距离更近。同源性分析显示,8株分离株彼此之间S1基因片段的核苷酸同源性为97.3%~99.5%,与变异毒株AJ1102的同源性为97.2%~98.0%,而与经典毒株CV777、CH/S的同源性仅为91.0%~92.3%。氨基酸序列比对分析显示,与CV777和CH/S等经典毒株相比,分离株S1基因片段除了多个氨基酸位点发生变异外,在~(58)NQGV~(61)、~(140)N、~(157)H这3个位置有氨基酸的插入,在~(163)NI~(164 )有2个氨基酸的缺失,这与之前关于PEDV变异株的研究报道相一致。此外,与其他变异株相比,本研究发现分离株HeNPDS/2017在491位有1个新的丝氨酸(Ser)缺失位点,其生物学意义有待进一步研究。本研究丰富了PEDV的分子流行病学数据,有助于了解河南省PEDV流行和遗传变异的最新情况,为该地区猪流行性腹泻病的防控提供一定的参考。  相似文献   

12.
《养猪》2019,(5)
试验对临床上可引起腹泻的部分病原进行了检测,并对河南部分地区的猪流行性腹泻病毒(Porcine Epidemic Diarrhea Virus, PEDV)进行了分子流行性病学调查。对从河南地区5个规模化猪场获得的10份腹泻病料进行了反转录PCR,并对检出的8份PEDV的S基因部分序列进行测序、同源性和遗传进化分析。结果显示,临床的腹泻病例部分为混合感染,作为主要病原的PEDV、猪A群轮状病毒(PoRV)和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的检出率有所不同。将8株PEDV的S基因与参考毒株CV777进行比较,S基因存在不同位点和不同程度的氨基酸突变。S基因的同源性比较和遗传进化分析表明:河南地区的8株PEDV毒株属于不同的分支,且181737-1、181737-2和180278-1为流行株,180276-3、180276-6、180435-1和181753-1更接近于经典株,181212-1更接近于疫苗株。结果表明,河南地区现阶段流行的PEDV毒株复杂多样,优势毒株可能发生了变化。  相似文献   

13.
本研究旨在初步了解河北省部分地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行和遗传变异情况,于2016-2017年从保定市及周边地区采集腹泻猪粪便样品327份,采用RT-PCR检测PEDV流行情况,同时对获得的11株PEDV的S基因部分基因(S1)进行扩增、测序和分析。结果显示:327份粪便样品中有84份检测为PEDV阳性,检出率为25.08%;获得的11株PEDV分离株S1基因序列核苷酸同源性为95.8%~100.0%,与疫苗株CV777、LZC株相比,核苷酸同源性为89.5%~90.8%;本次研究获得的11株PEDV分离株均位于G2亚群,与2010年后国内流行的PEDV分离株相距较近,但与PEDV经典毒株亲源性较远。本次研究表明,河北省流行的PEDV毒株多为变异株,生猪养殖企业(户)应注意且加强猪场生物安全。  相似文献   

14.
为深入了解云南省猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的流行现状及现有疫苗株的保护效果,从2017—2022年云南省PEDV感染临床阳性样品中扩增出9份样品的PEDV S1基因,利用生物信息学方法,对9份样品S1基因进行了遗传进化树构建、同源性分析和氨基酸突变位点分析等。结果显示:2份样品位于G1基因群,其余7份位于G2基因群的G2b基因亚群。7份G2b基因亚群样品的核苷酸和推导氨基酸同源性较高,与G2基因群的AJ1102和L/W/L疫苗株处于不同基因亚群且同源性较低,并在第13、139、289和363位发生了不一致的突变位点;与现有疫苗株相比,在抗原中和位点COE区域以及其他区域,有明显的抗原性变化。结果表明:云南省存在G1基因群和G2b基因亚群PEDV同时流行,但以G2b基因亚群为主;流行株和疫苗株间存在较远的遗传和亲缘关系,以及氨基酸突变和抗原性差异,这很可能是导致目前PED控制不理想的原因,因此需要研发安全有效的疫苗。  相似文献   

15.
猪流行性腹泻是由猪流行性腹泻病毒(PEDV)引起的一种严重的病毒性传染病。本试验于2013 2014年在黑龙江省6个地级市的10个规模化猪场采集新生哺乳仔猪临床表现为腹泻症状的粪便与小肠,进行RT-PCR检测,表明PEDV检出率为56%,PEDV+TGEV检出率为6%,PRV检出率为10%,TGEV检出率为10%,结果表明,引起黑龙江省规模化猪场新生仔猪腹泻的主要病原是PEDV,同时也存在与其他腹泻病毒的混合感染。针对阳性病料扩增出的6株PEDV的M基因序列进行遗传进化分析,6株PEDV-M基因序列之间的核苷酸同源性为98.2%~99%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为97.6%~98.2%。利用MEGA 6.0构建遗传进化树,结果显示,扩增出的6条PEDV-M基因的遗传进化树分为两大系,大部分遗传距离较近,处于同一分支。其中LJJHD-M-13和LJJQ-M-14与泰国KU06RB08、泰国KU07RB08的亲缘关系较近,LJJC-M-14、LJJJ-M-14、LJJH-M-13、LJMM-M-14这4株毒株与韩国M1595、韩国CPF259的亲缘关系较近。同时扩增出的6条PEDV-M基因与CV777毒株非一系,与其亲缘关系较远,说明这些地区的PEDV流行毒株已经发生变异,形成了独特的流行进化分支。因此,本试验通过对变异毒株基因序列进行分析,以期为研制新的疫苗和预防控制该病提供实验数据和理论基础。  相似文献   

16.
为了调查2017—2020年华北地区规模化猪场猪流行性腹泻(PED)流行情况,试验收集来自河北、山西、内蒙古、北京、天津等省(自治区和直辖市)的218个规模化猪场的4 030份腹泻仔猪病料样品并进行RT-PCR检测,对猪流行性腹泻病毒(PEDV)阳性样品S1基因部分片段进行扩增和测序,将测序结果与国内外参考毒株进行同源性分析并构建遗传进化树。结果表明:PED各季度都可以发生,以一季度和四季度多发。2017—2020年,样品PEDV核酸阳性率分别为20.21%、15.28%、10.88%、18.80%,总体呈逐年下降趋势,但2020年略有升高;猪场PEDV核酸阳性率分别为34.78%、28.00%、25.00%、22.73%,也呈逐年下降趋势。本研究测序毒株与以Vaccine CV777为代表的GⅠ基因型毒株的核苷酸相似性为87.9%~91.9%;与以AJ1102为代表的GⅡ基因型毒株的核苷酸相似性为95.7%~99.0%。测序的31个毒株都属于GⅡ基因型毒株,其中20株为GⅡa基因亚型,8株为GⅡb基因亚型,其余3株为GⅡc基因亚型。说明2017—2020年华北地区PED发生率总体上呈...  相似文献   

17.
为了解2015年~2021年我国东部地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行特征和遗传变异规律,本研究利用RT-PCR扩增2015年~2017年11株分离自浙江地区PEDV流行株的S1基因序列,并与GenBank中我国东部地区(上海、江苏、山东、河南和安徽)的86株PEDV流行株的S1基因序列通过MEGA 7.0软件比较分析S1基因的遗传进化关系,采用CLC Sequence Viewer 8软件分析比对S1蛋白氨基酸序列的变异。PEDV S1基因遗传进化分析结果显示,97株PEDV中有92%的流行株属于G2型,与疫苗株CV777同源性较低(90.4%~96.1%),山东地区2017年~2018年间的部分流行株与疫苗株CV777等属于G1型;G2型中,33%的流行株属于G2a型,67%的流行株属于G2b亚型,其中2019年~2021年的流行株有15%流行株属于G2a亚型,85%的流行株属于G2b亚型。S1蛋白关键表位的变异分析结果显示,与经典株CV777相比,中和表位COE (CO-26K equivalent epitope)发生8个氨基酸位点(A517S、S  相似文献   

18.
为分析山西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,试验利用RT-PCR方法对2014-2015年山西省疑似猪流行性腹泻的阳性病料进行克隆和测序,获得4个S基因片段,并对其基因序列和推导的氨基酸序列与国内外毒株进行比对分析。序列分析结果显示,4株PEDV山西分离株的S基因与CV777 vaccine相比,在170~171 bp之间插入12个核苷酸,在401~402、454~455 bp之间均插入3个核苷酸,在461~468 bp之间缺失6个核苷酸。4株PEDV山西分离株S基因之间核苷酸和氨基酸同源性分别为99.2%~99.8%和98.6%~99.7%,与2011-2015年中国流行毒株、CV777 vaccine、attenuated DR13、CV777的核苷酸同源性分别95.0%~98.5%、93.2%~93.6%、93.2%~93.7%、93.7%~94.4%,氨基酸同源性分别为96.2%~98.9%、91.9%~92.6%、92.1%~92.9%、92.9%~94.0%。遗传进化树分析结果表明,PEDV S基因分为3个群,4株PEDV山西分离株属于第一群,与2010年以后国内流行毒株(除AH-M、SQ2014)的亲缘关系较近,与2010年以前中国流行毒株、2个日本株、7个韩国株、2个疫苗株的亲缘关系较远。研究结果提示山西省流行的PEDV发生较明显的变异,需研发新的疫苗来控制PEDV的暴发。  相似文献   

19.
检测猪流行性腹泻病毒的R-PCR方法的建立   总被引:1,自引:0,他引:1  
根据猪流行性腹泻病毒 (PEDV)的N基因自行设计和合成了一对可扩增长度为 641bp目的片段的引物 ,成功地建立了检测的猪流行性腹泻病毒的RT PCR方法。对猪轮状病毒 (PRV)、猪传染性胃肠炎病毒 (TGEV)的RT PCR检测结果均呈阴性。对PEDV JS株的RT PCR产物的序列分析表明 ,与CV777株的同源性为 97 3 %。  相似文献   

20.
【目的】了解2020―2021年猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的流行情况和遗传变异情况。【方法】本研究对中国部分地区73个猪场的525份样本进行RT-PCR检测,对检测为阳性的样本进行PEDV S1基因扩增与测序,并进行流行病学统计分析,使用DNAStar软件进行核苷酸相似性分析和氨基酸位点变异分析,利用Mega 6.06软件对PEDV S1基因进行遗传进化分析,对疑似重组的序列使用RDP4软件进行S1基因重组分析。【结果】在2020—2021年的525份临床样本中PEDV检出阳性率为26.29%(138/525)。流行病学统计分析显示,冬季属于PEDV高发季节,1日龄仔猪感染率最高,为42.75%(59/183),并在中国6个地区大范围流行。S1基因遗传进化分析显示,138株PEDV S1基因序列主要位于两个分支,131株毒株属于G2群,其中126株属于G2a亚群,与HBXY2、SNJ-P在同一亚群,5株属于G2b亚群,与AJ1102、LW/L、S14在同一亚群;其余7株毒株位于G1群和G2群之间,形成一个独立分支。经重...  相似文献   

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