广东部分地区猪流行性腹泻病毒流行病学调查

本试验对临床上猪腹泻相关的病原进行了检测并对广东部分地区的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)展开了分子流行病学的调查。对采集自广东地区的14个规模化猪场的19份腹泻病料进行了RT-PCR检测,并对检出的12株PEDV的COE、ORF3、M以及N基因进行测序和遗传进化分析。结果显示,临床的腹泻案列多为混合感染所致,检出的主要病原有猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、PEDV、猪嵴病毒(PKV)、猪A群轮状病毒(PoRV)以及牛流行性腹泻病毒(BVDV)。与参考毒株CV777相比12株PEDV的COE、ORF3、M、N基因均存在不同程度、不同位点的氨基酸突变。COE、ORF3、M以及N基因的遗传进化分析显示:广东地区的12株PEDV毒株属于同一个分支彼此间的亲缘关系较近但与CV777疫苗毒株以及2012年之前广东地区分离的毒株CHGD-01、CH-GDGZ-2012、GD-1以及GD-A等毒株分属于2个不同的分支,亲缘关系相对较远。结果表明,广东地区现阶段流行的PEDV优势毒株与2012年之前相比可能已经发生了改变,CV777疫苗毒株的免疫效果如何还有待于通过更多的临床实验来验证。     

2020—2021年中国部分地区猪流行性腹泻病毒S1基因遗传变异分析

【目的】了解2020―2021年猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的流行情况和遗传变异情况。【方法】本研究对中国部分地区73个猪场的525份样本进行RT-PCR检测,对检测为阳性的样本进行PEDV S1基因扩增与测序,并进行流行病学统计分析,使用DNAStar软件进行核苷酸相似性分析和氨基酸位点变异分析,利用Mega 6.06软件对PEDV S1基因进行遗传进化分析,对疑似重组的序列使用RDP4软件进行S1基因重组分析。【结果】在2020—2021年的525份临床样本中PEDV检出阳性率为26.29%(138/525)。流行病学统计分析显示,冬季属于PEDV高发季节,1日龄仔猪感染率最高,为42.75%(59/183),并在中国6个地区大范围流行。S1基因遗传进化分析显示,138株PEDV S1基因序列主要位于两个分支,131株毒株属于G2群,其中126株属于G2a亚群,与HBXY2、SNJ-P在同一亚群,5株属于G2b亚群,与AJ1102、LW/L、S14在同一亚群;其余7株毒株位于G1群和G2群之间,形成一个独立分支。经重...     

四川部分地区猪流行性腹泻的分子流行病学调查

本研究对四川猪流行性腹泻病毒(PEDV)开展了分子流行病学调查。参照毒株CV777的M基因序列,设计1对特异性引物(预期扩增大小为392bp),建立了快速检测PEDV的RT-PCR技术,对四川9个地区规模化猪场的75份仔猪腹泻病料进行检测与分析。再根据S基因的变异区域设计1对引物(扩增大小为947bp),选择扩增了四川9个地区的代表样品的S基因序列,并进行了进化与变异分析。结果显示,建立了检测PEDV的M基因的RT-PCR技术,并确定了最佳反应条件和反应体系,用该方法检测了四川75份腹泻病料,检出64份PEDV阳性,PEDV阳性检出率为86.67%,结果显示PEDV在四川地区发病季节除冬春季外,近年夏季也呈高发趋势。四川9株PEDV的S基因的核苷酸同源性为95.9%~100%,氨基酸同源性为95.1%~100%,四川毒株与14个国内外参考毒株的核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为84.6%~99.5%和84.2%~99.5%;四川流行毒株的S基因(S蛋白)存在碱基(氨基酸)缺失和插入现象。结果表明,本研究从分子流行病学角度证实了四川部分地区PEDV的流行与变异情况,为指导该地区PEDV科学防控提供了依据。     

2012—2013年福建省猪流行性腹泻流行病学调查

为探求2012—2013年福建省猪流行性腹泻病毒引起猪腹泻所占比例及流行情况,采用PCR方法对采自福建省62个规模猪场的128份发生腹泻病料进行猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）、轮状病毒（PROV）、猪瘟病毒（csFv）、蓝耳病病毒（PRRSV）和伪狂犬病病毒（PRV）等病原调查,结果显示：检测出PEDV的阳性率为67．97％（871128）,其中PEDV与TGEV混合感染为19．53％（25／128）,PEDV与PROV混合感染为3．9l％（51128）,PEDV与PRV混合感染为14．84％（191128）,PEDV与PRRSV混合感染为6．25％（81128）,未检测出与csF、r混合感染。通过对流行PEDV的ORF3和M基因序列分析表明：流行PEDV毒株的2个基因片段均有出现新变异,其中1株与近年来韩国、泰国等流行毒株亲缘关系较远。     

广西猪流行性腹泻流行病学调查

对广西6个市的6个规模化猪场进行了猪流行性腹泻流行病学调查。对其中4个猪场统计,在11090头猪中,患流行性腹泻的猪4658头,发病率为42%;死亡265头,病死率为5.69%。对6个猪场的170头份血清检测,阳性血清14份,阳性率为8.24%。结果表明广西的一些规模化猪场有猪流行性腹泻存在。     

山西省猪流行性腹泻流行病学调查

为了查清山西省猪流行性腹泻的流行情况,对山西11个地市的30个规模化猪场的仔猪腹泻发病情况进行了流行病学调查,并对采集的253份病料进行猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)检测。结果:共有5 158窝、52 533头仔猪发生腹泻,死亡40 059头,死亡率为76.25%;病料检测PEDV阳性率为73.26%,TGEV阳性率为7.36%。表明山西省猪群发生的腹泻,主要是由猪流行性腹泻病毒引起。     

广西猪流行性腹泻流行病学调查

对广西6个市的6个规模化猪场进行了猪流行性腹泻流行病学调查。对其中4个猪场统计，在11090头猪中，患流行性腹泻的猪4658头，发病率为42％；死亡265头，病死率为5．69％。对6个猪场的170头份血清检测，阳性血清14份，阳性率为8．24％。结果表明广西的一些规模化猪场有猪流行性腹泻存在。     

中国西南部分地区2020－2021年猪流行性腹泻病毒遗传变异分析

【目的】 了解中国西南部分地区流行的猪流行性腹泻病毒（PEDV）基因型及遗传变异规律。【方法】 对2020－2021年四川和云南不同地区来源的200份腹泻猪肛门拭子进行RT-PCR检测,对PEDV S和ORF3基因进行克隆测序,利用MegAlign软件进行变异性分析,采用Mega 7.0软件进行系统进化分析,采用RDP4软件进行基因重组分析。【结果】 在所有样本中PEDV总体阳性率为15.50%（31/200）,群体阳性率为100%（8/8）。检出的8株PEDV S基因和ORF3基因序列与已登录毒株相似性分别为90.5%~99.4%和92.9%~100%。对S基因的进化分析显示,8个PEDV流行株分布于G2a、G2b和G2c 3个亚群中。其中,四川SCWJSWUN02株与福建CH/FJXM/1/2012株遗传距离较近,云南YNKMSWUN01株与越南毒株单独聚为一支,表明当前西南地区PEDV的流行呈现出区域间传播的特征。与本地区近年流行毒株和常用疫苗株相比,其S蛋白氨基酸序列均存在不同程度的变异,但ORF3蛋白相对保守。部分毒株S蛋白存在连续氨基酸的插入或缺失,如在SCMYSWUN03株S蛋白59－62位氨基酸处发现4个氨基酸的缺失;在YNKMSWUN01株78－82位氨基酸处和84－88位氨基酸处分别有5个氨基酸插入和缺失。部分氨基酸突变位点存在于已鉴定的PEDV S蛋白受体结合中。此外,基因重组分析结果显示,SCMYSWUN03株可能发生了基因重组事件,概率为98.2%（P<0.01）。【结论】 本研究发现当前西南地区流行的PEDV毒株包括G2a、G2b和G2c 3个亚群,毒株基因型具有多样性,且不同毒株间的变异性较大,丰富了PEDV在四川和云南地区的分子流行病学调查资料,揭示了中国西南地区流行的8个PEDV毒株的分子遗传变异规律和进化特征,为本地区猪腹泻病防控措施的制定提供了理论依据。     

2021—2022年我国部分地区猪轮状病毒分子流行病学调查

为了解我国部分地区猪场猪轮状病毒(porcine rotavirus, PoRV)的流行情况及分子特征,对2021—2022年我国部分省份的86个规模化猪场的6 472份腹泻样品进行检测,用RT-PCR方法调查PoRV的流行率,并对PoRV阳性样本进行VP7和VP4基因扩增、测序,使用MegAlign软件进行同源性分析,利用MEGA11.0构建系统进化树。结果显示,PoRV的样品阳性率为27.89%(1 805/6 472),猪场阳性率为65.12%(56/86);从98份阳性PoRV样本中扩增出76个VP7片段,G9为优势基因型(42.11%),基因型G5、G26、G3、G4、G1、G2和G11各占26.32%、9.21%、6.58%、6.58%、3.95%、2.63%和2.63%。扩增出的35个VP4基因片段,以P[13]型为主,占57.14%;其次为P[7]、P[23]、P[3]和P[6]型,分别占20%、14.29%、5.71%和2.86%。35个毒株成功鉴定出G/P基因型,G9P[13](28.57%)为优势组合基因型,其他基因型为G5P[13](11.43%)、G4P[13...     

2009—2010年部分猪场猪主要传染病流行病学调查

本试验旨在了解2009—2010年云南部分猪场猪主要传染病的流行情况,通过对云南地区病例的临床诊断、流行病史调查、病理剖检和实验室确诊,最后统计猪主要传染病疑似病料阳性率。其中,猪瘟病毒(classical swine fever virus,CSFV)检出率为22.46%(31/138);猪繁殖与呼吸道综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)检出率为26.23%(32/122);猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)检出率为91.30%(84/92);伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)检出率为46.99%(39/83);病原菌检出率为41.07%(23/56);猪肺炎支原体检出率为33.33%(13/39);弓形虫检出率为50.00%(8/16);猪附红细胞体检出率为14.29%(6/42)。     

2017年江西部分地区PEDV分子流行病学调查

为了解江西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行和变异情况,本研究利用RT-PCR方法对2017年采自江西省部分地区规模化猪场182份腹泻仔猪小肠组织和粪便样品进行检测,并设计了2对引物对37份阳性病料的S基因进行扩增、克隆及序列测定,以及与GenBank中登录的22株PEDV S基因参考序列进行遗传进化分析。结果显示,37株PEDV江西流行株的S基因序列长为4 158或4 161 bp,编码1 385或1 386个氨基酸,全部为Group 1型,与美国流行毒株较为接近,而与欧洲毒株(Br1/87)及疫苗株(CV777)亲缘关系较远;37株PEDV中有36株为G1-1亚群,1株为G1-2亚群;37株PEDV江西毒株间的S基因核苷酸序列同源性为96.9%～100.0%,氨基酸序列同源性为96.1%～100.0%,与22株参考毒株的核苷酸、氨基酸序列同源性分别为92.7%～100.0%和91.5%～100.0%;相较于CV777疫苗株,PEDV江西流行毒株的S基因存在碱基缺失、插入和位点突变现象。本研究从分子流行病学角度证实了2017年江西部分地区PEDV的流行与变异情况,为指导江西省PEDV的科学防控提供了参考依据。     

猪流行性腹泻病毒流行病学调查综述

由猪流行性腹泻病毒(PEDV)引发的猪流行性腹泻在世界范围内造成了巨大的经济损失,给广大养猪业主带来了沉重的苦恼。针对近年来我国PEDV的流行病学进行综述报告,为广大临床兽医人士提供一个基础性认识。     

河南部分地区猪流行性腹泻病毒流行病学调查

试验对临床上可引起腹泻的部分病原进行了检测,并对河南部分地区的猪流行性腹泻病毒(Porcine Epidemic Diarrhea Virus, PEDV)进行了分子流行性病学调查。对从河南地区5个规模化猪场获得的10份腹泻病料进行了反转录PCR,并对检出的8份PEDV的S基因部分序列进行测序、同源性和遗传进化分析。结果显示,临床的腹泻病例部分为混合感染,作为主要病原的PEDV、猪A群轮状病毒(PoRV)和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的检出率有所不同。将8株PEDV的S基因与参考毒株CV777进行比较,S基因存在不同位点和不同程度的氨基酸突变。S基因的同源性比较和遗传进化分析表明:河南地区的8株PEDV毒株属于不同的分支,且181737-1、181737-2和180278-1为流行株,180276-3、180276-6、180435-1和181753-1更接近于经典株,181212-1更接近于疫苗株。结果表明,河南地区现阶段流行的PEDV毒株复杂多样,优势毒株可能发生了变化。     

重庆市2014—2015年部分腹泻发病猪场猪轮状病毒血清流行病学调查

为调查重庆市部分规模化猪场2014—2015年猪轮状病毒（PRVs）的血清流行病学特征, 2014年10月至2015年5月采集18个疑似发生PRVs感染猪场的599份猪血液样品,采用美国KERNEL PRVs野毒感染抗体 ELISA方法,分析猪场腹泻病猪中PRVs感染情况。调查发现;重庆市部分发生腹泻的规模化猪场中,PRVs在1~5日龄仔猪中的阳性率为95.70%,在5~10日龄仔猪中的阳性率为91.30%,在10日龄至断奶前仔猪中的阳性率为86.77%,在怀孕的出现腹泻症状的母猪中的阳性率为73.12%;PRVs感染在冬春季节高发,呈区域性流行。调查结果表明,在发生腹泻的规模化猪场中,PRVs是引发猪腹泻的重要病原之一;在养猪生产中,应加强对PRVs的免疫、监测及综合防控工作。     

常州地区猪流行性腹泻流行病学调查

为分析常州地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行和变异情况.本研究用RT-PCR方法对2014年3月至2015年12月从常州地区采集的104份病料进行病原学检测和流行病学调查,并对其中4株阳性材料所带病毒的部分M基因进行克隆、测序和分析.结果显示常州地区PEDV的个体阳性率为3.8％,猪场阳性率为7.7％;与经典病毒株CV777相比,4株病毒的核苷酸序列和氨基酸序列都有突变,同源性分析表明省内本地区毒株的核苷酸同源性为97.8～100.0％,但与欧洲毒株的同源性较低;遗传进化分析表明常州地区PEDV流行株和参考株可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3个群,3株常州毒株和一些其他国内毒株、泰国毒株、韩国毒株以及美国毒株属于Ⅰ群,另外1株常州株与2株泰国株构成了Ⅲ群,而现用疫苗株CV777则属于Ⅱ群,常州地区内PEDV有一定程度的进化和变异,并且需要选择更有效的疫苗株来控制PEDV的流行.     

云南省文山州地区猪戊型肝炎血清流行病学调查

为了解云南省文山州地区猪戊型肝炎病毒(HEV)的感染情况,从文山州8个县市部分规模养殖场和散养户采集健康猪血清样品2548份,采用ELISA方法对猪戊型肝炎病毒的感染情况进行调查.结果表明,共检测出阳性数470份,总阳性率为18.45％.其中规模养殖场的样品数1376份,阳性数为287份,阳性率为20.86％;散养户的...     

连云港市规模猪场猪流行性腹泻流行病学调查

采用RT-PCR方法对从连云港市64个规模猪场(发生腹泻病)采集的960份猪肛拭粪便样本进行猪流行性腹泻病毒(PEDV)检测(其中腹泻样品640份、非腹泻样品320份),所有样本PEDV感染阳性率为38.33%(386/960),其中腹泻样本达46.25%(296/640),非腹泻样本达22.5%(72/320),哺乳仔猪达41.23%(336/815),育肥猪达22.07%(32/145),猪场阳性率为78.125%(50/64)。结果表明PEDV在连云港地区规模猪场腹泻猪群中感染率较高。     

2022年湖北地区猪流行性腹泻流行病学调查

所有病猪材料均来自湖北地区猪场送检的猪腹泻样本。     

2017—2020年华北地区猪流行性腹泻病毒分子流行病学调查

为了调查2017—2020年华北地区规模化猪场猪流行性腹泻(PED)流行情况,试验收集来自河北、山西、内蒙古、北京、天津等省(自治区和直辖市)的218个规模化猪场的4 030份腹泻仔猪病料样品并进行RT-PCR检测,对猪流行性腹泻病毒(PEDV)阳性样品S1基因部分片段进行扩增和测序,将测序结果与国内外参考毒株进行同源性分析并构建遗传进化树。结果表明：PED各季度都可以发生,以一季度和四季度多发。2017—2020年,样品PEDV核酸阳性率分别为20.21%、15.28%、10.88%、18.80%,总体呈逐年下降趋势,但2020年略有升高;猪场PEDV核酸阳性率分别为34.78%、28.00%、25.00%、22.73%,也呈逐年下降趋势。本研究测序毒株与以Vaccine CV777为代表的GⅠ基因型毒株的核苷酸相似性为87.9%～91.9%;与以AJ1102为代表的GⅡ基因型毒株的核苷酸相似性为95.7%～99.0%。测序的31个毒株都属于GⅡ基因型毒株,其中20株为GⅡa基因亚型,8株为GⅡb基因亚型,其余3株为GⅡc基因亚型。说明2017—2020年华北地区PED发生率总体上呈...