植原体TaqMan探针实时荧光PCR检测鉴定方法的建立

 本研究成功建立了植原体分类鉴定和检测的TaqMan探针实时荧光PCR方法,该方法根据植原体16S rDNA保守区设计了1个TaqMan广谱探针和3个植原体组间点突变特异性探针,并对9种植原体和5种细菌以及3个植物样本进行实时荧光PCR。结果表明,用广谱探针可检测到所有植原体产生荧光信号,而细菌不产生荧光信号。当用植原体组间特异性探针检测时,仅能检测到该组植原体产生荧光信号,检测的敏感性比常规的PCR-电泳检测高约100倍、检测速度有较大提高。由于PCR产物是荧光探针检测,本方法特异性强,并可以用组特异探针直接确定植原体种类。实验采用完全闭管检测,降低了污染机会。本研究为其它原核生物、特别是不能培养菌、难培养菌的检测鉴定和分类提供了新方法。     

SYBR Green实时荧光PCR快速鉴定辣椒实蝇

本文应用SYBRGreen实时荧光PCR技术,建立了SYBRGreen实时荧光PCR快速鉴定辣椒实蝇的方法。利用辣椒实蝇mtDNACOI基因序列,筛选出种特异引物lati1/lati2。引物的特异性分别用辣椒实蝇、橘小实蝇、木瓜实蝇、杨桃实蝇、菲律宾实蝇、芒果实蝇、番石榴实蝇、瓜实蝇和南瓜实蝇等9种果实蝇来验证。0.01ng,0.1ng,1ng,10ng,20ng,40ng和100ng等7个不同浓度系列的辣椒实蝇DNA模板用来检测SYBRGreenPCR实时荧光反应的灵敏度,结果表明,SYBRGreenPCR的检测限度达1pg以下,最适模板DNA浓度为1～20ng。成虫、幼虫和蛹等3种不同虫态的辣椒实蝇有一致的扩增曲线,熔解曲线分析和琼脂糖凝胶电泳分别用来确认实时荧光PCR产物的特异性。其平均熔解温度为77.5℃±0.1℃。获得1段长为366bp的特异性目标片段,说明在辣椒实蝇成虫为模板基础上建立的SYBRGreen实时荧光PCR方法适于幼虫、蛹的快速鉴定。     

玉米细菌性枯萎病菌TaqMan探针实时荧光PCR检测方法的建立

成功建立了玉米细菌性枯萎病菌快速检测鉴定的实时荧光PCR方法.该方法根据细菌16S rDNA序列的特异性,设计出对玉米细菌性枯萎病菌具有稳定性点突变特异性探针,并对10种细菌菌株和5种植原体进行了实时荧光PCR.结果表明,只有玉米细菌性枯萎病菌产生荧光信号,而其它参考菌不产生荧光信号,检测的绝对灵敏度是14.2 fg/μl质粒DNA,比常规的PCR电泳检测高约100倍.整个检测过程只需2h,完全闭管,降低了污染的机会,无须PCR后处理.     

油棕猝倒病菌实时荧光PCR检测方法

油棕猝倒病菌(Pythiums plendens)是我国进境植物检疫性有害生物。本试验根据P.splendens rDNA ITS区序列,设计了实时荧光PCR引物pyspF/pyspR及荧光探针pyspT,建立了P.splendens荧光PCR检测方法,检测灵敏度为0.012pg/μL。     

苜蓿黄萎病菌实时荧光PCR检测方法

苜蓿黄萎病菌(Verticillium albo-atrum)能够危害多种重要的农艺和园艺作物,是我国重要检疫性有害生物。本研究根据V.albo-atrum的ITS基因序列,结合张正光设计的引物Vaa-1和Vaa-2,设计一条TaqMan探针Vaa-probe,研究实时荧光PCR的检测方法,以更加快速、灵敏的检测出V.albo-atrum。利用该方法可检测到含V.albo-atrumDNA浓度0.0005 ng/μL以上的样品,大大提高了检测的灵敏度。     

TaqMan探针实时荧光定量PCR快速鉴定欧洲樱桃绕实蝇

为建立快速、灵敏检测欧洲樱桃绕实蝇的实时荧光定量PCR方法,本研究利用欧洲樱桃绕实蝇及其近似种类的线粒体DNA(mtDNA)中COI基因序列差异,设计筛选特异性引物和探针OYF/OYR/OYP,并对引物及探针特异性和灵敏性进行检测。结果表明,设计的引物和探针能够特异性检测出欧洲樱桃绕实蝇,灵敏度为0.001 ng/μL。     

AllGlo实时荧光PCR快速检测6种按实蝇

按实蝇属(双翅目:实蝇科)是国际关注的重要果蔬害虫,也是我国进境植物检疫性有害生物。按实蝇种类多,形态学方法很难进行准确鉴定。本研究首次利用mtDNACOI基因设计了6条特异性探针,应用AllGlo实时荧光PCR方法实现了南美按实蝇、墨西哥按实蝇、西印度按实蝇、印加按实蝇、中美按实蝇和A.chiclayae Greene等6种重要的按实蝇的快速种类鉴定。     

冬生疫霉的实时荧光PCR检测方法

冬生疫霉(Phytophthora hibernalis)是我国检疫性病原菌。本研究根据冬生疫霉的ITS基因序列,设计了实时荧光PCR引物PH-F和PH-R及TaqMan-MGB探针PH-Pr,建立了冬生疫霉的实时荧光PCR检测方法,可检测到冬生疫霉DNA最低浓度为50 fg/μL,而冬生疫霉的近似种、近缘种和空白对照,无荧光信号增加。因此,利用该方法可以稳定、高效的检测出冬生疫霉。     

梨衰退植原体Cycleave 实时荧光PCR检测方法的建立

 根据植原体16S rDNA 保守区设计Cycling 探针LST2probe及引物,建立了梨衰退植原体Cycleave实时荧光PCR检测方法。结果表明,探针LST2probe 能特异的检测梨衰退植原体,供试同一组内不同亚组植原体及参试病原细菌均为阴性,检测灵敏度可达0.5 pg/μL。该Cycleave实时荧光PCR检测方法可用于梨衰退植原体的快速检测,并为其他有害生物鉴定提供借鉴依据。     

甘蔗宿根矮化病菌实时荧光定量PCR检测方法的建立

 甘蔗宿根矮化病是由Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx)引起的一种世界性甘蔗细菌病害。根据Lxx的Pat1基因保守序列,设计并合成了一对特异性引物Pat1F (5′-GGTTCCATTGCTTACCGATT-3′)/Pat1R(5′-CAAGTTTCGACAGGAACAGC-3′),和一条TaqMan探针(FAM-5′-CCACGGCTACGTCAATTCGGG-3′-TAMRA),建立了一种特异性强、灵敏度高的甘蔗宿根矮化病菌实时荧光定量PCR检测方法。结果表明,本研究建立的实时荧光定量PCR方法,对Lxx的检测最低下限为10² copies·μL^-1。应用实时荧光定量PCR与常规PCR方法对14个甘蔗品种进行Lxx检测,阳性检出率分别为86%和43%,表明实时荧光定量PCR比常规PCR检测方法具有更高的灵敏度。研究结果为甘蔗宿根矮化病的诊断、田间发生动态监测、脱毒健康种苗检测及品种/材料交换检疫检测提供了新技术支撑。     

蝴蝶兰软腐病中一种新致病菌的分离与鉴定

 Soft rot disease often affects Phalaenopsis amabilis during the growing season. However, the pathogen of the disease is remaining poorly studied. In this study, bacterial strain R1 was isolated from soft rot tissues in Wuhan. The pathogenic, morphological, physiological, biochemical tests and 16S rDNA sequence analysis were carried out. The homology of 16S rDNA sequence between strain R1 and Pseudomonas grimontii was 99.72%, and its physiological and biochemical properties were also similar to those of Pseudomonas grimontiis. All these evidences indicated that strain R1 could be identified as a novel strain of Pseudomonas grimontii. The pathogenicity of the novel isolate was proved according to the Koch's postulates. This is the first report that Pseudomonas grimontii can cause soft rot disease of Phalaenopsis amabilis.     

油菜茎基溃疡病菌的实时荧光PCR检测

 根据油菜茎基溃疡病菌Leptosphaeria maculans与其近似种ITS序列的差异,设计了检测L. maculans的引物Lmb3/R2和探针Probe-M,建立了L. maculans的实时荧光PCR检测方法。试验结果表明,来自加拿大、澳大利亚和乌克兰等国的22株L. maculans菌株都能得到阳性扩增,而供试的30株L. biglobosa菌株和6株其他菌株以及空白对照没有荧光信号的增加。该检测方法的灵敏度达到4 pg菌丝DNA,整个检测过程控制在4 h内,其快速、特异和灵敏的特点可以满足进境油菜籽样品的快速初检以及病菌分离物的快速鉴定。     

应用real-time PCR定量检测小麦条锈菌潜伏侵染量方法的建立

 小麦条锈病是我国小麦主要病害之一。快速、及时地诊断与定量监测处于潜育状态下的病叶,对准确估计越冬、越夏后的病情,制定正确的防治方案具有重要的意义。根据小麦条锈菌Puccinia striiformis的β-tubilin基因序列设计对该病原菌的种具有特异性的引物betaf/betar,并分别在普通PCR和real-time PCR扩增时对该引物的特异性和灵敏性进行了测定。结果表明该引物对小麦条锈菌特异性高,可稳定扩增出243 bp的目标条带。Real-time PCR的灵敏度为普通PCR的100倍。应用此特异性引物,建立了real-time PCR测定系统,定量测定了条锈菌在小麦叶片接种后组织内的DNA随时间的变化。结果表明,在接种后12 h,可在小麦叶片内检测到条锈菌,且条锈菌在小麦叶片内潜育期间随时间呈指数增长。接种第6 d后叶片内的菌量有明显的增加。建立的小麦条锈菌的real-time PCR早期定量测定方法,为及时、快速监测小麦条锈病在潜育期间的发病规律以及为该病的预测、防治提供依据。     

实时荧光PCR检测瓜炭疽病菌

采用实时荧光PCR技术建立了瓜炭疽病菌(Colletotrichum orbiculare)的检测方法。根据瓜炭疽病菌甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)基因和谷氨酰胺合成酶(GS)基因序列,设计了该病菌特异性引物和TaqMan探针,并对所设计的引物和探针的反应条件进行了优化。采用本试验建立的实时荧光PCR方法对瓜上的其他菌株及近似菌株进行检测,可将瓜炭疽病菌与其他病原菌区分开。灵敏度试验表明,25μL体系中只要有39.6pg的核酸量就可以被检测到,检测灵敏度达到1.584pg/μL,比普通PCR检测灵敏度高100倍。同时对田间采集的病株和未知样品进行的检测证明了引物和TaqMan探针的特异性。     

基于TaqMan MGB探针的葡萄茎枯病菌实时荧光PCR检测方法

 葡萄茎枯病菌是我国进境植物检疫性有害生物。带菌植物材料是病害传播的重要载体,准确、灵敏、快速的检测方法是严格执行口岸检疫措施及研究病害防控措施的有力工具。根据葡萄茎枯病菌及其近似种的细胞骨架蛋白(Actin)基因序列差异,设计并合成1对引物和1条特异性TaqMan-MGB探针,建立了葡萄茎枯病菌的实时荧光PCR检测方法。通过对反应体系的优化,确定了葡萄茎枯病菌的实时荧光PCR最佳反应条件:引物终浓度为0.6 μmol·L^-1,探针终浓度为0.6 μmol·L^-1。灵敏度试验结果显示,最低检测限为总DNA含量20 pg(20 μL反应体系)。此方法快速灵敏,整个反应1 h即可完成,检测过程完全闭管,无需PCR产物后续处理,为快速检测葡萄茎枯病菌提供了重要参考。该方法用于口岸疑似菌株检测,可成功检测出葡萄茎枯病菌。本研究建立的基于TaqMan MGB探针的荧光定量PCR检测方法为葡萄茎枯病菌的早期快速检测监测提供了有力工具。     

基于TaqMan MGB探针的葡萄茎枯病菌实时荧光PCR检测方法

 葡萄茎枯病菌是我国进境植物检疫性有害生物。带菌植物材料是病害传播的重要载体,准确、灵敏、快速的检测方法是严格执行口岸检疫措施及研究病害防控措施的有力工具。根据葡萄茎枯病菌及其近似种的细胞骨架蛋白(Actin)基因序列差异,设计并合成1对引物和1条特异性TaqMan-MGB探针,建立了葡萄茎枯病菌的实时荧光PCR检测方法。通过对反应体系的优化,确定了葡萄茎枯病菌的实时荧光PCR最佳反应条件:引物终浓度为0.6 μmol·L^-1,探针终浓度为0.6 μmol·L^-1。灵敏度试验结果显示,最低检测限为总DNA含量20 pg(20 μL反应体系)。此方法快速灵敏,整个反应1 h即可完成,检测过程完全闭管,无需PCR产物后续处理,为快速检测葡萄茎枯病菌提供了重要参考。该方法用于口岸疑似菌株检测,可成功检测出葡萄茎枯病菌。本研究建立的基于TaqMan MGB探针的荧光定量PCR检测方法为葡萄茎枯病菌的早期快速检测监测提供了有力工具。     

二重荧光定量PCR检测转基因大豆DAS81419

本文针对大豆内源基因Lectin和转基因大豆DAS81419品系的5′端插入位点序列,设计特异性引物及探针,建立了同时检测转基因大豆DAS81419品系和大豆内源基因Lectin的二重荧光定量PCR方法,运用15种转基因大豆、3种转基因玉米、1种转基因油菜、1种转基因水稻和非转基因大豆对该方法进行了特异性评价,并分析了该方法的灵敏度和稳定性。结果显示,该方法能准确从20种转基因样品和1种非转基因样品中检出靶目标,检测结果与待检样品信息一致,表明本方法具有良好的特异性;灵敏度高达0.01%;并具有良好的重复性。该方法特异性强、灵敏度高、稳定性强,适用于各口岸实验室进行转基因大豆DAS81419的快速、准确的检测。