苜蓿属种质资源遗传多样性RAPD分析

本文用RAPD标记分析10份苜蓿属(Medicago L.)种质的遗传多样性和亲缘关系,为苜蓿优秀种质资源开发保护和杂交育种提供基础信息。结果表明:33个引物在这10份材料间共扩增出353条带,其中263条带为多态性带,多态位点百分率为74.5%,各引物扩增的条带数为5～17条不等;遗传距离范围为:0.488～0.686,平均值0.592。聚类分析结果表明:10份材料大体划分为3类:草原1号、草原3号、美国苜蓿王和达菲成为第1类;雅酷、呼盟、蒙古和锡盟是第2类;秋柳独自成为1类。     

利用SRAP标记研究紫花苜蓿和黄花苜蓿种质资源遗传多样性

利用SRAP分子标记对31份苜蓿材料遗传多样性进行研究,探究不同地域来源的苜蓿种质的遗传变异和亲缘关系。筛选出24对引物,经PCR扩增后获得320条片段,其中多态性片段有287条,每对引物组合均能扩增出7～17多态性条带,平均为11.96条多态性条带;采用类平均法(UPGMA)Nei氏遗传距离进行聚类,将31份苜蓿材料聚成5类,但个别同一地域来源的苜蓿品种被归到不同的类型中,表明试供苜蓿材料具有较高的异质性。     

利用SSR和EST-SSR技术研究不同秋眠级苜蓿遗传多样性

用SSR和EST-SSR两种分子标记方法相结合,对25份不同秋眠等级苜蓿材料进行遗传多样性分析.结果表明:筛选出的7对SSR引物和10对EST-SSR引物经PCR扩增后获得175条多态性带,在此基础上构建了25份苜蓿材料的SSR和EST-SSR DNA指纹图谱;采用类平均法(UPGMA)Nei氏遗传距离进行聚类,将25份材料聚成4个复合组,表明供试苜蓿材料具有较高的异质性和较丰富的遗传背景.     

云南野生和逸生苜蓿资源遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记对30份云南野生和逸生苜蓿资源进行了遗传多样性分析。从56个ISSR引物中筛选出扩增条带稳定且多态性好的引物18个,共检测出243条扩增片段,其中具有多态性的条带共216条,多态位点百分率88.34%,表明ISSR标记可用于苜蓿遗传多样性的研究。采用类平均法(UPGMA)进行聚类分析,以遗传距离0.145进行划分,可将供试材料分为6大类。30份供试材料亲缘关系的远近与地理分布呈一定的相关性,但也有一些与地理分布不相符。表明云南的野生和逸生苜蓿资源遗传基础较广,基因型具有一定的地域性,但个体间也存在特异性。     

地毯草种质资源ISSR标记遗传多样性分析

地毯草(Axonopus compressus)是华南地区使用的多年生草本植物,本研究通过ISSR标记对华南地区64份地毯草种质资源的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,25对ISSR引物共扩增出208条清晰谱带,大小在300~1 500bp,其中多态性条带有196条,多态性比率为94.23%,25对引物扩增条带数在4~15条,平均每对引物8.32条,遗传相似系数是0.46~0.99。通过UPGMA方法对64份地毯草材料进行聚类分析。结果表明,来自相同采集地区的材料并没有完全聚在一类,供试材料间出现较大的遗传差异。本研究结果可为今后开展地毯草种质资源遗传保护、品种鉴定、新品种选育提供基础。     

狼尾草属牧草遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD分子标记技术对狼尾草属10个品种(品系)间的遗传关系进行了分析。从100条RAPD引物中筛选出8条RAPD引物用于RAPD分析。8条RAPD引物共检测到70个位点,其中多态位点占88.57%,Nei’s基因多样度为0.3080,Shannon信息指数为0.5334;RAPD标记显示狼尾草属牧草具有丰富的遗传多态性。基于RAPD扩增构建相应的Nei’s(1979)遗传距离矩阵以及UPGMA树图。狼尾草属牧草品种(系)间遗传相似系数(GS)值为0.5102~0.9350。粗茎象草与美洲狼尾草的遗传相似系数最小,为0.5102,表明其亲缘关系最远;粗茎象草与未知品种的遗传相似系数最大,为0.9350,说明其亲缘关系最近。     

云南野生和逸生苜蓿资源POD和EST同工酶分析

为了摸清云南苜蓿(Medicago L.)资源的遗传多样性,采用聚丙烯酰胺凝胶不连续垂直板电泳系统,对30份云南野生和逸生苜蓿材料过氧化物酶(POD)和酯酶(EST)同工酶酶谱进行了分析。结果表明:供试材料的2种同工酶酶带数均为10条,多态位点百分数均达到100%。除二倍体材料外,其余材料均具有多条相同的共有谱带,有着丰富的多态性,但POD和EST酶谱存在明显差异;供试材料的POD和EST遗传距离均在0.00~1.00之间,其中1号、3号和4号二倍体苜蓿,与其他逸生材料遗传距离较大,亲缘关系较远;其余均为紫花苜蓿(M.sativa L.),POD和EST的遗传距离分别在0.00~0.56和0.00~0.33之间。采用类平均法(UPGMA)Nei氏距离进行聚类分析,表明30份供试材料亲缘关系的远近与地理分布呈一定的相关性。这将为云南苜蓿资源遗传关系的研究提供基础数据。     

利用RAPD分子标记研究苜蓿种质资源遗传多样性

利用RAPD分子标记对53份苜蓿Medicago sativa种质资源的遗传多样性进行分析,计算了35个RAPD分子标记的多态性比率和每份苜蓿种质资源的Shannon多样性指数和Nei指数,并通过计算53份苜蓿种质资源的遗传距离(CD),进行聚类分析,探讨它们之间的素缘关系.结果如下:1)35个RAPD标记扩增共得到306条带,其中多态性条带288条,多态位点比率为94.12%.说明这53份苜蓿种质资源具有较高遗传多样性.2)53份苜蓿种质资源的Shannon多样性指数和Nei指数变化规律一致.直立黄花苜蓿的Shannon多样性指数和Nei指数最低,说明其遗传多样性最小;公农1号的Shannon多样性指数和Nei指数最高,说明其遗传多样性最大.3)53份苜蓿种质资源间的遗传距离变异范围为0.136 3～0.661 0.以λCD=0.275为标准将53份苜蓿种质资源划分为7个组群,直立黄花苜蓿单独被划分成一个组群.     

甘肃省苜蓿种质资源遗传多样性RAPD分析

苜蓿(Medicago sativa L.)是世界上重要的豆科牧草,了解栽培品种的遗传关系和遗传距离对于育种工作具有重要意义。本研究利用RAPD标记技术对甘肃省11个苜蓿栽培品种(群)进行遗传多样性分析,以期为进一步开展苜蓿新品种选育奠定基础。结果表明:10个随机引物共检测到132条谱带,其中107条为多态性带,多态性条带比率(PPB)高达81.1%;天水苜蓿和定西苜蓿之间的Roger’s遗传距离较远(0.4610),而与陇中苜蓿之间的遗传距离较近(0.1406);进一步的AMOVA分析显示苜蓿种群大部分的遗传变异发生在种群内(61.25%),有38.75%的遗传变异发生在种群间,种群分化不明显。     

基于RAPD和SSR分子标记的家蚕部分实用品种多态性及其亲缘关系分析

分子标记是生物系统进化和亲缘关系分析的重要手段。利用RAPD和SSR标记对12个家蚕实用品种的基因组DNA进行多态性分析和聚类分析。采用21条RAPD引物对12个品种的基因组DNA扩增产生的清晰稳定条带数为196条,其中多态性片段143条,多态位点比例72.96%,品种间的遗传距离在0.157～0.352之间。采用32条SSR引物对12个品种的基因组DNA扩增产生的片段数为86条,其中多态性带80条,多态性位点比例93.02%,遗传距离在0.214～0.600之间。对12个家蚕品种的2种分子标记的单独聚类结果表现出一定差异,但均把12个品种分为中系、日系两大类,其中7532和湘晖、871和57B的亲缘关系较近,而传统分类于中系品种东34却聚类于日系,但又独立于其余6个日系品种。结合RAPD标记和SSR标记的12个品种间的遗传距离与聚类结果,更能准确地从分子水平上反映品种间的亲缘关系及其来源,是家蚕杂交育种亲本选择的依据。     

苜蓿地方品种遗传多样性的研究—RAPD标记

利用ＲＡＰＤ技术对中国１８个苜蓿品种和北美９个苜蓿基本种质来源的代表品种各取１０个单株进行多态性分析。结果表明,苜蓿品种内和品种间均具有明显的多态性,如采用混合样分析则掩盖了品种内的多态性,而品种间的多态性则明显降低。７条引物共检测了５２个位点,其中５０个位点是多态的。品种间差异是由该５０个多态位点出现带谱的频率不同而体现的。     

中国苜蓿地方品种亲缘关系的研究：Ⅱ RAPD标记

利用ＲＡＰＤ分子标记技术对我国１８个苜蓿地方品种和北美９个苜蓿基本种质来源的代表品种进行了分析,根据分析结果计算了品种间的欧氏遗传距离,并进行聚类分析,结果表明;我国１８个苜蓿地方品种间的平均遗传距离为１．５６,以１．５的遗传距离进行划分可将我国１８个苜蓿地方品种分为７组,品种间的亲缘关系与地理分布有一定的相关性。     

紫花苜蓿耐盐种质资源的遗传多样性分析

利用RAPD技术分析了25个紫花苜蓿耐盐品种的遗传结构和遗传多样性。结果表明,30条引物在25个紫花苜蓿耐盐品种单株DNA间的多态性位点比率(P)为81.52%,在各品种混合DNA间的多态性位点比率为61.65%,说明采用单株DNA样品比采用混合DNA样品能更好地揭示紫花苜蓿品种内和品种间的遗传变异水平。基因分化系数(Gst)主要反应品种间变异占总变异的比例,中国18个耐盐紫花苜蓿品种和美国7个耐盐紫花苜蓿品种的基因分化系数分别为0.271和0.152,表明中国耐盐紫花苜蓿种质资源品种间基因交流机会比美国品种间交流机会多。紫花苜蓿作为典型的异交植物,其生物群体的遗传结构与其繁育体系具有直接的联系。依据遗传距离(GD)分析结果,25份材料从遗传结构上可以分为9个组群,其中图牧1号和图牧2号遗传距离最小(GD=0.148),捷达和图牧1号遗传距离最大(GD=0.786)。紫花苜蓿耐盐种质遗传多样性分析为紫花苜蓿耐盐核心种质库构建和耐盐新品种选育提供了理论依据。     

苜蓿基因组DNA提取和RAPD反应条件优选

采用CTAB法、N2-SDS法、SDS法和改进的CTAB法,提取苜蓿基因组DNA,比较其分离效果.结果表明,改进的CTAB法为最佳提取法.对RAPD反应程序中的一些重要参数进行摸索和优化试验,建立适合苜蓿RAPD分析应用的体系组成为:反应液总体积25μL,14ng/μL模板DNA,2.5μL10x反应缓冲液,10碱基引物浓度0.1μmol/L,TaqDNA聚合酶1U,dNTP浓度0.3mmol/L,Mg²⁺浓度2.5mmol/L.PCR反应循环为:94℃4min,36℃30s,2℃1min;94℃30s,36℃30s,2℃1min,45个循环;2℃延伸10min.     

淮南猪遗传特异性的RAPD分析

试验用150个10碱基随机引物对引入品种杜洛克猪、长白猪、大约克猪及河南地方品种淮南猪4个猪种基因组池DNA进行了RAPD分析。电泳检测结果发现,其中72个引物扩增出明显的多态性条带,共检测到911条扩增片段,其中多态性片段462条,占50.71%。统计分析结果表明,大约克猪与长白猪之间的遗传距离指数为0.0064,遗传关系最近;淮南猪与杜洛克猪、大约克猪遗传距离指数相近,分别为0.0068、0.0069,遗传关系较近;淮南猪与长白猪遗传距离指数为0.0072,遗传关系最远。结果显示,河南省地方品种淮南猪与其他引入品种之间有遗传的相似性,也存在差异,同时也证明了RAPD技术可以作为分子标记,很好地检测猪种群内的遗传变异及区分不同猪种的遗传检测方法。     

Differentiation of avian pathogenic Escherichia coli (APEC) strains by random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis

Here we describe the application of a random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis for molecular genetic typing avian pathogenic Escherichia coli (APEC) strains. The RAPD technique was shown to be highly reproducible. Stable banding patterns with a high discriminatory capacity were obtained using two different primers. Overall, 55 E. coli strains were analyzed with a RAPD technique. The RAPD analysis showed that the E. coli strains isolated from poultry in Thailand and Sweden could be grouped into 50 of RAPD types by using these two different primer sets. Most of these different E. coli RAPD types were not geographically restricted. There was, as expected, a tendency of higher genetic relationship among E. coli strains isolated from the same farm. It is suggested that the RAPD technique may provide a rapid, low cost, simple and powerful tool to study the clonal epidemiology of avian E. coli infections.     

RAPD分子标记鉴定紫花苜蓿品种的反应体系优化

以中苜1号紫花苜蓿(Medicago sativa L.cv.Chongmu No.1)为研究材料,通过对RAPD-PCR反应退火温度、反应体系中的模板DNA、Taq聚合酶、Mg²⁺、dNTP、引物用量的梯度处理,分别对各项单因子进行优化。结果表明,当退火温度为37℃,总反应体积25μl时,各反应物适宜用量为模板DNA80ng,Taq聚合酶1.5U,Mg²⁺6.25×10^-5mmol,dNTP0.3×10^-5mmol,随机引物0.4×10^-5mmol,缓冲液KCl1.25×10^-3mmol,扩增结果清晰、稳定,并且在不同实验室扩增结果具有较好的一致性。     

河南省4种地方品系鸡的RAPD分析

应用随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD) 技术分析河南省4个地方鸡的品系,固始鸡快羽G_K系、固始鸡慢羽G_M系、矮小型绿壳蛋鸡、黄麻羽丝毛乌骨鸡的遗传变异。用186个随机引物对4个鸡种基因组DNA池扩增筛选,40个引物产生多态性。此40个引物经重新优化反应体系后,对120个个体的基因组DNA 进行RAPD分析。40个引物共产生387种扩增片段,扩增产物片段的长度大小在100～2220 bp范围内。利用电泳分析数据分别计算4个品系群体之间的遗传相似系数和遗传距离指数,结果4个鸡种的亲缘关系与它们的引种情况基本一致。同时也证明了RAPD技术可以作为分子标记,很好地检测鸡种群内的遗传变异及区分不同鸡品系。     

利用RAPD技术构建四倍体苜蓿遗传连锁图谱

 利用随机扩增ＤＮＡ 多态性分子遗传标记（ＲＡＰＤ）对Ｆ₂ 群体进行分析。Ｆ₂ 群体由Ｆ_１ 群体（高产紫花苜蓿×高抗黄花苜蓿得到Ｆ_１代）自交获得。应用ＭＡＰＭＡＫＥＲ／ＥＸＰ（３．０）与ＪｉｏｎＭａｐ４．０并结合ＭａｐＤｒａｗＶ２．１软件构建四倍体苜蓿的遗传连锁图谱。从１９２个随机引物中筛选出７２个引物,对９４个Ｆ_２ 个体及Ｆ_１ 双亲ＤＮＡ 样本进行了ＲＡＰＤ 扩增,共获得５１个ＲＡＰＤ 标记,构建了四倍体苜蓿分子遗传连锁框架图,其中包含８个连锁群,标记覆盖的基因组总长度约为１２６１．５ｃＭ,标记间平均距离为２４．７３ｃＭ。本图谱为构建饱和的四倍体苜蓿分子遗传图谱提供了框架结构,为进一步开展苜蓿分子遗传方面的研究奠定了基础。     

Genetic diversity among Escherichia coli O149:K91 strains isolated from pigs with diarrhoea determined by randomly amplified polymorphic DNA analysis.

The genetic relatedness among 72 Escherichia coli strains of serotype O149:K91 isolated from pigs with diarrhoea was investigated by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. Fimbrial and toxic virulence markers of the isolates were also tested. Amplification with primer 1254 resulted in three different RAPD types whereas primer 1290 generated one RAPD profile only. Based on the RAPD and fimbrial/toxin types the strains were classified into five distinct groups.