野桑蚕乙酰胆碱酯酶1型基因（Bmmacel）5′端非翻译区序列的剪切方式分析

通过5′cDNA末端快速扩增（RACE）的方法,克隆了野桑蚕乙酰胆碱酯酶1型基因（Bmmacel）的cDNA5′端非翻译区序列（5′UTR）区域,与家蚕乙酰胆碱酯酶1型基因（Bmacel）的cDNA 5′UTR（242个碱基）进行比较分析表明,Bmmacel的5′UTR包含有231个碱基,存在2个位点的点突变和一段连续11个碱基的缺失。通过克隆和测序分析野桑蚕基因组中Bmmacel的5′UTR片段,表明Bmmacel和Bmacel基因的RNA剪切都遵循GT-AG规则,但在其cDNA5′UTR的RNA剪接过程中可能存在差异,Bmmacel在其cDNA上游＋33处存在比Bmacel少剪接的序列TGATTTGAAGG,而在其基因组中5′UTR的TGATTTGAAGG序列下游-4位点缺失ACAGA序列。研究结果可为深入探讨Bmmacel基因与野桑蚕产生抗药性的关系提供基础信息。     

野桑蚕乙酰胆碱酯酶1型基因(Bmmace1)5′端非翻译区序列的剪切方式分析

通过5′cDNA末端快速扩增(RACE)的方法,克隆了野桑蚕乙酰胆碱酯酶1型基因(Bmmace1)的cDNA 5′端非翻译区序列(5′UTR)区域,与家蚕乙酰胆碱酯酶1型基因(Bmace1)的cDNA 5′UTR(242个碱基)进行比较分析表明,Bmmace1的5′UTR包含有231个碱基,存在2个位点的点突变和一段连续11个碱基的缺失。通过克隆和测序分析野桑蚕基因组中Bmmace1的5′UTR片段,表明Bmmace1和Bmace1基因的RNA剪切都遵循GT-AG规则,但在其cDNA 5′UTR的RNA剪接过程中可能存在差异,Bmmace1在其cDNA上游+33处存在比Bmace1少剪接的序列TGATTTGAAGG,而在其基因组中5′UTR的TGATTTGAAGG序列下游-4位点缺失ACAGA序列。研究结果可为深入探讨Bmmace1基因与野桑蚕产生抗药性的关系提供基础信息。     

鸡脾细胞总RNA的提取及其VH、VL基因的扩增

由鸡脾脏淋巴细胞中提取总RNA，反围录合成cDNA第一链，以cDNA为模板，根据鸡抗体VH、VL基因中的5’端和J端序列，设计并合成体外扩增VH、VL基因的两对引物，进行RT-PCR，成功地扩增出VH、VL基因片段。为鸡源ScFv噬菌体库的构建打下基础。     

抑制性消减杂交技术在对虾基因克隆中的应用

抑制性消减杂交技术是一项筛选、分离未知差异表达基因的试验方法,该技术具有快速、简便、灵敏、特异、高效,所需起始样本量较少等优点。利用该技术构建对虾组织消减cDNA文库,鉴定差异表达相关基因及其表达特性。通过对对虾差异性表达的免疫相关基因、抗病基因及其他性状基因的了解,旨在为进一步研究对虾抗病机理奠定基础,为利用抗病基因进行抗病育种提供一个有效途径,为提高对虾的经济效益提供前景。     

家蚕钙网蛋白的基因结构与初步表达谱研究

钙网蛋白(calreticulin,CRT)是内质网/肌浆网主要的Ca2+结合蛋白,在细胞功能的调节方面发挥重要作用。利用双向电泳技术及质谱技术研究家蚕脂肪体蛋白组的变化,通过分析检索蛋白质组数据,获得了钙结合蛋白的氨基酸序列。通过电子克隆、cDNA3′末端快速扩增(3′rapid amplification of cDNA ends,3′RACE)方法克隆了家蚕钙网蛋白基因cDNA全长序列,命名为BmCRT(GenBank登录号:FJ360528)。BmCRT基因cDNA全长1 705 bp,开放阅读框序列(ORF)长1 197 bp,编码398个氨基酸。氨基酸序列分析显示,BmCRT与其它物种的CRT都具有保守的N-结构域、脯氨酸富集结构域和C-端结构域。BmCRT基因组结构分析表明:该基因由7个外显子和6个内含子组成。分析BmCRTmRNA在不同发育时期的表达变化显示,该基因在家蚕幼虫眠期的mRNA表达量比食桑期高,而在4龄和5龄食桑期mRNA表达量没有随着生长变化而变化。     

旋毛虫新生幼虫cDNA文库构建及其特异性基因的筛选与鉴定

构建旋毛虫新生幼虫cDNA文库并对旋毛虫新牛幼虫期特异件基因进行筛选与鉴定,筛选出期特异性的基因片段.用λZAPⅡExpress载体成功地构建了旋毛虫新生幼虫的cDNA文库,并用放射性同位素a-38P标记cDNA探针对筛选出的阳性克隆进行鉴定.所构建的cDNA文库容量为1.92×106,重组效率为98.6%,所有的克隆片段都在0.5～2.0 kb之间,筛选获得7个阳性克隆,其大小在1.4 kb左右;用放射性同位素a-32P标记cDNA探针后,与旋毛虫成虫、肌幼虫、新生幼虫及成虫/新生幼虫cDNA文库质粒DNA进行Southern印迹杂交,结果与新生幼虫和成虫、新生幼虫cDNA文库质粒DNA有杂交而与成虫、肌幼虫cDNA文库质粒DNA不杂交.该基因是新生幼虫期所特有的cDNA片段.     

SD大鼠EGF基因cDNA序列的分子克隆

参考大鼠EGF基因序列,用PCR方法对SD大鼠EGF基因cDNA序列进行了克隆,获得了SD大鼠EGF基因的3 522bp的cDNA序列（GenBank登录号：JX149564）,其中CDS长度为3 186bp,编码了1 061个氨基酸。SD大鼠与国外报道的大鼠、小鼠、原鸡、猕猴、人等5个物种的EGF基因cDNA序列的同源性分别为97.6%、83.4%、59.7%、76.4%、73.5%,其编码蛋白的氨基酸序列同源性分别为99.2%、80.1%、52.6%、69.7%、69.4%。这一结果表明了EGF基因在进化过程中具有一定的保守性,但不同物种之间也具有特异性。通过比较SD大鼠EGF基因与GenBank数据库中发布的EGF基因的cDNA序列,本试验发现了22个SNP位点,其中9个没有改变氨基酸残基的性质,这一研究结果为EGF基因的SNPs数据库提供了新的信息。     

番鸭GDF9基因克隆、生物信息学及组织表达分析

【目的】对番鸭(Cairina moschata)生长分化因子9(growth differentiation factor 9,GDF9)基因进行克隆及结构和功能的预测,并检测其在就巢期和产蛋期番鸭各组织中的表达差异。【方法】以番鸭卵巢组织cDNA为模板,利用快速扩增cDNA末端(rapid-amplification of cDNA ends, RACE)技术对GDF9基因进行扩增和克隆,利用生物信息学软件对GDF9基因的编码序列进行相似性分析和进化树构建,分析其基本理化性质和编码氨基酸序列的结构特征。利用实时荧光定量PCR技术检测就巢期番鸭和产蛋期番鸭各组织中GDF9基因的相对表达量。【结果】GDF9基因CDS区全长1 380 bp,编码459个氨基酸;番鸭GDF9基因序列与GenBank已公布的凤头潜鸭、绿头鸭、天鹅、棕硬尾鸭、浙东白鹅、企鹅、鸡、牛、绵羊、猪和小鼠对应序列的相似性依次为98.8%、97.5%、96.4%、95.8%、94.4%、90.2%、87.5%、64.5%、64.2%、63.9%和60.6%。系统进化树结果显示,番鸭与凤头潜鸭和绿头鸭的亲缘关系较近,与小...     

表达序列标签在寄生虫基因研究中的应用

一个基因组的所有碱基中大约只有2％组成编码蛋白质的那部分基因，因此，测序基因组已不再是一种创建基因目录的有效途径。大量的试验证明，以cDNA的形式进行基因转录产物的大规模测序是了解基因组的首选办法。高通量cDNA测序于1991年由Adams等创始，在构建人脑的cDNA     

内蒙古绒山羊 CDK2 基因的克隆与序列分析

采用同源序列克隆技术结合RT-PCR和RACE技术,首次从内蒙古绒山羊睾丸组织中克隆出羊CDK2基因的全长cDNA序列（GenBank登录号为EF035041）。结果显示：羊CDK2基因的cDNA序列长为1355bp,5′端非翻译区为174bp,3′端非翻译区为266bp,开放阅读框为894bp,编码298个氨基酸。与牛CDK2基因cDNA序列同源性为98％,氨基酸序列完全一致;和其他哺乳动物CDK2基因的cDNA序列同源性也达92％以上;氨基酸序列同源性为93％以上。说明CDK2在结构和功能上有很高的保守性。     

树鼩Tssk6基因cDNA克隆、组织表达谱及生物信息学分析

本研究旨在克隆出树鼩Tssk6基因cDNA的全长序列,阐明其组织表达谱及基本生物信息学特征。以GenBank中收录的树鼩Tssk6基因mRNA预测序列为参考设计特异性引物,对树鼩Tssk6基因的cDNA全长序列进行克隆,用实时荧光定量PCR检测该基因在树鼩不同组织中的表达情况,并对cDNA序列的CDS区核苷酸序列与蛋白质结构进行了生物信息学分析。结果显示,树鼩Tssk6基因cDNA的CDS区序列长度为822 bp,编码273个氨基酸;Tssk6基因仅表达于树鼩睾丸组织;对树鼩和其他8种哺乳动物Tssk6基因cDNA的CDS区核苷酸序列构建的系统进化树显示,树鼩与人、黑猩猩、恒河猴3种灵长类动物亲缘关系较近,与小鼠、大鼠、金仓鼠3种啮齿类动物亲缘关系较远。本研究为进一步研究树鼩Tssk6基因的功能奠定了基础。     

SD大鼠EGFR基因cDNA序列的分子克隆

参考大鼠EGFR基因序列,用RT-PCR方法对SD大鼠EGFR基因cDNA序列进行克隆,获得了SD大鼠EGFR基因的全长4127bp的cDNA序列（GenBank登录号HM801042）,其中CDS长度为3627bp,编码1209个氨基酸。SD大鼠与国外报道的大鼠、小鼠、牛、猴、人等5个物种的EGFR基因cDNA序列的同源性分别为99．5％、92．9％、78．4％、83．4％、80．2％,其编码蛋白的氨基酸序列同源性分别为99．6％、95．9％、86．6％、89．0％、90．5％。这一结果表明了EGFR基N在进化过程中具有较高的保守性。通过比较SD大鼠EGFR基因与GenBank数据库中发布的EGFR基因的cDNA序列,本试验发现了10个SNP位点,其中5个没有改变氨基酸残基的性质,这一研究结果为EGFR基因的SNPs数据库提供了新的信息。     

消减cDNA文库差异表达基因检测分析方法的研究进展

同已有的差异表达基因分离方法相比,抑制消减杂交以其快速、高效及假阳性率低等优点被广泛应用,并形成了反向Northern斑点杂交和表达谱基因芯片技术2种差减cDNA文库筛选方法,同时,快速发展的生物信息学为文库中大量阳性差异表达片段的序列分析提供了最有力的技术手段,而RT-PCR和实时荧光定量PCR为进一步在mRNA水平验证基因的表达差异性和初步揭示基因功能奠定了技术基础。作者在简要综述上述各方法的原理、特点及应用基础上指出,先测序后筛库的研究策略可以在成本增加较低的前提下大幅度提高差异表达基因的研究效率。     

鸽泛素结合酶蛋白(UBE2)基因的生物信息学分析

在鸽脑垂体全长cDNA文库构建成功和泛素(Ubiquitin,UB)和泛素结合酶(ubiquitin-conjugating enzyme,UBE2)基因全长cDNA克隆成功的基础上,通过生物信息学方法对UBE2基因序列进行分析.预测UBE2基因编码蛋白的理化特性、功能域、二级结构及三级结构等.该序列的GenBank登录号为Eu914824.UBE2基因编码的蛋白为胞内蛋白,其二级结构预测结果中α螺旋约占26.39%、β延伸链约占18.75%、无规则卷曲约占54.86%.通过对UBE2基因的cDNA序列并对其进行的生物信息学分析,结果有望能为UBE2相关功能研究提供理论参考.     

SSH与cDNA芯片技术的联合及其在植物基因差异表达研究中的应用

抑制消减杂交技术(SSH)与cDNA芯片技术是新近发展起来的研究差异表达基因的两种非常有效的方法。近年来,将SSH和cDNA芯片技术结合使用,为分析组织细胞的已知基因表达差异提供了新的手段,也为克隆和鉴定新基因开辟了新的道路,是目前寻找差异表达基因的适用方法。鉴于此,对SSH和cDNA芯片技术的基本原理、两种方法结合使用的操作流程、克隆差异表达新基因的特点,以及在植物基因差异表达方面的应用进行了概述。     

桑树多聚泛素基因的克隆及序列分析

将蒙古桑于-3℃诱导48 h后,提取幼茎RNA反转录合成cDNA(第一链),以cDNA为模板,利用RT-PCR技术克隆桑树的泛素基因(mUb)。研究结果表明:克隆片段序列为泛素基因的阅读框架,其中有2个起始密码子(ATG)和1个终止密码子(TAA),长度为459个碱基;序列与菠萝、三叶胶树、烟草等物种的泛素基因相比较,有84%以上的同源性。进一步分析表明,该基因是桑树的二串泛素基因。该基因已被GenBank收录(登录号DQ104334)。     

同源克隆筛选小尾寒羊繁殖性状候选基因

以构建的小尾寒羊卵巢组织cDNA文库为基础,利用最新的生物信息数据资料,采用同源克隆的策略,以已知其他物种与排卵率相关基因片段标记的探针对小尾寒羊发情期卵巢组织cDNA文库进行筛选、克隆,获得小尾寒羊卵巢组织特异表达的与排卵有关的基因ESTs,从而得到小尾寒羊与繁殖性状相关的新的候选基因。     

同源克隆筛选小尾寒羊繁殖性状候选基因

以构建的小尾寒羊卵巢组织cDNA文库为基础,利用最新的生物信息数据资料,采用同源克隆的策略,以已知其他物种与排卵率相关基因片段标记的探针对小尾寒羊发情期卵巢组织cDNA文库进行筛选、克隆,获得小尾寒羊卵巢组织特异表达的与排卵有关的基因ESTs,从而得到小尾寒羊与繁殖性状相关的新的候选基因.     

猪肥胖（OB）基因的研究进展

OB基因是近年刚被克隆的新基因，其产物Leptin是反映体内脂肪含量和调节体重的重要信号因子。克隆和分析研究OB基因，对猪的育种和提高瘦肉率有重要意义。本文综述了最近国内外猪OB基因的研究进展，主要包括OB基因cDNA的克隆和分析、OB基因产物Leptin的测序、表达及生物学功能、OB-R基因的研究现状等，对OB基因的研究前景进行了展望。     

猪ICOS基因部分cDNA的克隆与序列分析

研究旨在对猪T细胞诱导型刺激物(ICOS)基因的cDNA序列进行克隆与分析。根据已报道的人ICOS基因cDNA序列设计引物,首次从猪脾脏组织总RNA中扩增出ICOS基因编码区全长cDNA序列,克隆于pMD18-T载体后进行测序并进行序列拼接,运用生物信息学分析DNA序列。结果表明:该基因编码区全长630bp,编码210个氨基酸,包含5个外显子。该序列与人全基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列的同源性分别为80%和85%;与狗和小鼠的推导氨基酸序列的同源性分别为81%和75%。这为进一步研究该基因的结构特点和功能奠定了良好基础。