大麦农艺性状与SSR标记的关联分析

大麦农艺性状研究方法主要使用实验法,通过选取部分大麦材料,再利用SSR标记来得出相应的数据.利用GLM和MLM等模型分析大麦农艺性状和SSR标记的关联.基于此,从研究大麦农艺性状与SSR标记的关联,分析大麦的农艺性状与SSR标记关联研究结果及评价与讨论展开分析.     

蚕豆农艺性状的SSR标记关联分析

[目的]寻找与蚕豆主要农艺性状紧密连锁的分子标记,挖掘农艺性状的优异等位变异与种质.[方法]以321份蚕豆种质为供试材料,调查其初荚高度、初荚节位、成荚节数、生殖节数、有效籽粒数、有效分枝、有效荚数、单荚粒数、荚长、荚宽、籽粒面积、籽粒厚、籽粒周长、籽粒长、籽粒宽、株高及百粒重.利用具有显著多态性的76对SSR标记进行...     

粳稻种质资源籽粒锌、铁含量与SSR标记的关联分析

选用57对均匀分布在水稻全基因组的SSR标记对155份粳稻种质资源进行检测,研究粳稻籽粒锌、铁含量与SSR标记的关联性,以期为改良水稻籽粒营养品质的优异亲本的选择、组配提供理论支持和材料保障。结果表明,锌含量与铁含量呈极显著正相关;在57个SSR标记位点中,共检测到257个等位基因,平均每个位点检测到4.51个等位基因,平均有效等位基因数为2.60个,Nei's遗传多样性指数和Shannon's信息指数的平均值分别为0.539 5和1.023 8。通过关联分析发现,与籽粒锌含量显著关联的位点有3个,分别为RM5461-4、RM5647-2、RM7356-1,表型贡献率分别为7.59%、5.89%、4.72%,增加表型效应最大的等位变异是RM5647-2,载体品种为长粒-5;与籽粒铁含量显著关联的位点有20个,表型贡献率介于2.56%～7.33%,表型贡献率最高的等位变异是RM3600-1,增加表型效应最大的等位变异是I2-3,载体品种是粮香5号。     

棉花纤维品质性状与SSR标记的关联分析

为了评价棉花资源的群体结构,利用65个SSR标记对81份栽培棉花材料进行扫描,分析了该资源的群体结构,并对8个棉纤维品质性状数据/基因型数据进行关联分析。结果表明,该群体分为两个亚群。关联分析发现,以两年表型平均值检测到18个位点与棉纤维品质性状相关,其中5个位点与两个以上（含两个）性状相关。在这18个位点中Satt8、Satt12、Satt35、Satt105和Satt109这5个位点同时与两年表型值显著关联。明确了由81份材料组成的自然群体的群体结构,并获得了18个与目标性状相关联的SSR位点,其中5个位点同时与两年表型值显著相关,为纤维品质性状的分子标记辅助选择提供依据。     

陆地棉动态株高与SSR标记的关联分析

【目的】分析185份陆地棉品种(系)的开花期株高(PH-ST₁)和吐絮期株高(PH-ST₂)关联度,发掘动态株高的优异等位变异,为进一步棉花高产分子辅助育种提供参考。【方法】利用185份陆地棉品种(系)的基因型,将137对简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)多态性引物开发出的355个多态性位点,并结合5个环境下两个时期的株高表型数据,采用一般线性模型(general linear model, GLM)和混合线性模型(mixed linear model, MLM)进行关联分析。【结果】使用GLM模型和MLM模型,分别检测到54、12个与PH-ST₁显著相关的位点和62、12个与PH-ST₂显著相关的位点;其中,31个位点在3个或3个以上的环境都与株高显著相关。【结论】挖掘了多个可重复检测到的与陆地棉株高相关联的分子标记位点。定位到与株高性状相关的位点有24个。     

水稻维生素B_6与SSR标记的关联分析

旨在挖掘与维生素B_6(VB_6)相关的SSR标记位点,为水稻高VB_6的分子育种奠定基础。以来源于不同国家和地区的314份水稻品种为材料,对糙米的VB_6进行连续2a的测定,品种VB_6变幅为39.70～138.48μg/g。通过TASSEL3.0软件的GLM和MLM模型对VB_6表型数据与154个SSR标记位点进行关联分析,共检测出13个与VB_6相关联的位点,其中,RM254、RM309和RM540在2a的2种模型中均被检测出,是水稻VB_6的重要SSR位点。同时进一步挖掘出8个优异等位变异及相应的载体材料,发现‘辽星6’‘越实’‘花脸’等有较高VB_6,且至少含有2个以上优异等位变异。     

陆地棉抗黄萎病性状与SSR标记的关联分析

【目的】对186份陆地棉种质资源的抗黄萎病性状进行关联分析,为抗黄萎病棉花育种材料的利用、分子标记辅助选择提供参考。【方法】采用分布于26条染色体上的140个SSR(Simple sequence repeat)标记,采用GLM(General line model)(P<0.001)模型和 MLM(Mixed linear model)(P<0.01)模型,检测186份陆地棉种质资源的基因型。【结果】(1)2个亚群一个含有96份种质资源,另一个含有90份种质资源;(2)平均每对引物的等位变异为2.54,平均值为0.76,引物多态性信息含量变化范围:0.50~0.99;(3)与棉花抗黄萎病性状相关的SSR位点22个中,能同时在两个以上环境出现的位点有2个,为NAU998和CGR5258,表型变异解释率分别为5.53%和12.07%。【结论】该群体结构,可以分为2个亚群,使用140对 SSR引物做分子标记,共检测出355个等位变异,存在于两个模型下且与棉花抗黄萎病性状相关的SSR位点有22个。     

水稻4种功能营养成分与SSR标记关联分析

以108份水稻种质组成的自然群体为试验材料,鉴定水稻中抗性淀粉(RS)、谷蛋白(Glu)、总黄酮(Tfl)、γ-氨基丁酸(GABA)等4种功能成分含量的性状。利用69个SSR标记分析群体结构,通过TASSEL3.0的GLM和MLM模型作性状和标记关联分析,进一步挖掘优异等位变异及相关载体材料。结果表明,共检测到31个与水稻中4种功能成分含量显著相关的位点,其中13个位点在两种模型中均被检测出显著关联。进一步得到29个优异等位变异。两年两个模型中均检测出RM1374、RM1379和RM27850。     

紫花苜蓿秋眠性的SSR标记关联分析

【目的】发掘紫花苜蓿秋眠性关联位点,为揭示紫花苜蓿秋眠性状的遗传规律和分子机制提供理论依据。【方法】紫花苜蓿关联群体由75份321个四倍体紫花苜蓿基因型构成,其中中国紫花苜蓿品种每份材料选取6-8个基因型;其余材料每份选取3-4个基因型。利用紫花苜蓿基因组均匀分布的85对SSR（Simple sequence repeats）标记,对321个紫花苜蓿基因型进行扫描。于2014-2015年连续两年对紫花苜蓿秋眠性开展调查,并利用一般线性模型（GLM）及混合线性模型（MLM）2种方法,开展秋眠性与SSR分子标记的关联分析。【结果】紫花苜蓿秋眠性表现出极显著的基因型、年际及基因型×年际互作效应。2014年,表型变异幅度为5.1-55.1 cm,平均值为22.4 cm,变异系数为45.5%。2015年,变异幅度在3.5-44.9 cm,平均为15.2 cm,变异系数为43.7%。秋季株高两年均呈现接近正态分布特征。广义遗传力为0.71。MLM模型很好的控制了紫花苜蓿秋眠性的假阳性关联。基于MLM模型,在2014年共找到12个显著关联的SSR位点,表型贡献率为2.42%-6.73%。2015年共找到11个,表型贡献率为2.45%-4.81%。在这些关联位点中,分布于Chr 2的m83_157、Chr 3的m525_230和m525_231、及Chr 4的m429_245,在两种模型及两年内均被重复检测到。【结论】通过两种模型发掘到4个与紫花苜蓿秋眠性显著相关的位点,经过验证后可以用于紫花苜蓿秋眠性分子标记辅助选择育种。     

海岛棉抗枯萎病性状与 SSR标记的关联分析

【目的】运用SSR( Simple sequence repeat) 分子标记关联分析204份海岛棉种质资源的抗枯萎病性状,为抗枯萎病棉花育种材料的利用、分子标记辅助选择提供参考。【方法】采用前期实验室研究的抗病基因序列,设计出40对SSR分子标记,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测筛选标记引物特异性,并鉴定204份海岛棉种质资源。【结果】(1)从40对引物中筛选出6对引物具有多态性,多次重复后选用CHS-04和CHS-05两个分子标记,均来自类黄酮代谢途径;(2)引物CHS-04扩增条带与群体抗病性一致率介于41.67%~52.94%,平均值为46.67%;引物CHS-05扩增条带与群体材料一致率介于30.39%~54.68%,平均值为35.78%。【结论】引物CHS-04和CHS-05可以作为海岛棉枯萎病抗性的分子标记鉴定指标。     

小麦雌性育性与SSR分子标记的关联分析

为了寻找与小麦雌性育性紧密关联的SSR分子标记,并估算其表型效应,选择均匀分布于小麦基因的63个SSR标记,对包括小麦雌性不育系XND126在内的261个品种(系)组成的群体进行分析,并使用STRUCTRE软件进行群体结构评估,利用TASSEL软件的GLM模型检测多态性标记与小麦雌性育性(国内法育性D.F.和国际法育性I.F.)两种表型值的关联程度.结果表明:目标群体中存在3个亚群.基因组中多态性标记关联分析初步显示,标记Xcfd36(2AS、2DS)和Xcfd88(4AL)与小麦雌性育性两种表型值相关联,两个标记对D.F.和I.F.的效应分别是0.1585,0.113和0.087,0.0596.进一步分析发现2DS和4AL连锁群上存在一些与小麦雌性育件更加紧密关联的标记,如Xwmc25(2DS)和Xwmc232(4AL),其效应分别可达到0.5833和0.2841,而2AS上未找到独有的关联标记.分析认为小麦染色体2DS和4AL各存在一个控制雌性育性的基因位点,其中2DS上的QTL被连锁分析所证实.对与表型紧密关联的标记的鉴别对于小麦雌性育性QTL发掘的重要作用进行了探讨.     

紫斑牡丹表型性状与SSR分子标记的关联分析

利用筛选出的11对多态性简单重复序列(SSR) 标记对99份紫斑牡丹材料进行多态性扫描,在分析其遗传多样性和群体结构的基础上,采用TASSEL2.1软件的一般线性模型(GLM)进行标记与32个观赏性状的关联分析。结果表明:11个多态性SSR标记共检测到94个等位变异,平均每个位点检测到等位变异8.5个;引物的多态性信息含量(PIC)变幅为0.146~0.850,平均值为0.593;遗传多样性变幅为0.152~0.862,平均为0.630。群体结构分析将供试材料划分为3个亚群;通过关联分析,发现5个标记位点与6个性状显著关联(P＜0.01),各标记位点对表型变异的解释率为30.4%~55.8%,其中FJ024285和FJ024294标记与株高相关联,FE528073与顶小叶长、柱头颜色和房衣颜色相关联,FJ024287与柄叶比相关联,EU678295与色斑大小相关联。研究表明:所选紫斑牡丹种质资源群体的群体结构简单、遗传变异较为丰富,适用于紫斑牡丹目标性状的关联分析。关联分析能够有效地找到与紫斑牡丹表型性状紧密连锁的SSR标记,用于分子标记辅助育种。      

陆地棉叶片叶绿素含量与SSR标记的关联分析及优异等位变异的挖掘

【目的】筛选与陆地棉叶片叶绿素含量性状相关联的分子标记,挖掘其优异等位变异及典型材料,为陆地棉分子标记辅助育种提供技术支持。【方法】在3年6个环境中,对185份陆地棉品种(系)组成的自然群体进行倒4叶叶绿素相对含量(soil and plant analyzer development,SPAD)的测定,每年分3个时期(打顶后0、10和20 d)。采用Power Marker 3.25软件计算各位点的多态性信息含量,以分析群体的遗传多样性。利用STRUCTURE 2.3.4软件计算群体结构矩阵(Q),利用TASSEL 3.0软件计算亲属关系矩阵(K),通过GLM(general linear model,Q)和MLM(mixed linear model,Q+K)2种方法,同时对SPAD与SSR标记进行关联分析。依据计算的等位位点表型效应值,挖掘优异的等位变异及典型材料。【结果】137对SSR多态性引物共扩增出355个等位变异,平均每对引物扩增到2.6个多态性位点,PIC平均值为0.67,变化范围为0.01—0.95,高度多态性引物(PIC0.5)占85%,其中PIC最高的标记为HAU2146(PIC=0.95)和NAU2083(PIC=0.93)。当(35)K取得最大值时,K=2,因此,将185份陆地棉材料划分为2个亚群。通过GLM方法共检测到22个显著性位点(P0.001),表型变异解释率为5.28%—10.85%,平均为7.24%,贡献率最高的等位变异位点是SWU0529a(R2=10.85%)和NAU998c(R2=10.48%);通过MLM方法共检测到17个显著性位点(P0.01),表型变异解释率为3.72%—8.58%,平均为4.72%,贡献率最高的等位变异位点是SWU0923b(R2=8.06%)和SWU0662d(R2=6.74%);2种方法共同检测到的显著性位点有12个,等位变异NAU998c在3个时期2种方法能同时被检测到。通过等位变异的表型效应分析,找到2个增效效应最大的等位变异(HAU3318b和SWU0987b),利用找到的等位变异对材料进行筛选,获得携带2个增效效应等位变异的材料53份,2个增效效应位点都未检测到的材料有46份,统计结果显示,在打顶后10和20 d 2个时期,53份材料的SPAD均值显著高于46份材料的SAPD均值。【结论】检测到12个与SPAD值相关的显著性位点,并挖掘到2个增效效应优异等位变异,获得携带优异等位变异的载体材料53份,获得携带2个优异等位变异的典型材料1份。     

不同生育期苦荞黄酮含量与营养成分变化研究

测定了3个品种苦荞麦不同生育期主要器官的黄酮和营养成分。结果表明,3个品种的苦荞从苗期至籽粒成熟期的黄酮含量呈由高到低的S形变化趋势,即从苗期至孕蕾期逐渐下降,孕蕾期至成熟期呈现低—高—低的变化趋势;营养生长期各器官黄酮含量由高到低依次为叶、茎、根,但进入生殖生长期后为花、叶、茎、根。粗蛋白、脂肪和粗纤维在整个生长发育期呈先增加后降低的抛物线变化趋势,即营养生长阶段增加,其中粗蛋白、脂肪在盛花期最高,粗纤维在孕蕾期最高,成熟期3种营养物质含量最低;除脂肪外,粗蛋白、粗纤维不同时期含量差异较大,品种间差异显著。     

大麦SSR标记遗传多样性及其与农艺性状关联分析

【目的】分析大麦亲本材料的遗传多样性,寻找与部分农艺性状相关联的分子标记,为大麦杂交组合的配置及分子标记辅助育种提供依据。【方法】利用86个SSR标记对113份大麦亲本材料进行多态性扫描,并进行遗传多样性分析。挑选57个标记进行群体遗传结构分析,在此基础上采用Tassel 2.1 GLM（general linear model）和MLM（mixed linear model）方法进行标记与农艺性状的关联分析。【结果】86个标记共检测出200个等位变异,变异范围为1—5个;基因频率的变异范围为0.0088—1.0000,Shannon指数变异范围为0.0000—1.2236;遗传相似系数（GS）变异范围在0.5504—0.9897,平均值为0.7477。通过群体遗传结构分析将供试材料分为4个亚群。以GLM分析,发现9个与株高、穗长、芒长、穗粒数和小穗着生密度相关联的标记,各标记对表型变异的解释率在0.0507—0.2766;以MLM分析,发现6个与株高、芒长和小穗着生密度相关的标记,各标记对表型变异的解释率在0.0238—0.1999。【结论】利用SSR标记分析了113份大麦亲本材料的遗传多样性及群体遗传结构,并通过2种关联分析模型,分别寻找到了9个与株高、穗长、芒长、穗粒数相关联,6个与株高、芒长和小穗着生密度相关联的标记,这些标记位于1H、2H、3H、4H和7H染色体。     

SSR标记与扁穗牛鞭草农艺性状关联分析

利用SSR引物对44份外部形态差异较大的扁穗牛鞭草基因组进行扫描,结合农艺性状,进行性状与标记间的关联分析.结果表明,①扁穗牛鞭草群体的农艺性状存在较大变异,其中分蘖数变异最大,变异系数达34.8%,其次是单株生物量、叶长和茎叶比,变异系数也迭20%以上.②扁穗牛鞭草农艺性状间存在显著的相关关系,单株生物量与叶宽、茎直...     

江苏省糯玉米籽粒淀粉黏度性状与SSR标记的关联分析

以53份糯玉米自交系和30份单交种为试验材料,测定其籽粒淀粉黏度,并使用91对SSR标记对这些材料进行基因组扫描。在检测群体结构的基础上使用TASSEL软件的GLM方法进行关联分析。结果表明:①供试材料在7个淀粉黏度性状上均呈极显著差异。②自交系中共扩增出433个差异片段,平均每对引物扩增出5个;引物PIC值在0～0.841之间,平均为0.573。单交种中扩增出403个差异片段,平均每对引物扩增出4个,引物PIC值在0～0.841之间,平均为0.562。③表型数据聚类结果与分子标记聚类结果存在一定的相似性。④经线性整合的SSR位点组合间存在一定的连锁不平衡,不平衡程度D′大于0.5的组合数占总组合数的10.31%。⑤遗传结构分析将供试群体分为9个亚群体,共发现26个SSR标记与籽粒淀粉黏度性状相关联。⑥有11个SSR标记同时与2个或2个以上性状相关联,可能与这些性状高度正相关或一因多效有关。⑦关联标记对表型变异的总解释率较高,部分性状的解释率总和超过100%。     

高粱种质资源出苗相关性状与SSR标记的关联分析

选用54对均匀分布在高粱全基因组的SSR标记对110份高粱种质资源进行检测,研究高粱中胚轴长、胚芽鞘长、根长和百粒重4个出苗相关性状与SSR标记的关联性,以期为选育耐深播的优异高粱资源提供理论支持和材料保障.结果表明,高粱中胚轴长与根长呈显著(P≤0.05)负相关,与胚芽鞘长呈极显著(P≤0.01)正相关.胚芽鞘长、根...     

苦荞全基因组SSR位点鉴定及分子标记开发

【目的】系统鉴定苦荞基因组中的SSR位点并开发SSR分子标记,为SSR分子标记在苦荞中的应用奠定基础。【方法】利用MISA1.0软件对苦荞“品苦1号”全基因组序列中的SSR位点进行搜索,同时利用Primer 3.0批量设计引物,并随机选择50对引物进行多态性验证。【结果】共鉴定到148 830个SSR位点,他们分布在苦荞所有8条染色体上,平均每隔3.04 kb就有1个SSR位点。SSR有6种类型,即单核苷酸重复至六核苷酸重复,其中单核苷酸重复(82 047个)、二核苷酸重复(52 039个)和三核苷酸重复(11 699个)最多,占SSR总数的97.95%。全基因组共鉴定出171种碱基重复类型,其中A/T(53.143%)和AT/AT(30.038%)是最丰富的重复类型。共设计出128 706对SSR引物,随机选择合成50对引物对10份苦荞种质进行多态性检测,共有15对引物在苦荞种质中产生了较好的多态性,并可将10份苦荞种质分为4个类群。【结论】苦荞基因组含有丰富的SSR位点,其中单核苷酸重复和二核苷酸重复类型最为丰富,SSR位点平均距离为3.04 kb;开发的SSR分子标记具有良好的多...