荷花ISSR引物筛选及反应体系优化

利用加拿大哥伦比亚大学(UBC)公布的100条ISSR引物,以2个荷花品种的DNA为模板进行PCR扩增。采用单因素试验方法对荷花ISSR-PCR反应体系的5个因素(Mg2+、引物、dNTP、模板DNA、Taq酶)进行浓度优化,确定了荷花ISSR反应的25μL最佳扩增体系为:10×Taq Buffer 2.5μL,Mg2+3.0 mmol/L,dNTP 0.2 mmol/L,引物1.0μmol/L,Taq酶1.00 U,模板DNA 40 ng。筛选出8条扩增条带较好的ISSR引物,并对其引物进行梯度PCR试验,筛选出各引物对应的最佳退火温度,扩增共计获得61条ISSR条带。     

中国兰ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选

[目的]优化中国兰的ISSR-PCR反应体系,并筛选适用于中国兰ISSR分析的候选引物,为ISSR分子标记在中国兰的辅助育种及亲缘关系和遗传多样性分析等提供技术参考.[方法]以6个中国兰品种为材料,采集其叶片样品,分别用研钵法和研磨仪法进行破碎研磨,比较两种方法提取DNA的效果,利用L25(53)正交试验和单因素试验对DNA模板量、引物浓度、2×Taq Master Mix添加量、循环数和退火温度进行优化,建立最佳ISSR-PCR反应体系,并从ISSR分子标记通用引物中筛选适用于中国兰的ISSR分析候选引物.[结果]研磨仪法提取的DNA浓度明显高于研钵研磨法,但二者提取的DNA质量均较好(OD260/OD280为1.7~2.0).对ISSR-PCR反应体系扩增结果的影响程度排序为DNA模板量>引物浓度>2×Taq Master Mix添加量.综合考虑成本和DNA模板量,最佳ISSR-PCR反应体系(20.0μL):DNA模板10.0 ng、引物0.8μmol/L和2×Taq Master Mix 9.0μL.最佳循环数为35,最佳退火温度为49.6℃.基于上述优化结果,从100条引物中共筛选出42条适用于中国兰的ISSR候选引物.[结论]研磨仪法可有效提高中国兰基因组DNA的提取率和质量,且利用优化后的ISSR-PCR反应体系和扩增程序及筛选出的引物,扩增获得的条带清晰、稳定,多样性好,可用于中国兰的遗传多样性和亲缘关系等分析研究.     

亚麻ISSR的反应体系优化及引物筛选

使用引物U853对亚麻ISSR反应条件进行优化筛选。结果表明:20μL反应体系中,10×Buffer 2μL,Mg2+2.5 mmol/L,Taq酶1.5 U,基因组DNA 50 ng,dNTP 0.25 mmol/L,引物0.5μmol/L。PCR反应程序为:94℃4 min;94℃40 s,55℃1 min,72℃90 s,40个循环;72℃10 min。在该条件下,使用60条ISSR引物对3个有代表性的亚麻(原2003-84、K-6542、SXY8)DNA样品扩增,筛选出13条多态性好,重复性高的引物。     

早熟马铃薯 ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选

为得出马铃薯ISSR-PCR最佳的反应体系,采用正交试验设计,对rTaq DNA聚合酶、Mg2+、模板DNA、dNTPs和引物进行5因素4水平筛选.结果表明,马铃薯ISSR-PCR的最佳反应体系为:总体积25 μL的反应体系中含有rTaq DNA聚合酶0.5 U、Mg2+浓度为2.5 mmol/L、模板DNA用量为75 ng、dNTPs浓度为200 μmol/L、引物浓度为0.8 μmol/L.这些因素对PCR反应的影响大小顺序为Mg2+浓度＞rTaq DNA聚合酶用量＞dNTPs浓度=引物浓度＞模板DNA用量.应用该最佳反应体系对39条ISSR引物进行筛选,得出15条条带清晰、条带数多、重复性好的引物.并通过退火温度梯度试验得出筛选引物的最佳退火温度.     

亚麻ISSR的反应体系优化及引物筛选

对亚麻ISSR反应条件进行了优化。同时利用3个有代表性的亚麻样品从60条ISSR引物中筛选出13条多态性好、重复性高的引物,为亚麻的分子鉴定奠定了基础。     

高原鼠兔ISSR引物反应体系的优化与筛选

[目的]筛选和优化高原鼠兔(Ochotona curzoniae)适宜的ISSR反应体系,以在对高原鼠兔进行ISSR分析时获得清晰和多态性好的扩增结果。[方法]以高原鼠兔基因组DNA为模板,通过单因素试验,对体系中的模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq酶用量、引物用量、退火温度进行探讨。[结果]结果表明,高原鼠兔ISSR-PCR扩增的最佳条件为:25μl PCR反应体系,其中4lμDNA模板,1.5 mmol/LMgCl2,0.2 mmol/L dNTPs,1.25 UTaq聚合酶,1.5μmol/L引物,复性温度4560℃(退火温度随引物不同而确定)。用11条引物进行了PCR扩增,筛选出效果较好的6条引物。[结论]该反应体系的建立为鼠兔遗传多样性和分子系统学研究提供技术支持。     

枣树ISSR反应体系的建立及优化

为建立枣树适宜的ISSR反应体系, 以枣树叶片为材料,对ISSR反应体系中的主要影响因子进行了优化.研究了引物浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶及退火温度对扩增的影响.结果表明,在25 μL ISSR体系中各组分的适宜的浓度为:1×PCR buffer, 375 μmol/L dNTP, 0.2 μmol/L引物,1.5 U TaqDNA聚合酶.不同引物间适宜的退火温度不同.应用该ISSR体系对10个不同品种的枣材料进行了扩增,证实了该体系的适用性和稳定性.     

麻栗坡兜兰ISSR引物筛选及反应体系的优化

[目的]对麻栗坡兜兰ISSR引物进行筛选,并建立一个稳定性高、重现性好、适合麻栗坡兜兰ISSR反应体系。[方法]以麻栗坡兜兰DNA为模板,分别对Mg2+、dNTP、引物、Taq DNA聚合酶、DNA等PCR反应成分进行优化,并用优化的体系对25条兰科中报道的ISSR引物进行筛选。[结果]确立了麻栗坡兜兰最适ISSR-PCR反应体系:在25μl反应体系中,Mg2+2 mmol/L、引物0.4 mmol/L、dNTP 0.20 mmol/L、DNA 1.5μl、Taq酶1.4 U。利用该体系,共筛选得到10条ISSR引物用于麻栗坡兜兰分析,并对21份麻栗坡兜兰材料进行扩增,获得了较好的扩增效果。[结论]该体系稳定可靠,为今后ISSR标记在兜兰属植物的种质鉴定、遗传多样性等方面的广泛应用奠定了重要基础。     

蓝莓SRAP—PCR反应体系的建立优化及引物筛选

为进一步利用分子标记技术进行蓝莓品种鉴定及种质资源遗传多样性的分析,拟建立蓝莓新型SRAP标记(相关序列扩增多态性)的优化PCR体系并进行引物组合的筛选.运用改良CTAB法所提取的蓝莓幼嫩叶片的DNA,采用单因子试验,分析了模板DNA浓度、引物浓度、退火温度等影响SRAP-PCR的主要参数,建立了适合蓝莓SRAP-PCR的优化体系,20 μL的PCR反应体系:模板DNA浓度120 ng、引物浓度0.40μmoL/L、2×TaqPCR Master Mix 10 μL,剩余体积用去离子水补足;最佳PCR扩增程序的退火温度为50℃.并从80对SRAP引物组合中筛选出条带清晰且多态性丰富的15对引物组合.     

观赏海棠SRAP-PCR反应体系优化及引物筛选

以观赏海棠叶片DNA为模板,采用正交试验设计,以Mg^2＋、dNTP、引物、模板DNA和Taq DNA聚合酶5种因素4个水平,对观赏海棠的SRAP反应体系进行了研究,建立了观赏海棠的SRAP最佳反应体系,结果表明,观赏海棠SRAP-PCR最佳反应体系为：Mg^2＋ 2.50mmol·L^-1、dNTP0.2mmol·L^-1、引物0.4μmol·L^-1、Taq DNA聚合酶2U、10ng模板DNA,总体积为25μL。各因素对扩增反应结果均有不同影响,其中以dNTP浓度的影响最大,模板浓度的影响最小。运用该体系对观赏海棠4个种进行验证,证明该体系稳定可靠,并从70个SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的26个引物组合。这一体系的建立及多态性引物组合的筛选为今后利用SRAP标记技术进行观赏海棠的分子遗传学研究提供了科学的依据。     

金柑属ISSR反应体系的建立及优化

以融安金弹（F．crassifolia Swingle）为试材,利用正交设计和单因素试验相结合的方法,对ISSR反应体系中各个主要影响因子进行了优化筛选,结果表明,20μL的ISSR反应体系中各组分的最适浓度分别为：Mg^2＋1．60mmol／L,dNTPs0．15mmol／L,TaqDNA酶1．0U,引物0．2μmol／L模板1．2ng／μL．并利用该优化对金弹等21份金柑属材料进行了ISSR扩增,证实了该体系稳定和可靠性．     

月季ISSR反应体系的优化

以萨曼莎月季为材料,对影响ISSR-PCR扩增的主要影响因子进行了优化,建立了适于月季的ISSR反应体系:25μl反应体积中,1×Buffer、1.5 mmol/L Mg2 、1 U Taq DNA聚合酶、0.6μmol/L引物、0.48 mmol/LdNTPs、20 ng模板DNA;并将该优化体系应用于其他5个ISSR引物和6个月季品种,证实了该体系的适用性和稳定性。     

禺毛茛SRAP反应体系优化及引物筛选

以禺毛茛叶片DNA为模板,采用正交试验设计,以10×Buffer、Mg2+、dNTP和引物4种因素3个水平,对禺毛茛SRAP反应体系进行研究,并比较了不同浓度模板DNA、Taq酶用量对扩增效果的影响,建立了禺毛茛的SRAP最佳反应体系.结果表明,禺毛茛SRAP-PCR最佳反应体系为:20 μl反应体系中,10×Buffer 2.5 μl,25 mmol/L Mg2+ 2.5 μl,2 mmol/L dNTPs 1.5 μl,5 μmol/L引物1.0 μl,模板量为100～200 ng,Taq酶0.5 U.运用该体系对10份禺毛茛进行验证,证明该体系稳定可靠,并从100个SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的36个引物组合.这一优化的体系及多态性引物组合为利用SRAP标记技术进行毛茛属植物分子遗传学研究提供了科学依据.     

华东黄杉ISSR引物反应体系的优化与筛选

在研究华东黄杉(Pseudotsuga gaussenii Flous)的遗传多样性过程中,为了获得清晰、重复性好的ISSR扩增结果,对影响ISSR-PCR的多个因素包括模板浓度、Mg2 浓度、dNTPs浓度、Taq酶的用量、退火温度和循环次数等指标进行了筛选和优化,确定了华东黄杉ISSR-PCR分析的最佳扩增条件为:20μL PCR反应体系中,2μL10×Taq酶配套缓冲液,1.5 UTaq聚合酶(上海Promega公司),1.5~2.5 mmol/L MgCl2,0.2μmol/L引物,0.2 mmol/L dNTPs,10 ng/L模板DNA。用来自江西三清山的4个个体,以100个ISSR引物进行PCR扩增,筛选出扩增效果较好的12个引物。     

微齿菝葜CDDP-PCR体系优化、引物筛选及多态性分析

利用正交试验对微齿菝葜CDDP-PCR反应体系的模板DNA和引物浓度进行优化。最优CDDP-PCR反应体系为:2×Es Taq MasterMix酶(含染料) 10μL,0.4μmol/L引物,40 ng DNA模板,ddH_2O补齐至20μL。利用该优化体系从21条通用引物中共筛选出12条条带清晰、多态性好的引物。利用筛选好的引物对105个微齿菝葜样品进行扩增,共得到229个位点,其中多态性位点225个,占总位点数的98.25%。本试验表明CDDP分子标记对于微齿菝葜的遗传多样性分析、分子图谱构建及性状基因连锁研究具有重要价值。     

胡椒ISSR反应体系的建立与优化

旨在构建胡椒(Piper nigrum L.)基因组DNA的ISSR-PCR反应体系,以便为海南胡椒属植物的遗传多样性分析研究打下基础。利用单因素随机试验设计,对胡椒ISSR-PCR反应体系中各组分(TaqDNA聚合酶、dNTPs、模板DNA、引物和Mg2+)的浓度进行优化,同时筛选ISSR-PCR反应的循环数和最适退火温度。确定了最优的ISSR-PCR反应体系为:总体积20μL,其中Taq DNA聚合酶1.0 U,dNTPs 0.8 mmol/L,引物0.2 mmol/L,Mg2+1.8 mmol/L,模板DNA 50 ng。同时通过梯度PCR试验,确定引物最佳退火温度及最佳循环数。胡椒ISSR-PCR最佳反应程序为:95℃预变性5 min;94℃变性30 s,54.9℃(引物834)退火30 s,72℃延伸45 s,共计35个循环,循环结束后72℃延伸7 min,4℃保存。这一反应体系可成功地应用于海南胡椒属植物的遗传多样性分析。     

山核桃ISSR反应体系的优化

采用改良的CTAB法提取山核桃基因组DNA,该方法提取的DNA纯度与含量较高。以宁国山核桃居群为试材,用引物UBC810[序列为（GA）8T]研究了PCR反应体系的5种主要组分对山核桃ISSR扩增结果的影响。结果显示：除模板DNA含量外,其它因素均对扩增效果有明显影响。建立的反应体系为：20μL反应体系中DNA模板量30ng、引物浓度0.3μmol/L、dNTPs浓度0.3mmol/L、Mg2＋浓度2.0mmol/L、TaqDNA聚合酶用量1U。     

菊属ISSR反应体系的建立及优化

以菊属野生种和不同类型菊花品种为试验材料,通过正交试验对菊属ISSR-PCR反应体系进行初选,在此基础上对体系中的dNTP、引物、Mg2 、TaqDNA聚合酶、模板DNA等最佳浓度进行了筛选,通过稳定性检测,优化了菊花ISSR-PCR反应体系:总体积20μl,DNA模板量60 ng;引物浓度0.5μmol/L;dNTP浓度100μmol/L;Mg2 浓度1.875 mmol/L;Taq聚合酶1 U。     

海南野生荔枝ISSR反应体系优化及应用

为获得最佳野生荔枝ISSR反应体系,用引物(AG)_8YC,采用单因子试验,优化了ISSR反应体系。结果表明,总体系20μL中,含1．0×(1．5 mmol/L Mg~(2 ))Buffer,0．1～0．15mmol/L dNTPs,0．2μmol/L引物,1．0～1．25U Taq酶,70ng DNA模板,不足体积用无菌超纯水补足。并利用该优化后体系对23条ISSR引物进行筛选,对33份野生荔枝样进行ISSR扩增,证实了该体系稳定可靠。     

剑麻ISSR反应体系的建立及其优化

为利用ISSR分子标记进行剑麻遗传多样性分析和种质资源鉴定,分析了剑麻ISSR反应的主要参数对反应体系的影响。结果表明:25μL的反应体系中含150ng的模板DNA、10μLTaq聚合酶MIX、0.5μmol/L引物。优化的反应程序:94℃预变性5min;94℃变性30s,设定温度(51~60.3℃)退火45s,72℃延伸45s,循环35次;然后72℃延伸10min;筛选到16条适合剑麻扩增的ISSR引物。