中国草原红牛PDK4基因多态性及其与肉质性状的关联分析

【目的】 研究中国草原红牛丙酮酸脱氢酶激酶4（pyruvate dehydrogenase kinase 4，PDK4）基因多态性与肉质性状的关系。【方法】 挑选120头中国草原红牛为研究对象，采用Sanger测序法检测PDK4基因第1~11外显子的单核苷酸多态性（SNP）位点，分析SNP位点的基因型频率、基因频率及群体遗传参数等。利用SPSS 21.0软件对中国草原红牛PDK4基因SNP位点多态性与肉质性状（熟肉率、肉嫩度、失水率、pH、滴水损失、肌内脂肪含量、初水分含量、蛋白质含量）进行关联分析。【结果】 在中国草原红牛PDK4基因外显子8和外显子11上共检测到3个SNPs；PDK4基因第8外显子57 bp处存在1个SNP位点（G57C），且引起编码氨基酸的改变，存在GG、GC和CC 3种基因型；PDK4基因第11外显子在330和389 bp处存在2个SNPs位点（G330T和C389T），在G330T位点上存在GG、GT和TT 3种基因型；在C389T位点上存在CC、CT和TT 3种基因型。卡方适合性检验结果显示，中国草原红牛第8外显子G57C位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P<0.05），第11外显子的G330T和C398T符合Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）；群体遗传参数分析发现，第8外显子G57C突变位点属于低度多态性位点（PIC<0.25），等位基因数为1.1429，表明其在中国草原红牛中的变异较小；第11外显子G330T和C398T属于中度多态性位点（0.25<PIC<0.5），等位基因数分别为1.6431和1.6447，说明该遗传标记能够提供遗传信息。关联分析结果表明，PDK4基因第8外显子中G57C位点GG和CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GC基因型（P<0.05）；第11外显子G330T位点GG基因型滴水损失和初水分量显著高于GT基因型（P<0.05）；GG基因型肉嫩度显著高于TT基因型（P<0.05）；GT基因型肌内脂肪含量显著高于TT基因型（P<0.05），C389T处CT基因型失水率显著低于TT基因型（P<0.05）。【结论】 PDK4基因多态性与中国草原红牛肉质性状相关，可作为肉质性状的候选基因。     

利木赞牛杂交改良对草原红牛肉质的影响

将纯种草原红牛和含1/2利木赞血缘的改良草原红牛各16头在相同营养水平和饲养条件下进行10个月的集中舍饲育肥，研究了2组牛生长速度、产肉率及眼肌面积、大理石花纹和嫩度等肉质水平。结果显示, 改良牛的体高、体长、胸围、体质量、增重、屠宰率和净肉率等极显著或显著地高于草原红牛（P<0.01或P<0.05），改良牛的眼肌面积比草原红牛增8.39%，大理石花纹等级和嫩度剪切力值也略大于草原红牛，但差异均不显著(P>0.05)。试验结果表明，利木赞牛对草原红牛的肉用性能改良效果显著，且对草原红牛的肉质没有明显影响,草原红牛保持了其原有肉质好的品种特性。     

牛CAPN3基因多态性及与肉质性状相关性分析

以中国草原红牛、西门塔尔牛、利木赞牛、天一冈山黑牛为试验对象,利用PCR-SSCP结合测序的方法进行SNPs检测,并采用SPSS软件分析CAPN3基因的遗传多态性与肉质性状的关系。结果表明,仅在草原红牛及天一冈山黑牛中发现第46 414处（NC_007308）发生G→T的突变,且发生G→T突变的位点所对应不同基因型的个体,其大理石花纹、失水率、滴水损失和剪切力这些肉质性状存在显著差异,而西门塔尔牛和利木赞牛中未发现此突变。     

草原红牛m-calpain基因的多态性及其与肉质性状的关系

对草原红牛m-calpain的30 ku调节亚基的DNA序列通过PCR扩增得到1 830 bp大小的产物,这个产物序列包括从外显子4到外显子7的全部序列(包括它们之间的内含子序列).利用限制性内切酶 HhaⅠ对PCR产物进行酶切,并利用最小二乘线性模型初步探索了不同基因型与肉质性状间的关系.结果表明:在31头草原红牛群体中检测到2个等位基因A和B,2个等位基因的频率分别为0.355和0.645;检测到3种基因型AA、BB和AB,3种基因型的频率分别为0.161,0.452和0.387.草原红牛m-calpain基因中BB基因型对牛肉嫩度剪切力值有较大的影响(P<0.05); AA基因型对大理石花纹评分值有较大的影响(P<0.05).     

草原红牛IGFBP3基因多态性及与部分屠宰性状的相关性分析

以草原红牛为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测IGFBP3基因的多态性,并将不同基因型与部分屠宰性状进行相关分析.结果表明在第2内含子发现多态性位点,有AA、AB和BB 3种基因型;测序结果显示在8 069 bp处存在C→T的碱基突变;该位点的多态性对草原红牛的眼肌面积有显著影响(P<0.05),AA型显著高于BB型(P<0.05),但与AB型之间差异不显著(P>0.05);其他屠宰性状在不同基因型间差异不显著.由此可以初步推断IGFBP3基因可能是影响草原红牛肉质性状的一个主效基因或是一个与影响肉质性状的QTL连锁的基因.     

草原红牛肌生成抑制素基因内含子1多态性及部分屠宰性状的相关性分析

以草原红牛为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测肌生成抑制素(MSTN)基因内含子1基因的多态性.结果表明:在内含子1发现多态性位点,有AA、AB和BB 3种基因型;测序结果显示在1 452 bp处存在C→T的碱基突变;该位点的多态性对草原红牛的净内率有显著影响(P<0.05),BB型和AB型显著高于AA型(P<0.05),BB型和AB型之间差异不显著(P>0.05);其他屠宰性状在不同基因型间差异不显著(P>0.05).由此可以初步推断MSTN基因可能是影响草原红牛肉质性状的一个主效基因或是一个影响肉质性状的QTL连锁的基因.     

草原红牛微卫星标记与部分生产性能的相关研究

本研究以草原红牛为试验群体，对8个微卫星位点的多态性进行了检测并分析了其与部分生产性状的关系。结果发现8个微卫星位点中有5个位点与体高、体长、胸宽、胸深、腰角宽、胸围、腿围等性状显著相关；有8个位点与眼肌面积、失水率、熟肉率、净肉率、pH4R、屠宰率、滴水损失、剪切力和肌纤维直径等性状显著相关。     

延黄牛FGF19基因多态性与肉质性状的关联分析

研究旨在探究延黄牛成纤维细胞生长因子19(Fibroblast Growth Factor 19,FGF19)基因多态性与肉质性状的相关性。实验收集106头延黄牛背最长肌组织,采用PCR混池及Sanger技术探索延黄牛FGF19基因存在的SNP位点与肉质性状进行关联分析。结果显示,延黄牛FGF19基因第2内含子存在3个SNPs位点：Chr29:46943179A>G、Chr29:46943605T>A和Chr29:46943660G>A均存在3种基因型;χ2检验结果显示：第1、3处突变位点均显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P<0.05）,而第2处则处于平衡状态（P>0.05）;多态信息含量均表现为中度多态（0.25G位点AA基因型个体部分氨酸含量显著大于GG基因型;Chr29:46943605T>A位点的AA基因型个体蒸煮损失和眼肌面积极显著大于TT基因型,TT基因型个体压榨水分极显著小于TA基因型;AA基因型个体部分氨基酸含量显著大于TT基因型;Chr29...     

高坡猪肌肉生长抑制素基因多态性及其与肉质性状的相关性分析

为了探讨肌肉生长抑制素（myostatin,MSTN）基因的多态性对高坡猪肉质性状（水分、粗脂肪、粗蛋白质、粗灰分、眼肌面积、大理石纹、pH、肉色、嫩度、滴水损失、失水率）的影响,试验以MSTN基因作为肉质性状候选基因,以10月龄的50头高坡猪为研究对象,采用PCR扩增产物直接测序的方法对高坡猪MSTN基因3个外显子的单核苷酸多态性（SNP）进行研究,运用SPSS 20.0软件分析MSTN基因SNP与肉质性状的关联性。结果表明,仅在高坡猪MSTN基因第3外显子63 bp处检测到1个C/T突变位点,该突变为同义突变,未引起编码氨基酸的改变。基因型分析发现,仅有3个个体在该位点发生突变,CC基因型为优势基因型,C为优势等位基因,无TT纯合基因型。经χ²适合性检验分析,该SNP在研究群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。群体遗传参数分析发现,C63T标记位点的杂合度（He）相对较低,表明其在高坡猪群体中的变异较小;就多态信息含量（PIC）而言,该位点属于低度多态（PIC<0.25）,说明该遗传标记能够提供少量的遗传信息。将该位点的不同基因型与肉质性状指标进行关联分析表明,所有肉质性状指标在不同基因型间差异均不显著（P>0.05）。综上所述,MSTN基因外显子在高坡猪中存在多态性,但变异较少,相对保守,能否作为高坡猪肉质性状的遗传标记有待于扩大样本数量进一步研究。     

草原红牛胰岛素样生长因子结合蛋白6基因外显子2的遗传多态性及遗传效应分析

本试验旨在研究草原红牛不同基因型与屠宰肉用性状的关联性。选用草原红牛作为试验群体,采用PCR-SSCP方法检测胰岛素样生长因子结合蛋白6(insulin-like growth factors binding proteins 6,IGFBP6)基因外显子2的多态性,采用最小二乘法拟合线性模型将突变位点的不同基因型与牛屠宰肉用性状进行关联分析。结果表明,在IGFBP6基因外显子2上发现1个多态性位点A180G,具有3种基因型:AA、AB和BB。SPSS 13.0统计分析结果表明,IGFBP6基因外显子2 AB和BB基因型净肉重极显著高于AA基因型(P<0.01);眼肌面积和骨重显著高于AA基因型(P<0.05),而在宰前活重、胴体重、肾脂重和肋脂重方面3种基因型个体之间差异不显著(P>0.05)。结果显示,IGFBP6基因的多态性与屠宰肉用性状具有一定的关联性,可为今后草原红牛的育种保种工作提供理论依据,并对草原红牛肉用性状的改善提供参考。     

松辽黑猪与引入猪种肉品质性状的综合对比分析

为了对比松辽黑猪与引入猪种猪肉品质间的差异,试验以松辽黑猪、巴克夏猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪、杜长大三元猪及长大二元猪为试验对象,屠宰后采集背最长肌和腰大肌,测定嫩度、熟肉率、压榨水分、离心失水率、滴水损失、亮度(L^*)值、红度(a^*)值、黄度(b^*)值、pH_{24 h}值、初水分、肌内脂肪肉品质指标,分析不同品种和品种组合猪上述指标间的差异和相关性,并基于主成分分析方法对不同品种和品种组合猪的肉品质进行了综合评价。结果表明：松辽黑猪肌内脂肪最高(2.89%),巴克夏猪离心失水率最低(13.72%),长大二元猪滴水损失和L^*值最高(4.86%和58.46),杜长大三元猪初水分最低(67.91%)。肌内脂肪与pH_{24 h}值呈极显著正相关关系(P<0.01),与压榨水分和离心失水率呈极显著负相关关系(P<0.01)。各指标通过降维处理后得到6个主成分,其累计贡献率达88.143%,第1主成分的贡献率最大,该成分与肌肉系水力相关,大白猪、长大二元猪第1...     

能量与吡啶羧酸铬的互作效应对肥育猪肉质性状的影响

试验旨在研究能量与吡啶羧酸铬的互作效应对肥育猪肉质性状的影响。选择体重60 kg左右,杜×长×大三元杂交肥育猪36头,分为4组,分别饲喂低能日粮、低能+吡啶羧酸铬日粮、高能日粮、高能+吡啶羧酸铬日粮进行试验,对肥育猪背最长肌的肉色、pH值(屠宰后24 h)、大理石花纹、肌内脂肪(intramuscular fatI,MF)含量、剪切力、滴水损失、熟肉率、肌肉糖原含量指标进行测定。结果表明:①能量水平对肉色评分、滴水损失有极显著的影响(P<0.01);②能量水平对肌内脂肪(IMF)有显著影响(P<0.05);③能量水平对pH值、大理石花纹、剪切力、熟肉率、肌糖原含量均无显著影响(P>0.05);④添加吡啶羧酸铬对肉色评分、pH值I、MF、大理石花纹、滴水损失有极显著的影响(P<0.01);⑤添加吡啶羧酸铬对熟肉率、肌糖原含量有显著影响(P<0.05);⑥添加吡啶羧酸铬对剪切力无显著影响(P>0.05);⑦能量与吡啶羧酸铬互作对大理石花纹、熟肉率有显著影响(P<0.05);对其他肉质性状均无显著影响(P>0.05);⑧在低能日粮中添加200μg/kg吡啶羧酸铬,提高了肉色评分p、H值I、MF含量、大理石花纹和熟肉率;并降低了肌糖原含量。综上所述,在育肥后期采用低日粮能量水平并添加200μg/kg吡啶羧酸铬可改善肉质。     

中国西门塔尔牛CAPN1基因SNPs及其与经济性状关联分析

本研究旨在分析CAPN1基因部分SNPs与中国西门塔尔牛经济性状的关联性.试验选取同龄、同场的135头中国西门塔尔牛为材料,利用PCR-RFLP方法检测CAPN1 316和CAPN1 4751 2个SNPs位点的多态性,并进行方差分析.结果发现,CAPN1 316 SNP位点与大理石花纹显著相关(P＜0.05),杂合子AB基因型个体的大理石纹评分显著高于AA和BB基因型个体(P＜0.05);CAPN1 4751位点与大理石花纹和剪切力显著相关(P＜0.05),大理石花纹性状中杂合子AB基因型个体评分显著高于AA基因型个体,剪切力性状中BB基因型个体显著高于AA基因型个体.结果表明,CAPN1 316和CAPN1 4751位点适合用于中国西门塔尔牛眼肌、肌肉大理石花纹的分子标记选择.     

中国西门塔尔牛血管生成素样蛋白3基因多态性及其与肉质性状的关联性分析

本研究旨在分析血管生成素样蛋白3(angiopoietin-like protein 3,ANGPTL3)基因的单核苷酸多态性(SNPs)及其与中国西门塔尔牛肉质性状的关联性,寻找可用于辅助选择的分子标记。随机选取饲养条件相同的98头中国西门塔尔牛为研究对象,采用PCR-SSCP技术结合DNA测序技术检测ANGPTL3基因的SNP。运用SPSS 19.0软件对ANGPTL3基因的不同基因型与肉质性状进行关联性分析。经测序发现,ANGPTL3基因外显子4中存在1个突变位点G7358C,存在2种基因型:CD、DD。关联性分析结果表明,G7358C突变位点的不同基因型与胴体脂肪覆盖率、眼肌面积、肌内脂肪和大理石花纹差异显著相关(P0.05),CC基因型个体胴体脂肪覆盖率、眼肌面积、肌内脂肪和大理石花纹显著高于CD基因型个体(P0.05)。试验结果表明,G7358C位点的CC基因型为优势基因型,与胴体脂肪覆盖率、眼肌面积、肌内脂肪和大理石花纹等肉用性状有相关性,ANGPTL3基因有望作为分子标记辅助选择的候选基因。     

不同牛群体间钙蛋白酶1基因第14内含子4685bp位点的多态性分析

本研究采用PCR-RFLP技术分析了钙蛋白酶1(CAPN1)基因第14内含子4685bp位点在东北地区特色养殖品种草原红牛、延边黄牛及不同二元杂交品种红安格斯牛×西门塔尔、利木赞×西门塔尔、德国黄牛×西门塔尔和夏洛莱×西门塔尔等群体间的多态性。结果表明,4685bp位点无论是基因型频率还是等位基因频率,在以上牛群体间均存在较大差异。延边黄牛中CT基因型作为优势基因型其频率达到0.53,CC及TT基因型频率差异不大,分别为0.27和0.20;德国黄牛×西门塔尔二元杂交牛中TT、CT基因型具有非常高的基因型频率,分别达到0.50和0.40,而CC基因型则只有0.10,T等位基因频率高达0.70,C等位基因频率仅为0.30。其他二元杂交品种无论是基因型频率还是等位基因频率上均与延边黄牛相类似。本研究中最值得关注的是草原红牛中4685bp位点仅存在1种基因型,即为TT型,未发现C等位基因的存在。3种牛群体间4685bp位点基因型频率的比较,为进一步分析该位点与肉质嫩度的相关性奠定了基础。     

草原红牛改良群体H-FABP基因SNP及其与肉质性状的相关分析

试验采用PCR-SSCP的方法对含1/2利木赞血缘的改良草原红牛的H-FABP基因5’-调控区进行SNP分析,并分析其多态性与改良草原红牛肉质性状的相关性。结果表明:改良草原红牛H-FABP基因5’-调控区存在多态位点,在136位点发生1个T碱基的插入突变,在142位点,发生了G→A转换。相关分析结果显示剪切力在AA和AB、BB基因型间差异极显著(P<0.01),AB与BB基因型间差异不显著(P>0.05),A基因对剪切力有负效应,其余肉质性状在不同基因型间差异均不显著(P>0.05)。表明H-FABP基因对改良草原红牛肉质嫩度有显著影响。     

草原红牛改良群体H FABP基因SNP及其与肉质性状的相关分析

试验采用PCR-SSCP的方法对含1/2利木赞血缘的改良草原红牛的H-FABP基因5’-调控区进行SNP分析,并分析其多态性与改良草原红牛肉质性状的相关性。结果表明：改良草原红牛H-FABP基因5’-调控区存在多态位点,在136位点发生1个T碱基的插入突变,在142位点,发生了G→A转换。相关分析结果显示剪切力在AA和AB、BB基因型间差异极显著（P<0.01）,AB与BB基因型间差异不显著（P>0.05）,A基因对剪切力有负效应,其余肉质性状在不同基因型间差异均不显著（P>0.05）。表明H FABP基因对改良草原红牛肉质嫩度有显著影响。     

日粮中C3、C4植物含量对牛肉品质和主要化学成分的影响

为探讨C₃和C₄植物在日粮中的含量对牛肉品质和主要化学成分的影响,本试验选用大豆粕、小麦麸、小麦、棉籽饼、苜蓿干草作为C₃植物试验材料,选用黄贮玉米秸、玉米酒精糟、玉米作为C₄植物试验材料,选用36头西门塔尔杂种公牛作为试验动物开展了肥育和屠宰试验。结果表明,日粮中C₄植物含量对肥育牛增重、牛肉的脂肪酸、氨基酸(其中甘氨酸不确定除外)、水分含量以及牛肉的剪切力、蒸煮损失率、滴水损失率、大理石花纹评分和眼肌面积均没有显著的影响。日粮中C₃植物含量对肥育牛增重、牛肉的脂肪酸(其中十七烷酸不确定除外)、氨基酸(其中丝氨酸和苏氨酸不确定除外)、水分含量以及牛肉的剪切力、蒸煮损失率、大理石花纹评分和眼肌面积也均没有显著的影响。     

湘村黑猪sirt2基因多态性及其与肉质性状的关联分析和组织表达研究

本研究旨在探索沉默信号调节子家族(silent information regulator 1-7,SIRT1-7)sirt2基因在湘村黑猪不同组织间的表达及其多态性与肉质性状间的关联性,以期寻找与湘村黑猪肉质性状相关的分子标记。采用PCR-RFLP方法和基因测序技术对湘村黑猪sirt2基因多态位点进行分析,采用实时荧光定量PCR技术对sirt2基因在湘村黑猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胰腺、后腿肌和背最长肌8个组织中的相对表达量进行分析,利用SAS 9.4软件对sirt2基因突变位点不同基因型与肌肉色值、pH_(45 min)、pH_(24 h)、滴水损失、失水率、肌内脂肪、嫩度和眼肌面积进行关联分析。结果显示,在湘村黑猪sirt2基因第8外显子扩增片段中的240 bp处发现1处C→T碱基突变,编码氨基酸由精氨酸(Arg)变为半胱氨酸(Cys),为错义突变,并形成CC、CT和TT 3种基因型,CC基因型为优势基因型,C为优势等位基因,经χ~2检验表明该突变位点偏离哈代-温伯格平衡;该位点群体纯合度较高,有效等位基因数为1.301,多态信息含量为0.205,为低度多态(PIC<0.25)。基因多态性与肉质性状关联分析结果表明,TT基因型肉色L~*值和滴水损失显著低于CC和CT基因型(P<0.05),CC基因型失水率显著高于CT和TT基因型(P<0.05)。sirt2基因在湘村黑猪8个组织中均有表达,其中在背最长肌中相对表达量最高,与肺脏中表达量差异不显著(P>0.05),但显著高于心脏、肝脏、脾脏、肾脏、胰腺和后腿肌(P<0.05),且心脏、肝脏、脾脏、肾脏和胰腺中相对表达量差异均不显著(P>0.05)。本试验结果表明,sirt2基因对湘村黑猪肉质性状的发育有一定影响,可作为影响湘村黑猪肉质性状的候选基因进行深入研究。     

延边黄牛TG基因多态性与胴体和肉质性状相关性分析

选取105头延边黄牛为研究对象,利用克隆测序的方法寻找延边黄牛甲状腺球蛋白(thyroglobulin,TG)基因多态性,采用PCR-RLFP方法进行多态性检测,并与胴体和肉质性状进行了关联分析。结果表明,在TG基因第48外显子上发现C218T和A430G2个突变位点,其中C218T位点的不同基因型与大理石花纹存在显著相关,CC基因型个体大理石花纹等级显著高于CT型个体(P<0.05)。A430G位点的不同基因型与宰前活重和眼肌面积存在显著相关,GG基因型个体的宰前活重和眼肌面积显著高于AA型和AG型个体(P<0.05)。其他性状在2个位点的不同基因型间差异不显著。因此,C218T和A430G位点可能是影响延边黄牛胴体和肉质性状的分子标记。