基于mtDNA D-loop序列探究门源白牦牛与天祝白牦牛间的遗传差异

为从分子水平上探究青海省门源白牦牛与甘肃省天祝白牦牛间的母系遗传差异,本研究对31头门源白牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行测定,结合GenBank中已报道的235条天祝白牦牛相应序列,对共计266条白牦牛D-loop序列进行了综合分析。结果表明,在截取的638 bp白牦牛D-loop区分析序列中,排除64处插入或缺失后共检测到80个多态位点,包括5个单一多态位点和75个简约信息位点。根据序列间核苷酸变异共确定了56种单倍型,其中门源白牦牛拥有特有单倍型7种,天祝白牦牛包含特有单倍型43种,二者共享的单倍型只有2种。门源白牦牛单倍型只分布在A、B和C单倍型组中,而天祝白牦牛单倍型分布在A、B、C、D、E和F单倍型组中,并含有4种普通牛单倍型序列,提示天祝白牦牛中存在普通牛遗传渗入。门源白牦牛单倍型多样度为0.862,核苷酸多样度为0.007,而天祝白牦牛单倍型多样度为0.946,核苷酸多样度为0.014,表明天祝白牦牛的遗传多样性水平高于门源白牦牛。门源白牦牛与天祝白牦牛间的遗传分化指数(Fst)为0.114,表明2个品种(群体)间呈中等分化水平。系统发育分析结果显示,56种单倍型可分为2个明显的分支(即Ⅰ和Ⅱ),表明白牦牛有2个母系起源。综上所述,天祝白牦牛的遗传多样性水平高于门源白牦牛,门源白牦牛母系遗传多样性较低;2个品种(群体)间呈中等遗传分化水平,天祝白牦牛存在一定程度的普通牛基因渗入;2个品种(群体)均由2个母系支系组成,提示白牦牛有2个母系起源。鉴于2个品种(群体)间呈中等遗传分化水平,且都拥有特有的单倍型遗传信息,故建议将其均作为独立的"遗传单元"进行遗传资源保护进而开展保种和选育实践。     

天祝白牦牛和甘南牦牛DRB3基因外显子2多态性研究

试验通过对天祝白牦牛和甘南牦牛DRB3基因外显子2部分CDS序列进行分析,获得其准确单倍型,通过直接测序与聚合酶链式扩增阻碍突变系统(ARMS)扩增法获得干净的单链,对高度杂合的双链进行分型。结果发现65个SNPs,1个密码子的插入缺失,获得30个单倍型,其中有7个单倍型是首次发现,应该是天祝白牦牛和甘南牦牛特有的单倍型。通过对已知牛属所有DRB3基因外显子2单倍型与本研究发现的单倍型进行分析发现天祝白牦牛和甘南牦牛分享普通牛和瘤牛单倍型,可能有普通黄牛和瘤牛的遗传背景,且DRB3基因外显子2的4、25、30、53、59、62、63、66、78氨基酸位点受到了正选择的影响,主要发生在天祝白牦牛群体里,这与天祝白牦牛长期选育白毛有一定的关系。     

青海省同德牦牛群体的父系遗传多样性及遗传背景探析

【目的】为从分子水平上揭示青海省同德牦牛的父系遗传多样性、群体遗传结构和遗传背景。【方法】本研究对32头同德公牦牛使用5个Y-SNPs标记（SRY4、USP9Y、UTY19、AMELY3和OFD1Y10）和1个Y-STR标记（INRA189）进行PCR扩增、测序和分型,使用BioEdit、Arlequin和Network等生物信息学软件综合分析同德牦牛的父系遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。【结果】32头同德牦牛5个Y-SNPs标记即SRY4（969bp）、USP9Y（470bp）、UTY19（290bp）、AMELY3（971bp）和OFD1Y10（763bp）的PCR扩增产物测序长度与先前研究结果一致,INRA189标记分型分析共检测到155bp、157bp和159bp 3个等位基因;在同德牦牛群体AMELY3标记中检测到一个新的Y-SNP位点（即g.719 C>T）;基于5个Y-SNPs标记11个Y-SNPs位点和INRA189标记3个等位基因的联合分型,共确定了6种Y染色体单倍型（即Y1H1、Y1H2、Y1H3、Y1H4、Y1H5和Y2H6）,Y染色体单倍型多样度（Hd）为0.714±0.060,表明同德牦牛具有丰富的父系遗传多样性;系统发育分析显示同德牦牛由2个父系支系组成（即Y1和Y2）,提示其拥有2个父系起源。【结论】同德牦牛拥有特殊的父系遗传信息,具有丰富的父系遗传多样性,由2个父系支系组成,拥有2个父系起源。     

青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性及支系组成

[目的]从分子水平上探究青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法]对49头格尔木牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行了测定,后使用DnaSP 5.10.01、Arlequin 3.11和MEGA 5.05等生物信息学软件确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度和单倍型多样度大小,并进行系统发育分析。[结果]在截取的618 bp格尔木牦牛D-loop区分析序列中,排除1处插入(缺失)后共检测到45处多态位点,包括10处单一多态位点和35处简约信息位点;根据序列间核苷酸变异共确定了18种单倍型,其中单倍型H4为优势单倍型,核苷酸多样度为0.015±0.008,单倍型多样度为0.911±0.022。与野牦牛及大通、天祝、金川等其他家牦牛品种相比,格尔木牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较高,表明该群体具有丰富的母系遗传多样性。以美洲野牛为外群,邻接法(即NJ法)构建的系统发育树结果显示：格尔木牦牛群体18种单倍型分布在A、B、C、D和G 5种单倍型组中,且聚为3个大的分支,提示格尔木牦牛由3个母系支系组成,拥有3个母系起源。[结论]格尔木牦牛群体具有丰...     

天祝白牦牛保种模式探讨

[目的]为保护天祝白牦牛品种内丰富的遗传多样性.[方法]产区根据不同地域白牦牛体型外貌的细微差异,实施小群保种的"群体分割,多点保存"的模式,分区域建立了X、N、D、H、J、DY六个不同血统的保种区,对其运行的情况系统调查分析.[结果]表明,N、D、DY型血统符合品种标准要求的存栏数分别达到390头、353头和80头,X、H、J型分别达增加4.42倍、8.96倍和8.82倍;核心群数量X型提高96.67%,N、D、H、J、DY型分别增加90头、53头、75头、58头和80头;组建选育群(群/头数)X、H和J型分别新增15/1100、14/880和12/820,N、D型新增5/300和5/300;一、二等牛所占比例X型血统提高15个百分点, N、D、H、J、DY型血统分别达到28%、30%、31%、29%、34%.[结论]该模式,保种效果显著,符合产区的自然生态条件和生产实际.     

青海省门源白牦牛mtDNA D-loop区遗传多样性及母系起源

为从分子水平上探究青海省门源白牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究对31头门源白牦牛线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定和比对分析,确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度、单倍型多样度及平均核苷酸差异数大小,并构建系统发育树。结果表明,门源白牦牛mtDNA D-loop区序列长度为892～896bp,排除5处插入/缺失后共发现38处多态位点,包括24处单一变异位点和14处简约信息位点;依据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度为0.901±0.030,核苷酸多样度为0.006±0.004,平均核苷酸差异数为5.17,提示门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性。以普通牛为外群,邻接法(NJ法)构建的系统发育树结果显示,13种单倍型分为明显的2个分支,表明门源白牦牛有2个母系起源。综上所述,本研究结果表明门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性,由2个母系遗传分支组成,具有2个母系起源。     

唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性及遗传结构分析

[目的]从分子水平上探究青海省唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法] 对52头唐古拉山牦牛个体mtDNA D-loop区序列进行测定后,使用生物信息学软件分析确定其核苷酸变异位点和单倍型数目,计算单倍型多样度和核苷酸多样度大小,并进行系统发育分析。[结果] 在619 bp唐古拉山牦牛D-loop区序列分析中,排除2处插入（缺失）后共检测到31处多态位点,包括单一多态位点5处和简约信息位点26处。根据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.821±0.043和0.007±0.004。与我国其他18个家牦牛品种和野牦牛相比,唐古拉山牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较低,表明该群体遗传变异较为贫乏,母系遗传多样性水平较低。以美洲野牛为外群,邻接法（即NJ法）构建的系统发育树结果显示：唐古拉山牦牛群体13种单倍型分布在A、B、C、D和E五种单倍型组中,且聚为2个大的母系分支（即I和II）,支系Ⅰ占比为77%,提示唐古拉山牦牛由2个母系支系组成,拥有2个母系起源且以支系Ⅰ为主。 [结论] 唐古拉山牦牛母系遗传多样性水平较低,由2个母系支系组成,以支系Ⅰ为主,推测其有2个母系起源。     

囊谦青牦牛母系遗传多样性及遗传背景探析

为从分子水平上揭示青海省囊谦青牦牛的母系遗传多样性、群体结构及遗传背景,对31头囊谦青牦牛mtDNA D-loop区序列进行PCR扩增、测序和序列比对分析,确定序列变异位点和单倍型数目,计算单倍型多样度和核苷酸多样度大小,并进行系统发育分析。结果表明,在囊谦青牦牛618 bp D-loop区序列分析中,共检测到34个多态位点,包括8个单一多态位点和26个简约信息位点。根据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.846±0.055和0.011±0.005。与野牦牛及我国其他18个家牦牛品种相比,囊谦青牦牛群体核苷酸多样度和单倍型多样度值均较低,表明囊谦青牦牛母系遗传多样性水平较低。以美洲野牛为外群构建的系统发育树结果显示,囊谦青牦牛群体的12种单倍型分布在3种单倍型组A、C、D中,且聚为2个大的分支,提示囊谦青牦牛由2个母系支系组成,拥有2个母系起源。综上,囊谦青牦牛群体母系遗传多样性较低,由2个母系支系组成,推测其有2个母系起源。     

不同地方品种牦牛IGF-1基因的PCR-SSCP分析

为了检测高原地区4个不同地方牦牛品种IGF-1基因第1外显子和第2外显子的多态性,采用PCR-SSCP分析了牦牛IGF-1基因在天祝白牦牛、甘南牦牛、青海高原牦牛及培育品种大通牦牛4个品种中的遗传多态性。结果表明:牦牛IGF-1基因的第1外显子不存在遗传多态性;第2外显子在4个品种中检测到了AA、AB和BB基因型,而且A等位基因为4个牦牛群体的优势等位基因,分布较高。在4个品种中,天祝白牦牛AA基因型频率最高,达到0.8559,而大通牦牛、甘南牦牛和青海高原牦牛则相对较低,分别为0.8333、0.6970和0.5689。大通牦牛和天祝白牦牛,青海高原牦牛和甘南牦牛基因和基因型相近,其它牦牛群体之间基因和基因型存在差异。     

天祝白牦牛产业可持续发展思考

天祝白牦牛是珍贵的地方牦牛品种。通过对天祝白牦牛产业资源优势分析提出了可持续发展的建议。以期天祝白牦牛产业在振牛产业在振兴当地经济保护青藏高原生物多样性方面起到重要作用。     

浅析天祝白牦牛产业化发展

<正>天祝白牦牛已被列入《全国家畜品种志》、《甘肃省家畜品种志》和全国78个重点保护品种名录。经对天祝白牦牛产业化发展的基本情况、发展现状、主要问题的调查与分析,就天祝白牦牛产业化     

野牦牛及青海地方牦牛品种全线粒体基因组母系遗传多样性、分化及系统发育分析

旨在从分子水平上探究野牦牛及青海地方牦牛品种的母系遗传多样性、群体遗传结构、亲缘关系和遗传背景。本研究在测定青海省4个地方牦牛品种(即青海高原、环湖、雪多和玉树牦牛)22条全线粒体基因组(Mitogenome)序列的基础上,从GenBank下载了已公布的野牦牛及上述4个地方牦牛品种的142条相应序列,使用BioEdit 7.2.5、Arlequin 3.11和Network 10.1等软件对共计164条线粒体基因组序列进行综合分析。结果显示：1)根据序列间核苷酸变异共确定了115种单倍型,其中野牦牛和青海地方牦牛品种分别拥有22种和93种单倍型;在野牦牛和青海高原、环湖、雪多、玉树牦牛中分别检测到22、26、18、23、19种特有的单倍型。遗传多样性分析显示,野牦牛单倍型多样度最高(0.992 8±0.014 4),且高于4个青海地方牦牛品种的单倍型多样度(0.973 1±0.007 7);4个青海地方牦牛品种单倍型多样度大小依次为：雪多牦牛(0.988 5±0.012 6)、玉树牦牛(0.975 8±0.018 7)、青海高原牦牛(0.973 0±0.016 6)和环湖牦牛(0.939 3±0.027 8)。2)野牦牛与环湖牦牛之间的固定分化指数值(F_ST值)最大(0.041 2),分化程度最高,而与玉树牦牛间的F_ST值最小(-0.008 8),分化程度最低。青海4个地方牦牛品种中,雪多牦牛与青海高原牦牛之间F_ST值最大(0.035 8),分化程度最高,而雪多牦牛与环湖牦牛间F_ST值最小(0.011 2),分化程度最低。3)聚类分析显示,4个青海地方牦牛品种各自为1类,存在明显的母系遗传差异。相比而言,环湖牦牛和雪多牦牛聚类较近,青海高原牦牛和玉树牦牛聚类较近,而野牦牛与玉树牦牛聚类关系更近,各品种(群体)间的聚类结果与其分化程度、地理分布一致。4)系统发育分析表明,115种单倍型分布在3个大的母系遗传分支(即Mt-Ⅰ、Mt-Ⅱ和Mt-Ⅲ),其中Mt-Ⅰ支系所占比例为72.17%,由A、B、E和F 4种单倍型组构成;Mt-Ⅱ支系包括C、D和H 3种单倍型组,占26.09%;而Mt-Ⅲ支系只包含G单倍型组,由雪多牦牛和野牦牛所拥有,所占比例为1.74%,提示牦牛有3个母系起源。综上所述,野牦牛和青海4个地方牦牛品种均具有丰富的母系遗传多样性,其多样性水平由高到低依次为野牦牛、雪多牦牛、玉树牦牛、青海高原牦牛和环湖牦牛。青海4个地方牦牛品种间及与野牦牛间的遗传分化程度均较弱,但各自拥有特有的母系遗传信息,存在明显的母系遗传差异。野牦牛和青海家牦牛品种由3个母系支系组成,推测牦牛有3个母系起源。     

天祝白牦牛产业可持续发展思考

天祝白牦牛是珍贵的地方牦牛品种.通过对天祝白牦牛产业资源优势分析提出了可持续发展的建议.以期天祝白牦牛产业在振牛产业在振兴当地经济保护青藏高原生物多样性方面起到重要作用.     

提高天祝白牦牛繁殖力的措施

本文对影响天祝白牦牛繁殖力的遗传、环境、营养、管理等因素进行了分析,提出了加强草原生态建设;强化对繁殖牛群的饲养管理;适时断奶,挖掘母牦牛的繁殖潜力;使用生殖激素调控,促进母牦牛及早发情;开展遗传改良等提高天祝白牦牛繁殖力的措施,以期为提高白牦牛生产性能和养殖效益提供参考。     

4个牦牛品种的RAPD遗传多样性研究

研究采用RAPD分子标记技术对麦洼、九龙、大通和天祝白牦牛等4个牦牛品种共124头牦牛进行了遗传多样性分析.结果表明:①每个RAPD引物扩增的DNA片段数在18～33个,且所有品种均表现多态,标记多态频率平均为38.63%,检测片断大小在0.25～5 kb之间;②用Shannon多样性指数公式计算牦牛品种的遗传多样性指数(H0),结果显示九龙、麦洼、大通、天祝白牦牛的遗传多样性指数分别为0.311、0.262、0.252和0.216;③采用Rogers遗传距离公式分析4个牦牛品种间的遗传距离(DR)结果:天祝白牦牛与九龙牦牛遗传距离最大(0.0414),与大通牦牛的距离最小(0.0383);④根据DR值,将4个牦牛品种聚为两大类,九龙牦牛聚为一类,其它3个牦牛品种聚为一类.大通牦牛和天祝白牦牛在较近的水平上首先聚为一类,然后与麦洼牦牛聚为一大类.     

牦牛品种的AFLP分析及其遗传多样性研究

采用AFLP分子标记技术对麦洼牦牛、九龙牦牛、大通牦牛和天祝白牦牛进行了遗传多样性分析,结果表明:7个AFLP引物组合共获得156个片段,其中98个为多态性标记,标记多态频率为34.8%~54.65%,平均每对引物可获得17.57条带。九龙牦牛、麦洼牦牛、大通牦牛、天祝白牦牛的Shannon遗传多样性指数分别为0.268、0.251、0.160、0.130,九龙牦牛最大,麦洼牦牛次之,天祝白牦牛最小。用Rogers遗传距离公式分析得到4个牦牛品种间的遗传距离DR,天祝白牦牛与九龙牦牛遗传距离最大(0.028 2),天祝白牦牛与大通牦牛的距离最小(0.025 3)。根据DR值,将4个牦牛品种聚为两大类,九龙牦牛聚为一类,其它3个牦牛品种聚为一类。     

金川牦牛和中国西门塔尔牛肉品质差异研究

[目的]为从分子水平探究隆林黄牛的遗传多样性及父系起源。[方法]利用PCR测序及生物信息方法,对20头隆林黄牛公牛的2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)进行多态性检测。[结果]结果显示,20头隆林黄牛中有14头为Y3单倍型组(70%),有6头牛为Y2单倍型组(30%),Y染色体单倍型多样度为0.4421±0.0875,表明隆林牛具有丰富的Y染色体遗传多样性。[结论]隆林黄牛具有瘤牛和普通牛2个父系起源,以瘤牛父系起源为主。     

天祝白牦牛IFN-γ、IL-2和MHC抗病基因多态性研究

牦牛是生长在青藏高原的重要哺乳动物,需要较强的疾病抵抗力才能适应环境。天祝白牦牛是甘肃省的牦牛地方类群,是我国稀有且珍贵的遗传资源,享有草原“白珍珠”的美称。为了研究牦牛抗病性与IFN-γ、IL-2、MHC基因多态性之间存在的关系,本试验以天祝白牦牛为研究对象,利用PCR扩增技术和SSCP技术分析IFN-γ、IL-2和MHC基因的多态性。结果显示：IFN-γ只有一种基因型,IL-2未检测出基因型,MHC具有两种基因型。结论：天祝白牦牛抗病性主要与MHC基因的表达密切相关。     

青海省互助县白牦牛资源调查报告

青海省白牦牛是牦牛中的一个经济类型，主要分布在大通和河流域两岸、门原县仙来、珠固、互助县的巴扎、松多和甘肃省天祝县境内。白牦牛作为世界上稀有的牦牛地方类群和遗传资源，和高原牦牛并立国家家畜品种志中，获得了“高原白珍珠”的美誉。互助县的北山地区是白牦牛的主产区，但近年来自牦牛存栏数量逐年减少。     

柴达木黄牛Y染色体单倍型组构成及父系起源——基于USP9Y基因多态性的分析

为从分子水平上探究柴达木黄牛的父系遗传多样性、起源及群体遗传结构,对62头柴达木黄牛公牛进行Y染色体USP9Y基因多态性分析。结果表明:柴达木黄牛USP9Y基因的PCR产物显示471 bp和552 bp 2种带型,其中552 bp带型不能被Ssp I酶酶切,这2种带型对应Y1和Y2 2种普通牛Y染色体单倍型组,表明柴达木黄牛含有Y1和Y2 2个父系支系,有2个普通牛父系起源。单倍型多样度为0.3369,说明柴达木黄牛具有较低的父系遗传多样性。