基于网络药理学探究中药黄连抗菌作用机制

试验旨在基于网络药理学方法探究中药黄连主要活性成分的抗菌作用机制。从TCMSP数据库筛选黄连有效成分及作用靶点，利用Uniprot数据库转化成相应靶点基因，将活性成分和靶点基因导入Cytoscape 3.6.1软件，构建活性成分-靶点网络图。再结合GeneCards数据库检索黄连抗菌相关靶点，将核心靶点基因上传至STRING平台，构建蛋白相互作用网络，最后，利用DAVID数据库对关键靶点进行GO生物学过程分析和KEGG通路富集分析。结果显示，黄连9种有效成分作用于105个抗菌靶点参与22条生物学过程（生物过程18条、分子功能3条、细胞组成1条）和19条相关信号通路。其中黄连的主要有效成分为槲皮素、氢化小檗碱、氧化小檗碱、小檗碱和巴马汀等；抗菌作用靶点为IL2、VCAM1、STAT1、NOS2、TGFB1、CASP9、MMP1、NFKBIA和CXCL10等；参与的生物学过程主要包括炎症反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节、对脂多糖的反应、凋亡过程的负调节、细胞黏附等；主要作用于Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、NF-κB信号通路等。本试验结果表明，黄连可能通过槲皮素、小檗碱、巴马汀等活性成分作用于IL2、VCAM1、STAT1等关键靶标参与Toll样受体信号通路、TNF信号通路联合发挥抗菌作用，充分体现了黄连多成分、多靶点、多通路的抗菌作用机制，为进一步深入阐明黄连抗菌机制提供理论参考。     

药用槐花抗炎活性的网络药理学分析

【目的】 基于网络药理学方法探究中药槐花主要活性成分的抗炎作用机制。【方法】 依托TCMSP数据库筛选槐花有效成分及相应靶点，利用Uniprot数据库和Cytoscape 3.6.1软件构建有效成分-靶点网络图；结合NCBI、GeneCards、OMIM等数据库检索槐花抗炎相关靶点，上传至STRING平台，构建蛋白互作网络图；利用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】 槐花中主要有槲皮素、异鼠李素、山奈酚、β-谷甾醇、N-[6-9-吖啶基氨基己基]苯甲酰胺和槲皮素-3-甲基醚6种有效成分，可作用于IL10、NFKBIA、ICAM1、MMP2、BCL2L1、STAT1、VCAM1、IFNG、MAPK14和IL2等152个抗炎靶点。与生物过程相关的条目16个，即RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、正调控转录DNA模板、凋亡过程的负调控、基因表达的正调控、炎症反应和细胞对脂多糖的反应等；与分子功能相关的条目6个，即酶结合、转录因子结合、蛋白结合等；与细胞组分相关的条目2个，即细胞外间隙和细胞质基质；21条相关信号通路，即TNF信号通路、Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路、NOD样受体信号通路、癌症通路、乙型肝炎、HTLV-Ⅰ感染、甲型流感等。【结论】 槐花可能通过槲皮素、异鼠李素、山奈酚、β-谷甾醇等活性成分作用于RB1、CDKN1A、IKBKB、CHUK、IL2和CXCL10等关键靶标，参与TNF信号通路、Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路、NOD样受体信号通路联合发挥抗炎作用，揭示了槐花多成分、多靶点、多通路的抗炎作用机制。     

基于网络药理学技术探讨桑椹治疗便秘的作用机制

本文运用网络药理学方法探讨桑椹的主要活性成分、靶点,初步研究其治疗便秘的药理学作用机制,为进一步深入探讨其药理学作用提供新线索。通过检索数据库的方法筛选出桑椹的主要活性成分、靶点及便秘相关靶点,构建成分-靶点-疾病数据库,导入Cytoscape软件构建网络,获取靶点信息。筛选出关键靶点,利用String进行蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络构建,利用DAVID系统进行GO富集和通路富集分析。从TCMSP数据库中筛选得到桑椹活性成分12种,其作用靶点共370个;从Gene Cards和OMIM疾病相关靶点数据库中检索得到便秘相关靶点452个,取交集后得到桑椹治疗便秘作用靶点共211个。这些靶点主要涉及锌离子结合、氧化还原酶活性、液泡、药物反应与炎症应答等生物学过程,和PPAR信号通路、酒精性肝病、糖尿病并发症AGR受体信号通路、脂质与动脉粥样硬化及流体剪切应力与动脉粥样硬化多条信号通路。本研究发现,网络药理学方法初步揭示了桑椹治疗便秘的主要药理学机制。     

基于网络药理学探究中药黄连抗菌作用机制

试验旨在基于网络药理学方法探究中药黄连主要活性成分的抗菌作用机制。从TCMSP数据库筛选黄连有效成分及作用靶点,利用Uniprot数据库转化成相应靶点基因,将活性成分和靶点基因导入Cytoscape 3.6.1软件,构建活性成分-靶点网络图。再结合GeneCards数据库检索黄连抗菌相关靶点,将核心靶点基因上传至STRING平台,构建蛋白相互作用网络,最后,利用DAVID数据库对关键靶点进行GO生物学过程分析和KEGG通路富集分析。结果显示,黄连9种有效成分作用于105个抗菌靶点参与22条生物学过程(生物过程18条、分子功能3条、细胞组成1条)和19条相关信号通路。其中黄连的主要有效成分为槲皮素、氢化小檗碱、氧化小檗碱、小檗碱和巴马汀等;抗菌作用靶点为IL2、VCAM1、STAT1、NOS2、TGFB1、CASP9、MMP1、NFKBIA和CXCL10等;参与的生物学过程主要包括炎症反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节、对脂多糖的反应、凋亡过程的负调节、细胞黏附等;主要作用于Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、NF-κB信号通路等。本试验结果表明,黄连可能通过槲皮素、小檗碱、巴马汀等活性成分作用于IL2、VCAM1、STAT1等关键靶标参与Toll样受体信号通路、TNF信号通路联合发挥抗菌作用,充分体现了黄连多成分、多靶点、多通路的抗菌作用机制,为进一步深入阐明黄连抗菌机制提供理论参考。     

基于网络药理学和分子对接探究归芪益母口服液治疗猪气虚血瘀证的作用机制

【目的】运用网络药理学和分子对接技术探讨归芪益母口服液治疗猪气虚血瘀证的有效活性成分及其作用机理。【方法】通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)获取归芪益母口服液主要活性成分及其靶点,通过GeneCards、OMIM和Malacards数据库获得母猪气虚血瘀证的作用靶点。使用Cytoscape 3.9.0软件构建药物-成分-靶点网络图,利用STRING数据库和Cytoscape 3.9.0软件构建靶点蛋白-蛋白互作(PPI)网络图,采用DAVID数据库对共同作用靶点进行GO功能和KEGG信号通路富集分析。通过Autodock Tools 1.5.7软件对其核心成分与核心靶点进行分子对接。【结果】归芪益母口服液筛选得到主要的有效活性成分为槲皮素、山奈酚和异鼠李素,其对应76个关键作用靶点,6 335个疾病靶点,41个交集靶点;PPI网络显示肿瘤坏死因子(TNF)、白介素-6(IL6)和IL10为关键靶点。GO功能富集分析共筛选出12条目,其中生物过程7条目,包括免疫应答、STAT蛋白酪氨酸磷酸化的正向调节、对糖皮质激素的反应等;细胞组分2条目,包括细胞外组分和细胞外空隙;分子功能3条目,包括细胞因子、生长因子活性和IL2受体结合。KEGG信号通路富集分析显示,归芪益母口服液主要通过细胞因子受体互作、JAK-STAT信号通路、PI3K-Akt信号通路发挥作用。分子对接结果显示,槲皮素、山奈酚、异鼠李素等核心成分与母猪气虚血瘀证关键靶点的结合能均＜0 kJ/mol。【结论】归芪益母口服液可能通过槲皮素、山奈酚、异鼠李素等主要活性成分作用于核糖体结合蛋白(RPN1)、胰核糖核酸酶(RNASE1)、血管生成蛋白抑制因子1(RNH1)等靶点,通过参与细胞因子受体互作、JAK-STAT信号通路、PI3K-Akt信号通路等治疗猪气虚血瘀证。     

基于网络药理学预测青蒿缓解奶牛氧化应激的作用机制

运用网络药理学分析青蒿的药理成分及其作用网络，探讨其缓解奶牛氧化应激的作用机制。通过TCMSP数据库确定青蒿的化合物组成并筛选活性成分靶点，使用Uniprot找到对应靶点基因；OMIM、Gene Cards和CTD数据库查找与氧化应激(热应激)有关的病理靶点。用Venny 2.1对活性成分靶点与氧化应激疾病的靶点取交集后导入STRING数据库，建立蛋白质互作(PPI)网络并应用Cytoscape 3.9.1软件进行可视化处理及获取核心靶点。DAVID数据库对活性成分和氧化应激疾病的共同靶点基因进行GO功能注释和KEGG通路富集，应用Cytoscape软件构建成分-靶点-通路的网络图。结果表明，青蒿的化合物组成共筛选到19个活性成分及217个对应的靶点基因，氧化应激对应靶点基因共11 442个。成分与氧化应激交集靶点基因共有136个，Cytoscape筛选得到5种关键活性成分和33个关键靶点。PPI网络分析共得到11个核心靶点基因，GO功能注释细胞组分、生物学过程、分子功能各320、37、105个条目，KEGG通路富集分析得到170条通路。综上，青蒿可通过多成分、多靶点、多通路抗奶牛氧化...     

基于网络药理学和分子对接探究莱菔子的抗菌作用机制

本研究旨在通过网络药理学方法来探讨莱菔子的抗菌作用机制。利用中药系统药理学数据库、分析平台TCMSP以及GeneCards数据库获得莱菔子发挥抗菌作用的有效成分以及潜在抗菌靶点；利用Cytoscape3.8.0软件构建药物-成分-靶点-疾病网络图，并使用STRING数据库以及Cytoscape3.8.0软件构建蛋白质相互作用网络图；利用DAVID数据库对靶点进行基因本体（GO）富集分析和KEGG通路富集分析；使用AutoDock软件对关键靶点与活性成分进行分子对接，选择最佳的结合靶点。结果显示：莱菔子14个活性成分作用于36个抗菌靶点。GO功能富集分析得到185个条目，KEGG通路富集分析得到48条信号通路。分子对接显示，芥子酸、邻苯二甲酸二丁酯、亚麻子油酸等成分与细胞肌动蛋白基因（ACTB）、一氧化氮合酶基因（NOS3）等关键靶点有较强亲和能力。本试验结果表明，莱菔子可能通过参与调节磷脂酰肌醇3激酶（Phosphatidylinositol 3-Kinase,PI3K）/蛋白激酶B(Akt)信号通路（PI3K-Akt）、钙离子信号通路等发挥其抗菌作用，体现了莱菔子多成分、多靶点、多通...     

基于网络药理学探究紫锥菊增强免疫功能的作用机制

为了探究紫锥菊增强免疫功能的作用机制,试验基于网络药理学,利用NAPSS与Phytochem数据库收集紫锥菊活性成分,在NCBI数据库中收集免疫抑制的相关靶点,对活性成分与靶点取交集获得紫锥菊增强免疫功能的预测靶点。利用Cytoscape 3.7.2软件绘制紫锥菊活性成分-作用靶点网络图,利用String数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络。最后利用Metascape数据库,对紫锥菊增强免疫功能的生物过程进行GO富集分析,对其相关的信号通路进行KEGG信号通路分析。结果表明：共获得咖啡酸、阿魏酸、对香豆酸、原儿茶酸、槲皮素、芦丁等34个可增强机体免疫功能的紫锥菊活性成分,以及27个预测靶点;在PPI网络中,平均度值大于7.48的靶点有9个,分别为STAT3、TNF、CCND1、MTOR、IL-2、TLR4、RELA、TLR9、EZH2;GO富集分析涉及激酶活性的正调控、转移酶活性的正调控、对细菌来源分子的反应、对外界刺激反应的正调控、白细胞分化、凋亡信号通路、神经元死亡的调控等;KEGG信号通路分析涉及癌症中的蛋白多糖、P13K-Akt信号通路、Ras信号通路、调节干细胞多能性的信号...     

基于网络药理学探究赪桐潜在抗奶牛乳房炎的作用机制

为了探究赪桐潜在防治奶牛乳房炎的作用机制,试验基于网络药理学,利用TCMSP数据库收集赪桐潜在抗奶牛乳房炎致病菌活性成分,在GeneCards数据库中收集与奶牛乳房炎致病菌相关的作用靶点。利用Cytoscape 3.8.2软件绘制赪桐活性成分与致病菌靶点网络图,通过将筛选到的致病菌靶点导入STRING数据库构建致病菌靶点相互作用网络,最后利用DAVID、Metascape数据库对各靶点进行GO功能注释和KEGG富集分析。结果表明:共得到赪桐潜在抗奶牛乳房炎活性成分11个,对应致病菌靶点86个;共得到97个节点,174条相互作用关系;去除游离的病菌靶点后,最终得到31个关键作用靶点。GO功能注释得到312条基因数量较大的功能注释,主要涉及细胞膜、原子核、蛋白质结合、基于转录正向调控过程、信号转导过程等。KEGG富集分析主要涉及蛋白结合通路、酶结合通路、ATP结合通路等。说明基于网络药理学预测,赪桐可通过多种活性成分作用于不同靶点,并通过调控炎症反应、氧化还原反应等过程达到防治奶牛乳房炎的目的。     

基于网络药理学探究芪姜粉治疗猪脾胃虚寒型腹泻的效果和作用机制

为了基于网络药理学方法探究芪姜粉治疗猪脾胃虚寒型腹泻的效果和作用机制，本试验借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)对芪姜粉进行药效物质基础分析及作用靶点预测，通过GeneCards和OMIM数据库检索与腹泻相关的疾病靶点，并用Uniprot数据库进行校正；用Cytoscape 3.7.2软件构建“芪姜粉—活性成分—靶点网络图”“芪姜粉—活性成分—腹泻—靶点网络图”,利用String数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络；在DAVID数据库中进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，以预测其作用机制。结果显示，活性成分—靶点网络包含20个活性成分和相应靶点159个，关键靶点涉及PPARG、PTGS2、PTGS1、NOS2等；PPI核心网络包含101个蛋白，关键蛋白涉及TNF、TP53、IL-6、IL-8等；GO功能富集分析得到GO条目272个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目198个，分子功能(CC)条目23个，细胞组成(MF)条目51个；KEGG通路富集筛选得到119条信号通路(P<0.05),相关度较高的疾病依次为癌症、乙...     

基于网络药理学和分子对接探究芪芝口服液提高家禽免疫功能的作用机制

试验旨在探究芪芝口服液提高家禽免疫功能的作用机制。采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）收集该复方中黄芪和灵芝2味药材的活性成分及其作用靶点,并与OMIM、TTD和GeneCards数据库收集免疫的靶点进行交集,获得芪芝口服液作用于家禽免疫的潜在靶点。运用Cytoscape 3.9.1软件构建中药-成分-靶点-通路-疾病网络图和蛋白质相互作用（PPI）网络,并对靶点进行GO富集和KEGG通路分析。使用分子对接技术进行活性成分和核心靶点的分子对接验证。结果显示,芪芝口服液30个成分对应66个靶点,家禽免疫329个靶点,其中交集靶点17个,PPI核心靶点包括核因子κB抑制因子α (NFKBIA)、白细胞介素-6 (IL-6)和干扰素-γ(IFNG)等。GO功能富集共有38条结果,包括33个生物过程条目、4个分子功能条目和1个细胞成分条目;KEGG通路分析显示交集基因主要富集于C型凝集素受体信号通路、FoxO信号通路和Toll样受体等信号通路。分子对接结果显示,关键成分与核心蛋白靶点有较好的结合活性,证明了网络药理学预测结果的可靠性。研究表明,芪芝口服液可通过多成分、多靶点、多通路...     

基于网络药理学分析银黄可溶性粉治疗猪喘气病的活性成分及作用机制

为了解银黄可溶性粉治疗猪喘气病的活性成分及作用机制，本试验采用网络药理学的方法进行探索，利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取银黄可溶性粉的活性成分及对应的靶点，将靶点导入Uniprot数据库，利用Cytoscape 3.5.0软件构建药物-活性成分-靶点网络图，在Genecards数据库和人类孟德尔遗传数据库(OMIM)获取猪喘气病的靶点，将靶点导入Uniprot数据库，通过STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络图，在生物学信息注释数据库(DAVID)进行基因本体(GO)富集分析和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果显示，银黄可溶性粉筛选出48个活性成分，155个靶点；猪喘气病有关的靶点有3 154个；PPI网络有51个靶点，关键靶点有血管内皮生长因子A(VEGFA)和肿瘤坏死因子(TNF)等；GO功能注释得到98个条目(P<0.05);KEGG信号通路富集分析得到42条通路(P<0.05)。结果表明，银黄可溶性粉中槲皮素、木犀草素、山奈酚和汉黄芩素可能是治疗猪喘气病的活性成分，通过作用于VEGFA、TNF等靶点，调控结核通路和哮喘通路...     

基于网络药理学探讨中药复方治疗奶牛子宫内膜炎的作用机制

【目的】 通过网络药理学对丹参、益母草、黄芩、连翘组成的中药复方进行分析,研究其有效成分治疗奶牛子宫内膜炎的潜在作用靶点,并对靶点作用通路的机制进行阐述。【方法】 利用TCMSP数据库筛选药物成分作用靶点,通过NCBI、GeneCard、geneMap、TTD、DrugBank查找奶牛子宫内膜炎的相关靶点,筛选出药物成分靶点与奶牛子宫内膜炎相关靶点的共有基因靶点,作为该中药复方治疗奶牛子宫内膜炎的预测靶点,并上传到STRING数据库建立蛋白互作(PPI)网络,通过Cytoscape 3.8.2软件根据连接度对PPI网络进行筛选,找到其核心靶点。运用Metascape数据库对核心靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析。【结果】 从该中药复方中筛出有效活性成分133种,主要包括槲皮素、山奈酚、黄芩素、丹参酮ⅡA等,通过药物成分找到对应靶点蛋白292个,通过数据库找到奶牛子宫内膜炎的相关靶点130个,筛出中药复方治疗奶牛子宫内膜炎的预测靶点24个,其中核心靶点7个,包括肿瘤坏死因子、蛋白激酶、前列腺素内过氧化物合酶2等。GO功能富集分析得到生物过程20个条目、分子功能6个条目及细胞组分6个条目,生物过程包括脂多糖的反应、白细胞-细胞黏附的正向调节、对无机物的反应等;分子功能包括信号受体活性调节、转录辅激活子的结合、血红素结合等;细胞组分包括细胞膜筏、薄膜侧面、颗粒分泌腔等。KEGG通路富集分析涉及20个基因,参与调控的通路有9条,其中涉及基因较多的包括AGE-RAGE信号通路、癌症蛋白聚糖通路、血流剪切应力与动脉粥样硬化通路及Th17细胞分化通路。【结论】 该中药复方可能是通过调控肿瘤坏死因子、蛋白激酶、前列腺素内过氧化物合酶2等靶点,通过参与AGE-RAGE信号通路及Th17细胞的分化对奶牛子宫内膜炎产生治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接分析赤芍抗氧化应激作用的活性成分及其机制

【目的】利用网络药理学及分子对接技术分析赤芍抗氧化应激作用的有效活性成分及其分子机制。【方法】运用TCMSP数据库搜集赤芍的活性成分和靶点,借助UniProt数据库对靶点进行基因名转化;通过GeneCards和OMIM数据库检索氧化应激的相关基因,利用Veeny在线平台获得赤芍与氧化应激的交集靶点,将交集靶点上传至STRING数据库和Cytoscape 3.8.0软件建立蛋白互作(PPI)网络图和赤芍-靶点-氧化应激可视化网络并进行拓扑学分析,筛选关键靶点;运用Metascape数据库对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,确定赤芍发挥抗氧化应激作用的活性成分和信号通路;运用AutoDock和PyMol软件对赤芍发挥抗氧化应激作用的核心靶点进行分子对接验证。【结果】共筛选到12个赤芍活性成分,包括黄芩素、β-谷甾醇、鞣花酸、豆甾醇、(+)-儿茶素等;赤芍活性成分与氧化应激靶点分别有76和4 873个,其中赤芍与氧化应激交集靶点共69个,包括蛋白激酶B(AKT1)、转录因子AP-1(JUN)、细胞肿瘤抗原p53(TP53)、肿瘤坏死因子(TNF)和半胱氨酸蛋白酶-3(CASP3)等...     

基于网络药理学分析黄芪防控猪繁殖与呼吸综合征的物质基础及靶点信息

为揭示黄芪防控猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的物质基础及靶点信息,采用网络药理学方法,从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选黄芪的潜在活性成分、作用靶点,同时从比较毒理基因组学数据库(CTD)收集PRRS相关宿主基因,最后构建"活性成分-关键靶点"网络、蛋白互作网络,并进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果显示,从黄芪筛选出的17个潜在活性成分中,有14个潜在活性成分共计65个基因靶点与PRRS相关宿主基因交叉,其中槲皮素、山奈酚、刺芒柄花素、异鼠李素等潜在活性成分可能对治疗PRRS有重要作用,TNF、IL8、TP53、IL6、IL10、IL1B、JUN等45个蛋白靶点间存在相互作用。此外,黄芪治疗PRRS的作用机制可能涉及细胞外间隙和胞浆等组分,并可能与炎症反应、细胞凋亡、T细胞受体信号通路等生物过程相关。本研究为临床应用黄芪及其提取物治疗PRRS奠定了理论基础。     

基于网络药理学探讨治疗乳难中药共同代谢通路

基于网络药理学的方法探讨乳难中药共同代谢通路。遴选2020年版《中国药典》中具有下乳或通乳作用的中药材，应用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和中国知网筛选中药材的全部活性成分，并使用TCMSP和Swiss Target Prediction分析平台查询相关靶点。借助UniPort数据库进行基因标准化查询。应用GeneCards数据库和OMIM数据库筛选乳难疾病的靶点；通过在线Venny获得药物疾病的共同靶点。将获得的结果导入Cytoscape软件中进行可视化分析，构建PPI网络，筛选核心靶点。采用Metascape数据库对核心靶点进行GO分析和KEGG相关通路富集。共获得有效活性成分58种，潜在靶点336个，疾病靶点2175个，得到共同靶点158个。GO分析得到生物过程947个，细胞组分29个，分子功能54个，KEGG得到IL-17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等119条通路。利用网络药理学分析平台可对治疗乳难中药的有效成分靶点、乳难疾病靶点以及相关信号通路进行预测，为进一步研究探讨乳难中药共同代谢通路提供了重要依据。     

基于网络药理学及分子对接技术研究黄芪调控仔猪肠道菌群失调性腹泻的作用

【目的】基于网络药理学及分子对接技术研究黄芪调控仔猪肠道菌群失调性腹泻的有效活性成分及其作用机制。【方法】从TCMSP数据库搜集黄芪中药化合物成分,并获取其潜在靶点。利用GeneCards和OMIM数据库搜集肠道菌群失调性腹泻(flora imbalance diarrhea)的作用靶点,将两者预测的潜在作用靶点进行映射,获得共同作用靶点。运用STRING数据库构建靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)关系,用Cytoscape_3.8.0软件对其网络进行拓扑分析,用DAVID数据库对共同作用靶点进行富集分析,用AutoDuck_4.2.6软件对其核心成分与核心靶点进行分子对接。【结果】黄芪含有11个调控仔猪肠道菌群失调性腹泻核心成分,其对应靶点基因65个,疾病靶点854个,交集靶点25个。PPI网络中显示肿瘤坏死因子(TNF)、转录因子AP-1(JUN)、半胱氨酸蛋白酶-3(CASP3)、白细胞介素-6(IL6)、NF-κB抑制剂α(NFKBIA)、IL1B、IL10、细胞肿瘤抗原p53(TP53)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)、C-C基序趋化因子2(CCL2)为关键靶点。GO功能和KEGG通路富集分析发现,黄芪有效成分主要通过美国锥虫病、炎症性肠病、阿米巴病、细胞因子-细胞因子受体相互作用、A型流感、疟疾、T细胞受体信号通路、沙门菌感染等信号通路参与转录调控、免疫反应、细胞对脂多糖的反应等生物过程。分子对接结果显示,槲皮素、山奈酚、芒柄花素等核心成分与TNF、IL1B等关键靶点结合紧密,亲和力较好。【结论】黄芪可能通过槲皮素、山奈酚、芒柄花素等主要活性成分作用于TNF、IL1B等靶点,通过参与美国锥虫病、炎症性肠病、疟疾、T细胞受体信号通路、沙门菌感染等信号通路进而治疗仔猪肠道菌群失调性腹泻。     

基于网络药理学和分子对接探究山楂调节氧化应激的作用机制

【目的】运用网络药理学和分子对接方法研究山楂调节氧化应激的活性成分及潜在作用机制。【方法】通过TCMSP数据库检索山楂的化学成分及其作用靶点;在Uniprot数据库中对所得靶点进行标准基因名转化。利用GeneCards和OMIM数据库筛选氧化应激相关靶点。通过Venny 2.1.0软件获得山楂和氧化应激的交集靶点;借助STRING数据库和Cytoscape 3.8.0软件构建山楂-主要活性成分-靶点网络和蛋白-蛋白互作网络,筛选核心靶点,随后利用AutoDockTools 1.5.7和AutoDock Vina 1.1.2软件进行分子对接。应用DAVID数据库进行GO功能富集和KEGG通路注释分析,结果由Pymol软件进行可视化作图。【结果】筛选获得槲皮素、山奈酚、异鼠李素、豆甾醇、谷甾醇、表儿茶素等山楂的主要活性成分。基于主要活性成分和氧化应激分别筛选获得185和9 647个靶点,其中山楂与氧化应激交集靶点共171个,如丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶AKT(serine/threonine-protein kinase AKT,AKT1)、细胞肿瘤抗原p53(cellular tumor a...     

基于网络药理学和分子对接分析苦参碱抗PRRSV的作用机制

本研究旨在利用网络药理学及分子对接技术从抗炎角度探讨苦参碱抗猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的作用机制。利用PharmMapper服务器和Genecards疾病数据库获得苦参碱发挥抗炎作用的潜在靶点;使用STRING在线分析平台结合Cytoscape软件构建靶蛋白相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络并进行拓扑学分析筛选关键靶点;利用DAVID数据库对靶点进行基因本体论GO富集分析以及KEGG通路富集分析,并使用Cytoscape软件进行“药物-靶点-通路”网络图的构建;使用Autodock Vina软件进行分子对接,选择最佳的结合靶点。网络分析结果表明,苦参碱抗炎的潜在靶点有23个;蛋白互作网络提示,IGFⅠ、MAPK8、CASP3、NR3C1可能是苦参碱抗炎的核心靶点;GO富集分析得到116个细胞生物学过程,KEGG通路富集分析得到47条相关信号通路;分子对接显示,MAPK8与苦参碱有较好亲和力,可能是苦参碱发挥抗炎作用的主要靶点。苦参碱可能通过作用于MAPK8这一关键蛋白发挥抗炎作用,进而达到抗PRRSV的作用。     

基于网络药理学探讨白芍总苷治疗类风湿关节炎肺间质纤维化的机制研究

【目的】通过网络药理学结合动物试验探究白芍总苷(TGP)主要药物成分与类风湿关节炎(RA)肺间质纤维化之间的作用靶点,揭示白芍总苷治疗RA肺间质纤维化的分子机制。【方法】通过检索多个数据库,根据2个ADEM参数口服生物利用度(oral bioavailability, OB)>30%、类药性(drug likeness, DL)>0.18,筛选出白芍总苷中的主要活性成分及作用的基因靶点;检索DrugBank、GeneCards、OMIM、TTD、DisGenet等数据库筛选RA和肺间质纤维化的基因靶点,通过UniProt数据库进行靶点蛋白的基因名转换,收集白芍总苷治疗RA和肺间质纤维化的作用靶点。获取化合物和疾病靶点取交集,制作韦恩图;将靶点交集导入到STRING数据库绘制PPI网络图,利用DAVID数据库进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,深入分析其治疗类风湿关节炎合并肺间质纤维化的机制。将Wistar大鼠分为空白组、模型组、白芍总苷组和托法替布组,通过测定肺脏指数反映肺脏组织的水肿炎症反应,HE染色观察各组肺组织和踝关节滑膜租住的炎症反应,Masson染色观察肺脏组...