拉萨白鸡群体鱼腥味敏感基因多态性分析

鸡含黄素单氧化酶(FMO3)基因突变可导致鸡蛋出现鱼腥味,因此称为鱼腥味基因。研究旨在采用PCR-RFLP方法检测63个拉萨白鸡个体中FMO3基因T329S突变位点的基因及基因型频率分布,为提高该群体的蛋品质提供数据。结果显示:拉萨白鸡群体中,AA、AT和TT(鱼腥味综合症易感基因型)基因型频率分别为90.48%、9.52%和0,A和T的基因频率分别为95.24%、4.76%。该位点基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡状态。拉萨白鸡群体中T等位基因的频率为4.76%,虽然鱼腥味综合征易感个体(TT基因型)期望频率很低,但应该通过分子辅助选择技术予以剔除。     

拉萨白鸡群体催乳素和促性腺激素释放激素-1基因多态性分析

催乳素(PRL)和促性腺激素释放激素-1(GnRH-1)基因是影响鸡繁殖性状的重要候选基因。研究采用PCR-RFLP方法测定PRL基因I59724210D和GnRH-1基因G840327C突变位点在拉萨白鸡群体中等位基因及基因型频率分布。结果显示:拉萨白鸡群体中PRL基因有II、ID和DD三种基因型,基因型频率分别为35.82%、44.78%、19.40%,处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。GnRH-1基因无多态性,均为与开产日龄相关的有利基因型(GG)。结果表明:可在拉萨白鸡群体中早期选择II和ID高产蛋基因型,提高有利基因频率,加快拉萨白鸡品种的产蛋性能选育进展。     

杜洛克猪PRLR基因的多态性分析

为检测杜洛克猪PRLR基因的多态性分布情况,试验采用PCR-RFLP方法对51头杜洛克猪的PRLR基因多态性进行了检测。结果表明:在杜洛克猪群体中,PRLR基因B等位基因的频率为0.049 0,其基因型分布均符合哈代-温伯格平衡(P0.05)。     

雌激素受体基因和长白猪繁殖性能相关研究

吴珍芳等通过检测612头长白母猪共2239窝雌激素受体基因（ESR基因）的PvuⅡ酶切多态性，分析了不同ESR基因型和长白母猪繁殖性状的相关性。群体中B等位基因的频率很低，但似然比检验结果显示群体的基因频率处于哈代-温伯格连锁平衡状态。第1胎BB基因型母猪的总产仔数（12．05头）显著高于AA型母猪（10．19头），     

鸡Lpin1基因c.1727C>T位点遗传变异及其与脂肪沉积性状的关联分析

利用生物信息学分析方法对鸡Lpin1基因编码区进行扫描,选取该基因3个引起错义突变的变异位点进行分析,其中c.391GA位点引起编码氨基酸Asp131→Asn131突变,c.1727CT位点引起编码氨基酸Ala576→Val576突变,c.2287AC位点引起编码氨基酸Met763→Leu763突变。应用引入限制性酶切位点PCR(Amplifi-cation-Created Restriction Site PCR,ACRS-PCR)的方法进行引物设计扩增3个突变位点,并通过限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)检测PCR产物,以藏鸡、隐性白羽鸡、藏隐(藏鸡♂×隐性白羽♀)和藏藏隐[藏鸡♂×(藏鸡♂×隐性白羽♀)♀]群体为材料对3个变异位点进行基因型检测,并与胴体性状进行关联分析;同时在5个中国地方鸡种(固始鸡、萧山鸡、北京油鸡、泰和丝羽乌骨鸡和茶花鸡)中进行变异位点的遗传多样性分析。结果表明:(1)鸡Lpin1基因c.1727CT在不同品种中具丰富的多态性;而另2个位点在所检测的群体中无多态性存在,c.391GA位点以GG基因型为主,c.2287AC位点全部为AA基因型;(2)对c.1727CT位点的遗传多样性分析表明该位点C等位基因占优势地位,且固始鸡和北京油鸡群体基因型分布显著偏离哈代-温伯格平衡定律(P0.01),在萧山鸡、泰和丝羽乌骨鸡和茶花鸡三品种中基因型分布均符合哈代-温伯格平衡定律。(3)性状关联分析显示c.1727CT位点与皮下脂肪厚呈显著关联(P0.05),与腹脂质量呈极显著关联(P0.01);其中CC基因型个体的皮下脂肪厚显著高于TT基因型个体(P0.05),极显著高于TC基因型个体(P0.01)。TT基因型个体的腹脂质量显著高于其他两种基因型个体(P0.05)。     

优质肉鸡腺苷琥珀酸裂解酶基因第2和第9外显子单核苷酸多态性分析

以四川大恒家禽育种有限公司培育的8个优质肉鸡群体(5个品系和3个杂交组合)为材料,采用PCR-SSCP技术结合测序检测鸡ADSL基因外显子2与外显子9的单核苷酸多态性.结果表明:在所研究的群体中,腺苷琥珀酸裂解酶(ADSL)基因外显子2的3797位点发生C→T突变,外显子9的10225位点发生A→T突变;适合性检验显示,ADSL基因外显子2、外显子9各基因型频率除1个群体外均处于哈代-温伯格平衡;对群体各位点基因型频率分布进行计算,发现ADSL-3797和ADSL-10225 SNPs位点属于中度多态位点,多态信息含量分别为0.283和0.320.本研究为ADSL基因SNPs位点与优质肉鸡重要肉质性状的关联性研究奠定了基础.     

鹅Pit-1基因部分序列多态性分析

根据鸡Pit-1 mRNA和基因组序列设计1对引物,以籽鹅、狮头鹅、皖西白鹅、四季鹅、浙东白鹅和朗德鹅6个群体的DNA为模板,扩增鹅Pit-1基因的部分片段。结果发现该片段存在2个插入/缺失突变,共出现3种基因型,分别为AA、AB和BB;与AA基因型相比,BB基因型分别在扩增片段的132和145 bp后插入3和13 bp。所有群体在该突变位点上的等位基因频率均处于哈代-温伯格平衡状态（P〉0.05）;朗德鹅群体基因型分布与其他5个鹅群体均存在极显著差异（P〈0.01）;籽鹅和狮头鹅群体内基因型的分布与其他3个鹅群体存在显著差异（P〈0.05）。在狮头鹅和朗德鹅群体内,等位基因A为优势等位基因,而在皖西白鹅、四季鹅和浙东白鹅群体内等位基因B为优势等位基因。     

边鸡IGF-ⅠR基因AluⅠ位点多态性及其对生长性状和繁殖性状的遗传效应分析

为了寻找与边鸡生长性状和繁殖性状相关的遗传标记,本试验采用PCR-RFLP技术检测边鸡类胰岛素生长因子Ⅰ受体（insulin-like growth factor Ⅰreceptor,IGF-ⅠR）基因Alu Ⅰ位点的多态性,并分析该多态位点对边鸡生长性状和繁殖性状的遗传效应。结果显示,边鸡IGF-ⅠR基因Alu Ⅰ位点存在多态性,在外显子2的376 bp处有1个G→A突变,产生了GG、GA和AA 3种基因型,基因型频率分别为0.687、0.296和0.017,GG为优势基因型;G等位基因频率为0.835,为优势等位基因。卡方适合性检验结果表明,该基因座位在边鸡群体中处于哈代-温伯格平衡状态（P>0.05）。相关分析结果表明,在8、14、16和18周龄时,GG基因型个体的体重显著高于GA基因型（P<0.05）,GG基因型个体的开产体重极显著高于GA基因型个体（P<0.01）,但并不能说明该位点可以作为影响边鸡繁殖性状的遗传标记。IGF-ⅠR基因外显子2的Alu Ⅰ位点（G→A）可能是影响边鸡生长性状的一个遗传标记。     

不同品种牛MyoG基因Exon 1多态性比较分析

为探讨地方肉牛品种MyoG基因的多态性,本试验以草原红牛和延边黄牛为研究对象,以红安格斯×西杂和利木赞×西杂2个二元杂交群体为对照,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对牛MyoG基因Exon 1进行多态性检测。PCR-SSCP结果显示上述牛群中主要存在AA和AB两种基因型,BB纯合型极为稀少。测序结果显示该基因型在cDNA的42位和53位分别有T→C和G→A突变,且cDNA的53位G→A突变导致MyoG蛋白18bp的亮氨酸变成了脯氨酸。分析显示草原红牛和延边红牛在53bp处均处于哈代-温伯格平衡状态(P≥0.05),而对照组处于哈代-温伯格不平衡状态,提示草原红牛和延边黄牛相对较弱的选择压力。PIC分析结果显示4个群体牛该基因座位均含有中等多态信息含量,说明尚有选择提升的空间。最小二乘法分析表明,草原红牛中AA基因型个体的体高、体斜长和十字部高均显著高于BB基因型个体(P0.05)。综合以上研究结果说明草原红牛和延边黄牛与国外品种比较处于较低改良阶段,且仍有进一步提升的空间。     

鸡Nramp1基因第9外显子的单核苷酸序列多态性分析

以文昌鸡、安卡鸡及藏鸡为试验动物,利用PCR-SSCP方法检测Nramp1基因部分区域的单核苷酸多态性(SNP)。结果发现,该区域存在2个突变,分别为C315G、C357T;共出现4种基因型,分别为GG、GT、TT及AA型,在文昌鸡和藏鸡群体内,T为优势等位基因,而安卡鸡中G为优势等位基因。3个群体该座位均处于哈代-温伯格平衡(PO.05),且3个群体间基因型分布无显著差异(P0.05)。     

湖羊瘦素基因内含子2多态性及其与体重性状的相关性分析

利用测序和PCR-RFLP技术对85只湖羊个体瘦素(leptin)基因第2内含子进行多态性分析,检测到A99G和C150T两个SNPs,两座位的优势基因型均为野生基因型,基因型频率分别为0.7882和0.8000,突变纯合型均未检测到;卡方检验结果表明,两座位的基因型频率处于哈代—温伯格平衡(P＞0.05);统计分析结果表明,A99G和C150T座位的不同基因型与初生重、3月龄体重、6月龄体重之间的相关关系不显著(P＞0.05)。     

不同肉鸡品种黄素单氧化酶3基因频率分布研究

研究旨在检测不同肉鸡群体中鱼腥味基因FMO3关键位点c.984 AT基因型分布情况,为后续开展鱼腥味基因与鸡肉品质研究提供参考。试验群体包括8个地方品种、2个引进品种和2个专门化品系,采用PCR-RFLP和测序方法进行检测。结果表明:麻黄鸡、惠阳胡须鸡和各专门化品系均无TT基因型个体,且惠阳胡须鸡个体全部为AA基因型(非鱼腥味易感基因型);TT基因型个体在不同地方品种的频率由高到低依次为丝羽乌骨鸡(39.66%)、文昌鸡(18.95%)、清远麻鸡(11.11%)、霞烟鸡(10.84%)、广西三黄鸡(7.04%)和杏花鸡(4.55%);TT型个体在引进品种隐性白为5.26%、Ross308为1.67%。由此可见,除丝羽乌骨鸡和文昌鸡外,其他品种中鱼腥味综合征易感个体(TT基因型)频率均不高。     

撒坝猪促卵泡素β亚基基因多态性及其与头胎产仔性能相关性研究

此文分析了促卵泡素(FSH)β亚基基因在撒坝猪群体中的多态性分布及其不同基因型与头胎产仔性能的相关性。结果表明,撒坝猪FSHβ亚基基因等位基因A及其基因型AA在群体中占优势,频率分别为0.8490和0.7604。FSHβ亚基基因在群体中处于哈迪-温伯格不平衡状态。乳头数以AA基因型最高,产仔数、产活仔数、初生窝重和45日龄窝重以AB基因型最高,BB基因型在所有分析性状上均表现最低,但3种基因型间的差异均不显著(P>0.05)。     

5个家兔群体白细胞介素10基因外显子的遗传多样性分析

本研究旨在分析家兔IL-10基因外显子的多态性,以期为进一步研究家兔IL-10与疾病抗性的相关性提供理论依据。根据GenBank上收录的IL-10基因序列设计5对特异性引物,采用PCR-SSCP方法对海狸色獭兔、白色獭兔、皖系长毛兔、闽西南黑兔、九疑山兔这5个家兔群体IL-10基因的5个外显子序列进行多态性分析。结果表明:在IL-10基因外显子3上检测到4种等位基因,10种基因型,存在3个SNPs位点;在外显子4上检测到2种等位基因,3种基因型,存在1个SNP位点。而外显子1、2、5对于实验群体未发现有遗传多态性。在外显子3中,D等位基因只在闽西南黑兔和九疑山兔中检测到,除海狸色獭兔和闽西南黑兔外其余群体均处于哈代-温伯格平衡,各群体不同基因型分布存在极显著差异(P<0.01)。在外显子4中,A1B1基因型在獭兔群体中没有检测到;除海狸色獭兔外其余各群体均处于哈代-温伯格平衡,海狸色獭兔跟白兔獭兔不同基因型分布差异不显著(P>0.05),而其余群体彼此不同基因型分布存在显著性差异(P<0.05或P<0.01)。结果提示:5个家兔群体在IL-10基因外显子3和4中存在遗传多态性,不同家兔群体在遗传基础上存在着一定的差异。     

绵羊PLIN基因多态性检测

试验利用PCR和DNA测序技术对3个绵羊群体中90个个体进行PLIN基因多态性检测。结果表明,PLIN基因在试验群体中存在TT型、CC型和TC型3种基因型,群体中TT基因型频率4%,CT基因型频率为60%,CC基因型频率为36%,C、T等位基因频率分别为66%、34%。     

不同基因型对蛋鸡生产性能的影响

本文通过四个交配组合得到表型和基因型不同的九个组别,在相同遗传背景基础上比较了性染色体上慢羽(K)和快羽(K)基因,常染色体上显性白羽(I)和有色羽(i)基因对母鸡生产性能的影响。结果表明不同基因型对育成期死亡率无显著影响;含有k基因的母鸡组72周总蛋重比含有K基因的母鸡组较重;ii基因型的母鸡组比Ii基因型的母鸡组饲料报酬较好;各种不同基因型间蛋的品质均无显著差异。     

猪眼肌面积的全基因组关联分析

为了研究杜洛克猪和杜长大猪校正115 kg眼肌面积(corrected loin eye area at 115 kg)的遗传参数及相关的候选基因，试验收集2 783头杜洛克猪和2 424头杜长大猪的LEA115数据，使用Gene Seek GGP 50K芯片对杜洛克猪与杜长大猪进行基因分型。对杜洛克猪的基因型数据进行质量控制，去除个体基因型检出率<0.95的样品，去除单核苷酸多态性(single-nucleotide pdymorphism, SNP)基因型检出率<0.99、最小等位基因频率<0.05、哈代-温伯格平衡检验P值<1×10^-6的SNP位点；对杜长大猪不进行哈代-温伯格平衡检验，其余质量控制条件同杜洛克猪。利用ASReml软件对杜洛克猪与杜长大猪的LEA115进行遗传参数估计，使用rMVP软件包提供的FarmCPU(fixed and random model circulating probability unification)模型对杜洛克猪与杜长大猪的LEA115进行全基因组关联分析(genome-wide associ...     

鸭PMEL17基因多态性与羽色性状相关性研究

为了探讨PMEL17基因对鸭羽色遗传性状的影响,试验以樱桃谷鸭(父本)和凤头白羽鸭(母本)的杂交F1代个体为样本,对PMEL17基因外显子进行PCR扩增并直接测序,利用生物信息学软件进行多态性分析,并与羽色进行关联。结果表明:在PMEL17基因编码区发现5个多态位点1904(C/G)、1961(T/C)、2102(C/T)、2110(G/A)和2143(A/G)的碱基突变引起了氨基酸的变化。群体遗传学分析显示,1904(C/G)、2102(C/T)、2110(G/A)和2143(A/G)位点表现为中度多态(0.25PIC0.5),1961(T/C)位点表现为低度多态(PIC0.25)。χ~2检验表明鸭F1代群体在1904(C/G)、1961(T/C)、2102(C/T)、2110(G/A)和2143(A/G)位点均达到Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。关联分析表明,PMEL17基因1904(C/G)、1961(T/C)和2143(A/G)位点基因型分布与鸭羽色具有显著或极显著差异(P0.05或P0.01),由此推测PMEL17基因与鸭羽色性状具有一定的关联性。研究结果为后期的育种工作提供了一定的理论基础。     

家兔HSL基因多态性及其与生产性状关联性分析

本实验采用PCR-SSCP方法对齐卡巨型白兔和齐兴肉兔HSL基因外显子1的遗传多态性进行研究,并进一步分析HSL基因对生产性状的遗传效应。结果表明:HSL基因外显子1第784位处发生了碱基突变(A→C),共出现AA、AB和BB 3种基因型,在2个品种兔群体中AA型均为优势基因型,A均为优势等位基因;卡方适合性检验表明,2个品种兔群体均显著偏离哈代-温伯格平衡(P0.05);在齐卡巨型白兔中,HSL基因AA型和AB型个体的宰前活体重均显著高于BB型个体(P0.05),AA、BB型个体的全净膛屠宰率和半净膛屠宰率均显著低于AB型个体(P0.05);在齐兴肉兔中,HSL基因AA型个体的宰前活体重显著高于AB、BB型个体(P0.05),BB型个体的全净膛屠宰率和半净膛屠宰率均显著低于AA、AB型个体(P0.05);在2个品种兔群体中,不同基因型个体的滴水损失和剪切力差异均不显著(P0.05)。     

抗B亚群禽白血病受体基因变异在三个鸡群体中的分布

为了研究抗B亚群禽白血病病毒受体基因变异在太行鸡、坝上长尾鸡和商品蛋鸡三个鸡群体中的分布,试验采用PCR技术结合测序技术进行Tvb基因分型,利用POPGene 32程序对鸡群体中Tvb等位基因频率、基因型频率进行统计及哈代温伯格平衡检验。结果表明:在坝上长尾鸡和太行鸡群体中,检测到Tvb基因172CT突变位点,检测的两个等位基因命名为Tvb~(s1)/Tvb~r,太行鸡群体中等位基因频率为0.95/0.05,坝上长尾鸡群体中等位基因频率为0.96/0.04。在坝上长尾鸡和太行鸡鸡群中还检测到184TA/G突变位点,检测的三个等位基因命名为Tvb~(s1)/Tvb~(s3)/Tvb~(s4),太行鸡群体中等位基因频率为0.90/0.02/0.08,坝上长尾鸡群体中等位基因频率为0.95/0.00/0.05。坝上长尾鸡和太行鸡两个群体中的这些突变位点均处于哈代温伯格平衡状态,商品蛋鸡群中未检测到抗性等位基因。说明在三个品种鸡群体中Tvb的抗性等位基因频率很低,具有较高患B亚群、D亚群和E亚群白血病的风险。