鸡FKBP5基因的克隆、生物信息学及组织表达谱分析

本研究旨在对鸡FK506结合蛋白5(FK506 binding protein 5,FKBP5)基因进行克隆和生物信息学分析,并检测其在鸡不同组织中的表达量。以鸡脾脏cDNA为模板,通过PCR方法扩增和克隆鸡FKBP5基因完整CDS区序列,并进行同源性比对及系统进化树构建;使用在线软件分析FKBP5蛋白的理化性质、疏水性、跨膜结构、信号肽、二级结构和三级结构;利用实时荧光定量PCR检测其在肢体内外翻畸形(valgus-varus deformity,VVD)组肉鸡和正常组肉鸡组织中的表达量,并绘制组织表达谱。结果显示,鸡FKBP5基因CDS区序列全长1350 bp,编码449个氨基酸;同源性比对和进化树分析表明,鸡FKBP5基因氨基酸序列与鹌鹑、鸭、壁虎、中华鳖、小鼠、人、猪、斑马鱼的同源性分别为98.4%、96.2%、85.8%、87.4%、81.1%、85.2%、86.1%和61.2%,与鹌鹑、鸭的亲缘关系最近,爬行类和哺乳类动物次之,与斑马鱼(鱼类)亲缘关系最远。鸡FKBP5蛋白分子质量为50.43 ku,理论等电点(pI)为5.94,半衰期为30 h,肽链N端为蛋氨酸(Met),不稳定系数为23.80,属于稳定蛋白;跨膜区和信号肽预测结果显示,FKBP5蛋白不属于跨膜蛋白和分泌型蛋白。结构域分析结果表明,该蛋白包括2个FKBP型肽基脯氨酰异构酶(FKBP-type peptidylprolyl isomerases)、3个四肽重复(TPR)序列,主要包含α-螺旋(46.77%)、延伸链(12.47%)和无规则卷曲(40.76%),且该蛋白与HSPA2、PPID、STIP1、HSP90AA1和HSP90AB1等互作蛋白具有很强的相关性。实时荧光定量PCR结果显示,FKBP5基因在鸡各组织中广泛表达,其中在软骨和法氏囊中表达量较高,在发病组肉鸡组织中的表达量均高于正常组肉鸡,且在心脏、腿肌、法氏囊、胸腺、软骨中表达量差异显著(P<0.05),在脾脏中表达量差异极显著(P<0.01)。本试验结果可为肉鸡骨骼疾病及腿部健康选育提供参考。     

鸡FKBP5基因的克隆、生物信息学及组织表达谱分析

本研究旨在对鸡FK506结合蛋白5（FK506 binding protein 5,FKBP5）基因进行克隆和生物信息学分析,并检测其在鸡不同组织中的表达量。以鸡脾脏cDNA为模板,通过PCR方法扩增和克隆鸡FKBP5基因完整CDS区序列,并进行同源性比对及系统进化树构建;使用在线软件分析FKBP5蛋白的理化性质、疏水性、跨膜结构、信号肽、二级结构和三级结构;利用实时荧光定量PCR检测其在肢体内外翻畸形（valgus-varus deformity,VVD）组肉鸡和正常组肉鸡组织中的表达量,并绘制组织表达谱。结果显示,鸡FKBP5基因CDS区序列全长1 350 bp,编码449个氨基酸;同源性比对和进化树分析表明,鸡FKBP5基因氨基酸序列与鹌鹑、鸭、壁虎、中华鳖、小鼠、人、猪、斑马鱼的同源性分别为98.4%、96.2%、85.8%、87.4%、81.1%、85.2%、86.1%和61.2%,与鹌鹑、鸭的亲缘关系最近,爬行类和哺乳类动物次之,与斑马鱼（鱼类）亲缘关系最远。鸡FKBP5蛋白分子质量为50.43 ku,理论等电点（pI）为5.94,半衰期为30 h,肽链N端为蛋氨酸（Met）,不稳定系数为23.80,属于稳定蛋白;跨膜区和信号肽预测结果显示,FKBP5蛋白不属于跨膜蛋白和分泌型蛋白。结构域分析结果表明,该蛋白包括2个FKBP型肽基脯氨酰异构酶（FKBP-type peptidylprolyl isomerases）、3个四肽重复（TPR）序列,主要包含α-螺旋（46.77%）、延伸链（12.47%）和无规则卷曲（40.76%）,且该蛋白与HSPA2、PPID、STIP1、HSP90AA1和HSP90AB1等互作蛋白具有很强的相关性。实时荧光定量PCR结果显示,FKBP5基因在鸡各组织中广泛表达,其中在软骨和法氏囊中表达量较高,在发病组肉鸡组织中的表达量均高于正常组肉鸡,且在心脏、腿肌、法氏囊、胸腺、软骨中表达量差异显著（P<0.05）,在脾脏中表达量差异极显著（P<0.01）。本试验结果可为肉鸡骨骼疾病及腿部健康选育提供参考。     

21日龄仔猪断奶过程不同肠段细胞外基质重要蛋白表达规律的研究

本试验旨在研究21日龄仔猪断奶过程不同肠段细胞外基质(ECM)重要蛋白的表达规律。选用24头21日龄的断奶仔猪随机分配到6个栏中,分别于断奶后0、7、14和28 d每栏随机选择1头仔猪进行麻醉后处死,采集十二指肠、空肠和回肠样品,测定ECM相关基因和蛋白的表达量。结果表明：1)与0 d相比,7、14和28 d十二指肠Ⅰ型胶原蛋白α2链(COL1A2)、Ⅲ型胶原蛋白α1链(COL3A1)、Ⅳ型胶原蛋白α2链(COL4A2)、Ⅴ型胶原蛋白α1链(COL5A1)、Ⅵ型胶原蛋白α1链(COL6A1)、纤维黏连蛋白1 (FN1)、肌腱蛋白C (TNC)和整合素α1(ITGA1)的mRNA相对表达量显著降低(P<0.05),且14 d十二指肠COL1A2和FN1的mRNA相对表达量显著低于28 d(P<0.05),14 d十二指肠COL3A1的mRNA相对表达量显著低于7和28 d(P<0.05),7 d十二指肠整合素β2(ITGB2)的mRNA相对表达量显著低于14和28 d(P<0.05)。2)与0 d相比,7、14和28 d空肠COL1A2、COL3A1、COL4A2...     

肉鸡肥胖基因WDTC1组织表达特性及油脂类型和水平对WDTC1基因表达的影响

肉鸡肥胖基因WDTC1(WD and tetratricopeptide repeats 1)是小鼠adipose基因的同源基因,是调控能量代谢、脂肪沉积和血清甘油三酯水平的关键基因。本试验旨在分析肉鸡WDTC1基因组织表达谱及不同类型和水平的油脂对肉鸡不同组织、不同日龄WDTC1基因表达的影响。随机挑选42日龄商品肉鸡母雏5只,进行WDTC1基因的组织表达谱分析。在此基础上,试验选取240只1日龄科宝肉鸡母雏,随机分为8个组(分别在饲粮中添加2.50%、5.00%的亚麻油、玉米油、芝麻油和猪油),每组6个重复,每个重复5只鸡,分别于21和42日龄时从每个重复随机选取1只肉鸡屠宰取样,通过三因素析因试验设计分析油脂类型、水平和肉鸡组织以及油脂类型、水平和肉鸡日龄对肉鸡WDTC1基因表达的交互效应。结果表明:1)WDTC1基因在肉鸡各个组织中广泛表达,其中在卵巢组织中表达量最高,其次是肝脏、肾脏、脑、肺脏、胸肌、心脏、小肠等组织,在胰腺组织中表达量最低。2)油脂类型对42日龄肉鸡不同组织中WDTC1基因相对表达量的影响极显著(P0.01),且油脂类型与肉鸡组织(P0.01)、油脂类型与油脂水平(P0.05)的交互效应显著;2.50%和5.00%油脂水平时亚麻油组42日龄肉鸡肝脏组织中WDTC1基因相对表达量显著高于腹脂组织(P0.05),且亚麻油组肝脏组织中WDTC1基因的相对表达量显著高于芝麻油组(P0.05);2.50%油脂水平时芝麻油组肉鸡腹脂组织中WDTC1基因相对表达量却显著高于亚麻油组(P0.05);油脂类型和水平对42日龄肉鸡胸肌组织中WDTC1基因相对表达量的影响无显著差异(P0.05)。3)油脂类型对不同日龄肉鸡肝脏组织中WDTC1基因相对表达量的影响极显著(P0.01),且油脂类型与油脂水平的交互效应显著(P0.05);2.50%和5.00%油脂水平时猪油组21日龄肉鸡肝脏组织中WDTC1基因相对表达量显著高于42日龄时(P0.05);2.50%油脂水平时亚麻油组肝脏组织中WDTC1基因相对表达量显著高于猪油组(P0.05),5.00%油脂水平时亚麻油和玉米油组42日龄肉鸡肝脏组织WDTC1基因相对表达量显著高于芝麻油组(P0.05)。由此可见,肉鸡WDTC1基因的表达有时空特异性,优势表达组织为肝脏,WDTC1基因表达量受油脂类型、肉鸡组织、肉鸡日龄、油脂类型与油脂水平以及油脂类型与肉鸡组织的交互影响。     

类乌齐牦牛EGLN1基因克隆、生物信息学分析及差异表达

为了对牦牛egl-9家族缺氧诱导因子1 (EGLN1)基因的CDS区核苷酸序列进行克隆,预测其编码的蛋白结构和功能,并分析其在牦牛和黄牛心脏、肺脏、肝脏及大脑等器官中的表达差异,试验根据GenBank中公布的黄牛EGLN1基因mRNA序列设计特异性引物,运用RT-PCR技术获取牦牛EGLN1基因的cDNA序列,对牦牛EGLN1基因CDS区核苷酸序列与蛋白质结构进行生物信息学分析,并构建系统进化树,利用荧光定量PCR技术检测黄牛和牦牛心脏、肺脏、肝脏、大脑中EGLN1基因的相对表达水平。结果表明:牦牛EGLN1基因CDS区序列长度为1 263 bp,编码420个氨基酸;EGLN1的半衰期为30 h,属于碱性蛋白,表现为亲水性,无信号肽及跨膜结构;磷酸化位点共30个,存在3个低复杂区域和1个P4Hc结构功能域;二级结构以无规则卷曲为主,三级结构由无规则卷曲、α-螺旋、延伸链和β-转角构成。牦牛和其他9种动物EGLN1基因序列构建系统进化树中,牦牛与水牛亲缘关系最近,同源性高达99.3%,与褐家鼠亲缘关系较远。EGLN1基因在黄牛和牦牛肝脏、大脑、心脏、肺脏4个器官中均有表达,表达量依次递减;EGLN1基因在牦牛各器官中的相对表达量均显著高于黄牛(P0.05),其中牦牛肝脏中的相对表达量约为黄牛的5.5倍。说明EGLN1基因可作为牦牛低氧适应性研究的重要基因之一。     

努比亚山羊PDK4基因克隆、序列分析及表达水平研究

为了探究努比亚山羊PDK4基因的脂质代谢途径,试验以40～48周龄努比亚山羊为研究对象,取其心脏、肾脏、肝脏、脾脏、背最长肌及皮下脂肪等组织/器官,分别提取总RNA,将其反转录为cDNA,采用PCR方法扩增PDK4基因片段,利用生物信息学软件分析PDK4基因序列,通过实时荧光定量PCR方法检测努比亚山羊不同组织/器官内PDK4基因的表达情况,同时以都安山羊为对照。结果表明：通过克隆成功获得努比亚山羊PDK4基因的CDS片段,其长度为1 224 bp,共编码407个氨基酸残基;PDK4基因核苷酸序列与GenBank中的绵羊、牛、欧亚猪、马、人、小鼠的同源性分别为99.3%、97.6%、93.0%、92.5%、91.0%、85.0%;努比亚山羊PDK4蛋白氨基酸组成中亮氨酸含量较高,占总氨基酸数的10.8%,属于亲水性蛋白;努比亚山羊PDK4蛋白大部分是由α-螺旋和无规则卷曲组成,少部分由延伸链和β-转角组成。此外,努比亚山羊皮下脂肪中PDK4基因相对表达量最高,与其他组织比较差异显著(P<0.05),且心脏中PDK4基因相对表达量最低;努比亚山羊皮下脂肪中的PDK4基因相对表达量显...     

骨发育相关基因表达水平与鹿茸重量的相关性分析

旨在研究骨发育相关基因在不同重量鹿茸的尖端表达规律,以期深入研究鹿茸生长发育分子调控机理。利用实时荧光定量PCR技术检测7个基因(MMP14、COL11A1、PHOSPHO1、RHOA、COL1A2、SPARC、CTNNB1)在不同重量鹿茸尖端组织mRNA的相对表达水平,分析骨发育相关基因表达水平与鹿茸重量的相关性;同时利用生物信息软件对目的基因是否存在关联和所参与的生物学过程进行初步研究。结果表明,高重量组鹿茸尖端上述7个基因的mRNA相对表达量都显著高于低重量组,且均与鹿茸重量呈显著正相关(P0.01或P0.05)。生物信息分析表明,骨发育相关基因的表达存在互作,MMP14、COL11A1、COL1A2、SPARC、RHOA、CTNNB1共同参与骨骼发育及软骨内骨化。结果提示,高低重量鹿茸的尖端组织中MMP14、COL11A1、COL1A2、SPARC、RHOA、CTNNB1、PHOSPHO1基因的表达存在差异,骨发育相关基因的表达水平会影响鹿茸的重量。     

太行鸡VIPR-1基因表达特点及其功能分析

旨在研究太行鸡血管活性肠肽受体-1(VIPR-1)基因的分子结构和特征,并结合该基因在高/低产蛋群体中的表达特性及其组织表达谱分析其功能。采集260日龄太行鸡高产(H)/低产(L)组个体血液、卵巢组织和内脏组织,分别提取DNA和RNA,随后将RNA反转录,设计VIPR-1特异性引物进行PCR扩增、克隆、测序,获得CDS区序列后运用生物信息学方法对序列结构进行分析;以鸡GAPDH基因作为内参,在不同组织中使用半定量RT-PCR进行组织表达谱分析;在H和L组卵巢组织中使用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对VIPR-1基因的表达量进行检测。结果显示,VIPR-1基因CDS区全长1 341 bp,共编码446个氨基酸,该基因编码蛋白的二级结构主要由α-螺旋、延伸、β-旋折叠及无规则卷曲4种结构组成;同源性分析显示,太行鸡VIPR-1基因与鸭、火鸡的同源性最高(分别为92.24%、90.11%),与其他动物一致性也在64.51%～67.18%之间。组织表达谱显示,VIPR-1基因在太行鸡卵巢中表达量最高;qRT-PCR分析表明,VIPR-1 mRNA在高产太行鸡卵巢组织中的表达量显著高于低产太行鸡(P0.05)。本研究为进一步探讨VIPR-1基因在家禽产蛋性能中的调控作用提供了依据,为后期深入研究蛋鸡产蛋分子机制奠定基础。     

滑液囊支原体贵州株膜蛋白EF-Tu、pdhβ免疫原性分析

为了研究鸡滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS)膜蛋白EF-Tu和pdhβ的免疫应答效果,试验针对目的基因设计特异性引物,经PCR扩增并构建原核表达载体,应用相关软件对其核苷酸和氨基酸序列进行生物信息学分析,对目的蛋白进行诱导表达并进行动物免疫试验。结果表明：PCR扩增EF-Tu和pdhβ基因得到特异性条带,大小为1 185 bp和993 bp;成功构建了重组质粒pET32a-EF-Tu和pET32a-pdhβ;滑液囊支原体贵州分离株(MS-GZ-ZJ株)同其他流行株的EF-Tu基因同源性在99.7%～100%之间,pdhβ基因同源性在99.6%～100%之间,说明MS-GZ-ZJ株EF-Tu、pdhβ基因高度保守;EF-Tu、pdhβ蛋白的分子质量分别为43 ku和35 ku,是稳定的亲水蛋白;EF-Tu蛋白二级结构以α-螺旋、无规则卷曲和延伸链为主,pdhβ蛋白以α-螺旋和无规则卷曲为主。表达的蛋白大小与预期相符,EF-Tu蛋白主要为可溶性表达,pdhβ蛋白主要为包涵体表达;EF-Tu、pdhβ重组蛋白均能与MS阳性血清特异性结合。EF-Tu重组蛋白不能单独诱...     

太行鸡CYP19A1基因克隆及生物信息学分析

试验旨在克隆蛋鸡CYP19A1基因,对其遗传结构进行生物信息学分析并探究其在太行鸡不同组织中及不同产蛋量个体中的表达情况。以河北省太行鸡为研究对象,通过设计引物对CYP19A1基因CDS区进行克隆测序,运用生物信息学软件对其功能结构进行预测。结果显示,CYP19A1基因含有一个1 509 bp的开放阅读框(ORF),编码502个氨基酸。同源性比对和系统发生树分析结果表明,太行鸡CYP19A1基因与鸭的同源性较高(90.7%),并且在不同物种间高度保守。对CYP19A1蛋白理化性质进行预测分析发现,该蛋白为亲水蛋白,蛋白分子式为C_(2602)H_(4103)N_(675)O_(719)S_(36),分子质量为57.51 ku,理论等电点为5.99,其中含量最高的是亮氨酸(为14.0%)。蛋白质二级结构由α-螺旋、延伸链、β-折叠及无规则卷曲4种结构组成,所占比例分别为58.95%、2.18%、3.93%和34.93%。组织表达谱分析发现,CYP19A1基因在不同组织中均有表达,但其在卵巢中表达量最高。实时荧光定量PCR结果显示,CYP19A1基因在太行鸡高产组卵巢中的表达量显著高于低产组(P0.05)。上述结果为研究太行鸡CYP19A1基因提供了重要的研究数据,为进一步挖掘太行鸡高产基因提供了参考。     

油脂类型对肉鸡不同组织甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因相对表达量的影响

本试验旨在探究油脂类型对肉鸡不同组织甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)基因相对表达量的影响。试验选用240只1日龄的科宝肉鸡母雏,随机分为8个组(4个单一油脂组,分别在饲粮中添加5.00%亚麻油、玉米油、芝麻油和猪油;4个混合油脂组,分别在饲粮中添加2.50%猪油+2.50%玉米油、2.50%猪油+2.50%芝麻油、2.50%亚麻油+2.50%玉米油和2.50%亚麻油+2.50%芝麻油),每组6个重复,每个重复5只鸡。试验期42 d。结果表明:1)组织及油脂类型与组织的交互作用对42日龄肉鸡组织GAPDH基因的相对表达量影响显著(P0.05),油脂类型对42日龄肉鸡组织GAPDH基因的相对表达量的影响不显著(P0.05)。42日龄肉鸡胸肌GAPDH基因的相对表达量显著高于肝脏和腹脂(P0.05),是肝脏的37.50~89.50倍,是腹脂的129.54~190.64倍,而42日龄肉鸡的GAPDH基因的相对表达量在肝脏与腹脂之间差异不显著(P0.05);玉米油组胸肌中GAPDH基因的相对表达量显著高于猪油组(P0.05)。2)21日龄肉鸡肝脏GAPDH基因的相对表达量显著或极显著高于42日龄(P0.05或P0.01)。3)油脂组合及油脂组合与日龄的交互作用对肉鸡肝脏GAPDH基因相对表达量的影响均不显著(P0.05),但日龄对肉鸡肝脏GAPDH基因相对表达量的影响显著(P0.05)。由此可见,油脂类型对肉鸡GAPDH基因的相对表达量的影响呈现组织间的差异,玉米油可提高胸肌GAPDH基因的相对表达量。42日龄肉鸡胸肌GAPDH基因的相对表达量显著高于肝脏和腹脂,21日龄肉鸡肝脏GAPDH基因的相对表达量显著高于42日龄     

三穗麻鸭Cofilin2基因序列分析及其组织表达研究

为探究三穗麻鸭丝切蛋白2(Cofilin2)基因特征及其在鸭组织中的表达规律,试验根据GenBank中鸡Cofilin2基因序列设计特异性引物,利用RT-PCR方法扩增获得目的基因,利用生物信息学软件分析三穗麻鸭Cofilin2基因特征,实时荧光定量PCR方法检测Cofilin2基因在三穗麻鸭不同组织中的表达情况。结果显示,三穗麻鸭Cofilin2基因编码区大小为498bp,可编码166个氨基酸;三穗麻鸭Cofilin2基因序列与鸡、猕猴、牛、小鼠、安大略鲑、人和猪相应序列的同源性分别为94.4%、91.6%、91.6%、87.6%、77.7%、70.5%和69.5%;系统进化树显示,Cofilin2基因在不同物种进化过程中高度保守;Cofilin2基因编码蛋白的二级结构由α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲组成,三级结构呈弯曲螺旋结构;实时荧光定量PCR检测显示,三穗麻鸭Cofilin2基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、脑、胸腺、十二指肠、腿肌和法氏囊等组织器官中均有不同程度表达,其中心脏中表达量最高,法氏囊中表达量最低。本试验结果为三穗麻鸭抗病分子机理研究奠定了基础。     

云上黑山羊WNT11组织表达及其功能分析

本文旨在研究云上黑山羊多羔性状相关基因WNT11的分子结构特征，结合该基因在高/低产云上黑山羊群体中表达特性及其组织表达谱，分析该基因在多羔性状中的功能。本研究采集20只云上黑山羊高产（H）/低产（L）组个体卵泡期卵巢、下丘脑、垂体、子宫、输卵管组织和血液，分别提取DNA和RNA，随后将RNA反转录成cDNA，设计WNT11特异性引物进行PCR扩增和测序，获得CDS区序列后运用生物信息学方法对序列结构进行分析；以山羊RPL19基因作为内参，在不同组织中使用实时荧光定量进行组织表达谱分析，并在H和L组卵巢组织中对WNT11基因的表达量进行检测。实验结果显示，WNT11基因CDS区全长1 176 bp，共编码391个氨基酸，该基因编码蛋白的二级结构主要由α-螺旋、β-片层延伸、β-转角及无规则卷曲4种结构组成；同源性分析显示，云上黑山羊WNT11基因与绵羊、牛的相似性最高（分别为100%、98.11%），与其他动物相似性也在92.18%～96.51%；组织表达谱显示，WNT11基因在云上黑山羊子宫中表达量最高。RT-qPCR分析表明，WNT11 mRNA在高产云上黑山羊卵巢组织中的表达量显...     

三穗麻鸭Cofilin2基因序列分析及其组织表达研究

为探究三穗麻鸭丝切蛋白2（Cofilin2）基因特征及其在鸭组织中的表达规律,试验根据GenBank中鸡Cofilin2基因序列设计特异性引物,利用RT-PCR方法扩增获得目的基因,利用生物信息学软件分析三穗麻鸭Cofilin2基因特征,实时荧光定量PCR方法检测Cofilin2基因在三穗麻鸭不同组织中的表达情况。结果显示,三穗麻鸭Cofilin2基因编码区大小为498 bp,可编码166个氨基酸;三穗麻鸭Cofilin2基因序列与鸡、猕猴、牛、小鼠、安大略鲑、人和猪相应序列的同源性分别为94.4%、91.6%、91.6%、87.6%、77.7%、70.5%和69.5%;系统进化树显示,Cofilin2基因在不同物种进化过程中高度保守;Cofilin2基因编码蛋白的二级结构由α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲组成,三级结构呈弯曲螺旋结构;实时荧光定量PCR检测显示,三穗麻鸭Cofilin2基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、脑、胸腺、十二指肠、腿肌和法氏囊等组织器官中均有不同程度表达,其中心脏中表达量最高,法氏囊中表达量最低。本试验结果为三穗麻鸭抗病分子机理研究奠定了基础。     

延黄牛ALDH1A1基因CDS序列克隆及其在各组织中的表达差异研究

为探索乙醛脱氢酶1A1(acetaldehyde dehydrogenase 1A1,ALDH1A1)基因功能,本试验以16月龄延黄牛母牛为研究对象,屠宰后采集心脏、肝脏、肺脏、肾脏、胃、十二指肠、皮下脂肪和背最长肌,提取总RNA。根据GenBank上公布的牛ALDH1A1基因mRNA序列(登录号:NM_174239.2),利用Oligo 7.0软件设计引物,应用RTPCR扩增ALDH1A1基因,将扩增产物连接pMD18-T载体进行克隆测序,获得延黄牛ALDH1A1基因完整CDS序列,应用生物信息学软件分析核苷酸序列及其蛋白结构。以延黄牛不同组织总RNA为模板,通过实时荧光定量PCR技术检测ALDH1A1基因在延黄牛各组织间的表达差异。结果显示,ALDH1A1基因CDS序列全长1 506bp,编码501个氨基酸;延黄牛ALDH1A1基因序列与野牛、牛的同源性最高(≥99.7%),与猫和豹的同源性分别为89.4%和89.6%,符合物种进化规律。ALDH1A1蛋白分子质量为54.805ku,理论等电点为7.16,亲水性较强,占86.4%,酸性氨基酸和碱性氨基酸分别占11.4%和12.2%,属于可溶性蛋白,但不是分泌性蛋白,无典型信号肽切割位点;存在31个氨基酸磷酸化位点(分值>0.5)。延黄牛ALDH1A1蛋白二级结构含有α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲,分别占42.12%、16.17%、8.18%和33.53%,与该蛋白三级结构预测结果相同。实时荧光定量PCR结果表明,ALDH1A1基因在延黄牛肝脏、胃、皮下脂肪、十二指肠和肾脏组织中极显著表达(P<0.01);在背最长肌中显著表达(P<0.05)。本试验结果为进一步开展延黄牛ALDH1A1基因功能及肉质基因筛选研究提供了参考依据。     

陆川猪Myf5基因克隆及其在背最长肌中发育性变化表达研究

为了获得广西陆川猪生肌调节因子(Myf5)基因编码区序列(CDS),并探讨该基因在陆川猪背最长肌中的发育性表达情况,试验以陆川猪背最长肌组织总RNA为模板,克隆获得Myf5基因CDS,运用生物信息学软件进行测序及分析,并利用实时荧光定量PCR技术检测30,150,180,240,300日龄陆川猪背最长肌中Myf5基因的相对表达量。结果表明:试验克隆得到的陆川猪Myf5基因CDS全长为768 bp;与GenBank上公布的香猪(KC456667.1)Myf5基因CDS的同源性为99.6%;陆川猪存在第205位点的C→A,导致亮氨酸突变为蛋氨酸;广西陆川猪与香猪的遗传距离最近,它们聚为同一支;陆川猪Myf5蛋白氨基酸组成中丝氨酸含量最高,占氨基酸总数的13.7%;Myf5蛋白具有较强的亲水性,其蛋白高级结构包含α-螺旋、延伸链和无规则卷曲;陆川猪背最长肌Myf5基因相对表达量表现为30日龄时最高,在30～240日龄呈下降趋势,240～300日龄呈上升趋势。     

梅花鹿Myf5基因的cDNA克隆及表达分析

为获得梅花鹿生肌调节因子(Myf5)基因编码区序列(CDS),并探讨该基因在雌雄梅花鹿及其不同部位的肌组织间差异表达情况,以成年健康雌雄梅花鹿心肌、背最长肌、股四头肌、臀大肌、肋间肌组织为试验材料,以臀大肌组织cDNA为模板克隆获得Myf5基因CDS,运用生物信息学软件进行测序及分析,并利用实时荧光定量PCR技术检测Myf5基因在不同部位的肌组织间相对表达量。结果表明：克隆得到的梅花鹿Myf5基因CDS全长为768 bp;与GenBank上公布的家牛(Gene ID:281335)Myf5基因CDS的同源性为99.61%;梅花鹿与家牛的遗传距离最近,聚为同一支;梅花鹿Myf5蛋白氨基酸组成中丝氨酸含量最高,占氨基酸总量的13.3%;Myf5蛋白具有较强的亲水性,其蛋白二级结构包含α-螺旋、延伸链、无规则卷曲和β-折叠;荧光定量结果分析表明,梅花鹿Myf5基因在雌、雄梅花鹿及其不同部位的肌组织间均有差异性表达。     

香苏杂交猪THTPA、TPK1基因组织表达及其与硫胺素含量的关联性分析

本文旨在探究THTPA、TPK1基因在香苏杂交猪不同组织中的相对表达量与硫胺素含量的关联性。通过克隆香苏杂交猪THTPA、TPK1基因CDS区，并利用生物信息学分析软件预测THTPA、TPK1基因编码蛋白的理化性质、二级和三级结构、不同物种间遗传距离、核苷酸同源性和构建进化树。qRT-PCR方法检测THTPA、TPK1基因在香苏杂交猪不同组织中的转录水平；对不同空腹时长处理的香苏杂交猪各个组织中THTPA、TPK1基因转录水平与硫胺素含量进行关联性分析。结果显示，香苏杂交猪THTPA、TPK1基因CDS区序列分别为693 bp和714 bp，编码的蛋白分子量分别为25 kDa和26 kDa；主要以无规则卷曲和α螺旋为主。qRT-PCR检测结果表明，THTPA、TPK1在各个组织中均有表达。对THTPA、TPK1基因转录水平与硫胺素含量进行关联性分析，THTPA、TPK1基因相对表达量极显著相关，THTPA基因相对表达量与硫胺素含量极显著相关，TPK1基因相对表达量与硫胺素含量极显著相关。本研究成功克隆出香苏杂交猪THTPA、TPK1基因，并进行生物信息学、组织表达特征分析，研究结果为后...     

延黄牛ALDH1A1基因CDS序列克隆及其在各组织中的表达差异研究

为探索乙醛脱氢酶1A1(acetaldehyde dehydrogenase 1A1,ALDH1A1)基因功能,本试验以16月龄延黄牛母牛为研究对象,屠宰后采集心脏、肝脏、肺脏、肾脏、胃、十二指肠、皮下脂肪和背最长肌,提取总RNA。根据GenBank上公布的牛ALDH1A1基因mRNA序列(登录号:NM_174239.2),利用Oligo 7.0软件设计引物,应用RTPCR扩增ALDH1A1基因,将扩增产物连接pMD18-T载体进行克隆测序,获得延黄牛ALDH1A1基因完整CDS序列,应用生物信息学软件分析核苷酸序列及其蛋白结构。以延黄牛不同组织总RNA为模板,通过实时荧光定量PCR技术检测ALDH1A1基因在延黄牛各组织间的表达差异。结果显示,ALDH1A1基因CDS序列全长1 506bp,编码501个氨基酸;延黄牛ALDH1A1基因序列与野牛、牛的同源性最高(≥99.7%),与猫和豹的同源性分别为89.4%和89.6%,符合物种进化规律。ALDH1A1蛋白分子质量为54.805ku,理论等电点为7.16,亲水性较强,占86.4%,酸性氨基酸和碱性氨基酸分别占11.4%和12.2%,属于可溶性蛋白,但不是分泌性蛋白,无典型信号肽切割位点;存在31个氨基酸磷酸化位点(分值0.5)。延黄牛ALDH1A1蛋白二级结构含有α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲,分别占42.12%、16.17%、8.18%和33.53%,与该蛋白三级结构预测结果相同。实时荧光定量PCR结果表明,ALDH1A1基因在延黄牛肝脏、胃、皮下脂肪、十二指肠和肾脏组织中极显著表达(P0.01);在背最长肌中显著表达(P0.05)。本试验结果为进一步开展延黄牛ALDH1A1基因功能及肉质基因筛选研究提供了参考依据。