基于Web的中国地方鸡品种生物信息查询系统的设计与实现

构建独立的中国地方鸡品种生物信息查询系统是解决海量地方鸡品种信息存储和快速搜索策略问题的基础.该系统结合鸡的遗传与育种实际,立足中国特色资源,采用ASP编程技术和Microsoft SQL Server 2005数据库技术,以Windows 2003 Server为开发平台,将相关异质数据快速生成生物信息二次数据库,与...     

异构数据库间数据交换工具的设计与实现

针对各异构数据库之间数据交换存在的问题,提出了基于元数据映射规则的异构数据库之间的数据交换模型,并采用自描述的XML文件作为数据交换的中介,运用自定义的格式存储元数据信息和数据内容,结合元数据映射规则,设计和研发了一个异构数据库之间的数据交换工具——DataExchanger,实现了各异构数据库之间无障碍的数据交换。     

基于基因本体文件XML文档与数据库记录相互转换的初步研究

分析了XML与数据库各自的特点,以及基于基因本体文件信息互相转换的必要性,以基因本体文件如何在这两种格式下进行相互转换为例,探讨了XML文档与数据库记录的相互转化的具体方法。     

OAI-PMH中元数据转换研究

OAI作为元数据收割的一种机制,互操作是其不能绕开的话题。以书目数据CNMARC为例,阐述了收割过程中CNMARC记录转换为XML的两种方式,并给出XML格式的CNMARC的Schema文件,为OAI中元数据的转换提供一个数据类型的定义参考。     

基于代理程序快速开发生物信息二次数据库

以构建鸡基因组全序列二次数据库为例,探讨Windows操作系统下,编译Web代理程序,快速开发生物信息二次数据库的一般过程。研究通用代理程序开发本地化生物信息二次数据库的具体步骤,所涉及的关键技术以及常见问题解决。解决了海量生物信息自动下载与处理问题,经反复调试实现了示例程序鸡基因组全序列二级数据库系统的快速构建。     

基于J2EE和纯XML技术架构的元数据管理系统设计与实现

结合当前元数据管理系统存在的不足,以灵活、快捷、高效为目标,设计并实现了一个纯XML技术架构的元数据管理系统.系统采用XMLSchema描述元数据结构,并根据该结构自动在后台XML数据库系统中建库,自动生成用户界面,在前端采用XForm装载和提交XML数据,在业务逻辑层利用XML数据库访问接口和XQuery查询语言,实现数据的存取.系统还对元数据建立Lucene索引,从而使其支持全文搜索.     

生物信息学数据库及查询

随着生物分子数据的指数增长,生物信息学相关数据库也有了空前的发展.介绍了生物信息学数据库的最新研究进展,并分别对核酸和蛋白质序列数据库、生物大分子结构数据库及基因组数据库的主要站点资源进行了评价,以大的生物信息中心NCBI开发的Entrcz系统和EBI开发的SRS系统为例,介绍了数据库查询的基本方法.     

基于MapXtreme的中国地方鸡种信息管理系统的设计与实现

众多优良的地方鸡种是中国宝贵的遗传资源,必须建立品种资源数据库进行管理。考虑到鸡种资源具有显著的分散地域特征,针对目前鸡种信息管理系统缺乏GIS显示与分析功能的现状,以MapXtreme技术为支撑开发了中国地方鸡种信息管理系统。利用地理信息技术实现鸡种资源的可视化管理,能够方便、快捷地存储、显示、查找和分析鸡种资源信息...     

番茄斑萎病毒属病毒S RNA序列比对

从生物信息数据库NCBI中搜索并下载最新有关番茄萎斑病毒属Tospovirus各种间S RNA片段全长序列以及该片段上NSs、N的核酸和蛋白质序列着手,运用DNAstar和DNAMAN以及NPSA等生物信息软件对其进行比对分析,结果发现,以NSs蛋白序列建立的系统进化树显示CCSV和TZSV之间的同源性为85.8%,IYSV和TYRV之间的同源性达90%,MYSV和PSMV间的同源性为97.5%;通过N蛋白序列分析显示,Tospovirus属中有7组同源性较高的种;在Tospovirus属病毒中非极性氨基酸含量最高,极性酸性氨基酸最少,比较TSWV中抗性破坏RB株系与普通株系在NSs、N核酸、蛋白质序列、氨基酸含量和蛋白质二级结构之间的差异,发现差异不显著.     

番茄斑萎病毒属病毒SRNA序列比对

从生物信息数据库NCBI中搜索并下载最新有关番茄萎斑病毒属Tospovirus各种间SRNA片段全长序列以及该片段上NSs、N的核酸和蛋白质序列着手,运用DNAstar和DNAMAN以及NPSA等生物信息软件对其进行比对分析,结果发现,以NSs蛋白序列建立的系统进化树显示CCSV和TZSV之间的同源性为85.8%,IYSV和TYRV之间的同源性达90%,MYSV和PSMV间的同源性为97.5%;通过N蛋白序列分析显示,Tospovirus属中有7组同源性较高的种;在Tospovirus属病毒中非极性氨基酸含量最高,极性酸性氨基酸最少,比较TSWV中抗性破坏RB株系与普通株系在NSs、N核酸、蛋白质序列、氨基酸含量和蛋白质二级结构之间的差异,发现差异不显著.