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基因组选择常用的评估方法GBLUP和ssGBLUP都涉及到基因组亲缘矩阵的求逆,而大规模矩阵求逆运算非常耗时。本研究以提高大型基因组亲缘矩阵求逆运算的效率为目的。本研究通过真实数据和模拟数据构建基因组亲缘矩阵,引入Intel MKL矩阵函数,以减少迭代次数(方法1)和重复分块(方法2)两种方式改良分块迭代求逆算法,编程实现算法并在台式电脑和服务器上测试计算时间。结果表明,利用方法1计算4 000×4 000的基因组亲缘矩阵逆矩阵时,与MKL库函数的加速比为0.898。而16 000×16 000矩阵的计算速度为MKL库函数的1.006倍。利用方法2计算4 000×4 000矩阵的运算速度是MKL库函数的1.084倍;而在更大型的128 000×128 000基因组亲缘矩阵求逆运算时,该方法与MKL直接求逆函数的加速比为1.805倍。相比于MKL直接求逆函数,改进后的两种方法在效率上有一定程度的提升。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2020,(8)
基因组选择常用的评估方法GBLUP和ssGBLUP都涉及到基因组亲缘矩阵的求逆,而大规模矩阵求逆运算非常耗时。本研究以提高大型基因组亲缘矩阵求逆运算的效率为目的。本研究通过真实数据和模拟数据构建基因组亲缘矩阵,引入Intel MKL矩阵函数,以减少迭代次数(方法1)和重复分块(方法2)两种方式改良分块迭代求逆算法,编程实现算法并在台式电脑和服务器上测试计算时间。结果表明,利用方法1计算4 000×4 000的基因组亲缘矩阵逆矩阵时,与MKL库函数的加速比为0.898。而16 000×16 000矩阵的计算速度为MKL库函数的1.006倍。利用方法2计算4 000×4 000矩阵的运算速度是MKL库函数的1.084倍;而在更大型的128 000×128 000基因组亲缘矩阵求逆运算时,该方法与MKL直接求逆函数的加速比为1.805倍。相比于MKL直接求逆函数,改进后的两种方法在效率上有一定程度的提升。 相似文献
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本文提出利用随机不完全区组设计消除营养试验中动物异质性的方法,并举出实例说明方法的应用。计算结果表明,这种方法能有效地校正处理、误差平方和与处理均数,相对于完全随机设计能增加设计效率63%,对提高试验结果的可靠性具有重要作用。 相似文献
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用肛门体温计和热原测温仪,两种不同测试方法进行热原检测。结果表明,热原测温仪比肛门体温计测定误差小,检测样品量较多。并对热原检查中产生误差的原因和避免方法进行了试验。 相似文献
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原油交接计量是在测量条件下测量出交接的原油质量参数,用测得的参数计算标准参比条件下结算的不含水原油的数量。本文从误差的来源分析了原油交接计量过程中产生的误差及原因,阐述了控制计量误差的方法,并结合中心化验室近年来的经验,总结了计量化验的管理方法。 相似文献