刺梨ISSR-PCR反应体系的建立和优化

以刺梨为试材,对影响ISSR．PCR扩增结果的主要影响因素包括Mg^2＋、TaqDNA聚合酶、dNTPs、引物、模版DNA的浓度及引物退火温度进行了优化筛选。确立了适合刺梨ISSR．PCR分析的最佳反应体系,即20μL反应体系中各组分浓度分别为：10×buffer 2．0μL,Mgz＋1．875mInoI／L。TaqDNA聚合酶1．0U,dNTPs0．1mmol／L,引物2．0μmol／L,模板DNA20ng。PCR扩增程序：94。c预变性5min,94℃变性1min,48℃退火温度45S,72℃延伸1min,34个循环,72℃后延伸6min。利用优化体系对3个刺梨品种进行体系稳定性检测,结果表明该优化体系的重复性和稳定性良好。     

石榴ISSR-PCR反应体系的正交设计优化

现利用正交设计L16(45)探讨DNA模板、Mg2+、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶对石榴ISSR-PCR反应体系的影响,首次应用加权平均法及百分制对正交实验结果进行评分,并应用DPS数据处理系统进行数据分析;同时对石榴ISSR-PCR最佳反应体系进行退火温度梯度试验。结果表明:适合石榴的ISSR-PCR最优反应体系(25μL)为:Mg2+1.75 mmol/L、dNTPs0.15 mmol/L、TaqDNA聚合酶1 U、引物0.8 mmol/L、DNA模板20 ng;引物UBC 811的最适退火温度为51.2℃,且最适退火温度因引物而异。     

西瓜ISSR-PCR体系的正交优化研究

采用正交试验设计的方法,建立了西瓜ISSR分析的优化反应体系,即20μL反应体系中含有1×buffer,dNTP200μmol/L、Primer1.0μmol/L、MgCl21.5mmol/L、Taq酶1U和模板DNA40ng。适宜的扩增程序为94℃5min,94℃30s,53℃45s,72℃90s,35个循环;72℃5min,4℃保存。     

无患子基因组DNA提取及ISSR-PCR反应体系的建立与优化

应用改良CTAB法提取了无患子基因组DNA,该方法具有操作过程简单、耗时少、能有效降低无患子基因组DNA提取过程中酚类化合物、多糖等杂质的污染。正交试验研究了dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶这3个因素对ISSR-PCR反应的影响,建立并优化了适合于无患子ISSR-PCR的反应体系。优化的反应总体系20μl含1×PCR Buffer,0.4 mmol.L-1dNTP,0.8μmol.L-1引物,0.75 U Taq DNA聚合酶,20 ng DNA模板。使用此ISSR扩增反应体系,获得了部分不同种质无患子DNA的清晰条带,验证了该体系的稳定性。优化的反应体系为后续无患子遗传多样性的研究奠定了基础。     

桦褐孔菌ISSR-PCR反应体系优化与建立

采用改良CTAB法提取了桦褐孔菌总DNA,确定ISSR最适25 μL反应体系为模板DNA浓度15 ng·μL-1,dNTPs 浓度150 μmol· L-1,引物浓度25 μmol·L-1,Taq DNA聚合酶浓度2.0 U,Mg2+浓度1.4 mmol· L-1,10×buffer 2.5 μL,其余用ddH2O补足;确定ISSR扩增程序为:94℃预变性5 min,35个循环:94℃变性1 min、45℃～51℃退火1 min(退火温度因不同引物而定)、72℃延伸1 min,最后72℃延伸5 min,4℃保存.筛选出16条ISSR引物,并成功应用引物UBC842完成了21株桦褐孔菌的ISSR-PCR反应.     

平欧杂种榛ISSR反应体系的优化与验证

以5-’(AG)8(AGC)C-3’为引物对育种代号为82-6的平欧杂种榛品系的ISSR反应体系中各个主要影响因子进行优化筛选。结果表明:在20μL ISSR反应体系中各组分的最适浓度分别是,DNA模板为2.5 ng/μL,Mg2+浓度为1.875 mmol/L,1×buffer(不含MgCl2),引物的浓度为0.3μmol/L,Taq DNA聚合酶1 U,dNTP浓度为200μmol/L。并利用该优化体系对平欧杂种榛的15个品种(系)进行了ISSR扩增,证实该体系稳定可靠。     

正交设计优化大白菜ISSR-PCR反应体系

以大白菜为试材,采用新型植物基因组DNA提取试剂盒提取大白菜基因组DNA,采用正交实验设计方法,对dNTPs、Mg2+、Taq DNA聚合酶、引物、及模板DNA五因素四水平进行优化,筛选并建立了适合大白菜的ISSR-PCR反应体系。结果表明:25μL的反应体系中含有1.5mmol/L Mg2+、200μmol/L dNTP、0.5UTaq DNA聚合酶、0.7μmol/L引物、30ng模板DNA。在此基础上探讨了最佳循环次数,应用该优化反应体系,用3个不同循环数对资源DNA进行ISSR-PCR扩增,结果显示优化的反应体系适宜的循环次数是30。     

云南松ISSR-PCR反应体系建立及优化

为建立和优化云南松ISSR-PCR反应体系,运用正交实验分析了模板DNA、TagDNA聚合酶、引物、Mg~(2+)和dNTPs 5个因子对云南松ISSR-PCR反应的影响。结果表明:云南松ISSR-PCR 25μL反应体系中5个因子最佳水平为:DNA模板为3.6 ng、TagDNA聚合酶为2.0 U、引物浓度为0.8 mmol/L、dNTPs浓度为0.20 mmol/L、Mg~(2+)浓度为2.0 mmol/L。     

豇豆ISSR-PCR反应体系的建立

以豇豆为试材,用新型植物基因组DNA提取试剂盒提取豇豆DNA,选取Mg~(2+)、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物及模板DNA为主因素进行正交优化试验,从3个不同循环次数中筛选出最佳效果循环次数。结果表明:优化的反应体系为25μL的反应体系中Mg~(2+)1.0 mmol/L、dNTP 0.2μmol/L、Taq DNA聚合酶1.5 U、引物0.3μmol/L、模板DNA 45 ng,循环次数为40次。     

野生茄子cDNA-AFLP分析体系的优化和建立

以高抗黄萎病的野生茄子托鲁巴姆的根为试材,对影响cDNA-AFLP分析体系的6个关键因素进行分析,以期建立适宜茄子的cDNA-AFLP分析体系,并得到清晰可辨的cDNA-AFLP图谱。结果表明:采用改良的Trizol法提取的RNA较完整,纯度较高;置换合成法合成双链cDNA成本低且效率高;连接产物取原液作为预扩增反应的模板,预扩增产物稀释50倍作为选择性扩增的模板,在25μL反应体系中加入2μL的MgCl2(25mM)和0.2μL的dNTPs(10mM),可以获得带型丰富且重复性好的结果。     

花椰菜最适ISSR反应体系的建立及优化

以花椰菜9901A×9908杂交种为材料,用高盐低pH值法提取的基因组DNA为模板,对ISSR-PCR反应体系中的镁离子浓度、dNTP浓度、Taq DNA聚合酶量、引物用量以及最适退火温度等影响因子进行了优化和筛选,建立了适合花椰菜的ISSR反应体系:20 μL PCR反应体系,含10×PCR反应缓冲液2 μL,2.0 mmol/L MgCl2,4×dNTP混合物0.2 mmol/L,引物0.5 μmol/L,Taq酶1.5 U,基因组DNA约30 ng,最适退火温度为52.8℃.     

木菠萝ISSR反应体系的建立和优化

以木菠萝为材料,研究了模板DNA、Taq DNA聚合酶、引物、Mg2+ 及dNTPs浓度对ISSR-PCR扩增结果的影响,得出木菠萝ISSR的较佳反应体系为:在20μI反应体系中DNA模板1.6 ng·μI-1,Taq DNA聚合酶1.25 U·(20μl)-1,引物0.24 μmol·L-1,dNTPs 0.2 mmol-1 ,Mg2+ 2 mmol· L-1,10×PCR缓冲液2.0μl.     

正交设计对‘红阳’猕猴桃ISSR反应体系的优化研究

以‘红阳’猕猴桃及其杂交F1代为试材,通过正交设计对ISSR-PCR扩增反应的影响因子进行优化,初步确立了适合‘红阳’猕猴桃ISSR-PCR反应体系:总体积20μL,10×PCR buffer2.0μL,Mg2+0.75 mmol/L,Taq酶1.5 U,模板DNA 60 ng,引物1.25μmol/L,dNTPs 0.15mmol/L。扩增程序:94℃预变性7 min,94℃变性30 s,50~58℃退火45 s,72℃延伸2 min,45个循环,72℃延伸7 min。引物UBC841的最佳退火温度为58.5℃。应用该优化反应体系,用UBC835对35份杂交F1代DNA进行ISSR-PCR扩增,结果显示优化后的反应体系具有较高的稳定性。     

蜡梅ISSR反应体系的优化

通过不同浓度Mg2 、dNTP、模板DNA、引物的组合试验、及不同浓度引物、Taq DNA聚合酶的单因素试验,筛选蜡梅最佳ISSR反应体系为:每20μL中含1×PCR buffer、2.5 mmol·L-1 MgCl2、0.2 mmol·L-1 dNTP、0.3μmol·L-1引物、30ng模板DNA、1U TaqDNA聚合酶;同时通过梯度PCR试验确定了不同引物的适宜退火温度.     

黄皮ISSR分析体系的建立与优化

以广西无核黄皮为试材,采用改进的CTAB法提取高质量总DNA模板.对PCR循环次数、Mg2 浓度、退火温度、DNA聚合酶浓度等影响ISSR反应的主要因子进行了优化和筛选,建立了标记点位清晰、稳定、重复性好、适宜黄皮ISSR分析的反应体系;为在DNA分子水平上进一步运用ISSR标记对黄皮种质资源进行分析奠定了基础.     

云南三台核桃ISSR体系优化

试验以云南三台核桃幼叶为试材提取基因组DNA,并用正交设计方法,比较了Taq酶、Mg2+、引物d、NTPs和DNA模板等5因素5水平共25个反应体系的ISSR-PCR扩增结果。确定三台核桃ISSR-PCR的反应体系为:20μL反应体系中Taq酶0.25 U、Mg2+为2.0 mM/L、引物0.8μM/Ld、NTPs 0.4 mM/L1、0×PCR Buffer 2μL和10 ng模板DNA。该体系的建立为今后利用ISSR技术进行三台核桃遗传图谱的构建、基因定位、种质资源鉴定与分类和遗传多样性分析奠定了技术基础。     

李ISSR—PCR反应体系的优化

本研究以田黄李叶片总DNA为材料,分析了DNA模板浓度、循环次数、退火温度和引物浓度等因素对李ISSR—PCR效果的影响。根据试验结果建立李ISSR—PCR扩增的最佳反应体系。试验结果表明,当模板DNA量为40ng,引物浓度为0．3或0．4斗M,退火温度为48．8℃,循环数为35或40时可获得较好的扩增效果。     

ISSR反应中空气污染及其预防

对ISSR反应中污染的来源进行了分析与讨论,提出了解决ISSR反应污染的方案,为准确进行ISSR分析奠定了基础.