2006年至2010年山东省鸡传染性支气管炎病毒分子变异的研究

为研究山东省鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的遗传变异规律,本研究2006年～2010年从山东省发病的商品鸡中分离鉴定了17株IBV,并对其S1基因、N基因和M基因分别进行RT-PCR扩增、测序及遗传进化分析.序列分析结果表明:与疫苗株H120相比,17个分离株S1蛋白的变异程度较大,存在广泛的基因突变和氨基酸替代,多数病毒株还存在氨基酸的插入;N蛋白无碱基的缺失和插入,仅存在核苷酸的突变和氨基酸的替代;M蛋白除病毒株CK/CH/SD09/005插入3个碱基外,其它16个分离株仅存在少数的碱基突变和氨基酸替代.S1基因、N基因和M基因的系统进化分析结果表明多数分离株的3个基因在进化上相对平行,与国内分离株LX4同属一个进化分支,同源性较高;分离株SDYT0605的3个基因与疫苗株H120同源性较高,可能是免疫压力下变异的疫苗株;分离株SDTA06111、SDWF0608和CK/CH/SD09/005的S1基因、N基因和M基因分属于不同的进化分支,可能发生了基因重组.本研究结果显示基因突变、插入和不同基因之间的重组是免疫压力下IBV变异的主要方式.     

两株鸡传染性支气管炎病毒的分离鉴定及S1基因序列分析

为调查广东地区鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的流行及其遗传变异情况,本研究通过病料SPF鸡胚接种和鸡胚尿囊液的RT-PCR鉴定,于2013年从广东湛江地区不同发病鸡场分离到两株IBV,分别命名为CK/CH/GD/ZJ10/2013和CK/CH/GD/ZJ11/2013,并对这两株IBV的S1基因进行序列分析。结果显示,CK/CH/GD/ZJ10/2013株S1基因全长1 626 bp,编码542个氨基酸,其裂解位点为NRFRR,属于基因型Ⅲ,并推测其为基因型Ⅲ毒株(CK/CH/GX/NN11-3)与基因型Ⅰ毒株(GX-NN-6)在S1基因处发生重组而产生的新毒株;CK/CH/GD/ZJ11/2013株S1基因全长1620 bp,编码540个氨基酸,其裂解位点为HRRRR,属于基因型Ⅰ(类QX型);两株IBV的S1基因间核苷酸序列及其推导的氨基酸序列同源性较低,与位于同一基因型的参考毒株间同源性较高,而与中国使用的Mass型常规疫苗H120和H52之间的同源性最低,仅为75.7%~76.3%和77.1%~77.9%。本研究可为广东省IBV的流行病学调查和分子生物学研究提供参考。     

鸡传染性支气管炎病毒AH1/15株S1基因的克隆与序列分析

2015年1月从安徽省某疑似患鸡传染性支气管炎鸡场中分离到一株鸡传染性支气管炎病毒,命名为AH1/15株,使用特异性引物对AH1/15分离株S1基因进行扩增、克隆及序列测定,并将其与国内外流行株及参考毒株进行比对。结果显示,IBV AH1/15株S1基因全长为1638 bp;同源性分析结果发现,AH1/15株与国内外疫苗毒株核苷酸同源性为57.0%~59.6%;遗传进化分析结果发现,AH1/15株与国内外主要疫苗株以及流行的LX4型毒株亲缘关系较远,与近几年国内分离的CK/CH/GX/NN11-4、CK/CH/GD/CG11、CK/CH/SD09/005等毒株亲缘关系最近。结果表明,AH1/15是一株不同于疫苗株和流行株的变异株。     

4株鸡肾型IBV陕西分离株3种主要结构蛋白基因的遗传变异分析

采用RT—PCR方法对近年来本实验室分离的4株肾型IBV陕西分离株的纤突蛋白S1基因、膜蛋白基因（M）和核蛋白基因（N）分别进行扩增,测序后进行遗传变异分析。结果显示：与肾型疫苗株w93相比,各分离株S1基因均存在广泛的点突变,并且都存在基因插入现象,分离株之间氨基酸同源性为75．8％～99．4％;M基因除了存在点突变外,W09和WNl2在其5’端还存在9个核苷酸的缺失,分离株之间氨基酸同源性为91．0％～99．6％;N基N无插入和缺失,但存在基因点突变,分离株之间氨基酸同源性为99．3％～99．5％。4株IBV分离株在S1、M和N基因氨基酸系统进化树上分属于不同的进化群,且都与较早的肾型IBV陕西分离株w118遗传距离较远。结果表明,4株鸡肾型IBV流行毒株的s1、M和N基因均存在不同程度变异,这可能是免疫鸡群肾型鸡传染性支气管炎长期流行的主要原因．     

1株鸡传染性支气管炎病毒变异株的分子特征和抗原性分析

从山东省发病商品鸡群分离鉴定了1株鸡传染性支气管炎病毒,命名为CK/CH/SD09/005.S1基因序列分析发现,该株和同期分离的16个IBV流行株与疫苗株H120和491同源性分别为65.2％和66.0％.BLAST发现,CK/CH/SD09/005株仅与GenBank中3个广东分离株同源性较高(98.6％～98.8％),并形成独立的进化群.分别以H120和491为参考株,除了广泛的点突变,CK/CH/SD09/005 S1基因在多个位点发生了插入和缺失,CK/CH/SD09/005 N基因仅发生了点突变,没有基因插入和缺失；M基因除了发生点突变之外,分别在16～18和7～18位发生了碱基插入.鸡胚中和试验结果显示,CK/CH/SD09/005与H120和491均有交叉中和性,抗原相关性分别为0.18和0.09,应属于Mass和793/B之外新的血清型.结果表明,IBV S1基因可同时通过点突变、插入和缺失产生变异株,增加了免疫预防的难度.     

鸡传染性支气管炎病毒广西流行株3种主要结构蛋白基因的遗传变异分析

为了解鸡传染性支气管炎病毒(IBV)广西流行株的遗传变异情况,应用RT-PCR方法对2004-2007年的7株广西IBV分离株的纤突蛋白S1基因、核(N)蛋白和膜(M)蛋白基因进行扩增、克隆、测序和同源性比较及系统进化分析。结果显示广西IBV分离株S1基因存在广泛的基因点突变,部分毒株出现基因插入和缺失,分离株之间氨基酸同源性为74.2%～98.7%;N基因无插入和缺失,但存在基因点突变,分离株之间氨基酸同源性为91.7%～99.3%;M基因存在点突变和插入现象,分离株之间氨基酸同源性为90.7%～98.2%。以疫苗株H120为参照,广西IBV分离株的S1、N和M基因都出现了变异,其中S1基因变异程度最大。7株广西IBV在S1、N和M基因氨基酸序列系统进化树中分别集中在2、3和3个基因群中,其中4株的S1、N和M基因分型结果不一致。结果表明广西IBV分离株的S1、N和M基因已发生变异,广西IBV存在广泛的基因突变、缺失或插入现象。研究的结果提示流行株的遗传变异可能是目前影响疫苗免疫效果的主要原因。     

鸡传染性支气管炎病毒分离鉴定及S1基因遗传演化分析

为调查辽宁地区鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的流行及遗传演化情况,从辽宁某鸡场疑似鸡传染性支气管炎病料中分离得到1株病毒,经分子生物学检测、鸡胚矮小化试验、新城疫病毒血凝特性干扰试验和动物回归试验,确定该毒株为IBV,并命名为CH/LN/2019。扩增该毒株S1基因并进行序列分析发现,分离株S1基因全长1 620 nt,编码540个氨基酸,S1蛋白裂解位点为HRRRR,属于基因Ⅰ型(QX型)毒株;同源性比对发现,分离株与基因Ⅰ型代表毒株QXIBV株的核苷酸和氨基酸序列同源性最高,分别为95.6%和94.8%;与国内常规型疫苗H52、H120和Ma5毒株的同源性较低,核苷酸和氨基酸序列同源性仅为77.2%~76.9%和75.4%~76.2%。本试验为辽宁地区鸡传染性支气管炎的流行病学调查及免疫防控提供了参考。     

鸡传染性支气管炎病毒CK/CH/LDL05Ⅱ的分离鉴定及生物学特性

采取2005年大连某鸡场发病鸡群萎缩的输卵管进行处理,经鸡胚尿囊腔接种SPF鸡胚,分离到1株病毒。通过致SPF鸡胚病变特征、病毒对鸡外周血红细胞凝集特性、病毒粒子形态学特征、对SPF鸡致病性及死亡率等方面的研究,发现病毒经鸡胚传毒至第3代可致鸡胚生长发育障碍(侏儒胚)、胚体严重卷曲且大腿及尾部有点状出血;病毒囊液不凝集鸡的外周血红细胞;在电镜下呈球形,病毒囊膜表面有疏松排列的棒状纤突,具有冠状病毒粒子的形态特征;以105.5×EID50/0.1mL的病毒接种15日龄的SPF雏鸡,鸡群发病率为22/22(100%),死亡率为12/22(54.5%)。根据以上结果确定该病毒为冠状病毒,命名为CK/CH/LDL05Ⅱ。在此基础上,用RT-PCR对CK/CH/LDL05Ⅱ的核蛋白基因进行了克隆、测序和分析。与GenBank中26株IBV参考毒株核蛋白基因序列进行比较分析,发现该毒株与我国2004年分离IBV毒株CK/CH/LDL/04Ⅱ的N基因推导氨基酸同源性最高(97.5%),表明两者具有较近的亲缘关系。这一结果不但从分子水平证实毒株CK/CH/LDL05Ⅱ是鸡传染性支气管炎病毒,而且表明该血清型的毒株最近连续2年...     

猪流行性腹泻病毒广东分离株GD/JMEP的遗传演化分析

为了解广东地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行现状,对广东地区猪场进行了PEDV流行株的分离,分离得到1株猪流行性腹泻病毒,对分离毒株的S、N、M及ORF3基因进行遗传演化分析。结果表明:检测的PEDV毒株GD/JMEP与经典的CV777毒株亲缘关系较远,与近几年广东地区流行的PEDV毒株处于一个群,亲缘关系较近;通过ORF3序列分析发现,未有核苷酸的缺失;N、M基因核苷酸和氨基酸同源性分析发现,GD/JMEP与EAS1等经典毒株的同源性相对较低,与2013—2015年中国、美国、韩国等流行毒株的同源性较高;相比于经典传统毒株CV777,GD/JMEP的N基因存在9个氨基酸的差异,M基因存在11个核苷酸位点的变异和3个氨基酸的改变S基因存在几个位点核苷酸的缺失或者插入;与目前流行毒株比较,M、N基因存在核苷酸位点的改变,S基因在406位点存在新的突变;通过氨基酸比对分析,GD/JMEP发生了6个新的氨基酸位点突变,表明本试验所检测的PEDV为目前广东流行毒株。     

新疆1株鸡传染性支气管炎病毒的分离鉴定及S1基因序列分析

为了解乌鲁木齐市鸡传染性支气管炎(IB)的流行特征，本研究利用鸡胚培养、RT-PCR、新城疫病毒(NDV)干扰及鸡胚半数感染量(EID₅₀)测定等多种方法分离到一株鸡传染性支气管炎病毒(IBV),将其命名为IBV/CK/CH(XJ)/01/2020。对其S1基因进行序列测定及比对分析发现，该分离株在鸡胚上连传5代出现侏儒胚现象，并且可以抑制NDV在鸡胚中的增殖，经计算其EID₅₀为10^-4.58/0.1 mL,为中等毒力毒株，攻毒组与正常组比较，雏鸡气管内有大量黏液且肺脏肿大，表现为呼吸型毒株特征，且其S蛋白裂解位点序列为HRRKR,与TC07-2、GX-NN0903等毒株形成一个独立的发育进化群，均属于TC07-2/GVI-1型IBV;与国内常用的H120、H52、M41等疫苗株的同源性仅为59%～65%。本研究为新疆地区IB的流行病学提供参考，也为当地IB的防控提供了理论依据。     

1株QX型鸡传染性支气管炎病毒的S1基因序列分析及致病性研究

为跟踪鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的流行及致病特性,2020年从安徽某蛋鸡场采集的发病鸡气管和肾脏组织中分离到1株病毒,对其进行生物学特性鉴定及致病性分析,确定该毒株为IBV,并命名为CK/CH/LAH/20-6。分离毒株可引起鸡胚发育受阻,呈现侏儒胚、蜷缩胚等特征性病变;S1基因检测及遗传演化分析表明,S1基因大小为1 620 bp,属于QX型毒株,与华南地区CK/CH/SHD/GM17-1分离株S1基因同源性高达99.9%;14日龄SPF雏鸡致病性试验结果表明,分离毒株可致雏鸡100%(20/20)发病,20%(4/20)死亡,同时可致气管和肾脏出现不同程度的病理损伤;排毒检测结果表明,攻毒鸡第3天气管及泄殖腔排毒检测率分别为95%(19/20)和85%(17/20),第21天排毒检测率仍达81.25%(13/16)和75%(12/16)。本研究为鸡传染性支气管炎的防控提供了新的流行病学数据,丰富了IBV的生物信息数据库。     

鸡传染性支气管炎病毒SX01株的分离鉴定及M基因序列分析

本试验通过鸡胚矮小试验、血凝试验和RT-PCR等方法,从华北地区某鸡场发生疑似肾型传染性支气管炎的发病鸡群分离了1株鸡传染性支气管炎病毒,命名为SX01株.结果显示该分离株能引起鸡胚典型的临床症状;经1%胰酶处理后的尿囊液可凝集鸡红细胞,而未处理的则无血凝活性;利用RT-PCR对分离株M基因序列测定分析结果显示,SX01株的M基因核苷酸序列与GX-GL分离株同源性高达99.4%,与QX基因型毒株SDZB0808核苷酸同源性高达99.1%,与H120株同源性仅为90.0%,与BJ/00/02株M基因核苷酸同源性较低,为90.6%.遗传进化分析结果显示,该分离株与中国地方型分离株(GX-GL、SDZB0808、CK/CH/LJL/110302、DY07、IBVSX7)亲缘关系较近,位于同一进化分支;与H120代表的Mass型疫苗株的亲缘关系较远,是一株肾型传染性支气管炎病毒毒株.     

鸡传染性支气管炎病毒海南分离株S1基因高变区的遗传变异分析

采取RT-PCR方法对7个鸡传染性支气管炎病毒海南分离株的S1基因进行序列扩增、测定及分析,应用DNAStar软件将这些分离毒株与我国常用疫苗毒株、国际上其它血清型的代表参考毒株分别进行核苷酸和氨基酸系统发生进化关系分析.核苷酸与氨基酸序列分析的结果都表明:这7个分离毒株与CK/CH/LNM/05毒株的亲缘关系比较近,与疫苗株H120和Ma5的亲缘关系比较远.     

河南省肉鸡4株禽传染性支气管炎病毒的分离鉴定及S1基因序列分析

通过病料接种SPF鸡胚和鸡胚尿囊液的RT-PCR鉴定,于2017至2018年从河南省不同发病鸡场分离到4株鸡传染性支气管炎病毒(IBV),分别命名为HB/L1/201711、ZMD/L2/201704、SQ/L3/201803、LY/L4/201710,并对4株毒株S1基因进行克隆和序列分析。结果:HB/L1/201711、SQ/L3/201803 S1基因全长1 620 nt,编码540 aa,其裂解位点分别为HRRRR,分属于基因型V、Ⅰ分支;ZMD/L2/201704、LY/L4/201710株S1基因全长1 617 nt,编码539 aa,其裂解位点为RRSRR,属于基因型Ⅱ分支。ZMD/L2/201704与LY/L4/201710分离株核苷酸序列及其推导的氨基酸序列同源性较高,分别为97.6%、95.4%,与另外2株分离株之间核苷酸序列同源性为76.5%、76.8%。4株分离株与国内外参考毒株及疫苗株的氨基酸序列同源性在58.5%~98%之间,具有较大的差异性。其中:ZMD/L2/201704、LY/L4/201710与491型传支疫苗氨基酸同源性较高,可达95.4%、95.9%;SQ/L3/201803与CHI分支参考毒株氨基酸同源性在94.6%~98.9%之间;HB/L1/201711与TWⅠ型毒株2575/98、3468/07有较高同源性,分别为94.8%和93.5%。本研究表明河南省肉鸡鸡群鸡传染性支气管炎病毒基因型相对复杂,推测存在重组与突变。     

嗜肾型鸡传染性支气管炎W93株活疫苗的研究及其S1基因的克隆与序列测定

利用鸡胚分离法由发生肾病变型传染性支气管炎(IB)的病鸡分离到嗜肾型传染性支气管炎病毒(NIBV)W株；再通过SPF鸡胚连续传代，获得了NIBV疫苗毒株W93；继而借助RT—PCR法扩增了其S1基因，并测定了S1基因的核苷酸序列，分析了与相关毒株间的同源性。结果显示，W93株在鸡胚中的病毒产量达107.8EID50／0.1mL，适用于所有日龄的雏鸡；W93S1基因的核苷酸序列与马萨诸塞型的M41株、H52株和H120株的同源性很高，分别为96．9％、96．8％和97．1％。表明，W93可作为制备IB弱毒疫苗的毒株。     

六株传染性支气管炎病毒的生物学特性鉴定及遗传进化分析

从华南地区疑似传染性支气管炎的病料中,分离到6株传染性支气管炎病毒并对这些分离株进行鸡胚矮小化试验、新城疫病毒干扰试验、血凝特性试验、鸡胚气管环感染试验、S1基因的克隆测序与序列分析。结果表明,各分离株均对鸡胚有明显的致矮小化作用;对新城疫病毒有明显的干扰作用;无直接血凝性,经10g/L胰酶处理后,可凝集鸡的红细胞;对鸡胚气管环有明显的感染致病变作用;利用RT-PCR方法,成功扩增出分离株的S1基因,与参考株S1基因序列比对,其中1株(GD-09II)属于Mass型,剩下5株与LX4型亲缘关系较近。     

鸡传染性支气管炎病毒沈阳分离株S1基因序列测定及同源性分析

通过反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增出鸡传染性支气管炎病毒沈阳分离株（SY株）的免疫原S1基因cDNA，将该片段连接到克隆质粒载体pUC19的EcoRⅠ/BamHⅠ酶切位点中，测定插入片段核苷酸序列，并推导出其氨基酸序列。序列分析表明，SY毒株S1基因核苷酸序列及所推导的氨基酸序列与参考毒株Beau、M41、H120、N1-62、Gray、6/82、Ark99等毒株的同源百分率都低于80%。     

2株鸡传染性支气管炎病毒的分离鉴定及S1基因遗传分析

试验对安徽某蛋鸡场采集的病料进行病毒分离,获得2株鸡传染性支气管炎病毒(IBV),命名为AH01/2020和AH02/2020.对分离的病毒进行鸡胚接种、S1基因测序以及遗传进化分析.结果 显示,AH01/2020为LSC/99 Ⅰ型,AH02/2020为QX型,2株病毒均可导致鸡胚出现不同程度IBV典型病变,表现为发...     

鸡传染性支气管炎病毒SH株的分离及鉴定

从黑龙江省绥化市某养鸡场疑似鸡传染性支气管炎的鸡群中采集病料,经鸡胚传代、电镜观察、生物学特性和分子生物学鉴定以及动物回归试验,表明该分离株具有明显的鸡传染性支气管炎病毒特征,具有鸡胚出现卷曲、出血、发育延迟等作用;对新城疫病毒有明显的干扰作用;动物回归试验导致未免疫鸡出现明显的感染症状,剖检可见明显的肾脏肿胀、尿酸盐沉积现象,同时可见呼吸道有出血现象。对该毒株的N基因进行扩增,并将其序列与NCBI的参考毒株的N基因进行序列对比,发现其与国内的分离株SC和N毒株的N基因具有较高的同源性,为97.6%;与国外参考毒株和国内的疫苗株同源性较低,为84.8%。表明分离的病毒为鸡传染性支气管炎病毒。     

鸡肾型IBV分离株M基因的克隆与特性分析

依据NCBI所登录的鸡传染性支气管炎病毒的M基因序列设计了一对引物,应用TRIzol试剂盒对8个肾型鸡传染性支气管炎病毒陕西地方分离株进行总RNA的提取,以所得到的RNA为模板,用RT-PCR对M基因进行扩增;其目的条带回收提纯后,与PMD18-T克隆载体进行连接,转化到DH5α宿主菌,并经药物抗性筛选、PCR及酶切鉴定,将所筛选鉴定出的阳性质粒进行测序,最后对测序结果进行分析。结果表明：陕西地方8个毒株（BJ2、FF2、YL2、B01、G5、YX、WH、WG）M基因长约为650 bp,其中YX、WH株本身无BamH 1酶切位点。WH与其它分离株的核苷酸同源性为91.8%～92.6%,而其它的分离株间的同源性为98.8%～99.8%。8个毒株与参考株的核苷酸同源性为74.9%～99.8%。其N端90 aa肽段与对照株相比,不同之处表现为高亲水性氨基酸取代低亲水性氨基酸,这会使其具有更好的抗原性。