豫陕两省14株鸡杆菌的gyrB、16S rRNA和rpoB基因序列比较分析

分析河南、陕西分离的14株鸡杆菌(Gallibacterium)之间的进化关系,及gyrB基因序列比较在该菌进化分析中的作用。PCR扩增鸡杆菌分离株的gyrB、16SrRNA和rpoB3个看家基因,PCR产物纯化后直接测序。将鸡杆菌分离株、国外参考株的3个看家基因序列进行比较分析,用Phylip 3.67软件构建进化树。结果表明,14株鸡杆菌与鸭源鸡杆菌(Gallibacterium anatis)模式株间的相似性为96.3%～98.0%(gyrB)、97.7%～99.6%(16SrRNA)和97.7%～99.0%(rpoB);14株鸡杆菌与鸡杆菌复合群1(Gallibacterium genomosp.1)参考株间的相似性为88.8%～89.9%(gyrB)、96.2%～97.5%(16SrRNA)和92.6%～93.6%(rpoB)。基于3个看家基因序列的进化分析,均显示14株鸡杆菌和鸭源鸡杆菌模式株形成单独的一个群。14株鸡杆菌分离株均属于鸭源鸡杆菌种;在3个看家基因位点,鸡杆菌河南株与陕西株之间、鸡杆菌输卵管炎病鸡分离株与健康鸡分离株之间均无明显遗传上的差异;gyrB基因序列分析可用于鸡杆菌分离株的种类鉴定,且对14株鸡杆菌与复合群1参考株的区别能力优于另外2个看家基因。     

河南部分地区乌鸡群鸭源鸡杆菌的分离鉴定及系统发育分析

为了解乌鸡中鸡杆菌的流行情况及其分离株的遗传进化特点,从河南信阳和南阳的两个乌鸡场采集棉拭子样品,进行鸡杆菌的分离和荧光定量PCR检测,对分离的菌株进行PCR鉴定、药敏试验和16SrRNA、rpoB及gyrB基因的PCR扩增,随后进行三个管家基因的序列测定分析,利用DNAStar中MegAlign程序计算分离株之间的相似性,利用MEGA5.0构建进化树进行遗传进化分析。结果显示:22只乌鸡中16只为鸭源鸡杆菌阳性,阳性率为72.7%;分离的4株鸡杆菌经鉴定均为鸭源鸡杆菌;4株鸭源鸡杆菌均为多重耐药菌株,只对头孢曲松、头孢噻肟、阿米卡星和妥布霉素等药物具有一定的敏感性;分离株与鸭源鸡杆菌的参考菌株相似性分别为99.1%～99.8%(16SrRNA)、85.4%～99.6%(rpoB)、92.7%～99.8%(gyrB);在16SrRNA基因进化树中分离的4株鸭源鸡杆菌与参考鸭源鸡杆菌位于同一分支,在rpoB基因进化树中GAC193分离株与多杀性巴氏杆菌位于同一分支中,与其他鸭源鸡杆菌不在同一分支中,gyrB基因进化树中,GAC017与鸡杆菌基因种1在一个小的分支。结果表明:乌鸡中有鸭源鸡杆菌存在,并具有较高的检出率;从乌鸡中分离到4株鸭源鸡杆菌,这些菌株多重耐药现象严重;分离的部分鸭源鸡杆菌在rpoB和gyrB基因位点具有明显的遗传进化差异。     

鸡源圣雷利气单胞菌(Aeromonas sanarellii)的分离鉴定及致病性研究

对1例鸡鼻炎样病例进行细菌学诊断,从病鸡鼻腔中分离到1株革兰阴性杆菌,编号为ZY17105,对其进行形态学、生理生化、分子生物学鉴定,对其致病性和耐药性进行分析,同时探讨gyrB基因在气单胞菌鉴定中的意义。16S rDNA进化分析显示ZY17105与圣雷利气单胞菌模式菌株LMG24682同源性为99.4%;gyrB基因进化分析显示ZY17105与各圣雷利气单胞菌株形成同一进化支,与圣雷利气单胞菌模式菌株LMG24682和A2-67之间的同源性为分别为97.8%和98.2%。根据形态学、生理生化特性、16S rDNA和gyrB基因进化分析,将分离株ZY17105鉴定为圣雷利气单胞菌,分离株ZY17105对小鼠和鸡有较强致病性;另外,进化分析表明gyrB基因在气单胞菌属各种间的区分能力高于16S rDNA。本研究首次从中国大陆分离到圣雷利气单胞菌,并证实gyrB基因可替代16S rDNA用于气单胞菌属各菌种间的进化分析鉴别。     

鹅源副鸡禽杆菌的分离鉴定及致病性试验

研究从面部肿胀的成年狮头鹅眶下窦中分离到一株细菌,经生长特性、菌体染色镜检、生化试验、16 S rDNA测序比对及HMTp210基因扩增方法对其进行鉴定,确定分离菌株为血清型B型的副鸡禽杆菌,具有NAD依赖性;副鸡禽杆菌hagA基因系统进化树显示分离株与国内大部分副鸡禽杆菌分离株的亲缘性相近,与国外副鸡禽杆菌分离株的差...     

副鸡嗜血杆菌的分离鉴定及16SrRNA序列分析

从云南省和四川省规模化养鸡场鸡传染性鼻炎疑似病例鸡鼻窦分离到2株革兰氏阴性小杆菌,并对其进行生化鉴 定、PCR鉴定和16SrRNA序列比对鉴定.16SrRNA分析表明两分离株与GenBank中的其他副鸡嗜血杆菌(Haemophilus paragallinarum,HPg)参考株核苷酸同源性为94.2％～99.2％.两分离菌株鉴定为副鸡嗜血杆菌,分别命名为YNAN20120110和SCPZH20120120株.16SrRNA遗传进化关系表明:分离株与NAD非依赖型副鸡嗜血杆菌血清A型代表株GU951543(HP105strain)的16SrRNA序列位于一个分支上,遗传进化关系最近,它们之间的核苷酸同源性为99.2％;与副鸡嗜血杆菌血清A型参考株AY498867(0083株)核苷酸同源性为96.9％.致病性实验表明分离菌株对成年产蛋鸡有强致病性.抗生素药物敏感试验表明:分离菌株对头孢吡肟、头孢噻吩、氯霉素、卡那霉素和氧氟沙星高敏,对四环素中敏,对磺胺甲唑耐药.     

鸭疫里默氏杆菌贵州分离株OmpA及16S rRNA基因序列分析

为了解鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)贵州分离株外膜蛋白A(Omp A)和16 S r RNA基因序列的相关性以及与RA血清型之间的关系,对12株RA贵州分离株通过PCR分别扩增Omp A和16 S r RNA基因,并对其构建系统进化树和分析其系统进化关系。结果显示,12株RA分离株Omp A基因分为2个群,其核苷酸和氨基酸序列同源性分别为96.9%~100.0%和98.4%~100.0%;Omp A蛋白中有规律的变异位点为100(R/G)、143(S/P)、145(T/I)和268(S/P)。12株RA分离株16 S r RNA基因同属1个群,其核苷酸序列同源性为99.4%~100.0%。结果表明,12株RA贵州分离株Omp A基因和16 S r RNA基因序列所属的基因群无明显相关性,并且与RA血清型的分型也无直接关联。     

1例鸡传染性鼻炎的诊断与分析

本研究对北京某鸡场发生的1例鸡传染性鼻炎疑似病例进行了诊断和分析。PCR检测和测序分析结果显示,该鸡群存在副鸡禽杆菌感染。分离菌株经染色镜检、生化鉴定和致病性试验鉴定为副鸡禽杆菌,将纯培养获得的菌株命名为PGSY株。血凝素基因测序比对结果显示,副鸡禽杆菌PGSY株血凝素基因长度为1 008 bp,与SD-1株的核苷酸同源性高达99%。但PGSY株血凝素基因序列较SD-1株缺失了30个碱基。遗传进化树分析显示,该菌株与国内分离株SD-1属于同一进化分支。     

血清9型鸭疫里默氏杆菌在华南地区的分离鉴定

本研究于2009年7月～2010年4月针对广东、广西、福建等养鸭密集地区进行鸭疫里默氏杆菌(RA)流行病学调查,并分离到5个RA分离株。经形态特征、生化特性和血清学鉴定表明,5个分离株与血清9型RA相似。对16S rRNA部分基因进行序列测定,并与GenBank中登录的菌株16S rRNA基因序列进行比对及系统进化分析显示:该5株分离株与报道的RA H-1785、H-2199、H-2565和P-2123的16S rRNA序列相似性较高,同源性达99.1%～99.7%,进一步证实这5个分离株为血清9型RA。     

藏鸡副鸡嗜血杆菌的分离及16S rDNA序列分析

四川省某藏鸡场藏鸡发生以鼻腔与窦发炎、颜面肿胀、流鼻涕和打喷嚏为主要特征的疾病,通过对送检病鸡病原的分离纯化、生化鉴定、16 S rDNA基因的克隆和序列分析诊断为副鸡嗜血杆菌感染,将该株副鸡嗜血杆菌的16 S rDNA序列与GenBank中15株巴氏杆菌科菌株进行同源性分析发现,与6株副鸡嗜血杆菌同源性较高,为94.2%～97.2%,与其它菌株16 S rDNA基因的同源性较低。另外,药敏试验表明,本菌株对菌必治、阿莫西林、庆大霉素、头孢氨噻肟和阿奇霉素等药物敏感。     

鸡约氏乳杆菌的分离鉴定及进化分析

从3日龄健康小鸡肠道中分离到1株乳杆菌,用PCR方法从分离菌株扩增16S rRNA基因,获得大小为1340 bp的DNA片段,该片段的核酸序列已提交GenBank,登录号为EU290749。将分离株的16S rRNA基因核苷酸序列与GenBank上其它乳杆菌进行同源性分析并建立进化树。结果表明,分离株的16S rRNA基因核苷酸序列与NCBI公布的鼠约氏乳杆菌分离株(AB295648)的同源性为99.6%,因此该分离菌株被鉴定为鸡约氏乳杆菌(chicken Lactobacillus johnsonii),命名为HN/0711。     

丁鲑鱼维氏气单胞菌的鉴定和生物学特性研究

对引起丁鲑鱼发病的菌株——XN602进行鉴定和生物学特性研究,经形态特征与生理生化鉴定,结果表明:该菌为革兰氏阴性杆菌,其16SrDNA序列与GenBank中多株维氏气单胞菌相似性高达99%,系统发育树显示该菌与维氏气单胞菌聚为一簇。因此,分离菌株XN602在分类学上应属于维氏气单胞菌。     

山羊流产衣原体ompA和CPAF基因的序列分析及原核表达

为了解山羊流产衣原体陕西分离株ompA和CPAF基因的遗传变异情况及制备检测抗原,根据GenBank收录的ompA和CPAF基因序列设计合成特异性引物,分别进行ompA基因和CPAF基因的基因克隆、序列分析及原核表达.结果表明,成功克隆出大小为1 053 bp的ompA基因和大小为1 056 bp的CPAF基因;核酸序...     

鲫腹水症病原菌分离鉴定及药敏试验

从河南新乡某养殖场患腹水症的鲫鱼体内分离纯化获得1株细菌,编号为CA1618,通过细菌形态学观察、Biolog微生物鉴定系统,进一步采用PCR方法扩增其16SrDNA序列分析。结果表明CA1618菌株为革兰阴性杆菌,利用葡萄糖、麦芽糖、半乳糖、海藻糖等多种碳源,与Aeromonas sobria特征同源性为0.575、遗传距离为6.226;测序获得16SrDNA序列片段为1 363bp,与Aeromonas sobria序列同源性为99%~100%,构建系统发育树表明与模式菌株Aeromonas sobria ATCC43979T(GenBank登录号:X74683)亲缘关系最近,最终鉴定为温和气单胞菌(Aeromonas sobria)。CA1618菌株人工感染鲫鱼半数致死量(LD50)为1.55×10~7 CFU/mL,药敏试验显示对头孢哌酮、头孢噻肟、头孢克肟、萘啶酸、诺氟沙星、复方新诺明、四环素、氯霉素等抗生素敏感。     

陕西省部分地区猪流行性腹泻病毒S、M和N基因的遗传变异分析

为了解陕西省部分地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传和变异情况,采集陕西省部分地区规模化猪场的5份疑似PEDV感染的猪小肠内容物,进行PEDV S、M和N基因的RT-PCR扩增,并对扩增产物进行序列测定和遗传变异分析。结果表明,5份病料均能扩增出PEDV S、M和N基因,5株病毒分别命名为SXSL、SX-BJ、SX-YL、SX-WN和SX-HZ株。序列分析表明,5株毒株之间的S、M和N基因核苷酸序列的同源性分别为96.7%~99.8%、98.4%~100%和97.2%~99.9%;氨基酸序列的同源性分别为97.4%~99.9%、98.2%~100%和98.2%~100%。该5株病毒与中国疫苗株CV777的S、M和N基因核苷酸序列的同源性分别为93.9%~99.8%、98.1%~100%和95.3%~99.9%,氨基酸序列的同源性为93.6%~99.9%、96.2%~100%和98.2%~100%。遗传进化分析结果显示,5个陕西分离株的S基因与中国疫苗株CV777亲缘关系较远,与近年来中国株、日本株以及韩国株亲缘关系较近。SX-SL株、SX-BJ株和SX-YL株的M和N基因与中国疫苗株CV777亲缘关系较近,且与中国株CHGD-01亲缘关系密切。SX-WN株和SX-HZ株的M和N基因与中国疫苗株CV777亲缘关系较远。该5株病毒的S基因以及SX-WN株和SX-HZ株的M基因和N基因变异程度较大,而SX-SL株、SX-BJ株和SX-YL株三个流行株均与中国株CHGD-01亲缘关系密切,并且与近年在陕西省流行的PEDV也不完全相同。     

猪源奇异变形杆菌的分离鉴定及其Ⅰ类整合子的检测

为鉴定从临床病料中分离的两株细菌(XL株、XT株)的种属、致病性及耐药性等生物学特征,本研究对分离菌进行了纯化、革兰氏染色、迁徙生长试验、16S rDNA的序列比对、小鼠致病试验、药敏试验以及耐药基因Ⅰ类整合子的扩增。结果表明:两株细菌均为奇异变形杆菌;与NCBI登录的猪源奇异变形杆菌的16S rDNA的同源性高达99.9%~100%;两株细菌致病性均很强;两株细菌均存在多重耐药,仅有丁胺卡那对它们高敏;两株细菌均能扩增出Ⅰ类整合子。该研究结果为进一步研究变形杆菌的耐药性提供了科学依据。     

耗儿鱼松鼠葡萄球菌的分离鉴定及耐药性分析

为了探讨松鼠葡萄球菌(Staphylococcus sciuri)的病原学特性,本试验从耗儿鱼(Corydoras)分离出菌株YDE0916,并对其进行生理生化鉴定、16S rDNA基因PCR扩增、序列分析及耐药性分析。结果显示,该菌株为革兰氏阳性球菌,呈串形,无芽孢,无荚膜。该菌不运动,β-半乳糖苷酶、VP反应为阴性,蔗糖、麦芽糖为阳性。扩增的16S rDNA基因序列长度为1 476 bp (GenBank登录号:KP031644),与GenBank中的松鼠葡萄球菌16S rDNA基因序列的相似性达99%。系统进化树显示,菌株YDE0916和松鼠葡萄球菌聚为一簇,由此判定菌株YDE0916为松鼠葡萄球菌。药敏试验结果显示,该菌株对诺氟沙星、杆菌肽耐药,对美满霉素、庆大霉素、氨苄西林等22种药物高度敏感。本研究为松鼠葡萄球菌的分离鉴定及预防积累参考依据。     

Isolation,Identification and Drug Resistance Analysis of Staphylococcus sciuri of Corydoras

To explore etiology characteristics of Staphylococcus sciuri, strain YDE0916 was isolated and identified from Corydoras by cultivation, biochemical identification, 16S rDNA gene PCR amplification and sequence analysis, and resistance analysis.The result showed this strain was gram-positive, serial, spore, without capsule.The physicochemical properties showed immobility, β-galactosidase-negative, VP reaction-negative, sugar and maltose-positive.The nucleotide sequence of 16S rDNA was 1 476 bp and its GenBank accession number was KP031644.This 16S rDNA showed 99% homology with Staphylococcus sciuri.Phylogenetic tree showed that strain YDE0916 and several Staphylococcus sciuri strains gathered into one cluster.So the strain was identified as Staphylococcus sciuri.The antibiotic sensitive test showed that strain YDE0916 was resistant to norfloxacin and bacitracin, and was highly sensitive to 22 kinds of drugs, such as minocycline, gentamicin and ampicillin.This study could provide a reference for identification and prevention of Staphylococcus sciuri.     

Phenotypic and molecular characterization of isolates of Ornithobacterium rhinotracheale from chickens and pigeons in Taiwan

Forty Ornithobacterium rhinotracheale (ORT) strains were isolated from 28 chickens and 12 pigeons for the first time in Taiwan. All isolates reacted positively in the p-nitrophenyl-beta-D-galactopyranoside (PNPG) and oxidase tests, showing an API 20NE identification system biocode 0-0-2-0-0-0-4. All the pigeon isolates and 85.7% (24 of 28) of the chicken isolates belonged to serotype A. Compared to the ORT ATCC 51464 strain, 14.3% (4 of 28) of chicken isolates and 58.3% (7 of 12) of pigeon isolates showed smaller colonies after 72 hr incubation. Most of the chicken isolates (22 of 28), but none of the pigeon isolates, could agglutinate chicken and pigeon red blood cells. There appears to be a correlation that ORT isolates with a larger colony size tend to be more able to agglutinate red blood cells than the ORT isolates with a smaller colony size. A majority of isolates was sensitive to amoxicillin, ampicillin, ceftiofur, penicillin, and oxytetracycline. The 16S ribosomal RNA (rRNA) sequences of 23 Taiwanese ORT isolates showed high identity (98%-100%) to sequences in GenBank. Phylogenetic analysis of these sequences showed that pigeon isolates formed a distinctive cluster, while chicken isolates and all other 16S rRNA sequences obtained from GenBank belonged to another two clusters. The results indicate that pigeon ORT isolates are different from most chicken isolates in regard to a number of phenotypic and molecular traits.     

福建省羊传染性脓疱病毒F1L、B2L和VIR基因的遗传变异分析

为探明2014年-2015年在福建省流行的羊传染性脓疱病毒(ORFV)遗传变异情况,对10株ORFV流行毒株的F1L、B2L和VIR基因进行克隆、测序及分析。结果表明,10株ORFV F1L基因之间的核苷酸序列同源性为97.6%~100%,与国内株的核苷酸序列同源性为96.8%~99.7%,与NZ2参考株的核苷酸序列同源性为96.3%~97.1%;同NZ2参考株比较,FJ-YT2014缺失2个氨基酸;10株ORFV B2L基因之间核苷酸序列同源性为97.5%~99.9%,与国内株的核苷酸序列同源性为96.7%~99.5%,与NZ2参考株的核苷酸序列同源性为96.7%~97.7%;10株ORFV VIR基因之间的核苷酸序列同源性为95.8%~99.5%,与国内株的核苷酸序列同源性为94.6%~99.6%,与NZ2参考株的核苷酸序列同源性为94.6%~96.4%。基于基因核苷酸序列的遗传进化分析表明,10株ORFV F1L基因与福建省分离株、山西株和新疆株亲缘关系较近;10株ORFV B2L基因与新疆、山西、德国毒株亲缘关系较近;10株ORFV VIR基因与台湾、新疆株亲缘关系较近。结果提示,当前福建省流行的ORFV F1L、B2L和VIR基因尚未出现明显变异,但是其F1L、B2L和VIR基因核苷酸序列之间普遍存在异质性。     

1型鸭疫里氏杆菌的分离鉴定及其ompA基因B细胞表位预测

本研究从贵州发病鸭中分离到1株致病菌,经生化试验、16S rRNA序列分析、血清学试验和动物回归试验,鉴定为1型鸭疫里氏杆菌(RA),药敏试验结果表明,其对头孢拉定、头孢曲松钠、头孢噻肟和氟苯尼考高度敏感;同时根据GenBank中鸭疫里氏杆菌ompA基因序列,设计1对引物,成功克隆出鸭疫里氏杆菌ompA基因,扩增产物大小为1149 bp。采用DNAStar Protean程序,综合运用二级结构、亲水性、可塑性和抗原性指数等参数,对鸭疫里氏杆菌ompA基因的氨基酸序列进行了B细胞表位预测,为进一步研究鸭疫里氏杆菌表位疫苗和分子诊断技术的建立奠定基础。