新城疫病毒长春株F基因和HN基因的序列分析

从长春地区分离到一株新城疫病毒,经过对其进行生物学研究表明该毒株具有新城疫病毒弱毒株的一些特性,本试验通过ＲＴ－ＰＣＲ方法测定出该毒株Ｆ基因的核苷酸序列为１７５８ｂｐ,编码有５３３个氨基酸残基;ＨＮ基因核苷酸序列为１７３１ｂｐ,编码５７７个氨基酸残基,与国外发表的部分新城疫病毒强毒株和弱毒株之间相同序列进行比较。Ｆ基因核苷酸序列的同源性在８８．２％～９６．７％之间,氨基酸序列同源性在９０．１％～９     

马传贫病毒白细胞弱毒疫苗毒株反转录酶基因克隆及序列？…

本从商品化马传贫弱毒疫苗培养物提纯马传贫疫苗病毒粒子并抽提病毒ＲＮＡ后,采用ＲＴ－ＰＣＲ方法扩增并首次克隆了马传贫驴强毒反转录酶基因。经核苷酸序列测定得出反转录酶工一长１６６８ｂｐ,编码５５６个氨基酸。通过与已发表其它马传贫病毒反转录酶基因序列比较,发现在氨基酸和核苷酸水平差异率分别为１４．０％和１６．６％。变异氨基酸随机分布于整个基因上,无明显规律。在反转录病毒高度保守的酶基因上发现这样大的差异     

抗菌肽Shiva-1基因的人工合成与克隆

参照抗菌肽Ｓｈｉｖａ－１的氮基酸序列，兼顾鱼类、昆虫和大肠杆菌偏爱的密码子，设计了Ｓｈｉｖａ－１基因序列，加上适宜基因工程操作的酶切位点，人工合成了２条分别为９２ｂｐ和９１ｂｐ的寡聚核苷酸片段。经互补链延伸反应、ＥｃｏＲＩ酶切，将完整的Ｓｈｉｖａ－１基因反向克隆至ｐＵＣ１８载体，经ＰＣＲ检测和序列分析证明，已正确克隆了抗菌肽Ｓｈｉｖａ－１基因。     

减蛋综合征病毒pVⅢ基因和E3区序列测定及结构分析

克隆了减蛋综合征病毒（ＥＤＳＶ）中国分离株基因组ＨｉｎｄⅢ－Ｅ片段，并分析了其核苷酸序列。该片段位于基因组中央５８．７～６８．９物理图谱单位（ｍｕ），片段全长共３１９４ｂｐ。其中含有１个完整的和２个不完整的开放性读码框架（ＯＲＦ），分别编码ｐＶⅢ蛋白、１００Ｋ蛋白基因Ｃ端和纤维蛋白Ｎ末端部分。ｐＶⅢ蛋白基因由７５３个碱基（ｎｔ）组成，编码２５０个氨基酸（ａａ），编码产物的分子量为２８５００。氨基酸水平的同源性比较表明，ＥＤＳＶ的ｐＶⅢ蛋白与禽腺病毒１型（ＦＡＶ１）及人和其他动物腺病毒ｐＶⅢ蛋白的同源性为２８％～３６％，而与羊腺病毒（ＯＡＶ）的同源性高达５２％，提示ＥＤＳＶ与ＯＡＶ间的亲缘关系更近。按照人腺病毒基因组结构的特征，在ｐＶⅢ和纤维蛋白基因之间，应为Ｅ３区，但该序列只有２４５个ｎｔ组成，序列中保留了ＴＡＴＡＢｏｘ和ｐｏｌｙＡ信号。但除了２个仅编码４９ａａ和３２ａａ多肽的ＯＲＦｓ外，不编码任何产物，且核苷酸序列与其他腺病毒的Ｅ３区无同源性，证实此区无明显Ｅ３区样结构。     

马传染性贫血病毒弱毒株LTR的克隆及序列分析

从马传染性贫血病毒（ＥＩＡＶ）弱毒株感染的驴胎皮肤（ＦＤＤ）细胞中提取前病毒ＤＮＡ，以其为模板，通过ＰＣＲ扩增出ＥＩＡＶ弱毒株的ＬＴＲ，并将其克隆到载体质粒ｐＵＣ１９中。经酶切分析，ＰＣＲ及Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交筛选、鉴定，获得含有ＥＩＡＶ弱毒株ＬＴＲ片段的重组质粒ｐＬＴＲ。对该质粒的序列分析发现，在中国ＥＩＡＶ弱毒株ＬＴＲ的Ｕ３区含有４个与细胞转录因子结合的位点，其中有３个ＰＵ．１位点和１个ＡＰ－１位点，Ｕ３区还存在１个ＴＡＴＡＴＡＡ启动子序列；Ｒ区长为８１ｂｐ，含有１个帽位点ＧＧ和１个Ｐｏｌｙ（Ａ）信号序列ＡＡＴＡＡＡ；在帽位点下游是１个病毒Ｔａｔ蛋白结合位点，即ＴＡＲ位点；Ｕ５区长为３９ｂｐ。中国ＥＩＡＶ弱毒株ＬＴＲ序列与国外发表的其他毒株序列相比，在ＬＴＲ的一些调控部位有变异发生，中国ＥＩＡＶ弱毒株与美国ＥＩＡＶ原型株（Ｗｙｏｍｉｎｇ株）ＬＴＲ区核苷酸序列有１８．７２％的差异。     

新城疫病毒V4株主要基因的克隆与序列分析

设计4对引物，利用RT—PCR技术分别扩增出新城疫病毒（NDV）V4株长约4.2、4.1、4.1、3.5kb的4个互相重叠的核苷酸片段，并分别进行了克隆和序列测定。将这4个片段的核苷酸序列拼接后，得到长为15 061 bp的核苷酸序列。该序列包含有NDVv4株结构基因NP的全部编码区和5’端非编码序列，结构基因P、M、F、HN及L基因的全部编码区和非编码区序列，各结构基因之间的间隔序列以及基因组5’端部分尾巴序列（108bp）。序列比较分析表明，NDVv4株F蛋白裂解位点序列为^112GKQGRL^117，HN基因编码616个氨基酸，符合无毒株的特征；NDVv4株同基因组长度为15 192 bp的毒株一样，在基因组的1647～1648bp间比基因组长为15192bp的毒株少了6个碱基。     

鹅源腺病毒Y81G4株基因组末端倒置重复序列（ITR）的核酸鉴定 …

对鹅源腺病毒株Ｙ８１Ｇ４基因组两则末端序列测定和比较，鉴定其其ＩＴＲ区。Ｙ８１Ｇ４株ＩＴＲ全长为１２５ｂｐ，远长于其它禽１、２、３群腺病毒ＩＴＲ长度。在Ｙ１８Ｇ４株ＩＴＲ中有一些腺病毒ＩＴＲ序列特征：（１）Ｓ’－Ｃ（Ａ／Ｔ）（Ａ／Ｔ）ＮＴＣＡＴ－现毒典型起始序列；（２）９～１３ｂｐ存在腺病毒科共的（Ａ／Ｔ）Ｔ（Ａ／Ｔ）ＡＴＡ保守序列；（３）在ＩＴＲ区３７～４２ｂｐ出现的ＧＮＧＧＣＧ保守序列；（４）     

犬瘟热病毒野毒株融合蛋白主要功能区基因的变异研究

根据犬瘟热病毒（ＣＤＶ）融合蛋白（Ｆ）基因的核苷酸序列，设计合成了１０条引物。用１对引物从延吉犬病料中扩增出了含Ｆ２区基因的３１４ｂｐ的片段。除两端引物序列外为２６５ｂｐ，编码８８个氨基酸。它与日本弱毒株（ＣＤＶ－Ｄ，Ｏｏｄｅｒｓｔｅｐｏｏｒｔ弱毒株（ＣＤＶ－ＯＮ）、海豹瘟热病毒２型（ＰＤＶ２）、１型（ＰＤＶ１）在核苷酸和氨基酸水平上的同源性，分别为９８．１％和９５．５％、９６．２％和９３．２％和     

猪瘟病毒石门株不同代次E2基因主要抗原编码区序列差异分析

利用RT－PCR及序列测定对猪瘟病毒石门株不同代次毒株E2基因主要抗原编码区及同一代次不同年代主要抗原编码区序列进行了分析，结果所有毒株E2基因主要抗原编码区序列呈现较高的同源性，石门株不同代次毒株E2基因主要抗原编码区核苷酸及氨基酸同源性分别为97．7％－100％，97．3％－100％；同一代次不同年代主要抗原编码区序列核苷酸及氨基酸同源性均为98．6％－100％。只有3个代次毒株发生较小的变异，核苷酸及氨基酸呈现1－3个碱基或氨基酸的变异，其他代次的毒株序列完全一致。初步证实了猪瘟病毒分子结构的遗传稳定性，说明猪瘟病毒的变异可能更多的与种群病毒的优势选择有关。     

新城疫病毒F48E9株HN基因核苷酸序列

本研究采用 Ｓａｎｇｅｒ＇ｓ 双脱氧末端终止法测定了新城疫病毒国内标准强毒株 Ｆ４８ Ｅ９ 血凝素神经氨酸酶基因 ｃ Ｄ Ｎ Ａ 的核苷酸序列,推导出其氨基酸序列。 Ｆ４８ Ｅ９ Ｈ Ｎ 基因编码区全长为 １７１３ｂｐ,单一的开放阅读框编码５７１ 个氨基酸的糖蛋白。含有６ 个潜在的与天门冬酰胺（ Ｎ）连接的复合寡聚糖和高甘露糖寡聚糖结合位点,其中有 ５ 个簇集在蛋白分子的 Ｃ末端一半内,有１３ 个半胱氨酸残基。发现６ 个 Ｆ４８ Ｅ９ 特有的氨基酸残基,３７ 位 Ｆ（ Ｌ）、３８ 位 Ｓ（ Ａ）、６０ 位 Ｌ（ Ｐ）、１０５ 位 Ｓ（ Ｎ）、４４３ 位 Ａ（ Ｔ）、５７１ 位 Ｉ（ Ｖ）,这些位点除了 ６０ 位的 Ｐ有两株为 Ｓ以外,其它的在 １３ 株已知序列中均为高度保守序列。     

新城疫病毒昌黎株与国外毒株HN蛋白基因核苷酸及氨基酸差异性 …

参考国外发表的新城疫病毒（ＮＤＶ）的ＨＮ基因序列设计了１对特异性引物，应用ＲＴ－ＰＣＲ对ＮＤＶ昌黎株（野毒）的ＨＮ基因进行了扩增，扩增产物克隆后测序。扩增出的ＨＮ基因核苷酸长度为１ ７４２ｂｐ，编码５７１个氨基酸，序列中有６个糖基化位点，１３个半胱氨酸残基，与国外发表的强毒株序列相符。核苷酸同源怀在８８．５％～９２．９％，推导的氨基酸序列同源性在９０．０％～９４．２％之间。     

新城疫病毒四平株HN蛋白基因的克隆与序列分析

新城疫病毒（ＨＤＶ）四平株在鸡胚增殖后纯化，提取ＲＮＡ，然后利用特异性引物，经ＲＴ－ＰＣＲ一次性扩增出了ＮＤＶ四平株的全长ＨＮ基因。将该ＨＮ基因插入ｐＫＳ后测序。序列分析表明，该ＨＮ基因核苷酸长度为１７４２ｂｐ，编码５７１个氨基酸，序列中有５个糖基化位点，１２个半胱氨酸残基。同源性分析表明，四平株ＨＮ基因与目前国外发表的其他ＮＤＶＨＮ基因相比，核苷酸序鲁同源性在８３．４￣８９．２％之间，推导的氨基     

牛病毒性腹泻病毒P125基因重要区的比较与分析

根据牛病毒性腹泻病毒（ＢＶＤＶ）ＮＡＤＬ株的序列，以计算机辅助设计，化学合成１对引物（Ｗ１／Ｗ２）；应用ＲＴ－ＰＣＲ对国内不同地区分离的４株ＢＶＤＶ的Ｐ１２５基因外源序列插入区进行了扩增，并将扩增的片段进行克隆和序列测定，同时以ＤＮＡＳＩＳ和ＰＲＯＳＩＳ计算机软件将测定的核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较分析。结果证实，国内分离的４株ＢＶＤＶ在这一区域中既没有外源序列的插入，也没有基因重组、基因重排或基因缺失，但存在某些核苷酸和氨基酸的替换，表明病毒的致细胞病变作用除与外源序列的插入、基因重组、基因重排或基因缺失有关外，可能还存在其他机制。核苷酸序列的同源性及系统树分析的结果表明，国内的ＢＶＤＶ毒株存在Ｉａ和Ｉｂ２个基因亚型，它们均属基因Ｉ型ＢＶＤＶ     

新兴猪IFN-α成熟蛋白基因的克隆与序列分析

根据NCBI GenBank上登录的猪IFN—α基因序列设计了1对引物，应用PCR技术直接从3周龄新兴猪肝细胞中扩增出了约500bp的基因片段；将该片段克隆到pMD 18-T载体，经PCR、酶切及序列测定，该克隆片段由501个核苷酸组成，共编码166个氨基酸，与NCBI GenBank上登录的2个猪IFN—α基因序列(登录号为M28623和X57191)比较，核苷酸的同源性分别为99．4％和99．2％。     

产气荚膜梭菌α毒素保护性抗原基因的克隆与核苷酸序列分析

将含产气荚膜梭菌α毒素基因的质粒ｐＫＭＡ１００用限制性核酸内切酶ＢａｍＨＩ和ＨｉｎｄⅢ双酶切,经１．５％琼脂糖凝胶电泳分离、透析袋电洗脱法回收０．９５ｋｂα毒素基因片段,再将载体ｐＥＴ－２８ｂ（＋）用ＢａｍＨＩ和ＨｉｎｄⅢ双酶切,然后将处理好的ｐＥＴ－２８ｂ（＋）与０．９５ｋｂ的α毒素基因片段通过Ｔ４ＤＮＡ连接酶进行粘性末端连接,转化至受体菌ＢＬ２１（ＤＥ３）中。经ＢａｍＨＩ和ＨｉｎｄⅢ双酶切分析和核苷酸序列分析,证明重组质粒ｐＸＥＴＡ１含有产气荚膜梭菌α毒素基因。确定了α毒素基因的全部核苷酸序列,并证明其具有正确的阅读框架。     

小球隐孢子虫子孢子表面蛋白CP15/60基因的克隆和序列分析

将小球隐孢子虫子孢子表面蛋白（CP15／60）编码区基因克隆及测序，并对其抗原决定簇进行分析。抽提牛源小球隐孢子虫孵囊基因组DNA，用聚合酶链反应（PCR）扩增编码CP15／60的基因，然后将其克隆到p MD18-T载体中，用双脱氧链末端终止法测DNA序列。结果，用PCR扩增获得了CP15／60的编码区基因，并测定了该基因编码区序列。与GebBank比较，核苷酸序列同源性为：98．9％；推导出的氨基酸序列同源性为：99．3％。     

鸭肥胖基因的分子克隆、序列分析及原核表达

根据人、小鼠、猪等动物的肥胖基因编码区序列的保守性设计1对引物，利用RT-PCR技术扩增出鸭肥胖基因的cDNA编码序列，将PCR产物插入pGEM-T载体，经：PCR和双酶切鉴定正确后进行序列测定，分析表明该cDNA序列由438个核苷酸组成，编码146个氨基酸组成的多肽，鸭与人、猪、小鼠、大鼠的核苷酸相似性分别为83％、84％、98％、94％；氨基酸的相似性分别为86％、83％、99％、96％。为了研究鸭肥胖基因体外表达的特点，构建了原核表达载体pET-28a-Ya，在大肠杆菌中进行了诱导表达。结果表明，鸭肥胖基因在大肠杆菌中进行了高效特异性融合表达，融合蛋白分子量约为20ku，其中16ku为鸭肥胖基因表达的蛋白质，经薄层扫描分析，目的蛋白约占菌体总蛋白的30％。鸭肥胖基因的克隆和表达研究，为进一步研究鸭leptin的功能与应用奠定了基础。     

鸡传染性支气管炎病毒分离株核衣壳基因克隆、序列分析和真核表达

根据GenBank公开序列自行设计一对引物，采用RT—PCR扩增出鸡传染性支气管炎病毒（Infectious bronchitis virus，IBV）W和C9001分离株完整的核衣壳（N）基因，并将其克隆至pMD18-T载体进行核苷酸序列测定和分析。结果表明，扩增的2个IBV分离株核衣壳基因片段长度均为1230bp，编码409个氨基酸，彼此间核苷酸和氨基酸同源性分别为88．0％和89．5％，与GenBank中有代表性的参考毒株相应基因核苷酸和氨基酸序列比较显示，w株核苷酸序列与GenBank中的广东分离株（AY646283）同源性最高，为94．1％，氨基酸序列同源性为94．6％；与国内部分毒株核苷酸序列同源性在86．1％～88．0％之间，氨基酸序列同源性在88．0％～90．7％之间；C9001株与国内部分毒株核苷酸序列同源性在86．4％～99．8％之间，氨基酸序列同源性在88．0％～99．8％之间。从核衣壳基因编码的氨基酸序列的系统进化树可见，W株与C9001株处于不同的进化分枝，亲缘关系较远。同时将核衣壳基因构建于真核表达质粒pVAX1中，用脂质体法将重组质粒转染入COS-7细胞中，间接免疫荧光检测出核衣壳蛋白的体外表达。研究结果为进一步研究IBV核衣壳蛋白的结构与功能以及基因工程疫苗的研制奠定了基础。     

鸡新城疫病毒新疆分离株F基因遗传进化分析

对2株分离自新疆乌鲁木齐市的鸡源新城疫病毒F基因进行了扩增、序列测定和分析.结果显示,该2株新城疫病毒F基因核苷酸序列长度分别为1586 bp和1654 bp,分别编码520和545个氨基酸；氨基酸裂解位点的序列均为112R-R-Q-K-R-F117,具备了基因Ⅶ型强毒株的特征；同源性分析表明,该2株新城疫病毒分离株与...     

马动脉炎病毒大囊膜蛋白和膜蛋白基因的克隆与序列分析

参考GenBank收录的马动脉炎病毒(EAV)读码框大囊膜蛋白基因oRF5、膜蛋白基因ORF6的核苷酸序列，分别设计了2对引物，对EAV的这两种主要结构蛋白基因进行了RT—PCR；将扩增产物克隆于pUC18通用载体，对重组质粒进行限制性内切酶分析和基因测序，证实克隆片段的可靠和准确性。测序结果，ORF5目的片段包含768bp，编码255个氨基酸组成的多肽；ORF6目的片段包含489bp，编码162个氨基酸组成的多肽。与EAVNC-002532标准毒株比较，ORF5、ORF6核苷酸的同源性分别为99．1％和99．4％；推导氨基酸的同源性分剐为96．99／6和98．29／6。