丝瓜种质资源遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对60份丝瓜种质资源进行遗传多样性分析,100对ISSR引物中筛选出12对引物,共扩增条带154条,平均每个引物扩增条带14条,多态性条带143条,非多态性条带11条。各个引物的多态性比例范围为50%~100%,多态性比例92.9%。结果表明,丝瓜种质资源遗传多样性较高,同时也表明了ISSR分子标记能够很好的检测丝瓜种质资源的遗传多样性。通过聚类分析将60份丝瓜分为2大类,普通丝瓜和棱丝瓜。分别以0.646和0.718处为阈值,普通丝瓜和有棱根据瓜形分为短圆筒普通丝瓜、长圆筒普通丝瓜、短棍棒有棱丝瓜和长棍棒有棱丝瓜。     

丝瓜种质资源遗传多样性分析

本研究应用ISSR分子标记技术对所收集的30份丝瓜资源进行亲缘关系分析。从99对引物中筛选出16对引物进行条带扩增,共扩增出166条条带,其中多态性带有144条,多态性比例为86.75%。30份丝瓜资源的遗传相似系数0.313~0.951之间,春研三号丝瓜和纯英早青肉丝瓜材料亲缘关系最近,遗传相似系数为0.951,而泉州延陵丝瓜与六叶香棱丝瓜材料间亲缘关系最远,为0.313。在基因相似系数DS=0.313阈值处被分为两大类:普通丝瓜和有棱丝瓜。这和田间调查的结果一致。     

基于丝瓜全基因组序列SSR分子标记开发

为研究高效的丝瓜分子标记,本研究根据已报道的有棱丝瓜和普通丝瓜全基因组序列信息,利用MISA 2.1软件对丝瓜全基因组水平的SSR位点进行搜索,分别在有棱丝瓜和普通丝瓜中鉴定到341 829个和348 397个SSR位点,发生频率分别为2.20 kb/SSR和2.03 kb/SSR。有棱丝瓜和普通丝瓜重复单元最多的均为单核苷酸,分别占总数的73.90%和74.21%,其次为二核苷酸和三核苷酸重复单元。在有棱丝瓜和普通丝瓜中各鉴定到211种SSR重复基序,其中A/T、AT/AT、AG/CT和AAT/ATT重复基序类型出现频率最高。优选SSR位点,分别在有棱丝瓜和普通丝瓜中开发了278 522和284 966对SSR引物。通过比对两个基因组的SSR引物序列与自身的参考基因组,获得在有棱丝瓜和普通丝瓜中具有序列大小差异的SSR引物955对,随机挑选其中64对引物在6份表型差异较大的丝瓜材料中进行引物有效性检测,其中61对引物有目的条带扩出,16对引物具有多态性。本研究在丝瓜全基因组水平所开发的SSR分子标记可为后续丝瓜种质资源鉴定、亲缘关系分析及分子标记辅助育种提供基础。     

基于ISSR标记的福建茶树品种(系)遗传多样性分析

本研究通过对所收集的55份福建茶树品种(系)进行遗传多样性和亲缘关系分析,采用ISSR分子标记技术进行扩增,并通过NTSYS-pc2.10e软件进行数据分析。以7份福建茶树品种为材料,对50条通用引物进行筛选,得到多态性好、扩增条带清晰的引物15条。15条引物共扩增出213条条带,208条为多态性条带,多态性所占比率为97.65%。55份茶树资源遗传相似系数介于0.54~0.91之间,表明这55份茶树遗传背景差异较大。并根据ISSR扩增图谱构建了遗传聚类图,明确了各茶树品系与品种间的亲缘关系,为茶树培育新品种奠定科学基础、提供理论依据。     

基于ISSR标记的印度南瓜种质资源遗传多样性分析

利用ISSR标记分析了36份印度南瓜种质资源,旨在阐明其遗传多样性和亲缘关系,为遗传和育种的利用提供理论依据。结果表明,筛选出的8条ISSR引物共扩增出63条带,平均每条引物扩增出7.88条,其中共有60条多态性条带,多态性比例为93.38%;36份印度南瓜材料的遗传相似系数在0.22~0.60,在相似系数0.36处,可将36份印度南瓜种质资源分为四大类,印度南瓜遗传变异与地理分布没有明显的相关性。     

南瓜种质资源遗传多态性的ISSR分析

本研究应用ISSR分子标记技术对85份南瓜种质资源进行遗传多样性分析。结果显示:从100条ISSR引物中筛选出12条引物进行PCR扩增,共获得条带125条,多态性占115条,10条条带为所有南瓜品种所共有,平均每个引物的条带数为10.42条,多态性比例为92%。通过Ntsys2.10e软件计算出85份南瓜资源的遗传相似系数0.384 0~1.000 0之间。通过聚类分析将所收集的南瓜品种分为三类:分别是美洲南瓜、中国南瓜和印度南瓜,其中亲缘关系较近的是中国南瓜和美洲南瓜,中国南瓜和美洲南瓜与印度南瓜的亲缘关系均比较远。本研究为南瓜种质资源的保护、利用及新品种的培育提供了科学依据。     

蓖麻种质资源多样性AP-PCR与RMAPD分析

为了研究国内主要商业蓖麻品种的种质资源多样性,采用AP-PCR与RMAPD分子标记方法,对来自国内不同地区的31份蓖麻品种进行分析。AP-PCR分子标记的研究结果表明,9条引物扩增的条带为5~12条,共计82条带,平均每条引物扩增出9.1条带,扩增的多态性条带为2~10条,多态率为40%~90.91%,共计53条带,平均每条引物扩增出5.89条多态性带。在9条引物中,引物S3扩增出多态性条带最高,多态率达90.91%。蓖麻种质资源的RMAPD分析结果表明,84对引物扩增的条带为5~12条,共计85条带,平均每对引物扩增出8.5条带,扩增的多态性条带为3~10条,共计56条带,平均每条引物扩增出5.6条多态性带。在84对引物中,引物A3+B4扩增出的条带最多,多态性最高,多态率达83.3%。对AP-PCR与RMAPD分子标记的数据进行联合聚类分析表明,在遗传系数为0.56处,31份蓖麻种质被分成3大类群。2种分子标记之间的相关系数不显著(R=0.009 3)。     

西藏油菜种质资源的RAPD分子标记分析

采用RAPD分子标记, 对西藏地区部分白菜型和芥菜型油菜资源的遗传多样性进行了分析, 结果显示, 22条引物在106份白菜型油菜中共扩增出236条带, 多态性位点比率为89%; 24条引物在50份芥菜型油菜中共扩增出276条带, 多态性位点比率为94%. 通过UPGMA聚类分析, 将西藏白菜型油菜分为Ⅰ和Ⅱ类群; 芥菜型油菜分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ类群     

基于ISSR标记的酱用型灯笼椒种质资源遗传多样性分析

酱用型灯笼椒是海南的一种特色资源,该亚种辣椒相关资源挖掘工作少,制约了新品种选育工作。为了明确目前已收集酱用型灯笼椒种质资源的遗传多样性,采用了8条ISSR引物对现有的54份酱用型灯笼椒资源进行了DNA提取并扩增。结果表明:共扩增条带186条,其中多态性条带为179条,多态性平均达95.71%。在欧氏距离为87处,可将54份酱用型灯笼椒种质资源分为三大类,为选育出品质优良的灯笼椒提供理论基础。     

菠萝17份种质的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对17份菠萝种质进行了基因组DNA多态性分析。从62个ISSR引物中筛选出6个多态性引物用于PCR扩增，共扩增出70条DNA条带，其中多态性条带44条，所占比例为62.86%，平均每个引物扩增的DNA条带的数目为11.67条。6个品种具有特异性的扩增带，可作为种质鉴定的依据。根据ISSR扩增结果建立的UPGMA聚类图，在距离系数约0.1处可把供试的17份菠萝种质分为3大类。同时对供试品种的遗传关系进行了探讨     

柳州汪洞乡古茶树种质资源遗传多样性的ISSR分析

本研究利用ISSR分子标记技术对柳州融水县汪洞乡古茶树种质资源的遗传多样性和亲缘关系进行分析,选取10个ISSR引物对87株柳州汪洞乡古茶树单株及4个对照茶树品种的基因组DNA进行扩增。10条引物共扩增出67条谱带,其中多态性条带共64条,多态性比率达95.5%,每条引物扩增条带为5~9条,平均多态性条带6.4条。每条引物扩增条带的多态性为80%~100%,扩增条带大小在100~2 000 bp。供试样品的Jaccard相似系数在0.35~0.85之间,平均值为0.60。在相似系数0.6处可将全部91份样品划分为10大类群。本研究从分子水平上揭示了该古茶树群体资源单株间的亲缘关系,可为该资源的进一步开发利用提供研究基础。     

六倍体小黑麦种质资源遗传多样性分析

利用RAPD标记对10份六倍体小黑麦、1份普通小麦和1份黑麦种质资源遗传多样性进行了分析,19个RAPD引物中,有10个引物(52.63%)可扩增出清晰且具多态性的条带。10个引物共产生385条DNA片段,其中384条具有多态性,多态性比率为99.74%,不同引物扩增带数变幅为8~71条,平均为38.5条,扩增产物的片段大小为298~3 054 bp,材料间的遗传距离变化范围在0.724~0.833之间。对12份供试材料的遗传关系进行聚类分析,在平均GD值0.77水平上可将12份供试材料分为3类。研究结果为将六倍体小黑麦的优良基因导入到普通小麦中提供了理论依据。     

梨种质资源遗传多样性研究中的RAPD技术引物筛选

以梨属44个种和品种为试验材料,利用RAPD技术从50个随机引物中筛选出18个多态性引物,用于梨种质资源遗传多样性研究。结果表明：所选出的多态性引物每个引物扩增出的条带数在4—11之间,扩增出的DNA片段分子量大多在450bp—2000bp之间,共扩增出118个条带,其中样品间相同的条带数有11条,呈现多态性的条带107条,多态百分率达90.8%。     

猕猴桃属33份核心雄性种质SSR指纹图谱构建

通过对33份猕猴桃核心雄性种质材料进行指纹图谱构建及遗传多样性分析,可为猕猴桃品种鉴定及选育工作提供帮助,也为今后规范进行知识产权的保护提供科学的理论依据。从猕猴桃SSR数据库中选取100对SSR引物,利用遗传背景差异大的4份猕猴桃雄性种质材料进行筛选,选出14对扩增条带清晰、具高多态性且重复性好的引物,对本研究供试的33份猕猴桃核心雄性材料进行扩增,利用8%聚丙烯酰胺凝胶对PCR扩增产物进行检测。筛选得到的14对SSR引物共扩增出171条条带,其中含有163条多态性条带,占95.32%。最少可以通过5对高多态性SSR引物即能将33份猕猴桃雄性种质材料全部区分开。这5对SSR引物共扩增出83条条带,多态性条带82条,占98.80%,每个位点的等位基因为1~12个,平均每对引物为16.6个。通过对33份猕猴桃雄性种质资源进行鉴定,发掘出猕猴桃雄性种质优异标记位点UDK96-035、UDK96-053、UDK96-040、Thr801、For13,可为后续相关研究提供坚实的理论基础。     

海南、云南油棕种质材料遗传多样性的ISSR分析

为进一步开发利用海南和云南油棕种质资源,从DNA分子水平上对海南和云南油棕种质资源进行遗传多样性研究.应用ISSR技术对海南和云南的63份油棕种质材料进行遗传多样性分析,用23个引物共扩增得到201条扩增条带,其中有多态性的条带为155条,多态性条带占总扩增条带的77.1%.聚类分析的结果将不同地方采集的种质明显的分为8类,采自不同地方的种质材料能明显的根据种质来源相对集中在一起,油棕种质材料可按采集地进行分类.     

应用ISSR分子标记绘制红麻种质资源DNA指纹图谱

以6份红麻种质资源为材料, 对UBC807~UBC80等80个ISSR引物进行筛选, 筛选出多态性好的ISSR引物20个。利用这20个ISSR引物扩增来自国内外84份红麻种质资源, 共获得230条谱带, 平均每个引物扩增出11.5条谱带, 其中多态性谱带185条, 多态性条带比率为80.43%, 表明供试的红麻种质资源遗传多样性较丰富。以供试84份红麻种质资源的ISSR扩增谱带为基础, 建立了供试材料扩增条带指纹数据库的Excel文件。根据指纹图谱唯一性原则, 采用自行开发的DNA指纹数据分析软件, 再从20个多态性好的ISSR引物中遴选出UBC 813、UBC 825、UBC 836、UBC 888和UBC 889引物, 绘制出82个红麻种质资源的DNA指纹图谱, 为红麻种质资源分子身份证的构建奠定了基础。     

南瓜种质资源亲缘关系的RAPD分析

南瓜是国内外广泛栽培的重要蔬菜作物之一,其种质资源十分丰富。开展南瓜的遗传多样性和亲缘关系的研究,有利于了解南瓜遗传多样性的分布和种质间的遗传关系,促进南瓜种质的收集和有效利用。以不同来源地、不同生态型的南瓜种质资源为试材,用CTAB方法从南瓜幼嫩叶片提取基因组DNA,用长度为10个碱基的寡核苷酸作RAPD引物进行PCR扩增反应。从260个随机引物筛选出26个多态性引物,对76份南瓜种质资源进行扩增,共扩增出255条带,其中多态性带为207条,多态性百分率为81.18%。表明南瓜种质资源遗传多样性丰富。聚类分析将供试材料分为3大类:中国南瓜、美洲南瓜和印度南瓜,种间差异明显。     

洋葱种质资源遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记对32份洋葱种质资源的遗传多样性进行了分析。从31个ISSR引物中筛选出4条扩增产物条带清晰、多态性高的引物,在32份资源样品中共扩增出39条带,其中31条带为多态性位点,平均每个引物扩增的多态带数为7.75条,多态性条带比率（PPB）为79.48%。资源间的遗传相似系数在0.552~0.960之间,具有较为丰富的遗传多样性。ISSR聚类分析表明,在L取值为D=0.68时,可将32份洋葱资源分成5类：第一类包括18份种质资源,主要以Yellow Sweet Spanish系统为主;第二类包括1份种质资源,为Bejo Daytona;第三类包括3份种质资源,为Yellow Globe系统;第四类包括9份种质资源,为Yellow globe danvers系统;第五类包括1份种质资源,为Yellow Danvers system系统。较好地揭示了洋葱种质资源间的遗传多样性与亲缘关系,可为洋葱遗传育种和杂交亲本选择提供科学依据。     

玉米和高粱SSR标记在薏苡中的通用性研究

旨在分析玉米和高粱SSR标记在其近缘种薏苡中的通用性和多态性,以期筛选可用于薏苡种质资源和遗传学研究的分子标记。以11份薏苡资源为供试材料,利用SSR-PCR扩增和毛细管电泳检测方法,对364对SSR引物进行了测试和筛选。结果表明,364对玉米和高粱来源的标记中有163对能在薏苡中扩增并得到清晰的条带,其中44对标记在薏苡中表现出良好的多态性。高粱SSR的通用性和多态性比例分别为58.02%和30.85%,玉米SSR标记的通用性和多态性比例分别为23.45%和26.47%,高粱SSR标记在薏苡中通用性和多态性更好。44对引物在11份薏苡材料中扩增出110条多态性条带,每对引物扩增出的条带数在1～5条之间,平均为2.5条,PIC为0.15～0.79,其中15对引物的PIC值大于0.5,占全部多态性引物的34.09%。筛选出的通用SSR引物可为薏苡种质资源多样性和分子遗传学研究提供可用的遗传标记,也是高粱、玉米和薏苡3种作物之间比较基因组学研究的有力工具。     

扶芳藤遗传多样性RAPD鉴定及类型划分研究

利用RAPD标记技术对56份扶芳藤、3份大叶黄杨和1份胶东卫矛材料进行遗传多样性分析，筛选出35个引物扩增出205条稳定、清晰、可重复的DNA片段，其中32个引物扩增出100条带具有多态性，其多态性频率48.78%；不同引物及不同位点谱带所揭示的扶芳藤遗传差异较大，其遗传多样性指数分布范围为0.0331~0.8904；根据引物L04和U12扩增的RAPD带型和以遗传距离进行聚类分析结果可明显地区分扶芳藤与大叶黄杨、冬季全部落叶的与冬季不落或部分落叶的扶芳藤类型、从我国收集的扶芳藤资源与从捷克和美国引入的3个品种；同时聚类分析还可区分我国东南沿海地区与其他地区收集扶芳藤资源。