朱顶红SRAP-PCR反应体系的建立和优化

本研究采用L_(16)(4~5)正交试验设计方法,对朱顶红SRAP-PCR反应体系中的5种因素(Mg~(2+)浓度,d NTPs浓度,引物浓度,DNA模板量和Taq DNA聚合酶用量)进行优化,结果表明各因素对朱顶红SRAP-PCR扩增反应影响大小依次为:d NTPs浓度引物浓度Mg~(2+)浓度DNA模板量Taq DNA聚合酶用量。优化获得的朱顶红最佳SRAP-PCR反应体系为:1×PCR Buffer、Mg~(2+)浓度2.0 mmol/L、d NTPs浓度0.2 mmol/L、引物浓度0.25μmol/L、20μL体系中DNA模板量80 ng以及Taq DNA聚合酶用量0.5 U。用10个朱顶红品种基因组DNA对所得最优体系进行验证,证明该体系具有较高的稳定性和重复性,能够为朱顶红遗传多样性研究和遗传图谱构建等提供重要技术支持。     

丝瓜SRAP反应体系的优化

以丝瓜基因组DNA为模板,对SRAP反应中主要五个影响因素d NTP浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度、DNA模板浓度、Mg~(2+)浓度进行优化,建立丝瓜SRAP-PCR反应的体系。根据实验确定的最佳反应体系为25μL SRAP体系。25μL SRAP体系为:75 ng DNA,0.2 mmol/L d NTP,1.25 U Taq酶,0.16μmol/L的单条引物,2.0 mmol/L Mg~(2+),2.5μL 10×Buffer。选用33个丝瓜品种对所确立扩增体系及扩增程序进行验证,检测结果表现为扩增产物条带清晰明亮、亮度高、重复性好,表明本试验所确定的反应体系及反应程序适用于丝瓜的SRAP分子标记。     

郁金香ISSR-PCR体系建立与优化

本研究以22个郁金香品种为材料,采用正交设计试验和单因素试验对ISSR-PCR反应中的5个影响因素:Mg~(2+)、d NTPs、Taq酶、引物、模板DNA进行4个水平的优化试验。结果表明最佳反应体系为:25μL体系中Mg~(2+)1.0 mmol/L、d NTPs 0.15 mmol/L、Taq酶0.25U、引物0.2μmol/L、模板DNA 100 ng。退火温度为58℃。该体系的建立有利于ISSR分子标记技术研究郁金香种质资源遗传多样性。     

催吐萝芙木SRAP反应体系的优化及引物筛选

本研究以催吐萝芙木为材料,利用正交试验设计对影响SRAP-PCR反应的不同浓度模板DNA、Taq DNA聚合酶、引物和d NTP进行优化,建立催吐萝芙木的SRAP-PCR最佳反应体系。20μL反应体系包括:10×Taq Plus Buffer(含1.5 mmol/L Mg2+)2μL,d NTP 0.2 mmo1/L,Taq DNA聚合酶0.75 U,模板DNA 40 ng、正/反引物各1.2μmo1/L。在此条件下,对能够在催吐萝芙木、四叶萝芙、蛇根木、苏门答腊萝芙木、云南萝芙木中扩增的引物进行了筛选,获得30对具有通用性扩增的引物,为后续通过SRAP探讨其遗传多样性和亲缘关系方面的研究提供参考。     

凤仙花ISSR-PCR体系建立与优化

建立最适的PCR反应体系是成功进行ISSR-PCR的关键,且反应的扩增效果易受多种因素的影响,本研究采用正交试验和单因素筛选试验两种方法,选用凤仙花叶片DNA为实验材料,针对影响凤仙花ISSR-PCR反应较大的 Mg~(2+)、dNTPs、Taq酶、引物、模板DNA这5个因素进行优化并筛选,最终建立凤仙花ISSR-PCR最佳反应体系:25μL PCR反应体积中, Mg~(2+)浓度为2.0 mmol/L、引物浓度为0.4μmol/L、模板DNA浓度为150 ng、dNTPs浓度为0.15 mmol/L、Taq酶为0.5 U。利用该体系筛选出14条可用于凤仙花ISSR-PCR扩增的引物。通过建立凤仙花属最佳ISSR-PCR反应体系,为研究凤仙花属植物提供分子标记水平上的理论依据和技术方法。     

郁金香SSR-PCR反应体系的建立与优化

为建立郁金香SSR-PCR反应体系,本研究以36个荷兰引进的郁金香栽培品种和5个产于中国新疆的野生种为试验材料,采用单因素试验和L_(16)(4~5)正交设计相结合的方法,对影响郁金香SSR-PCR反应的Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度、模板DNA、Taq酶用量进行优化,建立最佳的SSR-PCR反应体系,并利用3对引物在41份郁金香材料中验证反应体系的稳定性。结果表明:在20μL的PCR反应体系中,10×PCR Buffer (Mg~(2+)free) 2μL、Mg~(2+)2.0 mmol/L、dNTPs 0.75 mmol/L、引物2.0μmol/L、模板DNA 10 ng、Taq酶0.15 U为最优体系;通过正交试验确定5个因子对SSR-PCR体系的影响程度为:模板DNATaq酶引物Mg~(2+)d NTPs。筛选出的3对引物在41份郁金香材料中均可扩增出目的条带,表明该体系的稳定性好。本研究建立SSR-PCR反应体系,为郁金香SSR标记的开发以及遗传多样性分析、品种指纹图谱构建、种质资源鉴定等方面提供了帮助。     

二月兰SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选

为建立适合二月兰的SSR-PCR反应体系,采用正交试验设计方法对影响二月兰SSR反应体系的5个因素(DNA模板、Mg~(2+)、d NTPs、引物和Taq聚合酶)进行优化试验,筛选出每个因素的最佳水平。结果表明,10μL反应体系中,Mg~(2+)浓度2.0 mmol/L,d NTPs浓度0.4 mmol/L,引物浓度0.6μmol/L,DNA模板量20 ng,Taq聚合酶量0.6 U。以3份二月兰基因组DNA为模板,利用优化后的SSR-PCR反应体系进行引物筛选,从50对SSR引物中成功筛选出扩增条带清晰、具有多态性的引物有12对,证明该反应体系具有较好的稳定性和通用性。研究建立和优化的二月兰SSR-PCR反应体系,为进一步利用SSR标记技术开展二月兰分子生物学研究提供了理论依据和技术参考。     

柑桔SRAP和ISSR分子标记技术体系的建立与优化

通过对PCR反应程序、反应体系(DNA模板量、PCR反应体积、Mg2 浓度、dNTP浓度、Taq酶用量、引物量)、电泳检测方法的系统优化,建立了柑桔SRAP-PCR和ISSR-PCR体系;以此进行大规模引物筛选,从而建立了柑桔SRAP和ISSR分子标记技术体系.SRAP-PCR:25μL体系,模板DNA25ng,Tris-HCl10 mmol/L,KCl50 mmol/L,Mg2 1.2 mmol/L,dNTP 120 μmol/L,Taq酶1.5U,引物0.4μmol/L,反应程序为94℃预变性5min,35个循环(94℃ 30s,47℃ 1min,72℃ 1min),72℃延伸10min;ISSR-PCR:25μL体系,模板DNA25ng,Tris-HCl10mmol/L,KCl50mmol/L,Mg2 1.6 mmol/L,dNTP200μmol/L,Taq酶1 U,引物0.8μmol/L.筛选出稳定性好、多态性高的24对SRAP引物和13条ISSR引物.     

利用正交试验优化玫瑰SRAP-PCR反应体系

采用L16(45)正交试验对玫瑰SRAP-PCR反应体系进行优化。结果表明,各因素对PCR反应的影响程度从大到小依次为:Taq酶,dNTPs,引物,Mg2+,模板;建立了玫瑰SRAP-PCR反应最佳体系(25μL)为Mg2+2.0mmol/L,dNTPs0.20mmol/L,Taq酶1.5U,引物0.25μmol/L,模板1.0ng/μL;采用不同的模板和引物对体系进行验证,表明该体系适合于玫瑰的SRAP-PCR反应。     

濒危藏药桃儿七cpSSR-PCR引物开发与反应体系优化

利用桃儿七叶绿体全基因组开发cpSSR引物,使用正交设计试验,对桃儿七cpSSR-PCR反应体系中的5种主要因素(模板DNA,Mg~(2+),Taq DNA酶,dNTPs及ISSR引物)进行筛选优化来研究桃儿七遗传多样性。选取甘肃碌曲县则岔石林桃儿七居群样本及13个不同桃儿七居群验证该反应体系。正交试验表明:各因素显著性为Mg~(2+)引物Taw酶DNA浓度dNTPs,桃儿七cuss-PCR反应的最佳体系为(25μL):DNA20 ng/μL,Mg~(2+)1.5 mmol/L,dNTPs 2.0 mmol/L,Taq DNA酶0.5 U,引物1.0μmol/L,2.5μL 10×Buffer。该体系具有很高的稳定性和重复性,并为野生桃儿七遗传多样性及保护策略研究提供了技术支持。     

葡萄5BB品种SRAP-PCR反应体系影响因素

为建立适合葡萄5BB品种的SRAP-PCR反应体系,利用正交设计对葡萄SRAP-PCR反应体系5种因素(Taq DNA聚合酶,Mg2+,模板DNA,dNTP,引物)4个水平进行优化。结果表明,各因素水平变化对PCR反应的影响从大到小顺序为:Mg2+,引物,dNTP,Taq DNA聚合酶,模板DNA;筛选出各因素的最佳水平,建立了葡萄5BB品种SRAP-PCR反应的最佳体系(20μL)为:Taq DNA聚合酶2U,Mg2+2.0mmol/L,模板DNA60ng,dNTP0.25mmol/L,引物0.10μmol/L。这一优化系统的建立为今后利用SRAP标记技术对葡萄进行相关研究提供了帮助。     

高粱抗丝黑穗病基因SRAP体系优化

为建立高粱抗丝黑穗病基因最佳的SRAP-PCR反应体系,进一步筛选与抗病基因相关的SRAP标记。本研究采用单因素与正交设计相结合的方法,对影响高粱SRAP-PCR体系的5个因素Taq酶、Mg2+、模板DNA、d NTPs和引物进行优化,以期筛选出最优的高粱抗丝黑穗病基因SRAP-PCR反应体系。研究表明:在优化得到的20μL的高粱SRAP-PCR体系中,模板DNA的用量为20.0 ng,Taq DNA聚合酶的用量为0.14 U,Mg2+的浓度为3.0 mmol/L,d NTPs浓度为0.3 mmol/L,引物的浓度为0.5μmol/L。各因素对反应体系影响大小依次为:引物浓度DNA用量Taq DNA聚合酶浓度Mg2+浓度=d NTPs浓度。本研究将为高粱抗性基因的定位与功能研究提供基础数据与技术支持。     

濒危植物香果树(Emmenopterys henryi)SRAP反应体系的建立与引物筛选

以珍稀濒危植物香果树(Emmenopterys henryi)基因组DNA为研究对象,对影响SRAP-PCR反应的因素如Mg~(2+)浓度、d NTPs浓度、Taq DNA聚合酶、引物浓度4因素进行优化。确定香果树SRAP反应体系为:20μL PCR反应体系,50 ng模板DNA,1×Buffer,2.5 mmol/L Mg~(2+),1 U Taq聚合酶,0.3 mmol/L d NTPs,正向和反向引物各0.3μmol/L;在香果树2份样品中进行引物初筛,利用已发表的SRAP引物,选取8条正向引物和8条反向引物,共计64对引物。从中筛选出10对重复性好,谱带清晰且稳定的引物。并将这些引物在香果树2个野生居群20份样品中进行遗传多样性分析,共得到72条扩增谱带,其中多态性谱带60条,多态性比率83.3%,平均每个引物组合产生6个多态性位点,供试材料间遗传变异相对丰富。     

山丹百合cpDNA-PCR反应体系建立与优化

本试验以采自青海东南部地区的山丹百合为材料,结合单因素与L_(16)(4~5)正交设计对山丹百合cpDNA-PCR反应体系的Mg~(2+)、d NTPs、引物、Taq酶和模板DNA浓度进行优化,建立最优的山丹百合cpDNA-PCR反应体系,为研究山丹百合遗传多样性及其演变提供技术支持。研究表明:在25μL反应体系中,以Mg~(2+)2.0 mmol/L、d NTPs 0.2 mmol/L、引物0.2μmol/L、Taq酶0.25 U、模板DNA 50 ng最佳,退火温度优化后为53.1℃。建立的反应体系在6个山丹百合居群中经验证具有较高的稳定性和重复性,可用于山丹百合遗传多样性和分子谱系地理学方面的研究。     

花生SRAP-PCR反应体系的正交设计优化

本研究利用正交设计L16(45)对花生SRAP-PCR反应体系的5因素(引物,Taq酶,Mg2+,模板DNA和dNTP)在4水平上进行优化试验,结果表明,各因素的不同水平对PCR反应结果都有显著的影响,其中引物浓度的影响最大;最佳反应体系20μL包含:引物0.4μmol/L,Taq酶1U,Mg2+2.5mmol/L,模板DNA30ng,dNTP0.2mmol/L,不足部分以ddH2O补足。这一体系的建立为今后利用SRAP标记技术对花生进行分子遗传学基础研究提供了有力的支持。     

利用正交设计优化牡丹SRAP-PCR反应体系

利用正交设计L16(45对牡丹SRAP-PCR反应体系的五因素(Taq,Mg2+,模板DNA,dNTP,引物)在四个水平上进行优化试验,得出如下结论:各因素水平变化对PCR反应的影响从大到小依次为:Tap,引物,dNTPs,Mg2+,模板DNA;筛选出各反应因素的最佳水平,建立牡丹SRAP-PCR反应的最佳体系(25μL)为:Taq酶0.5 U,Mg2+2.0 mmol/L,模板DNA 50 ng,dNTF 0.2 mmol/L,引物0.30 μmol/L.这一优化系统的建立为今后利用SRAP标记技术对牡丹进行相关研究提供了帮助.     

红毛丹SRAP反应体系优化及多态性标记筛选

为建立成熟可靠的红毛丹SRAP-PCR扩增检测技术体系,本研究首先采用单因素实验设计,对反应体系中的DNA模板、Mg2+、d NTPs、Taq DNA聚合酶和引物浓度等5个主要影响因素,设置不同的水平梯度,筛选出适宜的因子范围;在此基础上,进一步采用L16(45)正交设计,建立了红毛丹SRAP-PCR最佳反应体系:20μL体系中包含DNA模板20 ng、d NTPs 0.25 mmol/L、引物0.6μmol/L、r Taq酶1.0 U、Mg2+2.5 mmol/L。并利用优化的反应体系,从116对SRAP引物组合中筛选出37对扩增条带清晰、产物多态性较好的引物。本研究建立的SRAP-PCR体系及筛选的引物,将为红毛丹从分子水平进行种质资源遗传多样性分析、品种指纹图谱构建等研究提供基础。     

凤仙花属植物SSR-PCR反应体系的建立与优化

SSR-PCR反应体系的建立与优化是凤仙花属植物(Impatiens L.) SSR标记研究的基础,本研究以8种凤仙花属植物为试材,对Mg~(2+)、Taq酶、dNTPs浓度、DNA模板、引物浓度等5因素进行L_(16)(4~5)正交试验,探讨适合凤仙花属植物的SSR-PCR反应体系,并对主要因素进行优化。结果表明:Mg~(2+)、Taq酶和dNTPs浓度3个因素对凤仙花属SSR-PCR扩增结果有显著影响,影响程度为Mg2+Taq酶dNTPs浓度DNA模板引物浓度;20μL为最佳反应体系,其中,2.6 mmol/L (含10×PCR Buffer)的Mg~(2+),1.6 mmol/L的dNTPs,2μmol/L的引物,60 ng的DNA,0.1 U的Taq酶,ddH_2O补齐剩余部分。利用优化后的反应体系对同属54种材料进行PCR扩增,扩增产物在130～200 bp,具4个等位基因,目标条带清晰,多态性良好。该体系的建立可为今后利用SSR标记对凤仙花种质鉴定、遗传多样性分析、系统发育研究、遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助育种等研究提供了依据。     

利用正交设计优化烟草SRAP反应体系

利用正交设计L16(45)对烟草SRAP-PCR反应体系的五因素(Taq酶,Mg2 模板DNA,dNTP,引物)在四个水平上进行优化试验,PCR结果用统计软件SPSS V13.0分析,得出如下结论:各因素的不同水平对PCR反应结果都有显著的影响,其中Taq酶量影响最大;筛选出各反应因素的最佳水平,建立烟草SRAP-PCR反应的最佳体系(25μL)为:Taq酶1.0 U,Mg2 1.5 mmol/L,模板DNA 30.00～120.00 ng,dNTP0.1 mmol/L,引物0.40 μmol/L.最后,应用烟草SRAP-PCR最佳反应体系对PCR扩增程序中的退火温度及循环次数进行了筛选,得出SRAP-PCR扩增以52℃退火温度、35个循环次数为最佳.这一优化系统的建立为今后利用SRAP标记技术对烟草进行基础研究提供了一个标准化的程序.     

宫粉紫荆SRAP-PCR反应体系的建立及优化

为建立最佳的宫粉紫荆SRAP-PCR反应体系,采用单因素和L16(45)正交试验设计对反应体系中的模板DNA、Mg2+、引物浓度、d NTPs和Taq聚合酶进行优化。表明宫粉紫荆SRAP-PCR 25μL反应体系的最佳组合为:模板DNA 50 ng、Mg2+2.25 mmol/L、引物0.25μmol/L、d NTPs 0.30 mmol/L、Taq酶1.5 U。并利用优化的SRAP-PCR体系进行验证,表明不同的宫粉紫荆样本均能扩增出清晰且带型基本一致的谱带,表明本试验建立的SRAP-PCR体系稳定,可用于今后开展宫粉紫荆种质资源遗传多样性研究、品种鉴定、优良品种筛选和近缘种杂交育种等研究工作。