贵州柿属植物种质资源遗传多样性的SRAP分析

【目的】探明贵州柿种质资源遗传多样性及亲缘关系状况,为其保护与利用提供理论依据。【方法】利用SRAP分子标记技术对贵州83份柿种质资源的遗传多样性及亲缘关系进行分析。【结果】15对SRAP引物一共扩增出118个DNA位点,其中108个位点具有多态性,占总位点的91.53%,等位基因数(Na)为(1.915 3±0.279 7),有效等位基因数(Ne)为(1.418 9±0.352 1),遗传多样性指数Nei’s(He)为(0.252 6±0.176 0),平均Shannon信息指数(I)为(0.390 6±0.234 2),地区间基因流Nm为3.702 6。UPGMA聚类分析表明,相似系数在0.740时83份柿种质资源被分为5组,居群之间的相似系数与地理距离和种质植物学性状间呈一定的相关性。【结论】贵州柿资源存在丰富的多样性,人为因素导致地区间存在较强的基因流,5个地区间柿种质资源遗传多样性依次为:黔中黔西黔南黔北黔东。SRAP标记可有效揭示贵州柿种质资源的遗传多样性、分化程度和亲缘关系,研究结果对贵州柿种质资源的保护利用和遗传改良有重要意义。     

45份宽皮柑桔野生和地方资源遗传多样性分析

利用SSR、InDel及来自于lncRNA的分子标记对不同地区的45份野生、半野生及地方宽皮柑桔资源进行了遗传多样性分析。31对引物共获得81个多态性标记位点,多态性标记位点的平均香农多样性指数为0.725,平均期望杂合度为0.413。群体遗传结构、主坐标轴和聚类分析均表明,莽山野柑是一类原始、独特的柑桔种质;起源于南岭山脉的野生宽皮柑桔,如悬崖野桔、道县野桔、江永野桔-1、莽山桔、崇义野桔和江永野桔-5等构成了一类相对独特的原始野生类群;古老栽培柑桔中的皱皮柑类型,包括旺苍皱皮柑、皱皮柑、藏桔等构成了另一个原始古老类群,现代栽培柑桔城固冰糖桔中具有典型皱皮柑基因的渗入;宽皮柑桔中的一些育成品种及杂柑资源,具有较丰富的遗传多样性。本研究证实了起源于南岭山脉一带的野生宽皮柑桔在遗传背景上较为接近,其多样性也低于现代栽培宽皮柑桔,缺乏人为驯化和外源基因渗入,为南岭山脉是我国宽皮柑桔的起源中心这一论断提供了科学依据。由于长期的人为驯化和外源基因的渗入,宽皮柑桔的演化伴随着遗传多样性水平由低向高逐渐演变的过程。     

82个石榴品种遗传多样性的ISSR分析

【目的】研究不同性状石榴品种的遗传关系和遗传多样性,为石榴种质资源分类、品种鉴定和有效利用提供参考依据。【方法】以具有不同性状的82个石榴品种为材料,用ISSR标记分析石榴种质资源的遗传多样性和品种亲缘关系。【结果】用筛选出的10条扩增清晰、多态性较好的引物对82个品种进行PCR扩增,共扩增出186个位点,其中多态性位点178个,多态性位点百分率(PPB)为95.69%,平均等位基因数(Na)为1.957 0,平均有效等位基因数(Ne)为1.302 4,平均Nei's的基因多样性指数(He)为0.214 0,平均Shannon信息指数(I)为0.356 7,品种间遗传相似系数(Gs)为0.478 4~0.994 6,UPGMA聚类结果在Gs为0.735时,将82个品种分为4大类。遗传相似系数矩阵和Cophenetic值之间的相关系数为0.985,说明聚类结果较准确。【结论】利用ISSR标记技术可有效揭示石榴种质资源的遗传多样性和品种间亲缘关系,82个石榴品种遗传多样性丰富。ISSR聚类结果与根据花瓣类型、结实性、籽粒硬度性状的分类结果吻合度较高,与地理生态环境也有一定的相关性。研究结果对石榴种质资源的保存、分类鉴定及杂交育种有重要参考意义。     

基于ISSR分子标记的贵州冬荪遗传多样性分析

以不同地区的20份冬荪种质资源为试材，利用ISSR(inter-simple sequence repeat简单重复序列间扩增)分子标记技术，从78条引物中筛选出条带清晰、重复性高和特异性强的引物，在供试冬荪菌株中进行扩增。利用NTSYS 2.10e聚类分析软件UPGMA法进行聚类分析，同时利用PopGen 32软件对20份冬荪种质ISSR统计结果进行遗传多样性分析，以期通过分子标记技术评价冬荪种质资源遗传多样性，为冬荪遗传育种提供优质材料。结果表明：筛选出具备多态性ISSR引物24条，对供试冬荪菌株进行PCR扩增共获得谱带有788条，其中多态性谱带768条，多态位点比例达到97.5%;遗传多样性分析显示平均等位基因(Na)为1.991 3,平均有效等位基因数(Ne)为1.585 6,平均Nei′s基因多样性指数(He)为0.343 8,平均Shannon信息指数(I)为0.516 1;在遗传相似系数为0.67时，20份冬荪菌株可分为三大类群。综上，20株冬荪种质资源间具有丰富的遗传多样性，亲缘关系较复杂；不同来源的种质由于菌种流通频繁而导致亲缘关系复杂，育种亲本的选择纯化周期较长。     

野生毛花猕猴桃果实表型性状及SSR遗传多样性分析

以江西省武功山境内的70份野生毛花猕猴桃种质资源为试材,对其果实表型性状、SSR遗传多样性及其亲缘关系进行分析和评价。根据UPOV（国际植物新品种保护联盟）公布的猕猴桃属品种测定标准对供试材料的果实表型性状进行观测。参照猕猴桃遗传连锁图谱,选用分布于中华猕猴桃基因组中的70对SSR引物对供试材料进行多态性分析。结果表明,在70对引物中,21对引物成功扩增出多态性片段。随机采集的70份野生毛花猕猴桃种质资源中,其果实表型性状和DNA分子水平均存在丰富的遗传多样性。基于UPGMA聚类分析将供试的野生毛花猕猴桃资源分为果实圆形和椭圆形混合组、果实椭圆形组以及果实圆柱形组。21对多态性高的SSR引物共检测出127个等位变异位点,变异范围在2 ~ 12之间,平均每对SSR引物可检测到6.04个等位位点。遗传相似系数（GS）变异范围为0.5306 ~ 0.9252。GS值在0.65水平上UPGMA聚类分析可将供试的野生毛花猕猴桃种质资源划分成Ⅰ、Ⅱ和 Ⅲ 共3个组,这与果实表型性状分析的结果基本一致。这些遗传变异丰富的种质资源可为猕猴桃育种提供有价值的材料。     

云南芋种质资源遗传多样性的AFLP分析

 采用荧光标记引物的AFLP分子标记技术, 用筛选出的“3 + 2”引物组合, 对48份云南芋种进行遗传多样性分析, 3对引物共扩增出184个DNA位点, 平均每对引物可检测出56.3个多态性位点,多态性位点高达91.8% , 云南芋种质资源在DNA分子水平上表现出极为丰富的遗传多样性。聚类分析表明: 野生种质和栽培种质的亲缘关系较远, 栽培种质基于AFLP标记的分类结果与形态性状基本一致, 少数材料差异较大。     

紫薇属种间杂种SSR分子鉴定与遗传分析

以紫薇品种及优良无性系为母本,以大花紫薇和福建紫薇为父本进行杂交,随机选择ZD(紫薇×大花紫薇)和ZF(紫薇×福建紫薇)2个杂种群体51个优良单株为试材,从51对SSR引物中筛选出15对在亲本间具多态性的引物对子代进行真实性鉴定,以遗传相似系数和遗传距离对亲子代个体进行UPGMA聚类分析。结果表明:ZD和ZF 2个群体各19个单株被至少2对引物鉴定为真杂种,群体平均等位基因数(Na)分别为4.6和5.0,平均期望杂合度(He)为0.573 2和0.657 3,平均Shannon′s信息指数(I)为1.044 5和1.215 2,平均多态信息含量(PIC)为0.504 7和0.586 0,说明2个子代群体遗传多样性较高。亲子代间的遗传相似系数在0.62～1.00,存在遗传差异。聚类树结果显示ZD群体与母本紫薇聚在一起,亲缘关系较近,ZF群体则与父本福建紫薇亲缘关系较近。     

寒地李和杏遗传多样性SSR分析

以27份适宜北方生长的李、杏品种为试材,采用SSR分子标记技术对其进行遗传多样性分析,并运用UPGMA聚类分析法,分析了27份试材的亲缘关系,为寒地李、杏种质资源保存和品种选育提供分子生物学依据。结果表明:筛选的25对SSR多态性引物共扩增等位位点245个,其中多态性位点240个,多态性比率为97.96%。每对引物的等位基因数量为4~13,平均值为9.8。有效等位基因数平均值为2.740 5,Shannon′s信息指数平均值为1.052 0,多态性信息含量平均值为0.595 5,表明试材具有较高的遗传多样性。聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.612处,27份试材可以分为李和杏两大类群。     

浙江塘栖枇杷种质资源遗传多样性分析及优系鉴定

从已开发的15对SSR引物中筛选11对多态性高且扩增效果稳定的引物,对85份枇杷材料进行亲缘关系分析。11对SSR引物扩增等位基因数(Na)85个,每对引物扩增等位基因数(Na)为4~10个,平均7.7个,有效等位基因数(Ne)为1.93~6.40个;供试枇杷种质资源遗传多样性丰富。UPGMA聚类分析结果显示,85份枇杷可分为A、B两组,其中A组包括来自杭州市塘栖镇的5个品种;B组可进一步分为B1、B2、B3和B4等4个亚组,包含来源于江苏、浙江、重庆、福建及西班牙的80个品种,并且地理来源相近的品种聚在一起。经鉴定,塘栖镇引进的西班牙2号、西班牙4号和西班牙5号为同一品种Algerie;塘栖镇白沙品种和宝珠品种存在同名异物现象。     

利用ISSR标记及rDNA-ITS序列分析河北省野生铁线莲的亲缘关系

通过ISSR和rDNA-ITS两种分子标记方法对河北省17个类群的野生铁线莲种间亲缘关系进行了鉴定。利用UPGMA法对ISSR扩增的条带结果进行聚类分析,并用PCR法扩增ITS,通过Clustal X,MEGA等软件比较和分析ITS的序列特征,最后对两种分子标记的结果综合分析。结果表明,利用筛选出的ISSR引物扩增出多态性条带104条,多态性百分比为100%,等位基因数(Na)为2.00,有效等位基因数(Ne)为1.3069,Nei’s基因多样性(H)为0.2196,Shannon’s多样性信息指数(I)为0.3675。聚类结果显示,在遗传距离为0.66处,17种野生铁线莲被分为5类;铁线莲的17个铁线莲样本ITS序列长度为543～561 bp,含变异位点87个,信息位点37个,特异性鉴别位点50个。其中,长瓣铁线莲与半钟铁线莲、太行铁线莲与狭裂太行铁线莲遗传距离为0,槭叶铁线莲与其他种的遗传距离较大,亲缘关系较远。     

基于SSR技术对七十五份栽培葡萄品种的鉴定研究

以75份葡萄栽培品种为试材,采用SSR分子标记技术,研究建立一套适合于葡萄DNA指纹图库构建的技术体系,为葡萄种质资源的鉴定和亲缘关系分析提供依据。结果表明:选用19对核心引物,共扩增出89个多态性位点,利用DPS软件,对其进行聚类分析,75份葡萄种质的遗传相似系数在0.028 3~0.887 3,平均遗传相似系数为0.475 39。依据用途,初步分为鲜食葡萄和酿酒葡萄两大类,并根据品种来源,大致分为了欧美杂种、美洲杂种和欧亚种。     

24个大果沙棘品种的RAPD分析

为了解沙棘种质资源的遗传多样性和品种间的亲缘关系,以24个大果沙棘品种为材料,利用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法进行沙棘的遗传多样性分析。从120个随机引物中筛选出多态性丰富的18个引物用于扩增反应,在24个大果沙棘品种中检测到171个RAPD位点,其中多态性DNA带112条,多态位点百分比为65.5%,表明大果沙棘品种具有丰富的遗传多样性;在RAPD分析的基础上,对大果沙棘品种进行了聚类分析,结果表明,以相似系数0.58处作为分界,可将供试的24份大果沙棘种质分为4类。     

普通杏品种SSR遗传多样性分析

利用来自杏、桃和扁桃的25对SSR多态性引物对66个普通杏品种进行了PCR扩增及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,共检测出284个等位位点,每对引物的等位位点数在3～17之间,平均为11.36。通过NTSYS软件计算得到的Dice相似性系数为0.083～0.987,平均值为0.370,表明中国普通杏种质资源的遗传多样性丰富。UPGMA法聚类将66份材料分为5个组。SSR标记反映出的品种间亲缘关系与根据地理生态类型对杏种质的分类结果基本一致。来自四川和贵州的多数品种独立聚成一组,表现出与其它品种较远的亲缘关系,该地区可能存在特异性较高的种质资源。证实了扁桃基因组SSR引物可用在杏SSR标记的研究中。     

基于cpSSR和nSSR标记的地方柑橘资源‘枳雀’亲本分析

【目的】分析地方柑橘资源‘枳雀’的亲本类型和来源,为进一步改良、开发与利用地方柑橘资源提供理论依据。【方法】以包含‘枳雀’在内的分属于柑橘属、枳属、金柑属的21份柑橘种质为材料,运用cpSSR和nSSR标记计算各SSR位点等位基因数(Na)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、Shannon信息指数(I)、多态性信息含量(PIC),构建基于DICE相似系数的UPGMA(非加权配对算术平均法)聚类树,进而分析‘枳雀’的亲本来源。【结果】10对cpSSR引物扩增出37个多态性条带,平均每个位点3.70个,平均Shannon信息指数(I)为0.98;14对nSSR引物扩增出62个多态性条带,平均每个位点4.43个,平均多态性信息含量(PIC)为0.57,平均期望杂合度(He)为0.63。【结论】根据cpSSR和n SSR分析,结合形态学证据,认为‘枳雀’的母系亲本为柚类或者具有柚类母本血缘的杂交柑橘品种,父本是一个具有枳的血缘的杂交柑橘品种。cpSSR与nSSR结合使用可比较准确地鉴定柑橘杂种。     

甜瓜种质资源遗传多样性的SSR 分析

利用SSR 分子标记技术对72 份甜瓜种质资源及育种材料进行DNA 指纹分类及亲缘关系研
究,20 对SSR 引物共扩增产生76 个多态性位点,平均每对引物产生3.8 个多态性位点。聚类结果将72 份
甜瓜种质资源分为7 个类群,其中类群I 包括新疆本地资源及几乎全部自育甜瓜种质资源64 份材料,这
说明本试验所选用的新疆厚皮甜瓜种质资源遗传背景比较狭窄。     

基于SSR标记的核桃种质资源遗传多样性与遗传结构分析

以58份核桃品种(优株)为试材，利用荧光SSR分子标记方法评价了58份种质资源的群体遗传多样性，分析其遗传结构特征，构建NJ聚类图，以期准确了解58份核桃种质的遗传背景和亲缘关系，为核桃属种质资源的合理利用、遗传资源的保存以及开发合理的育种方案和策略提供参考依据。结果表明：1)试验筛选出的15对SSR引物具有较高的多态性，共扩增出109个多态性等位基因(Na),平均每对引物的观测等位基因数(Na)为7.267,平均有效等位基因(Ne)3.069,平均观测杂合度(Ho) 0.519,平均期望杂合度(He)0.653,平均多态性信息量(PIC)0.603 5,平均香农指数(I)1.327。2)58份核桃品种(优株)间遗传距离范围为0.181～0.742,变幅为0.561,品种间遗传距离≥0.5的比例为44.19%,≥0.6的比例为13.5%,遗传基础较宽广，遗传信息丰富，遗传多样性水平较高。3)基于Nei遗传距离聚类分析，58份核桃品种(优株)可聚成3个类群，聚类结果与表型性状、亲缘来源有关，与地理位置相关度不大。4)群体遗传结构分析中，Q>0.6占比81.03%,基因混合来源比例较...     

基于SSR荧光标记构建建兰品种核心种质

以226个建兰品种为材料,应用16对SSR荧光引物进行扩增,基于等位基因最大法,按照93.36%、83.19%、71.68%、64.16%、54.42%、47.35%、32.30%、23.45%、17.26%、12.39%和8.41%等11个压缩比例逐步聚类,形成备选种质。结果表明,16对SSR荧光引物共检测到135个等位基因,平均观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon’s指数(I)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息量(PIC)分别为8.5、3.218、0.584、1.228、0.617、0.384、0.539,表明建兰品种的遗传多样性丰富。各品种间的遗传多样性系数在0.64～1.0之间,在0.75处可分为4类,聚类结果客观反映出品种间的亲缘关系。经过对11个压缩比例形成的备选种质的对比,压缩比例32.30%为构建核心种质的最佳比例。t检验结果表明,构建的包含73个品种的核心种质与原始种质的遗传参数无显著差异,能充分代表原始种质的多样性。     

基于SSR标记的100份葡萄资源亲缘关系和群体遗传结构分析

【目的】通过表型性状鉴定分析,从山西太谷国家葡萄种质资源圃内保存的资源中,筛选出不同葡萄种质资源进行SSR分析,揭示这些不同来源的葡萄种质资源之间的亲缘关系和群体遗传结构,为葡萄种质资源的科学管理和分子标记辅助育种提供参考。【方法】以100份葡萄种质为材料,依据基因组DNA测序挖掘出的SSR引物数据,筛选出33对多态性核心引物,根据标准分子质量记录扩增DNA多态性条带,获得数据矩阵。利用每对SSR引物在100份葡萄种质资源中的等位基因组成,计算33对SSR引物的位点多态性信息含量(PIC)、100份葡萄种质资源个体间的Nei’s遗传距离,并利用MEGA 7.0软件构建NJ邻接聚类树,推断葡萄原始集合与核心集合的遗传结构。【结果】100个样本中的33对SSR标记共检测到423个等位基因,每对引物扩增条带数4～26条,平均扩增条带数为12.82条。葡萄种质资源之间的Nei’s遗传距离为0.4～0.8,占资源总量的97.80%。通过遗传结构分析并预测其最佳分组数K为2,即葡萄核心集合主要分为2个亚群,分别为欧亚种群的鲜食葡萄和杂种群,其中杂种群涵盖了欧美杂种、美洲种、中国野生种及欧亚种的酿酒品种。来自国外的美洲种的砧木和来自山西的野葡萄聚在一起,同时与欧美杂种和酿酒品种也聚为一类。可能是由于人为选种和选用目的的不同造成各品种之间遗传背景的混杂。这一结论还需进一步研究证明。【结论】33对引物将100份葡萄分为两个集群,第一集群主要为葡萄亚种鲜食葡萄品种,第二集群主要包含了欧亚种酿酒品种、欧美杂种、美洲种、中国野生种4个亚种群。     

果用石榴品种的ISSR遗传多样性分析

果用石榴果实营养丰富,具有鲜食和加工价值。以65个果用石榴品种为试材,采用ISSR标记分析果用石榴类群品种的亲缘关系和遗传多样性。结果表明:10条ISSR引物对65个石榴品种进行PCR扩增,共扩增出186个位点,其中161个是多态性位点,多态性位点比率为(PPB)86.56%,等位基因数(Na)为1.865 6,有效等位基因数(Ne)为1.311 9,Nei′s的基因多样性指数(He)为0.209 2,Shannon信息指数(I)为0.338 9,品种间遗传相似系数(Gs)介于0.478~0.995,65个果用石榴品种的遗传多样性丰富。UPGMA聚类在GS为0.78时,65个石榴品种分为三大类。聚类结果表明,果用品种间遗传关系与地理环境、籽粒硬度性状有相关性,与果皮颜色、果实风味无相关性。     

西葫芦种质资源遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD技术对国内外47份西葫芦种质材料进行遗传多样性及亲缘关系分析。从520条随机引物中筛选出30条能产生稳定多态性的引物用于RAPD分析,共扩增出367条带,其中302条表现多态性,占总数的82.29%,表明西葫芦种质资源在分子水平上具有丰富的遗传多样性,与形态学研究结果一致。聚类分析将47份西葫芦种质材料分为两大类。在第Ⅰ类群中,可将32份种质分为4个亚类;第Ⅱ类群分成5个亚类。从生长习性来看,矮生与半蔓生的亲缘关系最近;从皮色来看,白色与绿色亲缘关系最近,亲缘关系最远的为白色与花皮。