小麦分子标记在长穗偃麦草的通用性

利用小麦的600对SSR、391对EST-SSR、35对STS和149对PLUG引物分别对普通小麦品种YN001和十倍体长穗偃麦草基因组DNA进行扩增,旨在分析不同标记在长穗偃麦草的通用性。398(66.3%)对SSR、294(75.2%)对EST-SSR、33(94.3%)对STS和126(84.6%)对PLUG引物在长穗偃麦草有清晰的扩增条带,4种类型引物在长穗偃麦草和小麦间表现多态扩增的引物比例分别为61.0%、68.0%、82.9%和79.9%,表明这4种引物均可以用于长穗偃麦草的遗传研究,但STS和PLUG引物效果优于SSR和EST-SSR。进一步分析基因组SSR和EST-SSR引物的核心单元组成,发现二者在长穗偃麦草有效扩增的引物以二核苷酸和三核苷酸重复为主要类型。     

棉花EST-SSRs在香蕉中的通用性

香蕉SSR分子标记开发和应用有限,通过对棉花SSR分子标记在香蕉中的通用性研究.用1343对棉花EST-SSR引物对贡蕉(AA)和野蕉(BB)两个材料进行转移扩增,得到226对有效扩增的引物.进一步用该226对引物对20个香蕉品种和4个野蕉材料扩增,得到了157对多态性引物.157对多态性引物共扩增到1188个条带,平均7.6个;引物的多态信息含量范围在0.58～0.91之间.依据获得的SSR数据,应用非加权类平均聚类方法,在相似系数0.60水平上,将24个品种分为两大类群,类群Ⅰ是以A基因组为主的品种群,类群Ⅱ是以B基因组和A基因组与B基因组杂交的品种群,证明了棉花EST-SSR分子标记在香蕉中具有通用性.     

鹅掌楸EST-SSR引物开发及通用性分析

通过对6520条鹅掌楸EST序列进行检索,在364条ESTs中发现394个SSRs,鹅掌楸EST-SSRs平均密度为每8.5kb含有1个SSR;在检索出的SSRs中,二核苷酸重复单元的SSRs类型最多,占总数的61.9%。利用SSR-ESTs序列共设计176对EST-SSR引物,其中132对在鹅掌楸上有扩增产物,66对扩增出多态,多态性引物占所设计引物的36.9%。这批EST-SSR引物在物种之间具有较高的通用性。研究表明在鹅掌楸中表现多态的66对EST-SSR引物,85%在中国马褂木中有扩增,54%在白玉兰中有扩增。     

番薯属甘薯与牵牛EST-SSR标记开发及通用性分析

通过对番薯(Ipomoea)属的12 812条甘薯和28 422条牵牛EST唯一序列进行检索分析,在319条甘薯EST序列中发现了共328个EST-SSRs,平均每20.41 kb出现1个甘薯SSR;在936条牵牛EST序列中发现962个EST-SSRs,平均每17.87 kb出现1个SSR;在检索到的甘薯和牵牛EST-SSRs中,二核苷酸重复类型的SSR最多,分别占各自检索总数的44.51%和40.64%。利用SSR-ESTs分别设计了36对甘薯EST-SSR引物和92对牵牛EST-SSR引物,其中有28对甘薯引物在8个甘薯品种中有扩增产物,13对引物扩增产物具有多态性,多态性引物占所设计甘薯引物的36.1%;42对牵牛EST-SSR引物在甘薯基因组中可以扩增出清晰的条带,其中19对有表现较好的多态性,占设计的牵牛EST-SSR引物的20.7%。结果表明,牵牛EST-SSR标记在甘薯上具有通用性,可用于甘薯基因组多样性分析。     

杨树SSR标记在柳树中的通用性分析

简单重复序列（simple sequence repeat,SSR）分子标记因其具有稳定性好、多等位基因、共显性遗传、数量丰富、基因组覆盖性好等优点,现己广泛应用于多种植物的遗传育种研究中。本研究利用杨树的48对基因组SSR引物及48对EST—SSR引物对6个苏柳品种进行了通用性分析。结果表明,杨树EST-SSR引物在柳树中的通用性达54．2％,而基因组SSR的通用性仅10．4％;但EST-SSR引物在有效引物中的多态性比例为80％,基因组SSR引物在有效引物中的多态性比例为100％。同时研究结果也表明,杨树SSR标记完全可以用于柳树群体或品种间的群传多样性分析。     

大豆基因组SSR和EST-SSR在黄芪中的通用性分析

分子标记的种间通用性可降低其开发成本,提高利用效率,促进遗传研究较薄弱物种的分子遗传学研究。为开发黄芪SSR分子标记,本研究利用大豆的66对基因组SSR(G-SSR)和43对EST-SSR引物在黄芪基因组中进行通用性分析,并选出其中条带清晰易辨的23对引物对6种不同来源的黄芪进行遗传分析。结果表明:大豆G-SSR、EST-SSR引物在黄芪中的通用性比例分别为31.82%、76.74%,多态性引物分别占18.18%、53.49%,大豆EST-SSR在黄芪的通用性高于基因组SSR,且通用的大豆SSR标记可以用于不同来源黄芪的遗传多样性分析。本研究发掘的多态性SSR引物可以有效用于黄芪的分子遗传多样性研究。     

高粱SSR和EST-SSR标记在割手密中的通用性分析

目前, 割手密中开发的分子标记有限, 为增加其分子标记数量, 本研究对高粱分子标记在割手密中的通用性进行分析。选用高粱的 29对基因组 SSR标记和 20对 EST-SSR标记在割手密种质 GSM39中进行筛选, 以评价其通用性。进一步利用 14份割手密材料评价标记的多态性和遗传多样性。结果显示： 70%的 EST-SSR引物在割手密中得到成功扩增, 可用的 EST-SSR引物中多态性比率占 50%。SSR引物在割手密中的通用性比率只有 34.5%, 但多态性比率为 70%。14对多态性引物在 14份割手密中共检测到33个等位基因, 平均观测等位基因数为2.4286, 平均有效等位基因数为1.7, 平均观测表观杂合度为0.544, 平均期望杂合度为 0.3858, Nei’ s基因多样性指数平均值为 0.3716。结果表明, EST-SSR引物的通用性高于 SSR引物, 但 SSR引物的多态性更高。这对割手密遗传多样性研究和比较基因组学研究具有重要意义。     

三种瓜类作物SSR扩增的通用性与多态性分析

利用940对SSR引物,对甜瓜、黄瓜和西瓜三套重组自交系群体的作图亲本DNA进行PCR扩增,分析SSR引物在不同瓜类作物问的通用性与多态性.结果表明.上述SSR引物在甜瓜、黄瓜和西瓜等不同瓜类作物问具有一定的通用性,最小通用率超过24%,说明不同瓜类作物基因组同存在一定的相似性.但瓜类SSR引物的种属特异性很强,能够检测的多态率很低,三套作图亲本之间能够共用的多态性SSR引物比例甚至不足1%.     

木薯基因组SSR和EST-SSR在麻疯树和橡胶树中的通用性分析

利用木薯的419对EST-SSR引物和182对基因组SSR引物在5个麻疯树品系和2个橡胶树品系中进行通用性分析。结果显示,木薯EST-SSR在麻疯树和橡胶树中的通用性比例分别为55.85%和38.90%,而木薯基因组SSR在麻疯树和橡胶树中的通用性比例分别为37.36%和26.37%。由此推测,EST-SSR的通用性高于基因组SSR。此外,木薯EST-SSR和基因组SSR的通用性在麻疯树中高于在橡胶树中。本研究发掘的通用性SSR引物可以用于木薯、麻疯树和橡胶树间的比较作图、基因发掘和QTL定位研究。     

文心兰EST-SSR标记的开发及其在遗传多样性分析中的应用

本研究基于NCBI数据库中文心兰的EST序列,对其EST-SSR标记进行分析,并设计了20对EST-SSR引物用于30个文心兰品种遗传多样性性分析研究。对3 183条文心兰EST序列进行搜索,共检索出274个SSR位点,检出率为8.61%。二核苷酸重复类型是文心兰EST-SSR的主要重复类型,占60.58%。通过PCR扩增检测到13对引物有扩增产物,其中10对引物有多态性,平均每对引物扩增到10个多态性条带,各引物的多态性比率分布为75.00%~100.00%,多态性信息含量变化范围为0.69~0.93。聚类分析发现30个文心兰品种间的遗传距离变化在0.04~0.58,且在遗传距离为0.39处可将30个文心兰品种分为7大聚类群。     

基于荧光标记的茶树花转录组序列SSR标记开发

本研究对204 199条茶树花转录组Unigenes进行SSR简单重复序列的查找,得到含有SSR的序列60 581个,出现频率为29.67%。EST-SSR重复类型以单核苷酸和二核苷酸为主,占总SSR比例的85.69%,其中主要重复基序类型为单核苷酸,占总SSR的47.97%,A/T重复类型出现最多。采用荧光标记PCR技术对设计合成的100对SSR引物进行引物筛选,其中有28对引物扩增条带清晰、多态性好,在4个品种的茶树花中得到有效性验证。结果表明,茶树花转录组的SSR标记开发是可行的,这些EST-SSR的开发对茶树花遗传多样性分析、分子育种和开发茶树不育相关的SSR标记等具有重要意义。     

海滨雀稗EST资源的SSR信息分析及EST-SSR标记开发

本研究探讨海滨雀稗EST序列中SSR位点的分布特征,开发EST-SSR引物分析其在草坪草种质资源遗传多样性研究中的应用。利用SSRIT软件对81220条海滨雀稗EST序列进行SSR位点搜索,分析EST-SSR的分布和特点,并利用Primer 3.0软件设计50对引物,选择10份草坪草对引物进行有效性和多态性检测。结果表明,从13705条海滨雀稗EST序列中检测到了22721个SSR位点,出现频率为16.87%。三核苷和单核苷酸重复为主要类型,所占比例分别为31.71%和29.28%。在检测到的163种基元中,出现最多的重复基元是A/T,其次是CCG/CGG和AGC/CTG。选择合成了50对EST-SSR引物,以海滨雀稗‘Adalady’基因组DNA为模板进行PCR扩增,其中37对引物能扩增出条带。利用这些引物对10份草坪草品种进行多态性检测,其中12对引物的扩增结果具有多态性。利用开发的EST-SSR标记对10份草坪草进行聚类分析,可将其分为4类。利用海滨雀稗EST序列开发SSR标记是可行的,开发的EST-SSR标记能有效用于草坪草遗传多样性研究。     

基于红掌转录组序列的SSR标记分析与开发

本研究从红掌转录组共32 391条unigenes中搜索得到3 944个SSR位点,出现频率为12.17%。EST-SSR类型以一、二、三核苷酸重复为主,占总SSR比例的96.29%,其中二核苷重复为主要基序类型,占总SSR的51.01%,AG/CT重复类型出现最多。设计合成的200对SSR引物中有22对引物扩增条带清晰、多态性好,在18个红掌品种中得到有效性验证。结果表明,基于红掌转录组序列的SSR标记开发是可行的,这些EST-SSR的开发可为红掌遗传多样性分析、分子育种等奠定重要基础。     

中山杉EST-SSR引物通用性及基因分型检测

为分析中山杉EST-SSR标记的跨科间通用性及其在基因分型中的应用效果,本研究利用从中山杉406 EST序列中开发的503对SSR引物,以中山杉302与墨西哥落羽杉2个亲本及其杂种F1群体150个单株为材料,检测了该批引物在中山杉杂种子代群体基因分型中的应用潜力。同时,以杉科、柏科、松科、红豆杉科15属16种的DNA样品为材料,根据引物在中山杉中的检测结果,选取60对引物(15对多态性扩增,15对单态扩增,30对无扩增产物),检测了该批引物跨科间的通用性。结果表明:503对引物中,17对(3.38%)引物在落羽杉属中多态性扩增,并能准确鉴别亲本及杂种F1群体150个单株的基因型,表明该批SSR引物可有效用于中山杉基因分型分析。15对多态性引物在杉科、柏科、松科、红豆杉科中的通用率分别为60%~73.33%、26.67%~53.33%、46.67%和40%,其中10对(83.33%)在杉科扩增出多态,3对(37.5%)在柏科中扩增出多态。15对无多态性引物在上述4科中的通用率分别为20%~40%、0~20%、20%和0。此外,30对在中山杉中无扩增产物的SSR引物中,2对可在其他科属中有效扩增。本研究结果表明,该批SSR引物可应用于中山杉群体遗传结构分析,指纹图谱及遗传图谱构建等领域,并进一步讨论了该批引物在其它针叶树种中的应用潜力。     

小麦微卫星标记在中间偃麦草中通用性研究

利用分布于普通小麦整个基因组的525对微卫星引物,对其在普通小麦与中间偃麦草(Thinopyrumintermedi-um)之间的通用性及其亲缘关系进行了分析。结果表明:202对引物在小麦和中间偃麦草间多态性扩增,所占比率为38.4%,小麦的A,B,D3个基因组多态性引物所占比率分别为34.6%,36.9%和42.2%;说明普通小麦SSR引物在中间偃麦草之间具有通用性,小麦D基因组与中间偃麦草亲缘关系要远于A,B基因组与中间偃麦草关系,表明小麦的A,B,D基因组之间存在遗传差异性。     

桃EST-SSR引物的开发及通用性分析

本研究基于NCBI-EST数据库开发了4 526对桃EST-SSR引物,探究桃EST-SSR引物在蔷薇科30个物种的通用性,并对上述30个物种进行了聚类分析。结果表明,以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复最多,分别占35.80%、36.43%和25.56%;抽选了100对EST-SSR引物在12个桃品种中共扩增出237个条带,其中有79对引物具有多态性;期望杂合度平均为0.38;观察杂合度平均为0.12;引物鉴别力平均为0.41;66.67%的桃EST-SSR引物在30个蔷薇科物种中扩增出多态性条带,说明桃EST-SSR引物在蔷薇科植物中具有较高的通用性。     

小麦EST-SSR标记在偃麦草中的通用性分析

偃麦草由于抗性较强、营养价值高,被认为是一种极具开发价值的优良草种资源。为筛选有效的微卫星分子标记本研究以47份新疆野生偃麦草为材料,对91对小麦EST-SSR引物的通用性进行研究。结果显示小麦EST-SSR引物在偃麦草中通用性和多态性分别为87.91%和46.25%。通过多态性引物对47份偃麦草进行遗传多样性分析,多态信息含量(PIC)为0.46~0.93。聚类分析表明,在遗传相似系数为0.635处,可将47份材料分为两大类。这些引物为偃麦草遗传学的深入研究提供帮助。     

玉米和高粱SSR标记在薏苡中的通用性研究

旨在分析玉米和高粱SSR标记在其近缘种薏苡中的通用性和多态性,以期筛选可用于薏苡种质资源和遗传学研究的分子标记。以11份薏苡资源为供试材料,利用SSR-PCR扩增和毛细管电泳检测方法,对364对SSR引物进行了测试和筛选。结果表明,364对玉米和高粱来源的标记中有163对能在薏苡中扩增并得到清晰的条带,其中44对标记在薏苡中表现出良好的多态性。高粱SSR的通用性和多态性比例分别为58.02%和30.85%,玉米SSR标记的通用性和多态性比例分别为23.45%和26.47%,高粱SSR标记在薏苡中通用性和多态性更好。44对引物在11份薏苡材料中扩增出110条多态性条带,每对引物扩增出的条带数在1～5条之间,平均为2.5条,PIC为0.15～0.79,其中15对引物的PIC值大于0.5,占全部多态性引物的34.09%。筛选出的通用SSR引物可为薏苡种质资源多样性和分子遗传学研究提供可用的遗传标记,也是高粱、玉米和薏苡3种作物之间比较基因组学研究的有力工具。     

小麦EST-SSR标记的开发和染色体定位及其在追踪黑麦染色体中的应用

根据小麦盐胁迫诱导和茎秆组织相关EST序列开发了81对EST-SSR引物, 其中67、46、18和61对分别在小麦、黑麦、簇毛麦和大麦基因组中稳定扩增, 在不同小麦和大麦品种间具有多态性的引物分别有22和23对。利用小麦缺体-四体系共定位了43对引物的81个位点, 其中A、B和D染色体组上分别有29、30和22个位点, 涉及除4B、3D和6D外的18条染色体。此外30对引物在黑麦基因组中具有特异扩增, 其中8对分别在黑麦1R、4R、5R和R7染色体上具有特异扩增, 7对在多条黑麦染色体具有相同扩增。这些新标记可有效用于小麦及其近缘物种的遗传作图与比较遗传研究。     

基于转录组测序的槜李EST-SSR标记开发

为开发槜李EST-SSR标记,本研究利用MISA软件筛选了槜李花转录组测序获得的35584条Unigenes,对其SSR信息进行分析后,利用Primer Premier 3.0软件设计EST-SSR引物,并随机选取40对SSR引物对12个李品种进行EST-SSR引物筛选及多态性分析。结果发现,在槜李花转录组中共搜索到个10791个SSR位点,分布于8433条Unigenes,SSR发生频率为23.70%,平均每3.71 kb含有1个SSR;SSR重复基元中二核苷酸重复出现频率最高,占总SSR数量的52.98%,其次为三核苷酸重复(占24.00%)和单核苷酸重复(占20.95%);二核苷酸重复基元以AG/CT为主(85.95%),三核苷酸重复基元以AAG/CTT为主(31.24%)。利用Primer Premier 3.0软件共设计出9870对候选引物,随机选择40对引物对12个李品种进行SSR引物筛选及多态性分析。40对引物均能扩增出预期大小的条带,有效扩增效率为100%,40对引物中有5对引物在12个李品种中表现出多态性。本研究开发的EST-SSR标记可为李属植物遗传多样性分析提供丰富的候选标记,同时可为槜李发育相关功能基因定位、遗传图谱构建、及分子标记辅助育种等研究提供帮助。