不同来源沙门菌入侵基因invH的检测及序列分析

根据沙门菌invH基因序列设计1对引物,对9株沙门菌和4株常见病原菌进行PCR扩增,并将扩增出的in-vH基因进行克隆及序列分析,应用生物信息学方法预测invH蛋白的T细胞抗原表位。结果表明,9株沙门菌PCR均扩增出519bp的特异条带,4株非沙门菌均无特异带扩增;核苷酸序列分析证实,3株鼠伤寒沙门菌之间同源性为99.8%,与鸡白痢和鸡肠炎沙门菌之间的核苷酸序列同源性为98.6%,3株猪伤寒沙门菌和3株鸡源性沙门菌同源性较低,且不在同一支系统进化树上;invH蛋白有5个重复率最高的T淋巴细胞受体识别的抗原表位。     

鹅源鼠伤寒沙门茵的分离鉴定及遗传进化分析

从发病雏鹅肝脏中分离到1株细菌,根据培养特性、镜检结果、生化特征、血清学分型及PCR检测结果,表明分离茵为鼠伤寒沙门菌.动物试验结果表明,分离菌可致死雏鹅;药敏试验表明,该菌对环丙沙星、痢特灵、茵必治、阿米卡星、链霉素等药物敏感,对利福平和四环素耐药,与其它家禽或水禽来源的沙门菌相比,该分离株耐药性不严重.将分离茵16SrDNA基因进行扩增,PCR产物经胶回收试剂盒纯化后测序,序列Blast分析与血清型鉴定一致.将序列与GenBank上已登录的29株不同来源的鼠伤寒沙门茵序列进行比较,构建系统进化树,结果显示分离菌与美国分离的VDL-SS334株位置最为接近,同源性为95.9％.     

同时感染雏鹅的两种血清型沙门菌分离鉴定及遗传进化分析

为了解鹅源沙门菌的病原学特性,本研究从一发病雏鹅体内分离到2株细菌,根据培养特性、染色镜检、生化试验、PCR检测及血清学分型结果鉴定,分离菌分别为鼠伤寒沙门菌与印第安纳沙门菌。药敏试验表明,2个沙门菌分离株均为多重耐药菌株,其中鼠伤寒沙门菌耐3种药物(耐药率16.7%),而印第安纳沙门菌耐12种药物(耐药率66.7%);2个分离株均对头孢曲松钠、呋喃唑酮、多粘菌素B及链霉素表现高度敏感。对分离菌株16S r DNA基因进行扩增测序后,与Gen Bank登录的22株不同血清型沙门菌序列进行比较,构建系统进化树,结果显示:2个分离菌株具有较高同源性,与大多数泛嗜性血清型亲缘性较近,而与鸡沙门菌感染密切相关的血清型亲缘性相距较远。本研究为鹅沙门菌病的流行病学调查积累了数据,也为临床防控提供了试验依据。     

禽源沙门菌多重PCR检测方法的建立与应用

为了快速检测禽源沙门菌,根据已知的沙门菌全基因组序列,通过分析筛选出肠炎沙门菌、鸡伤寒沙门菌和鼠伤寒沙门菌三种血清型的特异保守序列,设计PCR引物,建立多重PCR检测方法。结果表明,该方法可以特异性检测肠炎沙门菌、鸡伤寒沙门菌和鼠伤寒沙门菌,检测灵敏度分别为6.413、4.363和8.724 pg/反应。临床样品检测结果表明,多重PCR方法的检测灵敏度(54/445)高于传统细菌学检测方法(33/445)。     

鼠伤寒沙门菌5'-nucleotidase基因的序列特征及其蛋白核酸酶活性分析

为研究鼠伤寒沙门菌5'-nucleotidase基因的序列特征,本研究应用PCR扩增得到鼠伤寒沙门菌SL1344株的5'-nucleotidase基因片段,利用在线网站和DNAMAN 6.0.3.48软件进行其核苷酸和氨基酸序列的同源性分析。然后将目的基因亚克隆至原核表达载体p ET32a构建重组表达质粒(pET32a-5'-nucleotidase),转入大肠杆菌Rosetta中经IPTG诱导表达,亲和层析法纯化后采用SDS-PAGE和western blot进行分析。采用酶切活性试验分析重组蛋白的核酸酶活性。结果显示,鼠伤寒沙门菌SL1344株5'-nucleotidase基因为1 482 bp,5'-nucleotidase核苷酸序列与其它22种微生物的5'-nucleotidase及其类似物的同源性较低,最高仅为52.8%。理论上蛋白的分子量为57.18 ku,编码523个氨基酸。SDS-PAGE和western blot结果显示5'-nucleotidase重组蛋白约72 ku,且以可溶性和包涵体两种形式表达。同时,酶切活性试验结果显示重组5'-nucleotidase蛋白具有降解DNA的能力。本实验克隆了鼠伤寒沙门菌5'-nucleotidase基因,并表达得到了具有核酸酶活性的重组蛋白,为进一步研究5'-nucleotidase基因在鼠伤寒沙门菌感染中的作用奠定基础。     

沙门菌肠毒素基因克隆及序列分析

研究常见的不同血清型沙门菌肠毒素(stn)基因核苷酸序列之间的差异及其分布情况。根据沙门菌的stn核苷酸序列设计一对引物,应用PCR技术,分别对肠炎沙门菌、鼠伤寒沙门菌和鸡白痢沙门菌进行PCR扩增,对扩增产物进行克隆及序列分析,并用所设计的引物检测7种血清型沙门菌(42株)。结果显示,3种沙门菌经PCR均扩增出749 bp的特异条带,DNA序列分析证实,沙门菌的stn核苷酸序列比较保守,42株沙门菌stn的检出率为100%。本试验成功克隆出沙门菌的stn,调查其在不同血清型沙门菌中的分布及序列分析,为进一步研究stn致病机理及研制减毒沙门菌活菌疫苗奠定了基础。     

沙门菌19个毒力岛标志性基因的PCR检测

建立沙门菌19个毒力岛标志性基因检测方法,了解沙门菌中毒力岛的分布情况。通过比对验证挑选出45个毒力基因作为19个毒力岛标志性基因,建立PCR检测方法,并对伤寒、肠炎、鼠伤寒及贝坎道夫沙门菌进行分布情况研究。19个毒力岛上45个标志性基因分别在伤寒、肠炎、鼠伤寒及贝坎道夫沙门菌得到验证,PCR扩增产物与预期扩增产物一致,电泳条带典型,无非特异扩增条带及杂带出现。45个标志性基因在伤寒、肠炎、鼠伤寒及贝坎道夫沙门菌检出率分别为75.56%、75.56%、66.67%和42.22%。本研究建立的45个毒力岛标志性基因检测方法具有结果准确、简单快速、费用低廉等优点,适用于沙门菌毒力岛研究及不同来源的沙门菌致病性风险评估。     

胞内劳森菌PCR检测方法的建立及初步应用

为建立一种用于检测胞内劳森菌的检测方法,本试验根据GenBank中公布的胞内劳森菌16SrRNA设计引物建立PCR诊断方法。结果显示:获得了大小为481bp的PCR产物,核苷酸序列同源性分析结果均为99%以上;特异性试验表明该方法对大肠杆菌、沙门菌、志贺菌、猪流行性腹泻病毒和金黄色葡萄球菌均为扩增阴性;敏感性试验表明该方法的最低检出量为32.8μg/L;对20份临床样品阳性检出率为15%。结果表明:该方法具有较好的特异性和敏感性,适用于临床检测胞内劳森菌。     

产丁二酮的嗜热链球菌的筛选和鉴定

从酸马奶中分离出五株链球菌，其中KM18的丁二酮的产量为20mg／mL。利用PCR扩增该菌的16SrRNA基因，将测序结果同该属内菌株的16SrRNA基因序列作多序列比较，并建立链球菌属的系统发育树。结果表明，KM18的16SrRNA基因序列同S．thermophilus的同源性百分比为98．2％。综合系统发育树的结果，将KM18鉴定为S．thermophilus。菌株KM18的16SrRNA基因序列已经在GENBANK申请国际序列注册号，为D0176426。     

家养野猪副猪嗜血杆菌的分离鉴定及16S rRNA序列分析

对江西省某家养野猪场临诊疑似副猪嗜血杆菌（Haemophilusparasuis,Hps）感染的病例进行细菌分离鉴定,PCR扩增分离菌株的16SrRNA并进行测序分析,并对分离菌进行细菌形态、生化鉴定和PCR鉴定及序列比对分析。结果显示,获得1株家养野猪源Hps分离株（命名为HPJXYZ01）,该分离株与国内外参考菌株序列之闻的同源性为93．1％～99．2％,与本实验室江西省家猪源分离株的同源性为84％～92．1％。结果表明,江西省家养野猪中存在Hps感染,分离株与国内外家猪源Hps间的16SrRNA序列差异不大,Hps16SrRNA核苷酸序列比较稳定,其进化不存在明显的地域相关性。     

应用复合PCR方法检测沙门菌的研究

参照文献报道的沙门菌Repeat se和hisJ基因片段的引物序列，设计并合成了2对引物，对沙门菌属和非沙门菌属的标准菌株及分离菌株进行了复合PCR扩增反应。结果，沙门菌PCR产物均出现199bp与495bp的特异性DNA扩增条带．而非沙门菌均未出现扩增条带，证明这2对引物具有沙门菌属特异性。将提取的沙门菌DNA做梯度稀释，测定该复合PCR体系的敏感度。结果表明，此体系可检出10^3CFU／mL菌液提取的DNA模板。应用上述方法，对进境鱼粉阳性样品进行了检测，均出现阳性结果。本研究表明，复合PCR是一种特异、敏感、快速的沙门菌检测方法，可应用于口岸系统鱼粉、肉骨粉的日常检测。     

奶牛温氏支原体16SrRNA基因的PCR扩增、克隆及分析

目的对奶牛温氏支原体16SrRNA基因进行PCR扩增及克隆分析。方法从自然感染体的广西奶牛无菌采集血液,分离温氏支原体并提取病原基因组,用血营养菌的16SrRNA基因的通用引物进行PCR扩增,将扩增产物克隆到PGEM-Teasy载体后进行溺,I序和分析,并与Genebank上搜索的温氏支原体相应序列进行比较,建立系统发育树。结果PCR扩增得到长约1．5kb的扩增片段,测序结果显示该片段全长为1453bp,同源性分析表明该序列与Neimark公布的温氏支原体（前称温氏附红细胞体）（AF016546）的16SrRNA基因序列同源性达到97．4％,与系统发育进化树表明本株温氏支原体同本地株的关系较近,而与国外株的新缘关系较远。国内公布的广西株同源性为99．8％。结论结果表明证实该病原为温氏支原体,从分子生物学水平证实了温氏支原体在广西的存在。由于本试验分离得到的牛温氏支原体与国外发表的牛温氏支原体核苷酸序列相差2．6％,因此两者的基因型存在一定的差异,这对该病的分子流行病学分析具有一定的意义。     

猪胞内劳森菌16SrRNA基因的克隆及序列分析

胞内劳森菌(Lawsoniaintracellularis,LI)是猪增生性肠炎的病原,本试验设计3条引物,采用半巢式PCR,从猪的回肠粘膜中扩增出长为1 457 bp的胞内劳森氏菌16SrRNA基因,并进行序列比较分析.结果表明,与不同动物源性(鼠、仓鼠、鹿、马、鸵鸟等)的增生性肠炎胞内菌核苷酸同源性在98.4%～100%之间,与脱硫弧菌同源性达到88.6%,与一般弯曲杆菌和螺旋体同源性较低(71.8%～73.9%).     

鸡白痢与鸡伤寒沙门菌双重PCR方法的建立和初步应用

分析不同血清型/生物型沙门菌全基因组序列筛选出鸡白痢和鸡伤寒沙门菌特异性基因组序列,设计两对引物,建立双重PCR方法鉴别检测鸡白痢和鸡伤寒沙门菌不同生物型,并进行初步的临床应用。双重PCR方法结果显示,鸡白痢沙门菌显示417 bp条带,鸡伤寒沙门菌显示417 bp和636 bp两个条带,而阴性对照未出现条带,与预期设计相符。双重PCR体系对56株不同血清型沙门菌鉴定结果与细菌学分离的血清型鉴定结果完全一致,说明本试验建立的双重PCR体系特异性良好,应用上述方法检测鸡场疑似20份临床样本,结果发现8株鸡白痢沙门菌阳性,1株鸡伤寒沙门菌阳性。上述结果表明,已建立双重PCR方法特异性检测鸡白痢和鸡伤寒沙门菌。本试验为鸡白痢和鸡伤寒不同生物型沙门菌的检测提供了一种简洁、敏感、特异的新方法。     

沙门菌和志贺菌二重PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank提供的沙门菌invA基因序列和志贺菌ipaH基因序列设计引物,建立了二重PCR方法,在同一反应体系同时检测两种致病菌核酸,经二重PCR方法扩增后,在同一泳道同时检出沙门菌284 bp和志贺菌611 bp特异性扩增条带,而普通大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌、阪畸大肠埃希菌、绿脓杆菌、蜡样芽胞杆菌、马链球菌、产单核细胞李斯特菌、鹅大肠埃希菌、猪水肿病大肠埃希菌均未出现这两种条带.对PCR产物进行测序,测序结果与已发表的基因核苷酸序列比较,沙门菌同源性为93%～100%,志贺菌同源性为98%～100%.应用建立的沙门菌和志贺菌二重PCR方法对广西6个试验猴养殖场1 665份猴粪便样品进行检测,检出沙门菌阳性25份,志贺菌阳性90份,阳性检出率分别为1.5%和5.4%.表明建立的沙门菌和志贺菌二重PCR检测方法特异性强、敏感性高,适用于临床粪便样品的快速检测.     

温氏附红细胞体部分16S rRNA基因的序列测定和分析

从确诊为附红细胞体感染的黄牛无菌采集血样，抽提附红细胞体基因组DNA，用实验设计的能扩增多种动物血营养菌部分16SrRNA基因的通用引物进行PCR扩增，结果扩增出大小约为370bp的DNA片段。PCR产物序列测定和系统进化分析显示，实验获得的核苷酸序列为温氏附红细胞体的16SrRNA基因，与国外报道的温氏附红细胞体的同源性为97％。反映出不同地理株的温氏附红细胞体存在一定的遗传差异，为牛附红细胞体病的诊断和分子流行病学研究提供科学依据。     

牛出血性肠炎A型产气荚膜梭菌的分离鉴定

从新疆维吾尔自治区某牛场采集的3份疑似出血性肠炎病料中分离到8株产气荚膜梭菌,用PCR扩增保守基因16SrRNA,并进行序列测定和同源性分析,再通过多重PCR方法扩增型特异性基因进行分离菌株的分型鉴定。结果显示,所分离的8株产气荚膜梭菌之间16S rRNA基因同源型为100%,与GenBank参比序列同源性在99.8%以上,确定为产气荚膜梭菌。遗传进化分析表明,本次分离的8株产气荚膜梭菌之间拥有共同起源,但与所用的参考菌株分属不同来源。多重PCR扩增结果显示,8株菌株均为产气荚膜梭菌A型。     

重庆市荣昌区动物源沙门菌的检测与耐药性分析

为了了解重庆市荣昌区畜禽源沙门菌的流行特征和耐药情况,从荣昌区的一家规模化生猪养殖场和一家肉鹅养殖场分别采集动物粪便样品80份和30份,样品经过前增菌、选择性增菌、平板划线接种、挑取可疑菌落革兰氏染色并扩增沙门菌特异性基因invA,从而鉴定沙门菌分离株。对沙门菌分离株进行血清型分型和药物敏感性试验。试验结果显示,110份样品中共分离到8株沙门菌,其中猪源沙门菌6株,鹅源沙门菌2株。沙门菌血清型鉴定表明,8株沙门菌中有5株为鼠伤寒沙门菌,1株为乙型副伤寒沙门菌,1株为圣保罗沙门菌,1株沙门菌尚不能判断。药敏试验表明,沙门菌分离株对四环素类抗菌药物的耐药现象最为严重,其次为酰胺醇类、青霉素类和氨基糖苷类。8株沙门菌分离株菌均为多重耐药菌株,尤其需要注意的是,分别有1株鹅源和猪源沙门菌对16种和17种抗菌药物产生耐药,多重耐药现象严重。     

LAMP技术快速检测食源性沙门菌hisJ基因方法的建立

为建立一种快速检测食源性沙门菌的环介导等温扩增(LAMP)方法,依据Gen Bank公布的沙门菌属hisJ基因序列,利用Primer Explorer软件设计LAMP扩增所需引物,通过LAMP反应条件的优化,建立沙门菌LAMP快速检测方法。选取鼠伤寒沙门菌、猪霍乱沙门菌、肠炎沙门菌、伤寒沙门菌、鸡白痢沙门菌及其他6种常见食源性细菌进行特异性试验,并对其灵敏性进行了评价。针对hisJ基因建立的LAMP方法,在63℃水浴1 h便可完成沙门菌的有效扩增,该方法的灵敏度达到102cfu/mL,高于PCR方法 100倍,特异性试验结果显示只有沙门菌LAMP扩增结果呈阳性。本研究建立的沙门菌hisJ基因LAMP检测方法具有较强的特异性及灵敏性,可用于食品中沙门菌的快速检测。     

动物源性沙门菌的血清型、生物被膜形成能力和耐药性分析

本研究旨在探讨动物源性沙门菌的血清型分布、生物被膜形成能力及其耐药性.从不同动物病料中分离细菌,以PCR方法鉴定沙门菌,结合玻片凝集法和16S rRNA序列测定确定沙门菌的血清型和分布,结晶紫染色定量法检测分离株的生物被膜形成能力,药敏试验检测分离菌对常用药物的敏感性.结果共分离鉴定出58株沙门菌,包括鸡白痢沙门菌、鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌、丙型副伤寒沙门菌、乙型副伤寒沙门菌、都柏林沙门菌和阿哥那沙门菌等7种血清型,其中鸡群以鸡白痢沙门菌感染为主,肠炎沙门菌次之;水禽以鼠伤寒沙门菌感染为主.生物被膜测定结果显示51.72％的沙门菌分离株可形成生物被膜,其中83.33％的鼠伤寒沙门菌可形成生物被膜.20种抗生素(氨基糖苷类、磺胺类、喹诺酮类、林可酰胺类、氯霉素类、青霉素类、四环素类和头孢菌素类)敏感性试验表明所有菌株对林可霉素耐药,51.72％对4种及其以上抗生素耐药,并出现了1株对所有受试抗生素均耐药的鼠伤寒沙门菌.结果表明鸡白痢沙门菌、鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌是为目前在家禽中分离的优势血清型;同时具有生物被膜形成能力和多重耐药性的沙门菌将对家禽疾病控制和公共卫生带来更大的威胁.