牦牛铜锌超氧化物歧化酶基因cDNA克隆测序及其分子进化研究

对牦牛Cu/Zn-SOD cDNA进行克隆测序。所扩增片段长度为842bp,编码区长度为459bp。扩增片段与奶牛Cu/Zn-SOD cDNA序列比较发现有16个碱基存在差异。通过与已知Cu/Zn-SOD cDNA序列的7个物种:人、猪、鼠、大鼠、奶牛以及马的cDNA序列的比较构建了分子进化系统树。对所得序列的ORF分析发现,牦牛Cu/Zn-SOD由152个氨基酸组成,并对氨基酸序列进行了比对分析。     

牦牛血液铜锌超氧化物歧化酶cDNA克隆测序

本试验从牦牛血液中提取总RNA,然后用AMV反转录酶对其进行反转录产生第一条cDNA链。根据奶牛Cu/Zn-SODcDNA序列（序列号：NM174615）设计一对PCR引物,对反转录后产生的第一条cDNA链进行PCR扩增,并克隆测序,测序结果为483bp。结果证实可从牦牛血液中提取到少量合成的铜锌超氧化物歧化酶的mRNA。     

免疫鸡群新城疫病毒的分离与分子鉴定

从免疫鸡群中分离到9株新城疫病毒（NDV），其中5株为强毒株，4株为中强毒株。用RT—PCR扩增F基因cDNA片段，并将其分别克隆到pGEM—Teasy载体中。序列分析结果表明，上述分离株F基因长度为1662bp，编码553个氨基酸，其F蛋白的氨基酸序列同源性为96．0％～99．8％；但与常见疫苗株的氨基酸同源性仅为87.6％～92.2％，F蛋白裂解位点序列为^112R-R-Q／R—K—R—FI—G^119,均属于基因Ⅶ型NDV。     

甘南牦牛Lfcin基因克隆及序列分析

利用PCR技术从甘南牦牛基因组DNA中扩增获得了含乳铁蛋白素（lactoferricin,Lfcin）基因的DNA序列,将该DNA序列连接于pGEM-Teasy载体并测序,将甘南牦牛含Lfcin基因的DNA序列与奶牛相应序列进行比对,同时对牦牛、人、小鼠等物种的Lfcin蛋白进行序列分析和进化树分析。结果：试验首次克隆获得了含甘南牦牛乳铁蛋白（lactoferrin,LF）第二外显子的DNA序列（在Gen-Bank中获得登陆号EU247256）,共778 bp,其中LF基因第二外显子长165 bp,编码55个氨基酸,Lf-cin蛋白占25个氨基酸;序列分析结果显示,克隆获得的牦牛DNA序列与奶牛相应序列存在3个碱基的变异;牦牛和奶牛的Lfcin蛋白质序列完全相同;各物种Lfcin蛋白具有较高的同源性,Lfcin蛋白进化树符合物种进化规律。     

油茶SOD基因片段克隆及序列分析

摘要：根据已报道的多种植物Cu/Zn SOD和Mn/Fe SOD基因的氨基酸序列的保守区域分别设计简并引物,以油茶（Camellia oleifera）叶片总RNA为模板,通过RT PCR分别扩增得到一个375 bp的Cu/Zn SOD基因片段和一个429 bp的Mn/Fe SOD基因片段。将片段序列在NCBI网站上进行同源性比对,表明本研究克隆的结果均与多种植物的Cu/Zn SOD和Mn/Fe SOD基因存在亲缘关系,因而认为所克隆的基因片段就是油茶SOD基因;并运用DNAStar5.0软件分别进行序列分析,推导的氨基酸序列分别为125个残基和143个残基;具有所有植物SOD基因共有的保守区域;与多种植物Cu/Zn SOD基因的核苷酸和氨基酸序列的同源性均分别在80%和84%以上,与其他植物的Mn/Fe SOD基因的核苷酸和氨基酸序列的同源性都在84%和86%以上。     

中国麦洼牦牛、美国荷斯坦奶牛的性别鉴定

根据中国黑白花奶牛的ZFX、ZFY基因序列设计引物ZFY1、ZFX2、ZFY3,对中国麦洼牦牛、美国荷斯坦奶牛ZFX、ZFY基因片段进行PCR体外扩增和性别鉴定.结果显示ZFY1、ZFX2引物对ZFX、ZFY都能扩增出一条652bp片段;ZFY基因特异性引物ZFX2、ZFY3只能对雄性扩增出一条359bp的片段;特异性引物ZFX2、ZFY3能对中国麦洼牦牛、美国荷斯坦奶牛进行性别鉴定.     

牦牛轮状病毒VP6基因序列分析及RT-PCR检测方法的建立与应用

轮状病毒(rotavirus,RV)VP6基因是RV的主要分子检测靶点,但该基因的点突变会影响RV的分子检测。本试验的目的是在研究牦牛RVVP6基因遗传变异的基础上,建立检测牦牛RV的RT-PCR方法并应用于临床样本检测。采用Prime 5.0设计引物,从30个牦牛腹泻样本中扩增得到14个位于931—1 338bp牦牛RVVP6基因片段。序列分析结果发现,与牛轮状病毒(bovine rotavirus,BRV)相比,牦牛RVVP6基因在931—1 110bp间出现多处点突变,而在1 100—1 338bp之间序列高度保守。据此设计检测引物,成功建立了检测牦牛RV的RTPCR方法,具有良好的特异性和稳定性,只扩增出牦牛RV及BRV的特异片段,对其他无关病原无扩增;检测下限为0.45pg·μL~(-1),灵敏性较好。所建立方法对牦牛RV的检出率明显优于现有检测BRV的RT-PCR方法,为牦牛RV病的诊断和流行病学调查提供了可靠的方法;对BRV的检出也与其他方法具有很好的符合率,也可以用于BRV的检测。对234份犊牦牛腹泻粪便样本的RV检出率:西藏为60.00%(36/60)、青海为95.00%(57/60);四川为85.19%(46/54);云南为90.00%(54/60),证明牦牛RV感染是当前导致犊牦牛腹泻的重要原因。     

玉树牦牛与四个牦牛群体线粒体DNA D-Loop区遗传多样性分析

利用线粒体DNA标记方法从分子水平上研究牦牛的遗传多样性。根据牦牛线粒体DNA(mtDNA)序列设计引物,扩增出长度为1 000 bp左右的片段,序列对比分析。结果表明:mtDNA D-Loop区长度为945 bp,共发现变异位点127个,单倍型71个,单倍型多样度(Hd)为0.909±0.016,核苷酸多样性(pi)为0.082;其中玉树牦牛发现变异位点74个,单倍型27个,单倍型多样度(Hd)为0.885±0.034,核苷酸多样性(pi)为0.0134;申扎牦牛单倍型多样度、核苷酸多样性和平均核苷酸差异数均最高;5个牦牛群体D-Loop区序列具有一定的A/T碱基偏好性。玉树牦牛不遵循中性进化(P0.05),其余4个牦牛群体符合中性进化(P0.05);玉树牦牛与类乌齐牦牛和帕里牦牛的遗传距离较近(0.023、0.018),申扎牦牛与斯布牦牛的遗传距离最远(0.533)。发现玉树牦牛与其余4个群体的牦牛在同一个分支。斯布牦牛和申扎牦牛群体出现两个分支,说明玉树牦牛在进化的过程中可能不存在相互交流的情况。     

奶牛乳房炎3种主要病原多重PCR检测方法的建立

根据GenBank收录的序列,针对金黄色葡萄球菌、无乳链球菌在16S rRNA与23S rRNA之间的序列设计2对引物,扩增的片段长度分别为420 bp和270 bp;酵母样真菌参照念珠菌和隐球菌的18S rRNA发表的序列设计引物,扩增的片段长度为730 bp左右。建立了用于检测奶牛乳房炎的多重PCR检测方法,并对PCR扩增的特异性和敏感性进行了优化。运用建立的多重PCR方法对从无锡市采集的34份样品进行病原菌检测,结果表明,本试验建立的多重PCR检测方法具有高效、快速和灵敏的特点,为进一步防控乳房炎奠定了基础。     

中国麦洼牦牛、美国荷斯坦奶牛的性别鉴定

根据中国黑白花奶牛的ZFX、ZFY基因序列设计引物ZFY1、ZFX2、ZFY3，对中国麦洼牦牛、美国荷斯坦奶牛ZFX、ZFY基因片段进行PCR体外扩增和性别鉴定。结果显示：ZFY1、ZFX2引物对ZFX、ZFY都能扩增出一条652bp片段；ZFY基因特异性引物ZFX2、ZFY3只能对雄性扩增出一条359bp的片段；特异性引物ZFX2、ZFY3能对中国麦洼牦牛、美国荷斯坦奶牛进行性别鉴定。