新疆喀纳斯湖区、一号冰川耐低温细菌多样性研究初报

对采自新疆喀纳斯湖区和一号冰川土样中的耐低温细菌多样性进行了初步研究.以在10℃以下可以正常生长的菌株为筛选对象,对分离出的菌株进行形态观察,并结合16S rDNA测序结果,初步鉴定其归属.结果表明,从喀纳斯湖区分离出耐低温细菌共66株,8属;一号冰川分离出耐低温细菌共38株,6属.从多样性指数来看,喀纳斯湖区耐低温细菌的物种丰富度高于一号冰川,但分布不均匀.结合两地细菌组成及系统发育树来看,Bacillus属在两地都属于优势类群,而一号冰川Pseudomonas属的种类较丰富,初步表明至少存在7个不同种.     

中江县丹参连作土壤细菌多样性研究

【目的】为了揭示中江县丹参连作土壤的细菌多样性。【方法】在中江丹参GMP基地采取患病丹参根际与非根际土壤、正常生长丹参根际与非根际土壤,采用可培养和免培养技术细菌研究供试土壤的细菌类群变化。【结果】应用稀释分离法,从供试土壤中获得46株可培养细菌,16S rDNA-RFLP分析表明,在79%相似水平分为7个遗传群,对代表菌株16S rDNA进行序列分析,构建了系统发育树,供试菌株为芽孢杆菌属(Bacillus)、短杆菌属(Brevibacterium)、拜叶林克氏菌属(Beijerinckia)和假单胞菌属(Pseudomonas)。【结论】PCR-DGGE图谱聚类分析表明,丹参连作显著影响了土壤细菌类群,供试土壤细菌类群间存在着明显的遗传多样性;条带克隆测序表明绝大多数菌株属于未培养细菌。     

宁夏黄土高原马铃薯连作栽培对土壤可培养细菌遗传多样性的影响

采用平板培养、BOXAIR-PCR和16SrDNA RFLP技术对宁夏黄土高原马铃薯连作栽培土壤可培养细菌遗传多样性进行研究。结果表明,4个连作年限2个生育期8份土样共分离到91株细菌菌株,BOXAIRPCR分析发现,91株细菌菌株的遗传相似系数为0.531~0.939,相同连作年限不同生育期根际土细菌菌群分布不同,不同连作年限同一生育期根际土细菌菌群的分布也不同,随着连作年限增加,可培养细菌遗传多样性呈现下降趋势;结合16SrDNA的序列分析,从91株菌株中筛选出的41个代表菌株可分为23个物种,分属于细菌域的12个属,其中,芽孢杆菌属(Bacillus)占同一连作年限菌株数的53.6%。连作导致土壤细菌菌群结构发生变化,出现各自特有的菌属。系统发育分析表明,23个细菌物种分布于6个系统发育群。     

基于微生物分离培养的3种甜菜土壤细菌多样性研究

通过传统微生物培养方法,对甜菜头茬土、根际土及迎际土的细菌群落结构多样性进行分析。结果表明,甜菜头茬土、迎茬土、根际土的细菌群落结构具有多样性。甜菜头茬土细菌含5个分类操作单元(operational taxonomic units,OTU),分属Proteobacteria、Actinobacteria类群,其中,第一优势属为Pseudarthrobacter,丰度为42.86%。甜菜根际土细菌含23个OTU,分属Firmicutes、Actinobacteria类群,其中,第一优势属为Bacillus,丰度为12.96%,第二优势属为Microbacterium,第三优势菌属为Planomicrobium和Streptomyces。甜菜迎茬土细菌含15个OTU,分属Actinobacteria、Firmicutes、Proteobacteria类群,其中,第一优势属为Pseudarthrobacter,丰度为30.95%,第二优势属为Pseudomonas,第三优势菌属为Arthrobacter和Paenarthrobacter。这表明土壤的性质对土壤中细菌种类多样性具有一定的影响,不同性质土壤中细菌的OTU数目不同,且细菌群落结构也有所差异。这是首次以不同性质的甜菜土壤为试验材料研究甜菜土壤细菌种类多样性与土壤性质的关系。     

烟草主要土传病害拮抗微生物菌株的筛选

为筛选有效土传病害拮抗微生物,采用平板对峙法,对特定土壤样品中烟草主要土传病害拮抗微生物菌株进行了筛选.结果表明:分离出微生物菌株共513株,其中,细菌121株、放线菌292株和真菌100株;筛选出具有拮抗效果的微生物菌株共135株,其中,放线菌107株、细菌26株和真菌2株.可为贵州省烟草生产上利用生物农药防治病害及进一步研发适用的生物制剂类产品提供了科学依据和奠定资源基础.     

基于高通量测序技术的香格里拉葡萄酒产区根际微生物多样性研究

【目的】明确香格里拉地区不同区域葡萄根际土壤微生物群落多样性,为香格里拉产区葡萄根际微生物资源的筛选和利用提供理论依据。【方法】采集香格里拉地区4个不同葡萄园中葡萄根际土壤,提取土壤微生物总DNA,应用Illumina Miseq高通量测序技术分析根际土壤微生物多样性。【结果】根际土壤微生物高通量测序分析结果表明:根际真菌的测定可以将其归类到6门131属,其中子囊菌门和担子菌门为优势菌;根际细菌的测定可以将其归类到50门467属,其中变形菌门、放线菌门和酸杆菌门是优势类群。不同海拔葡萄园的土壤样品中真菌相对丰度较高的为镰刀菌属(Fusarium)、Laetisaria、生赤壳属(Bionectria)、和Archaeorhizomyces,细菌相对丰度较高的为红游动菌属(Rhodoplanes)、拟杆菌属(Bacteroides)、硝化螺旋菌属(Nitrospira)和Steroidobacter。不同葡萄园间根际土壤菌群丰度存在差异,达日葡萄园土样中真菌的丰度增加明显,包括镰刀菌属(Fusarium)、生赤壳属(Bionectria)、毛壳菌属(Chaetomium)、白赤壳属(Haematonectria)、丝核菌属(Rhizoctonia)和拟青霉属(Paecilomyces);奔子栏葡萄园土样中细菌的丰度增加明显,包括拟杆菌属(Bacteroides)、红球菌属(Rhodococcus)、席藻属(Phormidium)、Blautia、德沃斯氏菌属(Devosia)和芽孢杆菌属(Bacillus)。冗余分析结果表明:土壤的电导率、有机质含量、碱解氮和速效钾对根际细菌群落组成影响较大,而速效磷和pH值影响不明显。【结论】香格里拉产区葡萄根际微生物多样性丰富,其中达日葡萄园土样中真菌丰度明显增加的种类较多,奔子栏葡萄园土样中细菌的丰度增加明显。不同区域根际细菌群落受土壤的电导率、有机质含量、碱解氮和速效钾含量影响较大。香格里拉产区葡萄园根际微生物多样性的研究为利用和开发产区特色微生物提供了理论依据。     

农田土壤中毒死蜱降解菌的分离与鉴定

为分离出能降解有机磷农药的有效菌株,从长期施用有机磷农药的土壤中筛选出101株菌株,利用紫外分光光度计在293 nm处测定了分离菌株的降解效率,结合形态学和16 S rDNA序列初步分析了随机挑选的10株分离菌株的遗传多样性.结果表明,长期施用农药的土壤中存在大量能够降解毒死蜱农药的微生物,其中以杆状菌居多,共获得68株杆菌.经初步鉴定,10株菌株分别为葡萄球菌属(Staphylococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)、气单胞菌属(Aeromonas)和黄杆菌属(Flavobacterium)6个属.首次分离出气单胞菌属的毒死蜱降解菌.     

点柄粘盖牛肝菌菌塘中可培养微生物多样性研究

以北京延庆县四海镇黑汉岭油松林中的点柄粘盖牛肝菌(Suillus granulatus)菌塘土为材料,通过微生物传统培养方法,分离出细菌、真菌、放线菌,并对其中优势菌群的培养性状及形态特征进行观察统计。研究结果表明,有大量的微生物存在于Suillus granulatus的菌塘中,共分离纯化出160株菌株,其中真菌菌株46株,优势菌株8种;细菌菌株72株,优势菌株9种;放线菌菌株42株,优势菌株3种。这些分离出的微生物为进一步展开Suillus granulatus人工驯化研究提供了试验材料。     

泡桐根瘤内生细菌的分离及初步鉴定

【目的】为了探究非豆科植物泡桐与微生物共生固氮体系,对泡桐根瘤内生细菌的分离培养条件 及其系统发育地位进行初步研究。【方法】对从广西钦州市采集的泡桐根瘤上分离纯化得到的根瘤内生细菌, 进行传统生理生化研究和 16S rDNA 系统发育分析。【结果】经分离纯化得到 9 株根瘤内生细菌,大部分菌株 能较好地利用 8 种碳源;78% 的菌株能利用铵盐,89% 的菌株能利用硝酸盐;所有的供试菌株在 3- 酮基乳糖 和淀粉水解试验中呈阴性;89% 的菌株能利用柠檬酸盐;B.T.B 反应除菌株 PG-7 产碱外,其余都产酸;33% 的菌株能使硝酸盐还原;有 56% 的菌株能在牛肉膏蛋白胨培养基上生长良好,多数菌株具备豆科植物根瘤菌的 一般生理生化特征。通过 16S rDNA 全序列分析,确定 9 株供试菌株可分为 4 个菌属,其中菌株 PG-1 和 PG-2 共属于土壤杆菌属（Agrobacterium）,PG-3、PG-5、PG-6、PG-8 和 PG-9 等 5 株菌株共属于根瘤菌属（Rhizobium）, PG-4 隶属于草螺菌属（Herbaspirillum）,PG-7 隶属于伯克氏菌属（Burkholderia）。【结论】分离自同一寄主 的根瘤内生细菌其生理生化特性方面存在较大的差异性,同时表现出了遗传的多样性。     

辽宁地区葡萄霜霉病菌ITS序列测定与遗传多样性分析

为明确辽宁地区葡萄霜霉病菌的遗传变异规律,对采自辽宁省不同地区的21株葡萄霜霉病菌提取DNA,采用特异性引物进行rDNA-ITS序列扩增与测定,并利用Clustalx1.83及MEGA4.0软件进行聚类分析,分析其遗传多样性。试验结果表明:21株葡萄霜霉病菌的ITS序列长度为1306~1781bp,GC含量为34.16%~36.09%;菌株遗传距离为0~0.069;以遗传距离0.01划分为2个类群,以遗传距离0.005划分为3个亚群。采自沈阳的SYK菌株和采自朝阳的CYE菌株遗传距离为0;采自大连的2个菌株分别属于类群Ⅰ的2个亚群,遗传距离为0.016。采自沈阳的6株菌株分别属于2个类群,聚类较分散;采自朝阳的6个菌株分别属于2个类群,聚类较分散;采自辽阳的2个菌株分别属于2个类群,亲缘关系较远。所测得的21个菌株ITS序列存在一定差异,辽宁省不同地区的葡萄霜霉病菌遗传差异与地域性未见明显的相关性,区域性特征不明显。     

石蝉草内生细菌多样性及其特征

采用菌落表征性状统计和16SrRNA基因序列分析法,对石蝉草根、茎、叶内生细菌的数量分布、群落组成和遗传多样性进行初步研究。从各组织器官中分离出内生细菌383株,通过菌落表征性状,以类平均连锁聚类法进行聚类分析,在欧氏距离为0的水平上可聚为19个亚群。多样性分析结果表明,19个亚群隶属于8属13种;其数量表现为叶根茎,多样性表现为茎叶根,其中鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas和寡养单胞菌属Stenotrophomonas为石蝉草内生细菌的优势属。     

西藏多地区土壤可培养细菌的分离鉴定及多样性分析

【目的】了解西藏多地区土壤可培养细菌的多样性。【方法】采用梯度稀释涂布分离法分离土壤细菌,根据形态特征、生理生化试验去除冗余,对细菌进行16S r DNA序列系统发育分析,鉴定其种属,研究其亲缘关系及多样性。【结果】经形态特征、生理生化试验以及16S r DNA序列测定,38株细菌菌株归属于四个类群,厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes),变形菌门(Proteobacteria),12个科,13个属,包含链霉菌属(Streptomyces)11株,芽孢杆菌属(Bacillus)10株,节杆菌属(Arthrobacter)3株、类香味菌属(Myroides)3株、葡萄球菌属(Staphylococcus)1株、新鞘氨醇菌属(Novosphingobium)1株、红球菌属(Rhodococcus)2株、诺卡氏菌属(Nocardia)1株、拟无枝菌酸菌属(Amycolatopsis)2株、氨基杆菌属(Aminobacter)1株、原小单孢菌属(Promicromonospora)1株、威廉姆斯氏菌属(Williamsia)1株,分支杆菌属(Mycobacterium)1株。【结论】西藏地区土壤中细菌多样性丰富,优势菌为链霉菌属和芽孢杆菌属。根据多样性指数分析,同一地区,3000~4000 m海拔的土壤细菌多样性低于4000~5000m海拔地区,3000~4000 m海拔地区土壤细菌分布较均匀。林芝地区土壤细菌多样性丰富,山南地区土壤细菌多样性最少。     

海拉尔西山公园樟子松根际微生物季节动态研究

[目的]研究海拉尔西山公园樟子松根际土壤微生物数量季节动态变化和秋季土壤优势菌株。[方法]采用分离培养和生理生化试验等方法,对土壤样本进行微生物计数和优势菌株鉴定。[结果]细菌、放线菌与微生物总数的季节变化相似,其峰值出现在9月;真菌总教的峰值则出现在7月。3类土壤微生物数量的最低值均在5月出现。分离到的优势菌株为细菌6个属31株、放线菌2个属21株、真菌3个属17株。[结论]样地土壤中各类群微生物数量均有明显的季节变化。     

五味子园根际真菌多样性初探及拮抗菌株筛选

对辽宁省岫岩县6个五味子园的五味子根际土壤微生物数量、真菌多样性进行了初步研究,并对拮抗菌株进行了筛选。结果表明:5号样地土壤肥力、土壤微生物数量和真菌多样性指数均大于其他样地,6个土样中共分离到微生物168株,对五味子茎基腐病病原菌有拮抗性菌株11株,其中菌株1-1、3-1和3-2抑菌效果尤为明显,在不同程度上影响靶标菌菌丝生长,具有一定研究价值。真菌69株,经鉴定属于11个属,其中以镰刀菌属为优势属。     

厦门凤林红树林区土壤可培养微生物数量及细菌类群初探

主要探讨了厦门凤林湾秋茄林（Kandelia candel）土壤、秋茄与无瓣海桑（Sonnerratia apetala）混合林土壤与无红树植物生长的对照光滩土壤中3大微生物类群及其数量.实验结果表明：3种土样的微生物中,细菌占有绝对优势,占总菌数的99%以上;秋茄林土样和混合林土样中的细菌和丝状真菌数量明显高于光滩土样,而放线菌数量却低于光滩土样;初步筛选鉴定出秋茄纯林土样中细菌菌种主要是微球菌属（Micrococcus）、异常球菌属（Deinococcus）和芽孢杆菌属（Bacillus）,混合土样中细菌菌种主要为异常球菌属和芽孢杆菌属,而从对照光滩土样中分离纯化出的2株菌初步鉴定为微球菌属和不确定菌属（Uncertainty genus）.     

新疆棉花根际土壤铁载体产生菌的遗传多样性及系统发育研究

 【目的】了解中国新疆地区铁载体产生菌的遗传多样性和系统发育,为筛选高效铁载体产生菌提供依据。【方法】采用BOXAIR-PCR、16S rRNA PCR-RFLP和16S rDNA全序列分析方法对分离自新疆地区棉花根际土壤的铁载体产生菌的遗传多样性进行分析。【结果】在BOXAIR-PCR分析中,68株供试菌分为11个遗传群;在16S rRNA PCR-RFLP分析中,68株供试菌分10个遗传群;代表菌株的16S rDNA 全序列分析表明,供试菌分属于假单胞菌属（Pseudomonas）、肠杆菌属（Enterobacter）、不动细菌属（Acinetobacter）、芽孢杆菌属（Bacillus）、产碱杆菌属（Alcaligenes）、短状杆菌属（Brachybacterium）和泛菌属（Pantoea）。其中,假单胞菌属（Pseudomonas）为优势属。【结论】分离自新疆地区棉花根际土壤铁载体菌存在极大的遗传多样性。     

秸秆类型对强还原土壤细菌群落及多样性的影响

为对比不同类型秸秆对强还原处理土壤（RSD）理化指标和微生物变化特征的影响,本研究设置了晾干的玉米秸秆（CS）,晾干的芒草秸秆（MS）,晾干的玉米和芒草秸秆混合（CMD）,新鲜的玉米和芒草秸秆混合（CMW）4个处理,并以化学熏蒸和仅淹水处理作为对照,以评估不同强还原物料处理土壤培养过程中理化性质和细菌群落的动态变化。结果表明：在培养期间不同RSD处理增加了土壤有机质和活性有机碳含量,土壤pH呈先升高后降低的趋势,且土壤硝态氮的累积降幅达到83%~98%。与单一秸秆相比,混合晾干秸秆RSD处理显著提高了细菌群落多样性,其中Shannon指数的增幅为49%,而混合新鲜秸秆处理对细菌群落多样性的影响呈先升高后降低的变化趋势。在培养期间,变形菌门（Proteobacteria）是总细菌群落的优势菌门,其相对丰度在CMW组先降低后升高,而在CMD组降低了51%。在细菌属水平上,CMD组伯克氏菌目中未分类的属（UC-Burkholderiales）、丛毛单胞菌科中未分类的属（UC-Comamonadaceae）、厌氧黏细菌属（Anaeromyxobacter）和假单胞菌属（Pseudobacteroides）相对丰度于培养结束时期显著高于其他处理。Mantel检验表明具有特征性的细菌类群（如Anaeromyxobacter和Pseudobacteroides）与土壤pH、有效磷含量呈正相关,且Anaeromyxobacter与硝态氮含量呈显著正相关关系。研究表明,不同强还原物料组成及晾干程度均对土培过程中细菌群落组成及其多样性产生显著影响。     

新疆天然胡杨林土壤微生物多样性的研究

为了探明新疆天然胡杨林土壤微生物类群的生态分布情况，该文研究了幼龄林、中壮林、过熟林、衰亡林4个不同发育阶段胡杨林内的土壤细菌、真菌及放线菌的数量和类群组成.结果表明:4种林地内土壤微生物的数量和种类组成有明显差异，不同土壤层的微生物数量随着土层深度的增加逐渐减少，其中以31～40 cm范围内为最少.细菌在不同胡杨林的各个土层中均有分布，数量明显高于放线菌和真菌，而在部分林地内的土层中，没有分离到放线菌和真菌.在林地内共分离出土壤真菌11属，其中，曲霉属为4个不同发育阶段胡杨林土壤中的优势菌属.      

郑州草坪白三叶草根瘤菌的分离与分子鉴定

【目的】为研究郑州市区草坪白三叶草根瘤菌的遗传多样性。【方法】实验采用包括16S rDNA及IGS PCR-RFLP和16S rDNA基因序列分析方法。【结果】该研究从郑州市4个不同采样地点的草坪中采集白三叶草根瘤,并分离得到根瘤菌40株;经16S rDNA PCR-RFLP分析,初步确定所有供试菌株属于同一个属。而IGS PCR-RFLP分析将供试菌株分为四个类群,且来自郑州大学的供试菌株具有更加丰富的遗传多样性。对不同IGS型代表菌株的16S rDNA基因序列分析结果与16S rDNA PCR-RFLP的结果一致,表明所有供试菌都属于根瘤菌属(Rhizobium)。【结论】一共分离得到根瘤菌40株,它们都属于根瘤菌属,且分离自郑州大学的根瘤菌具有更加丰富的多样性。     

农田利用方式对剑湖湿地土壤微生物多样性的影响

【目的】对剑湖湿地土壤微生物多样性进行研究,了解农田利用对剑湖湿地土壤微生物多样性的影响,为湿地土壤的合理利用及云南高原退化湿地的研究与保护提供科学依据。【方法】选择蔬菜地、小麦地、蚕豆地、油菜地和湖滨带5种不同农田耕种方式湖滨带土壤为采样点,采用正方形五点取样法采集土壤样品。试剂盒提取5个采样点的土壤总DNA,应用PCR-DGGE技术对5种土壤的细菌群落结构多样性指数(H')、丰度(S)和均匀度(J)进行研究,运用理化性质测定方法测定土壤有机质、总氮、总磷等理化指标。【结果】不同利用方式湖滨带土壤细菌多样性指数、丰度和均匀度均有所不同,天然湖滨带土壤的细菌多样性指数、均匀度、丰富度均高于农田耕种土壤;天然湖滨带土壤细菌群落结构与农田利用土壤相似性较低,单独聚为一类,农田耕种土壤细菌群落结构相似性较高,在82%的相似水平上聚为一类;在93%相似水平上5个土壤样品聚为5个类群;不同土壤样点间具有许多共同的条带,不同农田利用土壤细菌的优势种群均属于变形菌门(Proteobacteria)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、紫色杆菌属(Janthinobacterium)、杜擀氏菌属(Duganella)、埃希氏菌属(Escherichia)和链球菌属(Streptococcus)6大类。【结论】剑湖湿地湖滨带土壤微生物群落结构多样性较丰富。不同农田利用方式下剑湖湿地湖滨带土壤的理化性质有一定差异,影响了土壤微生物群落结构的变化,从而影响土壤微生物多样性的变化。