1株麻雀源坦布苏病毒的分离鉴定及全基因组序列分析

从山东地区某发病鸭场周围的麻雀体内分离到1株坦布苏病毒,命名为SDS株,并对分离毒株进行毒力测定。应用RT-PCR技术对分离株全基因组进行扩增并测序,将获得的SDS株坦布苏病毒全基因组序列与已在Gen Bank发表的24株坦布苏病毒和6株其他黄病毒属病毒全基因组序列进行遗传进化分析。结果表明,该株坦布苏病毒的基因组全长为10 990 nt,包含94 nt的5'端非编码区、618 nt的3'端非编码区和一个开放阅读框(3 425个氨基酸),编码11种病毒蛋白;与Gen Bank已发表的坦布苏病毒的核苷酸序列同源性为98.2%~99.5%,氨基酸序列同源性为98.1%~99.4%,其中与鸭源WFZ株(KC990545.1)的核苷酸序列同源性最高为99.5%,与鹅源坦布苏病毒(duck eggdrop syndrome virus strain goose,JQ920424.1)和鸡源坦布苏病毒(CJD50,JF926699)的核苷酸序列同源性较低为98.9%。用Net NGlyc 1.0 Server在线软件对病毒蛋白潜在糖基化位点进行预测,结果表明在SDS株病毒多聚蛋白中共有13个潜在的糖基化位点,分别位于5个不同病毒蛋白中。     

一种从鸭新分离的黄病毒研究初报

从以产蛋下降为主的樱桃谷种鸭以及出现神经症状的雏鸭各分离出1株病毒,分别命名为BZ株和LC株.该2株病毒对SPF鸡胚和健康鸭胚均能产生相同的病变,分离病毒不能凝集鸡、鸭、鹅、鸽等的红细胞,在鸭胚成纤维细胞(DEF)能够产生典型的细胞病变(CPE),电镜下观察到约50 nm的病毒粒子.病理组织学研究表明,二者在临床上均可导致脑组织危害,表现为脑膜水肿、血管充血和皮质层神经胶质细胞增生等.血清学检测表明,分离病毒与禽流感病毒(AIV)、鸭瘟病毒(DEV)、新城疫病毒(NDV)等病原无交叉.生物学特性鉴定该病原为有囊膜单股RNA病毒.利用不同禽病的特异性引物分别进行PCR或RT-PCR,均未扩增出特异条带.设计随机引物进行RT-PCR,扩增出基因片段,利用GenBank进行Blast同源比较,结果发现,分离病毒与以色列火鸡脑膜脑炎病毒(Israelturkey meningo-encephlitis virus,TMEV)和在马来西亚发现的Tembumu病毒至少在2段基因上具有较高的同源性,属于黄病毒属.测序表明,分离病毒与Tembumu病毒的非结构蛋白(NS5基因)和囊膜蛋白(E基因)的核苷酸同源性为86.7%～90.2%和87.0%～91.8%,与TMEV的NS5基因和E基因的同源性为72.4%～73.2%和72.7%～72.8%.2分离株之间E基因和NS5基因的核苷酸同源性均为99.5%.血清中和试验表明,BZ株阳性血清可以中和LC病毒,因此证实二者可能是同一种病毒.综合以上研究,建议将该病命名为"鸭病毒性脑炎"(Duck viral encephalitis disease).     

1株新型鸭呼肠孤病毒的分离与鉴定

山东某鸭场疑似发生新型鸭呼肠孤病,从采集的病料组织样品中分离出1株病毒,经一步法RT-PCR扩增得到新型鸭呼肠孤病毒部分S3基因序列,克隆到p MD18-T载体中,经序列测定,与Gen Bank上的毒株序列进行比对,并做了该病毒的致病性试验。结果显示,该分离株与参照的新型鸭呼肠孤病毒同源性为100%,并对鸭具有一定的致病性。本试验成功分离获得1株新型鸭呼肠孤病毒山东地方流行毒株。     

坦布苏病毒不依赖虫媒在鸭间传播的分子基础

正坦布苏病毒(Tembusu virus, TMUV)属于黄病毒科黄病毒属,多数黄病毒属病毒如乙脑病毒、寨卡病毒、登革病毒等均属于虫媒病毒,普遍认为这些病毒的传播离不开虫媒。1955年,首次从库蚊中分离到TMUV,之后不时地从蚊子中分离到该病毒。2000年,马来西亚爆发了一起由TMUV引起的肉鸡传染病,表现为脑炎和生长迟缓,幸运的是该疫病没有进一步扩散。2010年,我国爆发了鸭坦布苏     

鸭甲型肝炎病毒JS2013株的鸭胚适应性与基因组分析

鸭甲型肝炎病毒(Duck hepatitis A virus,DHAV)是引起雏鸭病毒性肝炎的主要病原之一。本研究将2013~2015年分离的5株DHAV进行了鸭胚传代复苏,发现JS2013株的鸭胚适应性最好,可导致鸭胚在接毒后2~5d出现有规律的死亡。应用血凝试验和PCR方法进行了鸭坦布苏病毒(DTMUV)、鸭瘟病毒(DPV)和鸭圆环病毒(Du CV)等的检测,结果均为阴性。将DHAV JS2013株继续在鸭胚传代并测定其病毒滴度,发现其在5至8代之间病毒滴度稳定提升,第8代病毒的ELD50为10-7.5/0.1m L,但8至20代没有出现有规律的病毒滴度提升。为了揭示DHAV JS2013株的基因组特征,应用RT-PCR方法分9段扩增了病毒基因片段,通过序列拼接获得了全基因组序列,Gen Bank登录号为KP721458。同源比对发现,与DHAV JS2013株基因同源性最高的毒株属于基因I型DHAV。将其编码多聚蛋白的序列与同源性最高的10株已登录序列的DHAV毒株进行比对,发现存在8处氨基酸位点变异。该研究探明了DHAV JS2013株在鸭胚的增殖特性及其基因特征,为研制新型鸭肝炎病毒灭活疫苗奠定基础。     

应用宏基因组学鉴定国内第一株鸭2型腺病毒

为分离鉴定广东某养鸭场疑似"肝坏死"病例的病原,本研究将采集的病料样品感染番鸭胚及番鸭胚成纤维细胞(MDEF)进行病原分离,提取出现细胞病变培养物的核酸,采用宏基因组学方法,以随机引物反转录并合成双链DNA进行PCR扩增,扩增产物进行分子克隆和测序分析。结果显示:F6代分离的病毒滴度为log10~(5.0)TCID_(50)/m L,能够导致9日龄~11日龄番鸭胚死亡及MDEF产生明显细胞病变。50个随机克隆经Gen Bank检索有28个为鸭2型腺病毒(DAd V-2)同源序列,核苷酸同源性为92%~99%。28个同源序列形成8个毗连序列群,共计15 107 bp,覆盖DAd V-2基因组全长的34.54%,分离株与Gen Bank中唯一的DAd V-2 GR分离株亲缘关系最近,其部分hexon基因编码的氨基酸同源性为83.3%。参照测定序列设计的引物能够特异性扩增病毒基因。本研究首次应用宏基因组学分离获得国内首株DAd V-2,也是迄今除了法国以外国内首次报道的DAd V-2分离株。     

鸭出血性卵巢炎的初步研究

2010年6月以来,我国部分地区所饲养的种鸭和蛋鸭发生一种疾病,以突发产蛋急剧下降为特点,根据病变,暂将该病称为鸭出血性卵巢炎(duck hemorrhagic ovaritis,DHO)。从不同地区的发病鸭群采集34份样品,取15份样品进行病毒分离,获得10个鸡胚分离物和5个鸭胚分离物。RT-PCR检测结果表明,15个分离物均为禽流感阴性,14个分离物为新城疫阴性。选分离株YY5株进行了电镜观察和PCR排查,结果表明,该毒株的毒粒直径为40~50 nm,呈鸭瘟病毒、水禽细小病毒、鸭呼肠孤病毒、鸭甲肝病毒、鸭星状病毒、鸭圆环病毒、鸭冠状病毒、鸡传染性支气管炎病毒PCR阴性,但为黄病毒RT-PCR阳性。基于黄病毒NS1序列合成引物,用RT-PCR检测15株病毒分离物和其余19份临床样品,黄病毒阳性率为82.4%。用YY5株的221-nt NS1序列进行分析的结果显示,YY5株与黄病毒科黄病毒属恩塔亚病毒群(Ntaya virus group)的巴格扎病毒(Bagaza virus)具有相近的遗传进化关系,但遗传距离介于病毒种的水平。用一株鸭胚分离株感染91日龄临近开产的麻鸭和232日龄的产蛋麻鸭,可复制出卵泡膜出血的病变。结果表明,从DHO自然病例分离到一种新的黄病毒,暂称为鸭黄病毒(duck flavivirus,DFV),DFV可能与DHO有关。     

雏鸭坦布苏病毒分离鉴定及全基因序列分析

山东潍坊地区某鸭场养殖的21日龄樱桃谷鸭突然发病,病鸭主要表现翅腿瘫痪等神经症状,排黄绿色或黄白色稀粪,病死率5%左右。为了确定发病鸭群感染病原的种类,首先采集病死鸭肝脏,处理后接种9日龄~11日龄SPF鸡胚进行病原分离。其次,对分离的病原RT-PCR扩增和序列测定,MEGA5绘制系统发育进化树,DNA Star软件分析核苷酸同源性。结果表明,通过SPF鸡胚分离到一株坦布苏病毒(TMUV),命名为TMUV-SDWF。该病毒株基因组全长为10 990nt,编码1个含3 426个氨基酸的多聚蛋白。系统发育进化树分析显示,TMUV-SDAG毒株属于Ⅰa分支。核苷酸同源性分析表明,TMUV-SDSG与GenBank上公布的16株不同TMUV分离株核苷酸同源性高达97.0%~99.8%。成功分离鉴定一株鸭坦布苏病毒并对其进行了遗传进化分析,为鸭坦布苏病毒弱毒或灭活疫苗的筛选制备及该病毒分子流行病学的研究奠定了基础。     

一株鹅源坦布苏病毒的分离鉴定及全基因组序列测定

2017年10月,安徽六安某朗德鹅养殖场鹅群出现精神沉郁,采食下降,陆续死亡。对送检病死鹅组织观察,可见肝脏肿胀、质脆、颜色变淡,脑组织水肿、充血、出血。将脑组织研磨后接种SPF鸡胚进行分离病毒。收集死亡鸡胚尿囊液、离心后进行电镜负染发现直径约为40 nm的病毒粒子。利用黄病毒E蛋白基因特异性引物进行的RT-PCR以及序列分析证明该分离株为黄病毒属坦布苏病毒,命名为AHRD2018。将AHRD2018株全基因组进行PCR分段扩增、克隆、测序发现,AHRD2018全基因组全长为10 992 bp。AHRD2018株全基因组与国内鸭源坦布苏病毒分离株同源性最高可达97.7%,处于同一进化分支;与鸽源TMUV同源性为96.7%;与鹅源TMUV同源性为96.7%左右。这一鹅源坦布苏病毒的分离及其全基因组的测定为进一步探究坦布苏病毒的跨宿主传播机制及其致病分子机理提供了材料、打下了基础。     

一株经鸭胚传递的鸭副黏病毒的分离鉴定及生物学特性

从表现疑似副黏病毒症状的1日龄雏鸭和死亡鸭胚中分离到1株病毒,经HA、HI和病毒中和反应鉴定为副黏病毒,命名为SDFCH株。按常规方法测得SDFCH株的生物学毒力指标MDT、ICPI和IVPI分别为56.6 h、1.78和2.59,鸭胚半数致死量LD50为10-8.5,表明SDFCH株为副黏病毒强毒株。用分离病毒对11日龄鸭胚和7日龄雏鸭攻毒,孵化出的雏鸭和攻毒的雏鸭均出现明显的剖检变化。根据GenBank中NDV F基因序列设计合成了3对引物,通过RT-PCR扩增出了鸭源Ⅰ型禽副黏病毒(APMV-1)SDFCH株的F基因。与已发表副黏病毒F基因相关序列对比结果表明:SDFCH株与鸭、鹅源副黏病毒的同源性较高,核苷酸和氨基酸的同源性均在96.4%~98.0%之间,而与Lasota株同源性较低,核苷酸和氨基酸同源性仅为84.4%和87.9%。表明该毒株相对于传统的Lasota株已经发生了较大的变异。     

黑蜂王台病毒中国BQCV-JL1株衣壳蛋白VP基因克隆及序列分析

为了研究黑蜂王台病毒在中国的发展情况,在吉林省内疑似蜜蜂黑蜂王台病病料中分离到1株BQCV毒株,记为中国BQCV-JL1(KP119603),对该分离株提取RNA,采用RT-PCR技术扩增其VP基因。结果表明:VP基因测序结果与Gen Bank中报道的BQCV VP基因序列同源性在89%~99%之间。将VP基因序列与Gen Bank中报道的17个序列进行系统遗传进化树分析,其中与日本分离株4(AB605360)、日本分离株3(AB605359)、日本分离株2(AB605358)及日本分离株Ac1(AB638414)、日本分离株Am3(AB638413)、日本分离株Am2(AB638412)株同源性最高(99%),而与南非分离株(AF183905)同源性最低(89%)。     

高邮鸭极低密度脂蛋白受体基因的克隆与序列分析

根据Gen Bank中的鸭极低密度脂蛋白受体(VLDLR)序列(登录号:XM_005011641.1)设计并合成引物,采用RT-PCR技术从高邮鸭肌肉组织中克隆出鸭VLDLR基因,并进行克隆和序列测定。结果表明,所获得的高邮鸭VLDLR基因长2 244 bp,编码747个氨基酸,含一个37个氨基酸信号肽。序列比较发现,VLDLR基因与Gen Bank登录的连城白鸭与白改鸭杂交二代VLDLR基因核苷酸同源性为90.9%,与斑马鱼、人、原鸡等其它动物的VLDLR氨基酸同源性为63.2%~84.5%,表明VLDLR基因存在种的多样性,且亲缘关系越近,同源性越高。鸭VLDLR蛋白质是一个亲水性跨膜蛋白,其二级结构由α-螺旋、β-转角和无规则卷曲构成,在其胞外区有3个N-糖基化位点和8个O-糖基化位点。信号肽分析表明,VLDLR蛋白为分泌性蛋白,最有可能的切割位点位于第36位和37位氨基酸之间。高邮鸭VLDLR基因的成功克隆为进一步研究鸭VLDLR基因表达、生物学活性等奠定基础。     

一株鹅圆环病毒的全基因组测序及序列分析

从山东省潍坊地区某朗德鹅鹅场的发病鹅体内检测到1株鹅圆环病毒,命名为SDWF-01。根据Gen Bank上已发表的鹅圆环病毒序列,设计了一对特异性引物,利用PCR技术对该株病毒进行全基因组克隆并测序,对其基因组核苷酸组成、结构及遗传进化特性进行分析。结果表明:SDWF-01株全长1 821 bp,编码4个开放阅读框;与Gen Bank上已发表的鹅圆环病毒核苷酸序列同源性为91.4%~98.5%,其中SDWF-01株与yk3毒株的同源性最高(98.5%),而与浙江株xs5的同源性最低(91.4%)。研究首次对山东地区鹅圆环病毒进行检测,并完成全基因组克隆测序及核苷酸序列分析。     

1株鸭3型腺病毒的分离鉴定及fiber基因序列分析

本研究通过病毒分离、PCR和基因测序等方法,从广东某鸭场疑似“白肝病”发病鸭的肝组织样品中分离了1株鸭3型腺病毒,命名为GD2019株。序列分析结果显示,分离株fiber基因包含fiber-1和fiber-2两个片段,长度分别为1380、1443 bp。鸭3型腺病毒fiber基因非常保守,GD2019株fiber-1和fiber-2基因与已报道的鸭3型腺病毒同源性均为100%,而与其他禽腺病毒同源性则较低,亲缘关系较远。     

产蛋麻鸭混合感染肠球菌与链球菌病原的分离与鉴定及药敏试验

对安徽省明光市某养殖场送检的以腹泻、消瘦和败血症为主要特征的病死产蛋麻鸭进行病原分离鉴定,为该病的诊断与防治提供参考资料。将病死鸭肝脏用兔血琼脂和麦康凯培养基进行病原菌的分离培养、革兰氏染色、镜检,生化试验,药敏试验,细菌DNA模板制备,16Sr RNA序列扩增,序列测定及同源性分析。结果从送检的病死鸭的肝脏中分离到2株革兰氏阳性链球菌。同源性分析表明,1株与Gen Bank中的盲肠肠球菌NZ_KE136352.1同源性达到99.1%;另1株与Gen Bank中解没食子酸链球菌NZ_017576.1同源性达到97.4%。药敏试验结果为:两株分离菌均对环丙沙星较为敏感,选用环丙沙星让养殖者使用,3 d后疫情便得到有效控制。从上述试验结果可知,该鸭群是由肠球菌和链球菌的混合感染而导致的。     

鸭腺病毒A型Hexon基因克隆与序列分析

为明确鸭腺病毒A型Hexon基因特征及其在腺病毒科病毒分类中的作用,本研究从前期分离鉴定的一株番鸭源鸭腺病毒A型分离株（JX2016株）中分段扩增获得其Hexon基因编码区。结果发现,鸭腺病毒A型JX2016株Hexon基因编码区为2 733 bp,编码910个氨基酸,与鸭腺病毒A型（FJ12025株）核苷酸同源性最高,达99.8%;与其他分离株Hexon基因核苷酸同源性均在99.4%以上;与鸭腺病毒2型（GR株,未明确分类地位）同源性仅为54.5%;与禽腺病毒A型Phelps株（鸡源）及P29株（鹅源）的核苷酸同源性分别为53.6%和55.2%。遗传进化树分析发现,所有鸭腺病毒A型分离株在遗传进化上均处于相同的亚分支,且与绵羊腺病毒D型（OAV287株）均处于富AT腺病毒属遗传进化分支。但鸭腺病毒2型（GR株）与禽腺病毒A型Phelps株（鸡源）、P29株（鹅源）却处于同一遗传进化分支,均属于禽腺病毒属遗传进化分支。基于Hexon蛋白的遗传进化分析,建议将鸭腺病毒A型重新命名为鸭源富AT腺病毒A型,将鸭腺病毒2型重新命名为鸭源禽腺病毒。     

鸭甲肝病毒VP1基因克隆及序列分析

通过PCR技术,从自行分离的鸭甲肝病毒JS株基因组中扩增出病毒衣壳蛋白VP1完整基因片段,并对该片段进行序列测定及分析。结果显示JS-VP1与DHAV-A的VP1基因序列酸核苷酸同源性在62.0%~64.4%之间,与DHAV-B的VP1基因序列酸核苷酸同源性在63.6%~63.8%之间,与DHAV-C的VP1基因序列酸核苷酸同源性在92.3%~98.5%之间,分析表明JS株为鸭甲肝病毒基因C型,血清型分型为韩国新型。进化树表明JS株与SD02株的亲缘关系较进,进一步说明VP1基因的核苷酸序列是DHAV基因组中的高度可变区,可作为DHAV基因型研究的标记,分离毒株为DHAV的防治及疫苗的设计奠定了基础。     

鸭瘟病毒强、弱毒株TK基因的克隆与生物信息学分析

本研究根据Gen Bank上发表的鸭瘟病毒(DPV)基因序列设计了1对引物,分别对DPV AV 1221株和DPV鸡胚化弱毒疫苗株的TK基因进行扩增,扩增的目的片段克隆至载体p MD19-T,经PCR和双酶切(Bam HⅠ+HindⅢ)鉴定,将阳性质粒进行测序和生物信息学分析。结果成功克隆出了长度均为1 077 bp的DPV TK基因,生物信息学分析结果表明两个片段的同源性达到100%。     

红毛鸭胚源鹅细小病毒江西株的分离鉴定与NS基因的分析

自死亡的红毛鸭胚中分离获得1株病毒株(命名为JX-JA-2017株),经胶体金试纸条检测呈鹅细小病毒(GPV)阳性,经中和试验测定可被GPV阳性血清特异性中和,表明该毒株为GPV。对其进行非结构基因(NS)特征分析发现,其NS基因与GenBank登入的13株鹅细小病毒核苷酸序列同源性为94%～99.6%,氨基酸同源性为94.8%～99.5%;经分子进化分析发现,该株病毒与亚洲型GPV分离株共处于一个进化分支。以上结果揭示,红毛鸭胚存在GPV感染,且其JX-JA-2017株病毒与经典的GPV具有共同的遗传起源,丰富了GPV的流行病学与分子生态学内涵,为加强我国鹅细小病毒病的防控提供科学依据。     

4株新城疫病毒株的分离与鉴定

对近三年采集的213份临床样品进行了新城疫病毒的分离与鉴定,得到4株NDV分离株,其中3株来源于鸡,1株来源于鸭。通过RT-PCR方法对毒株的F和HN基因进行了扩增与序列测定,与Gen Bank中的NDV序列进行了同源性和遗传进化分析,并测定了其致病指数。结果显示:HB0601和HB0804株为强毒株,属于基因Ⅶb亚型,其F基因与Chicken-Jiangxi-07-2009同源性最高,为99.5%和99.7%,与La Sota株的同源性为82%。SC1805和HB1906为弱毒株,属于基因Ⅰ型,其F基因与Chicken-Colombia-1326-14475-2009同源性最高,分别为99.8%和99.9%,与La Sota株的同源性为89%。4株NDV分离株与传统疫苗株的遗传进化关系较远。研究为ND的防控及分子流行病学研究提供了数据支撑。