14个尼罗罗非鱼家系遗传差异的微卫星标记分析

利用12个微卫星标记分析14个尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus家系的遗传多样性,以P_0代为对照,研究P_4、P_5代家系的遗传多态性,指导尼罗罗非鱼的选育。研究结果表明:14个罗非鱼家系的平均有效等位基因数、平均杂合度、平均多态信息含量分别为3.1819、0.6276、0.5753,其遗传多样性丰富;家系N312与N314遗传距离最小(0.1214),而家系N304与N306遗传距离最大(0.3137),14个家系间的平均遗传距离为0.1973;UP_GMA进化树分析结果表明,14个尼罗罗非鱼家系聚为4个分支,第一分支为家系N303,第二分支由N301、N306和N311组成,第三分支由N302、N308和N310组成,其余家系组成第四分支;P_4代尼罗罗非鱼群体遗传多态性比P_0代小幅降低,而构建P_5代家系时参考了微卫星标记的分析结果,其遗传多态性明显高于P_0和P_4代。结果表明:参考微卫星标记计算的家系间的亲缘关系,人为控制选配提高后代稀有等位基因的频率和杂合子的比例,可以有效防止近交衰退,维持较高的种群遗传多样性和选择潜力。     

吉富罗非鱼不同选育群体的遗传多样性

用微卫星和扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分子标记对海南、广州和青岛吉富品系尼罗罗非鱼的遗传多样性和遗传分化进行了研究。9对微卫星引物和4对AFLP引物的分析结果一致。微卫星分析表明,青岛吉富鱼的平均等位基因数(4.8)、平均观测杂合度(0.528)、平均多态信息含量(0.605)最高,海南吉富鱼的平均等位基因数(4.4)、平均观测杂合度(0.479)、平均多态信息含量(0.549)最低。AFLP分析显示,青岛吉富鱼的多态位点比例(48.4%)和基因多样性(0.245)最高,海南吉富鱼的多态位点比例(36.3%)和基因多样性(0.147)最低。这些表明,青岛吉富鱼的遗传多样性最高,海南吉富鱼最低。遗传分化分析表明,两两群体间遗传分化显著(微卫星FST为0.07~0.11,P<0.01;AFLPFST为0.24~0.29,P<0.01)。AMOVA分析显示,大部分遗传变异(微卫星的分析结果为91.26%;AFLP的为67.6%)来源于群体内个体间,表明吉富鱼选育品系尚具有进一步选育的潜力。     

两种不同地方种群尼罗罗非鱼遗传差异和分子遗传标记↑（*）

用ＡｐａⅠ，Ｂｃ１Ⅰ，Ｂｇ１Ⅱ，ＤｒａⅠ，ＥｃｏＲⅠ，ＥｃｏＲＶ，ＨｉｎｄⅢ，ＫｐｎⅠ，ＰｓｔⅠ，ＰｖｕⅡ，ＳａｃⅠ，ＸｂａⅠ，ＸｈｏⅠ等１３种限制性核酸内切酶对来自尼罗河上游和下游的两种不同地方种群尼罗罗非鱼的线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）进行酶切分析，得到这两种罗非鱼的ｍｔＤＮＡ分子大小为：上游尼罗为１６９０９±９０ｂｐ，下游尼罗为１６９１２±１００ｂｐ。研究中还发现我国养殖的这两种不同地方种群尼罗罗非鱼，每一群体内个体间均存在ｍｔＤＮＡ酶切片段长度多态现象，而且群体间在ｍｔＤＮＡ水平上具有一定差异，依此构建了这两种不同地方种群尼罗罗非鱼ｍｔＤＮＡ限制性内切酶酶切图谱，建立了识别它们的分子遗传标记。     

橙色莫桑比克罗非鱼微卫星遗传多样性分析及其与尼罗罗非鱼差异位点的筛选

用33对在尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）中能有效扩增的微卫星引物,对橙色莫桑比克罗非鱼（Oreochromis mossambicus）进行PCR扩增,结果有32对引物能获得稳定的特异性条带,占总数的97．0％,其中15个微卫星位点具多态性,表明大部分尼罗罗非鱼的微卫星位点存在于橙色莫桑比克罗非鱼中。用具多态性的15个微卫星位点,对橙色莫桑比克罗非鱼30尾个体进行扩增分析,结果共检测到44个等位基因,大小在113～232bp之间,平均多态信息含量（PIC）为0．4308,平均观测杂合度（鼠）为0．5489,平均期望杂合度（垃）为0．5248,个体间平均遗传距离为0.3132,表明所选橙色莫桑比克罗非鱼群体遗传多样性较丰富,种群结构比较合理。本研究还对尼罗罗非鱼和橙色莫桑比克罗非鱼间特异位点进行了分析,发现有7个位点（UNH899、UNH208、UNH853、UNH876、UNH222、UNH933、UNH773）可有效区分莫桑比克罗非鱼和尼罗罗非鱼,可作为罗非鱼种质鉴定的分子标记。[中国水产科学,2008,15（3）：400-406]     

尼罗罗非鱼♀×萨罗罗非鱼♂杂交后代的遗传分离分析

应用微卫星标记对尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)♀×萨罗罗非鱼(Sarotherodon melanotheron)♂杂交后代(F1、F2)的遗传分离情况进行了初步研究.在86对微卫星引物中,筛选出21对在尼罗罗非鱼和萨罗罗非鱼中存在差异等位基因的特异性引物,共检测出59个等位基因,包含32个尼罗罗非鱼和24个萨罗罗非鱼特异等位基因.F1观测杂合度(Ho=0.998)大于 F2(Ho=0.739), F2有效等位基因数(Ne=2.48)、平均多态信息含量(PIC=0.497)与 F1的(Ne=2.45、PIC=0.489)相似.F1中所有位点均表现为尼罗罗非鱼与萨罗罗非鱼杂合基因型.F2中位点等位基因分离情况各异,通过卡方检验,有18个位点符合孟德尔遗传(P>0.05),2个位点GM145、UNH003表现为偏离孟德尔遗传(P<0.05),1个位点GM276不分离.在18个孟德尔遗传位点中, F2中尼罗罗非鱼特异等位基因频率为48.3%,萨罗罗非鱼特异等位基因频率为47.7%;基因型出现F1型、尼罗罗非鱼型、萨罗罗非鱼型的比例分别为58.2%、19.9%、21.9%.结果表明, F2较好地继承了F1的遗传杂合性,但也存在一定程度的分离.     

吉富等品系尼罗罗非鱼的起捕率差异

在常规土质鱼池中进行了吉富“８８”、“７８”和埃及等四品系尼罗罗非鱼的起捕率比较试验。结果表明吉富品系的三网累计起捕率显著地高于其他品系（Ｐ〈０．０１）。１９９５年的试验中，吉富的三网累计起捕率为６７％、“８８”为３８％，“７８”为２３％，埃及为２２％。１９９６年的试验中，吉富的三网累计起捕率为８１．５％，“８８”为６２％，试验结果表明吉富品系尼罗罗非鱼的起捕率较高。     

吉富品系尼罗罗非鱼(GIFT)在池塘养殖条件下的生长试验

在池塘养殖条件下初次选育吉富品系尼罗罗非鱼,主养密庹1 200尾/666.7 m2,经过100d生长,平均规格达273.0 g,其中雌、雄规格分别大于258.0 g和345.0 g.在生长过程中,体重趋于直线型增长(W=48.53L-603.8,R2=0.812),个体体重差异趋于减小,体型趋向变宽变厚,试验期间每月间隔差异极其显著(P<0.0001).溶氧和温度为限制生长的主要环境因子.     

吉富品系尼罗罗非鱼（GIFT）群体内的形态差异与分化

研究所用60个家系的吉富品系尼罗罗非鱼(GIFT strain Nile tilapia,Oreochromis niloticus;简称吉富罗非鱼)样本均为由世界渔业中心所在地马来西亚引进的原种.采用传统形态学测量方法,测量每尾鱼的体质量、体长、体高、体宽、头长、尾柄长和尾柄高后进行主成分分析和相关分析,研究吉富品系尼罗罗非鱼群体内的形态差异.结果显示,吉富罗非鱼体高与体质量的相关性最大(R2=0.900 2).在体长与体质量对应的点状分布中,总群体、雌雄群体和每个家系群体中均呈现出2条带状,分布于2条带的个体问质量差异不显著(P>0.05),对应的个体数量之比接近常数0.7;体高、体宽、头长、尾柄长和尾柄高相应的分布则呈现出变异幅度迥异的条带.本研究表明,吉富罗非鱼群体内部在形态上存在差异.[中国水产科学,2009,16(1):54-60]     

吉富罗非鱼微卫星标记与体质量、体形性状相关性分析

根据罗非鱼微卫星遗传图谱,在不同的连锁群上随机选择30个微卫星位点,研究它们在192尾不同家系吉富罗非鱼(Genetically Improved Fanned Tilapia,GIFT)中的遗传多样性及这些位点与体质量、体形性状的相关性.结果表明,30个位点共检测出126个等位基因,片段长度124～310 bp.各位点等位基因数为1～7个,平均等位基因数4.2个;多态信息含量(P1C)为0.259 4～0.716 7,平均0.580 8;杂合度(H)为0.306 4～0.753 1,平均0.632 2,表明该吉富罗非鱼群体遗传多样性比较丰富.最小二乘方差分析结果显示,位点GM041、GM542和GM304与吉富罗非鱼雌鱼体质量相关;位点GM041、UNH860、GM519和GM304与雄鱼体质量相关,位点UNH952与雄鱼体形相关.位点GM041、UNH860、GM304的AA基因型和位点GM519的DE基因型都有可能作为以体质量为选育目标的辅助标记,其中UNH860和GM304的AA基因型有望成为作为以体质量为选育目标的首选辅助标记.实验结果说明,吉富罗非鱼具有与体质量相关的标记越多,体质量也越大.     

吉富品系尼罗罗非鱼（GIFT）摄食节律初探

用投喂添加色素的膨化颗粒饲料和观测排便相结合的方法,研究吉富品系尼罗罗非鱼(Genetic Improvement of Farmed Tilapias;GIFT)的摄食节律.结果发现,6个家系的吉富品系尼罗罗非鱼摄食具有明显的节律性,家系之间的摄食周期存在非常显著差异(P＜0.0001);t检验发现,各家系内摄食周期和排便周期的差异均不显著(P≥0.1097).回归分析发现,摄食周期对生长无显著的影响(P=0.8988),但与摄食量之间存在显著的线性关系(R2=0.9679,P=0.0004).对摄食节律聚类分析,6个家系可分为(1、2、6)、(3、4)、5共3个家系类别.该项研究能为GIFT的养殖投饵和进一步选育提供理论依据,为鱼类摄食节律研究提供方法上的参考.     

尼罗罗非鱼人工驯养、选育群体遗传多样性及瓶颈效应

人工驯养和选育是家养动物适应性进化的主要动力之一,中国大陆尼罗罗非鱼引进群体经历了长期的人工驯养和选育,是研究鱼类在驯养、选育条件下适应性进化的良好材料。本实验以尼罗罗非鱼1个埃及土著群体为对照组,以中国大陆具有代表性的尼罗罗非鱼5个驯养群体和4个选育群体为实验组,采用12个多态性微卫星位点分析了驯养群体和选育群体的遗传多样性和瓶颈效应。结果显示,土著群体、驯养群体和选育群体平均每个位点的有效等位基因数(AE)分别为5.433、5.113~6.515和3.239~6.734,期望杂合度(HE)分别为0.812、0.796~0.859和0.657~0.858,多态信息含量(PIC)分别为0.768、0.753~0.819和0.601~0.818,近交系数(FIS)分别为0.323、0.166~0.342和0.249~0.314。LSDt检验结果显示,受人工选择的群体(驯养群体、选育群体)与土著群体间遗传多样性水平(AE和HE)无差异,3个驯养群体(EGY群体、WY群体和GD群体)的遗传多样性水平(HE)显著高于1个选育群体(XJF群体)。瓶颈效应分析显示,尼罗罗非鱼土著群体、驯养群体和选育群体在历史上都曾发生过群体缩小的现象。其中,土著群体、2个驯养群体(WY、EGY)、2个选育群体(JNM、XJF)在近期可能经历过遗传瓶颈,其他群体在新的突变和基因流的作用下,群体规模可能已恢复。有效群体大小分析显示,土著群体、驯养群体和选育群体的有效群体数量分别为177、29~117(平均值为57.4)和84~123(平均值为102.8)。本研究结果不仅为尼罗罗非鱼驯养群体的持续利用和选育群体的进一步遗传改良提供了有价值的信息,而且为鱼类在驯养和选育条件下群体遗传结构和种群动态研究提供了新的参考依据。     

不同品系尼罗罗非鱼致死低温的研究

在室内自然降温条件下，研究了三个品系尼罗罗非鱼（吉富品系，“７８”品系，“８８”品系）对低温的耐受力，计算得出每个品系的半致死低温，并对降温过程中尼罗罗非鱼行为活动的变化进行了观察。试验结果表明，在上海地区，当温度降低到１１℃时，罗非鱼开始死亡，到７．４℃时，全部死亡。吉富罗非鱼死亡温度范围是１１℃￣８．４℃，“７８”品系是９．８￣７．４℃，“８８”品系是１１℃￣７．４℃。对三个品系半致死低温的研     

中国对虾抗病性状遗传标记筛选及遗传多样性分析

对人工选育的29个中国对虾半同胞家系进行人工感染WSSV后,选取存活时间最长和存活时间最短各29个个体,组成抗病群体和感病群体。用400个随机引物进行RAPD分析,得到与抗病正相关的特异性遗传标记5个,与抗病负相关的特异性遗传标记两个。15个随机引物在两个群体的扩增位点进行统计,共得到82个位点,其中多态位点34个,占41.46%,两个群体的多态位点比例分别为40.24%和37.8%。Shannon′s多样性指数估算两个群体的平均遗传多态度为0.2177,SLT群体的遗传多态度为0.2190略高于SST群体0.2163;群体内的遗传变异（HPOP/HSP）0.9645,可见96.45%的遗传变异来自于群体内,3.55%的变异来源于群体间。统计各座位的基因频率计算出两个群体的遗传分化指数为0.0294,表明两个群体并没有发生明显的遗传分化。     

最新一代吉富罗非鱼落户茂名

由中国水产科学研究院淡水渔业研究中心新近引进的世界渔业中心最新一代优良品系——吉富品系尼罗罗非鱼（简称吉富鱼）家系全部落户广东茂名市茂南三高良种繁殖基地，11月16日首批6个家系的鱼苗已安全运达目的地。新一代吉富鱼家系将采用微卫星跟踪、工厂化育苗生产，这标志着该市罗非鱼良种从自然繁殖生产进入高科技繁育生产。     

吉富罗非鱼人工催产技术研究

吉富品系尼罗罗非鱼（以下简称吉富鱼,GIFTstrainofOreochromisniloticus）是由国际水生生物资源管理中心经混合选育获得的优良品系。吉富罗非鱼具有生长快、养殖周期短、产量高、群体繁殖力强、对环境适应性强以及抗病力强等特点,目前是我国罗非鱼养殖的主要品种之一。     

尼罗罗非鱼微卫星标记与主要生长性状的相关性分析

为了筛选到与尼罗罗非鱼生长相关的分子标记,并对这些标记进行准确性鉴定,运用65个微卫星标记对鹭业和番禺2个尼罗罗非鱼群体进行了PCR扩增,再利用SPSS软件一般线性模型(GLM)对这些微卫星位点与尼罗罗非鱼体重等主要生长性状进行了标记性状连锁关联分析。结果表明,鹭业群体中有8个微卫星标记(UNH130,UNH183,UNH911,GM558,UNH211,UNH176,UNH914和UNH974)与主要生长性状显著或极显著相关(P<0.05或P<0.01),其中有2个微卫星标记(UNH914和UNH974)与番禺群体的主要生长性状显著或极显著相关(P<0.05或P<0.01),1个微卫星标记(UNH176)只与体重显著相关(P<0.05)。通过对与生长性状相关标记的基因型和表型值进行多重比较,得到了对体重、体长和体高3种性状有利的基因型或等位基因。发现了对罗非鱼生长性状有显著效应的微卫星位点,为开展罗非鱼的分子标记辅助育种提供了有价值的遗传标记。     

罗非鱼性别相关微卫星标记的初步筛选

为分析罗非鱼群体的遗传多样性以及筛选与罗非鱼性别相关的微卫星标记。应用24对微卫星引物,使用常规PCR及聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法在两个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)群体和两个奥利亚罗非鱼(O.aureus)群体中初步筛选到UNH931、GM128、GM201、GM258、GM597以及UNH898共6个与性别相关的微卫星标记。然后使用降落PCR以及毛细管电泳的方法在两个尼罗罗非鱼群体、两个奥利亚罗非鱼群体以及ZY₁、WY₁、YY₁和YY₂型罗非鱼群体中进一步扩增这6个微卫星标记,统计各群体的遗传多样性参数:6个微卫星标记在上述群体共297个样本中检测到95个等位基因,其大小在97～302 bp之间,各位点在各群体等位基因数在1～13个之间,各群体平均观测等位基因数为2.167～9.333,平均有效等位基因数为1.624～4.966,平均观测杂合度为0.324～0.983,平均期望杂合度为0.329～0.782,平均多态信息含量为0.275～0.753;两个尼罗罗非鱼群体、W...     

尼罗罗非鱼与萨罗罗非鱼回交一代与回交二代群体遗传特征的微卫星分析

利用尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)第二代遗传连锁图谱中微卫星标记,对尼罗罗非鱼♀与萨罗罗非鱼(Sarotherodon melanotheron)回交一代(BC1)和回交二代(BC2)群体遗传特征进行了分析。结果表明,从28个微卫星位点中筛选出9个在尼萨回交一代和回交二代中存在差异的扩增位点,这些多态性位点可作为尼萨回交一代和回交二代群体遗传鉴别的重要依据。尼萨回交一代群体的平均观测杂合度为0.670,多态信息含量为0.423;回交二代群体的平均观测杂合度为0.460,多态信息含量为0.365,回交二代群体的遗传多态性低于回交一代群体。与回交一代相比,尼萨回交二代群体的平均有效等位基因数较为一致(BC1:Ne=2.17,BC2:Ne=2.20),基因型数较为一致,但纯合基因型比例、优势等位基因频率均有明显提高,表明连续回交导致后代遗传同质性提高。     

2个尼罗罗非鱼群体GHSR基因5侧翼序列的多态性及其遗传多样性分析

该试验以快长尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）和普通尼罗罗非鱼2个群体为研究对象,通过PCR扩增与测序,获得GHSR基因5侧翼区序列77条,片段大小为1 217 bp。共检测出变异位点57个,包括12个插入/缺失位点和45个多态性位点。共发现16种单倍型,其中Hap2可能为原始单倍型。16种单倍型在进化树中聚为A和B 2支,A支中有11种单倍型,在普通群体和快长群体中均有分布,但快长群体中所占比例较高;B支中有5种单倍型,均分布于普通群体中。遗传多样性参数显示普通尼罗罗非鱼群体的核苷酸多样性（Pi）、单倍型多样性（Hd）和平均核苷酸差异数（K）都高于快长尼罗罗非鱼群体。AMOVA分析结果显示快长和普通尼罗罗非鱼2个群体之间的Fst为-0.200 0（P0.1）,表明2个群体间遗传分化不明显,且2个群体的遗传差异主要来自群体内（120%）。     

吉富品系尼罗罗非鱼选育过程中遗传变异的微卫星分析

采用微卫星标记技术对选育新品种新吉富罗非鱼（F8－9）群体、基础群体（F0）、以及选育中群体（F6－7）在选育过程中出现的遗传变异进行观察与分析。19个微卫星位点扩增后的等位基因数为3～11个,随引物不同而异,合计得到115个等位基因,大小在70～270 bp之间。五群体平均基因多样性指数分别为,F0：(0.3083±0.1834)、F6：(0.2982±0.1889)、F7：(0.2923±0.1898)、F8：(0.2572±0.1923)、F9：(0.2743±0.1597),表明随着选育的进展,群体呈现出纯化趋势。AMOVA分析表明,在总遗传变异中,93.24%来自选育群体内,仅6.67%来自选育群体间。群体间的校正偏差后相似性系数在 F0与F6、F7之间分别为0.943 5和0.942 2,相对较高;而在F0与F8、F9之间分别为0.933 2和0.930 3, 相对较低。遗传距离在F0与F6、F7之间分别为0.058 1和0.059 5,相对较小;而在F0与F8、F9之间分别为0.069 1和0.072 2,相对较大。配对比较Fst值在F0与F6、F7之间分别为0.037 68和0.064 37,平均 值为0.051 03;而在F0与F8、F9之间分别为0.060 93和0.075 87,平均值为0.068 40,有所提高。这些指标的分析结果表明,经9年9代选育,已在罗非鱼世代间造成程度虽小但却可监测到的遗传分化;同选育群体F6－7相比,\"新吉富罗非鱼\"（F8－9）在遗传上更为稳定。图1表4