牛类胰岛素生长因子结合蛋白3基因PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析了牛类胰岛素生长因子结合蛋白3(IGFBP3)基因在南阳牛、鲁西牛和中国西门塔尔牛3个牛品种中的遗传多态性。结果表明:IGFBP3的第3外显子不存在遗传多态性;第2外显子在3个牛品种中检测到了AA、AB和BB基因型,而且A等位基因为3个牛群体的优势等位基因,分布较高。3个品种中,中国西门塔尔牛AA基因型频率最高,达到0.6615,而鲁西牛和南阳牛则相对较低,分别为0.4043和0.3095。对第2外显子的多态片段测序分析表明:位于IGFBP3基因第8069bp处发生单碱基突变T→C,并导致了苯丙氨酸变为亮氨酸。     

京海黄鸡繁殖性状与29个多态位点的关联性

为了寻找影响鸡(Gallus gallus)繁殖性状的候选基因,本研究利用单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片分型技术,利用已报道的影响鸡繁殖性状的29个位点对396只京海黄鸡母鸡的29个位点直接进行SNP分型,并对11个繁殖性状进行关联分析。结果发现,29个SNP中,有12个SNP与至少1个繁殖性状关联显著(P0.05),其中有7个SNP同时与2个繁殖性状关联显著(P0.05)。所有繁殖性状中,与京海黄鸡开产体重关联显著的SNP有1个,与京海黄鸡462 d产蛋数关联显著的SNP有2个,与蛋重关联显著的SNP有6个,与开产体重关联显著的SNP有6个,与综合选择指数关联显著的SNP有2个,与后代健雏率关联显著的SNP有1个,没有发现与300 d产蛋数、300~462 d产蛋数和后代孵化率关联显著的SNP。同时,根据这些位点的群体遗传参数发现,12个SNP的平均多态信息含量偏低,说明京海黄鸡有持续选育提高的可能性和必要性。大部分有利基因型为纯合基因型,但有部分基因型为杂合基因型。对与12个SNP最近的功能基因犰狳(Priodontes maximus)重复基因(armadillo repeat gene deleted in velocardiofacial syndrome,ARVCF)、集落刺激因子3受体基因(colony stimulating factor 3receptor,CSF3R)和ODZ同源物2基因(odz,odd Oz/ten-m homolog 2,ODZ2)的功能探讨发现,这些基因可以通过不同的途径影响鸡的繁殖性状。本研究为鸡繁殖性状候选基因的进一步研究提供了基础资料。     

边鸡胰岛素样生长因子1基因（IGF-1）外显子3的多态性及其与繁殖性能的关系

根据GenBank中发表的鸡胰岛素样生长因子1基因(IGF-1)的序列针对外显子2和外显子3分别设计1对引物,采用PCR-SSCP技术检测边鸡(Gallus gallus)及2个对照群体(京海黄鸡(Gallus gallus)和尤溪麻鸡(Gallus gallus))的单核苷酸多态性,并与边鸡的繁殖性能进行相关性分析.结果表明,3个品种在IGF-1外显子2中未检测到多态,而在外显子3中都检测到3种基因型(AA,AB和BB).在边鸡和京海黄鸡中A等位基因为优势等位基因,而在尤溪麻鸡中B等位基因为优势等位基因.克隆测序表明,AA型与BB型相比有两处突变(93A→G和148G→A),其中148 bp处的突变导致氨基酸由谷氨酸变为赖氨酸,通过与Gen-Bank中的鸡IGF-1基因序列比对,发现两处突变分别位于IGF-1基因外显子3的62 bp和117 bp.最小二乘分析表明,AA与BB基因型个体300日龄的产蛋数存在显著差异(P<0.05).     

藏绵羊MHC-DRB1基因第3外显子的PCR-SSCP检测及其序列分析

为了研究藏绵羊DRB1基因第3外显子多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点、变异类型和各等位基因间的遗传关系,本研究采用PCR-SSCP方法,分析了500只藏绵羊(Ovis aries)DRB1基因第3外显子多态性,并对不同等位基因进行克隆和测序。结果表明,藏绵羊DRB1基因第3外显子表现了8个等位基因,8个单倍型序列分析发现了15个核苷酸多态位点,与GenBank序列对比分析,有7个DRB1的等位基因是首次发现。8个DRB1第3外显子的单倍型序列NJ系统发育树呈2支分化趋势。3个种群藏绵羊中B均为优势等位基因,该位点PIC>0.5,为高度多态且显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态。研究认为,藏绵羊DRB1基因第3外显子具有丰富的多态性;藏绵羊DRB1基因最初是由2个等位基因突变分化成两大类等位基因。     

鸡生长轴相关基因的研究进展

摘要：神经内分泌生长轴，又称脑垂体生长轴，在动物的生长发育过程中发挥重要的调节作用。下丘脑分泌的生长抑素(somatostatin, SS)和生长激素释放激素(growth hormone releasing hormone, GHRH)、垂体分泌的鸡生长激素(chicken growth hormone, cGH )、靶器官（如肝脏）分泌的鸡生长激素受体(chicken growth hormone receptor, cGHR)和胰岛素样生长因子-Ⅰ(insulin-like growth factor-Ⅰ, IGF-Ⅰ)，以及下丘脑-垂体-靶器官作用通路构成了鸡生长轴的基本内容。介绍了近几年来鸡生长轴的各激素（因子）及其受体的基因研究，以及相互间的作用机制，以进一步探索家禽的生长调控机理。     

鸡传染性法氏囊病病毒毒力测定方法的改进及国内7个毒株毒力的测定

摘要: 准确衡量鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)毒力特征对研究IBDV毒力变异的分子基础、变异规律，以及影响IBDV毒力的相关分子生物学、病原生物学和细胞生物学机制有重要意义。但是，IBDV的毒力测定方法一直没有一个统一的标准。常规以SFP鸡和商品鸡的死亡率表示IBDV的毒力，但IBDV的定量方法和接种剂量并没有一个统一的标准。研究采用尿囊膜接种途径和灵敏度较高的双抗夹心ELISA方法，大幅度提高EID50定量的灵敏度，使EID50能够准确定量不同致病类型的毒株。SPF鸡和商品鸡的接种剂量根据Eterradossi的研究结果确定为2×103EID50。通过7株中国IBDV的毒力测定及相关分析，证明该方法灵敏度高，重复性好、通用性强, 有利于IBDV毒力测定方法的标准化和规范化。     

鸡核受体辅激活蛋白基因(NCOA1)SNPs分析及mRNA的表达

核受体辅激活蛋白基因(NCOA1)是类固醇激素受体超家族中的一员,在生殖细胞的生长和分化过程中起着重要的调节作用。本研究利用PCR-SSCP技术对NCOA1基因外显子的多态性进行了分析,在第3和12外显子上分别发现了SNPs位点,并采用实时荧光定量PCR对多态性位点处mRNA表达水平进行了研究,发现NCOA1基因随着生长发育其表达量呈波动性增加,14周龄前表达量很少,随着性成熟NCOA1基因表达量快速增加,28周龄时其表达量达到峰值,之后表达量下降。产蛋性能较好的母系鸡NCOA1基因的相对表达量比产蛋性能较差的父系鸡较早地开始增加,并且在14周龄后表达量显著高于父系鸡(P<0.05)。同位点对产蛋性能有显著影响的优势基因型AA和CC个体的表达量在16周后也显著高于同位点的其他基因型个体(P<0.05)。研究提示NCOA1基因mRNA表达水平影响鸡的性成熟过程和产蛋性能。     

AS-PCR技术检测鸡EX-FABP基因型方法的建立

摘要： 鸡(Gallus gallus )胞外脂肪酸结合蛋白(extracelluar fatty acid binding protein, EX-FABP)基因型与鸡腹脂量的积累密切相关。尝试了用等位基因特异性PCR(allele-Specific PCR, AS-PCR) 技术检测EX-FABP基因型的方法，确定了检测的参数和方案, 对AS-PCR检验单碱基突变的方法和策略进行了讨论,并在此基础上对该技术进行了改进，建立了等位基因特异性片段长度差异PCR（allele-specific and length-different PCR, ASLD PCR）技术。     

转化生长因子β1基因(TGF-β1)外显子2的单核苷酸多态性及其与两个山羊品种产羔数的相关分析

为寻找与山羊(Capra hircus)产羔数密切相关的分子标记,加快山羊育种进程,研究转化生长因子β1基因(TGF-β1)遗传多态性与山羊产羔数的相关性,根据牛的TGF-β1基因序列设计3对引物,采用PCR-SSCP.和DNA测序技术检测山羊TGF-β1基因外显子2和内含子3的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数的关系。结果表明,在波尔山羊和陕南白山羊中,仅第二外显子148bp位点碱基发生A→G的突变,导致苏氨酸(Thr)变为丙氨酸(Ala);多态位点均以A为优势等位基因,基因频率分别为0.530和0.648。在波尔山羊的1～3胎产羔数中,AB型个体的产羔数显著高于BB和AA型个体(P<0.05);在第四胎产羔数和平均产羔数中,AB型个体的产羔数显著高于AA(P<0.05),显著高于BB(P<0.05);BB型个体的平均产羔数显著高于AA型(P<0.05)。在陕南白山羊中,AB型个体的2～4胎产羔数和平均产羔数显著高于AA和BB型个体(P<0.05);在第一胎中,AB型个体显著高于AA型个体(P<0.05)。研究结果表明TGF-β1基因多态位点与产羔数显著相关,可以用于山羊分子遗传育种的候选基因。     

Analysis of SNP Markers for Blue-shelled Gene in Chicken by PCR-SSCP

决定绿壳蛋鸡壳色的Oocyan(O)基因座位位于一号染色体。绿色蛋壳的色素主要有原卟啉、胆绿素以及胆绿素的锌络合物，将上述色素代谢途径中的酶对应的基因在家鸡基因组序列中进行比对，没有发现与O基因座位相符的位点。基于ALEV1周围微卫星标记较少，在家鸡一号染色体基因组序列上选取距离ALEV1上游3.5 cM的位点设计引物进行PCR-SSCP分析，寻找与绿壳基因座位紧密连锁的SNP标记位点，并且分析标记位点基因型与O位点不同基因型之间的相关性。结果表明,一个标记与绿壳基因位点紧密连锁，该标记上发生2个点突变，分别是家鸡Chr1:61754089T->A与Chr1:61754175A->T上的颠换。在纯合绿壳蛋鸡群体中，81%的个体在2个位点均发生突变，标为AA型，杂合绿壳群体中AB型为89%，粉壳蛋鸡群体中93%的个体与红色原鸡序列一致，标为BB型。在绿壳蛋鸡育种中，建议以AA型作为分子标记提高绿壳蛋鸡育种工作的效率。     

山羊促黄体素受体基因（LHR）外显子11的PCR-SSCP分析

设计6对引物,用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)和序列分析方法检测促黄体素受体(luteinizing hormone receptor,LHR)基因外显子11在性早熟、高繁殖力山羊(Capra hircus)品种(济宁青山羊)和性晚熟、低繁殖力品种(波尔山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊)中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对济宁青山羊性早熟和高繁殖力的影响.结果发现,仅引物P3和P6的扩增片段具有多态性.引物P3在波尔山羊中检测到AA、AB和BB基因型,在济宁青山羊和安哥拉山羊中均检测到AA和AB基因型,在内蒙古绒山羊中只检测到AA基因型;测序发现BB基因型与AA基因型相比存在1个突变(G1522A),导致505位氨基酸南缬氨酸变为甲硫氨酸(V505M);济宁青山羊从和AB基因型频率分别为0.919和0.081,在P3位点上处于哈迪-温伯格平衡状态(,P=0.877);济宁青山羊与波尔山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊之间LHR基因型分布差异分别达到极显著(P<0.001)、显著(P<0.05)和不显著(P>0.05)水平;济宁青山羊AA和AB基因型之间产羔数差异不显著(P>0.05).引物P6在4个山羊品种中均检测到CC和CD基因型;测序发现CD与CC基因型相比发生了A2039G突变,导致677位氨基酸由谷氨酰胺变为精氨酸(Q677R);济宁青山羊CC和CD基因型频率分别为0.161和0.839,在P6位点上处于哈迪-温伯格不平衡状态(,P=0.000);济宁青山羊与波尔山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊之间LHR基因型分布差异分别达到极显著(P<0.001)、极显著(P<0.001)和显著(P<0.05)水平;济宁青山羊CC和CD基因型之间产羔数差异不显著(P>0.05).研究结果初步表明LHR基闪外显子11对济宁青山羊的性早熟和高繁殖力没有显著影响.     

影响PCR-SSCP的因素分析

ＰＣＲ－ＳＳＣＰ是一种基于ＰＣＲ的单链构象多态性（ｓｉｎｇｌｅ－ｓｔｒａｎｄｅｄ ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）分析技术,是ＤＮＡ已知突变的检测或未知变异分析中十分常用和实用的技术之一,本研究从非变性聚丙烯酰胺凝胶的配制、样品的变性处理、电泳条件,显色方法和结果分析等方面对影响ＰＣＲ－ＳＳＣＰ实验室操作的因素进行了分析,并结合作者的经验给出了大小在１００～２００ｂｐ范围以内的     

六个品种猪胰岛素抵抗素基因单核苷酸多态性分析

目的 探讨胰岛素抵抗素基因是否存在单核苷酸多态性,及其与肥胖、脂肪沉积的相关性。方法 本试验选择纯种蓝塘猪、陆川猪、临高猪、长白猪、大白猪、杜洛克,采用PCR-SSCP方法,结合相关测定指标做进一步基因分析。结果 在供试的6种纯种猪中抵抗素基因启动子检测到CC、TT、CT 3种基因型,内含子-1有EE、FF、GG、EF、EG、FG 6种基因型,内含子-2有LL、MM、NN、LM、LN、MN 6种基因型,外显子-2有CC、GG 2种基因型,基因频率与脂肪沉积量分析表明两者存在相关。结论 抵抗素基因存在单核苷酸多态性,且与脂肪沉积调控有关。     

催乳素受体基因多态性及其与部分山羊品种产羔数关系

催乳素(prolactin,PRL)是一种垂体前叶肽类激素,PRL的所有功能都由催乳素受体(prolactin receptor,PRLR)调节. 本研究采用单链构象多态(single strand conformation polymorphism,SSCP)方法检测PRLR基因外显子3至外显子9和内含子9在高繁殖力山羊品种(济宁青山羊)和低繁殖力山羊品种(辽宁绒山羊和安哥拉山羊)中的多态性,并对具有SSCP多态性的DNA片段进行测序比较分析,旨在寻找与产羔数相关的遗传标记,为山羊高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据.     

应用PCR-RFLP及PCR-SSCP技术研究我国水稻条纹病毒RNA4基因间隔区的变异

应用反转录－聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ）及限制性片段长度多态性（ＲＦＬＰ）和单链构象多态性（ＳＳＣＰ）分析技术,快速检测我国水稻条纹病毒（Ｒｉｃｅ ｓｔｒｉｐｅ ｖｉｒｕｓ,ＲＳＶ）ＲＮＡ４基因间隔区（ｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃ ｒｅｇｉｏｎ,ＩＲ）的变异。ＩＲ经ＲＴ－ＰＣＲ扩增后得到一段长约６８０ｂｐ的片段,ＲＳＶ７个分离物之间片段大小相同,应用ＡＩｕＩ、ＮｄｅＩ在它们之间检测到ＲＦＬＰ,其中ＢＳ、     

山羊FSHR基因第10外显子的PCR-SSCP检测及其序列分析

利用PCR-SSCP技术检测山羊(Caprahircus)包括西农萨能奶山羊、关中奶山羊、陕南白山羊、安哥拉山羊和波尔山羊173个个体FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性(SNP)。结果未发现SNP位点。测序后获得山羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列,并在NCBI数据库中获得GenBank登录No.DQ069909和DQ069910。通过DNA序列分析发现,FSHR基因第10外显子第120位碱基不存在C→T的转换,也不存在颠换等其它遗传变化。山羊、绵羊(OvisariesL.)和普通牛(Bostaurus)FSHR基因第10外显子序列同源性比较和聚类分析结果表明,山羊、普通牛和绵羊该部分序列的相似性最高为99.3%;在物种间比较中,绵羊和普通牛纯合子该基因外显子序列的不相似性最高为3.4%;据FSHR基因外显子序列构建的分子系统树结果显示,山羊、绵羊和普通牛物种内的个体各自聚为一类;山羊和绵羊先聚为一类,然后再与普通牛聚为一类。提示FSHR基因第10外显子的核苷酸序列适合于物种间的动物分子树的构建。     

山羊雌激素受体(ESR)基因部分外显子多态性分析

雌激素受体(estrogen receptor,ESR)与雌激素专一性地结合,并通过与雌激素的相互作用来调节生殖机能相关基因的表达,在动物繁殖中起着重要作用。研究采用PCR-SSCP和测序方法分析ESR基因外显子1、4在部分山羊(Capra hircus)品种中的单核苷酸多态性,并研究该基因对山羊繁殖力的影响。结果表明：ESR基因外显子1、4在所检测的济宁青山羊、波尔山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊中均不存在多态性;山羊扩增片段核苷酸和氨基酸序列与人、牛、猪、马、绵羊、大鼠、小鼠和鸡8个物种的同源性分别为51.3%～97.3%和64.5%～98.3%;山羊ESR基因氨基酸序列存在2处特有突变,分别是外显子1第81位插入一个脯氨酸(P)和外显子4第4位由天冬氨酸突变为天冬酰胺(D4N)。哺乳动物ESR基因外显子1、4序列保守性强,该区域可能不是影响山羊高繁殖力的功能结构域。