特殊广亲和系GC13的SSR聚类及与杂种育性相关位点分析

为了阐明GC13的特殊广亲和性遗传机理,从分子水平上分析GC13的籼粳聚类,通过用70对SSR引物对GC13及5个籼稻、5个粳稻和5个广亲和品种进行聚类分析。结果表明,GC13归入粳稻类型,与籼型品种及广亲和品种的亲缘关系较远,并在GC13中定位到两个与育性相关的位点,其一与第6染色体上RM225紧密连锁,根据所在染色体位置,推测此位点与S5等位,且GC13在此位点上的等位基因为S5-n;其二与第8染色体上RM408连锁,暂命名为Sg(t),GC13在此位点上携带Sg(t)-i等位基因,与IR36一致。S5位点的效应大于Sg(t)。     

Analysis of Daylength and Temperature Characteristics of Fertility Conversion of 13 Newly Developed Genetic Male Sterile Lines of Rice

Based on 13 genetic male sterile lines of paddy rice newly-developed in academies of agricultural sciences of China, study was undertaken of the determination of ecological conditions for their fertility conversion in terms of the leveling of daylength and temperature and a fertility quantifying model in the context of observed bagged seedlings (in percentage) through self mating by pollen inside, daylength and temperature from the experiments with sowing by stage in three different latitude zones, i. e., at Sanya of Hainan Province, Guiyang of Guizhou and Wuhan of Hubei. Results show that five sterile lines are temperature-sensitive with the fertility conversion temperature below 24 ℃, two of the daylength-sensitive sterile lines have conversion daylength of ＞ 12. 4 h, suggesting their almost full sterility, and one of the photo- and temperature-sensitive lines needs shorter daylength either at high or at low temperature for fertility conversion. These eight sterile lines are of productive significance.     

基于SSR标记13个紫苏品种(系)的亲缘关系及遗传多样性

为紫苏种质资源利用提供参考,利用14对SSR引物对13个紫苏品种(系)提取的DNA进行PCR扩增,并对其亲缘关系进行鉴定与遗传多样性分析。结果表明:1)从13个紫苏品种(系)中共检测出51条清晰DNA条带,其中多态性条带47条,占92.16%。2)13个紫苏品种(系)的遗传距离为0.086~0.576,平均遗传距离为0.336;遗传相似性系数为0.424~0.914,平均遗传相似性系数为0.654。3)在遗传距离(SM)为0.59时,13个紫苏品种(系)可聚为2类群。类群Ⅰ为开阳紫苏(CK)1个品种(系),类群Ⅱ包括奇苏1~6号及其原种1~6号共12个品种(系)。在SM为0.67时,类群Ⅱ又可分为2部分,第1部分包括奇苏1号和奇苏6号及其原种1号和原种6号共4个品种(系);第2部分包含奇苏2~5号及其原种2~5号共8个品种(系)。在SM为0.80时,原种2号、原种3号和原种4号的亲缘关系最近,但经系选改良后,其亲缘关系已有一定距离。     

基于SSR和ITS标记的杨树多态性及聚类分析

为研究杨树多样性和不同分子标记技术间的差异与联系,采用SSR和ITS标记分析12个杨树样品的DNA多态性,并在遗传距离的基础上对这两种标记方法进行相关性分析。SSR标记表明,13对引物共扩增条带54条,多态性条带51条,PIC值为0.36~0.76,能较好的区分不同样品。ITS分析结果显示,供试杨树之间差异不仅表现在碱基的差异,也表现在序列长度的差异。利用这两种标记方法对所有样品进行聚类分析发现,二者在派别间分类基本一致,但在细微分类中SSR标记相对于ITS技术能更准确的鉴别出来源相同或相似的植株个体。两种标记方法相关性分析表明,二者显著相关,相关系数R达到0.593(P=0.01,n=66,rα=0.314 966)。由此可见,它们均可用作杨树品种鉴定,同时结合这两种分子标记的遗传差异,可为快速准确的鉴定杨树资源提供技术依据。     

高粱A_2细胞质雄性不育恢复基因的SSR标记分析

用SSR(Short Sequence Repeat,短序列重复)分子标记技术对高粱A2细胞质雄性不育(CMS)恢复基因进行了分析,结果表明对A2CMS的育性恢复表现为基因多位点的独立作用。在三个高粱杂交组合A2V4×1383-2、A2V4×晋粱5号和A2Tx622×晋粱5号中,至少有3个不同的基因位点与A2CMS的育性恢复有关。恢复系核基因组中只要有一个显性位点的存在,与线粒体基因相互作用,便能够使育性得到恢复。SSR标记分析发现,在A2Tx622×晋粱5号和A2V4×晋粱5号的F2群体中,分别找到标记Xtxp65和Xtxp141与育性共分离,标记与恢复基因位点的遗传距离分别为9.1 cM和13.4 cM,分别位于高粱5号(SBI-05)和10号染色体(SBI-10)上。     

苹果基因组SSR位点分析与应用

 【目的】通过对‘金冠’苹果基因组SSR位点的统计分析,为蔷薇科果树应用SSR分子标记进行高通量的遗传分析提供理论与实践基础。【方法】运用NCBI数据库中‘金冠’苹果基因组数据,分析其SSR位点分布情况,并根据SSR位点的搜索结果,设计68对引物（每条染色体设计4对）,利用苹果品种对所设计引物进行应用性验证并利用梨杂交群体进行通用性检测。【结果】苹果基因组中SSR序列主要是完全重复型,17条染色体共存在163 426个SSR位点,平均每隔3.22 kb存在1个。单核苷酸至三核苷酸重复基序在染色体水平上分布较均匀,而四核苷酸至六核苷酸重复基序的分布差异较大。单核苷酸与二核苷酸重复基序所占比例最大,两者占基因组内SSR位点总数的91.67%,单核苷酸重复基序主要以A/T重复为主,二核苷酸的重复基序主要以AT/TA重复为主。在苹果品种中验证所设计的68对引物,有62对可以扩增出预期目的片段,37对存在扩增多态性。在梨杂交群体上应用所设计的68对引物,有40对具扩增目的片段,其中16对具扩增多态性。【结论】苹果基因组内SSR分布呈现一定的规律性,初步验证SSR位点在亲缘关系较近的物种间高度保守并可以通用,基于基因组数据发掘SSR位点用于后续的相关遗传研究具有可行性。     

美国大灵芝（Ganoderma oregonense）转录组SSR位点的生物信息学分析

为了解美国大灵芝（Ganoderma oregonense）转录组中的简单重复序列（simple sequence repeat,SSR）位点信息,并为开发灵芝分子标记辅助育种技术奠定基础,将高通量转录组测序获得的美国大灵芝转录组数据通过Trinity软件拼接组装,再利用MISA软件分析其SSR位点信息。随后采用Primer 3根据SSR位点设计特异性鉴别引物,并以灵芝DNA为模板,对其有效性进行验证。共获得65 064条单基因簇（unigene）,在其中2 981条unigene中检测到3 380个符合软件参数的SSR位点,发生频率为5.19%,平均分布距离为12.60 kb。美国大灵芝转录组SSR位点总长度为52 168 bp,平均长度为15 bp。单核苷酸、三核苷酸是美国大灵芝转录组SSR的主要重复类型,分别占总SSR的35.33%和38.67%。SSR基元重复次数范围为5~73次,其中5次重复的发生次数最高。SSR重复基元共有98个类型,其中C/G是最常见的重复基元,比例为17.72%,其次是A/T,比例为17.60%。针对3 380个SSR位点设计出2 324对SSR引物,随机选择15对引物对3种灵芝栽培品种进行PCR扩增,10对引物可稳定扩增出条带,其中8对在3个灵芝栽培品种中表现出多态性。说明美国大灵芝转录组SSR位点多态性丰富,对灵芝的功能基因挖掘、分子标记辅助育种开发以及遗传多样性分析等具有重要意义。     

三十份特异玉米自交系的SSR聚类分析

以代表中国温带玉米主要杂种优势群的4个标准测验种(掖478、丹340、Mo17和黄早四)与筛选出适宜浙江省的30份特异玉米自交系为材料,利用SSR分子标记技术进行聚类分析。选用40对玉米SSR核心引物进行多态性扩增,在供试材料中共检测到169个等位基因变异,平均多态性信息量为063。其中26份自交系划为5个杂种优势群,8份自交系单独划为1个混合类群。     

SSR标记对人工老化条件下玉米耐储藏性QTL的定位分析(英文)

[目的]通过SSR标记分析人工老化条件下玉米耐储藏性QTL。[方法]利用沈137和02-50组合衍生的重组自交系群体(F2)对人工加速老化的玉米种子进行发芽试验及耐储藏性QTL分析。[结果]两亲本具有多态性,在第1、6、9染色体上检测到3个耐储藏QTL,能解析总表型变异的41.2%。[结论]为分子标记辅助选择耐储藏玉米品种提供一定的理论基础。     

基于黄地老虎转录组测序的SSR和SNP特征分析

【目的】基于黄地老虎转录组测序结果,对其SSR及SNP位点信息进行分析。【方法】对黄地老虎总RNA进行提取,使用Illumina平台对转录组进行测序,利用MISA和GATK软件分别对黄地老虎转录组的SSR和SNP位点特征信息进行分析。【结果】黄地老虎转录组数据库包含66 469条Unigene序列。利用MISA对Unigene序列进行搜索,得到SSR位点4 438个,分布于4 048条Unigene序列上,占总序列的6.09%。其中,以单碱基和三碱基重复为主,分别占总重复类型的54.73%和29.29%。A/T基元是黄地老虎SSR的优势基元。SSR基元包含4～24次重复,以5次重复（21.67%）为主。SSR位点序列长度为12～127 bp,包含3 493个中等多态性位点、820个高度多态性位点。利用GATK对Unigene序列SNP位点进行搜索,得到转换类型（237 619个）和颠换类型（133 529个）共371 148个。C/T占SNP位点总数的18.61%,比率最高;G/A位居其次（18.28%）,均属于转换类型。转换类型（64.02%）显著高于颠换类型（35.98%）。【结论...     

野生大豆育成品种与其亲本间的SSR聚类分析

采用分布于大豆(Glycine max)全基因组的90对SSR引物,对来自全国在生产上大面积推广应用的具有野生大豆(Glycine soja)血缘的10个大豆育成品种及其17个亲本材料进行聚类和遗传距离分析。结果表明,当遗传相似系数为0.67时,所有供试材料被分成三类,即育成的大豆品种与其栽培大豆亲本聚为一类,野生大豆亲本在三类中均有分布;野生大豆亲本与栽培大豆亲本间的遗传距离0.177 6野生大豆亲本与育成大豆品种间的遗传距离0.149 0栽培大豆亲本与育成大豆品种间的遗传距离0.092 9。表明野生大豆与栽培大豆间有较大的遗传差异性,应用遗传基础不同及遗传差异性较大的野生大豆与栽培大豆之间进行杂交选择,进而拓宽大豆的遗传基础、丰富大豆遗传多样性是有效和可行的。     

50 份黄瓜核心种质的 SSR 标记筛选与聚类分析

【目的】分析 50 份来自全国各地的黄瓜核心种质资源的遗传多样性,为黄瓜育种提供依据和参考。【方法】对 50 份黄瓜核心种质资源的重要外观农艺性状进行统计,并利用全基因组设计 66 对 SSR 引物对其进行分子标记筛选及遗传多样性聚类分析。【结果】供试 50 份黄瓜核心种质材料的瓜皮颜色、刺瘤、瓜皮斑纹具有多样性。66 对引物中有 32 对引物能够在不同黄瓜种质间扩增出清晰而稳定的多态性标记,这 32 对 SSR 引物共扩增出 280 个等位基因片段,其中多态性片段 216 个、占片段总数的 77.1%,表明本研究筛选出的 32 对 SSR 引物遗传多态性较高,适用于黄瓜种质材料的遗传多样性分析。聚类结果与所调查的种质资源性状表现结果较为一致。50 份黄瓜核心种质遗传相似系数最低为 0.62、最高达 1.00。在遗传相似系数 0.754 处,50 份黄瓜种质材料聚为 7 类,即 9 份华南型材料聚为 6 类：I 类、III 类、IV 类、V 类、VI 类、VII 类,其中 IV 类包含 1 份中间材料与 9 号华南型材料;40 份华北型黄瓜材料聚为 1 类：II 类。表明华北型黄瓜材料和华南型黄瓜材料间相似系数低、亲缘关系远;华北型黄瓜材料间相似系数高、亲缘关系近、遗传背景窄、遗传多样性差;而华南型黄瓜材料间相似系数较低、亲缘关系较远、遗传背景宽、遗传多样性丰富。【结论】筛选出 32 对 SSR 引物可有效对 50 份黄瓜核心种质材料进行聚类分析,遗传相似系数为 0.754 处 50 份黄瓜材料聚为 7 类,其结果与性状调查结果相吻合;华北型黄瓜遗传背景窄、遗传多样性差,华南型黄瓜遗传背景相对较宽,遗传多样性丰富。     

基于SSR标记对65份大白菜自交系的聚类分析

以65份自育的大白菜自交系为试验材料,进行多样性分析和类群划分。利用26对SSR分子标记分析供试材料遗传多样性,并利用SSR分子标记聚类方法进行大白菜自交系的组群划分研究。SSR标记多样性分析表明,平均Nei基因多样性指数为0.541 5,平均Shannon多态性指数为0.913 5,说明供试材料有较高的遗传多样性。SSR分子标记聚类将65份大白菜自交系划分为5个类群。SSR标记聚类结果真实地反映了种质资源内在基因组的多样性,可以将系谱来源相同的材料聚类在同一类群,对于杂种优势预测和亲本选择均有指导意义。     

基于高通量测序的北柴胡根转录组SSR位点信息分析

以北柴胡根为试材,采用高通量转录组测序方法,获得uingene序列信息,研究分析SSR分布、基元特征,设计、验证EST-SSR引物的有效性,为开发、丰富EST-SSR分子标记奠定基础。结果表明：从北柴胡根转录组中共筛选到31 176个SSR位点,分布于21 732条unigenes,出现的频率为20.08%,分布密度为3.20个/10 kb,主要重复基元类型以二核苷酸最为丰富,共21 056个,占SSR位点总数的67.54%;其次是单核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR的19.05%和12.07%;四核苷酸～六核苷酸重复基元数量均较少。不同核苷酸基序类型共有131种基元,重复基元次数在5～11次的数量最多,占SSR总数的91.7%,且长度基本小于15 bp,其中AT/AT和AC/GT这两种基元在二核苷酸中出现频率最高。2 064条和1 004条含有SSR位点的unigenes分别注释到GO和KEGG通路,获得注释的基因功能主要与基础代谢相关。从22 090对具有潜在多态性的EST-SSR引物中,随机挑选20对引物对3个北柴胡种质DNA进行PCR扩增,扩增成功率最高达85%。北柴胡根转录组S...     

苦荞全基因组SSR位点挖掘及遗传多样性分析

苦荞是一种重要的杂粮作物.利用GenBank数据库中苦荞的8条染色体基因组序列进行SSR标记挖掘,并基于Primer 3.0设计SSR引物,筛选多态性高的引物进行遗传多样性评价.共检测到51 485个SSR位点,平均发生频率为114.07 Mb-1,二核苷酸重复型最多(78.20％),其次为三核苷酸重复型(17.76％...     

普通烟草及其祖先种基因组SSR位点分析

【目的】普通烟草(N.tabacum,2n=24Ⅱ=48 TTSS)及其2个祖先种-绒毛状烟草(N.tomentosoformis,2n=12Ⅱ=24 TT)和林烟草(N.sylvestris,2n=12Ⅱ=24 SS)基因组SSR位点信息的统计分析,有助于烟草属植物的遗传分析。【方法】从公共数据库NCBI(National Center for Biotechnology Information)中下载上述3个烟草基因组数据,应用SSRIT和TRF软件分析其各自SSR位点分布特征,每个基因组随机合成50对SSR引物扩增多态性。【结果】在绒毛状烟草基因组、林烟草基因组和普通烟草基因组中分别获得218 081、263 478和397 432个SSR总位点,其间的平均距离分别为7.52、7.78和9.06 kb。绝大部分的SSR位点分布在内含子和UTR(尤其是5′-UTR)区域;以2核苷酸和3核苷酸类型为主,占基因组内SSR位点总数目的 2/3以上,其中,2核苷酸类型丰度最高;含有A(T)n基序结构的频率及数量最高;除单核苷酸类型外,重复次数多在3—10。150对合成的引物对8个烟草种DNAs进行PCR反应,所有材料均能扩增出清晰稳定的目标片段,其中36对引物显示多态性。【结论】绒毛状烟草、林烟草和普通烟草基因组内SSR呈现一定的分布特征,表明SSR位点在亲缘关系相对较近的烟草种间具有高度保守性。     

小麦-中间偃麦草异代换系的细胞学和SSR标记鉴定

中间偃麦草含有丰富的优良基因,在小麦的遗传改良中具有重要利用价值。对从八倍体小偃麦TAI-7045与普通小麦复合杂交后代中选育的小麦种质系CH-9916进行细胞学鉴定,其根尖细胞染色体数目为2n=42,为六倍体普通小麦,在苗期和成株期CH-9916对条锈病均表现免疫,中抗白粉病。通过SSR标记鉴定分析,其可能是由偃麦草的染色体代换了小麦的2D染色体。以上结果表明,种质系CH-9916可能是一个异代换系。     

玉米SSR连锁图谱构建和粗缩病抗性QTL的初步定位

以玉米自交系80007和80044为亲本衍生的RIL群体构建连锁图谱,对205个F5∶6家系成株期的粗缩病抗性进行鉴定。所构建的连锁图谱共拟合173个SSR标记位点,覆盖基因组919.87 cM,标记间平均距离为5.32 cM。应用完备区间作图法（ICIM）进行QTL分析,结果表明：在泰安环境下检测到5个QTLs,分布在第1、2和第5染色体上,可分别解释4.69%～17.74%的表型变异;在肥城环境下检测到3个QTLs,分布在第1和第2染色体上,可分别解释4.95%～9.13%的表型变异。其中,定位于第2染色体的QTL在两个环境下均被检测到,分别解释抗粗缩病表型变异的17.74%和8.76%,可做进一步精细定位和克隆。     

13份烟草种质遗传多样性与亲缘关系的SSR分析

利用10对引物对吉林省11份晒烟种质和2份烤烟种质进行遗传多样性与亲缘关系的SSR分析,并作为参比。结果表明,10对引物共扩增出53条带,其中多态性条带45条,占扩增总带数的85%。不同种质间遗传相似系数介于0.321～0.893,表现出丰富的遗传多态性。聚类分析结果表明,烤烟与晒烟之间的遗传差异明显,而晒烟种内遗传基础相对狭窄。