鮸鱼应激蛋白STI1基因克隆及表达分析

根据获得的鮸鱼应激蛋白(stress-inducible protein I,STI1)基因的EST序列,克隆测序获得鮸鱼STI1基因的全长cDNA序列。鮸鱼STI1基因全长为2 194bp,包括5’非翻译区31bp,3’非翻译区634bp,开放阅读框1 629bp,编码542个氨基酸。根据氨基酸序列推测鮸鱼STI1分子中含有5个酪氨酸激酶磷酸化位点,1个多聚脯氨酸识别位点,2个核定位信号识别位点,9个TPR结构域。对物种间STI1基因比对表明,鮸鱼存在保守的半胱氨酸位点,与其他物种STI1基因的相似性在76.5%～94.3%之间。用邻接法构建的STI1基因的系统发育树表明,硬骨鱼类的STI1基因形成独立的一支,其中鮸鱼与大黄鱼的STI1基因同源性最高。荧光定量PCR结果显示,鮸鱼STI1基因的mRNA主要分布于肌肉和肾脏中。     

葡萄EST-SNP位点的信息与特征

为了从不同基因型葡萄组织的表达序列标签(EST)中得到候选单核苷酸多态性(SNP)位点,从NCBI的dbEST数据库中下载来源于9个不同葡萄基因型的不同组织EST序列42 493条,利用CAP3软件拼接得到6 126个重叠群(contig),将拼接结果导入QualitySNP进行SNP筛选;同时,为提高候选SNP位点的可靠度,降低小规格contig开发SNP的假阳性率和大规格contig开发SNP的假阴性率,设置候选SNP位点的次要等位基因频率至少为30%,SNP侧翼序列保守度至少为5bp。结果表明:仅在1 195个contig中存在候选SNP位点,共5 032个,其中包括1 800个颠换类型,2 896个转换类型,336个单碱基的插入与缺失(indel),SNP的平均出现频率为4.2SNP.contig-1。利用CAPS(酶切扩增多态序列)分子标记和重测序方法对其中几个候选SNP位点进行验证表明,符合人工筛选原则且来自于小规格contig的候选SNP位点检测结果较好,可靠度最高。     

梅、杏、桃EST同源序列特征分析及EST-SNP发掘

通过生物信息学手段,下载GenBank数据库中已公布的梅、杏、桃3个物种EST序列各4 660、15 388、82 583条,利用CAP 3软件拼接后序列分别为4 456、5 595和24 243条。经比对发现,同源序列592条,同源序列的总长度为235 576 bp,平均长度和同源性分别为437.67 bp和97.50%;进行Blast比对后发现,所有同源序列中有340个具有相应的功能注释,183个为未知功能蛋白,其余69个为没有相应序列信息的新基因;在所有同源序列中共发现8 818个SNP,总频率为每SNP26.71 bp,并以转换和颠换为主。同时,对3个物种的同源序列进行两两比较发现,SNP数量明显少于这三者比较的结果。利用所有SNP对梅、杏、桃3个特种进行聚类分析,结果表明,梅、杏的亲缘关系较近,而两者与桃亲缘关系较远。     

葡萄EST‐SNP位点的信息与特征

为了从不同基因型葡萄组织的表达序列标签(EST)中得到候选单核苷酸多态性(SNP)位点,从NCBI的dbEST数据库中下载来源于9个不同葡萄基因型的不同组织EST序列42493条,利用CAP3软件拼接得到6126个重叠群(contig),将拼接结果导入QualitySNP进行SNP筛选;同时,为提高候选SNP位点的可靠度,降低小规格contig开发SNP的假阳性率和大规格contig开发SNP的假阴性率,设置候选SNP位点的次要等位基因频率至少为30%,SNP侧翼序列保守度至少为5bp.结果表明:仅在1195个contig中存在候选SNP位点,共5032个,其中包括1800个颠换类型,2896个转换类型,336个单碱基的插入与缺失(indel),SNP的平均出现频率为4畅2SNP爛contig-1.利用CAPS(酶切扩增多态序列)分子标记和重测序方法对其中几个候选SNP位点进行验证表明,符合人工筛选原则且来自于小规格contig的候选SNP位点检测结果较好,可靠度最高.     

鮸鱼提取物对鲜红虾保鲜效果的研究

以感官品质、pH、挥发性盐基氮(TVB-N)、细菌总数等为质量指标分别比较了相同浓度下鮸鱼提取物、壳聚糖、鮸鱼提取物+壳聚糖溶液在4℃下对虾类的保鲜效果。结果表明,与对照组即仅经过蒸馏水处理相比,鮸鱼提取物和壳聚糖的混合溶液涂膜具有良好的抗菌作用和抗氧化活性,能有效抑制微生物的生长及延缓脂肪氧化,从而延长虾类的保鲜期。     

鮸鱼全长均一化cDNA文库的构建及EST序列信息学分析

采用双链特异性核酸酶(DSN)均一化技术与SMART技术相结合,以经过鳗弧菌感染后获得的娩鱼脾脏材料构建均一化全长cDNA文库.该原始文库约含有7.5×106个重组子,插入片段在1～3kb之间,文库滴度为1.6×106 CFU.mL-1.从文库中随机挑选5 952个克隆进行测序,共获得5 053条表达序列标签(EST),其中高质量序列4 609条.对序列进行组装后,发现非冗余基因序列3 221条,重叠群656个,单拷贝序列2 565条,冗余率为30.11％.对全部序列分析后发现,其平均读长为550 bp,大部分序列长度在500～599 bp之间,GC含量大部分分布于40％～60％之间.1 397个基因能够进行GO( gene ontology)功能注释,并初步筛选到大量与免疫功能相关的蛋白家族及功能域的基因序列,为进一步娩鱼分子育种奠定了基础.     

鮸鱼仔稚鱼早期发育的研究

对人工培育条件下鱼仔稚鱼的早期各发育阶段的形态特征进行了描述。鱼初孵仔鱼的平均体长1.95 mm(1.88~1.98 mm),在水温24.6~24.9℃,盐度26~30条件下初孵仔鱼至孵化后4日龄为卵黄囊仔鱼,5~14日龄为前弯曲期仔鱼,15~28日龄为弯曲期仔鱼,29~40日龄为后弯曲期仔鱼,41日龄开始进入稚鱼期。各鳍发育的体长范围在3.63~10.38 mm,进入稚鱼期完成了所有鳍的发育。鱼的早期发育中头背部不出现枕骨棘。自卵黄囊期后阶段开始到稚鱼期,在尾部中央侧面和腹缘具1个或数个星状的色素,是鱼早期发育阶段最重要的形态特征,可以作为鉴别鱼仔稚鱼的特征。     

舟山鮸鱼资源的发展现状及其可持续发展对策

分析舟山鮸鱼资源的发展现状以及存在的问题,在鮸鱼产业发展的出路方面给出了对策,即增产量保安全、拓展销售市场、运用酶解的方法制备具有抗氧化活性的鮸鱼鱼肉多肽。这些对策为鮸鱼鱼肉在食品和药品等领域的开发提供了良好的前景。该项目的研究不仅可以加快开发舟山的鮸鱼资源、产生一定的经济效益、实现鮸鱼产业的可持续发展,而且对其他海洋蛋白资源的可持续发展起到示范作用。     

鮸鱼仔稚鱼早期发育的研究

对人工培育条件下鱼仔稚鱼的早期各发育阶段的形态特征进行了描述。鱼初孵仔鱼的平均体长1.95 mm(1.88~1.98 mm),在水温24.6~24.9℃,盐度26~30条件下初孵仔鱼至孵化后4日龄为卵黄囊仔鱼,5~14日龄为前弯曲期仔鱼,15~28日龄为弯曲期仔鱼,29~40日龄为后弯曲期仔鱼,41日龄开始进入稚鱼期。各鳍发育的体长范围在3.63~10.38 mm,进入稚鱼期完成了所有鳍的发育。鱼的早期发育中头背部不出现枕骨棘。自卵黄囊期后阶段开始到稚鱼期,在尾部中央侧面和腹缘具1个或数个星状的色素,是鱼早期发育阶段最重要的形态特征,可以作为鉴别鱼仔稚鱼的特征。     

基于EST序列的杨树候选SNPs标记分析

利用生物信息学方法对来自2个不同cDNA文库的2万余条杨树EST序列进行了候选SNPs标记.研究结果表明,在获得的94个碱基替代型候选SNPs中,A/G替换类型最多,占32.98%,C/T替换型占13.83%,其它碱基置换型SNPs占53.20%.同时,对其中20个候选SNPs位点的重新测序结果表明,有13个(占65%)候选sNPs位点得到证实,其中,11个位点为碱基替代型SNPs,另外2个为杂合型位点.     

日本沼虾EST-SNP的筛选及多态性检测

利用EST数据库开发SNP是筛选SNP标记的重要途径。本研究利用日本沼虾现有EST数据开发SNP标记—从NCBI获得8 458条EST序列;Seqclean软件去除序列中的载体、引物和接头等污染序列,得到8 453条EST序列;利用Quality SNP软件对预处理后序列中含有4条以上同源序列重叠群进行分析,在含有4条以上同源序列的1 055个重叠群中,筛选得到可靠SNP(Reliable SNPs)位点705个,较可信SNPs(High confidence SNPs)905个,潜在SNPs(Potential SNPs)1 144个。根据候选SNP位点设计28对引物,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,基因分型验证44个太湖个体,13对引物具有二等位基因多态性,观测杂合度和期望杂合度范围分别为0.259~0.745和0.255~0.728。结果表明,EST数据库中存在大量SNP位点,筛选的SNP标记可用于日本沼虾遗传学分析。     

舟山鮸鱼群体遗传多样性的AFLP研究

利用AFLP分子标记技术对舟山近海海域野生亲代和人工繁育子一代(F1)的2个鮸鱼(Miichthysmiiuy)群体遗传多样性进行分析研究。结果表明:8对选择性引物在2个群体60个个体中,共扩增出505条清晰条带,其中多态片段为369条,总的多态位点比例为73.07%。亲代和F12个群体的多态位点数,多态位点比率,Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息多样性指数分别为367、349、72.51%、68.86%、0.422 2、0.4139。两群体内遗传相似系数亲代为0.987 6,子代为0.971 5。鮸鱼亲代群体的Nei’s遗传多样性指数、遗传相似度和Shannon信息多样性指数比子代群体的都要高。群体间的遗传相似系数和遗传距离分别为0.979 6、0.020 6;基因分化系数Gst为0.022 3,群体间无显著遗传分化;经分子方差(AMOVA)分析,结果表明97.78%的遗传变异来源于群体内个体间,群体间无显著遗传变异。     

舟山(鱼免)鱼群体遗传多样性的AFLP研究

利用AFLP分子标记技术对舟山近海海域野生亲代和人工繁育子一代(F1)的2个鮸鱼(Miichthysmiiuy)群体遗传多样性进行分析研究。结果表明:8对选择性引物在2个群体60个个体中,共扩增出505条清晰条带,其中多态片段为369条,总的多态位点比例为73.07%。亲代和F12个群体的多态位点数,多态位点比率,Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息多样性指数分别为367、349、72.51%、68.86%、0.422 2、0.4139。两群体内遗传相似系数亲代为0.987 6,子代为0.971 5。鮸鱼亲代群体的Nei’s遗传多样性指数、遗传相似度和Shannon信息多样性指数比子代群体的都要高。群体间的遗传相似系数和遗传距离分别为0.979 6、0.020 6;基因分化系数Gst为0.022 3,群体间无显著遗传分化;经分子方差(AMOVA)分析,结果表明97.78%的遗传变异来源于群体内个体间,群体间无显著遗传变异。     

鱼仔稚鱼早期发育的研究

对人工培育条件下     

(鱼免)鱼仔稚鱼消化系统的组织学研究

利用石蜡包埋连续切片技术，通过对1～40日龄鮸鱼仔稚鱼消化系统组织学发育的观察，探讨了鮸鱼仔稚鱼期不同发育阶段的消化器官组织学结构变化及卵黄囊的吸收机制。在水温为17．3～24．9℃的条件下，初孵仔鱼消化管仅为一细长的线状管，位于卵黄囊上方。3日龄仔鱼消化管基本上贯通，变长，肝脏、胰脏出现。4日龄仔鱼卵黄囊完全被吸收，消化管完全贯通，开始摄食。消化管明显分化成食管、胃、肠，此时开始进入外源型营养阶段。9日龄仔鱼，粘膜层出现胃小凹及粘膜褶皱。25日龄仔鱼，胃腺出现，粘膜褶皱增多。28日龄仔鱼，消化系统从结构和功能上趋于完善。本文分析了鮸鱼仔稚鱼消化系统的早期发育特点与摄食、营养方式的关系．并比较了鱼类肝脏、胰脏的组织学发育特点。