红鲌属3种鱼类线粒体细胞色素b基因片段序列分析

测定了红鲌属的翘嘴红鲌、青梢红鲌和蒙古红鲌细胞色素b基因片段序列(1 091 bp), 对其碱基组成变异情况及核苷酸序列差异进行了分析, 并以红鳍鲌为外类群, 用邻接(NJ)法和非加权算术平均对数(UPGMA)法构建系统关系树. 结果表明: ① 4种鱼(包括外类群)Cyt b基因片段序列碱基平均差异为6.2%, 变异位点184个, 具有简约性信息位点141个, 平均转换颠换比为7.4; ②测定的红鲌属3种鱼形成一个单系群, 其中翘嘴红鲌与青梢红鲌亲缘关系较近.     

红鲐属三种鱼类线粒体细胞色素b基因片段序列分析

本文测定了红珀属的翘嘴红约、青梢红铂和蒙古红铂细胞色素b基因片段序列（1091bp）,对其碱基组成变异情况及核苷酸序列差异进行了分析。并以红鳍珀为外类群,用NJ法和UPGMA法构建系统关系树。结果表明：（1）四种鱼（包括外类群）Cytb基因片段序列碱基平均差异为6．2％,变异位点184个,具有简约性信息位点141个,平均转换颠换比为7．4;（2）本文测定的红鲐属三种鱼形成一个单系群,其中翘嘴红珀与青梢红珀亲缘关系较近。     

[鱼骨]属三种鱼类细胞色素b基因片段序列分析

用酚／氯仿提取法提取了唇[鱼骨]、花[鱼骨]和长吻[鱼骨]鱼鳍组织的总DNA,利用特异引物进行PCR扩增,得到1140bpCyt b基因片段,纯化后进行测序。所得同源序列用Mega3．1软件分析,并结合鮈亚科其它种类Cytb基因序列用NJ法和UPGMA法构建系统树。结果表明：（1）三种鱼Cytb基因片段序列碱基平均差异百分比为13．7％,变异位点201个,转换颠换比为4．6;（2）[鱼骨]属三种鱼类成一单系群,唇[鱼骨]与花[鱼骨]亲缘关系较近。     

鲂属鱼类细胞色素b片段序列分析

采用特异性引物PCR扩增获得了鲂属4种鱼类及长春鳊的Cyt b片段序列,并运用MEGA 3.1软件进行了序列分析,通过NJ法、UPGMA法构建了系统发育树。结果表明:鲂属4种鱼类与长春鳊分别聚类为2支,但鲂属4种鱼类的聚类在2个系统发育树中存在差异;三角鲂与厚颌鲂的聚类不明确。该研究结果可为深入探讨鲂属鱼类的系统分类与重新整理提供依据。     

柞蚕线粒体Cyt b基因片段的序列多态性分析

以22个柞蚕品种（品系）为材料,采用PCR技术分别扩增其线粒体DNA（mtDNA）的细胞色素b基因（cytb）,测定5’端485bp的核苷酸序列,并采用Dnaman软件进行分析,结果表明：供试22个柞蚕品种可分成2组,2组之间只在294bp处有一个差异位点。从GenBank中调取柞蚕豫早1号品种Cyt b基因的5’端相应序列（AY242996）,与本试验测得的柞蚕青黄1号和青6号对应的核苷酸序列进行了同源性比较。结果表明：青黄1号和青6号的同源性达99．8％,青黄1号和豫早l号的同源性达98．6％,青6号和柞早1号的同源性达98．8％。可见,不同柞蚕品种的表型虽然不同,但在cytb基因水平上其核苷酸序列的组成却是高度一致。供试品种间的亲缘关系很近,同源性较高。     

两种鲷属鱼类线粒体COI基因片段序列的比较

利用通用引物成功扩增了黄鳍鲷和黑鲷的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基（COI）基因序列。通过序列测定,得到581bp的基因片段,碱基A、T、G、C平均含量分别为25．8％、32．6％、18．0％和23．6％,序列中的A＋T含量明显高于G＋C含量,与其他鱼类的C01基因片段研究结果相一致。通过序列分析发现黄鳍鲷和黑鲷两序列共存在14处碱基变异,其中在第19～139bp之间检测到13个变异位点,是变异频率较高的区段,可以考虑作为鲷属或者种群鉴别的分子标记。与黄鲷、真鲷、三长棘真鲷等鱼类比较,无插入和缺失位点,转换明显高于颠换。序列差异比较结果显示,真鲷与黄鳍鲷的序列差异在这5种鱼类中最大,达到了18．2％,黄鳍鲷和黑鲷的筹异最小（2．4％）。两个序列已提交到GenBank数据库中．序列臀录号为DQ185608和DQ185609.     

两种鲷属鱼类线粒体COI基因片段序列的比较

利用通用引物成功扩增了黄鳍鲷和黑鲷的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基（COI）基因序列。通过序列测定，得到581bp的基因片段，碱基A、T、G、C平均含量分别为25．8％、32．6％、18．0％和23．6％，序列中的A＋T含量明显高于G＋C含量，与其他鱼类的C01基因片段研究结果相一致。通过序列分析发现黄鳍鲷和黑鲷两序列共存在14处碱基变异，其中在第19～139bp之间检测到13个变异位点，是变异频率较高的区段，可以考虑作为鲷属或者种群鉴别的分子标记。与黄鲷、真鲷、三长棘真鲷等鱼类比较，无插入和缺失位点，转换明显高于颠换。序列差异比较结果显示，真鲷与黄鳍鲷的序列差异在这5种鱼类中最大，达到了18．2％，黄鳍鲷和黑鲷的筹异最小（2．4％）。两个序列已提交到GenBank数据库中．序列臀录号为DQ185608和DQ185609.     

利用Cyt b基因序列研究翘嘴红鲌的系统发生

线粒体细胞色素b基因序列分析可显示种间及种内遗传差异,广泛用于种类鉴定和系统发生研究。为了阐明翘嘴红鲌与其他鳊亚科鱼类的亲缘关系,扩增并测定了翘嘴红鲌的414bp细胞色素b基因片段序列。所获序列与4种鳊亚科鱼类细胞色素b基因的相应序列进行比较,发现共有61个多态性核苷酸位点（14．73％）,大多数位点出现在密码子的第3位且主要为碱基转换。翘嘴红鲌与鳊之间的序列同源性最高,为93．48％,与广东鲂、三角鲂和团头鲂的序列同源性则分别为90．58％,90．82％,91．30％。以鲤为外群,分别利用MP法和NJ法分析上述序列数据,获得相似的系统发生树。该结果显示,翘嘴红鲌和鳊聚为1个支系,广东鲂、三角鲂以及团头鲂则聚为另1个支系,说明翘嘴红鲌与鳊的亲缘关系较近,而与广东鲂、三角鲂及团头鲂的亲缘关系则较远。     

5个罗非鱼品种(系)线粒体DNA 16S rRNA和Cyt b基因片段序列分析

对3个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)品系(埃及、无锡、吉富)和奥利亚罗非鱼(Oreochromis au-reus)以及杂交种奥吉(奥利亚♀×吉富♂)的线粒体16SrRNA和细胞色素b(Cytb)的部分序列进行了PCR扩增和序列测定,并分析了其序列差异。结果表明:PCR产物纯化后测序,16S rRNA扩增产物得到长度为596bp的基因片段,其碱基组成G+C平均含量为47.5%,序列比对分析显示变异位点13个,没有碱基的插入/缺失变异,转换/颠换比率为3.33;Cytb扩增产物测序得到659bp的同源片段,其碱基组成G+C含量平均为45.2%,无插入/缺失变异,变异位点共2个,都为转换,2处变异都发生在密码子第3位上,编码的氨基酸未发生变异。序列分析表明,尼罗罗非鱼3品系的序列完全相同,奥利亚的序列则与奥吉相同。这表明在罗非鱼线粒体DNA中,16S rRNA进化速率相对较快,而Cytb基因则高度保守,不适于研究罗非鱼种内和种间的亲缘关系和种类鉴别标记。     

中华鳖线粒体遗传变异的细胞色素b序列分析

测定并分析了长江水系14尾中华鳖(Pelodiscus sinensis)的线粒体细胞色素b基因1 140 bp序列,结合GenBank中下载的3个序列,发现了243个变异位点,61个简约信息位点:A+T含量(60.6%)明显高于G+C含量(39.4%);17个中华鳖序列中共存在10个单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.882,核苷酸多态性(Pi)为0.01002.在分子系统树上,17个样本共形成3个谱系,其中长江中下游出现遗传距离为0.023的2个谱系,谱系A由7个单倍型(共14尾)组成,谱系C由2个单倍型(共2尾)组成.韩国1尾单独为谱系B,与A、C谱系之间的遗传距离分别为0.030、0.031推测3个谱系问分化时间约为5百万年,建议分别加以保护.长汀中下游不同地理来源的个体混杂分布,没有形成明显的地理聚群,不同群体间的遗传变异大于群体内的遗传变异.中性检测Tajima's D和Fu's Fs均为显著负值,核苷酸不对称分布分析呈多峰型.表明中华鳖未经历过种群扩张.     

基于Cyt b基因序列的大叶蝉亚科部分种类分子系统学分析

为探讨吸汁类害虫大叶蝉亚科种类间的系统发生关系,选用线粒体Cyt b基因432 bp片段进行扩增、测序,分析大叶蝉亚科9属21种昆虫的系统发育关系.结果表明:Cyt b基因的多序列中,有227个核甘酸变异位点,变异率为52.5％,简约信息位点206个,占总位点数的47.7％;T、C、A、G碱基平均含量分别为38.8％、17.4％、33.2％、10.6％,A+T平均含量为72.0％,明显高于G+C含量(28.0％).T、C转换大于A、G,T、A颠换占主体.密码子第1、3位点转换已达到一定饱和.以横脊叶蝉亚科(Evacanthinae)的2种类(黑条脊额叶蝉、褐带横脊叶蝉)以及杆叶蝉(Hylicinae)作为外群,基于432 bp编码的144个氨基酸序列构建了系统树,MP树和NJ树结构基本一致,均支持大叶蝉各属的单系性,构建的系统树和雄性外生殖器一些特征演化吻合.故Cyt b基因是大叶蝉亚科属种系统发育十分有效的基因.     

海子水牛Cyt b基因序列分析

测定了18头海子水牛细胞色素b(Cyt b)基因全序列(1 140 bp)并对其进行了分析。Cyt b基因1 140个位点中,共发现10个可变位点,均为转换,其中1个位点引起氨基酸更换替代,其余可变位点均为同义替换。序列分析表明,海子水牛Cyt b基因表现出明显的碱基组成偏倚和密码子使用偏倚。研究发现,海子水牛终止密码子包括AGA和AGG两种,其中AGG为牛亚科动物Cyt b基因的终止密码子之一是国内外首次报道。18条Cyt b基因序列共定义了4种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.527,核苷酸多样性(Pi)为0.004 63,表明海子水牛的遗传多样度较高,推测海子水牛可能存在两种甚至更多不同的母系起源。     

5种壁虎科动物Cyt b基因的序列分析

以红斑大壁虎、黑斑大壁虎、蹼趾壁虎和中国石龙子为材料,采用改进的SDS/蛋白酶K裂解法提取DNA,用特异引物进行PCR扩增线粒体Cyt b基因部分序列,PCR产物经纯化后,进行序列测序。用邻接法和最大简约法构建了其系统发育关系,结果显示红斑大壁虎和黑斑大壁虎首先聚在一起,再先后与同为壁虎属的蹼趾壁虎和白脊壁虎相聚,然后与同为壁虎科的沙虎相聚,最后与石龙子科的中国石龙子相聚。     

中华绒螯蟹与合浦绒螯蟹线粒体细胞色素b基因片段的DGGE分析

[目的]探讨利用DGGE技术对中华绒螯蟹和合浦绒螯蟹遗传多样性进行分析的可能性。[方法]对中华绒螯蟹5个群体和合浦绒螯蟹1个群体共180个个体的线粒体细胞色素b（cytb）基因片段进行了PCR扩增和变性梯度凝胶电泳（DGGE）分析。[结果]所有PCR产物在DGGE电泳时共有2种迁移速率,合浦绒螯蟹所有个体的PCR产物的迁移速率相同,且中华绒螯蟹江都群体46.7%、仪征群体23.3%以及温州群体20.0%的个体与合浦绒螯蟹的迁移速率一致;而以上3个中华绒螯蟹群体的其他个体以及南京、盘锦群体所有个体的PCR产物在DGGE电泳时的迁移速率均相同,均快于合浦绒螯蟹,表明在中华绒螯蟹中混杂有合浦绒螯蟹的遗传标记类型。[结论]DGGE方法可用于绒螯蟹的遗传多样性分析。     

基于线粒体Cyt b基因的长江刀鲚群体遗传结构分析

基于线粒体Cyt b基因,通过PCR扩增技术对4个不同区段的长江刀鲚群体进行遗传结构分析,共采集分析长江刀鲚160尾,共检测出34个变异位点、31个单倍型。本研究中长江刀鲚群体单倍型多样性(H_d=0.49)接近临界水平(0.5),核苷酸多样性水平(π=0.00078)低于临界水平(0.005),雌性群体的遗传多样性水平明显高于雄性群体。长江刀鲚群体间遗传距离较小,分化程度较低。进一步分析变异组成显示:长江刀鲚群体变异主要来源于群体内,群体间变异不显著,说明长江刀鲚在遗传学上仍为一个分类单元,不存在明显的遗传分化。中性检验结果显示:长江刀鲚群体积累了较多的低频突变,DNA进化偏离中性选择,在历史上发生过历史扩张事件。基于单倍型构建的系统进化树显示31个单倍型聚为2支,单倍型Hap1～Hap13、Hap15～Hap25、Hap27～Hap31聚为一支(n=158),单倍型Hap14和Hap26聚为另一支(n=2),说明长江刀鲚群体中的极少数个体发生了基因突变,也可能是长江刀鲚群体中混杂着其他生态类型。     

基于线粒体Cyt b基因的长江刀鲚群体遗传结构分析

基于线粒体Cyt b基因,通过PCR扩增技术对4个不同区段的长江刀鲚群体进行遗传结构分析,共采集分析长江刀鲚160尾,共检测出34个变异位点、31个单倍型.本研究中长江刀鲚群体单倍型多样性(Hd=0.49)接近临界水平(0.5),核苷酸多样性水平(π=0.00078)低于临界水平(0.005),雌性群体的遗传多样性水平明显高于雄性群体.长江刀鲚群体间遗传距离较小,分化程度较低.进一步分析变异组成显示:长江刀鲚群体变异主要来源于群体内,群体间变异不显著,说明长江刀鲚在遗传学上仍为一个分类单元,不存在明显的遗传分化.中性检验结果显示:长江刀鲚群体积累了较多的低频突变,DNA进化偏离中性选择,在历史上发生过历史扩张事件.基于单倍型构建的系统进化树显示31个单倍型聚为2支,单倍型Hap1～Hap13、Hap15～Hap25、Hap27～Hap31聚为一支(n=158),单倍型Hap14和Hap26聚为另一支(n=2),说明长江刀鲚群体中的极少数个体发生了基因突变,也可能是长江刀鲚群体中混杂着其他生态类型.