4株鸡传染性法氏囊病病毒VP2基因序列分析

试验从发病鸡场分离获得4株鸡传染性法氏囊病病毒（infectious bursal disease virus,IBDV）,分别为河北株（HB）、湖北株（HUB）、山东株（SD）、山西株（SX）。通过特异性引物扩增VP2基因并进行测序,序列分析结果显示,4株病毒中,HUB、SD和SX的七肽区为S-W-S-A-S-G-S（aa 326S-332S）,其222（A）、256（I）、294（I）和299（S）位是传染性法氏囊病病毒超强毒株（vvIBDV）的4个特征性氨基酸,确定这3株病毒均为超强毒株;而HB株七肽区为S-W-S-A-R-G-S（aa 326S-332S）,其222（P）、256（V）、294（L）和299（N）位氨基酸显示该毒株属于弱毒株。进化树分析结果显示,HUB、SD和SX 3株病毒与2011年中国分离的大部分IBDV毒株亲缘关系较近,同源性在96%以上,同时与经典毒株Cro-Po/00、超强毒株GX和UK661亲缘关系很近;而HB株与减毒疫苗株D78株和B87株的亲缘关系近。本试验结果表明,IBDV目前在中国流行呈混发型,但以超强毒株为主。     

鸡传染性法氏囊病病毒XX08株VP2高变区基因的克隆与序列分析

应用反转录(RT-PCR)技术从河南新乡某鸡场分离的鸡传染性法氏囊病病毒XX08株总RNA中克隆出593bp的VP2高变区基因。序列分析表明,XX08毒株VP2高变区氨基酸序列与欧洲超强毒株UK661、日本超强毒株OKYM以及经典弱毒株D78的同源性均为96.8%。遗传进化分析表明,该毒株与超强毒株UK661和OKYM位于同一进化树。XX08毒株与超强毒株具有相似的氨基酸特征,但是222位的A被P替代,提示XX08毒株可能为中等强毒力毒株。     

鸡传染性法氏囊病TL株VP2基因克隆及部分特性分析

传染性法氏囊病病毒（Infectious Bursal Disease Virus IBDV）是引起禽免疫抑制性疾病的一种主要病原体，属于双链RNA病毒科，禽双节段RNA病毒属成员。其基因组由两个节段dsRNA（A、B）构成，大片段A长约3．4kb，编码一条多聚蛋白，该蛋白随后裂解为VP2、VP3和VP4。小片段B长约为2．9kb，编码VP1。其中VP2携带宿主保护性抗原决定簇，具有至少两到三个中和性抗原位点，可以诱导产生保护性中和抗体，并且有血清型特异性。Ⅰ型IBDV毒株的VP2cDNA核苷酸及相应氨基酸残基序列中，共同存在着一个高度可变区（AccⅠ～SpeⅠ）含有两个亲水区和一个七肽区。     

不同传染性法氏囊病病毒分离株VP2基因部分核酸序列及其编码蛋白的比较

根据已报告的传染性法氏囊病病毒（ Ｉ Ｂ Ｄ Ｖ） ｃ Ｄ Ｎ Ａ 序列,在病毒 Ｖ Ｐ２ 区域,设计 １ 对引物,并在 ２ 引物上分别加 Ｐｓｔ Ⅰ和 Ｅｃｏ Ｒ Ｉ酶切位点。对 ２ 个 Ｉ Ｂ Ｄ Ｖ 分离株 Ｊ Ｓ３ 和 Ｊ Ｓ４,用异硫氰酸胍酚氯仿抽提一步法提取病毒 Ｒ Ｎ Ａ,然后进行逆转录和 Ｐ Ｃ Ｒ 扩增,将扩增片段经酶切纯化后克隆于 ｐ Ｕ Ｃ１８ 质粒载体中,以双脱氧链末端终止法测定 ｃ Ｄ Ｎ Ａ 序列。将测定的分离株与标准对照株（ Ｓ１） Ｉ Ｂ Ｄ Ｖ Ｖ Ｐ２ 基因片段的核苷酸序列进行计算机分析比较, Ｊ Ｓ３ 与 Ｓ１ 的同源性为 ９７％ , Ｊ Ｓ４ 与 Ｓ１ 的同源性为 ９７％ , Ｊ Ｓ３ 与 Ｊ Ｓ４ 的同源性为 ９９％ 。推导编码蛋白氨基酸序列, Ｊ Ｓ３ 和 Ｓ１ 的同源性为 ９７％ , Ｊ Ｓ４ 与 Ｓ１ 的同源性为 ９６％ , Ｊ Ｓ３ 和 Ｊ Ｓ４ 的同源性为 ９８％ 。这表明在我国流行的 Ｉ Ｂ Ｄ Ｖ 毒株与标准毒株相比不仅在免疫学反应上有差异,而且在病毒核酸序列上有变异,这种变异是造成疫苗免疫失败或免疫逃避的分子基础。     

鸡传染性法氏囊病病毒地方流行株VP1基因片段的扩增及序列分析

为了解鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)地方流行毒株在基因组B节段关键序列上的分子进化情况,通过反转录PCR(RT-PCR)技术对6个IBDV不同地方分离株的VP1基因中与病毒致病型相关的一个片段(1 518bp~1 997bp,共480bp)进行扩增,并对所获得的VP1 480bp片段进行核苷酸的序列测定,与IBDV参考株和常用疫苗株的相应序列进行比较分析和绘制遗传进化树。结果表明,6个分离株与参考株在VP1RNA聚合酶基序Ⅵ和基序Ⅶ上均保守,在特征性氨基酸位点上,3个广西分离株QX0604、WZ0704和NN0603与参考的vvIBDV相同,而分离株BH111(广西)、JS17(江苏)和HUN0804(湖南)则既具有vvIBDV的位点特征,又具有经典毒株特征,但不同毒株在不同位点上表现不同;在同源性分析上,JS17、BH111、QX0604、WZ0704和NN0603等5个毒株与参考用vvIBDV毒株的同源性较高,在核苷酸和氨基酸水平上分别为92.5%~100.0%和97.5%~100.0%,但与2个常用疫苗株和经典毒株的同源性仅分别为87.9%~90.0%和96.2%~96.9%,分离株HUN0804则与经典毒株和2个疫苗株更接近;在遗传进化树上,JS17和BH111等5个分离株与vvIBDV在一个分支上,亲缘关系更近,而HUN0804则与经典毒株和2个疫苗株在另一个大分支。表明不同分离株在VP1的功能基序上保持保守,但分离株在特征性氨基酸位点上则发生了变化,大多数分离株与常用疫苗株之间的同源性较低,亲缘关系较远。     

鸡传染性法氏囊病病毒PCR检测及VP4基因序列分析

从滨州地区某养鸡场疑似鸡传染性法氏囊病病鸡初步分离到一株记为HSJ12分离株的IBDV毒株,从该分离株中提取总RNA,采用RT-PCR技术扩增VP4基因。结果表明,测序结果与GenBank中报道的IBDV VP4序列同源性在95%～99%之间。将VP4基因测序序列与GenBank上报道的23个序列进行系统遗传进化树分析,证实其与ks株同源性最近,而与23-82、OH株同源性最远。     

1株传染性法氏囊病病毒的分离鉴定及VP2基因序列分析

【目的】 研究1株传染性法氏囊病病毒（Infectious bursal disease virus,IBDV）广西分离株的毒力特征及其与VP2基因序列特征的关系,为IBDV的流行病学研究和疫病防控提供参考。【方法】 通过PCR、鸡胚传代培养、DF-1细胞的适应培养及琼脂扩散试验等方法分离鉴定病毒,并扩增其VP2基因,利用Mega 7.0、MegAlign软件将其与其他不同毒力IBDV毒株进行核苷酸及氨基酸序列比对分析,并进行SPF鸡致病性试验,用实时荧光定量PCR方法测定IBDV拷贝数变化情况。【结果】 成功分离到1株IBDV毒株,命名为GX20210126株。该毒株接种SPF鸡胚可导致鸡胚出现出血、矮化和肝脏发黄、出血及针尖状坏死;且GX20210126对DF-1具有良好的细胞适应性,可引起显著细胞病变。琼脂扩散试验显示,该毒株具有良好的抗原性,病毒液能与IBDV阳性血清之间形成白色沉淀线。VP2基因进化分析显示GX20210126株与国际标准超强毒株在同一个大的分支上,氨基酸序列相似性在86.8%~99.6%之间,其中与UK661株相似性最高,为99.6%,仅有2处氨基酸位点发生改变,即D279N和I272T。以EID₅₀为10^-3.8/0.1 mL,0.5 mL/只的剂量点眼、滴鼻接种8日龄SPF鸡,攻毒后鸡出现羽毛蓬松、精神萎靡、拉白绿色水样粪便等临床症状,剖检可见肌肉、肝脏出血,肾脏尿酸盐沉积,法氏囊萎缩,IBDV拷贝数在感染后第5天达到峰值。【结论】 IBDV广西流行株GX20210126具有超强毒株基因序列特征,人工感染鸡群可导致IBDV典型临床症状和病理变化。     

火鸡传染性法氏囊病病毒YL株VP2基因的克隆和序列比较

参考GenBank发表的传染性法氏囊病毒(IBDV)基因组序列,设计并合成了一对特异扩增IBDVvP2基因的引物。以广西玉林发病火鸡群分离的IBDV野毒YL株为材料,以其基因组为模板利用RT—PCR技术扩增出了1．5kb的cDNA产物,将VP2基因克隆于PUC119质粒上,得到重组PUC119质粒。对VP2基因全序列测定、分析和聚类表明,YL株与欧洲超强毒株非常相似,而与经典强毒株、弱毒株和变异株相差较大。     

鸡传染性法氏囊病病毒DK株VP2基因序列分析及其对SPF雏鸡的致病力

为探究鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)DK分离株的致病性和遗传变异情况,本研究测定了该分离株的鸡胚半数致死量(ELD50)、对SFP雏鸡的致病力以及扩增病毒的VP2基因并分析其序列。结果显示,DK分离株对鸡胚的ELD50为104.5/0.2mL,以2×10^3ELD50剂量感染SFP雏鸡出现典型IBD的临床症状、剖检和组织学病变;实验鸡发病率为100%,致死率为44.4%;DK株VP2基因序列与参考株的同源性为93.1%~97.0%、氨基酸序列同源性为93.6%~97.5%,其基因序列和氨基酸序列均与Cu-1wt参考株(经典株)同源性最高;DK株VP2氨基酸序列的七肽区SASWSGS及249Q、253Q、279D、284A、290M、313V、330S氨基酸位点均与强毒株的氨基酸位点一致;但其222P、256V、299N3个氨基酸不符合IBDV超强毒株的特征;而其第222、249位氨基酸为P和Q,与抗原变异株(vIBDV)的T和K也不相同。结果表明:IBDVDK株为中等偏强毒力病毒。本研究为IBD的防控提供参考依据。     

传染性法氏囊病病毒VP2基因高变区序列分析

根据传染性法氏囊病病毒（ＩＢＤＶ）ＶＰ２基因ＣＤＮＡ序列,在ＶＰ２基因高变区设计一对引物,用ＲＴ－ＰＣＲ方法扩增ＩＢＤＶ分离株ＪＳ３和ＪＳ４。将扩增片段克隆后以双脱氧链末端终止法测定核苷酸旬。ＪＳ３和ＪＳ４的同源性最高达９８％。与已发表的ｖｖＩＢＤＶ,ＩＢＤＶ变异要ＢＤＶ经典株为ＩＢＤＶ弱毒株核苷酸序列的同尖拨天９２￣９８％之间,根据ＩＢＤＶ的大ＯＲＦ推导出该片段蛋白的氨基酸序更,ＪＳ３和ＪＳ４的     

鸡传染性法氏囊病病毒地方流行毒株的免疫原性

从河北省一些发病鸡场分离到JD1～JD10共10株鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)毒株,用IBD标准阳性血清以琼扩试验进行了初步鉴定.并进行了IBDV分离物及其鸡胚适应毒免疫原对标准强毒IBDV-BC6/85株免疫保护试验,D78弱毒疫苗对IBDV各分离毒株的免疫保护试验以及分离毒株间交互免疫保护试验.结果表明,D78疫苗对JD2,JD5和JD10 IBDV分离株的保护率较低,分别为40%、50%和60%.分离毒株JD5、JD2及其鸡胚传代物E-JD2对强毒株的免疫保护率可达100%.交互免疫保护试验表明,JD2对其余各分离株的免疫保护指数达到80%以上,对标准强毒株和地方分离株均可产生有效免疫保护.     

10株猪流行性腹泻病毒序列分析

为了分析2015-2018年北方地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传变异情况,通过RT-PCR分段扩增、测序,获得10株PEDV S基因序列。分析发现,10株S基因核苷酸序列同源性为96.8%～99.4%,推导编码的氨基酸序列同源性为96.5%～99.3%;与参考株核苷酸序列同源性为93.4%～99.5%,与参考株氨基酸序列同源性为92.0%～99.4%。其中,4株序列基因长度均为4 161 nt,编码1 386个氨基酸;6株序列基因长度均为4 158 nt,编码1 385个氨基酸,与目前流行的变异株和经典株CV777相比,这6株S基因推导的氨基酸序列已分别在131位、1 196位出现1个氨基酸缺失,在进化树中已形成多个小分支。由此表明,我国PEDV在流行过程中已出现较大变异。作者研究结果为监测和分析我国PEDV的变异和演化提供了有价值的基因信息数据。     

鸭肝炎病毒浙江分离株全基因组测序及其VP1基因的序列分析

利用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术及RACE方法扩增得到鸭肝炎病毒(DHV)浙江分离株Z10的全基因(5',3'末端序列用RACE法扩增)及4株DHV分离株的VP1基因.结果表明,分离株Z10的全基因片段长7689 bp,有1个大的开放读码框(ORF),ORF位于626～7326位核苷酸,编码2249个氨基酸.Z10分离株全基因序列与GenBank登录的6株具有代表性的DHV核苷酸序列比对,同源性94.5%～98.4%;所测得的DHV分离株的VP1基因的序列与目前GenBank上发表的具有代表性的DHv-Ⅰ VP1基因进行比对分析,结果4株Ⅰ型DHV的VP1基因cDNA长度均为714 bp,编码238个氨基酸.4株DHV-Ⅰ之间VP1基因的核苷酸序列同源性为93%～99.7%,氨基酸序列同源性为95.0%～100%;与参考毒株VP1基因的核苷酸序列同源性为92.2%～100%,氨基酸序列同源性为95.0%～100%;表明各分离毒株的亲缘关系较近,属于同一基因群.     

6株猪O型口蹄疫病毒VP1基因的克隆与序列分析

根据口蹄疫病毒（FMDV）VP1基因的序列，设计并合成了2对用于扩增VP1基因的引物。从组织中提取总RNA，首先用P1、P2引物对6株猪。型口蹄疫病毒进行RT—PCR扩增，获得1000bp的片段；再用P3、P4引物进行巢式PCR扩增，结果获得850bp的片段。将850bp的片段克隆到pMD18—-T载体中，通过PCR鉴定，将阳性重组质粒进行测序并分析。结果发现6株FMDV的核苷酸同源性为80．2％～99．4％，其推导的氨基酸序列同源性为86．9％～99．5％；构建遗传发生树，发现6株FMDV属于两个不同的基因型，其中的Shunde00、Sihui01、Shenzhen99、Fushan01株属一个基因型（与Hongkong93、广东86分离株属同一基因型）；Guangzhou99、Shenzhen00株属另一个基因型（与UKG-12—2001株、JPN2000株属同一基因型）。通过对口蹄疫病毒VP1基因的测序与分析，了解其变异情况，为科学地防控FMD提供分子水平的依据。     

Differentiation of infectious bursal disease viruses by restriction enzyme analysis of RT-PCR amplified VP1 gene sequence

In order to differentiate infectious bursal disease virus (IBDV) isolates/strains, a quick method of RT-PCR followed by restriction enzyme analysis of VP1 gene sequence is being reported for the first time. A 480 bp fragment, comprising one of the RNA dependent RNA polymerase motifs of VP1 gene sequence of an Indian classical virus, an attenuated vaccine strain, Georgia and two Indian field isolates, genetically similar to reported very virulent strains of IBDV, was amplified by RT-PCR. Restriction enzyme digestion of PCR products with Taq1 enzyme generated distinct profile for field isolates, different from the classical and attenuated viruses, whereas restriction profile with BstNI restriction enzyme was similar in all the viruses, irrespective of the pathotype. Therefore, the present results suggest that Taq1 digestion can be taken up for the differentiation of field isolates from the classical and vaccine strains. The sequence analysis of VPI gene of reported very virulent IBD viruses from Europe and Japan, using 'MapDraw' programme of Lasergene software, revealed similar restriction enzyme profile as in Indian field isolates.     

传染性法氏囊病病毒自然重配株全基因组序列分析

从具有新的流行病学特征的传染性法氏囊病(IBD)发病鸡群中分离到2株传染性法氏囊病病毒(IBDV),分别命名为QL和ZZ-11,对4周龄SPF鸡的致死率分别为94%和86%。为分析该毒株的分子生物学特征,对其全基因组序列进行了测定,2个病毒株基因组A节段长度为3 260bp、B节段长度2 827bp。病毒演化分析结果显示2个病毒基因组A节段的核苷酸序列与已发表的强毒株序列的同源性分别为96.8%⁹8.1%和96.9%98.1%和96.9%⁹8.4%,处在IBDV超强毒株分支上;而B节段与已发表的弱毒株序列的同源性分别为89.7%98.4%,处在IBDV超强毒株分支上;而B节段与已发表的弱毒株序列的同源性分别为89.7%⁹0.4%和90.0%90.4%和90.0%⁹0.7%,位于弱毒株分支上。IBDV超强毒株和弱毒株序列特征氨基酸残基与基序分析表明,QL和ZZ-11两个病毒株的A节段VP2基因的氨基酸残基为222A、249Q、253Q、254G、256I、294I和299S,七肽基序为SWSASGS,均符合超强毒株的分子特征;而B节段77790.7%,位于弱毒株分支上。IBDV超强毒株和弱毒株序列特征氨基酸残基与基序分析表明,QL和ZZ-11两个病毒株的A节段VP2基因的氨基酸残基为222A、249Q、253Q、254G、256I、294I和299S,七肽基序为SWSASGS,均符合超强毒株的分子特征;而B节段777⁷82位核苷酸序列为GGTGCC,没有KpnⅠ酶切位点,具有弱毒株的序列特点。以上分析结果表明,QL和ZZ-11为IBDV自然重配株,A节段源于超强毒株,而B节段源于弱毒株。