基于Cyt b基因序列的江淮下游湖泊鲢群体遗传多样性分析

鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是长江、淮河下游湖泊中重要的渔业资源。为了解湖泊鲢种质资源遗传状况,采用线粒体Cyt b基因序列作为分子标记,对江淮下游8个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、淀山湖、高邮湖、洪泽湖、骆马湖、金沙湖)群体的239尾鲢进行扩增和测序。结果显示,鲢Cty b基因全长为1 141 bp, 239条Cyt b序列检出74个变异位点,定义24种单倍型,平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.697和0.010 12。太湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最高,分别为0.830和0.015 84,长荡湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最低,分别为0.379和0.003 98。8个鲢群体间的遗传距离变幅为0.005～0.015;分子方差分析结果显示,遗传变异主要来自群体内部(98.0%),群体的遗传分化指数F_st值为0.019 97;两两群体间F_st值统计表明,长江水系和淮河水系群体间有显著的遗传差异(P<0.05)。单倍型系统进化树和网络结构图显示,单倍型划分为2个谱系,但没有形成明显的地理聚群。歧点...     

八种鲤养殖品种线粒体Cyt b基因的遗传多样性和系统进化分析

对8种鲤养殖品种的线粒体Cyt b基因部分序列进行测定,并比较分析其遗传多样性和系统进化关系,结果获得425 bp的Cyt b序列,其中T、C、A、G的平均含量分别为26.8％、29.0％、29.7％、14.5％,A+T含量(56.5％)高于G+C含量(43.5％),翻译为141个氨基酸,其中突变多数存在于缬氨酸和异亮氨酸之间(两个氨基酸都为不带电荷的疏水性氨基酸),其变异不影响Cyt b的功能,说明该蛋白是一个进化缓慢的蛋白,适合用于遗传进化分析.140个个体中共检测到4个单倍型,其中75.5％的个体属于单倍型Hap 2,而单倍型Hap1主要分布在3种表现型为镜鲤的品种.AMOVA分析结果和利用Kimura 2-parameter模型分析的系统发育关系结果表明,德国镜鲤、散磷镜鲤和松浦红镜鲤亲缘关系较近,而蓝鳞鲤、荷包红鲤抗寒品系和高寒鲤亲缘关系较近.     

三种体色黄鳝的RAPD分析

采用20个随机引物对洞庭湖区三种不同体色的黄鳝群体(分别以A、B、C区分)进行随机扩增多态性DNA分析。结果12个引物的扩增效果良好,统计学分析表明,黄鳝A与黄鳝B的遗传距离较小(0 054107)且与A、B两个群体内的遗传距离(分别为0 045000、0 038217)相近,说明黄鳝A、B两个群体的遗传差异不明显;而黄鳝C与黄鳝A的遗传距离(0 123654)以及黄鳝C与黄鳝B的遗传距离(0 134074)均明显大于黄鳝A与黄鳝B的遗传距离,且由引物S326和S462扩增出的5条特异性谱带可以作为区分黄鳝C与黄鳝A、B两个群体的遗传标记,说明黄鳝C与黄鳝A、B两个群体之间遗传差异性十分明显。     

于线粒体COI基因的6个黄鳝群体遗传多样性

为研究我国主要养殖区域黄鳝（Monopterus albus）的遗传多样性,利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基I（cytochrome C oxidase subunit I,COI）基因对来源于湖北、江西、安徽、湖南、重庆和山东的6个黄鳝群体共187个样本进行遗传多样性分析。结果表明长度为646 bp的COI基因序列在6个群体的碱基含量基本相同,碱基T、C、A和G的平均含量分别为27.7%,30.7%,24.5%和17.1%,包括61个变异位点,其中单位点突变16个,简约信息位点45个,变异位点以C/T间的转换为主。6个群体中共检测到38种单倍型,单倍型多样性（H_d）为0.886,核苷酸多样性（π）为0.01094,群体整体遗传多样性高,湖北和山东群体遗传多样性都较高（H_d>0.8）,湖南群体和江西群体的遗传多样性次之（H_d>0.5）,而安徽和重庆两个群体的遗传多样性都较低（H_d<0.5）。6个群体间有显著的遗传分化,基因交流贫乏（N_m<1）。群体分子变异分析（AMOVA）显示,6个黄鳝地理种群群体内的遗传变异高于群体间的遗传变异,其遗传变异主要发生在群体内部。遗传结构和系统发育树显示湖南群体与其他5个群体的遗传关系较远。重庆群体可能由单一或很少几个群体进化而来的,起源比较单一。就目前而言,黄鳝野生种质资源遗传多样性丰富,苗种频繁流动和人工养殖尚未对其种群结构造成较大影响,仍有较强的环境适应能力和良好的育种潜力。     

江苏省4个太湖新银鱼种群遗传多样性和遗传结构分析

太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)是我国特有的银鱼种类,主要分布在长江和淮河中下游及其附属湖泊,近年来其资源量呈明显下降趋势。为了解太湖新银鱼遗传背景,本研究采用线粒体细胞色素b (Cytochrome b, Cyt b)基因序列,分析了江苏省太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖4个太湖新银鱼野生群体共144尾样本的遗传多样性及遗传结构。结果显示,太湖新银鱼Cyt b基因序列共发现29个变异位点,定义25个单倍型;平均单倍型多样性(Hd)为0.682±0.037,核苷酸多样性(π)为0.00231±0.00021;4个群体中,高邮湖群体的遗传多样性最高(Hd: 0.609±0.078; π: 0.00094± 0.00027),太湖群体的遗传多样性最低(Hd: 0.343±0.107; π: 0.00075±0.00033)。分子方差分析(AMOVA)显示,太湖新银鱼群体间遗传差异(71.53%)大于群体内遗传差异(28.47%),遗传变异主要来自于群体间。遗传分化指数Fst值统计检验表明,骆马湖群体与太湖、高邮湖和洪泽湖群体之间有显著性差异。分子系统树和单倍型网络进化图分析显示,25个单倍型形成2个明显的地理分支,一支由太湖群体、高邮湖群体和洪泽湖群体组成,另一支由骆马湖群体组成。中性检验和错配分布图分析表明,太湖新银鱼历史上发生过群体扩张。整体来看,太湖新银鱼野生种群遗传多样性较低,应加强种质资源保护。建议将太湖、高邮湖群体和洪泽湖群体作为整体进行管理和保护,骆马湖群体单独管理和保护。     

基于细胞色素b基因序列分析的华南居氏银鱼遗传多样性研究

测定了广东虎门、广西合浦和广西钦州3个群体45 ind居氏银鱼(Salanx cuvieri)线粒体DNA细胞色素b基因1 017 bp序列片段,发现42个多态位点,28个单倍型。平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.967和0.006,呈现出高单倍型多样性低核苷酸多样性的特点。合浦和钦州群体间遗传分化指数Fst值为-0.029,表明广西的2个群体间没有遗传分化。虎门群体与合浦和钦州群体间的Fst值分别为0.201和0.218,出现中度遗传分化,推测琼州海峡可能阻碍了广东与广西群体间的遗传交流。邻接树上出现2个无明显地理聚群的较弱谱系分支,表明正处于谱系拣选状态。AMOVA分析表明,居氏银鱼群体内遗传差异(86.54%)大于群体间(13.46%)遗传差异,遗传变异主要集中在群体内部。虎门群体中性检测的Tajima’sD为显著负值(-1.847,P=0.018),不对称分布分析呈单峰模式,表明可能在晚更新世(3.2～8.0万年前)经历过种群的快速扩张。建议广东群体和广西群体各作为一个管理保护单位分别加以保护。     

鲇细胞色素b基因序列差异及遗传多样性分析

从4个种群的鲇(Silurus asotus)线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)扩增出约500 bp的细胞色素b基因,经Clustal X同源排序后得400 bp序列.用PopGen32软件计算遗传距离和遗传一致度.17个个体间的遗传距离的变化范围为O～0.0211,遗传一致度的变化范围为1-0.9791.结果显示,在长江上游的支流中,雅砻江种群在该基因片段上基本不存在变异,在被分析的4个个体中,其细胞色素b基因的序列完全一致;岷江种群和乌江种群在该基因片段上有一定的变异.沅江上游的海阳河种群在该基因片段上基本不存在变异,在被分析的5个个体中,其细胞色素b基因的序列完全一致.但各个种群问在该基凶片段上差异较大.在4个种群的鲇Cytb基因比较分析的基础上,构建了遗传关系聚类图,雅砻江、岷江、乌江、潕阳河4个种群各聚为一支后,雅砻江和岷江2个种群再聚为一支,乌江和潕阳河2个种群再聚为另一支.     

基于线粒体Cyt b分析入侵云南四大水系的麦穗鱼群体遗传结构

为揭示麦穗鱼入侵云南后群体的遗传多样性和遗传分化差异现状,实验采集了云南澜沧江、怒江、红河、伊洛瓦底江水系13个样点,及黄河、长江、珠江原产地水系6个样点的麦穗鱼群体共计220尾样本,利用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)全序列作为分子标记,初步分析了麦穗鱼群体的遗传多样性、遗传结构和遗传分化情况。结果显示,共检测到72个变异位点,定义25个Cyt b单倍型。云南四大水系麦穗鱼单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.828±0.014和0.005 44±0.001 18。云南四大水系和黄河、长江、珠江水系相比,具有较高的遗传多样性。单倍型系统发育树与单倍型网络图显示,黄河群体单倍型独立,云南各水系单倍型与珠江、长江单倍型混杂,推测云南麦穗鱼主要来源于珠江和长江,这与云南省引种经济鱼类历史一致。分子变异分析(AMOVA)显示,云南四大水系麦穗鱼群体间具有程度较高的遗传分化,其中大多数遗传变异存在于群体内(72.60%),群体间的遗传变异为28.62%,水系间为1.22%。结果发现麦穗鱼遗传分化与当前水系的分布格局不吻合。Fu’s Fs中性检验结果和核苷酸不配对分析结果均表明,云南四大水系麦穗...     

长江干流水系鲢遗传多样性现状及成因分析

为探讨长江干流鲢(Hypophthalmichthys molitrix)种群的遗传多样性、分子变异和种群分化程度, 本研究在长江干流大尺度野外调查基础上, 利用线粒体细胞色素 b 基因序列特征, 比较分析了 13 个调查断面鲢野生种群的遗传多样性、遗传关系和历史动态。结果显示, 193 尾样本检测到 26 种单倍型, 132 个多态信息位点。种群的单倍型多样性(h)为 0.589~0.887, 核苷酸多样性(π)为 0.001~0.028; 上游群体平均 h 为 0.81, 平均 π 为 0.014; 中游群体平均 h 为 0.72, 平均 π 为 0.012; 两群体之间的 h 和 π 值无显著性差异(P＞0.05)。种群遗传分化指数(Fst)为?0.348~0.151, 种群间处于低至中度分化水平。长江干流中上游 2 群体的遗传分化小(Fst=0.001), 分子方差分析表明遗传变异主要来自群体内(96.4%)。对 13 个鲢种群个体归类的 Structure 分析显示, 所有个体聚类为 3 个基因型类群, 每个基因型类群由不同种群个体组成, 基因型类型与调查断面分布格局无相关性。单倍型构建的系统发育树显示, 3 个分支没有形成与调查断面一致的地理格局。中性检验分析鲢种群历史, 单倍型网络图 3 个谱系中, 谱系 I 的 Tajima’s D 值 (?2.16)和 Fu’s Fs 值(?13.73)呈现负值, 达到极显著水平(P＜0.01), 且核苷酸错配歧点分布为单峰曲线, 表明谱系 I 发生历史扩张, 其他 2 个谱系和 13 个鲢种群作为一个整体没有发生种群扩张。相对于长江中上游干流截然不同的生境, 鲢群体之间表现出较低的遗传差异。本研究可为长江干流鲢种质资源的保护和利用提供数据支撑。     

鄱阳湖地区三种不同体色黄鳝稚鳝生长特性的比较

为了解鄱阳湖地区三种不同体色黄鳝的生长性能 ,采用室内固定盆式养殖大花稚鳝 ,细花稚鳝 ,隐花稚鳝 30d的生长实验 ,比较了其在饱食状态下的生长特性。结果表明 :终末尾均重 ,绝对增重 ,体重特定生长率 ,增重倍数均以隐花稚鳝最高 ,分别为 0 .6 14 1± 0 .0 4 2 6g ,0 .5 92 2± 0 .0 4 13g ,1.9787± 0 .0 4 2 2g/d ,2 8.8894± 1.0 14 ,大花稚鳝次之 ,细花稚鳝最低 ,隐花稚鳝与大花稚鳝 ,细花稚鳝差异显著 ,大花稚鳝与细花稚鳝之间差异不显著。稚鳝阶段 ,在相同饲料 ,相同饲养条件下 ,仅从生长特性来看 ,三种不同体色的黄鳝中隐花鳝生长速度快 ,具较大发展潜力。     

两种不同体色黄鳝的染色体组型

采用PHA和秋水仙素活体注射法,首次对洞庭湖区两种不同体色黄鳝进行肾细胞染色体标本制备,并对其染色体数目及组型进行比较分析。结果表明,两种不同体色黄鳝的染色体数目相同,2N=24,且全部为端部着丝粒染色体;但两种不同体色黄鳝的染色体相对长度存在一定差异:黄鳝A的染色体相对长度为11.45±0.06~6.15±0.03,黄鳝B的染色体相对长度为11.53±0.01~5.23±0.09。试验结果为进一步研究洞庭湖区黄鳝种质资源的遗传多样性提供了基础性资料。     

黄鳝内脏铁型超氧化物歧化酶的纯化

经丙酮分级沉淀,DEAE-琼脂糖离子交换层析和Sephacry1S-200凝胶过滤,从黄鳝内脏中分离纯化获得铁超氧化物歧化酶(Fe-SOD),并对其部分性质进行分析鉴定。获得该酶的比活力为1500U mg,提纯倍数为368 5,回收率为24 7%。该酶最大紫外吸收波长为280nm。聚丙烯酰胺凝胶电泳和等电点聚焦电泳结果表明纯化酶蛋白呈一条带,测得该酶分子量约为87kD,亚基分子量约为14 5kD;等电点为pH7 1。     

黄鳝脑芳香化酶基因cDNA的克隆及组织表达特异性分析

根据NCBI数据库报道的黄鳝芳香化酶基因的gDNA序列,设计了一对特异性引物.用Trizol试剂盒提取黄鳝脑总RNA,反转录获得cDNA第一条链,进行PCR扩增.扩增产物经过回收、连接、测序后得到了一条长1514 bp的芳香化酶基因cDNA序列.同源性比较表明该基因属于脑型P450aromB,与其他鱼类脑型P450aromB的同源性较高(>70%),与性腺型P450aromA的同源性较低(<60%),与自身性腺型芳香化酶同源性为59.5%.采用RT-PCR的方法对该基因在雄性黄鳝的各组织表达情况进行了分析,结果表明,该基因的转录本较高的表达于脑和精巢中,较低的在皮肤中表达,而在肝脏、心脏、小肠、肌肉等组织中没有检测到该基因的表达.     

不同来源黄鳝(Monopterus albus)繁殖力的比较分析

比较不同来源黄鳝(Monopterus albus)的个体繁殖力,研究了其个体繁殖力分布特征、变化规律及与生物学指标的关系.以怀卵量作为绝对繁殖力的表征参数,对雌性黄鳝进行解剖测定.结果显示,野生黄鳝绝对繁殖力(F)为181-729粒,人工培养黄鳝F值为165-589粒,人工繁育黄鳝F值为135-352粒;野生黄鳝基于体重的相对繁殖力(FW)为5.4-11.8粒/g,人工培养黄鳝FW为3.5-9.3粒/g,人工繁育黄鳝FW为4.96-8.55粒/g;野生黄鳝基于体长的相对繁殖力(FL)为5.8-17.2粒/mm,人工培养黄鳝FL为4.85-15.00粒/mm,人工繁育黄鳝FL为4.35-9.03粒/mm,不同来源黄鳝在F、FL、FW上均有极显著差异(P＜0.01).来源和体色均不同的黄鳝其F和FL均具有极显著差异,而FW差异不显著;所有黄鳝的F和野生黄鳝的FL与体长、体重生物学指标密切相关,其余F、FL和FW与各生物学指标均相关性较小.研究表明,野生黄鳝的F、FL和FW均高于人工培养和人工繁育的黄鳝,怀卵量优势明显.     

水深和光照对黄鳝受精卵孵化率的影响

对采用微流水孵化器黄鳝受精卵进行不同水深和光照孵化单因子试验。实验结果表明:在2~23 cm水层中,随水深增加孵化率降低。在不大于16 cm水深时可获得较高的孵化率,在离水面2 cm左右孵化最佳。不同光照试验结果表明,黄鳝受精卵长期在强光2 000 lx以上或长期弱光250 lx以下环境中孵化率较低。光照度在250~1 500 lx范围随光照加强孵化率提高。光照度在1 500 lx左右获得较佳孵化率。     

黄鳝胃和肠道的组织学研究

采用扫描电镜和光镜技术对黄鳝的胃和肠道进行了组织学研究。结果表明 ,作为一种肉食性鱼类 ,黄鳝的消化能力较南方大口鲶、长吻鱼危弱。根据黄鳝的胃肠道组织学特征探讨了它的消化特点 ,并指出了研制黄鳝专用配合饲料应该注意的几个问题     

黄鳝血清转铁蛋白多克隆抗体的制备及检测

为实现黄鳝血清转铁蛋白基因的原核表达并制备其多克隆抗体,利用基因特异性引物从黄鳝肝脏cDNA中扩增黄鳝转铁蛋白的C端序列,亚克隆至原核表达载体pET-28a(+)中,构建pET/Tf-C重组表达载体;转化大肠杆菌BL21(DE3)后进行IPTG诱导。利用Ni离子亲和层析技术纯化Tf-C蛋白,并免疫新西兰兔制备多克隆抗体;通过间接ELISA技术和组织蛋白印迹对制备的多克隆抗体进行检测。试验结果表明,成功构建pET/Tf-C原核表达载体,并实现了蛋白的表达和纯化;制备的多克隆抗体效价大于1∶25 600,并能特异性地识别来源于黄鳝不同组织的血清转铁蛋白。研究结果对黄鳝血清转铁蛋白功能的研究奠定了基础。     

黄鳝ghrelin基因的克隆及分子特征分析

Ghrelin是联系生殖和能量代谢的重要桥梁信号分子,通过克隆黄鳝(Monopterus albus)的ghrelin基因并对其基因结构和功能进行了初步分析;运用c DNA末端快速扩增技术获得了黄鳝ghrelin基因的c DNA序列和DNA序列全长。结果表明,黄鳝ghrelin基因c DNA全长552 bp(Gen Bank accession no.JX122807),包括115 bp的5'端非编码区、324 bp的完整开放阅读框以及113 bp的3'端非编码区;DNA序列全长1323 bp,由3个内含子和4个外显子构成,内含子剪切位点具有典型识别核苷酸GT/AG,3个内含子分别为594 bp、84 bp和93 bp,4个外显子长度分别为229 bp、78 bp、112 bp和133 bp。氨基酸序列分析显示,ghrelin基因推导的Ghrelin蛋白前体原(propreghrelin)序列由26 aa的信号肽、19 aa的成熟肽以及C端氨基酸残基等构成;其中,成熟肽第3位为丝氨酸(Ser3),是Ghrelin的酰基化位点;C端氨基酸残基序列极可能包括与Ghrelin成熟肽功能相互拮抗的肥胖抑制素(Obestatin)。氨基酸的同源性及进化关系分析表明,黄鳝与某些鲈形目鱼类的蛋白前体原存在高度相似性,且在进化上黄鳝与较高级的鲈形目、鲽形目鱼类聚为一支。ghrelin基因结构及其蛋白质某些氨基酸残基序列的高度保守,预示着Ghrelin在脊椎动物中有着重要的生理功能与类似的作用机制。     

黄鳝微卫星引物筛选及其在保护遗传学上的应用

研究了远缘种鲤的微卫星引物对黄鳝的适用性。结果显示,31对鲤微卫星引物中有11对引物能对黄鳝DNA模饭扩增出特异性带谱。每对引物扩增的等位基因数在3～13个,平均每个位点有5．6个等位基因,显示了较高的多态性。其中引物P1最理想,其PCR扩增产物能区分来自湖南、广东和孟加拉3个不同地域的黄鳝种群。应用微卫星技术对3个不同地域的黄鳝基因组DNA多态性分析结果显示,湖南、广东和孟加拉黄鳝群体内平均相似率依次为95．5％,95.8％和93．5％,平均变异度依次为0．045,0．042,0．063。群体间的相似率及变异度分析显示：湖南黄鳝和广东黄鳝群体间平均相似率为91．0％,变异度为0．045;湖南黄鳝和孟加拉黄鳝群体间平均相似率和变异度分别为55．7％和0．443;广东黄鳝和孟加拉黄鳝群体间平均相似率和变异度分别为58．6％和0．414。综合微卫星分析结果、黄鳝的外形特征及地理位置,可以推测,广东黄鳝与湖南黄鳝为同一个生物种的不同地理种群,而孟加拉黄鳝为同属中另一个种。