λgtl0 cDNA文库表达序列标签测定时模板处理方式

表达序列标签是揭示基因组容量的有效方法。在构建cDNA文库的基础上，对以λgtl0为载体进行表达序列标签到定时模板的处理方法进行了探讨。结果表明，以λ噬菌体DNA为模板直接测序比PCR产物经回收后为模板进行测序，其目标克隆的平均插入片段长度要长，但反应成功率低。以λ噬菌体浸提液为模板进行PCR并在产物回收后进行测序反应，可能是以λ噬菌体为载体构建文库的表达序列标签测定的最佳选择。     

黄鳝肠道cDNA文库构建及营养相关表达序列标签分析

本研究旨在构建黄鳝肠道未剪切cDNA文库,对黄鳝肠道营养相关基因表达进行初步分析.以黄鳝全肠为试验材料,采用Invitrogen公司的Gateway技术构建了黄鳝肠道未剪切cDNA文库,并进行规模表达序列标签(expressed sequence tag,EST)测序和分析.结果表明:文库的库容量为1.46×107CFU,重组率达96.88%,平均插入片段长度2.11kb.随机挑取1056个cDNA阳性克隆进行测序,共获得906条有效的EST,其中886条的长度大于400bp,拼接组装得到762个单基因簇(unigene),包括61个重叠群(contig),701个单拷贝EST(singleton);与营养相关的EST共有5类59种,其中:蛋白质/氨基酸代谢类25种,碳水化合物代谢类13种,脂类代谢类5种,能量代谢类12种,无机离子代谢类4种.本文成功构建了黄鳝肠道未剪切cDNA文库,并进行了EST序列测定和分析,筛选出营养相关EST,为后续研究提供了基础数据.     

鸡下丘脑组织表达序列标签初步分析

为了鉴定所构建的鸡下丘脑组织 c DNA文库能否用于下丘脑表达谱的建立 ,从 c DNA文库中随机挑取 12个克隆 ,对其表达序列标签 (expressed sequence tags,ESTs)进行了测定和初步分析。经 BL ASTn和 FASTA3.1分析后发现 ,1个 ESTs在 Gen Bank中可以找到鸡的同源序列 ,4个在其他物种中也可以找到同源序列 ,1个在 ESTs database中有同源 ESTs序列 ,还有 6个为未知功能基因。 12个 ESTs序列均已录入 Gen Bank。     

表达序列标签在寄生虫基因研究中的应用

一个基因组的所有碱基中大约只有2％组成编码蛋白质的那部分基因，因此，测序基因组已不再是一种创建基因目录的有效途径。大量的试验证明，以cDNA的形式进行基因转录产物的大规模测序是了解基因组的首选办法。高通量cDNA测序于1991年由Adams等创始，在构建人脑的cDNA     

表达序列标签(ESTs)及其应用

表达序列标签(ESTs)是指从(ESTcDNA文库中随机挑取克隆并对其3'或5'端进行单轮自动测序所获得的短cDNA库列,一般长度为300～500bp.要有效获取ESTs,必须对cDNA文库进行预处理,处理方法有衰减杂交法、均一化法和差异显示法.在dbEST中收录了大量各种生物的ESTs.ESTs广泛应用于鉴定基因、发现新基因、电子克隆、构建遗传学图谱、制备DNA芯片、分子标记、研究基因的差异表达及检验病原微生物等方面.     

表达序列标签的应用现状及分析方法研究

表达序列标签是由大规模随机挑取的cDNA克隆测序得到的组织或细胞基因组的表达序列标签。1个表达序列标签(EST)代表生物某一时期的某种组织或细胞的1个表达基因。数量迅速增加的表达序列标签已经成为开发分子标记的重要资源。介绍了EST原理、基因表达分析的方法比较、基因测序聚类分析的3个数据库比较及详细方法,表明EST在发现新基因及基因组研究中的应用具有良好的前景。     

中华鳖表达序列标签资源中的微卫星信息分析

从NCBI下载中华鳖表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)序列178条及浙江省水产农业新品种选育重大科技专项课题组构建的中华鳖腐皮病肝脏cDNA文库测序得到的4 146条EST序列中,通过去除片段长度过短和冗余的序列,得到全长为1 630.26 kb的2644条无冗余EST。采用MISA软件从这些序列中搜索到197个SSR,分布于137条EST序列中,出现频率为7.45%,平均分布频率为8.28 kb。2和3碱基重复是中华鳖主要的重复类型,分别占EST-SSR总数的60.91%和35.53%。AC/GT和AGC/CTG是2、3碱基重复中的优势类型,分别占2、3碱基重复的44.17%和62.86%。结果显示,中华鳖EST数据库中SSR序列出现频率较高,类型较丰富,根据中华鳖EST数据发掘SSR标记是一条可行的途径。     

应用mRNA差异显示技术筛选绵羊皮肤毛囊差异表达序列标签

为寻找与绵羊羊毛生长相关的基因,应用mRNA差异显示技术(DD-PCR)筛选拔毛皮肤与正常皮肤表达水平有差异的cDNA,用Northern blot证实差异显示基因片段,对差异基因进行测序和同源比较。经差异显示分析,共找到差异表达的序列片段21个;经2次扩增、克隆、Northern Blot分析,最终确定2个差异条带SQ70和SQ75。对这两个差异条带进行测序及生物信息学分析,发现SQ70是绵羊皮肤中与组织修复相关的EST片段,而SQ75是绵羊皮肤或者是毛囊中高表达的未知EST片段。以上结果表明,SQ70和SQ75可能是与绵羊羊毛生长密切相关的基因表达产物,对于这两个ESTs具体的生物学功能有待于进一步研究。     

表达序列标签(ESTs)及其数据库

表达序列标签(EST)是在生物体中表达基因的一段cDNA序列，它已成为基因定位、基因克隆、基因表达序列分析的有力工具。本文主要介绍了EST的制备方法，EST数据库，同时分析了EST在应用中应解决的问题，并展望了其应用前景。     

利用mRNA差异显示技术筛选丝羽乌骨鸡肝脏差异表达序列标签

为了找出可能与丝羽乌骨鸡独特性状形成相关的基因,本研究运用差异显示PCR技术等对丝羽乌骨鸡与快大型肉鸡肝脏组织中差异表达的基因进行筛选,并通过生物信息学方法对所筛选出的差异表达序列标签进行分析。结果,本研究共筛选得到10条丝羽乌骨鸡与快大型肉鸡肝脏差异表达序列标签(dbEST登录号:CN606328~CN606329、CN606331~CN606338)。生物信息学分析结果显示:10条ESTs中,CN606332和CN606336是家鸡的18S rRNA基因部分序列,CN606333与编码家鸡热休克蛋白70的基因(HSPA5)同源,CN606328、CN606331与家鸡已有核酸数据库中的cDNA克隆或EST具有较高相似性,但功能未知。其他5条表达序列标签在家鸡核酸数据库中未发现相似序列,但分别与其他物种的细胞膜蛋白基因、γ-谷氨酰转肽酶(gamma-glutamyl transpeptidase)基因、ATP-binding cassette transporter基因、推定蛋白MGC27019基因以及异常纺锤型小脑畸形症(abnormalspindle microcephaly,ASPM)蛋白基因有不同程度的相似性。本研究结果表明,丝羽乌骨鸡与快大型肉鸡可能在多种代谢途径上都存在差异表达的基因,通过进一步深入研究这些差异表达基因,可以为研究丝羽乌骨鸡独特性状的形成提供重要的信息。     

基于表达序列标签数据库(dbEST)的电子克隆技术

传统的克隆ｃＤＮＡ的方法是采用克隆原位杂交筛选ｃＤ ＮＡ文库或是利用基因特异引物 (ＧＳＰ)进行ｃＤＮＡ末端快速扩增 (ＲＡＣＥ) ,其特点是费时费力、花费高、成功率低。随着基因组测序和生物信息学技术的迅猛发展 ,尤其是国际联合序列数据库 (Ｇｅｎｂａｎｋ +ＥＭＢＬ +ＤＤＢＪ)中的序列数目与日俱增 ,因此 ,基于ｄｂＥＳＴ的电子克隆 (ｉｎｓｉｌｉｃｏｃｌｏｎｉｎｇ)技术在ＣＤＮＡ克隆方面与传统的方法相比具有事倍功半的优势。随着ＥＳＴ数据库的进一步完善 ,电子克隆已成为克隆新基因的主要方法之一。1　表达序列标签表达序列…     

家蚕幼虫性腺表达序列标签分析(英文)

分别以5龄幼虫的精巢和卵巢构建了2个家蚕cDNA文库.利用表达序列标签方法分析参与家蚕性腺发育的基因,通过测序获得 16 737条ESTs(精巢 8 407条,卵巢 8 330条),拼接这些ESTs共得到 2 107个重叠群(contig)和 3 532个单拷贝(singlet).将这些转录物与GenBank非冗余蛋白质库比较,结果显示约34.3%的基因与数据库中蛋白质具有相似性.功能注释表明蛋白质合成相关基因、精巢特异基因等在文库中大量存在.基因本体(gene ontology)功能分类显示精巢与卵巢基因表达谱差异较大.研究结果为理解家蚕性腺发育提供了信息.     

家蚕幼虫性腺表达序列标签分析（英文）

分别以5龄幼虫的精巢和卵巢构建了2个家蚕cDNA文库。利用表达序列标签方法分析参与家蚕性腺发育的基因,通过测序获得16 737条ESTs（精巢8 407条,卵巢8 330条）,拼接这些ESTs共得到2 107个重叠群（con-tig）和3 532个单拷贝（singlet）。将这些转录物与GenBank非冗余蛋白质库比较,结果显示约34.3%的基因与数据库中蛋白质具有相似性。功能注释表明蛋白质合成相关基因、精巢特异基因等在文库中大量存在。基因本体（gene ontology）功能分类显示精巢与卵巢基因表达谱差异较大。研究结果为理解家蚕性腺发育提供了信息。     

桑树幼叶cDNA文库的构建及部分表达序列标签分析

基于为鉴定和克隆桑树功能基因提供基础信息的目的,采用RNA转录5′末端转换(SMART)法构建了桑树幼叶全长cDNA文库。该文库容量为1.02×106pfu/mL,重组率95%,符合构建基因文库的质量要求。从构建的桑树幼叶cDNA文库中随机挑取48个克隆进行表达序列标签(EST)测序,有效序列为32条,经UniGene数据库归并后为32条,UniGene比率为100%;与NCBI核酸数据库进行比对、查询和注释,在32条序列中有29条序列具有同源性,其中16条为全长序列,完整性比率为55.2%;初步发现具有已知功能基因的ESTs 6个,具有推测功能基因的ESTs 5个,未命名或未知功能基因的ESTs 21个。     

内蒙古绒山羊皮肤毛囊差异表达序列标签的筛选及分析

旨在筛选和分析内蒙古绒山羊与毛和绒生长相关的差异基因,本研究采用mRNA差异显示技术(DDRT-PCR)研究内蒙古绒山羊胎儿期不同日龄皮肤中控制初级毛囊和次级毛囊不同分化的差异表达序列标签。结果,共筛选了15条差异表达序列标签(dbEST登录号JK711022-JK711036),其中3条ESTs与毛囊发育有关,5条ES-Ts与次级毛囊和皮脂腺的发育有关。生物信息分析显示,JK711036与甲状腺激素受体相互作用蛋白12(TRIP12)基因有关,其他ESTs功能未知。结果表明,胎儿期初级毛囊和次级毛囊在多种代谢途径上都存在差异表达的基因,这将为进一步研究山羊毛和绒的形成分子机制奠定基础。     

猪肌肉组织表达序列标签(ESTs)的分析

研究构建了民猪肌肉组织cDNA文库,并在文库中随机挑选克隆进行测序,获得107个高质量的ESTs。经生物信息学分析,所研究的107个ESTs中,有98个单一克隆,其中71个为人类及其他物种的同源序列,23个为猪的已知ESTs,4个为未知ESTs。对这4个未知ESTs进行开放阅读框预测并进行BLASTn分析,没有找到高度同源的氨基酸序列。对已知功能基因表达谱的构建和分析结果表明:最多的是未分类,占47.88%;然后依次是基因/蛋白表达占26.76%、细胞代谢占9.86%、细胞结构/迁移占8.45%、细胞/机体防御占4.23%和细胞信号/传导占2.82%。     

大片吸虫成虫FG0018表达序列标签序列的电子克隆分析及实验验证

用大片吸虫成虫FG0018表达序列标签(Expressed Sequence Tags,ESTs)序列对NCBI数据库进行Blastn比较,采用生物信息学方法,运用网上数据库资源,结合相关生物信息学软件将目标序列进行搜索、处理、拼接、延伸,得到的最后重叠群(contig,命名为FG0018C0N)与肝片吸虫卵壳蛋白B2序列(GenBank:M93025)相似性很高,用DNASTAR、SEQMAN程序和Blast2程序分析FG0018CON,推测其开放阅读框为930bp,编码310个氨基酸,蛋白质的特点及跨膜区预测其编码蛋白可能属于核蛋白,疏水性分析表明其编码一疏水蛋白.FG0018CON基因与肝片吸虫卵壳蛋白基因有100%的相似性,310个氨基酸与之有91%的一致性.经RT-PCR、酶切验证并cDNA测序,结果证明FG0018C0N序列可能是大片吸虫的卵壳蛋白基因.     

表达序列标签（ESTs）及其应用

表达序列标签(ESTs)是指从(ESTcDNA文库中随机挑取克隆并对其3’或5’端进行单轮自动测序所获得的短cDNA库列，一般长度为300～500bp。要有效获取ESTs，必须对cDNA文库进行预处理，处理方法有衰减杂交法、均一化法和差异显示法。在dbEST中收录了大量各种生物的ESTs。ESTs广泛应用于鉴定基因、发现新基因、电子克隆、构建遗传学图谱、制备DNA芯片、分子标记、研究基因的差异表达及检验病原微生物等方面。     

鸡白介素-17 cDNA基因的克隆、序列分析及表达

用RT-PCR方法,分别以ConA体外刺激培养12、24、48 h的鸡脾脏淋巴细胞(SP)和经人工感染2次堆型艾美尔球虫(E im eria tenella)孢子化卵囊(约3.6×104个/鸡)的鸡盲肠扁桃体/肠上皮淋巴细胞(IELS)总RNA为模板,成功扩增出预计大小的鸡白介素-17 cDNA基因,并克隆入pM D 18-T载体,进行序列测定。测序结果显示其阅读框(ORF)为507 bp,与G enB ank上鸡IL-17基因已知序列(A J493595)BLA ST的比较表明:核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.4%和82.4%。将cDNA基因克隆入pET-32a质粒,构建了pET 32a-IL-17原核表达载体,IPTG诱导后表达出的融合蛋白大小为36 000左右。