利用PCR-DGGE法分析暗纹东方鲀的弧菌菌落组成

采用16S rDNA特征序列PCR-DGGE法,分析了不同饵料饲养的暗纹东方的表皮、性腺和肠道中,以弧菌为主的细菌群落的组成。结果表明:(1)共鉴定出暗纹东方体内18种微生物,均归属于变形细菌的gamma亚群,其中13种为弧菌科细菌,3种为肠杆菌科细菌,2种为气单胞菌属细菌;(2)投喂鲜活鱼虾的与投喂人工配合饲料的暗纹东方肠道和性腺中的细菌组成是不同的,在性腺中分离到的所有12种细菌中,只有2种细菌是相同的,约占17%;在肠道中分离到的所有13种细菌中,有4种是相同的,约占31%。而在表皮上所分离到的11种细菌中,有7种细菌是相同的,约占64%;(3)DGGE特征条带V1、V13、V18、V14和V17所代表的细菌只在表皮组织被分离到,V6所代表的细菌仅出现在以鲜活鱼虾作为饵料的暗纹东方性腺中,V5所代表的细菌仅出现在以鲜活鱼虾作为饵料的暗纹东方肠道中;(4)DGGE特征条带V5、V8、V13、V18、V6、V14和V17所代表的细菌不能在TCBS培养基上培养,占18种被鉴定的细菌总数的39%。     

3个线粒体基因在红鳍东方鲀和暗纹东方鲀中的比较分析

由于形态学无法更精准地鉴别部分红鳍东方鲀和暗纹东方鲀,因此需要通过分子手段鉴别此类无法直观辨认的东方鲀。该研究以15尾红鳍东方鲀和30尾暗纹东方鲀为材料,使用NCBI上红鳍东方鲀和暗纹东方鲀的线粒体全基因组中3个基因COⅠ、COⅡ、COⅢ保守区域通过Primer 5.0进行引物设计。将45个样品在摸索得到的最适条件下进行扩增并测序,对测序结果进行检验,分析种间差异并进行碱基组成性分析,得出COⅠ上有9个SNPs,COⅡ上有4个SNPs,COⅢ有10个SNPs,使用MEGA-X进行进化树分析得出,该研究所设计的引物可以有效地鉴别2种东方鲀。     

药性菌质对提高暗纹东方鲀免疫力的影响

[目的]证明药性菌质对提高鱼类免疫力的作用。[方法]以暗纹东方鲀为对象,在中洋集团下属龙洋河鲀养殖厂进行试验,基础饲料中分别添加不同浓度的药性菌质(0.5%、1.0%、2.0%),并与不添加药性菌质的对照组进行比较。试验期间,各试验组的水质基本一致,2个月后对各组个体进行溶菌酶活力、碱性磷酸酶活力、酸性磷酸酶活力和SOD活力的测定。[结果]药性菌质能有效地促进受试组鱼体的生长,明显提高受试鱼的免疫力,其效果与添加剂量和饲喂时间长短有关。以2.0%组效果最佳,其次是1.0%组。4个组免疫能力从大到小的排序依次是:2.0%>1.0%>对照>0.5%。[结论]药性菌质的适宜添加量为2.0%;药性菌质适宜作为饲料添加剂应用在名优鱼种养殖上。     

咸淡水培育暗纹东方鲀仔鱼试验研究

利用已处理的池塘水、地下水混合成盐度为4～6的咸淡水培育暗纹东方纯仔鱼，通过静水充气法培育，发现刚出膜3d的仔鱼能忍受从淡水至盐度6的突然变化，平均全长12mm的稚鱼能忍受从盐度6至淡水的突然变化，培育的稚鱼无毒或弱毒，处理后的成淡水对河纯仔鱼和稚鱼无毒、安全，且提高其成活率，使稚鱼间的相互残食习性推迟和减轻。     

暗纹东方鲀微卫星筛选和群体遗传多样性分析

为了解长江野生暗纹东方鲀群体遗传多样性现状,采用已发表的16对红鳍东方鲀微卫星引物对暗纹东方鲀基因组DNA进行PCR扩增,结果有10对微卫星引物(占总数62.5%)能扩增出特异性条带。利用这10对微卫星引物对采自长江常熟江段30尾暗纹东方鲀群体进行扩增分析,共获得51个等位基因,每个位点等位基因数在2到10之间,平均为5.1。10个位点平均观察杂合度(Ho)为0.820 0,平均期望杂合度(He)为0.692 8,平均多态信息含量(PIC)为0.630 0。8个位点表现为高度多态(PIC>0.5),2个位点表现为中度多态(0.25相似文献   

暗纹东方鲀MyoD基因的克隆及生物信息学分析

提取暗纹东方鲀肌肉的总RNA,采用RT-PCR的方法来克隆暗纹东方鲀MyoD基因的cDNA序列,并通过生物信息学分析,对该基因所编码蛋白的理化性质、亲疏水性、亚细胞定位以及蛋白质结构等进行初步的分析和预测.结果显示,该基因编码区全长为846 bp,共编码了281个氨基酸,编码蛋白为亲水性非跨膜类蛋白,无信号肽结构,其亚细胞定位于细胞核中.系统进化树分析结果表明其与红鳍东方鲀同源性最高,亲缘关系最近.     

暗纹东方鲀胃蛋白酶的分离纯化及部分性质研究

为了探明 pH 值、温度及矿物质离子对暗纹东方鲀胃蛋白酶活性的影响效果,用暗纹东方鲀的胃为材料,经柠檬酸缓冲液抽提,硫酸铵分级沉淀,CM-纤维素离子交换柱、Sephedex G75 层析柱纯化,获得比活为 7.13μmol/(min·mg)的胃蛋白酶.酶经聚丙烯酰胺电泳,表现为单一蛋白带,经 SDS-PAGE 测得酶的亚基相对分子质量为18 600.酶水解酪蛋白的最适温度为50 ℃,在pH2.5, ℃下酶催化酪蛋白水解的Km值为0.715 mmol/L;pH5.0, 3737 ℃下酶催化 N-卞氧羰酰 L-赖氨酸对-硝基酚酯(CBZ-Lys.pNP)的 Km 值为 0.112 mmol/L.几种矿物质离子对酶活力的影响表明,Ca2+,Mn2+,Mg2+对酶有激活作用,Zn2+,Fe2+对酶有抑制作用.     

两种养殖模式下的暗纹东方鲀肌肉营养成分比较

采用生化分析方法对暗纹东方鲀单养（单养组）和暗纹东方鲀-凡纳滨对虾-空心菜生态立体种养（种养组）两种养殖模式下的暗纹东方鲀肌肉进行营养成分分析和比较。结果显示：两种养殖模式下暗纹东方鲀肌肉中常规营养成分、氨基酸组成和含量及脂肪酸组成差异不显著；单养组C16∶1、C18∶1n9c含量和单不饱和脂肪酸总量（∑MUFA）显著高于种养组；种养组多不饱和脂肪酸总量（∑PUFA）显著高于单养组。说明不同养殖模式对暗纹东方鲀肌肉中MUFA、∑MUFA及∑PUFA产生显著影响。     

暗纹东方鲀与似刺鳊鮈池塘混养技术

根据暗纹东方鲀、似刺鳊鮈的生物学特性,开展了暗纹东方鲀与似刺鳊鮈池塘混养试验。养殖实践表明,在暗纹东方鲀养殖池塘中混养似刺鳊鮈,在不另外增加投饲的情况下,可增加池塘综合产出,提升养殖效益。本文总结了暗纹东方鲀与似刺鳊鮈池塘混养技术,具体包括池塘条件、放养前准备、苗种放养、投饲管理、水质管理、病害防治、日常管理、捕捞销售与越冬等方面内容,以期为暗纹东方鲀与似刺鳊鮈池塘混养技术推广提供参考。     

温度对暗纹东方鲀和菊黄东方鲀幼鱼瞬时耗氧速率的影响

采用密闭 呼吸室法,研究了不同温度(11、15、19、23、27和31 ℃)下暗纹东方鲀和菊黄东方鲀幼鱼（约20 g）单位体重瞬时耗氧速率的变化规律,及其与溶氧水平的关系。结果表明：暗纹东方鲀和菊黄东方鲀幼鱼瞬时耗氧速率(V)均随实验时间(t)增加而降低,且呈现良好的幂函数负增长相关(V=a t^b,r²>0.98,P<0.01);在适宜溶氧范围内,暗纹东方鲀和菊黄东方鲀幼鱼属于顺应呼吸型,V随溶氧水平降低而降低,但在临近临界点时,暗纹东方鲀和菊黄东方鲀幼鱼耗氧率均表现为“调节管理”模式,即幼鱼用增加呼吸频率来保持一定的耗氧率,以维持基本的生命活动,而V与溶氧水平(DO)呈现良好的二次函数关系(r²>0.95,p<0.01);暗纹东方鲀和菊黄东方鲀幼鱼耗氧率均随水温升高而升高,呈现良好的直线增长相关(r²>0.95,P<0.01);在常规池塘养殖水温范围内,暗纹东方鲀幼鱼的耗氧率比菊黄东方鲀高;暗纹东方鲀和菊黄东方鲀幼鱼Q₁₀值分别是2.84和2.65。建议在暗纹东方鲀和菊黄东方鲀的实际养殖和运输过程中,当溶氧水平低于3 mg/L时,应及时启动急救措施。     

暗纹东方鲀几种组织中可培养细菌的组成分析

采用16S rDNA特征序列PCR-DGGE法,分析了不同饵料饲养的暗纹东方鲀的表皮、肠道和河鲀毒素累积组织(肝和卵巢)中可培养细菌的群落组成.根据分子系统发育分析,共鉴定出45种可培养细菌,在这些细菌中,以变形细菌的gamma亚群占多数,其它分别隶属于低GC含量革兰氏阳性菌和高GC含量革兰氏阳性菌.摄食不同饵料的暗纹东方鲀,其肠道、表皮或河鲀毒素累积组织中的细菌菌落组成是不同的,但不管是摄食人工配合饲料或天然饵料,在暗纹东方鲀的肠道、表皮或河鲀毒素累积组织中,均发现已有报道的可产河鲀毒素的细菌类群,表明饵料来源对暗纹东方鲀的河鲀毒素产生不是必需的.     

暗纹东方鲀几种组织中可培养细菌的组成分析

采用16S rDNA特征序列PCR-DGGE法,分析了不同饵料饲养的暗纹东方鲀的表皮、肠道和河鲀毒素累积组织(肝和卵巢)中可培养细菌的群落组成.根据分子系统发育分析,共鉴定出45种可培养细菌,在这些细菌中,以变形细菌的gamma亚群占多数,其它分别隶属于低GC含量革兰氏阳性菌和高GC含量革兰氏阳性菌.摄食不同饵料的暗纹东方鲀,其肠道、表皮或河鲀毒素累积组织中的细菌菌落组成是不同的,但不管是摄食人工配合饲料或天然饵料,在暗纹东方鲀的肠道、表皮或河鲀毒素累积组织中,均发现已有报道的可产河鲀毒素的细菌类群,表明饵料来源对暗纹东方鲀的河鲀毒素产生不是必需的.     

应用PCR-DGGE指纹图谱技术分析盐水鸭贮藏过程中的细菌多样性

利用传统平板培养和变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱相结合的方法,对盐水鸭在4 ℃贮藏期间的细菌多样性进行了分析.传统培养方法结果显示:盐水鸭在贮藏期间细菌数量增加迅速.PCR-DGGE对盐水鸭及平板培养物中的细菌组成分析结果显示:腐生葡萄球菌(Staphylococci saprophyticus)、溶酪大球菌(Macrococcus caseolyticus)、魏斯氏菌(Weissella sp.)、中度嗜盐菌(Halomonas sp.)和盐单胞菌(Cobetia sp.)是盐水鸭的主要细菌,而腐生葡萄球菌、溶酪大球菌和魏斯氏菌是平板培养物中的主要细菌.     

利用PCR-DGGE技术对自然堆肥微生物群落多样性的分析

以牛粪和稻草为堆肥原料,对自然堆肥过程进行传统培养法和PCR-DGGE技术的分析,研究了自然堆肥微生物菌群在堆肥不同时期的多态性变化。结果表明,自然堆肥微生物数量呈升高-降低-升高-降低的趋势变化,在堆肥的升温期微生物数量明显增多、高温期有所下降、降温期再次增加。通过DGGE分子生态学手段研究表明,在堆肥的升温期种群的多样性指数也大大的增加、高温期减少、降温期再次增加,与传统培养法成相似的变化规律。     

PCR-DGGE技术分析不同地区野生锯缘青蟹肠道菌群多样性

采用PCR-DGGE技术对7个地区的锯缘青蟹肠道菌群进行了群落结构分析和比较。结果显示7个地区的锯缘青蟹肠道菌群的结构多样性存在较大差异,相似性指数在30%～70%之间,且同一地区雌雄样本的肠道菌群相似性也存在差异。对DGGE图谱中的12条主条带进行回收、测序,结果经Blast比对,发现12个条带代表的细菌分别属于3个细菌类群：变形细菌(Proteobacterium)、厚壁菌(Firmicutes)和棍状厌氧菌(Anaerorhabdus),其中有7个条带代表的细菌为不可培养的种类。     

铬污染土壤修复过程中土壤细菌群落多样性的RFLP分析

【目的】对污染土壤修复过程中土壤细菌群落多样性的变化进行研究。【方法】以淹水培养后的模拟铬污染土壤为供试材料,通过直接提取土壤中总细菌DNA,利用细菌专一引物克隆细菌16S rDNA片段,分别建立克隆文库。利用PCR-RFLP技术,分析比较了土壤淹水10 d(对照,S1)、添加Cr(Ⅵ)淹水10 d(S2)、添加Cr(Ⅵ)和Fe(OH)3淹水10 d(S3)及20 d(S4)4个处理中土壤细菌群落的变化。【结果】用专一引物克隆细菌16S rDNA片段,分别建立了克隆文库;用限制性内切酶RsaⅠ进行细菌16S rDNA PCR-RFLP分析,分别得到123,120,97和69个酶切类型,库容值分别为54.92%,55.43%,65.33%和76.60%;Shannon-Wiener指数、Gini指数、物种丰富度指数(dMa)和物种均匀度指数(Jgi)均表现为S1>S2>S3>S4,以上4个指数的变异系数分别为11.51%,1.84%,23.64%和1.55%;基于细菌多样性参数的聚类分析结果,将对照S1和添加Cr(Ⅵ)处理的S2归于一类,而2个添加Fe处理的土壤S3和S4聚为一类。【结论】经过10 d淹水处理,土壤中添加的Cr(Ⅵ)有98%以上可发生转化,土壤残留的Cr(Ⅵ)含量基本达到稳定。添加铬矿渣处理(S2)的土壤细菌群落多样性和对照(S1)基本一致,添加氧化铁的2个处理(S3和S4)的细菌群落多样性基本接近,但低于S1和S2;添加氧化铁的处理(S3和S4)中,均出现了明显的优势细菌群落,其分别属于荧光假单胞菌属和不动杆菌属。     

基于PCR-DGGE和16S rDNA克隆技术研究土壤细菌多样性的实验技术

PCR-DGGE是测定土壤微生物多样性常用的技术手段之一,但是提供的微生物多样性信息不够完整,如果与16S rDNA克隆技术相结合,微生物多样性信息更加丰富。 PCR-DGGE和16S rDNA克隆实验技术复杂,许多新手没有成熟可靠的经验可借鉴。以土壤细菌多样性研究方法为例,分别从 DNA 提取与纯化、PCR扩增、DGGE、胶片染色技巧以及16S rDNA 克隆技术等环节进行技术体系构建,可供利用该技术的研究人员参考。     

患病与健康虾夷马粪海胆(Strongylocentrotus intermedius)体腔液菌群的PCR-DGGE分析比较

分析比较患病与健康虾夷马粪海胆体腔液菌群的PCR-DGGE指纹图谱.并通过切胶、克隆测序等步骤分析患病虾夷马粪海胆体腔液中的特异菌群.结果显示,健康海胆体腔液中菌群的PCR-DGGE指纹图谱具7个条带,其中有5个与患病海胆相同,2个为不同条带,表明健康海胆体腔液中至少含7种细菌,其中2种以上细菌随机体环境变化而消亡;患...     

1株高产红色素海洋菌的初步鉴定及色素性质研究

对威海近海海水和海泥中的产色素细菌进行筛选,从样品中分离出1株高产红色素的细菌S15,对其进行了初步鉴定,并对其色素性质进行了初步试验.利用16S rDNA通过引物对S15菌株基因组DNA进行扩增,测序得到其部分16S rDNA序列,经Blast调出与菌株16S rDNA同源的序列,用软件MEGA(4.0) 按照Neighbor-Joining 方法构建16S rDNA系统发育树,判断该菌为沙雷氏菌属的一个种.提取色素后,对该红色素理化性质的试验发现,其光、热等稳定性强,而H2O2、Ca2+、Fe3+对其稳定性影响显著.