高原型藏绵羊KAP基因单核苷酸多态性分析

试验旨在寻找角蛋白辅助蛋白(keratin-associated proteins,KAP)基因与产毛性状相关的多态位点,为藏绵羊产毛性状的分子标记提供理论依据。采用PCR-SSCP技术对高原型藏绵羊角蛋白辅助蛋白基因家族中KAP3.2、KAP7基因部分序列和KAP8基因外显子进行多态性分析。结果表明,3个基因座都存在多态性,均检测到AA、AB和BB 3种基因型。KAP3.2基因以A等位基因为优势等位基因,AA基因型为优势等位基因型;KAP7和KAP8基因均以B等位基因为优势等位基因,BB基因型为优势等位基因型。高原型藏绵羊在KAP3.2和KAP8基因座达中度多态,而在KAP7基因座为低度多态,在KAP3.2和KAP8位点上基因型频率处于Hardy-Weinberg非平衡状态。测序分析结果表明,KAP3.2和KAP8基因上分别存在1个C→T(271 bp)和1个T→C(1122 bp)的突变,均属于同义突变,KAP7基因5′调控区存在1个T→C(102 bp)的突变。     

高原型藏绵羊KAP 基因单核苷酸多态性分析

试验旨在寻找角蛋白辅助蛋白(keratin-associated proteins,KAP)基因与产毛性状相关的多态位点,为藏绵羊产毛性状的分子标记提供理论依据。采用PCR-SSCP技术对高原型藏绵羊角蛋白辅助蛋白基因家族中KAP 3.2、KAP 7基因部分序列和KAP 8基因外显子进行多态性分析。结果表明,3个基因座都存在多态性,均检测到AA、AB和BB 3种基因型。KAP 3.2基因以A等位基因为优势等位基因,AA基因型为优势等位基因型;KAP 7和KAP 8基因均以B等位基因为优势等位基因,BB基因型为优势等位基因型。高原型藏绵羊在KAP 3.2和KAP 8基因座达中度多态,而在KAP 7基因座为低度多态,在KAP 3.2和KAP 8位点上基因型频率处于Hardy-Weinberg非平衡状态。测序分析结果表明,KAP 3.2和KAP 8基因上分别存在1个C→T（271 bp）和1个T→C(1122 bp）的突变,均属于同义突变,KAP 7基因5′调控区存在1个T→C（102 bp）的突变。     

不同绵羊群体BMP15基因多态性检测及序列分析

为了检测在小尾寒羊、无角陶赛特羊及陶×寒F1、F2代中骨形态发生蛋白15(BMP15)基因的单核苷酸多态性,试验采用PCR-RFLP、PCR-SSCP方法进行检测。结果表明:在小尾寒羊、无角陶赛特、陶×寒F1和F2代群体中均未检测到BMP15基因,编码序列第718位碱基处发生了FecXG(B2)突变,与贝尔克莱绵羊和剑桥绵羊相同,说明BMP15 B2突变在这4个绵羊群体中的自然发生率非常低。     

绵羊MyoG基因外显子的单核苷酸多态性群体遗传学分析

采用PCR—SSCP技术分析了肌细胞生成素（MyoG）基因外显子1、2在蒙古羊、无角陶赛特羊、德国肉用美利奴羊和白萨福克羊这4个绵羊品种的多态性。结果表明在在外显子1（exonⅠ）所扩增的片段中存在3种基因型（AA型、AB型和BB型），在外显子2（exonⅡ）所扩增的片段中不存在多态性。对于exonⅠ扩增片段，4个绵羊品种均检测到AA和AB基因型；BB基因型只在蒙古羊、陶赛特羊和白萨福克羊中检测到。在4个绵羊品种中，蒙古羊的AA基因型频率最高，而其它3个品种羊是AB基因型频率高；A等位基因频率明显高于B等位基因频率。exonⅠ的多态性片段测序分析表明：MyoG基因第305处发生了单碱基突变（T→C），并导致了所编码氨基酸由半胱氨酸变为精氨酸。     

不同绵羊品种FGF5基因的多态性分析

根据人和小鼠成纤维细胞生长因子5（FGFS）基因的同源序列设计引物对绵羊基因组进行PCR扩增，将扩增片段进行克隆和测序，并与人和小鼠的成纤维细胞生长因子5基因序列进行同源性比较，确定扩增的片段为绵羊的FGF5基因片段。采用PCR-SSCP技术分析了FGF5基因外显子在小尾寒羊、湖羊、藏羊、中国美利奴等4个绵羊品种的多态性。结果表明：FGF5基因在P1和P2引物扩增片段中存在PCR-SSCP多态性。经克隆测序分析，位于外显子1的引物1扩增产物存在G→T突变，该突变位点使编码的氨基酸发生A→S的改变；引物2扩增产物发生了碱基序列C→T的突变，这一突变位点没有引起编码氨基酸的改变，属于同义突变。对不同绵羊品种的基因型和基因频率统计结果表明，引物1扩增产物小尾寒羊、湖羊、藏羊以等位基因A为主，而中国美利奴羊则以等位基因B为主，且各群体均处于Hardy-Weinberg平衡；引物2扩增产物小尾寒羊、湖羊、中国美利奴羊均以等位基因E为主，而藏羊的基因型频率与其它品种有显著差异，中国美利奴羊在引物2位点的基因频率处于Hardy-Weinberg不平衡状态。     

山羊KAP9.2基因多态性研究

KAP基因家族角蛋白相关蛋白9.2(KAP 9.2)是超高硫角蛋白相关蛋白基因家族中的一员,可能在连接中间微丝角蛋白中起重要作用.研究通过DNA测序和PCR-RFLP技术对KAP9.2基因进行了研究.结果表明:KAP9.2基因在286位存在T/C突变,该突变位点能够被Pst Ⅰ识别并切割,在785个内蒙古白绒山羊、212个陕北白绒山羊及239个奶山羊个体中均出现TT、TC、CC三种基因型,其频率分别为0.047,0.519,0.434;0.180,0.592,0.228;0.431,0.544,0.025 1.T和C的等位基因频率分别为0.307,0.476,0.703和0.693,0.524,0.297.X2检验表明3个山羊品种在KAP9.2位点上均处于HardyWeinberg不平衡状态(P＜0.05),T和C等位基因的频率在绒山羊和奶山羊中差异显著(P＜0.05),C等位基因为绒山羊的优势基因,揭示该等位基因可能与绒性状有关.     

不同绵羊群体间心脏型脂肪酸结合蛋白基因第2外显子单核苷酸多态性的研究

以东北细毛羊、小尾寒羊、杜泊和道赛特4个群体为研究对象,采用PCR-SSCP方法对心脏型脂肪酸结合蛋白(heart fatty acid binding protein,H-FABP)基因第2外显子单核苷酸多态性进行检测。结果发现,H-FABP基因第2外显子存在939(A/G)、980(G/A)、1013(A/C)和1018(T/C)4个SNP位点,表现出AA、AB、BB 3种基因型;在东北细毛羊、小尾寒羊和杜泊群体中,BB型为优势基因型,在道赛特群体中,AB型为优势基因型;经χ²检验后,4个绵羊品种群体的基因频率和基因型频率均处于Hardy-Weinberg平衡状态;群体遗传多态性分析结果表明,东北细毛羊、杜泊和道赛特3个群体中的多态信息含量(PIC)均处于0.25和0.50之间,为中度多态,小尾寒羊为低度多态(PIC＜0.25);进一步分析结果表明,各个群体存在不同程度的遗传变异。     

6个绵羊群体BMP15、GDF9基因多态性分析

本研究旨在检测新吉细毛羊、中国美利奴羊(无角型)、东北细毛羊、杜×寒杂交羊(F1)、杜×寒杂交羊(F3)、白头杜泊羊6个绵羊群体骨形态发生蛋白15(bone morphogenetic protein 15,BMP15)、生长分化因子9(growth differentiation factor 9,GDF9)基因的多态性,为绵羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。以6个绵羊群体共378只个体为研究对象,利用PCR-SSCP技术检测BMP15、GDF9基因多态性;用DNAStar软件与I-TASSER软件预测蛋白质二级结构和三级结构;计算基因频率、基因型频率、Hardy-Weinberg平衡、杂合度(He)、纯合度(Ho)、有效等位基因数(Ne)和多态信息含量(PIC)。运用GraphPad Prism 6软件对新吉细毛羊群体BMP15基因多态性与产羔数进行相关性分析。结果显示,BMP15基因P1引物扩增片段存在多态性,6个群体共呈现3种基因型:AA、AC、CC,该突变为BMP15基因外显子1上58-60bp 3个碱基(CTT)缺失,新吉细毛羊、杜×寒杂交羊(F3)、白头杜泊羊的χ~2值均达到显著水平,处于Hardy-Weinberg不平衡状态,不同基因型间新吉细毛羊平均产羔数差异均不显著(P0.05);GDF9基因P2引物扩增片段存在多态性,6个群体共呈现3种基因型:DD、DE、EE,其中新吉细毛羊仅有1种基因型:DD,该突变为GDF9基因外显子2上477bp处T→C的转换,该突变未导致氨基酸的改变,除新吉细毛羊外其余5个群体χ~2值均未达到显著水平,处于Hardy-Weinberg平衡状态,说明GDF9基因T477C突变不能作为新吉细毛羊多胎性状遗传标记位点。     

6个绵羊群体BMP15、GDF9基因多态性分析

本研究旨在检测新吉细毛羊、中国美利奴羊（无角型）、东北细毛羊、杜×寒杂交羊（F1）、杜×寒杂交羊（F3）、白头杜泊羊6个绵羊群体骨形态发生蛋白15（bone morphogenetic protein 15,BMP15）、生长分化因子9（growth differentiation factor 9,GDF9）基因的多态性,为绵羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。以6个绵羊群体共378只个体为研究对象,利用PCR-SSCP技术检测BMP15、GDF9基因多态性;用DNAStar软件与I-TASSER软件预测蛋白质二级结构和三级结构;计算基因频率、基因型频率、Hardy-Weinberg平衡、杂合度（He）、纯合度（Ho）、有效等位基因数（Ne）和多态信息含量（PIC）。运用GraphPad Prism 6软件对新吉细毛羊群体BMP15基因多态性与产羔数进行相关性分析。结果显示,BMP15基因P1引物扩增片段存在多态性,6个群体共呈现3种基因型：AA、AC、CC,该突变为BMP15基因外显子1上58-60 bp 3个碱基（CTT）缺失,新吉细毛羊、杜×寒杂交羊（F3）、白头杜泊羊的χ²值均达到显著水平,处于Hardy-Weinberg不平衡状态,不同基因型间新吉细毛羊平均产羔数差异均不显著（P>0.05）;GDF9基因P2引物扩增片段存在多态性,6个群体共呈现3种基因型：DD、DE、EE,其中新吉细毛羊仅有1种基因型：DD,该突变为GDF9基因外显子2上477 bp处T→C的转换,该突变未导致氨基酸的改变,除新吉细毛羊外其余5个群体χ²值均未达到显著水平,处于Hardy-Weinberg平衡状态,说明GDF9基因T477C突变不能作为新吉细毛羊多胎性状遗传标记位点。     

绵羊PTGS2基因多态性与产羔数关联分析

研究旨在探索PTGS2基因g.65835868AG和g.65834692AG位点多态性与绵羊产羔数之间的关系,以期为绵羊多羔分子育种提供新的标记。利用Sequenom MassARRAY誖SNP技术对PTGS2基因2个单核苷酸多态(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点在多羔绵羊品种(小尾寒羊、策勒黑羊和湖羊)和单羔绵羊品种(滩羊、苏尼特羊、萨福克羊和草地型藏羊)中进行检测,并与小尾寒羊产羔数关联分析。分型结果表明,g.65835868AG和g.65834692AG位点基因型频率和等位基因频率在单、多羔绵羊品种间差异均不显著(P0.05);群体遗传学分析表明,g.65835868AG位点在滩羊、小尾寒羊和草地型藏羊3个群体中均表现为低度多态(PIC0.25),在其余4个群体中表现为中度多态(0.25PIC0.5),g.65834692AG位点在选择的7个群体中均表现为中度多态(0.25PIC0.5);卡方适合性检验结果表明,g.65835868AG位点在小尾寒羊、苏尼特羊、湖羊、策勒黑羊、滩羊和草地型藏羊6个群体中均处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05),g.65834692AG位点在选择的7个群体中均处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05);关联分析表明,g.65835868AG位点多态性与小尾寒羊不同胎次产羔数之间并无显著相关(P0.05),g.65834692AG位点小尾寒羊第2胎GG型产羔数显著高于AA型(P0.05)。综上,PTGS2基因与绵羊的繁殖性能有一定相关,且g.65834692AG位点对绵羊产羔性状有调控作用,可作为多羔绵羊选育的辅助标记。     

藏系绵羊KAP3.2基因多态性及其对部分经济性状的影响

采用PCR-SSCP和DNA测序技术,对高原型、欧拉型和乔科型3个类型共254只藏绵羊KAP3.2基因的部分序列进行多态性分析,并利用最小二乘线性模型研究了其多态性与体质量、毛长和产毛量性状的关联性。结果,3个群体藏绵羊在KAP3.2基因座上均检测到AA、AB和BB 3种基因型,高原型以A等位基因为主,欧拉型和乔科型以B等位基因为主。3个群体基因型频率均处于Hardy-Weinberg非平衡状态,高原型和欧拉型达中度多态,乔科型为低度多态。测序表明KAP3.2基因271 bp处存在1个C→T的突变,属同义突变。体质量性状上,3类藏绵羊各基因型间均差异不显著;毛长性状上,3类藏绵羊AA基因型均显著高于BB型(P<0.05或P<0.01),而与AB型间无显著差异;产毛量性状上,3类藏绵羊AA基因型均显著高于BB和AB型(P<0.05)。结果表明,KAP3.2基因可作为影响藏系绵羊毛长和产毛量性状的分子标记。     

5个绵羊群体PRLR基因多态性与产羔数的关联分析

为探究绵羊PRLR基因多态性与产羔性状的相关性,以杜泊羊、滩寒羊、杂一代、杂二代、横交一代5个绵羊群体为研究对象,利用Sequenom MassARRAY? SNP技术对5个绵羊群体PRLR基因rs420297088、rs1090506607、rs600947105、rs601570033、rs590565409等错义...     

6个绵羊群体骨形态蛋白受体1B基因多态性分析

试验旨在分析6个绵羊群体骨形态蛋白受体1B(bone morphogenetic protein receptor-1B,BMPR-1B)基因多态性,为绵羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。采集新吉细毛羊、中国美利奴羊(无角型)、东北细毛羊、杜×寒杂交羊(F1)、杜×寒杂交羊(F3)、白头杜泊羊6个绵羊群体共381只个体的血样,通过PCR-RFLP技术检测BMPR-1B基因多态性,并用DNAStar软件预测蛋白质二级结构,利用Excel 2003软件计算基因频率、基因型频率、Hardy-Weinberg平衡,以及遗传多样性参数(杂合度(He)、纯合度(Ho)、有效等位基因数(Ne)和多态信息含量(PIC))。结果显示,新吉细毛羊、东北细毛羊、中国美利奴羊(无角型)、白头杜泊羊BMPR-1B基因均不存在多态性;杜×寒杂交羊(F1)、杜×寒杂交羊(F3)具有多态性,存在3种基因型:++、B+和BB。杜×寒杂交羊(F1)χ2值达到显著水平,处于Hardy-Weinberg不平衡状态;杜×寒杂交羊(F3)χ2值未达到显著水平,处于Hardy-Weinberg平衡状态。杜×寒杂交羊(F1)、杜×寒杂交羊(F3)的PIC分别为0.311和0.264,为中度多态。推测BMPR-1B基因不是新吉细毛羊、东北细毛羊、中国美利奴羊(无角型)、白头杜泊羊4个绵羊群体多胎性状的主效基因,但可作为杜×寒杂交羊(F1)、杜×寒杂交羊(F3)多胎性状的主效基因。     

6个绵羊群体骨形态蛋白受体1B基因多态性分析

试验旨在分析6个绵羊群体骨形态蛋白受体1B（bone morphogenetic protein receptor-1B,BMPR-1B）基因多态性,为绵羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。采集新吉细毛羊、中国美利奴羊（无角型）、东北细毛羊、杜×寒杂交羊（F1）、杜×寒杂交羊（F3）、白头杜泊羊6个绵羊群体共381只个体的血样,通过PCR-RFLP技术检测BMPR-1B基因多态性,并用DNAStar软件预测蛋白质二级结构,利用Excel 2003软件计算基因频率、基因型频率、Hardy-Weinberg平衡,以及遗传多样性参数（杂合度（He）、纯合度（Ho）、有效等位基因数（Ne）和多态信息含量（PIC））。结果显示,新吉细毛羊、东北细毛羊、中国美利奴羊（无角型）、白头杜泊羊BMPR-1B基因均不存在多态性;杜×寒杂交羊（F1）、杜×寒杂交羊（F3）具有多态性,存在3种基因型：++、B+和BB。杜×寒杂交羊（F1）χ²值达到显著水平,处于Hardy-Weinberg不平衡状态;杜×寒杂交羊（F3）χ²值未达到显著水平,处于Hardy-Weinberg平衡状态。杜×寒杂交羊（F1）、杜×寒杂交羊（F3）的PIC分别为0.311和0.264,为中度多态。推测BMPR-1B基因不是新吉细毛羊、东北细毛羊、中国美利奴羊（无角型）、白头杜泊羊4个绵羊群体多胎性状的主效基因,但可作为杜×寒杂交羊（F1）、杜×寒杂交羊（F3）多胎性状的主效基因。     

TSHR基因T315A位点在不同繁殖特性绵羊群体中的多态性研究

试验以促甲状腺激素受体(thyroid stimulating hormone receptor,TSHR)作为影响绵羊季节性繁殖的候选基因开展了多态性分析研究。结果在绵羊TSHR基因CDS区发现了一处c.31AG突变位点,该突变为错义突变(T315A)。该位点在不同繁殖特性(季节性繁殖和常年发情)绵羊群体的基因型和等位基因频率有着明显不同的分布趋势,GG基因型和G等位基因为常年发情的3个绵羊品种(多浪羊、小尾寒羊、湖羊)的优势基因型和优势等位基因;常年发情的3个绵羊群体和季节性繁殖的3个绵羊群体之间等位基因G/A比值存在显著性差异(P0.05)。研究结果表明该SNP位点上G等位基因与绵羊常年发情性状具有显著的相关性,该位点碱基突变可能导致TSHR构象改变,与TSH结合能力发生变化,进行影响到绵羊的季节性繁殖活动。     

线粒体DNA ND4基因在绵羊群体中的多态性研究

为了分析线粒体DNA ND4基因在3个绵羊群体中的多态性,试验采用PCR扩增与基因测序的方法,以宁夏地方品种滩羊、小尾寒羊和蒙古羊为研究对象,利用已发表的羊ND4基因全序列设计特异性引物。结果表明:ND4基因在绵羊群体中具有多态性,扩增的目的基因序列长度为268 bp。     

绵羊MMP-2基因多态性与产羔数的关联分析

采用全基因组重测序结合Sequenom MassARRAY~?SNP技术,研究基质金属蛋白酶2(Matrix Metallopeptidase 2,MMP-2)基因g.23253382CT、g.23250947CT两个位点在多羔绵羊品种(湖羊、策勒黑羊和小尾寒羊)和单羔绵羊品种(萨福克羊、滩羊、苏尼特羊和草原型藏羊)中的多态性及其与小尾寒羊产羔数的关联。结果表明:MMP-2基因g.23253382CT和g.23250947CT位点在单、多羔绵羊品种中均存在CC、CT、TT三种基因型,且2个位点的基因型频率和等位基因频率在单、多羔品种间差异均不显著(P0.05)。g.23253382CT位点在单、多羔绵羊品种中均表现为低度多态(PIC0.25);g.23250947CT位点在策勒黑羊和苏尼特羊中表现为低度多态,在其余5个品种中表现为中度多态(0.25PIC0.5)。g.23253382CT、g.23250947CT两个位点在7个绵羊品种中均处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05)。关联分析表明,MMP-2基因位点g.23253382CT、g.23250947CT的不同基因型与小尾寒羊第1、2、3胎次的产羔数均无显著关联(P0.05)。可见,MMP-2基因g.23253382CT、g.23250947CT不适于小尾寒羊产羔性状的选育。     

绵羊PLIN基因多态性检测

试验利用PCR和DNA测序技术对3个绵羊群体中90个个体进行PLIN基因多态性检测。结果表明,PLIN基因在试验群体中存在TT型、CC型和TC型3种基因型,群体中TT基因型频率4%,CT基因型频率为60%,CC基因型频率为36%,C、T等位基因频率分别为66%、34%。     

不同绵羊品种GHSR基因多态性与生长性状的关联分析

以GHSR基因为候选基因,随机选取滩羊、小尾寒羊和兰州大尾羊3个品种共计1 249个个体为试验材料,利用DNA池测序结合琼脂糖凝胶电泳方法,检测突变多态性,分析其与体重、生长性状的相关性。试验结果表明,在GHSR基因的第一内含子上存在24 bp的插入/缺失突变,3个绵羊品种中均存在AA、AB、BB 3种基因型。该位点的多态性与3种绵羊8个生长性状指标关联分析显示,兰州大尾羊BB基因型的个体体重显著高于其他基因型;AB基因型的个体体高、十字部高显著高于其他基因型;小尾寒羊AB基因型的个体胸宽显著高于其他基因型;AA基因型的个体体高、十字部高显著高于BB基因型;滩羊AB基因型的个体体斜长、体重显著高于AA基因型,BB基因型的个体体高显著低于其他基因型。研究表明:GHSR基因可以作为3种绵羊生长性状的候选基因,为绵羊育种选育提供新思路。     

洼地绵羊MHC-DRB1基因PCR-RFLP多态性分析

为了探讨洼地绵羊MHC-DRB1基因的多态性,采用套式PCR扩增82只洼地绵羊的MHC-DRB1基因第2外显子,其296 bp扩增产物经Sac Ⅰ、Hae Ⅲ限制性内切酶酶切后进行RFLP多态性分析.结果表明,洼地绵羊的MHC-DRB1基因外显子2在Sac Ⅰ、Hae Ⅲ的酶切位点存在多态性,测序发现,这些酶切位点分别...