鲤野生和养殖群体遗传多样性分析中的微卫星(SSLP)分析

采用7个微卫星标记,研究了鲤(Cyprinus carpio)、高寒鲤和荷包红鲤抗寒品系(Cyprinus carpio var.wananensis)三个群体的遗传变异。结果显示,鲤野生群体、高寒鲤、荷包红鲤抗寒品系的平均杂合度分别为0.276、0.147、0.0952,平均无偏倚杂合度期望值为0.431、0.355、0.305。鲤野生群体的杂合度明显高于其他两个养殖品种,说明其较其他两个养殖品种的遗传多样性丰富。     

4个群体鲢mtDNA D-loop的PCR-RFLP分析

采用PCR技术扩增了湖北监利、江西瑞昌、湖南长沙3个长江野生群体和天津宁河1个人工繁殖群体(已繁殖6代)共158尾鲢(Hypophthalmichthys molitrix)mtDNA D-loop区段,并用14种核酸内切限制酶对扩增片段进行酶切。结果显示:所有试验鱼均扩增出约1.6 kb的DNA片段,10种限制酶有酶切位点,共检测出16种单倍型,以单倍型Ⅰ为主,在各群体中所占比例为57.5%~90.0%。鲢4个群体的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数为0.1885~0.6526和0.001182~0.007570。瑞昌群体与监利群体的Rogers遗传距最小,为0.1250;监利群体与宁河群体的Rogers遗传距最大,为0.2693。χ2检验结果显示4个群体间的遗传差异显著(P<0.01)。在4个群体中,宁河人工繁殖群体的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均最高,并且HinfⅠ的C酶切类型为宁河群体所特有,达20.0%。     

3个群体泥鳅mtDNA D-loop的PCR-RFLP分析

采用PCR-RFLP方法,对采自安徽怀远、河南范县及安徽舒城的3个群体共112尾泥鳅(Misgurnus anguilli-caudatus)线粒体DNA(mtDNA)的D-loop区段进行PCR扩增,使用11种核酸限制性内切酶进行酶切。结果显示,在11种内切酶中,8种有酶切位点,4种存在个体间变异,共产生7种单倍型。怀远、范县和舒城群体的核苷酸多样性指数为0.0033、0.0083、0.0011,单倍型多样性指数分别为0.6048、0.8370、0.2344。范县与怀远、舒城群体间的Rogers遗传距离分别为0.3456和0.6847,怀远和舒城群体间的Rogers遗传距离为0.6326。SspⅠ的酶切类型C组成的单倍型在舒城群体中占87.5%,而在范县群体中为0;同时发现,SspⅠ的酶切类型C、D和XspⅠ的酶切类型B分别组成的单倍型仅在范县群体中存在。     

3个群体泥鳅mtDNA D-loop的PCR-RFLP分析

采用PCR-RFLP方法,对采自安徽怀远、河南范县及安徽舒城的3个群体共112尾泥鳅（Misgurnus anguilli-caudatus）线粒体DNA（mtDNA）的D-loop区段进行PCR扩增,使用11种核酸限制性内切酶进行酶切。结果显示,在11种内切酶中,8种有酶切位点,4种存在个体间变异,共产生7种单倍型。怀远、范县和舒城群体的核苷酸多样性指数为0.0033、0.0083、0.0011,单倍型多样性指数分别为0.6048、0.8370、0.2344。范县与怀远、舒城群体间的Rogers遗传距离分别为0.3456和0.6847,怀远和舒城群体间的Rogers遗传距离为0.6326。SspⅠ的酶切类型C组成的单倍型在舒城群体中占87.5%,而在范县群体中为0;同时发现,SspⅠ的酶切类型C、D和XspⅠ的酶切类型B分别组成的单倍型仅在范县群体中存在。     

TLR9基因SNP位点检测及其在7种鲤中的遗传多样性研究

采用直接测序法对7种鲤(Cyprinus carpio):德国镜鲤(C.carpio L.mirror)、松荷鲤(C.carpio L)、松浦鲤(C.carpio var.Songpu)、易捕鲤(C.carpio var.Yibu)、大头鲤(C.pellegrini T.)、松浦镜鲤(C.carpio var.Songpu mirror)和野鲤(C.carpio haematoperus)TLR9基因的SNP位点的多态性和遗传多样性进行了研究。结果显示,在292个个体中共检测出37个碱基变异位点,均位于基因外显子区域,占整个片段长度的0.84%,其中20个SNP位点为非同义突变。野鲤的碱基突变位点最多,松浦镜鲤的碱基突变位点最少(P<0.05),其他各品种间无显著性差异(P>0.05);野鲤的非同义突变位点最多,松浦镜鲤的非同义突变位点最少(P<0.05),其他各品种间无显著性差异(P>0.05)。稀有等位基因频率大于0.05时,经Hardy-Weinberg卡方检验结果显示各品种中除了德国镜鲤和松浦镜鲤外,大多数位点都处于平衡状态(P>0.05);各品种的PIC值处于中低度多态水平(PIC<0.5)。卡方检验分析结果显示,各品种间共有24个位点的基因型频率存在显著性差异(P<0.05),其中11个位点为非同义突变位点,这可能是影响TLR9基因免疫应答功能的原因。     

祁连山裸鲤和青海湖裸鲤mtDNA cyt b基因和D-loop区序列特征及遗传分化

对65尾祁连山裸鲤(Gymnocypris chilianensis)和40尾青海湖裸鲤(G.przewalskii)mt DNA cyt b基因(Cytochrome b,cyt b 1140 bp)和D-loop区(747 bp)基因片段进行了扩增和测定,探讨了上述基因片断的序列特征和两种裸鲤的遗传分化关系。结果显示,2个基因片段的G含量普遍较低,在编码基因cyt b各密码子的第三位上表现得尤为突出。线粒体DNA cyt b和D-loop基因片段均存在明显的遗传分化,核苷酸替代速率cyt bDloop。基于核苷酸最佳替换模型计算2种间的遗传距离,cyt b为0.08,D-loop为0.03。基于cyt b基因序列分析结果表明,两物种发生遗传分化的时间在距今约220万年的更新世初期,与青藏高原隆升时期相吻合。     

3个群体鳙鱼mtDNA D-loop区段的限制性片段长度多态性分析

鳙鱼（Aristichthys nobilis）采自江西瑞昌、湖南氐沙的天然群体以及天津宁河的人工繁殖群体共127尾，对其线粒体DNA的D-loop区段进行PCR扩增，使用12种核酸内切限制酶酶切。酶切结果显示，在12种内切酶中，8种有酶切位点，2种个体间有变异，为AfaⅠ和HinfⅠ，共得到7种单倍型。依据单倍型频率的组成情况，计算出瑞昌与长沙、宁河群体间的Rogers遗传距离分别为0．7283和0．5007，长沙和宁河群体间的Rogers遗传距离为0．8135。Afa Ⅰ的酶切类型C和HinfⅠ的酶切类型B组成的单倍型，在长沙群体中占87．5％，而在瑞昌和宁河群体中均为零。由此可以认为鳙鱼瑞昌群体和长沙群体可能是两个隔离的独立群体。     

元江鲤3个连续选育世代的遗传多样性与遗传结构变化

为了掌握元江鲤(Cyprinus carpio yuankiang)3个连续选育世代群体遗传结构变化情况,采用微卫星分子标记分析了群体遗传多样性水平和遗传结构。结果显示：15个微卫星位点在3个群体中共获得116个等位基因,平均7.73个/位点,每世代平均等位基因数从7.266 7减少至5.066 7,观测杂合度从0.768 0降低至0.758 5,多态信息含量从0.763 4降低至0.745 1,遗传多样性水平降低。相邻世代间的遗传距离从0.080 6减小至0.044 9,遗传相似性从0.846 4增加至0.874 7,遗传相似性逐步提高。相邻世代间的遗传分化系数(F_st)从0.068 1降低至0.023 0,世代间的遗传分化已处于低分化水平,人工选育已对元江鲤育种群体的遗传结构产生了显著影响。     

铜在鲤体内的蓄积及毒性的研究

采用半静态法将鲤(Cyprinus carpio)暴露于不同浓度的铜溶液中,研究了铜在鱼体中的吸收富集及毒性。结果表明:铜在鲤肝、肾、鳃和肌肉中的积累量均随着铜浓度的升高而增加。鲤各部位对铜的蓄积能力依次是肝、肾、鳃、肌肉,且肝、肾中铜的积累量明显高于鳃和肌肉,鲤对铜具有较强的蓄积毒性。中毒鱼体色变黑,生长受到抑制,临死前出现神经症状;鳃小片上皮增生、变性、坏死;肝细胞和肾小管上皮细胞空泡变性、溶解性坏死。     

亚硝酸盐中毒鲤的血液和组织病理学研究

选取120尾体重为(5.0±0.058)g鲤(Cyprinus carpio)鱼种,观察鲤亚硝酸盐氮中毒后的症状和死亡情况,测定各浓度组中毒鲤的红细胞数量(RBC)和血红蛋白(Hb)含量,并对中毒死亡鲤进行组织病理学研究。结果显示:亚硝酸盐氮(NO2-N)对鲤48、96 h的半数致死浓度(LC50)分别为12.6895 mg/L和9.3111 mg/L;安全浓度为0.8308 mg/L。亚硝态氮的浓度和血细胞数量呈负相关性,而与血红蛋白的含量不相关。高浓度的亚硝酸盐使得试验鱼的鳃和肝胰脏组织产生异常变化,出现血管扩张,充血或淤血以及细胞变性等一系列的组织病理学变化;而低浓度组的组织发生的变化不明显。     

3个群体草鱼mtDNA D-Loop的PCR-RFLP分析

采用PCR技术对江西瑞昌、湖南长沙、天津宁河3个群体的144尾草鱼线粒体DNA（mtDNA）D—Loop区段的限制性片段长度多态性（RFLP）进行了分析。PCR扩增出的mtDNA D—Loop区段,用11种核酸内切限制酶酶切。结果显示：扩增出的142尾试验鱼的mtDNA D-Loop区段为1．6kbp,长沙群体中的两尾为1．8khp,个体间存在长度变异现象;6种限制酶具有酶切位点,共检测到两种单倍型,其中长沙群体中有长度变异的两尾为一种单倍型,142尾为另一种单倍型;瑞昌和宁河两群体内的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均为0,长沙群体内的分别为0．0816、0．00315;长沙群体与瑞昌（或宁河）群体间的核苷酸歧化距离以及Rogers遗传距离分别为0．0000343和0．6783;X^2检验结果显示3个群体间的遗传差异不显著（P〉0．05）。表明离草鱼mtDNA D—Loop区段的遗传多样性很低。     

濒危鱼类稀有白甲鱼清水江种群mtDNA D-loop序列多态性

本文采用PCR、克隆结合DNA测序技术对分布于贵州清水江的30尾稀有白甲鱼mtDNA D-loop 3’端共计478bp的碱基序列进行了测定分析,首次进行了稀有白甲鱼mtDNA D-loop序列多态性研究。该序列共发现了25个多态位点,约占其核苷酸总数的5.23%。其中23个为转换位点(A-G,C-T),2个为转换与颠换同时存在的位点。30个个体分属18种单倍型。稀有白甲鱼mtDNA核苷酸多样性（π）为0.0107,平均核苷酸差异数（K）为5.092。单倍型多样度（H）为0.940,单倍型间平均遗传距离（P）为0.014。用单倍型间遗传距离构建的NJ系统树由2个支系组成。稀有白甲鱼清水江种群mtDNA D-loop序列存在着丰富的多态性,该种群的遗传多样性丰富。保护稀有白甲鱼清水江种群对于保护和恢复稀有白甲鱼这一濒危经济鱼类具有重要的意义。     

鲤属鱼类mtDNA控制区（D—环区）序列的变异性分析

采用PCR-测序技术对我国鲤属7个种，亚种和2个品种共62个个体（其中鲤的样品包括采自长江，黄河，松花江三个水系的共4个种群）。进行了mtDNA控制区（D-环区）始自3‘端共459bp碱基的序列测定。发现其D-环区3‘端至中央保守区之间不似其他鱼类和哺乳类是一个单一的高变区，而是在其内部还插有一段长约110bp的保守区，这很可能是鲤属鱼类mtDNAD-环区自身的一个特点。     

珠江水系光唇裂腹鱼可渡河种群mtDNA D-loop序列多态性分析

40尾光唇裂腹鱼(Schizothorax lissolabiatus)采自珠江水系可渡河,采用PCR扩增和直接测序技术对其mtDNA D-loop区481bp的序列进行了测定分析。该序列共计发现了10个变异位点,占分析总位点数的2.08%。定义了10种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.733,单倍型间平均遗传距离(P)为0.0051。核苷酸多样性(π)为0.0027,平均核苷酸差异数(K)为1.301。用单倍型间遗传距离构建的NJ树由2个支系组成。该研究显示光唇裂腹鱼可渡河种群mtDNA D-loop区多态性较低,表明光唇裂腹鱼可渡河种群遗传多样性贫乏,有必要采取综合措施开展光唇裂腹鱼可渡河种群的保护。     

大菱鲆引进群体与国内累代繁养群体线粒体D-loop区部分序列的遗传多态性分析

采用PCR扩增和DNA测序技术,测定分析了引自冰岛和法国的大菱鲆两个引进群体以及1个国内累代繁养群体共60尾个体的mtDNAD-loop区部分序列的遗传多样性。结果表明,60尾个体中,扩增获得的mtDNAD-Loop区部分序列长度为739～759bp;共检测到46个变异位点,其中单一变异位点17个,简约信息位点29个;共检测出56个单倍型,各群体的单倍型多样度分别为冰岛1．000、法国0．950、累代繁养0．850。3个群体的核苷酸多态性分别为冰岛0．00797、法国0．01134和累代繁养0．00616。各群体间的遗传分化系数分别为冰岛＂US法国0．53441、冰岛＂OS累代繁养0．27723、法国VS累代繁养0．60725。虽然3个群体的遗传多样性都不高,但是各种群之间存在一定的遗传分化,可以分别作为单独的种群进行种质保存和利用,特别是法国种群与其他两个种群间的遗传距离更远,更具引种价值。     

我国6个鲤群体的mtDNA D-loop序列遗传变异分析

探讨当前中国鲤（Cyprinus carpio）野生群体和育成品种的遗传结构及变异情况,以期丰富鲤种质资源的研究数据,为后期鲤的种质挖掘和遗传育种提供更多参考。收集了鲤的４个野生群体（清水江鲤、太湖鲤、黄河鲤和黑龙江鲤）和２个育成品种（福瑞鲤和松浦鲤）共计185尾个体,进行mtDNA D-loop序列测序分析。全长927~930bp的D-loop序列有36个变异位点。所有个体呈27个单倍型,其中清水江鲤和太湖鲤的单倍型数量较多（分别为18和9个）,而福瑞鲤和松浦鲤各存在１个优势单倍型（占有率分别为93％和80％）。Fst值检验发现,松浦鲤与黑龙江鲤间遗传分化不显著（P>0.05）,其余群体间均呈极显著遗传分化（P<0.01）。基于群体间K2P遗传距离（0.005 ~ 0.013）的NJ树显示,福瑞鲤和黄河鲤首先聚类,然后依次与清水江鲤和太湖鲤聚类;最后与松浦鲤和黑龙江鲤所在的另一支聚类。分子方差分析显示,群体间遗传变异极显著（P<0.01）,占总变异的35.59％。研究表明,鲤的野生群体（清水江鲤和太湖鲤）存在较高的遗传多样性,具有进一步选育利用的潜力;而２个育成品种（福瑞鲤和松浦鲤）在选育过程中积累了较高的遗传纯度。     

湖北淤泥湖团头舫mtDNA限制性片段长度多态性的研究

用ＢａｍＨＩ、ＢｇｌＩ、ＣｌａＩ、ＥｃｏＲＩ、ＨｉｎｄⅢ、ＫｐｎＩ、ＰｓｔＩ，ＰｖｕⅡＳａｃⅡ、ＳａｃＩ、ＳｃａＩ、ＸｂａＩ，ＸｂａＩ和ＸｈｏＩ十四种限制性内切酶对来源于湖北淤泥湖的团头舫进行线粒体ＤＮＡ限制性片估长度多态性研究。初步表明ＤＮＡ上切点呈现不同程度的多态性。共检测到六种母集集团。发现一尾团头舫ｍｔＤＮＡ分子大小比普通型鱼ｍｔＤＮＡ小约０．７０ｋｂ。呈现出ｍｔＤＮＡ发子大小多态现象。