不同鸡种胚胎腿肌差异表达mRNA和lncRNA的筛选及其竞争性调控网络的构建

旨在筛选藏鸡和大恒肉鸡胚胎期骨骼肌差异表达的mRNA和lncRNA,并构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性调控网络,为进一步探讨两个鸡品种骨骼肌生长发育速度的差异机制奠定基础。随机选取已孵化18 d的藏鸡和大恒肉鸡胚胎各3个,采集胚胎腿肌组织进行转录组测序。筛选两个品种中差异表达的mRNAs和lncRNAs,对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,并对lncRNA的靶标miRNA以及靶向mRNA的miRNA进行预测,筛选与肌肉发育相关的mRNA和lncRNA构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性调控网络,最后利用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)对测序结果进行验证。结果显示,共有106个mRNAs在两个品种中差异表达,其中上调表达mRNAs 48个,下调表达mRNAs 58个。差异表达lncRNAs共有28个,其中10个上调,18个下调。差异表达mRNA的GO富集结果显示,骨骼肌细胞分化条目被显著富集,KEGG富集分析中脂质代谢通路被显著富集。lncRNA靶基因的KEGG富集结果显示,在10个显著富集通路中,有基因显著富集于类固醇生物合成和脂肪酸生物合成等与脂质代谢...     

不同精粗比日粮对奶牛血液代谢物变化及代谢通路的影响

试验旨在探究不同精粗比日粮下奶牛血液代谢物及其代谢通路的变化规律。将24头2胎次、健康且产后3周左右的中国荷斯坦奶牛分为2组，每组12头，分别饲喂低精粗比日粮（精粗比为40:60）和高精粗比日粮（精粗比为60:40），于第45天晨饲前尾部采血取样，进行非靶向代谢组学分析。结果表明：40:60组与60:40组共49种差异代谢物，上调代谢物18种，下调代谢物31种，主要富集的代谢通路有丙酮酸代谢、糖降解与糖异生、核黄素代谢、烟酸和烟酰胺代谢、硫胺素代谢等。由此可见，不同精粗比日粮会对奶牛的核苷酸代谢和碳水化合物代谢产生影响，进而影响奶牛机体能量代谢。     

发情和乏情初产母猪下丘脑-垂体-卵巢轴差异表达基因筛选及分析

研究旨在分析发情和乏情初产母猪下丘脑-垂体-卵巢轴基因表达的差异,探讨母猪乏情调控的分子机制。选用6头健康的断奶初产母猪,分为发情组（3头）和乏情组（3头）,屠宰后分别采集下丘脑、垂体、卵巢进行转录组测序（RNA-Seq）、GO功能富集、KEGG通路及相关蛋白的Western blotting分析。结果发现,发情组下丘脑、垂体、卵巢分别获得52 432 800、52 573 730和52 209 252条clean reads,与猪参考基因组（Sus scrofa 11.1）的比对率分别为78.69%、81.49%和79.26%;乏情组下丘脑、垂体、卵巢分别获得52 516 724,52 476 820和52 195 962条clean reads,与猪参考基因组的比对率分别为82.38%、83.05%和80.20%。与发情组母猪相比,乏情组母猪下丘脑中共有710个差异表达基因,其中上调基因392个,下调基因318个;垂体中共有707个差异表达基因,其中上调基因283个,下调基因424个;卵巢中共有956个差异表达基因,其中上调基因635个,下调基因321个。3种组织中的共有差异表达基因为36个。与母猪情期调控相关的亲吻素-1（KISS1）、G-蛋白偶联受体54（GPR54）、速激肽3（TAC3）、速激肽3受体（TACR3）、17-α-羟化酶/17,20碳链裂解酶（CYP17A1）、芳香化酶（CYP19A1）、类固醇激素合成急性调节蛋白（STAR）、促性腺激素释放激素受体（GnRHR）和雌激素受体1（ESR1）基因在乏情组母猪体内显著下调（P<0.05;P<0.01）。Western blotting分析结果显示,TAC3、TAC3R、KISS1和GPR54相关蛋白在乏情组母猪下丘脑中也显著下调（P<0.05）。GO和KEGG通路分析发现,差异表达基因显著富集于正调控胆固醇酯化反应、卵巢类固醇生成、GnRH信号通路、FoxO信号等一些与类固醇激素生成和卵泡发育相关的信号通路。本研究结果表明,发情和乏情初产母猪下丘脑-垂体-卵巢轴上与情期调控相关的基因存在差异表达,尤其是Kisspeptin/GPR54和TAC3/TACR3两大系统的mRNA及蛋白表达水平在乏情组母猪下丘脑中均显著下调,推测可能是Kisspeptin/GPR54和TAC3/TACR表达受损导致了下丘脑调节功能障碍,进而导致了初产母猪乏情。该研究为揭示初产母猪乏情分子调控机制提供了重要支持,为今后利用分子技术改善母猪乏情问题提供了重要理论依据。     

基于转录组测序的饲料添加淫羊藿对番鸭睾丸组织差异表达基因分析

为研究饲料添加淫羊藿的番鸭睾丸组织相关基因和调控通路变化，本研究将60只公番鸭随机分为2组，每组3个重复，一组饲喂基础日粮（对照组），另一组饲喂基础日粮的基础上添加量为1%的淫羊藿（实验组）。饲喂75 d结束后，测定血清生殖激素和抗氧化指标，并进行睾丸组织形态学观察和高通量转录组测序。结果显示，实验组生精上皮层数多，生精细胞数量多，管腔饱满，成熟精子多。实验组血清生殖激素中睾酮含量、雌二醇含量、促卵泡素含量和促黄体素含量均显著高于对照组，实验组血清抗氧化指标中超氧化物歧化酶含量、谷胱甘肽过氧化物酶含量、总抗氧化水平均显著高于对照组，丙二醛含量显著低于对照组。通过转录组测序分析，本研究最终得到2 414个差异表达基因，这些差异表达基因主要被注释到白细胞激活、受体等过程，主要富集于细胞因子受体相互作用、铁死亡等代谢途径和信号通路。本文研究表明饲料添加淫羊藿激活了番鸭睾丸相关基因或通路表达，对番鸭繁殖力的提高具有重要意义。     

日粮精粗比对藏系绵羊精液代谢产物的影响

试验旨在阐明日粮精粗比对高原型藏羊公羊精液代谢产物的影响。选取发育良好且体重相近(26.58±1.07) kg的高原型藏羊公羊15只,随机分为3组,每组5个重复,每个重复1只羊。各组试验羊分别饲喂精粗比为70∶30 (HM组)、50∶50 (MM组)和30∶70 (LM组)的日粮。预试期15 d,正式试验期90 d。结果显示,随着日粮中精料比例逐渐提高,高原型藏羊平均采精量提高、精子活力以及精子密度均有不同程度提高。饲喂精粗比为70∶30的日粮,公羊平均精子活力、精子密度最好;饲喂精粗比为50∶50的日粮,公羊平均采精量最高。各组之间两两比较共筛选出1 954个差异代谢物,HM组与LM组间共获得718个,其中上调离子278个,下调离子440个;MM组与LM组间共获得855个,其中上调离子446个,下调离子409个;HM组与LM组间共获得381个,其中上调离子147个,下调离子234个。KEGG分析富集的通路主要包括嘌呤代谢、戊糖磷酸途径、脂肪酸生物合成、催乳素信号通路及氨基糖与核苷酸糖代谢等。筛选出甘氨酸、葡萄糖、乙酰辅酶A、二磷酸腺苷、α-D-半乳糖作为关键性差异代谢物。HM组藏羊精...     

幼龄和成年太行山羊附睾头差异竞争性内源RNAs机制分析

旨在筛选出幼龄和成年太行山羊附睾头中差异表达的长链非编码RNAs（lncRNAs）、微小RNAs（miRNAs）和mRNAs,构建太行山羊附睾头中免疫相关基因调控的竞争性内源RNAs（ceRNAs）网络。本研究选取健康状况良好、体重相近的幼龄（2月龄）和成年太行山羊（2周岁）公羊各3只,去势采集其附睾头组织进行全转录组测序,用DESeq2软件筛选出幼龄和成年太行山羊附睾头差异mRNAs、lncRNAs和miRNAs。利用miRanda软件和R-package（reshape2、dplyr、tidyr）,基于ceRNA-score原理分析得到差异ceRNAs表达谱,对预测所得具有ceRNAs关系的mRNAs进行GO和KEGG富集分析,并绘制得到太行山羊附睾头免疫相关ceRNAs网络。最后,各随机挑选8个mRNAs、miRNAs和lncRNAs,并通过qRT-PCR验证全转录组测序结果的准确性。根据分析结果,以幼龄太行山羊附睾头为对照,成年山羊附睾头差异表达mRNAs有6 461个,其中上调2 997个、下调3 464个;差异表达lncRNAs共有1 147个,其中703个上调、444个下调;差异表达miRNAs共有182个,其中81个上调、101个下调。共得到具有ceRNAs调控关系的lncRNAs 366个,其中上调213个,下调153个;mRNAs有3 131个,其中1 253个上调,1 878个下调;miRNAs有140个,其中48个上调,92个下调。分析具有ceRNAs机制的基因发现,表达量显著上调的与免疫相关的mRNAs：淋巴细胞抗原6复合位点蛋白G5B（LY6G5B）、脂质运载蛋白9（LCN9）、解整合素金属蛋白酶28（ADAM28）和粘蛋白15（MUC15）基因在成年太行山羊附睾头表达量高,且极显著高于幼龄太行山羊（P<0.01）。GO和KEGG富集分析表明,具有ceRNAs机制的差异表达基因富集在内质网蛋白加工通路、蛋白质输出通路、粘蛋白型O-聚糖生物合成通路、细胞外基质受体相互作用通路等。qRT-PCR验证结果表明,除chi-miR-320-3p外,其余差异表达的mRNAs、lncRNAs和miRNAs表达趋势与全转录组测序结果一致。附睾头免疫相关ceRNAs网络分析表明,lncRNA-MSTRG.22929.11、lncRNA-MSTRG.57822.5、lncRNA-MSTRG.26758.1、lncRNA-MSTRG.12113.3、lncRNA-MSTRG.59930.2等lncRNAs作为ceRNAs可以调控附睾头免疫相关基因表达。本研究筛选出了幼龄和成年太行山羊附睾头差异ceRNAs,挖掘并绘制了免疫相关的关键ceRNAs网络,这些lncRNAs作为ceRNAs可为太行山羊附睾头免疫调控机制研究提供参考依据。     

酵母培养物对初产母猪哺乳期血浆生化指标和代谢组的影响

本试验旨在探究饲粮中添加酵母培养物(YC)对初产母猪哺乳期血浆生化指标和代谢组的影响。选取60头健康的初产母猪,随机分为2组,分别为对照组和试验组,每组30个重复,每个重复1头猪。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加YC(妊娠期添加0.5%,哺乳期添加0.8%)。试验从母猪妊娠第30天开始,至哺乳第28天结束。结果显示：与对照组相比,YC显著降低了初产母猪哺乳期血浆中葡萄糖、总胆固醇、低密度脂蛋白和尿素氮含量(P<0.05);通过代谢组学技术在初产母猪血浆中共检测出12种差异代谢物(P<0.05),这些代谢物主要参与脂肪酸与氨基酸代谢通路。由此可见,饲粮中添加YC可以参与初产母猪哺乳期氨基酸代谢和脂肪酸代谢的调节,L-亮氨酸、D-脯氨酸、肌酸可能是YC参与调控初产母猪哺乳期代谢的重要生物标志物。     

乏情和发情初产母猪下丘脑-垂体轴中miRNA表达谱比较分析

【目的】从神经内分泌系统揭示微小RNA(microRNA,miRNA)调控初产母猪情期活动的遗传机制。【方法】利用RNA-Seq技术对乏情和发情初产母猪下丘脑-垂体轴中的small RNA进行测序,获得了母猪下丘脑和垂体miRNA表达谱,并对筛选的差异表达miRNA进行GO和KEGG等功能分析。【结果】从所构建的4个文库中共鉴定出1 096个miRNAs,其中已知miRNAs 364个,新预测miRNAs 732个。以发情母猪为对照,在乏情母猪的下丘脑有16个miRNAs存在差异表达,其中6个上调,10个下调;在乏情母猪垂体有9个miRNAs存在差异表达,其中2个上调,7个下调。下丘脑中16个差异表达miRNAs共预测到5 212个靶基因,垂体中9个差异表达miRNAs共预测到6 897个靶基因。下丘脑中靶基因主要在细胞投射组装、质膜结合的细胞投射组装、神经元投射发育的负调控、蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性等GO条目及Ras信号通路、神经营养因子信号通路、ErbB信号通路、mTOR信号通路等KEGG信号通路中显著富集;垂体中靶基因主要在mRNA加工调控、Ras GTP酶结合、泛素样蛋白连接...     

菌酶协同发酵饲料对肉鸡肌肉风味物质含量、肠道转录组及菌群组成的影响

本试验旨在研究菌酶协同发酵饲料对肉鸡肌肉风味物质含量、肠道转录组及菌群组成的影响。选择60日龄河田肉鸡18 000羽,随机分为2组,每组6个重复,每个重复1 500羽。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加5.0%菌酶协同发酵饲料,试验期90 d。结果表明：与对照组相比,试验组胸肌的总氨基酸、风味氨基酸、肌苷酸、不饱和脂肪酸和腿肌的总氨基酸、风味氨基酸、蛋白质、胆固醇、牛磺酸和不饱和脂肪酸含量差异显著（P<0.05）。转录组测序共鉴定出7 751个差异表达的基因,其中3 833个基因上调表达,3 918个基因下调表达。GO功能富集表明,富集到上调的差异表达基因（DEGs）最多类别是对压力的反应、免疫系统过程和免疫反应。KEGG通路富集表明,上调DEGs在次级代谢产物的生物合成、核苷酸寡聚化结构域样受体信号通路、甲型流感、单纯疱疹病毒1型感染、细胞因子-细胞因子受体相互作用、细胞黏附因子和凋亡相关通路中显著富集。菌群组成分析表明,整体上2组肉鸡肠道不同区段菌群的数量均为盲肠>直肠>回肠>空肠>十二指肠,门水平上,试验组各对应肠道区段样本菌群的厚壁菌门（F...     

雷琼牛与陆丰牛背最长肌lncRNA表达特点及其相关ceRNA网络分析

旨在筛选雷琼牛与陆丰牛背最长肌差异表达lncRNAs、miRNAs以及mRNAs,通过构建lncRNA-miRNA-mRNA的竞争调控网络、搜寻lncRNA顺式靶向调控基因并进行功能预测，挖掘可供提升华南地区地方品种黄牛肉用价值的关键候选基因。本研究随机选取4月龄雌性雷琼牛与陆丰牛各4头，取背最长肌组织用于RNA测序，测序结果使用RT-qPCR验证。筛选两品种黄牛背最长肌差异表达lncRNAs、miRNAs和mRNAs,用于构建差异表达转录本的竞争调控网络以及搜寻lncRNA顺式靶向调控基因。候选基因使用GO和KEGG富集分析进行功能预测。结果表明，以雷琼牛为对照组，两个品种中存在119个差异表达的lncRNAs,其中73个上调表达，46个下调表达；差异表达的miRNAs共有13个，其中7个上调表达，6个下调表达；差异表达的mRNAs共有599个，其中155个上调表达，444个下调表达。竞争性调控网络中mRNAs的GO富集结果显示，与肌生成相关的条目主要为磷酸化以及膜结构等，KEGG富集结果中与肌生成相关的通路主要为Rap1、MAPK、PI3K-Akt等信号通路。顺式靶向调控基因的GO...     

围产前期补饲酵母硒对奶牛乳汁代谢物的影响

本研究旨在揭示围产前期补饲酵母硒对牛乳代谢组分的影响，从乳汁代谢物的角度阐述酵母硒的生物学功能。选择20头健康荷斯坦妊娠后期奶牛，随机分为对照组与试验组，每组10头。对照组奶牛饲喂基础饲粮，试验组于预产期前21 d在基础饲粮中添加0.15 g/kg DM酵母硒，分娩当天停止添加。在分娩当天和产后第21天采集2组奶牛的乳汁，基于超高液相色谱-串联质谱技术对乳汁代谢物进行检测。采用主成分分析、正交偏最小二乘法判别分析和单因素统计分析（t检验、差异倍数）方法分析对照组与试验组在分娩当天和产后第21天乳汁中代谢物的差异性；以变量投影重要度（VIP）>1和P<0.05为条件筛选差异代谢物，并对筛选出的差异代谢物进行聚类分析和通路富集分析。结果表明：补饲酵母硒后，分娩当天的乳汁中共筛选出20种差异代谢物，其中L-苯丙氨酸、α-乳糖、半乳糖-1-磷酸及磷酸羟基丙酮酸等能量相关代谢物显著上调（P<0.05），差异代谢物主要参与的代谢通路为半乳糖代谢[通路拓扑分析的影响值（Impact值）>0.1且P<0.05]；分娩第21天的乳汁中共筛选出20种差异代谢物，其中白三烯A4...     

奶牛乳脂代谢关键miRNAs的筛选及鉴定

旨在探究影响中国荷斯坦奶牛乳脂代谢过程的关键miRNAs及靶mRNAs。本研究选择泌乳中后期(150～220 d)的第一胎次且乳脂率具有极端差异的8头宁夏荷斯坦奶牛,根据乳脂率的差异分为两组：高乳脂组和低乳脂组,每组4个重复。采集8头奶牛的奶样分离乳腺上皮细胞,进行转录组测序和生物信息学分析,筛选出差异表达miRNA-mRNA并与乳脂率进行相关性分析。通过实时荧光定量PCR验证miRNAs和mRNAs表达。结果表明,8个small RNA(sRNA)文库测序获得11 976 914～16 235 680的clean reads,占总raw reads的比例均在97%以上,Q30达到91%以上,sRNA片段长度主要分布在21～24 nt。在高乳脂组和低乳脂组间共鉴定了34个差异表达miRNAs(16个上调,18个下调)。GO和KEGG富集分析表明,差异表达miRNAs的靶基因在细胞内信号转导、单一生物体过程、激酶结合和磷酸转移酶活性等功能条目显著富集,并且显著富集到TNF信号传导途径、MAPK信号传导途径、Ras信号传导途径、Rap1信号通路和催产素信号传导途径等乳脂代谢相关通路。通过m...     

中药治疗乏情母猪的效果观察

母猪断奶后乏情是常见的繁殖障碍疾病,表现为母猪断奶后推迟发情或长期不发情,尝试采用中药方剂治疗,取得了良好的效果。1材料与方法1.1试验母猪断奶后二元杂交母猪60头。1.2试验药物淫羊藿150g、益母草150g、丹参150g、香附子130g、菟丝子120g、当归100g、积壳75g,混匀粉碎成粉末。1.3试验方法断奶后10d没有发情的母猪30头作为试验组,随机取断奶母猪30头作对照组,试验组与对照组都饲喂相同的饲料,但试验组饲料中加入已研成粉末的中药,按母猪3g/kg,1次拌入饲料喂服,1d1次,连用3d。1.4观察指标统计试验组与对照组母猪的发情情况、妊娠情况、…     

饲喂青贮黄梁木代替青贮玉米川中黑山羊肝转录组的表达分析

旨在分析饲喂青贮黄梁木替代50%青贮玉米的川中黑山羊肝转录组测序中差异表达的mRNA、lncRNA及其靶基因,挖掘饲喂青贮黄梁木影响川中黑山羊肝代谢的关键基因,从而探究青贮黄粱木的饲喂效果。试验共选取6只雄性健康川中黑山羊[5月龄,平均体重(21.07±4.05) kg]并随机分为两组,试验组为青贮黄梁木替代50%青贮玉米组,对照组为青贮玉米组。试验期间采用全混合日粮(TMR)进行饲喂。于试验期的最后1 d对山羊进行屠宰并取其肝,提取肝组织的RNA,构建文库后使用高通量测序技术进行转录组测序,以P<0.05为阈值筛选出差异mRNA和lncRNA,进行生物学功能富集分析并构建靶向关系网络。再从差异表达lncRNA和mRNA中各随机选择3个基因,采用RT-qPCR进行验证分析。结果表明,共发现差异表达的mRNA有1 696个,其中943个上调,753个下调;差异表达lncRNA共有33个,其中22个上调,11个下调。结合差异表达lncRNA的靶基因与差异表达mRNA的交集基因的富集分析发现,NDUFA10、NDUFB11、NDUFS5参与肝功能相关的信号通路,如多糖代谢过程、葡聚糖分...     

山羊慢性酒糟中毒血液代谢物分析及乙醇中毒通路关键基因mRNA转录水平变化

本试验旨在揭示慢性酒糟中毒对山羊血液代谢物及其显著性代谢通路——乙醇中毒代谢通路的影响，筛选潜在性诊断生物标志物，为该病神经系统紊乱发生机制及早期诊断提供参考资料。试验选取4月龄健康大足黑山羊与波尔山羊的杂交后代15只，随机分为3组，65%白酒糟组、75%白酒糟组、基础日粮对照组。每隔15 d,进行肝肾、钙磷及蛋白质代谢指标检测，结合临床症状判断山羊慢性酒糟中毒建模成功。采集血样，利用超高效液相色谱—四极杆飞行时间质谱联用技术进行差异代谢物分析并筛选差异代谢物代谢富集通路，研究差异代谢通路中关键基因的表达变化。代谢组学结果表明，慢性酒糟中毒引起山羊体内多巴胺(DA)和2-呋喃酰甘氨酸(2-FG)上调，前列腺素I₂(PGI₂)下调；突触小泡周期、多巴胺能突触、乙醇中毒、牛磺酸和亚牛磺酸代谢、组氨酸代谢、苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸生物合成、三羧酸循环、鞘脂信号通路、cAMP信号通路等代谢通路均差异显著(P<0.05)。其中，乙醇中毒代谢途径变化显著，且影响因子>0.2;乙醇中毒代谢通路中，75%白酒糟组TH、DAT表达量显著降低(P&l...     

不同饲养模式下滩羊血清代谢组学分析

为探究不同饲养模式下滩羊血清代谢通路及差异代谢物的变化，本试验选取24头9月龄体重为（30.12±3.23）kg、体况相似的去势滩羊，随机分为舍饲组和放牧组，3个月后颈静脉血采血进行非靶向代谢组学分析。结果显示：放牧组和舍饲组中共筛选出234个差异代谢物，其中143个差异代谢物上调，91个差异代谢物下调。通过富集分析得到49个代谢通路，根据富集程度及其与脂质相关性筛选出15个代谢通路，其主要参与机体核苷酸代谢、脂代谢、硒代谢和维生素代谢。综上，放牧饲养模式主要对滩羊的核苷酸代谢、脂代谢和维生素代谢产生影响从而对肉质起到调控作用，而舍饲饲养模式通过硒代谢来调控滩羊肉质。     

淫羊藿提取物内控方法初探及初步饲喂试验

为了建立淫羊藿提取物内控方法并摸索临床饲喂剂量,试验利用水提法制作淫羊藿提取物,用薄层色谱法鉴别淫羊藿苷;用高效液相色谱法检测淫羊藿苷含量;在妊娠母猪饲料中添加低剂量(500 g/t饲料)、中剂量(1 000 g/t饲料)、高剂量(1 500 g/t饲料)淫羊藿提取物,在妊娠期使用14 d,并设立对照组,在母猪分娩后统计母猪分娩率、活仔数、仔猪初生重等,分析淫羊藿提取物对母猪生产性能的影响。结果表明:薄层色谱法所得荧光斑点对应整齐且明显;高效液相色谱法所得线性回归方程为y=10 930x+95 789,R~2=0.990 6,检测设备精密度RSD为0.35%,检测方法重复性的RSD为1.5%,检测样品中淫羊藿苷的含量为1.0 mg/g;饲喂试验低、中、高剂量组的活仔数显著高于对照组(P0.05),饲喂试验中剂量组和高剂量组初生重显著高于对照组(P0.05),而中剂量组和高剂量组初生重差异不显著(P0.05),低剂量组初生重虽然高于对照组,但差异不显著(P0.05)。说明薄层色谱法可以作为淫羊藿提取物质量控制的方法之一;高效液相色谱法检测淫羊藿提取物中淫羊藿苷含量的方法可以为其在生产加工和临床应用中提供数据支持;淫羊藿提取物作为饲料添加剂可以改善母猪生产性能,建议添加剂量为1 000 g/t。     

低海拔与高海拔斑头雁肺脏的比较转录组学分析

为探究高低海拔斑头雁肺脏差异表达基因和差异代谢通路的变化,基于Illumina NovaSeq 6000测序平台对斑头雁肺脏组织进行转录组测序,分析差异表达基因,利用荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证,进一步对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。结果:与高海拔组斑头雁肺脏相比,筛选出差异表达基因84个,其中上调差异表达基因51个,下调差异表达基因33个。经GO功能注释后富集到21个显著性GO功能,"生物过程"显著富集到11个条目,涉及代谢过程以及内源性刺激的应答等。"细胞组成"显著富集到1个条目,涉及到细胞外区域。"分子功能"显著富集到9个条目,涉及到酶活性、激素、转录因子、钠离子跨膜转运等。注释到KEGG的显著性富集通路有3条,涉及到糖胺聚糖降解通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路以及丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢通路。本研究结果丰富了斑头雁的基因资源,为该物种海拔适应相关基因的功能研究奠定了基础。     

腐植酸饲喂空怀母猪的繁殖效果研究

为了研究在饲粮中添加一定剂量的腐植酸对空怀母猪繁殖效果的影响,为腐植酸在母猪饲粮中的合理应用提供理论依据。试验根据母猪品种、胎次、体况的原则,选取3~4胎次的大白与长白二元杂交、断乳后的空怀母猪100头,随机将其分为2个组,分为对照组(饲喂基础日粮)和试验组(饲喂基础日粮+腐植酸),每个组有2个重复,每个重复头数不等。结果表明:试验组断乳母猪7 d内的发情率和情期受胎率与对照组差异显著(P0.05),试验组母猪多集中在断奶后第4、5天发情,无返情现象,断奶到配种的间隔减少了16.36%,但差异不显著(P0.05),说明母猪日粮中添加腐植酸对经产母猪的发情及情期受胎率有一定的改善效果。     

共轭亚油酸影响边鸡胸肌脂类代谢的相关差异基因的筛选

旨在通过转录组测序技术筛选出共轭亚油酸(conjugated linoleic acids,CLA)影响边鸡胸肌脂类代谢的相关基因,为日粮中CLA调控边鸡脂类代谢的作用机制提供理论依据。本试验选取90日龄健康边鸡180只,随机分为5组,每组3个重复,每组日粮中分别添加不同比例的CLA 0%(对照组)、0.5%、1.0%、1.5%和2.0%,预饲期1周,正饲期6周。饲养试验结束后采集胸肌组织进行转录组测序,使用DESeq2软件对测序数据进行差异表达分析,对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,筛选出与胸肌脂类代谢相关的差异表达基因,利用qPCR对差异表达基因进行验证。通过转录组测序数据分析,共筛选出1 229个差异表达基因,其中594个基因上调,635个基因下调。随机选取9个差异表达基因进行qPCR验证,其相对表达量变化趋势与测序结果一致。GO功能分析发现,差异表达基因主要集中在生物学过程中的细胞过程、单一生物过程、生物调节和代谢过程。KEGG通路富集分析发现,各试验组中差异表达基因显著富集在不同的信号通路中,主要富集在ECM-受体相互作用、黏着斑、吞噬体、细胞凋亡、肌动蛋白细胞骨架调节和细胞因子-细胞因子受体相互作用等通路中。通过GO和KEGG功能注释分析,共筛选出MCAT、APOA1、PTGDS、ALDH3A2、PLTP、FABP3、FOXO1、UCP3和FABP4等18个主要的参与脂类代谢相关的差异表达基因,可能在调控边鸡胸肌脂类代谢中发挥重要的作用。本研究通过转录组测序筛选出CLA影响边鸡胸肌脂类代谢过程中的主要调控基因,发现了日粮中CLA影响差异表达基因作用的主要生物学过程和信号通路,为今后研究CLA影响边鸡胸肌脂类代谢的分子作用机制奠定了基础。