鼠尾草属植物基因组DNA提取及RAPD反应条件优化

以鼠尾草属植物叶片为材料,提取基因组DNA,并对RAPD反应条件进行了系统优化.结果表明,采用核DNA法提取的DNA质量较高,适宜于RAPD分析;RAPD扩增最佳反应体系为20μl反应体系中,10×buffer 2.0μl,模板DNA 20 ng,Mg 浓度2.0 mmol/L,引物浓度0.6μmol/L,dNTPs浓度0.2mmol/L,Taq酶1.0U.扩增反应程序为94℃预变性5min,94℃变性1min,36℃退火1main,72℃延伸2main;40个循环;72℃后延伸10main,4℃保存.     

酥瓜(Cucumis melo var. conomon Group)ISSR-PCR反应体系建立与优化

利用正交设计L_(16)(4~5),对酥瓜ISSR-PCR反应体系的5个影响因素(引物,d NTPs,Taq DNA聚合酶,Mg2+和模板DNA)在4个水平上进行优化试验,并在36℃~56℃范围内摸索退火温度,建立适合酥瓜ISSR-PCR反应体系,结果表明,在20μL反应体系中,含有引物0.2μmol/L、d NTPs 0.3 mmol/L、Taq DNA聚合酶1.2 U、Mg2+1.0 mmol/L、DNA模板70 ng、10×Buffer 2.0μL为最佳反应体系,ISSR-PCR扩增程序中最佳退火温度为52.5℃。该体系为酥瓜种质资源的遗传多样性分析评价提供了帮助。     

块根紫金牛ISSR-PCR反应体系的建立与优化

采用正交和单因素试验设计方法,研究Mg2+、dNTP、引物、TaqDNA聚合酶、模板DNA、退火温度及循环次数对ISSR-PCR扩增效果的影响,建立块根紫金牛ISSR-PCR反应体系和扩增程序,即25 ul的体系中含Mg2+ 2.0 mmol/L,dNTP0.15 mmol/L,引物1.0μmol/L,TaqDNA聚合酶1.0U,模板DNA50ng,10×Buffer 2.5μl.适宜的扩增程序是94℃预变性5 min,94℃变性30s,56.6℃退火45s,70℃延伸2.0 min;45个循环;72℃延伸7min,4℃保存.采用正交和单因素试验可快速建立ISSR-PCR反应体系.该体系稳定、可靠,可用于块根紫金牛遗传多样性分析.     

橡胶草基因组DNA提取及RAPD反应体系的优化

为探索适合橡胶草基因组DNA的提取方法和RAPD反应体系。采用改良CTAB法提取橡胶草叶片总DNA,得到的DNA能满足RAPD分析需要。通过单因子实验法分析DNA浓度、引物浓度、dNTPs浓度、Taq聚合酶以及Mg2+浓度对RAPD扩增结果的影响,建立了适合于橡胶草RAPD分子标记的最佳反应体系,即20 μL体系中包括：模板DNA30 ng、Taq DNA聚合酶1.75 U、dNTPs浓度0.25 mmol/L、Mg2+浓度2.0 mmol/L、引物浓度0.5 μmol/L、10×PCR Buffer 2.0 μL。RAPD扩增反应程序为：94℃预变性5 min,94℃ 30 s,37℃ 30 s,72℃ 70 s,45个循环,最后72℃延伸10 min。该反应体系具有较好的稳定性及可重复性。     

百合属RAPD反应条件优化的研究

以百合DNA为材料,对影响其RAPD反应体系中的6个主要因素(模板DNA、Mg2+、TaqDNA聚合酶、引物、dNTPs、退火温度)进行优化,最终确定了百合RAPD反应的最佳体系(25μL)为:40 ng模板DNA,1.5 mmol/L Mg2+,1.0 U TaqDNA聚合酶,1.0μmol/L引物,200μmol/L dNTPs,引物E 13的最适退火温度为37.3℃.该体系的建立为今后应用RAPD技术鉴定百合属植物的种质资源和遗传多样性研究奠定了基础.     

萝卜基因组DNA RAPD与ISSR-PCR反应体系优化

对影响PCR反应的主要因子———模板DNA、引物、dNTPs和Mg2 浓度进行优化,建立起适合于萝卜基因组DNA的RAPD和ISSR反应体系。RAPD反应体系(18μl)为随机引物0.4~0.6μmol/L,dNTPs0.15~0.2mmol/L,Mg2 2.0mmol/L,模板DNA10~40ng,TaqDNA聚合酶0.8U;ISSR反应体系(16μl)为引物0.5μmol/L,dNTPs0.16mmol/L,Mg2 2.5mmol/L,模板DNA10~40ng,TaqDNA聚合酶0.64U。对扩增程序中复性温度进行了梯度PCR试验,表明35~42℃(37℃)与52.4~58.3℃(55℃)分别适于萝卜基因组DNA的RAPD-PCR和ISSR-PCR反应;应用优化的RAPD和IS-SR反应体系对17个萝卜品种进行了鉴定分析。研究结果将为萝卜分子育种、品种鉴定与种子纯度检测提供重要的技术基础。     

10种绣线菊DNA的提取及RAPD反应体系的优化

旨在筛选出绣线菊属 RAPD 反应的最佳体系,为绣线菊属植物种质资源遗传多样性和亲缘关系的研究奠定基础.试验以 10 种绣线菊属植物为材料,采用改良 CTAB 法进行冬芽和嫩叶的总 DNA 提取并对影响 RAPD 扩增效果的因素进行优化.通过单因素优化筛选出最佳的 20μl 反应体系10×Taq buffer 2μl,Taq 酶 1.0U,0.15mmol/L dNTP,DNA 2ng/μl,引物 0.21μ mol/L,Mg2 2.0mmol/L;反应程序94℃预变性 4min,然后进行 40 个循环94℃变性 45s,37℃退火 1min,72℃延伸 1min.最后72℃延伸5min,4℃终止反应.结果发现,采用改良 CTAB 法所提取绣线菊冬芽的 DNA 达到 RAPD 反应的要求.筛选体系扩增出清晰稳定的多态性条带,可用于对绣线菊属遗传育种方面的研究.     

刺梨ISSR-PCR反应体系的建立和优化

以刺梨为试材,对影响ISSR-PCR扩增结果的主要影响因素包括Mg2+,Taq DNA聚合酶、dNTPs、引物、模版DNA的浓度及引物退火温度进行了优化筛选.确立了适合刺梨ISSR-PCR分析的最佳反应体系,即20 μL反应体系中各组分浓度分别为:10×buffer2.0 μL,Mg2+1.875 mmol/L,Taq DNA聚合酶1.0U,dNZPs0.1 mmol/L,引物2.μ mol/L,模板DNA20ng.PCR扩增程序:94℃预变性5min,94℃变性1 min,48℃退火温度45 s,72℃延伸1 min,34个循环,72℃后延伸6min.利用优化体系对3个刺梨品种进行体系稳定性检测,结果表明该优化体系的重复性和稳定性良好.     

枣树RAPD分析体系优化研究

利用随机引物扩增多态性(RAPD)分子标记技术研究不同枣树品系之间遗传多态性,建立起一个基于PCR技术的分子遗传标记RAPD分析的优化体系.设置不同的浓度梯度,从dNTPs、随机引物、Taq酶、Mg2 、缓冲液Buffe,的浓度及模板DNA的质量和用量方面考察,建立了枣树RAPD技术最优体系.结果表明:20μL反应体系组分含量为10×Taq酶Buffer 2μL,Mg2 浓度2.0 mmol/L,dNTPs浓度200μmol/L,引物浓度0.2 μmol/L,Taq DNA聚合酶浓度0.06 U/μL,DNA模板浓度1.5 ng/μL.最佳扩增程序为94℃预变性4 min,94℃变性30 s,36℃退火40 s,72℃延伸1min,50个循环,最后72℃延伸8 min.     

战骨ISSR-PCR反应条件的筛选与优化

采用正交和单因素试验设计方法,研究Mg2+、dNTP、Taq DNA聚合酶、引物、模板DNA、退火温度及循环次数对ISSR-PCR扩增效果的影响,建立并优化战骨ISSR-PCR反应体系和程序,即25μl的体系中合Mg2+ 2.0 mmol/L,dNTP 0.2 mmol/L,TaqDNA聚合酶1.0U,引物0.8μmol/L,模板DNA 50 ng,10×Buffer 2.5μl.退火温度、循环次数分别为52℃、45次.结论:结合正交和单因素试验可快速建立ISSR-PCR反应体系.该体系稳定、可靠,可用于战骨遗传多样性分析.     

红叶石楠RAPD反应体系的优化

建立并研究适合红叶石楠的RAPD的最佳反应体系,为以后开展红叶石楠的遗传多样性研究、物种资源研究和亲缘关系鉴定等提供重要的参考。采用改进后的CTAB法,成功地提取了红叶石楠基因组DNA,通过单因素试验,研究了Mg2+、dNTP、引物的浓度和模板DNA,Taq酶的用量对RAPD反应的影响,建立适合于红叶石楠的RAPD反应体系。结果表明,在25 μL的RAPD反应体系中最佳反应条件分别是10×PCR Buffer 2.5 μL、Mg2+ (25 mmol/L) 2.0 μL、引物(20 μmol/L) 2.0 μL、dNTPs (2.5 mmol/L) 1.8 μL、DNA模板(49.5 μg/mL) 2.0 μL、Taq聚合酶0.3 μL (5 U/μL)。适宜的PCR循环程序为94℃预变性4 min,然后44个循环（94℃变性30 s,36℃退火30 s,72℃延伸2 min）后,72℃延伸10 min,最后16℃保存。改进的CTAB法能成功地提取红叶石楠基因组DNA,利用单因素试验设计所建立的RAPD反应体系,通过重复试验证明了该体系稳定可靠,可应用于红叶石楠遗传多样性、亲缘关系等方面的研究中,为红叶石楠在分子生物学研究奠定了基础。     

正交设计优化扁蓿豆ISSR反应体系的研究(英文)

以扁蓿豆(Medicago ruthenica)为试材,采用改良的CTAB法提取DNA,利用正交设计L16(45)探讨10×PCRBuffer(含Mg2+)、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶及模板DNA用量对扁蓿豆ISSR-PCR反应的影响,正交试验的结果采用直观分析和方差分析相结合。建立了扁蓿豆的ISSR-PCR优化反应体系,在25μL反应体系中,TaqDNA聚合酶1.5U,10×PCR Buffer(含Mg2+)2.0 mmol/L,模板DNA0.5 ng/μL,dNTPs 0.6 mmol/L,引物0.9μmol/L。同时探讨引物HZD09211的最适退火温度为52.3℃。2个不同引物对20份扁蓿豆材料DNA进行ISSR-PCR扩增,结果显示该体系具有较高的稳定性。     

山杏RAPD反应体系条件的优化

以山杏新鲜叶片为材料,研究了山杏RAPD分析过程中的影响因素,包括Taq酶、Mg2+、dNTP、引物、模板DNA浓度、变性时间、循环次数等,建立了适合山杏RAPD反应的PCR体系,即20μL反应体系中含有Taq酶1.0U、Mg2+ 2.0mM,四种dNTP各0.1mM,引物0.5μM,模板DNA50ng。扩增程序为：94℃预变性4mins;94℃变性1min,36℃退火1min,72℃延伸1.5mins,10个循环;94℃变性30s,36℃退火40s,72℃延伸60s,30个循环;最后72℃延伸5min     

芥蓝RAPD反应体系的建立

利用改良的CTAB方法从芥蓝叶片中提取高质量的DNA。在参考一般RAPD分析反应程序的基础上,经过优化试验,确定适合芥蓝PCR扩增体系（总体积25μL）为：25mmol/LMgCl2 2.0μL、10×PCR Buffer 2.5μL、2.5mmol/L dNTPs2.0μL、5U/μLTaq酶0.25μL、5μmol/ L 引物1.2μL、模板DNA 25ng、灭菌双蒸水12.25μl。PCR扩增程序为：94℃预变性5min,94℃变性1min,36℃退火1min,72℃延伸2min,40个循环,72℃延伸10min。     

实蝇RAPD反应体系的构建与优化

以几种常见的实蝇为材料，研究了实蝇RAPD分析过程中的影响因素，包括模板DNA浓度、dNTP、引物、Taq酶、变性时间、循环次数、退火温度等，建立了适于实蝇RAPD分析的PCR反应体系：在25μl反应体系中，模板DNA用量为80ng，MgCl 2浓度为2.0mM；四种dNTP浓度各为0.2 mM；Taq引物浓度为0.5μM；酶用量为1U；扩增程序：先94℃预变性3min，再94℃变性45s、36℃退火1min、72℃延伸2min共40个循环，最后延伸10min。     

草莓SRAP反应体系优化及引物筛选

为建立草莓SRAP-PCR适宜的反应体系,以草莓品种‘丰香’为实验材料,采用单因素实验设计,对Mg²⁺、dNTPs、Taq DNA聚合酶及引物浓度4个因素4水平进行优化,并在此基础上对模板DNA的浓度和退火温度进行优化。结果表明,草莓SRAP-PCR最佳反应体系为：20μL的反应体系中含10×PCR buffer 2μL,Mg²⁺ 2.0 mmol/L,dNTPs 0.3 mmol/L,正反向引物各为0.6μmol/L,Taq DNA聚合酶1.0 U,模板DNA为100 ng。扩增程序为：94℃预变性5 min;94℃变性1 min,35℃退火1 min,72℃延伸1 min,共5个循环;94℃变性1 min,54℃退火1 min,72℃延伸1 min,共35个循环;72℃延伸5 min;4℃保存。利用该优化体系筛选引物,从110对SRAP引物组合中筛选出29对条带清晰丰富、多态性好的引物,证明了此优化体系稳定可靠,能够用于草莓种质资源的鉴定、分子标记辅助育种等研究。     

无核葡萄SRAP-PCR反应体系的建立和优化

以大粒无核葡萄‘皇家秋天’的基因组DNA为模板,对无核葡萄SRAP-PCR反应体系的主要成分及反应退火温度进行优化。获得的最优SRAP-PCR反应程序为94℃预变性5 min,94℃变性1 min,38℃复性1 min,72℃延伸1 min,5个循环;94℃变性1 min,56℃复性1 min,72℃延伸1 min,35个循环;72℃终延伸10 min。25 μL体系中,模板DNA 40 ng,Mg2+ 1.5 mmol/L,dNTPs 0.2 mmol/L,引物0.2 μmol/L,Taq DNA聚合酶0.6 U。实验结果表明,优化后的SRAP-PCR反应体系扩增多态性高,带型清晰,稳定性好。     

芹菜RAPD反应体系的优化研究

本试验以一般RAPD反应程序为基础,采用单因素递进筛选方法,针对Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTPs、随机引物和DNA模板5个主要影响因素,分别设置5个不同浓度梯度,对芹菜进行RAPD-PCR扩增,建立了芹菜RAPD技术最优体系。结果表明：25 μL反应体系中含Taq DNA聚合酶1.0 U、Mg2+ 3.0 mM、dNTPs 0.2 mM、引物28 ng、模板DNA 70 ng,10×PCR Buffer 2.5 μL;扩增程序为：94℃预变性5 min,94℃变性1 min,36℃退火1 min,72℃延伸1 min,进行42个循环,最后72℃延伸10 min。     

香菇反转录转座子间扩增多态性（IRAP）PCR反应体系的研究

摘 要：为了开发香菇反转录转座子间扩增多态性标记(IRAP),建立稳定的IRAP-PCR反应体系,本文对影响IRAP-PCR的主要因素进行了优化筛选。确定了最佳反应体系为：20μl反应体系中,包含30 ng模板DNA,0.30μmol/L引物, 0.3mmol/L dNTPs,2.0 mmol/L Mg2+及0.75UTaq酶。梯度PCR试验筛选得到的最佳退火温度为56.1℃。采用上述最佳反应体系和引物LTR1L-MarY1L对香菇18个菌株进行了IRAP-PCR扩增,验证了该体系的可靠性。     

苎麻RAPD反应体系的构建与优化

以苎麻品种为材料,研究了苎麻RAPD分析过程中的影响因素,包括10×PCR Buffer、模板浓度、Mg2+、dNTP、引物、Taq酶、循环次数、退火温度等,建立了适于苎麻RAPD分析的PCR反应体系：即在25μl反应体系中,引物浓度为0.4uM;模板DNA的用量为60~100ng;Mg2+浓度为1.8mM;dNTP浓度为0.2 mM;Taq酶用量为1U。适宜的扩增程序为先94℃变性4min,再94℃变性45s、38℃复性45s、72℃延伸2min共36个循环,最后72℃延伸5min,4℃保存。