基于16SrDNA高通量测序方法检测猪舍空气微生物多样性

采用16SrDNA高通量测序方法研究猪舍空气微生物的多样性。实验采用Illumina MiSeq 2×250系统,对细菌16S rDNA(V4)区进行测序;采用QIIME软件对数据进行分析。结果表明:猪舍空气微生物多样性丰富,基于97%的相似规律来确定OTU(operational taxonomical unit),其中,有16种门、115种科、217种属被鉴定;在属水平上,10种优势菌群是Pseudomonas、Acinetobacter、Streptococcus、Lactococcus、Enhydrobacter、Lactobacillus、Chryseobacterium、Wautersiella、Flavobacterium、Leuconostoc,其中,6种被报道为病原微生物。实验结果表明,了解猪舍空气微生物的多样性、丰度及优势菌群的病原性对猪舍疾病防控有一定指导意义。     

鸭粪便微生物移植技术

粪便微生物移植(FMT)技术是指通过提取健康供体粪便中的微生物,再定植到受体的肠道中,重新建立受体肠道微生物平衡,以达到治疗受体代谢疾病或肠道疾病的过程.虽然FMT技术在人类医学中应用广泛,但目前我国还未明确水禽类FMT技术的标准化流程.因此,本文将借鉴人类医学及哺乳动物中现有的FMT技术手段与方法,参考已有的对于禽类...     

无特定病原体HBK-B和HBK—Q种鸭的遗传多样性分析

利用18个微卫星标记对国家实验禽类种子中心保存的HBK-B和HBK-Q两个封闭鸭群进行遗传分析.试验结果表明:两个群体中各有7个位点的多态信息含量(PIC)大于0.5,18个微卫星标记的平均PIC分别为0.474和0.480,呈中度多态;校正后的等位基因丰富度分别为3.56和3.54,表明这两个群体的遗传多样性基本相同.等位基因频率差异的卡方检验和两个群体间的遗传分化系数FST值显著水平的检验均证明这两个群体间的遗传分化已经达到了极显著水平(P<0.01),趋于形成两个不同的品系,但在今后的选育过程中应该对已经存在的近交加以控制.     

高通量测序技术在乳品微生物研究中的应用

近10 年来,随着高通量测序技术的快速发展及其在食品、医药和环境等领域的广泛应用,人们对于食品中不可培养微生物的种类、分布及其在食品中功能的定位和认识逐渐改变和加深,对进一步改善食品加工贮藏传统技术和工艺、提高食品风味品质以及保障食品安全具有重要的促进作用。本文对近5 年来国内外有关应用高通量测序技术研究乳中微生物及其对乳品质安全影响的相关研究的最新进展进行综述,以期为国内外研究人员开展相关研究提供参考。     

基于16S rDNA高通量测序方法检测猪舍环境微生物群落多样性

[目的]研究猪舍环境微生物群落多样性,了解不同类型猪舍环境中细菌群落的结构差异以及潜在的致病菌属。[方法]利用空气沉降法采集规模化猪场妊娠猪舍、保育猪舍、分娩猪舍的环境微生物样本,每种类型猪舍选取3栋猪舍采样,共9个样本。采用Illumina Miseq技术,以细菌16S rDNA的V3～V4变异区为对象进行高通量测序;采用QIIME2软件对测序数据进行分析,比较不同类型猪舍环境微生物群落组成。[结果]在97%相似度阈值下9个样本共得到OTU 29 126个,涵盖31门66纲160目320科899属1 831种的细菌。分娩猪舍以及保育猪舍的Chao1指数、Shannon指数及谱系多样性指数整体高于妊娠猪舍。变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidota）、厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteriota）为猪舍环境的四大优势菌群;变形菌门在3个类型的猪舍中相对丰度均最高,厚壁菌门、放线菌门以及拟杆菌门相对丰度在不同类型猪舍中差异较大。不动杆菌属（Acinetobacter）、棒杆菌属（Corynebacterium）、寡养单胞菌...     

应用锚定高通量测序技术对家畜粪便中线虫进行检测的初步探索

本研究对青海省内采集的牦牛和藏羊粪便样本中线虫进行了锚定高通量测序检测和PCR检测验证。结果表明,锚定高通量测序结果显示有效物种OTU共156条。物种数据库注释的有33种生物,包括已知动植物线虫(37.34%)、已知细菌(10.44%)和未知生物种(2.61%)。其中已知的动物线虫以钩口属为主,其次是血矛属。针对钩虫,PCR检测结果显示：海晏县阳性率最高(25%),其次是泽库县(8.82%)和河南县(6.9%),贵南县样本中钩虫阳性率为0。结果提示本研究中的锚定高通量测序方法的检测结果中尽管存在细菌,但客观上起到了缩小被检物种范围的作用,这为开展群体性高通量寄生虫检测的深入研究提供了参考资料。     

高通量测序分析人工养殖成年林麝粪便古菌菌群多样性

本试验的目的是采用高通量测序技术研究人工养殖成年林麝粪便中古菌的结构和组成,并对比不同性别之间的差异。选取12只3岁健康的林麝依据性别分为雄性组(M组)和雌性组(F组),每组各6只。采集其新鲜粪便,提取DNA,用古菌通用引物PCR扩增古菌16S rRNA的V4~V5区,用M i Seq 300 PE测序平台对扩增产物进行高通量测序,用QIIM E等软件对测序序列进行分析统计。结果表明:在从门到属的各级分类水平上,F组与M组古菌的相对丰度差异均不显著(P0.05)。M组和F组的组内遗传距离分别为0.16±0.03和0.27±0.06,组间为0.24±0.07,样品的相似度很高。林麝粪便中的古菌可以分为3个门,优势门为阔古细菌门(Euryarchaeota);在属水平上可以分为7个已知属,优势属为甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter),其次为热裸单胞菌属(Thermogymnomonas)。结果提示,雄性和雌性林麝粪便中古菌的结构和组成都没有显著差异,Methanobrevibacter是林麝粪便中的优势古菌属     

高通量测序技术分析蓝狐肠道菌群多样性

本试验旨在研究蓝狐肠道菌群组成及其多样性。选取8只健康育成期(5～6月龄)雄性舍饲蓝狐,采集新鲜粪便后采用高通量测序技术对蓝狐肠道菌群组成及多样性进行分析。结果显示:从8只健康蓝狐粪便中共获得569 930条有效序列、操作分类单元(OTU)范围为468～574,分布于16个门的209个属。在门水平上以厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Baeteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)为主,其中厚壁菌门所占比例最高,为62.97%,其余依次为22.05%、8.89%、5.15%、0.88%。在属水平上以链球菌属(Streptococcus)所占比例最高,为11.75%,其次为乳杆菌属(Lactobacillus)(9.86%)、普雷沃菌属(Prevotella)(9.28%)、巨型球菌属(Megasphaera)(8.21%)、柯林斯菌属(Collinsella)(7.27%)、Blautia(7.08%)、拟杆菌属(Bacteroides)(5.64%)。通过高通量测序技术发现蓝狐具有复杂的肠道菌群结构,且个体间存在较大差异。     

16S rRNA高通量测序方法检测羊圈空气微生物群落结构及多样性

以羊圈空气微生物为研究对象,了解羊圈空气中细菌群落结构以及致病菌属特征。将来自10个不同羊场的羊圈空气样本,应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定羊圈空气中细菌的16SrRNAV3-V4变异区序列,分析不同空气样本细菌群落组成。结果显示:空气样本中的细菌在97%的相似水平下共得到OTU个数为33 408,涵盖了25门、66纲、123目、253科、547属、444种的细菌。通过微生物多样性进行分析以及羊圈空气样本菌群中丰度较高的病原菌属的统计,以期为羊场的消毒和用药提供依据。本研究解析了羊圈空气样本中微生物的多样性、丰度及主要病原菌属的特征,对羊场疾病防控有一定指导意义。     

高通量测序技术分析青海藏羊初乳和常乳微生物多样性

为探究藏羊初乳和常乳的微生物组成及多样性,本试验选取体况良好、2～3胎次的藏羊6头,采集初乳（C）和常乳（OM）。基于高通量测序技术对2组乳样的16S rDNA的V4区进行分析,选用PICRUSt进行功能预测。结果显示：97%的一致性共得到3 413个OTUs,微生物Alpha多样性指数在藏羊常乳中高于藏羊初乳（P<0.05）。变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）是2组乳样中丰度最高的2种菌门,藏羊初乳中2种菌门丰富度分别为77.61%和11.66%,常乳中为71.65%和17.43%。在属水平上,2组乳样的优势菌属均为假单胞菌属（Pseudomonas）、丛毛单胞菌属（Comamonas）,且藏羊初乳中假单胞菌属和乳杆菌属（Lactobacillus）丰度高于常乳。16S rDNA基因KEGG水平功能预测,结果发现常乳在遗传信息处理、复制修复和翻译功能上得到显著富集,初乳在氨基酸代谢功能上得到显著富集。表明藏羊初乳和常乳微生物多样性存在显著差异,并发现常乳在遗传信息处理、复制修复和翻译功能上得到显著富集,初乳在氨基酸代谢功能上得到显著富集。     

无特定病原体动物的培育

<正> 1979年,我曾参加农业部组织的“中国赴法兽医生物药品考察组”。在法国访问一个月期间,先后参观了兽医生物药品厂、兽医研究所、兽医院校以及有关牧场等15个单位。在这次参观访问中,给我们印象较深的是“无特定病原体”(SPF)动物培育与饲养以及SPF鸡蛋生产问题,现将所了解到的情况,扼要介绍,供同志们参考。     

高通量测序技术检测鸽群中病毒感染状况

为了解我国鸽子病毒感染状况,采用高通量测序方法,对华东地区肉鸽携带的病原进行了检测,共检测到5种主要感染病原,包括禽轮状病毒、鸽圆环病毒、鸽星状病毒、鸽冠状病毒和鸽微RNA病毒B。除鸽圆环病毒外,其余4种病毒均在我国鸽群中首次被发现。该检测结果对我国的鸽群疫病监测和防控具有重要意义,同时证实高通量技术能够检测出动物群体中的主要感染病原,是动物疫病检测的新思路,有利于全面掌握动物病原感染状况,及时预警、处置和防控动物疫病的发生。     

高通量测序技术分析大骨鸡盲肠微生物组成

研究旨在利用高通量测序技术比较散养(OD)和笼养(ID)两种饲养方式下12、18周龄大骨鸡盲肠微生物组成差异。结果表明,随着日龄的增加,OD组操作分类单位(OTUs)数量变化不大,而ID组OTUs数量有所增加。从门的丰富度来看,各组中拟杆菌门最丰富,比例最大,其次为厚壁菌门和变形菌门;12周龄时,散养组与笼养组间有3个菌门差异显著(P0.05),18周龄时,有5个菌门差异显著(P0.05);在属的水平,共检测到60个属,12周龄时,散养组与笼养组间有10个属的含量存在显著差异(P0.05),18周龄时,散养组与笼养组间有6个属的含量存在显著差异(P0.05)。研究结果为大骨鸡养殖策略的制定及盲肠微生物区系的研究提供参考。     

高通量测序技术应用于猪病检测的探讨

高通量测序技术以及全基因组深度测序技术的快速发展,加速了检测技术的更新步伐。文章对高通量测序技术的发展及在微生物检测领域应用进行综述,并对高通量测序技术检测猪病的实践应用进行了分析。     

无特定病原体京白鸡的核型研究

采用腹腔注射秋水仙素,取骨髓细胞制备染色体标本,对无特定病原体京白鸡的核型进行了分析.并根据前10对染色体相对长度、臂比值及着丝点指数的测量结果,与已公布的其它地方鸡品种进行了比较.     

山羊瘤胃与粪便微生物多样性

本试验旨在应用高通量测序技术比较山羊瘤胃和粪便微生物的结构与组成。选取6只10月龄波尔山羊,饲喂精粗比为3∶7的饲粮14 d后采集瘤胃液(R组)和粪便样品(F组)(每组6个重复,每个样品为1个重复)。提取总DNA后用古菌/细菌16S rRNA通用引物扩增V4~V5区,并用Illumina Mi Seq平台测序。结果表明:1)共获得有效序列227 729条,聚类后得13 601个运算分类单位(OTU)。2)所得OTU经物种注释99.337%被归类为细菌界,F组相对丰度最高优势菌门为厚壁菌门(65.400%),R组相对丰度最高优势菌门为拟杆菌门(60.188%)。3)从所有样品中共检测到129个科,F组中相对丰度最高为瘤胃球菌科(37.705%),极显著高于R组(P0.01),而R组中,相对丰度最高的为普雷沃氏菌科(29.959%),极显著高于F组(P0.01)。4)在粪便样品和瘤胃液样品种共检测到258个属,F组相对丰度最高的属为瘤胃球菌科未分类的属(26.914%),R组相对丰度最高为普雷沃菌属(28.621%)。5)所有12个样品间共发现了14个共享属,其中相对丰度最高的为厚壁菌门下的梭菌属4(Clostridium_Ⅳ,1.748%)。本试验结果表明瘤胃和粪便中微生物组成存在着较大差异,瘤胃中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的微生物,需要进一步研究。     

基于高通量测序分析牛呼吸系统疾病鼻咽微生物多样性和功能预测研究

为研究患呼吸系统疾病(BRD)的牛鼻咽部微生物的多样性及其基因功能,搜集贵州省不同地区3个牛场的患病牛鼻拭子(分别为R1、R2和R3组),利用Illumina高通量测序技术鉴定牛鼻咽部微生物多样性。平均得到细菌类有效序列64 128条,聚类为3 675个操作分类单元(OTUs);真菌类有效序列65 472条,聚类为2 646个OTUs。经分类学鉴定,细菌类属32个门、52个纲、124个目、233个科和582个属;真菌类属14个门、32个纲、97个目、223个科和407个属。细菌中的优势菌群为拟杆菌门(19.19%～47.15%)和变形杆菌门(16.04%～48.53%);属水平下,致病性细菌有支原体(0.68%～7.82%)、曼氏杆菌(0.19%～3.06%)、不动杆菌(0.74%～10.92%)、巴氏杆菌(0.44%～3.97%)和金黄杆菌(0.25%～2.75%)等。真菌中的优势菌群为子囊菌门(40.73%～61.4%)和担子菌门(6.88%～24.3%);属水平下,致病性真菌有曲霉菌属(1.19%～16.26%)、假丝酵母属(0.19%～7.6%)和克柔氏菌属(2.28%～45.1%)等。细菌类KEGG功能分类注释显示,R1组和R2组代谢类的相关通路丰度增加,R3组疾病感染、信号转导等相关通路丰度增加。真菌功能注释显示3组样品中均存在动物病原菌丰度增加。结果表明,患BRD牛鼻咽部微生物组成相似,但相对丰度存在差异;除常见的菌群外,还存在致病性细菌和真菌。     

高通量测序技术在兽医临床中的应用

高通量测序技术可一次同时测定几十万到几百万条核酸分子序列,在兽医临床上已被应用到畜禽疾病诊断、疾病监测、致病机理研究、耐药性分析等相关工作中.本综述结合应用实例对高通量测序技术在兽医临床的研究进展进行系统阐述,总结了高通量测序技术在兽医临床应用中的局限性和解决措施,并展望了高通量测序技术在兽医临床的应用前景.     

LAMP技术在鸭病原微生物检测中的应用

环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)是近年来新出现的一种核酸扩增技术,具有敏感性高、特异性好、视觉直观检测、对仪器要求低、价格便宜等优点。目前,已被广泛应用于多种病原微生物的检测。本文综述了LAMP技术在9种鸭病原微生物检测中的应用,以供鸭病原微生物的快速检测借鉴。     

基于高通量测序技术的山羊遗传多样性及其生产性状研究进展

近年来,高通量测序技术的规模化应用及生物信息技术的普及,极大地推动了家畜基因组学的发展,实现了分子育种标记全基因组水平的快速、精准定位,为全基因组选择育种奠定了重要基础。数千年来的驯化和选择,形成了用途多样的山羊品种,如乳用、皮用、绒用及肉用等,为人类提供了丰富的生产和生活资料。国内外学者采用高通量测序技术对山羊的遗传多样性及生产性能的遗传机制进行了研究,以期找到与山羊种质特性相关的基因,从而为山羊的遗传改良提供新的标记。作者对近五年来基于高通量测序技术研究山羊的遗传多样性和产绒、产奶、繁殖等生产性状的研究进展进行了综述,以期为评估山羊优良种质特性和与生产性状相关的优异基因定位的工作提供参考。