草鱼幼鱼肝胰脏抗氧化系统对MC-LR胁迫的响应

为了研究微囊藻毒素(MC-LR)对草鱼(Ctenopharygodon idella)幼鱼肝胰脏抗氧化防御系统的影响,本研究通过腹腔注射的方法(剂量为25、100μg MC-LR·kg-1,分别称为低剂量和高剂量),对草鱼幼鱼进行染毒,于胁迫24、48 h和72 h后分离其肝胰脏,随后采用分光光度法检测了草鱼幼鱼肝胰脏中超氧化物歧化酶(SOD)和过氧化氢酶(CAT)活性;同时采用荧光定量PCR方法分析了SOD、CAT、谷胱甘肽过氧化物酶(GPx)和谷胱甘肽还原酶(GR)基因相对表达量的变化。结果显示:高剂量MC-LR诱导24 h和48 h后,草鱼幼鱼肝胰脏SOD活性显著增加(P0.05),而SOD在低剂量组中活性没有显著变化(P0.05);低剂量MC-LR对CAT活性没有显著影响(P0.05),而高剂量MC-LR诱导24 h后可使草鱼幼鱼肝胰脏CAT活性显著增加(P0.05),随后其活性又下降,但差异不显著(P0.05)。在MC-LR胁迫过程中,SOD、CAT、GPx基因表达在两个剂量组中均显著低于对照组(P0.05),而GR基因在低剂量MC-LR胁迫24 h后相对表达量显著上调(P0.05),尽管在72 h相对表达量上调,但差异不显著(P0.05),而高剂量组中GR基因在胁迫24 h和48 h后,其表达量被抑制,但不存在显著差异(P0.05)。进行抗氧化酶活性和基因表达相关性分析发现,SOD和CAT酶活性与SOD和CAT基因表达不相关。上述研究表明MC-LR对草鱼幼鱼肝胰脏抗氧化系统产生了明显的胁迫效应,但MC-LR对机体抗氧化酶活性与基因编码调控之间的相互作用机制还有待更深入的研究。     

用16S rDNA克隆文库法分析患病刺参幼苗的菌群结构

采用16S rDNA克隆文库法对某刺参养殖场患病刺参Apostichopus japonicus幼苗(体长为3⁵ cm)表皮的菌群结构进行分析。结果表明:化皮参苗病灶组织和未明显化皮参苗表皮菌群均由γ-变形菌纲、β-变形菌纲和α-变形菌纲组成,优势菌为γ-变形菌纲,主要包括志贺氏菌Shigella sp.、不动杆菌Acinetobacter sp.和假单胞菌Pseudomonas sp.;化皮参苗病灶组织中志贺氏菌、不动杆菌和假单胞菌比例分别为49%、17%和5%,未明显化皮参苗表皮中3类菌的比例分别为20%、26%、9%。将该养殖场育苗池海水作为对照并进行菌群结构分析,结果显示,水中菌群同样由γ-变形菌纲、β-变形菌纲和α-变形菌纲组成,优势菌也为γ-变形菌纲,主要包含弧菌Vibrio sp.(75%)与志贺氏菌(12%)。此外,对化皮参苗病灶处进行细菌分离培养,得到一株优势菌,经16S rDNA初步鉴定为弧菌。研究表明,采用16S rDNA克隆文库法所得结果与传统的病原分离培养法存在差异。     

基于16S rDNA基因文库的黄河三角洲盐生植被土壤细菌群落多样性研究

[目的]研究黄河三角洲光板地及2种盐生植被(獐茅和罗布麻)下土壤细菌群落结构多样性,探究其与植被演替的关系.[方法]采用细菌16S rDNA基因文库方法,各文库挑选200个阳性克隆子进行测定.[结果]光板地、獐茅和罗布麻3个文库中分别得到121、150、155条有效序列.獐茅土壤细菌的Shannon指数和ACE指数最高.土壤中检测到变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacte-roidetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)等共8门.变形菌门在光板地、獐茅土壤和罗布麻土壤中的相对丰度分别为37.45％、51.09％、37.11％,拟杆菌门分别为33.02％、3.03％、4.47％,其他细菌相对丰度均较低.[结论]3种覆被类型下土壤细菌在种群组成与分布上差异明显,变形菌为优势菌群.当盐生植被处于不同演替阶段时,土壤细菌群落结构差别较大.     

应用16S rDNA序列分析对马铃薯贮藏期三个病原细菌菌株的鉴定

通过对甘肃天祝引起马铃薯病害的细菌的分离培养和致病性测定,有3个细菌菌株能够引起马铃薯贮藏期腐烂病.通过16S rDNA序列分析,2个菌株被鉴定为Erwinia persicinus,1个菌株为Microbacterium phyllosphaerae.3个菌株均为革兰氏阴性菌,且对贮藏期的马铃薯均有不同程度的致病性,能引起马铃薯的腐烂.     

普通草鱼与脆肉鲩肝胰脏游离氨基酸的差异

为了探明脆肉鲩(脆化饲养法)肉质脆化的机理,对普通草鱼(常规饲养法)和脆肉鲩的肝胰脏进行预处理,用毛细管气相色谱法对其游离氨基酸的组成和含量进行测定．结果表明：普通草鱼和脆肉鲩的肝胰脏游离氨基酸组成相同,但含量差异显著,100g鲜样中游离氨基酸总含量分别为194．11mg和373．23mg,游离必需氨基酸总含量分别为82．62mg和191．55mg．这种变化说明在草鱼的饲养过程中,改变其食物组成导致了草鱼肝胰脏游离氨基酸含量的改变。     

应用PCR-DGGE技术分析福州左海湖的细菌群落组成

应用PCR-DGGE技术对4个月份(2011年12月、2012年2月、4月、6月)的福州左海湖细菌群落组成和优势菌群进行分析,研究结果发现相同月份4个采样点的DGGE图谱差异性不大,细菌群落组成具有较高的相似性;而不同月份4个采样点的DGGE条带的数目和位置表现出明显差异,细菌群落组成差异明显。对20条不同位置的DGGE条带进行切胶回收、扩增和测序后,进行系统进化分析,结果显示这20条带归属于4个细菌类群,即变形菌门Proteobacteria、拟杆菌门Bacteroidetes、放线菌门Actinobacteria、蓝细菌门Cyanobacteria。20条序列中有11条鉴定为变形细菌门Proteobacteria、5条鉴定为拟杆菌门Bacteroidetes、2条鉴定为放线菌门Actinobacteria、其余2条属于蓝细菌门Cyanobacteria。研究结果表明,左海湖细菌群落组成包括了Proteobacteria、Bacteroidetes、Actinobacteria、Cyanobacteria,其中以Proteobacteria为优势菌群。     

松嫩草地土壤细菌群落 16S rDNA V3 片段 PCR 产物的 DGGE 分析

从松嫩草地9种植物群落覆盖下的土壤中抽提细菌总DNA,直接扩增16SrDNAV3可变区,应用变性梯度凝胶电泳（DGGE）分析16SrDNAV3可变区的多态性,发现不同种类植物群落地下土壤细菌的种类以及生物量都有所不同,并且地上植被的盖度影响了地下土壤微生物的物种多样性。     

饲料中高水平铜对草鱼生长、肝胰脏和肌肉中铜铁锌含量的影响

研究饲料中铜对草鱼生长性能、肝胰脏和肌肉中铜铁锌含量的影响,为饲料中铜的安全添加提供理论依据。用铜含量分别为9.38(对照),28.17,46.21,80.07,208.54,439.50,679.72,873.37,1 365.42mg/kg的试验饲料,饲喂初始体重(25.57±0.47)g的草鱼56 d,每14 d取样1次。结果表明:饲料铜含量对草鱼的成活率、特定生长率、饲料系数、鱼体水分、鱼体粗脂肪和鱼体粗灰分无显著影响(P>0.05);而饲料铜含量≥873.37 mg/kg时,鱼体粗蛋白含量显著低于对照组(P<0.05)。随着饲料铜含量的升高,草鱼肌肉铜含量无显著变化(其含量为1.52~1.65 mg/kg),铁含量显著升高,锌含量则仅在14 d时显著降低;肝胰脏铜含量显著升高,56 d时,在铜含量1 365.42 mg/kg的试验组达到22.97 mg/kg;肝胰脏铁含量14 d时显著升高,但在56 d时呈先升高后降低趋势;肝胰脏锌含量在14 d时显著降低,而在56 d时,饲料铜含量≥439.50 mg/kg的试验组显著高于对照组(P<0.05)。在本试验条件下,草鱼肝胰脏和肌肉中铜含量均低于我国水产品相关标准中规定的铜的限量。     

基于16S rDNA序列的4株气单胞菌属细菌的分子鉴定

对分离自养殖水环境的4株气单胞菌属(A eromonas)细菌的16 S rDNA序列进行PCR扩增并测定其核酸序列,通过BLAST软件在GenBank中查找同源序列,应用MegAlign软件中的Jotun Hein、ClustalV以及ClustalW 3种方法进行序列差异和同源性分析,分别使用Mega 4.0软件中的邻接法(NJ)、最小进化法(ME)、最大简约法(MP)、非加权组平均法(UPGMA)构建系统发育树.由Jotun Hein法可知,Aeromonas sp.T3与序列DQ817542.1、DQ817645.1以及HM127065.1相似度最高,均为99.2％,Aeromonas sp.T4与序列DQ816364.1、HM77846.1以及HM778618.1相似度最高,均为97.9％,A eromonas sp.T5与序列GQ205446.1相似度最高,均为99.4％,Aeromonas sp.T6与序列GQ205446.1相似度最高,为99.6％;其他两种方法的结果相似度略低.4种方法构建的系统发育树基本一致,可初步确立4株菌株的分类地位:Aeromonas sp.T3与序列DQ817542.1亲缘关系最近,Aeromonas sp.T4与序列HM778618.1亲缘关系最近,Aeromonas sp.T5与序列GQ232759.1亲缘关系最近,Aeromonas sp.T6与序列GQ205446.1亲缘关系最近.     

饲料中高水平铜对草鱼生长、肝胰脏和肌肉中铜铁锌含量的影响*

 摘要：研究饲料中铜对草鱼生长性能、肝胰脏和肌肉中铜铁锌含量的影响,为饲料中铜的安全添加提供理论依据。用铜含量分别为9.38(对照),28.17,46.21,80.07,208.54,439.50,679.72,873.37,1 365.42mg/kg的试验饲料,饲喂初始体重（25.57 ± 0.47）g的草鱼56d,每14d取样1次。结果表明：饲料铜含量对草鱼的成活率、特定生长率、饲料系数、鱼体水分、鱼体粗脂肪和鱼体粗灰分无显著影响(P＞0.05);而饲料铜含量≥87337mg/kg时,鱼体粗蛋白含量显著低于对照组(P＜0.05)。随着饲料铜含量的升高,草鱼肌肉铜含量无显著变化(其含量为1.52~1.65mg/kg),铁含量显著升高,锌含量则仅在14d时显著降低;肝胰脏铜含量显著升高,56d时,在铜含量1 365.42mg/kg的试验组达到22.97mg/kg;肝胰脏铁含量14d时显著升高,但在56d时呈先升高后降低趋势;肝胰脏锌含量在14d时显著降低,而在56d时,饲料铜含量≥439.50mg/kg的试验组显著高于对照组(P＜0.05)。在本试验条件下,草鱼肝胰脏和肌肉中铜含量均低于我国水产品相关标准中规定的铜的限量。     

基于16S rDNA测序的巢湖流域水体粪便污染溯源

排入地表水中的动物粪便会带来一系列生态与公共卫生问题,快速准确鉴别污染来源对于源头控制与污染治理具有重要意义。基于细菌群落的微生物溯源技术（Community-based microbial source tracking）以及高通量DNA测序技术（Next-generation sequencing,NGS）,对污染源中微生物和环境样本中的微生物群落进行比较分析,进而对水体中粪便污染来源进行预测。本文利用16S rDNA测序,系统分析与比较了巢湖流域水体、沉积物样本与广泛的潜在污染源（包括村庄与养猪场污水,野生水鸟粪便,人类与家禽、家畜粪便）的细菌群落组成,同时,利用基于机器学习的溯源软件FEAST与Sourcetracker,对水体、沉积物样本的潜在污染源进行了预测。结果表明：水体与沉积物样本的微生物多样性显著高于粪便样本,其中巢湖水体与河流沉积物样本具有最高的物种多样性,同时样本中也存在大量未分类物种。变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）,拟杆菌门（Bacteroidetes）广泛分布于所有样本中。溯源分析结果表明,村庄排污口与污水处理厂排污口样本是河水样本最主要的污染来源,沉积物与湖水样本则预测存在猪场排污水与野生水鸟粪便的污染,所有样本未检测到来自人粪与鸡粪的污染。     

北京地区枣疯病植原体16SrDNA基因序列分析

利用植原体16S rDNA基因保守序列通用引物R16F2n/R16R2对北京昌平区西峰山村小枣患病植株总DNA进行PCR扩增,结果得到约1.2 kb的特异性DNA片段.对克隆扩增获得DNA片段测序,结果表明,北京昌平地区枣疯病植原体16S rDNA基因片段长1248 bp,与韩国枣疯病植原体同源性最高,为99.51%.序列同源性比较的结果表明克隆到的植原体归属于榆树黄化组16SrV-C亚组.     

广东茄科雷尔氏菌16S rDNA序列分析

应用PCR方法,获得了分离自广东番茄、茄子、辣椒、烟草、空心菜、沙姜、姜、马铃薯、花生、菊花、桑树和藿香共12种作物21个茄科雷尔氏菌菌株的16S rDNA.序列测定及比较结果表明,21个广东茄科雷尔氏菌菌株16S rDNA近全长序列均为1 528 bp,序列间同源率99.2%～100%;各菌株的16S rDNA序列间只有1～12个不等的碱基差异,其中20个菌株的458～460位及474位的碱基是ACT和T,而菌株HZ-1则是TTC和A,说明广东茄科雷尔氏菌的16S rDNA序列十分保守.系统进化分析结果显示,仅菌株HZ-1聚类于茄科雷尔氏菌2a亚组中,其余20个菌株均聚类于茄科雷尔氏菌区组1中.     

基于PCR-DGGE和16S rDNA克隆技术研究土壤细菌多样性的实验技术

PCR-DGGE是测定土壤微生物多样性常用的技术手段之一,但是提供的微生物多样性信息不够完整,如果与16S rDNA克隆技术相结合,微生物多样性信息更加丰富。 PCR-DGGE和16S rDNA克隆实验技术复杂,许多新手没有成熟可靠的经验可借鉴。以土壤细菌多样性研究方法为例,分别从 DNA 提取与纯化、PCR扩增、DGGE、胶片染色技巧以及16S rDNA 克隆技术等环节进行技术体系构建,可供利用该技术的研究人员参考。     

暗纹东方鲀几种组织中可培养细菌的组成分析

采用16S rDNA特征序列PCR-DGGE法,分析了不同饵料饲养的暗纹东方鲀的表皮、肠道和河鲀毒素累积组织(肝和卵巢)中可培养细菌的群落组成.根据分子系统发育分析,共鉴定出45种可培养细菌,在这些细菌中,以变形细菌的gamma亚群占多数,其它分别隶属于低GC含量革兰氏阳性菌和高GC含量革兰氏阳性菌.摄食不同饵料的暗纹东方鲀,其肠道、表皮或河鲀毒素累积组织中的细菌菌落组成是不同的,但不管是摄食人工配合饲料或天然饵料,在暗纹东方鲀的肠道、表皮或河鲀毒素累积组织中,均发现已有报道的可产河鲀毒素的细菌类群,表明饵料来源对暗纹东方鲀的河鲀毒素产生不是必需的.     

暗纹东方鲀几种组织中可培养细菌的组成分析

采用16S rDNA特征序列PCR-DGGE法,分析了不同饵料饲养的暗纹东方鲀的表皮、肠道和河鲀毒素累积组织(肝和卵巢)中可培养细菌的群落组成.根据分子系统发育分析,共鉴定出45种可培养细菌,在这些细菌中,以变形细菌的gamma亚群占多数,其它分别隶属于低GC含量革兰氏阳性菌和高GC含量革兰氏阳性菌.摄食不同饵料的暗纹东方鲀,其肠道、表皮或河鲀毒素累积组织中的细菌菌落组成是不同的,但不管是摄食人工配合饲料或天然饵料,在暗纹东方鲀的肠道、表皮或河鲀毒素累积组织中,均发现已有报道的可产河鲀毒素的细菌类群,表明饵料来源对暗纹东方鲀的河鲀毒素产生不是必需的.     

PCR-DGGE技术分析不同地区野生锯缘青蟹肠道菌群多样性

采用PCR-DGGE技术对7个地区的锯缘青蟹肠道菌群进行了群落结构分析和比较。结果显示7个地区的锯缘青蟹肠道菌群的结构多样性存在较大差异,相似性指数在30%～70%之间,且同一地区雌雄样本的肠道菌群相似性也存在差异。对DGGE图谱中的12条主条带进行回收、测序,结果经Blast比对,发现12个条带代表的细菌分别属于3个细菌类群：变形细菌(Proteobacterium)、厚壁菌(Firmicutes)和棍状厌氧菌(Anaerorhabdus),其中有7个条带代表的细菌为不可培养的种类。     

草本纤维提取用菌株的PCR-16S rDNA及ITS-RFLP分析

通过分析从沤麻水中分离到的8株草本纤维提取用菌株的16S rDNA以及ITS序列,鉴定并构建其聚类图,明确草本纤维提取用菌株的遗传关系.通过BLAST比对16S rDNA并用限制性内切酶酶切16～23S的ITS保守序列,对参试菌株的16S rDNA及ITS酶切片段进行聚类分析.结果表明,8株菌株分别属于地表芽孢杆菌、梭状芽孢杆菌、蜡状芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌以及多粘类芽孢杆菌:基于16S rDNA序列与ITS-RFLP所获得的聚类结果基本一致,菌株1251与菌株1172-1聚为一类,其余聚为一类,但种内聚类存在一定的差异,可能与不同类型的序列进化程度有关,8株菌株的16SrDNA序列的相似性为78.66%;Alu Ⅰ、Hinf Ⅰ、Sau3A Ⅰ、Taq Ⅰ 4种限制性内切酶对参试的8株草本纤维提取用产芽孢菌株的ITS进行酶切,各获得0～4条100～440bp的酶切产物.     

三丁酸甘油酯对草鱼幼鱼体成分、形体指标及肠道消化酶的影响

为研究草鱼饲料中添加三丁酸甘油酯对其鱼体成分、形体指标及肠道消化酶的影响。选取健康的草鱼幼鱼(20.04 g±0.19 g)随机分为4组,每组设置3个重复,分别投喂基础日粮(T1)以及基础日粮中添加300 mg/kg(T2)、600 mg/kg(T3)、1 000 mg/kg(T4)三丁酸甘油酯饲粮,在水库网箱中进行8周的养殖试验。结果表明,T4组的鱼体粗蛋白含量较基础日粮组(T1)有提高的趋势(P>0.05),水分含量显著降低(P<0.05),各组之间的粗脂肪和粗灰分含量无显著差异(P>0.05)。与基础日粮组相比,T2、T3和T4组的肝体比显著提高,T2组的肠体比显著提高(P<0.05)。T3和T4组的肥满度、脏体比、肠体比和肠长比均有上升的趋势(P>0.05)。T3组肠道脂肪酶活力较T1组显著提高,T4组的淀粉酶活力显著提高(P<0.05)。综上可得,饲料中添加三丁酸甘油酯能够改变草鱼幼鱼的鱼体成分和形体指标,提高肠道消化酶活力。     

蜡状芽胞杆菌群16S rDNA分析

蜡状芽胞杆菌群主要包括炭疽芽胞杆菌(Bacillus anthracis)、蜡状芽胞杆菌(Bacillus cereus)、苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis).GenBank已有这个群的8个菌株完成了全基因组序列测定.对这8株蜡状芽胞杆菌群菌株中98条16S rDNA的序列进行相互BLAST比较,发现在同一基因组内各个16S rDNA拷贝全局相似度最低为96.47%,在不同基因组间16S rDNA局部片段比对最小相似度达到99.72%,对应片段长度也有1417 bp.这点充分说明,该群的细菌完全共用同一种16S rDNA,根据16S rDNA给细菌分类的特点,它们应该属于同一个种.在亲缘关系上,枯草芽胞杆菌离蜡状芽胞杆菌群最近.