猪Mx1基因cDNA的克隆及序列分析

 为获得云南本地猪Mx1基因cDNA序列,根据GenBank中猪Mx1基因的参考序列,设计合成3对引物。以云南本地猪外周淋巴细胞为样本,采用RT-PCR方法进行分段扩增,对扩增片段进行克隆,测序分析及序列拼接。结果表明,扩增的云南本地猪Mx1基因cDNA全长2546bp,开放阅读框1992bp,编码663个氨基酸,与GenBank中他猪种Mx1基因序列对比,核苷酸序列的同源性为99.4%～99.8%,氨基酸序列的同源性为98.8%～99.5%。成功获得云南本地猪Mx1基因的cDNA序列,为研究云南本地猪Mx1蛋白的抗病毒活性及作用机制奠定了基础。     

鹅生长激素基因外显子单核苷酸多态性分析

以莱茵鹅、四川白鹅、豁眼鹅、皖西白鹅和朗德鹅5个鹅品种为试验材料,根据鸭、鹅生长激素基因序列设计了3对引物扩增第2、第3、第5外显子,用PCR-SSCP方法进行单核苷酸多态性分析,并对不同鹅品种进行群体遗传学分析。结果显示:在鹅GH基因第2外显子上共发现2个单碱基突变位点,第39个碱基处的T→C突变未发生氨基酸变化,为沉默突变;第74个碱基处T→C单碱基突变导致第25个氨基酸由缬氨酸(V)变为丙氨酸(A);鹅群中表现出10种基因型(AA、AB、AC、AD、BB、BC、BD、CC、CD、DD)。统计结果发现:10种基因型在鹅品种间分布存在极显著差异(P0.01);所有鹅品种均处于Hardy-W e inberg平衡状态。群体遗传分析显示:杂合度、有效等位基因数朗德鹅最低,豁眼鹅最高;朗德鹅PIC为0,四川白鹅为中度多态外,其他品种均为高度多态。表明鹅GH基因在不同鹅品种中具有丰富的单核苷酸多态性,可以进一步作为候选基因来分析其与生产性状的相关性。     

鹅PRLR基因外显子10单核苷酸多态性分析

运用PCR-SSCP法,检测了皖西白鹅和莱茵鹅PRLR基因外显子10的单核苷酸多态性。结果表明：在皖西白鹅群体中存在多态性,10-2位点的A-181G和10-3位点的-/22A缺失突变;而在莱茵鹅群体中则不存在多态性。     

猪DECR1基因SNPs筛选及其多态性分析

以大白猪、长白猪和杜洛克3个猪种共327头为试验材料,对2,4-dienoyl-CoA reductase 1(DECR1)基因第6至第10外显子区域进行SNPs筛选,分析SNP突变位点的遗传多态性;采用比较基因组方法,根据人DECR1基因全长序列设计引物,筛选猪DECR1基因的SNP,经PCR-SSCP技术和测序检测...     

牛LAP3基因内含子12和外显子13单核苷酸多态性

采用单链构象多态性(single-strand conformation polymorphism,SSCP)、创造酶切位点PCR(created restriction site-PCR, CRS-PCR)、限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism, RFLP)以及直接测序方法,研究中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛LAP3基因第12内含子和第13外显子的单核苷酸多态性(SNP)。共检测到5个SNP,分别为24 794（T/G）、24 803(T/C)、24 846（T/C）、24 564（G/A）和25 415（T/C）,其中24 564（G/A）为首次报道的位点。经PCR-SSCP结合测序图谱发现24 794（T/G）、24 803(T/C)、24 846（T/C）位点完全连锁,但该连锁位点在鲁西黄牛群体中未检测到。5个SNP位点在中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛群体的优势等位基因相同,分别是T、T、T、G、T,其等位基因频率分别是T（CH 0.579/LY 1/BB 0.722）、T（CH 0.579/LY 1/BB 0.722）、T（CH 0.579/LY 1/BB 0.722）、G(CH 0.584/ LY 0.775/BB 0.500)和T(CH 0.596/LY 0.796/BB 0.750),多态信息含量均在0.25至0.5之间,属于中度多态。     

合作猪Nramp1基因第六内含子多态性分析

采用PCR-SSCP方法检测了135头合作猪Nramp1基因第六内含子的多态性.结果表明:序列比对分析发现10个新的核苷酸多态位点,其中,转换7个,颠换2个,插入1个;试验群体发现5个基因型,即AA、AB、BB、CC、AC,其中B等位基因为优势等位基因,AB基因型为优势基因型;经χ2适合性检验,该群体处于Hardy-Wein-berg平衡状态(P0.05);Nramp1基因遗传多态指数中,杂合度为0.617 4,多态信息含量为0.537 3,有效等位基因数为2.613 7.     

不同猪种乳铁蛋白基因启动子区单核苷酸多态性分析

通过构建DNA池和测序,分析了广东蓝塘猪、大花白猪和外来长白猪3个猪种的乳铁蛋白基因启动子区和部分5'UTR区1 494 by的单核苷酸多态性.结果表明,在3个猪种中发现了24处单核苷酸突变,其中12处为转换,8处为颠换,3处为插人.1处为缺失突变.通过生物信息学方法预测了猪乳铁蛋白基因启动子转录因子结合位点,发现了5个SNP:-1032A>G、-989C>T、-740T>G、-732G缺失、-680A>G,分别位于PEA3、cAMP、STAT5、SRY转录因子结合位点上,其中-1032 A>G产生了MYTI结合位点,-680A>G导致了SRY结合位点消失,引起了转录因子结合位点的改变,但是否对启动子转录活性有影响还需要进行深人研究.     

猪源Mx1基因的原核表达及其抗血清制备

利用1对特异性引物,从pT-poMx1中扩增出Mx1基因开放式阅读框(1 992 bp),并将其编码区插入到携带GST标签的原核表达载体pGEX-6p-1中,经酶切和序列测定后,重组质粒pGEX-poMx1转化入大肠杆菌BL21(DE3),利用IPTG诱导表达融合蛋白并分析表达效果。结果表明:经终浓度为0.8 mmol.L-1 IPTG诱导后4 h,猪源Mx1基因(poMx1)在BL21(DE3)中获得高效表达,表达量占菌体蛋白的32.6%,SDS-PAGE显示融合蛋白相对分子质量为99×103。将目的蛋白切胶后免疫Balb/c小鼠,制备了特异性多抗血清,Western blot结果显示该抗血清与融合蛋白孵育反应后有明显的特异性条带。结论:poMx1基因表达成功。     

香猪PIT-1基因内含子多态性的研究

采用PCR和DNA测序方法,对香猪及对照猪种(上海白猪、大约克夏猪)的PIT-1基因进行了单核苷酸多态性(SNP)分析,并采用RT-PCR方法对3个猪种PIT-1基因的表达水平进行了半定量分析。结果显示:香猪在DNA序列的963位(位于第4内含子)和1429位(位于第5内含子)分别发生G→A突变,而对照猪种在这2个位置未发生突变;香猪PIT-1基因表达水平显著低于上海白猪和大约克夏猪(P<0.05)。结论:香猪第4和第5内含子的两处突变可能会造成PIT-1基因表达量下降,最终可能导致香猪的生长受到影响。     

猪APOE基因外显子4的多态性分析

生物的寿命受到遗传和环境的影响,利用模式生物对衰老相关基因的研究已取得显著成果.母猪利用年限作为一个复杂的适应性性状,与寿命直接相关.母猪的利用年限缩短会导致母猪群的繁殖寿命缩短.本研究根据比较基因组学和生物信息学,以猪APOE基因作为影响母猪利用年限的重要候选基因,研究了长白和大花白两个猪种的APOE基因外显子4的多态性并对不同基因型及基因频率作统计分析.结果表明:猪APOE基因外显子4的第227位碱基发生了C→T转换,这一变异导致相应蛋白质序列中的氨基酸发生了亮氨酸和脯氨酸替换.该位点基因型:大花白CC型频率为42%,CT型频率为30%,TT型频率为28%,而长白猪CC型为100%.长白母猪与大花白母猪的利用年限差异较大,而猪APOE基因外显子4等位基因频率的差异可能说明了两者之间的利用年限差异的原因.     

猪PLIN1基因单核苷酸多态检测与遗传分析

以皖南黑猪、安庆六白猪、圩猪和霍寿黑猪共236头猪为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测猪脂滴包被蛋白（Perilipin, PLIN1）基因的遗传多态性。结果表明,在皖南黑猪、安庆六白猪PLIN1基因3 519 bp碱基处发生A>G突变,检测到AA、AB、BB 3种基因型, 其中AA基因型频率在这2个群体中分别为8.97%和29.23%,AB基因型频率分别为43.59%和56.92%,BB基因型频率分别为47.44% 和13.85%;皖南黑猪、安庆六白猪的多态信息含量（PIC）分别为0.3353和0.3690,在该位点均处于中度多态;卡方检验表明皖南黑猪群体和安庆六白猪群体均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05);在圩猪、霍寿黑猪群体中PLIN1基因的第2外显子没有检测到突变。PLIN1基因的第3外显子在4个群体中均没有检测到突变。     

猪HGD基因第14外显子单核苷酸多态性与胴体和肉质性状的关系

【目的】研究猪HGD基因第14外显子单核苷酸多态性对猪胴体和肉质性状的遗传效应。【方法】以金华×皮特兰资源家系F2代猪为研究材料,用PCR-SSCP方法检测猪HGD基因第14外显子的多态片段,并分析了猪HGD基因型间胴体和肉质性状的差异。【结果】发现了3种基因型(CC、CT和TT)。对纯合子个体测序检测发现,在猪HGD基因第14外显子序列EF011080 143 bp处存在C→T的单核苷酸变异,这一变异导致相应的蛋白质序列中脯氨酸(Pro)到丝氨酸(Ser)的替换。在试验猪群中,等位基因C的频率比等位基因T高,为78.3%;CC基因型个体占多数,达67.3%;适合性χ2检验表明,该座位在金华×皮特兰资源家系F2代猪群体中处于非遗传平衡状态。CT基因型猪腿臀重分别较CC和TT基因型猪高0.33和0.45 kg(P<0.05);CT基因型猪臀背膘厚、眼肌面积、肌肉粗蛋白含量和眼肌电导率分别较CC基因型猪高0.31 cm,3.29 cm2,0.73%和1.38(P<0.05);CT基因型猪的眼肌pH45、腿臀肌肉pH45和腿臀肌温度分别较CC基因型猪低0.26,0.23和1.21℃(P<0.05)。【结论】HGD基因可能是影响猪胴体、肉质性状的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因。     

鸭催乳素基因内含子1 SNP分析

利用PCR-RFLP方法和DNA测序技术检测了江淮流域的高邮鸭、巢湖鸭、淮南麻鸭、荆江麻鸭和沔阳麻鸭5个鸭品种PRL基因第1内含子多态.结果表明:内含子1在1 326 bp处发生了T→C的碱基突变,产生了AA、AB和BB 3种基因型.A等位基因的频率分别为0.285 7、0.287 9、0.228 6、0.166 7、0.283 3;B等位基因在江淮流域的5个鸭品种当中具有绝对优势;5个家鸭品种的多态性良好且都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).     

Single nucleotide polymorphism of promoters of candidate genes controlling porcine productivity indices

Associations of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in promoters of specialized genes of lipid metabolism (Scd, Lep), myogenesis (Myod, Myf-6), and board-spectrum protein regulator gene (Opn) with porcine meat-fat productivity indices are analyzed. The revealed associations depend on the origin of the animals (are different in two- and three-breed crosses) and their sex. The greatest number of associations is observed between SNPs of the Opn gene promoter and backfat thickness and meat productivity indices. The data obtained indicate that the investigated SNP genotypes can be used for increasing the effectiveness of predicting the productive potential of animals with consideration of their origin and sex.     

猪CACNA1S基因内含子37的克隆及多态性研究

根据不同物种间保守性及相似性的特点,跨内含子设计引物,利用聚合酶链式反应(PCR)技术对猪CAC-NA1S内含子37进行克隆;采用PCR-SSCP技术,检测金华与皮特兰杂交F_2代猪(JP F_2)和苏钟猪CALCN1S基因内含子37的单核苷酸突变点(SNP),并结合JP F_2猪生产性状进行相关分析.结果表明:(1)克隆得到猪CACNA1S基因内含子37完整DNA序列(235 bp);(2)在猪CACNA1S基因内含子37中检测到6个SNP;(3)相关分析显示,位点1S-76对体长存在显著性影响(0.01相似文献   

4个牛群体MSTN基因第1外显子单核苷酸多态性分析

以肌生成抑制素(MSTN)为候选基因,采用PCR-SSCP技术检测了该基因第一外显子在皖东牛、皖南牛、和牛和西门塔尔牛4个群体中的多态性。通过SNP检测,发现MSTN基因外显子1的267碱基发生A→G的同义突变,在所检测牛群中存在3种基因型(AA、GG、AG),A等位基因为优势基因。该位点在4个牛群体中均处于中度多态。卡方检验表明皖东牛、皖南牛和和牛处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05),西门塔尔牛处于哈代-温伯格不平衡状态(P0.05)。     

牦牛MSTN基因内含子2多态性及与生长性状的相关性

采用PCR-SSCP技术对大通牦牛、甘南牦牛和天祝白牦牛(共277头)肌肉抑制素基因(MSTN)内含子2的部分序列进行了多态性研究,分析该基因与牦牛生长性状的相关性.结果表明,牦牛MSTN基因内含子2存在2个等位基因和3种基因型.在该基因座上,甘南牦牛、天祝白牦牛呈Hardy-Weinberg平衡状态,大通牦牛呈不平衡...     

五种牛THRSP基因部分第一外显子序列PCR-SSCP多态性研究

THRSP基因是调节动物脂肪生成的重要基因.试验利用PCR-SSCP和DNA测序方法对秦川牛(QC)、夏南牛(XC)、南阳牛(NC)、郏县红牛(JRC)、鲁西牛(LC)共644头牛的THRSP基因部分第一外显子序列进行遗传多样性分析.结果发现存在两个突变位点:40bpC/T和78bpA/G;四种基因型:AA,AB,BB,AC;五种牛A,B,C基因的频率分布一致.从位点间杂合度来看:QC>XC>LC>NC>JRC;从位点间多态信息含量看:QC属于高度多态(PIC>0.5),XC,LC,NC,JRC属于中度多态(0.25相似文献   

德化黑鸡黑素皮质素受体1（MC1R）基因单核苷酸多态性分析

采用聚合酶链式反应及单链构象多态(PCR-SSCP)技术以及DNA直接测序的方法,对德化黑鸡MC1R基因编码区进行单核苷酸多态性(SNPs)分析。结果表明:引物P2扩增片段具有多态性,并表现为AA、AB和BB等3种基因型;经序列分析发现,BB型存在2个突变位点:分别在1094处(G-A)和1095处(T-C),其中在1095处的突变还导致氨基酸的改变(Cys-Arg)。由基因型分布情况表明,德化黑鸡C系(乌色)和D系(非乌色)均以AA型为主;BB型(含SNP)仅存在于C系中,而在D系中未发现,推测BB型可能是乌色性状特有或与乌色性状相关。     

德化黑鸡黑素皮质素受体1(MCIR)基因单核苷酸多态性分析

采用聚合酶链式反应及单链构象多态(PCR-SSCP)技术以及DNA直接测序的方法,对德化黑鸡MCIR基因编码区进行单核苷酸多态性(SNPs)分析.结果表明:引物Pz扩增片段具有多态性,并表现为AA、AB和BB等3种基因型;经序列分析发现,BB型存在2个突变位点:分别在1 094处(G-A)和1095处(T-C),其中在1 095处的突变还导致氨基酸的改变(Cys-Arg).由基因型分布情况表明,德化黑鸡C系(乌色)和D系(非乌色)均以AA型为主;BB型(含SNP)仅存在于C系中,而在D系中未发现,推测BB型可能是乌色性状特有或与乌色性状相关.