荷花ISSR引物筛选及反应体系优化

利用加拿大哥伦比亚大学(UBC)公布的100条ISSR引物,以2个荷花品种的DNA为模板进行PCR扩增。采用单因素试验方法对荷花ISSR-PCR反应体系的5个因素(Mg2+、引物、dNTP、模板DNA、Taq酶)进行浓度优化,确定了荷花ISSR反应的25μL最佳扩增体系为:10×Taq Buffer 2.5μL,Mg2+3.0 mmol/L,dNTP 0.2 mmol/L,引物1.0μmol/L,Taq酶1.00 U,模板DNA 40 ng。筛选出8条扩增条带较好的ISSR引物,并对其引物进行梯度PCR试验,筛选出各引物对应的最佳退火温度,扩增共计获得61条ISSR条带。     

带叶兜兰SRAP反应体系的建立与优化(英文)

[目的]确定带叶兜兰的SRAP反应体系。[方法]以带叶兜兰嫩叶提取的DNA为材料,对带叶兜兰SRAP反应体系中的主要成分dNTPs、Mg2+、Taq酶、模板DNA及引物进行了单因子优化。[结果]最终确定了适合带叶兜兰基因扩增的SRAP反应体系:在25μl反应体系中加入10×PCR Buffer 2.5μl、dNTPs0.15 mmol/L、Mg2+2.0 mmol/L、引物0.4 mmol/L、Taq酶0.3 U。[结论]该体系扩增条带清晰,重复性好,可应用于带叶兜兰的多方面的分析。     

兜兰属植物ISSR-PCR反应体系的优化

以兜兰为试材,用改进的CTAB法提取总DNA,采用正交试验设计,分析Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度和Taq DNA聚合酶用量对ISSR-PCR扩增的影响,并通过梯度PCR确定最佳退火温度,最终建立兜兰ISSR扩增反应体系。最佳反应体系为:25μL体系中,含10×PCR buffer 2.5μL、1.5mmol/L Mg2+、0.15mmol/L dNTP、0.6μmol/L引物、1.0 UTaq酶和40 ng模板DNA。反应程序为:94℃5 min,94℃30 s,56.2℃45 s,72℃1 min,共40个循环;72℃延伸7 min。     

亮叶蜡梅ISSR反应体系的建立与优化

为了建立和优化亮叶蜡梅(Chimonanthus nitens Oily.)的ISSR反应体系,对模板DNA的浓度、引物浓度、Mg2+浓度等影响因子进行了筛选.结果表明:在25 μL的反应体系中,含有40 ng模板DNA、1 U Taq酶、0.2 mmol/L dNTP、0.3μmol/L引物、1.5 mmol/L Mg2+、2.5μL 10×buffer的扩增效果最好.利用该优化的反应体系,筛选出了12条稳定性强、清晰度高、多态性高的ISSR引物,并对筛选出的12条引物在不同退火温度(51～56℃)下的扩增效果进行了比较,从而确定了每个引物的最佳退火温度.     

毁灭炭疽菌RAPD和ISSR-PCR最佳反应体系的建立

对影响PCR反应的主要因子-Md2+、dNTP、Taq酶、引物浓度进行优化,建立起适合于毁灭炭疽菌基因组DNA的RAPD和ISSR反应体系.RAPD反应体系(25μL):Mg2+浓度为2.5 mmol/L,dNTP浓度为200 μmol/L,Taq酶用量为1U,引物浓度1μmol/L.ISSR反应体系(25μL)为:Mg2+浓度为2 mmol/L,dNTP浓度为150μmol/L,Taq酶用量为0.5 U,引物浓度为1.25 μmol/L.     

适于长竹蛏的ISSR反应体系的优化

[目的]以长竹蛏基因组DNA为模板,探讨利用简单重复序列区间分子标记技术进行PCR扩增的最优条件。[方法]采用单因素比较试验,分析了Mg2+、dNTP、TaqDNA聚合酶、引物以及模板DNA浓度对ISSR-PCR扩增效果的影响。[结果]长竹蛏的ISSR反应体系包括10×Buffer,2.5 mmol/LMg2+,0.25 mmol/L dNTP,0.5μmol/L ISSR引物,0.040 U/μlTaqDNA聚合酶,1.6 ng/μl模板DNA。[结论]优化后的反应体系适于长竹蛏的ISSR-PCR扩增。     

高原鼠兔ISSR引物反应体系的优化与筛选

[目的]筛选和优化高原鼠兔(Ochotona curzoniae)适宜的ISSR反应体系,以在对高原鼠兔进行ISSR分析时获得清晰和多态性好的扩增结果。[方法]以高原鼠兔基因组DNA为模板,通过单因素试验,对体系中的模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq酶用量、引物用量、退火温度进行探讨。[结果]结果表明,高原鼠兔ISSR-PCR扩增的最佳条件为:25μl PCR反应体系,其中4lμDNA模板,1.5 mmol/LMgCl2,0.2 mmol/L dNTPs,1.25 UTaq聚合酶,1.5μmol/L引物,复性温度4560℃(退火温度随引物不同而确定)。用11条引物进行了PCR扩增,筛选出效果较好的6条引物。[结论]该反应体系的建立为鼠兔遗传多样性和分子系统学研究提供技术支持。     

老芒麦ISSR-PCR反应体系的建立与优化

[目的]建立并优化老芒麦ISSR-PCR反应体系和扩增程序,以期为探讨老芒麦种质资源的遗传多样性提供科学依据。[方法]采用正交设计试验和单因素试验相结合的方法对老芒麦的ISSR-PCR的反应体系进行构建和优化,对影响ISSR-PCR扩增效果的Taq酶、模板DNA的浓度、Mg2+、dNTP和引物浓度等因素进行优化,同时对退火温度、循环次数和延伸时间进行筛选。[结果]在25μl体系中各反应物的最适含量为:0.2 mmol/L dNTP,0.2μmol/L ISSR引物,1.50 U Taq DNA聚合酶,2.5μl 10×PCR Buffer,1.5 mmol/L MgCl2和40 ng模板DNA;循环次数和延伸时间分别是35次和90 s。[结论]该研究建立并优化了老芒麦ISSR-PCR反应体系,通过2份老芒麦种质对所优化体系得验证,结果显示体系稳定,可用于老芒麦种质资源遗传分析。     

油楠基因组DNA提取·ISSR反应体系优化及引物筛选

[目的]对油楠基因组DNA提取、ISSR反应体系优化及引物筛选进行探讨。[方法]运用改良CTAB法对油楠树皮进行基因组DNA提取,利用单因素试验,对油楠ISSR-PCR反应各因素水平进行优化。[结果]运用改良CTAB法对油楠树皮进行基因组DNA提取效果最佳;最优体系:20μl反应体系中,模板用量20 ng,引物浓度0.6μmol/L,d NTPs浓度0.2 mmol/L,Mg2+浓度2.0 mmol/L,Taq酶用量1.5 U,10倍反应缓冲液2μl,dd H2O补至20μl;以该体系为基础进行引物筛选,在100条ISSR随机引物中筛选出13条多态性较高、扩增条带清晰、重复性好的引物。[结论]该研究丰富了油楠遗传学基本资料,为油楠遗传多样性研究奠定基础。     

长春花ISSR-PCR 反应体系的正交优化

[目的]筛选最适的长春花ISSR-PCR反应体系。[方法]采用正交试验方法,对影响长春花ISSR-PCR反应体系的引物浓度、dNTP浓度、Mg2＋浓度、TaqDNA聚合酶浓度和模板DNA浓度5个因素在4个水平上进行正交试验,建立适合长春花ISSR-PCR的反应体系。[结果]长春花ISSR-PCR反应体系的最佳条件：引物浓度0.50μmol/L,dNTP浓度0.10 mmol/L,Mg2＋浓度3.00 mmol/L,Taq酶浓度0.75U/25μl,DNA模板浓度350 ng/25μl。采用该反应体系筛选出12对适合于长春花ISSR-PCR反应的引物。[结论]利用优化系统进行长春花的ISSR-PCR反应,可获得稳定性高、重复性好、背景清晰的电泳结果。     

多花黄精ISSR反应体系的建立及正交优化设计

通过对多花黄精ISSR-PCR反应中的Taq酶、buffer(Mg2+)、模板DNA、dNTP以及引物5个关键因素进行了5因素4水平的正交设计试验,确立了适合多花黄精基因组DNA的稳定性强、扩增最多数量谱带的ISSR-PCR最优反应体系,即25μL的反应体系中含有1.0 U Taq DNA聚合酶,3.5 mmol.L-1buffer(Mg2+),80 ng模板DNA,0.08 mmol.L-1dNTP和0.16μmol.L-1引物。采用建立的多花黄精ISSR-PCR最佳反应体系进行退火温度梯度试验,确定了引物UBC841的最适退火温度为54.8℃,且最适退火温度因引物而异。这一优化的ISSR-PCR反应体系的建立为今后利用ISSR技术进行黄精种质资源分类、遗传图谱构建和基因定位奠定了良好的技术基础。     

SELEX技术中ssDNA文库PCR扩增条件的优化(英文)

[目的]对SELEX技术中ssDNA文库的PCR扩增条件进行优化。[方法]采用L16(45)正交试验设计在4个水平上对影响单链随机DNA文库PCR反应体系的Mg2+浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶含量、引物浓度和随机单链DNA文库量5个重要因素进行了优化,同时对PCR反应的退火温度和循环次数进行了优化,确立最优反应体系和扩增程序。[结果]20μlPCR反应体系及反应程序中各因素优化组合为:10×Buffer2.0μl,随机ssDNA文库0.5ng,Mg2+2.5mmol/L,dNTP Mixture0.25mmol/L,上下游引物各0.6μmol/L,TaqDNA聚合酶1.5U;退火温度为68℃,最佳循环数为12。此反应系统下,随机ssDNA文库PCR扩增谱带清晰、稳定、特异性高。[结论]为SELEX技术中筛选到特异性更强的适配子奠定了基础。     

亚麻RAPD-PCR体系的优化及引物的筛选

[目的]优化亚麻RAPD反应条件,筛选亚麻RAPD引物。[方法]DNA条带扩增采用PCR技术,条带的分离采用琼脂糖凝胶电泳法,成像利用紫外成像系统。[结果]试验优化亚麻RAPD反应条件：25出反应体系中,含10×Buffer,Mg^2＋ （1mmol／L）,Taq酶1U,Genome DNA 50ng．dNTP 0．25mmol／L．RAPD primer1．5μmol／L。PER反应程序为：94℃预变性4min;97℃变性40s,37℃退火1min,72℃延伸90s,40个循环;72℃延伸10min。试验利用3个有代表性的亚麻品种从70条引物中筛选出12条多态性好,重复性高的引物。[结论]该试验筛选出12条引物,并优化了亚麻RAPD反应条件,为亚麻的分子鉴定奠定了基础。     

SELEX技术中ssDNA文库PCR扩增条件的优化

[目的]对SELEX技术中ssDNA文库的PCR扩增条件进行优化。[方法]采用L16(45)正交试验设计在4个水平上对影响单链随机DNA文库PCR反应体系的Mg2+浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶含量、引物浓度和随机单链DNA文库量5个重要因素进行了优化,同时对PCR反应的退火温度和循环次数进行了优化,确立最优反应体系和扩增程序。[结果]20μlPCR反应体系及反应程序中各因素优化组合为:10×Buffer2.0μl,随机ssDNA文库0.5ng,Mg2+2.5mmol/L,dNTP Mixture0.25mmol/L,上下游引物各0.6μmol/L,Taq DNA聚合酶1.5U;退火温度为68℃,最佳循环数为12。此反应系统下,随机ssDNA文库PCR扩增谱带清晰、稳定、特异性高。[结论]为SELEX技术中筛选到特异性更强的适配子奠定了基础。     

马铃薯SRAP-PCR反应体系的优化

[目的]建立马铃薯大西洋SRAP—PCR反应体系,为今后的研究奠定基础。[方法]以马铃著大西洋基因组DNA为模板,从Mg^2＋浓度、Taq酶浓度、dNTPs浓度、引物浓度和模板DNA浓度5个方面对大西洋SRAP-PCR反应体系进行优化。[结果]适合大西洋的SRAP-PCR反应体系为：模板DNA1．0μl（50ng／μl）,Vaq酶1．7μl（1U／μl）,引物对1．5μl（1μmol／L）×2,MgCl2 2．4μl（25mmol／L）,dNTPs0．6μl（10mmol／L）,10×Buffer3．0μl,ddH2O18．3μl,总体积30μl。[结论]建立的SRAP-PCR反应体系是稳定可靠的。     

马褂木ISSR-PCR扩增体系的优化

【目的】建立稳定的马褂木ISSR-PCR扩增体系,为马褂木种群ISSR多样性分析提供技术支持。【方法】采用单因素试验对ISSR-PCR扩增体系中的MgCl2、dNTPs、引物浓度、TaqDNA聚合酶、DNA模板用量和退火温度等主要因素进行筛选优化。【结果】采用试剂盒方法提取马褂木叶片DNA的效果优于改良CTAB法,最优PCR反应体系为：总体积20.0μL中含有10×Buffer2.0μL、MgCl21.8mmol/L、dNTPs0.2mmol/L、引物0.5μmol/L、TaqDNA聚合酶1.00U、DNA模板60ng、退火温度59.1℃。【结论】优化后的马褂木ISSR-PCR扩增体系能够扩增获得清晰、稳定的条带,可满足马褂木种群ISSR多样性分析的要求。     

大叶栎ISSR扩增体系的优化

[目的]探讨影响大叶栎ISSR扩增效果的因素,建立大叶栎ISSR扩增的优化体系。[方法]以新嫩的大叶栎叶片为试材,采用改良CTAB法提取大叶栎叶片基因组DNA,并将DNA浓度稀释到30ng／μl,采用单因素试验设计测试DNA模板、PCR缓冲液和TaqDNA聚合酶的用量以及底物dNTP终浓度和引物终浓度对ISSR扩增的影响。[结果]大叶栎的ISSR扩增的最优反应体系为：总体积20μl中含有DNA模板60ng、PCR缓冲液10×buffer为2．0μl,底物dNTP终浓度为0．25mmol／L,引物终浓度为0．3μmol／L,TaqDNA聚合酶为1U。在该体系下,能够扩增出清晰、多态性高的条带,能够满足大叶栎种群ISSR多样性分析的要求。[结论]建立了大叶栎ISSR扩增的优化体系,为研究广西的大叶栎种群遗传多样性提供了技术基础。     

黑麦特异性PCR反应体系的建立（摘要）

[目的]建立黑麦特异性PCR反应优化体系。[方法]以普通小麦＂中国春＂、S165、黑麦、八倍体小黑麦、六倍体小黑麦为试验材料,研究了模板DNA、引物、dNTPs、Mg2＋浓度、TaqDNA聚合酶用量及退火温度对黑麦特异性PCR反应体系的影响。[结果]采用改良的CTABDNA微量提取法可以得到高质量的基因组DNA,满足PCR反应模板的要求,黑麦特异PCR扩增反应体系为：在25μl反应体系中,10×缓冲液,1.5mmol/LMgCl2,200μmol/LdNTP,40ng引物,40～60ng模板DNA,1UTaq酶。[结论]建立了适宜的黑麦特异PCR扩增反应体系,可为小麦背景下黑麦外源种质的检测奠定基础。