利用水稻基因组序列数据开发SSR标记的方法

水稻基因组序列中存在着丰富的简单重复序列(SSR)，而已经开发利用的仅仅是一小部分。本文提出了通过搜索水稻基因组序列中的简单重复序列开发SSR标记的思路和方法，并介绍了应用本方法成功地在500kb范围内，获得22个SSR标记，其中10个在定位群体中扩增出多态带的SSR标记并将其定位，本实例验证了利用水稻基因组序列数据开发SSR标记是十分有效的。     

一种快速提取棉花干种子基因组DNA的新方法

利用SSR(Simple sequence repeats)分子标记技术,能够快速有效地进行杂交棉纯度鉴定。为了攻克SSR分子标记技术中存在的技术难关,本文专门对棉花干种子胚的基因组DNA提取方法进行了研究。利用该方法,只需要2次加液、1次离心,从基因组DNA提取到SSR-PCR扩增,最后电泳,进行谱带分析,整个过程仅需4.5~5 h。本方法成本低、速度快、操作简单,适用于批量化DNA的提取,且整个提取过程无毒、无污染,是一种资源节约型和环境友好型的高效提取方法,适用于大批量样本的SSR分子标记鉴定工作。     

棉花叶绿体基因组的研究进展

近年来,随着分子生物学技术的应用与发展,对棉花叶绿体基因组也有了新认识。本文概述了棉花叶绿体基因组的研究进展,从棉花叶绿体基因组的图谱、功能基因的克隆及研究、叶绿体RNA编辑以及叶绿体转化等方面进行了介绍和评述,并对其在基础研究与应用研究中的前景进行了展望。     

棉花基因组育种现状与展望

概述了近十年来棉花基因组育种研究现状。针对目前棉花基因组育种中存在的普遍问题,借鉴其它作物的基因组育种经验,提出棉花基因组育种的发展对策。     

棉花叶绿体70S核糖体S7蛋白基因的克隆和序列分析

叶绿体基因组具有高度保守性，来源于不同植物的叶绿体基因同源性很高。应用ＰＣＲ技术，从棉花叶绿体基因组扩增并克隆了长度为１．０ｋｂ的叶绿体ＤＮＡ片段。该片段含有叶绿体核本小亚基Ｓ７蛋白基因ｒｐｓ７。采用限制性内切酶消化连接的策略构建亚克隆，并测定了该片段的含部核苷酸序列。结果表明，棉花叶绿体ｒｐａｓ７基因与烟草、不稻的相庆基因同源性高，分别为９７．９％和８９．５％，３非编码区的同源性分别为９６．３％     

着丝粒DNA序列的分离和筛选方法研究进展

着丝粒是染色体的重要组成部分,是染色体复制、细胞分裂和维持遗传稳定性的必要结构,其功能保守但DNA序列高度进化.最初的研究是通过超高速离心的方法分离得到着丝粒序列,其后随着基因组酶切、染色体显微切割、基因组文库筛选、着丝粒特异结合免疫蛋白等方法的应用,进一步促进了大批物种的着丝粒DNA序列分离,加深了人们对着丝粒结构和功能的认识.近年研究发现,着丝粒存在失活、分化、重排等多种异常现象,着丝粒DNA参与并受复杂的表观调控,着丝粒的结构与功能再次成为研究的热点之一.因此,本研究回顾了着丝粒DNA序列的分离和筛选方法的发展历程,简述不同方法的机制,并分析各种方法的优点、缺点和局限,以期有助于着丝粒功能及调控的研究.     

提取棉花基因组DNA的一点探讨

介绍了两种提取棉花基因组DNA的方法:CTAB法和SDS法,同时比较了对棉花叶片进行不同处理后提取DNA的效果。结果表明:两种方法均获得了较高质量的DNA;新鲜的棉花叶片、在4℃黑暗中饥饿1d的叶片和在室温条件下自然干燥1d的叶片都可以提取到质量满意的DNA,用42℃干燥1至数天的叶片提取到的DNA明显降解,但能够满足PCR等实验的要求。     

棉花单核苷酸多态性标记研究进展

单核苷酸多态性标记已在农作物研究中得到广泛应用并取得重大进展。为了便利棉花SNP(Single nucleotide polymorphism)标记的研究和应用,介绍了利用基因芯片、简化基因组测序、重测序等在棉花中开发SNP标记的方法 ,综述了SNP标记在棉花遗传图谱构建、数量位点的定位和分子标记辅助育种、基因组测序以及系统进化等研究中的应用。并对异源四倍体棉花中SNP标记开发时,同源序列位点和部分同源序列位点上的SNP标记辨别问题进行了系统探讨,对其快捷的开发、检测方式和在数量基因定位中的应用前景进行了展望。     

一种适于SSR-PCR的棉花基因组DNA提取法

本文是一种适合于棉花这样高含酚类植物进行DNA提取的方法,提取程序中增加了DIECA、PVP40等对棉花酚类物质氧化有抑制作用的试剂,简化并改进了本实验室常用的棉花总DNA提取方法的步骤,使棉花总DNA能够快速高质量提取,避免了以往的棉花总DNA提取过程中棉酚的氧化对DNA提取质量的影响,提取的DNA能很好地进行SSR-PCR分析.本法提取的棉花总DNA呈乳白、疏松的丝状、干后为透明状,能很好的溶解在TE或ddH2O中.用本方法提取的棉花总DNA作为模板用JESPR系列SSR标记对其进行SSR-PCR扩增,可以扩增出清晰的条带.     

用物种专化DNA重复序列作分子标记检测导入小麦的大赖草染色质

ｐＬｒ ＮＡＵ３４４，ｐＬｒ ＮＡＵ４２６和ｐＬｒＮＡＵ６４７是我们新近从大赖草中克隆到的３个特种专化ＤＮＡ重复序列。它们都大量存在于赖草属，而小麦中却很少。Ｓｕｏｔｈｅｒｎ杂交证明，ｐＬｒＮＡＵ４２６和ｐＬｒＮＡＵ６４７对导入小麦的８条不同的大草染色体（其中３条携带有小平麦赤霉病抗性基因）和两条染色体臂部都有检测效果，据此可用其作为赖草属染色质的分子标记进一步研究和利用。     

棉花线粒体和线粒体DNA的分离与纯化

本文详细报道了一个针对棉花特点的线粒体以及线粒体ＤＮＡ的抽提方法，即先用蔗糖Ｓｔｅｐ递度和ＤＮａｓｅＩ体外消化分离纯化线粒体，然后氯仿抽提纯化ＤＮＡ。实验过程中采用ＰＶＰ排除棉酚和丹宁的干扰，用ＤＩＥＣＡ抑制酚氧化酶活性，并对许多实验细节作了较大改进。得到的ＤＮＡ可满足酶切、ＰＣＲ等分子生物学分析。     

植物特异DNA序列应用研究进展

植物特异DNA序列是指在某些植物属、种、基因组或染色体上单独具有的特异存在的DNA序列。几乎所有的高等生物基因组中都有一些物种或基因组特异(有)的DNA序列。研究这些特定序列,对研究物种间在进化过程中的关系及现有物种间的亲缘关系、特异性状表达等方面有着重要的意义。本文简述了植物特异DNA序列的种类,总结了利用特异DNA序列作为与某一性状基因连锁的分子标记的应用情况,以及特异DNA序列在鉴定外源染色体的来源、某一染色体组或基因组、某一物种或属植物等方面的应用情况,提出了存在的问题与应用前景。     

适用于棉花荧光原位杂交的DNA纤维高效制备技术

棉花富含酚类和多糖等高分子次生化合物,细胞质浓厚,且染色体形态小、数目多、制片困难,至今还未见棉花DNA纤维制备方面的报道。本研究用“刀切引流法”,在含有Triton X-100和PVP40的冰冷细胞核提取缓冲液中,用锋利的刀片切割发育一周的棉花黄化子叶以释放棉花细胞核,所得细胞核干净完整杂质少,不需要研磨和巯基乙醇等处理,方便快捷无毒害,成功率达到100%。细胞核在室温下经温和碱裂解去除染色质上的蛋白质后,以前端导引裂解液铺展载玻片,即“引流法”拉伸制备DNA纤维,避免了液体表面张力的影响,消除了因载玻片推抹用力不均而导致的DNA纤维堆积和断裂,所制备的DNA纤维平直完整、伸展程度均匀、背景清晰。用基因组和45S rDNA 分别标记探针进行杂交,结果表明所制备的棉花DNA纤维适用于荧光原位杂交。本研究探索出一套简单、高效、快捷、无毒害的适宜于棉花荧光原位杂交的DNA纤维制备技术,必将为棉花基因组研究和全基因组序列的最终完成提供强有力的技术支持。     

基于棉花BAC文库的大片段核DNA的提取方法

本实验在基因组大片段DNA的提取方法上,结合棉花的特殊性,作了一些改进。即首先将幼苗进行暗培养,减少了叶绿体和酚类等物质的影响;随后在Wash buffer中加入酚结合剂PVP40(polyvinylpyrrolidone),较好地去除了棉酚等次生物质的干扰;另外在细胞核分离过程中,增加了低速稍离心去沉淀的步骤但之前不需要过滤,较好地去除了不溶性杂质。此方法所提取得到的棉花基因组DNA,分子量约在1Mb左右,碎片较少,基本上无蛋白质和细胞器DNA等污染。其质量完全满足构建BAC文库的要求。     

细胞质雄性不育棉花线粒体蛋白质和DNA的分析

以哈克尼西棉细胞质雄性不育系和保持系的花药及黄化苗为材料, 分别对线粒体蛋白质和DNA进行了SDS-PAGE、 RAPD和RFLP分析。 蛋白质SDS-PAGE分析表明, 在处于败育时期的不育系花药线粒体内缺少一种约31 kDa的多肽。 RAPD分析表明, 不育系与保持系的线粒体基因组之间存在着明显的差异。 以4个线粒体基因为探针进行的RFLP分     

甘蔗基因组DNA提取方法的研究

试验是以甘蔗的嫩叶为材料,通过对前人的CTAB提取方法进行改良,以探索更好的甘蔗基因组DNA提取方法。通过改良最后得到的CTAB提取方法Ⅲ具有成本低、操作简单、省时等特点,并且得到的DNA经核酸蛋白质分析仪、琼脂糖凝胶电泳及RAPD检测分析表明方法Ⅲ提取得到的DNA完整性好,纯度高,可以直接用于各种分子标记。     

棉花SSR分子标记在香蕉中通用性的研究

香蕉栽培品种是由尖叶蕉(Musa acuminata Colla,记为A基因组)和长梗蕉(Musa bilbisiana Colla,记为B基因组)这两个原始野生蕉种内或种间杂交后代进化而成的.目前,香蕉SSR分子标记开发的数量和应用研究非常有限,需要开展其它物种SSR分子标记在香蕉中的通用性研究.棉花(Gossypium spp.)是重要的经济作物,已经从基因组和EST开发了大量SSR分子标记.本研究应用1595对棉花SSR引物首先对A基因组的代表品种贡蕉和B基因组的代表品种野蕉进行转移扩增,得到183对有效扩增的引物.然后以20个香蕉栽培品种和4个野蕉品种对183对有效扩增的引物进行多态性筛选,最后得到111对多态性引物,共扩增到797个等位基因,平均每对引物的等位基因数为7.2.引物多态信息含量(PIC)在0.61～0.91之间.应用非加权类平均聚类方法,在相似系数0.61处将24个品种分为两大类群,类群Ⅰ是以A基因组为主的品种群,类群Ⅱ是以B基因组和A基因组与B基因组杂交的品种群.     

基于改良SDS法的杏基因组DNA提取

为探讨改良SDS法是否适用于杏基因组DNA提取及提取液适宜浓度,以6个品种杏叶片为试材提取DNA,提取液设0.5%、1%、2%三个浓度梯度。检测结果表明,改良SDS法完全适用于杏叶片基因组DNA的提取,3种浓度的提取液均可得到质量较高的DNA, 且0.5%为改良SDS法提取杏叶片基因组DNA的适宜提取液浓度。     

辽河流域棉区棉花化学封顶技术应用研究

为了探索化学封顶技术在辽河流域棉区的应用可行性和配套技术,2015-2020年,在辽宁省经济作物研究所进行比较试验。选用中国农业大学植物生长调节剂教育部工程研究中心提供的化学封顶剂（简称封顶剂）,设置7月12日（T1）和7月17日（T2）2个封顶时间,750、1125和1500mL/hm² 3个封顶剂用量,同时设120g/hm²高浓度甲哌鎓（DPC）处理,以不打顶为对照,以人工打顶和打大顶为副对照。结果表明,化学封顶处理能够有效控制植株长势,使株型更加紧凑,构造合理冠层结构;处理时间越早,控长效果越好。不同浓度药剂处理的效果也有差别,但差异不显著。不同化学封顶处理对产量及其构成因素影响程度不同,各处理之间纤维品质差异不显著。结论认为,化学封顶剂的种类、喷施时间和用量都会影响封顶效果,辽河流域棉区建议在7月17日左右进行化学封顶处理,封顶剂浓度以1125mL/hm²为宜。