广西地区副猪嗜血杆菌ERIC-PCR指纹图谱分型研究

为探讨肠道细菌基因间重复序列(ERIC)的聚合酶链反应(PCR)技术用于副猪嗜血杆菌基因分型的可行性,对分离自广西地区不同猪场的22株副猪嗜血杆菌进行ERIC-PCR指纹图谱分型研究.结果发现,22株分离株显示出12种指纹图谱,可以区分无法进行血清分型的菌株.表明ERIC-PCR可适用于对副猪嗜血杆菌进行分子流行病学调...     

2012～2014年江西地区副猪嗜血杆菌分离株ERIC-PCR指纹图谱分析

在对15种副猪嗜血杆菌血清型参考株鉴定获得15种不同ERIC-PCR指纹的基础上,对2012~2014年分离自江西地区41株副猪嗜血杆菌临床分离菌株进行指纹鉴定。结果表明,41株副猪嗜血杆菌产生20种不同的指纹图谱,相同血清型的菌株表现出不同的指纹图谱,无法进行血清分型的副猪嗜血杆菌应用该方法可得到充分区分。该方法证实副猪嗜血杆菌ERIC-PCR指纹图谱存在丰富的多样性,可适用于副猪嗜血杆菌的快速基因分型及分子流行病学调查。     

副猪嗜血杆菌ERIC-PCR指纹图谱多样性研究

建立了副猪嗜血杆菌ERIC-PCR分型技术,并应用于临床分离菌株的流行病学调查。试验结果表明,47株副猪嗜血杆菌产生28种不同的指纹图谱,分离自同一猪场和相同血清型的菌株表现出不同的指纹图谱,不能进行血清分型的副猪嗜血杆菌应用该方法可得到充分区分,证实副猪嗜血杆菌ERIC指纹图谱存在丰富的多样性,ERIC-PCR方法是副猪嗜血杆菌流行病学规律分析的有效方法。     

2009～2010年华南地区副猪嗜血杆菌分离株ERIC-PCR指纹图谱的鉴定和分析

本试验采用肠杆菌基因间重复一致序列多态性聚合酶链式反应(ERIC-PCR)对2009~2010年分离自华南地区的41株副猪嗜血杆菌野生菌株及15株参考菌株进行了指纹图谱的鉴定。利用BioNumerics 5.1软件对所有菌株的ERIC-PCR指纹图谱进行分析,结果显示,15株具有不同血清型的参考菌株均具有不同的指纹图谱;41株华南地区副猪嗜血杆菌野生分离株则具有26个不同的指纹图谱,该方法对所有56株副猪嗜血杆菌的鉴别率为0.984。由此可见,ERIC-PCR分型方法具有较好种间的鉴别能力,可作为副猪嗜血杆菌病流行病学研究中的一种有效的辅助分子手段。     

兔粪中微生物区系ERIC-PCR DNA指纹图谱的建立及分析

本研究旨在将ERIC-PCR基因指纹图谱技术应用于兔粪微生物的分析中,建立一种快速分析检测兔肠道菌群变化的方法。通过对PCR反应条件的优化确定适合兔粪微生物的ERIC-PCR反应条件,对比兔粪微生物组和兔粪优势菌的ERIC-PCR DNA指纹图谱差异,从而分析兔粪微生物ERIC指纹图谱的特征。结果建立了适合兔粪样品ERIC-PCR分析的反应体系,确定450bp处条带为双歧杆菌特征条带,1 300和4 000bp处为大肠杆菌特征条带;经发酵验证,图谱中的相应条带亮度变化趋势与计数平板所测结果相一致(相对亮度R与相对菌落数lg cfu的相关系数为0.967 6)。本研究优化建立了一种快速分析检测兔粪中菌群变化的ERIC-PCR指纹图谱技术,该技术可较好反映兔粪中优势菌含量的变化情况,为兔肠道疾病的预防、诊断和治疗提供依据。     

6株副猪嗜血杆菌基因组DNA的PCR指纹图谱研究

根据肠道菌基因闻重复一致序列，设计了一对特异性引物，采用ERIC-PCR和RAPD技术，研究了副猪嗜血杆菌6个分离菌株的指纹图谱和DNA多态性。结果表明，6个分离株的PCR指纹图谱与15个标准血清型指纹图谱相比较可分辨出4种血清型；6个分离株的RAPD研究结果均表现出多态性。有意义的是，6个菌株的多态性DNA片段也能明显将其分为4种类型的副猪嗜血杆菌，与特异性引物PCR结果相一致。该研究可作为流行病学调查和该菌的分子分型快速诊断方法的基础。     

副猪嗜血杆菌野外分离株的ERIC-PCR 及其外膜蛋白图谱分析

为了解副猪嗜血杆菌(HPS)现地分离株的流行情况及其进化来源,本研究采用肠杆菌科基因间重复一致序列PCR(ERIC-PCR)分型和外膜蛋白(OMP)分型技术对采集自3个猪场的24株HPS分离株进行分型.结果表明,以ERIC-PCR法分析24个分离株共产生10种DNA指纹图谱,依次分别包含5株、3株、1株、7株、1株、2株、1株、1株、2株和1株分离株.其中一个猪场的分离株仅为图谱Ⅰ和Ⅱ,另外两个猪场分别为图谱Ⅲ、Ⅳ、V和Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ、X.试检测结果表明同一猪场存在的菌株有两种或两种以上基因型,并且不同猪场流行的基因型不同.采用OMP分型也表现出与ERIC-PCR分型一致的结果.因此,ERIC-PCR和OMP分型均可以用于HPS的流行病学调查.     

PCR指纹图谱技术在酸奶质量监测中的应用

用PCR指纹图谱技术对市售某品牌酸奶进行了短期动态监测,对于收集的3个生产批次的9个酸奶样品,用ERIC（Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus,肠杆菌基因间保守重复序列）-PCR和PCR-DGGE（Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,变性梯度凝胶电泳）指纹图谱技术对其菌种组成及其稳定性进行评价.ER-IC-PCR指纹图谱聚类分析结果显示,同一生产批次内3个不同包装的样品ERIC-PCR指纹图谱相似性为90%左右,而不同生产批次样品之间ERIC-PCR指纹图谱相似性有所下降,为82%.该结果进一步用DGGE指纹图谱进行证实.DGGE分析结果表明,G2样品明显缺少一条主带,经割胶回收测序发现,这条主带代表的微生物是Lacto-bacillus delbrueckii subsp.Bulgaricus,说明该产品不同生产批次间的稳定性不是很好.DGGE图谱和测序结果还显示,除G2样品外,该酸奶样品的菌种组成与产品标签说明是一致的.     

中国东南部地区副猪嗜血杆菌分离株ERIC-PCR指纹图谱分析

采用肠杆菌基因间重复一致序列PCR方法,在对15种副猪嗜血杆菌血清型参考株鉴定获得15种不同ERIC-PCR指纹的基础上,对分离自中国东南部发生Glasser's病的不同猪场的111株副猪嗜血杆茵进行了指纹鉴定.结果显示:111株分离株显示出23种指纹图谱,前3种最流行的指纹图谱为ERIC-PCR X X(20/111),X X ⅢⅠ(9/111)和Ⅳ(8/111).且在111株分离株中,来自不同地区的分离株分别表现出不同种类的指纹图谱.该试验表明,ERIC-PCR方法可适用于对某一地区的副猪嗜血杆菌进行分子流行病学的研究和基因型的鉴定;试验结果还揭示了副猪嗜血杆茵在中国东南部地区已广泛存在并具有多样的基因型.     

Rep-PCR技术及其应用现状

文章着重介绍了Rep-PCR技术原理、特点及其在细菌、真菌、环境微生物遗传多样性研究方面的应用.Rep-PCR目前发展迅速并被广泛应用于多种细菌基因分类,此方法操作方便,可以大样本进行,且Rep-PCR分辨效果好,可重复性强.现在Rep-PCR可自动化分型,并可建立各种细菌REP、ERIC-PCR分型标准数据库.但Rep-PCR也存在一定问题,不同来源的或不同批次的引物和酶,对Rep-PCR结果都有一定的影响.     

Rep-PCR 技术及其应用现状

本文着重介绍Rep-PC R技术原理、特点及其在细菌、真菌、环境微生物遗传多样性研究方面的应用。Rep-PC R目前发展迅速并被广泛应用于多种细菌基因分类，此方法操作方便，可以大样本进行，且分辨效果好，可重复性强。现在Rep-PC R可自动化分型，并可建立各种细菌REP、ERIC-PCR分型标准数据库。但Rep-PCR也存在一定问题，不同来源或不同批次的引物和酶，对Rep-PCR结果都有一定的影响。     

ERIC-PCR的研究进展

肠道细菌基因间重复序列(enterobacterial repetitive intergeniC consensus,ERIC)是主要存在于肠道细菌的一类基因间重复序列.ERIC-PCR技术是利用ERIC核心的高度保守序列设计引物进行PCR,因此,通过这一技术扩增基因组DNA,构建DNA指纹图谱,能广泛用于肠道微生物动态分析、微生物分类鉴定等方面的研究.     

大熊猫粪便菌群ERIC-PCR指纹图谱的分析及优势菌群的鉴定

探讨1只野生大熊猫和不同年龄段圈养大熊猫粪便菌群的多样性和相似性,并鉴定野生大熊猫圈养之后,其粪便中的优势菌群.对来自3个年龄段9只(3只亚成体、3只成年体、3只老年体)圈养大熊猫及1只野生大熊猫圈养前、后的11份粪便细菌的DNA进行ERIC-PCR指纹图谱分析,并利用16S rRNA基因序列分析对优势菌条带进行鉴定.结果显示:该只野生大熊猫粪便菌群多样性比圈养大熊猫丰富;圈养大熊猫粪便菌群多样性:成年体＞亚成体＞老年体;16s rRNA和ERIC-PCR指纹图谱优势条带鉴定的优势菌结果有差异性.结果表明:大熊猫的肠道菌群多样性易受生长环境、年龄因素的影响;其次, 不同年龄段的圈养大熊猫,其肠道菌群的相似性与年龄因素不相关;利用ERIC-PCR指纹图谱优势条带鉴定优势菌的方法有一定的局限性.     

新疆牛源大肠杆菌O157∶H7的分离鉴定及ERIC-PCR基因分型研究

为了了解牛源大肠杆菌（E.coli）O157∶H7在新疆地区的污染状况以及遗传多样性,探究不同地区分离菌株的遗传关系,为控制牛源E.coli O157∶H7的传播提供试验依据。将采集的样品在EC肉汤中进行增菌（37 ℃、180 r/min）,接着将增菌液划线接种到SMAC平板上,37 ℃培养箱中过夜培养18 h左右。挑取SMAC平板上白色或无色单菌落接种MUG培养基,37 ℃培养18 h左右,将无荧光样品接种到SMAC平板上,37 ℃培养18 h左右,隔天挑取白色或无色单菌落进行PCR鉴定,具有rfbE和fliC基因条带的即为阳性菌株。将阳性菌株进行肠杆菌基因间重复共有序列扩增（ERIC-PCR）指纹图谱聚类分析,分析菌株之间的同源性关系。ERIC-PCR结果显示,相似性100%的菌株有3组。从伊犁地区分离到的菌株差异性最大,具有6种分型;其次是乌鲁木齐,具有4种分型。菌株来源多样性最多的在D簇,由此可见通过ERIC-PCR分型,可以进行溯源观察。ERIC-PCR能够区分特定采样点或物种的分离物,它能够证明从不同来源的菌株之间,存在着某些相似的ERIC特性,并聚集在同一个簇群中。该研究中筛选出的E.coli O157∶H7菌株具有广泛的遗传多样性,该方法对于检测不同物种间的细菌差异非常敏感。由此可见ERIC-PCR可以作为E.coli O157∶H7常规监测和鉴定的一个有效的工具。     

ERIC-PCR对山东省东平湖4种常见淡水鱼肠道菌群多样性的分析

分析山东省东平湖常见4种淡水鱼肠道菌群多样性的差异。采用ERIC-PCR(enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR,ERIC-PCR)技术,得到鱼肠道菌群的ERIC-PCR指纹图谱,并用NT-SYS-pc(Version 2.10)软件进行分析。成功建立了山东省东平湖常见4种淡水鱼肠道菌群的ERIC-PCR指纹图谱,了解肠道菌群的差异。草鱼和鲢鱼肠道菌群较为相似,与鲫鱼、鲤鱼肠道菌群差异较大。表明4种淡水鱼类的肠道菌群的组成有明显的差别,食性差异大的鱼类之间肠道菌群差异更明显。     

野生动物源肠杆菌科细菌鉴定及同源性分析

本文主要对2020-2021年间分离自杭州动物园患病动物、死亡动物的肠杆菌科细菌进行鉴定和同源性分析。通过16S rDNA技术鉴定细菌种类、通过MAGA6.0方法对16S rDNA扩增序列构建系统发生树,并结合ERIC-PCR指纹图谱技术来分析分离的肠杆菌科细菌的同源性。结果共分离保存菌株38株,经16S rDNA鉴定,其中克雷伯氏菌4株,埃希氏菌27株,摩氏摩根菌2株,沙门氏菌1株,弗氏柠檬酸杆菌1株,哈夫尼氏菌2株,勒克氏菌1株;对埃希氏菌属构建系统发生树显示,置信度在90%可分为23个亚群,其中E1和E26,E5、E6、E17和E18,从进化关系上看更接近,通过NTSYSpc2.0软件对ERIC-PCR指纹图谱分析,在相似系数为0.87时,埃希氏菌属可分为18个亚群。该研究通过对杭州动物园野生动物源肠杆科细菌鉴定,以及采用ERIC-PCR对埃希氏细菌的同源鉴定,结果表明临床埃希氏菌属细菌感染非同株菌感染引发,这对临床疾病预防和肠杆菌科细菌快速分类有一定的指导意义。     

嗜水气单胞菌分离株ERIC-PCR及RAPD分型比较

采用ERIC-PCR和RAPD 2种方法对嗜水气单胞菌2009年分离菌株及实验室保存菌株共83株进行分子分型。参考相关文献设计并合成引物,分别进行PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳,电泳结果经Quantity One软件数值化后利用SPSS软件进行聚类分析。结果显示,除少数分离株外,使用2种方法对大多数菌株分型,均能得到多态性较好的指纹图谱。RAPD的AP12H引物能扩增出1～12个200～4 500bp之间的条带,可将嗜水气单胞菌分离株分为4群、12类。ERIC-PCR能扩增出4～16个100～5 800bp之间的条带,将嗜水气单胞菌分离株分为4群、17类,同一年代、同一地域分离株分别有聚成一类的趋势。2种分型方法均体现很好的分型能力。但ERIC-PCR分型与RAPD分型相比,重复性和稳定性更好,分辨力更高,且具备RAPD不要求模板序列已知而直接进行扩增的优点,更适合嗜水气单胞菌的分型研究。     

BOX-PCR技术在细菌遗传多样性研究中的应用

以BOX片段(细菌基因组重复序列)为基础的原核生物DNA指纹图谱技术,具有操作简单快捷,可重复性强,容易获得较为丰富的扩增条带等特点。作者综述了BOX-PCR指纹图谱分析技术的特点和一般步骤,并对该技术在细菌菌株遗传多样性研究领域的应用现状和前景进行了阐述。     

ERIC-PCR和PFGE对大肠埃希菌由舍内向舍外传播的鉴定及两种方法的比较

为了深入认识鸡舍环境微生物气溶胶的产生及其向舍外环境的传播,同时比较ERIC-PCR和PFGE对细菌的基因分型结果,本研究以大肠埃希菌为指示菌,采用Andersen-6级空气微生物样品收集器,分别在两个鸡舍的舍内、舍外上风向10 m和50 m和下风向10、50、100、200、400 m的距离处收集空气样品,同时采集鸡的粪便,分离、鉴定大肠埃希菌。采用ERIC-PCR和PFGE两种方法对不同来源的大肠埃希菌分离株进行基因分型,根据每个采样点大肠埃希菌的相似性指数,确认动物舍内微生物气溶胶向舍外环境传播的模式,并比较这两种方法对大肠埃希菌的基因分型结果,分析这两种分子生物学分型方法各自的优缺点和适应性。本试验共采集到28株大肠埃希菌,ERIC-PCR和PFGE两种方法分别进行同源性鉴定显示,从鸡的粪便中分离到的大肠埃希菌与从舍内空气中分离到的部分大肠埃希菌(62.5%)具有相同来源;从鸡场舍外下风方向分离到的多数大肠埃希菌(20%)与舍内空气或粪便中分离的大肠埃希菌来源相同。而从鸡舍上风没有分离到大肠埃希菌,排除了下风向采得的大肠埃希菌来自上风向的可能。而很多从舍内空气和舍外下风方向分离到的大肠埃希菌与粪便中的具有相同来源,说明粪便中的细菌能够形成气溶胶,并且通过舍内外气体交换传播到舍外,依气象条件传播到舍外不同的距离。造成周边环境的生物污染以及病原微生物的扩散。本研究同时对ERIC-PCR和PFGE两种方法所得的分型结果进行了比较。PFGE的分辨率高于ERIC-PCR,而且PFGE的重复性也很高,不同试验室得出的结果可以相互比较,是细菌基因分型的"金标准"。但是PFGE试验费用高,需要时间长,对试剂、仪器和操作都具有很高的要求;ERIC-PCR虽然分辨率不及PFGE,但是ERIC-PCR简单、快速,成本低,对操作和试剂以及仪器要求都不高,所以ERIC-PCR也可以对肠杆菌进行同源性鉴定,应用于流行病学调查和对气源性微生物传播的鉴定。由于ERIC-PCR和PF-GE是根据DNA中不同的遗传特征进行分类的,所以这两种分型技术结合起来分析菌株的遗传进化关系,意义更大。     

生鲜乳中大肠杆菌的分离及其ERIC-PCR指纹分析

通过了解生鲜乳收购站的生鲜乳大肠杆菌污染情况及不同菌株间的遗传相似性,为日常生产中实时控制生鲜乳大肠杆菌提供了有效技术手段。采用国家规定的标准方法检验从生鲜乳分离的大肠杆菌,分析分离细菌的ERIC-PCR DNA指纹图谱。共采集115份样品,从23份中分离到大肠杆菌25株。ERIC-PCR DNA指纹图谱分析,25株分离菌遗传相似性在56%~100%之间。结果显示,生鲜乳中存在大肠杆菌污染,同一个生鲜乳收购站大肠杆菌的基因型可有不同,不同生鲜乳收购站之间也存在相同基因型大肠杆菌污染。