两株Ⅱ型草鱼呼肠孤病毒的分离、鉴定及生物学特性比较

为研究Ⅱ型草鱼呼肠孤病毒(grass carp reovirus,GCRV)不同分离株毒力强弱及生物学特性的差异,该研究从患病和健康草鱼体内分离到Ⅱ型GCRV各一株,分别命名为ZH180804和CQ180701,并从细胞培养特性、致病性、基因组带型、基因序列差异、遗传进化关系等方面进行比较分析。结果显示,ZH180804对草鱼和稀有鲫的致死率分别为80%和100%, CQ180701对草鱼和稀有鲫的致死率分别为0和10%,初步表明ZH180804为强毒株,CQ180701为弱毒株,且弱毒株感染过的草鱼对强毒株的攻击感染具有较好的免疫保护;2株分离株在草鱼鳔细胞(GSB)、稀有鲫卵细胞(GRE)及稀有鲫尾鳍细胞(GRF)中均能增殖但不产生致细胞病变效应(CPE),且ZH180804株的增殖量是CQ180701株的1 000倍以上;十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)结果显示,2株分离株基因组带型相似,但S7、S8、S9、S10与S11节段的分布存在一定的差异;2株病毒的S7与S11节段的基因序列同源性分别为98%和99%。基于S7与S11节段编码的氨基酸序列构建的...     

黑龙江地区鲤春病毒血症病毒的分离与基因型分析

对2015—2016年黑龙江不同地区的40个养殖场送检的鲤(Cyprinus carpio)进行鲤春病毒血症病毒(spring viremia of carp virus,SVCV)的细胞培养分离、PCR鉴定、病毒滴度测定、病毒表面糖蛋白(glycoprotein,G)氨基酸序列聚类分析及基因分型研究。细胞培养结果显示,来自4个不同养殖场的鲤组织样本能够感染鲤上皮细胞(epithelioma papulosum cyprini,EPC)产生典型细胞病变(cytopathic effect,CPE),收集病毒悬液分别称为Shlj1~Shlj4。PCR鉴定结果表明,该4株病毒均为SVCV。病毒滴度实验测算出SVCV Shlj 1~Shlj 4的滴度分别为10~(6.28)、10~(6.88)、10~(7.57)和106.38 TCID50/mL。Shlj的糖蛋白基因核苷酸序列的聚类分析和遗传进化分析结果显示,Shlj 1~Shlj 4与Gen Bank收录的中国参考株A2、BJ0505-2和美国参考株USA、212364聚为一簇,同源性为98.4%~99.8%;Shlj 1~Shlj 4毒株之间的糖蛋白核苷酸序列相似性在98.6%~99.8%,其中Shlj 3与美国SCVC毒株USA、212364具有最高的核苷酸相似性(99.8%),Shlj 2与英国参考毒株880163具有最低的相似性(88.0%)。糖蛋白氨基酸序列比对结果显示,Shlj4中氨基酸突变最多,与另3个毒株差异较大。基因型分析结果显示,Shlj 1~Shlj 4均为基因Ia型。本研究结果表明,黑龙江地区2015—2016年间的SVCV检出率约为10%,并且来源于不同养殖场的病毒分离株的核酸序列呈现不同程度的差异,该结果进一步证明SVCV毒株在中国不同的鲤养殖环境中正在不断地进化。     

一例疑似猪伪狂犬病的诊断与分析

猪伪狂犬病(PR)是由猪伪狂犬病毒(PRV)感染引起的一种重要的传染病,可导致怀孕母猪流产、死胎,仔猪腹泻、呕吐和神经症状等,给我国养猪业造成巨大的经济损失。2019年4月初,怀化市某散养场从外地购入的仔猪爆发疑似PR的疫情,通过临床症状和病理变化观察,结合实验室诊断,发病仔猪确诊为PRV感染。PCR及测序结果表明,引起该次疫情的PRV毒株,其gE基因序列与Genbank收录的PRV中国流行的河南株同源性最高,为99.7%,提示该毒株为变异株。通过对发病猪群紧急免疫PRV基因缺失弱毒疫苗有效地控制了该病的发生,研究对PR的诊断与防控提供借鉴。     

上海地区2013—2018年鲤春病毒血症病毒的分离和进化特征分析

为了解上海市近年来鲤春病毒血症病毒(SVCV)的流行情况,探明上海市SVCV变异进化规律,对上海地区2013—2018年送检的养殖鲤(Cyprinus carpio)、锦鲤(Cyprinus carpio koi)、金鱼(Carassius auratus)等鲤科鱼类样品中的SVCV进行了病毒分离、鉴定和基因序列进化分析。结果显示: 上海地区近6年来每年均有SVCV检出,从125份样本中共分离获得了18株SVCV毒株,阳性率为14.4%。各毒株接种草鱼卵巢细胞(grass carp ovary, CO)后均可以导致明显的细胞病变效应(cytopathic effect, CPE)。免疫荧光实验也表明,病毒结构蛋白N、P、M和G均在感染细胞中高水平表达。进一步通过巢式PCR扩增和序列测定,获得了18株分离株G基因606bp的核酸序列。进化分析显示,上海地区的SVCV分离株均隶属于Ia分支,株间核酸序列同源性较高,但不同分离株之间核酸序列也呈现出一定程度的差异。其中2015年之后的分离株均聚类为同一小分支,提示其从同一祖先进化而来。实验结果显示,SVCV在上海地区持续以低水平流行并在不断进化。研究提示,养殖户应改变传统的养殖模式,提高防病意识和管理水平,相关部门也需要加强持续监测,以减少和控制鲤春病毒血症(SVC)的发生和流行。     

重庆5个地区PRRSV ORF7基因的克隆与序列分析

采用RT-PCR方法,对来自重庆合川、长寿、綦江、大足、开县等5个区县的5个猪场的PRRS病料进行了ORF7基因的扩增,并克隆、测序和序列比对。结果发现,这5株与美洲型代表毒株VR-2332的核苷酸序列同源性为98.5%,其推导的氨基酸序列同源性为92.6%;与已发表的ORF7序列CQ0703、JX0602、HB0602比对,核苷酸同源性为99.6%,其推导的氨基酸同源性为98.0%;与疫苗株RespPRRSMLV核苷酸同源性为98.6%,氨基酸同源性为94.3%,与欧洲型代表株LV株ORF7基因序列差异较大,核苷酸同源性仅有56.6%,而且推导的氨基酸数比LV株少5个,二者同源性仅为58.1%。结果表明5个区县流行的PRRSV与VR-2332和RespPRRSMLV亲缘关系很近,均为美洲型毒株。     

罗非鱼海豚链球菌16S rRNA基因的序列测定和系统进化分析

为了从分子水平上对1株致病性罗非鱼链球菌进行分类学鉴定,利用原核生物16SrRNA基因通用引物对分离纯化的罗非鱼致病性链球菌进行16S rRNA基因的克隆及序列分析。结果扩增出长约1.5 kp目的片段,测序得到1条长度为1 447 bp核苷酸序列。核苷酸相似性分析表明,序列与NCB I公布的海豚链球菌(Streptococcus iniae,S.iniae)SCCF5L菌株16SrRNA基因核苷酸序列相似性最高(99.4%),暂称为中国广西株(S.iniae-CGX)。同时,亲源关系较近的S.iniae、S.difficilis和S.agalactiae代表菌株构建的系统发育进化树显示,所得菌株与S.iniae代表菌株组成同一进化分支,与S.agalactiae代表菌株组成的另一进化分支距离较近(95.5%),而与S.difficilis代表菌株组成的进化分支距离较远(92.3%)。上述研究证实,本试验从发病罗非鱼脑组织分离到的致病性链球菌为海豚链球菌。     

日本鳗鲡腐皮病病原菌的分离及鉴定

从患腐皮病的日本鳗鲡(Anguilla japonica)体表溃烂处分离到1株病原菌(322A),对其进行了人工感染实验和生理生化分析,测定了该菌株的16S rRNA基因序列和促旋酶(gyrase)B亚单位gyrB基因序列,并分别构建系统发育树。结果显示:感染实验证实菌株322A具有致病性;生理生化分析鉴定该菌株属于气单胞菌属(Aero-monassp.);16S rRNA基因分析显示,该菌株与气单胞菌属细菌的同源性均在99%~100%,构建的系统树显示,菌株322A与嗜水气单胞菌(A.hydrophila(FJ462702))亲缘关系最近;gyrB基因分析表明,该菌株与A.hydrophila种内序列的相似性为96%~98%,种间序列的相似性为94%~95%,构建的系统树结果显示,该菌株与A.hydrophila(FJ608553、FJ608552、AF208259)聚为一个分支。综合上述实验结果,菌株322A可鉴定为嗜水气单胞菌(A.hydrophila)。     

广东佛山地区鸭圆环病毒分子流行株遗传变异分析

目的 研究广东佛山地区鸭圆环病毒(DuCV)流行毒株的遗传变异情况。方法 采用常规PCR方法，对采自广东佛山的3份阳性鸭组织样品中扩增Rep基因部分片段和Cap基因，进行核苷酸序列测序，并将Rep基因部分片段、Cap基因推导的氨基酸序列与30株参考序列进行同源性比较和遗传变化分析。结果 3份阳性样品分别扩增出相应的基因片段；Rep基因部分片段、Cap基因推导的氨基酸序列进化树和同源性分析显示，3株DuCV流行株与台湾株(AY3947213)在同一进化支，均属于DuCV-2型，与同分支的参考毒株相似性分别为97.2%～100%和96.9%～100%,2个基因型中Rep基因同源性高于Cap基因；氨基酸序列的变异分析表明，与中国台湾株(AY3947213)相比较，Rep部分氨基酸和Cap氨基酸分别发生相同位置的氨基酸置换和单独突变，Cap氨基酸突变位点多于Rep氨基酸。结论 研究测得的3株DuCV流行株均属于DuCV-2型，在广东地区有一定范围的流行，且CAP蛋白的变异程度高于REP蛋白，为鸭圆环病毒感染的监控和诊断提供了依据。     

DNA条形码在篮子鱼科鱼类种类鉴定和系统进化分析中的应用

为建立篮子鱼科鱼类物种快速鉴定方法,该研究扩增获得了篮子鱼科10种鱼类的46条线粒体COⅠ基因序列,结合从BOLD和GenBank上筛选出的12种27条篮子鱼科COⅠ基因序列,分析篮子鱼科鱼类的COⅠ基因片段序列特征、种间和种内遗传距离及分子系统进化关系。结果表明,19种73条篮子鱼科COⅠ基因序列的平均碱基组成为T:28.9%、C:28.7%、A:24.6%、G:17.8%。G+C的含量(46.5%)低于A+T的含量(53.5%),碱基组成表现出明显的偏倚性;篮子鱼科鱼类的种间平均遗传距离为0.098,是种内平均遗传距离(0.002)的49倍;基于19种篮子鱼科鱼类的COⅠ序列的系统进化分析结果显示,19种篮子鱼中仅单斑篮子鱼(Siganus unimaculatus)和狐篮子鱼(S. vulpinus)聚类在一起,形成1个分支,剩余17种(89.5%)篮子鱼相同种内个体各自聚为一支,形成17个独立的分支。结果表明基于COⅠ基因的DNA条形码技术可应用于篮子鱼科物种鉴定。     

陕西省与河南省猪场猪繁殖障碍与呼吸综合征流行病学调查与序列分析

猪繁殖与呼吸综合征(Porcine reproductive and respiratory syndrome, PRRS)是影响全球养猪业的主要疾病之一。猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的突变率是RNA病毒中最高的。为了解其分子特征和遗传变异,对陕西和河南地区猪场采集的252份疑似样本采用RT-PCR检测技术和生物信息学软件进行了ORF5基因和Nsp2基因序列比对和遗传变异分析。结果显示：252份样本中阳性样品为39份,阳性率为15.6%。对39份阳性样品克隆测序获得10条Nsp2基因阳性样品序列和5条ORF5基因阳性品序列;5株PRRSV ORF5基因毒株与GenBank中26株PRRSV参考毒株的ORF5基因之间的核苷酸序列同源性为79.7%～99.7%,10株PRRSV毒株Nsp2基因的核苷酸序列同源性为38.2%～92.2%,其中5株ORF5基因的GP5-5、GP5-7、GP5-10毒株为PRRSV-2型谱系1的毒株,99L、100L毒株为PRRSV-2型谱系5的毒株,分别与代表株NADC30和VR-2332亲缘关系最近;10株PRRSV毒株Nsp2基因均为PRRSV-2...     

白斑综合征病毒江苏分离株变异区和缺失区基因的序列比较

为了解白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)在养殖克氏原螯虾(Procambarus clarkii)中的感染流行情况和分子流行病学特征,以及探讨不同病毒株间的遗传进化差异,2008年7月至2010年6月在江苏各主要克氏原螯虾养殖产区共采集了83份样品,应用环介导等温扩增技术(LAMP)检测42份样品为病毒感染阳性,阳性率达50.6%。在此基础上考虑地理和时间因素选取了兴化、盱眙等地的6份样品,PCR扩增、克隆了样品中所携带病毒的变异区和缺失区基因并对其进行了测序。分析结果显示,在变异区除兴化毒株为1 829 bp之外,其余各分离株间差异微小,均在1 440 bp左右;而在缺失区各毒株大小均为384 bp,且核苷酸序列完全一致。随后将各分离株序列与GenBank已公布的毒株做进一步的序列比较分析,结果表明在江苏境内流行的兴化毒株与其余毒株间存在明显差异,在遗传上相距较远,并且推测WSSV变异区和缺失区可能是各自独立进化变异的;同时,缺失变小的病毒基因组更易于适应宿主和环境的变化。     

基于CO I和Cytb DNA条形码在鲌属鱼类物种鉴定中的应用

为探究线粒体CO I和Cyt b基因作为DNA条形码在鲌属鱼类鉴定中的可行性,分别扩增达氏鲌(Culter dabryi)、海南鲌(C.recurviceps)、尖头鲌(C.oxycephalus)、蒙古鲌(C.mongolicus)、拟尖头鲌(C.oxycephaloides)和翘嘴鲌(C.alburnus)六种鲌属鱼类线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(Cytochrome C oxidase subunit I,CO I)和细胞色素b(Cytochrome b,Cyt b)的基因片段,并对六种鲌属鱼类同源序列的碱基组成、种内与种间遗传距离以及系统进化分别进行分析。结果表明:长度为645 bp的CO I基因片段中,A、T、G、C4种碱基平均含量分别为25.65%、28.18%、18.33%和27.84%;长度为970 bp的Cyt b序列片段中,A、T、G、C碱基平均含量分别为27.97%、27.93%、14.53%和29.57%。基于CO I基因序列的种间平均遗传距离为3.54%,种内平均遗传距离为0.17%,种间遗传距离为种内遗传距离的20.82倍;基于Cyt b基因序列的种间平均遗传距离为5.92%,种内平均遗传距离为0.18%,种间遗传距离为种内遗传距离的32.89倍。基于CO I基因的系统进化关系显示除尖头鲌与拟尖头鲌外,其余4种鲌均形成独立分支,而基于Cyt b基因的系统发育关系显示六种鲌属均能独立形成分支,鲌属六种鱼能够进行有效区分,将CO I和Cyt b作为DNA条形码进行鲌属鱼类的物种鉴定是可行的,联合使用可以获得更好的鉴定效果。     

不同DNA条形码基因在帘蛤目贝类分类鉴定中的比较分析

DNA条形码基因已经广泛应用在海洋贝类的分类鉴定、系统发育进化、种群遗传分析等领域的研究。为进一步研究评估不同DNA条形码基因在海洋贝类鉴定中的作用,本研究利用从Gen Bank数据库随机下载的帘蛤目COI、16S r RNA、18S r RNA和28S r RNA基因序列,通过传统距离法和单系聚类法结合分析,比较了上述DNA条形码基因在鉴定物种及系统发育进化中的鉴定效率,并以本实验室已获得的部分贝类DNA序列进行了验证。结果表明,根据"10倍法则"和"2%"阈值标准,本研究中COI能够鉴定57.1%物种,16S r RNA能够鉴定60.9%,18S r RNA鉴定16.7%,而28S r RNA无法有效鉴定;多数种COI和16S r RNA基因序列的种间遗传距离和种内遗传距离存在"条形码间隙",而18S r RNA和28S r RNA序列的种间和种内的遗传距离存在显著重叠,没有明显"条形码间隙";聚类分析结果表明,基于COI基因序列,87.9%的个体与同种聚为单系,以16S r RNA序列,65.6%的个体与同种聚为单系,未聚成单系的个体则形成姐妹系,未出现不同种聚为单系现象,能够呈现与形态分类基本一致的系统发生关系;但18S r RNA和28S r RNA呈现的聚类关系相对混乱。相对而言,在鉴定帘蛤目物种时,COI和16S r RNA都能够作为条形码基因,且COI有效性更高,18S r RNA和28S r RNA基因由于种内变异较大,不适于作为条码基因。研究结果为科学选用DNA条形码基因进行帘蛤目贝类的鉴定提供了参考资料。     

DNA 条形码在鲱形目鱼类物种鉴定和系统进化分析中的应用

采用PCR特异性扩增获得中国近海鲱形目(Clupeiformes)2科6属7种的48条线粒体COI基因序列,结合从Gen Bank筛选出的4科40属83种的COI基因序列225条,对鲱形目鱼类的COI条形码基因特征、种内与种间遗传距离及其分子系统进化关系进行了分析,探索了DNA条形码技术在辅助鱼类物种鉴定和分类中的适应性。结果表明,4科41属90种273条COI基因序列的平均碱基组成为T:28.3%、C:28.3%、A:24.2%、G:19.2%,碱基组成表现出明显偏倚性。鲱形目鱼类种间的平均遗传距离为0.131,种内平均遗传距离为0.003,种间距离为种内距离的41倍;系统学分析结果显示,97.8%的鱼类在系统进化树上均为单系。可见,鲱形目鱼类DNA条形码符合物种鉴定的要求,且基于COI基因所建的NJ树对物种分类具有较为准确的辨识力。系统进化分析结果表明,COI基因不仅能够解决低阶分类单元的系统进化关系,对于高阶分类单元的系统分析研究结果也有一定参考价值。     

猪流行性腹泻病毒在美国蔓延 增加生物安全措施是控制关键点

<正>5月中旬在美国中西部首次出现的猪流行性腹泻,有13个州的200个养猪场受到感染。美国全国猪肉委员会说,猪流行性腹泻病毒是一种与生产相关的疾病,而不是贸易限制的疾病或监管的疾病。这是非常相似传染性胃肠炎或TGE,它仅影响猪不会影响其他动物或人类,人们可以安全地食用感染PEDV的猪肉。这次美国爆发的疫情与2010年10在中国爆发的疫情相似度高达99.4%。科学家和     

养殖澳洲宝石鱼迟缓爱德华氏菌的分离鉴定及致病基因的检测

从患病澳洲宝石鱼体内分离到一株致病菌(编号Et4),对该菌的生化特性及致病基因进行检测,并进行了药敏和人工感染实验。结果显示:菌株Et4的生化鉴定结果与迟缓爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)标准菌株(AY77513)一致;其16S rRNA序列,经同源性比对与迟缓爱德华氏菌核苷酸相似度最高,达99%;根据迟缓爱德华氏菌的致病基因Ⅲ型分泌系统装置蛋白esaV基因序列设计引物,进行PCR扩增,得到708 bp序列,该序列与迟缓爱德华氏菌的esaV基因序列相似性达99.3%,说明菌株Et4具有esaV基因。菌株Et4对环丙沙星等较敏感,对其它药物中度或不敏感,具有较强的致病力(LD50=3.74×104CFU/mL),从病鱼中可以重新分离出此菌。综合形态学、生化特性、16S rDNA序列及致病基因序列鉴定其为迟缓爱德华氏菌。     

金藻3011和8701与球等鞭金藻的18S rRNA基因研究

对金藻3011和8701的18S rRNA基因序列进行测定,分别获得1695 bp和1684 bp的DNA序列。应用DNAMAN,DNAstar和RnaViz 2.0生物软件,将获得的DNA序列与球等鞭金藻的18S rRNA基因序列进行DNA序列和RNA二级结构对比分析。DNA序列分析显示,三者的18S rRNA基因序列非常保守,相似性在99.5%以上,三者应同为球等鞭金藻;RNA二级结构分析显示,三者的RNA二级结构既存在球等鞭金藻种的特异性茎环结构,又存在明显的差异,并且从相近水域(山东)分离出来的3011和8701相对于采自挪威水域的球等鞭金藻具有更大的结构相似性;相对于3011,8701可能与球等鞭金藻具有更高的同源性。由此可见,单纯的18S rRNA基因序列分析可能不适用于球等鞭金藻种下水平的研究,但是其RNA二级结构分析对球等鞭金藻的物种鉴定,甚至是种下地理株的研究都具有非常重要的意义。     

传染性造血器官坏死病毒新疆株的分离与鉴定

在新疆维吾尔自治区某养殖场取患病虹鳟Oncorhynchus mykiss组织样本,进行传染性造血器官坏死病毒(Infectious hematopoietic necrosis virus,IHNV)分离鉴定、电镜观察、回归感染及遗传进化分析研究。细胞培养结果显示:患病虹鳟组织样本能够感染鲤Cyprinus carpio上皮细胞(carp epithelial cell,EPC)产生典型细胞病变(cytopathic effect,CPE),收集病毒悬液命名为XJ-13。滴度测定实验表明:该病毒为10~(6.15)TCID_(50)/m L。回归感染实验表明:该分离株在浓度为10~5PFU/尾的剂量使体质量5g的虹鳟死亡率达87.5%。通过透射电镜观察发现患病虹鳟组织悬液感染的EPC细胞内存在大量的子弹状病毒粒子,PCR鉴定结果表明该病毒为IHNV。XJ-13的糖蛋白氨基酸序列的聚类分析结果显示,该病毒株与我国IHNV-Sn1203株具有最高的同源性(99%),与美国参考株WRAC的同源性为94.6%。结果表明:IHNV XJ-13是造成该养殖场虹鳟大量死亡的病原。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒在我国的流行与进化

猪繁殖与呼吸综合征病毒,引起猪繁殖与呼吸综合征,俗称"猪蓝耳病",是目前持续危害我国养猪业的病原之一。该病毒毒株极具多样性,1995年进入我国后,基因组和致病力不断进化,2006年高致病力毒株引起猪繁殖与呼吸综合征疫情大暴发,造成巨大损失,疫情平息后仍呈地方性流行,时至今日,中低毒力毒株引起的免疫抑制以及高毒力毒株引起的猪只死亡,已是我国猪场面临的巨大难题。对猪繁殖与呼吸综合征病毒在我国的流行与进化进行归纳综述,旨在通过探讨病毒的流行规律,为生产中猪繁殖与呼吸综合征的预防与控制提供参考。     

一株史氏鲟源腐生葡萄球菌的分离鉴定及其基因组分析

从周宁县某养殖场史氏鲟病灶样品中分离出1株多重耐药革兰氏阳性菌JY08,为了进一步研究其进化地位、耐药机制和潜在致病因子,采用形态学特征、16S rRNA基因序列、生理生化特征和系统发育树对其进行鉴定。结果显示,菌株JY08的形态特征和生理生化特性与腐生葡萄球菌(Staphylococcus saprophyticus)基本一致;16S rRNA基因序列与腐生葡萄球菌的相似度最高,为100%;系统发育树显示菌株JY08与腐生葡萄球菌腐生亚种(Staphylococcus saprophyticus subsp.saprophyticus ATCC 15305)聚为一支,结合全自动细菌鉴定仪生理生化特性鉴定结果和16S rRNA基因序列分析结果鉴定该菌株为腐生葡萄球菌。药敏试验结果表明,菌株JY08对β-内酰胺类、大环内酯类、磺胺类和林可霉素类等大类中的17种药物具有耐药性;对氨基糖苷类、喹诺酮类和氯霉素类等11种药物敏感;对多粘菌素B和呋喃唑酮2种药物中度敏感。耐药基因和毒力因子分析结果显示菌株JY08携带了10大类103个抗生素耐药基因和61种毒力因子123个相关毒力基因。本文研究结果为进一步评估该菌株潜在的具有感染能力的遗传特征提供科学数据,同时为该菌可能引起的疾病防控提供科学资料。