基于转录组的油茶MADS-box转录因子的筛选及分析

MADS-box是植物中一类重要的转录因子,在植物生长发育和信号传导过程中发挥重要作用,特别是在显花植物的花器官分化、开花时间的调节等方面起到重要的调控作用。本研究基于油茶转录组数据,利用生物信息学方法筛选出20个MADS-box转录因子,并对其理化性质、保守结构域、亚细胞定位、二级结构等进行预测分析,同时构建和模式植物拟南芥MADS-box蛋白家族的系统进化树。依据保守结构域将20个CoMADS基因分为TypeⅠ型和TypeⅡ型(MIKC),所编码的蛋白序列长度为89～564 aa,理论等电点在5.75～10.28之间,大部分蛋白为碱性不稳定蛋白,并具有一定的亲水性,氨基酸组成以亮氨酸(Leu)含量最为丰富。所有蛋白均不含有信号肽和导肽,不具有跨膜结构,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,均定位于细胞核。聚类分析发现1个TypeⅠ型CoMADS蛋白聚类到拟南芥Mλ亚族,3个TypeⅠ型CoMADS聚类到型Mδ亚族;5个CoMADS蛋白单独聚类,没有归属到拟南芥MADS-box蛋白中;10个MIKC型CoMADS蛋白归属于拟南芥MIKCc型MADS-box蛋白的不同亚家族,其中SVP ...     

甜菜MADS-box家族基因的全基因组鉴定及进化分析

为了进一步了解MADS-box家族基因的功能,利用生物信息学的手段,首次对甜菜MADS-box基因进行了全基因组的鉴定,并对其染色体定位、系统发生关系、基因结构、保守元件、表达模式以及蛋白功能联系进行预测和分析。结果表明,甜菜MADS-box基因共34个成员,其中,typeⅠ成员7个和typeⅡ成员27个,typeⅠ进一步分为Mα(3)、Mβ(1)、Mγ(3)3个组;typeⅡ进一步分为MIKCC(22)和MIKC*(5)2个组,MIKCC组可进一步分为AG(2)、AGL12(2)、AP3-PI(4)、Bs(2)、SOC1(1)、SVP(1)、SEP(3)、AGL17(5)、AP1-FUL(1)和FLC(1)10个亚组。MADS-box家族基因在染色体上呈不均匀分布,同一染色体上的基因簇状分布,其中,第6号染色体上分布最多,在第7号染色体上没有分布。甜菜MADS-box家族基因虽然基因结构差别较大,但蛋白序列相对保守。基因表达谱显示,大部分MADS-box基因优势表达于分生组织,部分MADS-box基因在种子、直根、幼叶等组织亦有较高表达。部分MADS-box基因响应盐、热胁迫轻微上调,可能参与甜菜逆境生理调控。     

陆地棉MADS-box家族基因鉴定及组织特异性表达分析

【目的】MADS-box蛋白是1种重要的转录因子,参与调控棉花生长发育进程。鉴定分析陆地棉MADS-box家族基因,可为研究其生物学功能奠定基础。【方法】基于2019年最新组装的陆地棉TM-1参考基因组,通过HMMER 3.0软件鉴定陆地棉TypeⅠ型及MIKC型MADS-box基因。利用MapInspect、MEGA7.0、MEME和TBtools软件以及omicshare网站进行染色体定位、多序列比对聚类分析、Motif预测、基因结构鉴定以及组织特异性表达分析。【结果】从全基因组水平上鉴定出181个陆地棉MADS-box基因(66个TypeⅠ型和115个MIKC型),染色体定位发现该181个基因在陆地棉26条染色体上均有分布,其中A组染色体上分布有78个基因、D组上分布有103个基因。系统进化分析显示TypeⅠ型MADS-box蛋白有3个亚家族,MIKC型蛋白包括MIKC*型和含有10个亚家族的MIKCC型;motif预测结果显示所有MADS-box蛋白均含有MADS结构域,基因结构分析结果显示,外显子、内含子结构和长度在各亚家族内具有同一性;组织特异性表达分析发现MADS-box家族基因中有33个在纤维组织中优势表达,103个在花器官中优势表达,41个基因在根茎中优势表达。【结论】本研究通过生物信息学方法,鉴定并获得了与陆地棉开花调控和纤维发育相关的MADS-box基因,对于揭示棉花纤维品质等重要性状的遗传调控机制及分子育种具有一定的理论意义和应用价值。     

烟草MADS-box基因家族鉴定及其腋芽发育相关基因表达分析

MADS-box基因是调节植物芽生长发育的一类重要的转录调控因子。本研究基于烟草全基因组数据,对烟草(Nicotiana tabacum) MADS-box基因进行了鉴定,并对其理化性质、进化关系、基因结构和保守基序分析,采用RT-qPCR的方法分析了6个MADS-box基因在不同组织的表达特性和腋芽发育过程的表达变化。结果表明,烟草全基因组中有183个烟草MADS-box成员,其CDS序列在321～1 602 bp之间;烟草MADS-box基因分为Type-Ⅰ型(Mα和Mγ)和Type-Ⅱ型(MIKC*和MIKCc)。系统发育树分析发现,NtMADS3、NtMADS25、NtMADS130编码的氨基酸序列与拟南芥(Arabidopsis thaliana)的SVP和AGL24具有较高的同源性,NtMADS53、NtMADS84、NtMADS29编码的氨基酸序列与番茄(Solanum lycopersicum)腋芽发育相关基因SIMBP11有较高的同源性。RT-qPCR结果发现,NtMADS3、NtMADS25、NtMADS29、NtMADS53、NtMADS84和NtMADS130在...     

甜瓜MADS-box基因家族的鉴定及系统进化分析

中国是甜瓜的主要生产国家，种植面积和产量都位于世界首位。本研究通过全基因组分析鉴定了甜瓜MADS-box基因家族成员，分析甜瓜MADS-box基因家族成员的染色体定位、多重序列比对、motif分布和外显子-内含子结构分布，以及对其成员进行进化及表达分析，并分析启动子区的顺式作用元件分布。结果显示，从甜瓜全基因组数据库中共鉴定了45个甜瓜MADS-box基因，其中Ⅰ型基因11个，Ⅱ型基因34个；通过系统发育分析，Ⅰ型基因主要分布于Mβ和Mγ亚家族中；Ⅱ型基因则分布于13个亚家族；Ⅰ型基因与Ⅱ型基因的motif分布和外显子个数区别明显，但同型基因区别不大；对CmMADS-box基因家族全生理期表达量进行可视化分析并进行了共线性分析；根据启动子区的顺式作用元件分布情况，推测CmMADS-box基因可能响应多种外界胁迫，即具有功能多样性。该研究结果为探究甜瓜MADS-box基因家族生物学功能提供参考。     

大豆MIKC型MADS-box基因家族分析

根据拟南芥的MIKC型MADS-box蛋白序列构建HMM(hidden markov model)模型,在大豆基因组中确定了57个MIKC型MADS-box同源基因.分子进化树分析表明,57个大豆MIKC型MADS-box基因分为14个亚类,而MIKC*型基因又分为两个进化支.控制花形态建成的ABCDE同源异型基因(如API,AG,AP3和PI等)和重要的控制开花时间的基因(如SVP和SOC1)在大豆基因组中表现出多拷贝的特征.MEME和SMART分析表明,大豆和拟南芥MIKC型MADS-box基因具有保守的MADS和K-box基序,还有一些亚类具有特异的基序.MIKC型MADS-box基因结构较为保守,多数基因具有7～8个外显子.本研究得到的MIKC型MADS-box基因为下一步研究大豆花形态建成和开花时间调控的分子机制提供了重要参考依据.     

ClaMADS12基因克隆及在西瓜果实发育中的表达特性分析

本研究从西瓜果实发育转录组数据中,筛选出ClaMADS12基因,并对其进行基因克隆、生物信息学以及初步表达分析。生物信息学分析显示该基因的开放阅读框为3 374 bp,编码区全长621 bp,共编码206个氨基酸。结构域分析显示,该基因含有一个典型的“MADS-box”保守结构域,位于从N端第1到75个氨基酸,属于MADS-box家族。对其蛋白质的理化性质分析显示,ClaMADS12蛋白以异亮氨酸为主,无信号肽和跨膜结构域,属于不稳定型、亲水蛋白,亚细胞定位预测该蛋白位于细胞核。对该基因进行同源性比对及系统进化树分析显示,冬瓜MADS-box 12基因与ClaMADS12亲缘关系最近,同源性高达95.61%。RT-PCR分析表明,ClaMADS12在西瓜果实发育中,相对表达量与果肉质地的软化呈正相关。本研究为进一步明确ClaMADS12基因在西瓜果实发育中的功能提供依据。     

MADS-box家族蛋白在植物开花、结实及根瘤形成中的多功能调节作用

MADS-box家族蛋白是一类序列特异的转录调控因子,在激活或抑制基因的转录过程中起作用。本研究对MADS-box家族蛋白在植物开花、果实发育中的重要作用以及在根瘤形成中的功能作了概述,提出了部分MADS-box家族蛋白的双功能调节性质,并对MADS-box基因的研究意义和研究前景进行了讨论。     

核桃ARF基因家族的鉴定及生物信息学分析

生长素响应因子(auxin response factor, ARF)是一类在植物生长发育过程中起着关键作用的转录调控因子。基于核桃(Juglans reiga)基因组数据库，本研究利用生物信息学方法，在全基因组水平上利用HMMER 3.0和BLAST软件对核桃ARF基因家族成员进行鉴定，共鉴定到了30个核桃ARF基因，其编码蛋白的长度在596～1 124 aa之间，蛋白分子量介于65 447.51～125 471.08 Da之间，等电点在5.27～8.31之间，均定位于细胞核。系统进化树分析，将其分为4个亚组(ClassⅠ～ClassⅣ)，同一亚组成员通常表现出相似的基因结构和保守结构域。保守结构域分析显示，30个JrARF蛋白均具有保守的B3、Aux＿resp结构域，大部分蛋白含有Aux/IAA结构域。这些基因不均匀地分布于核桃的15个染色体上。启动子顺式作用元件表明，该家族成员与众多光响应元件及逆境响应、激素应答等响应元件相关。利用转录组数据分析了ARF家族成员在核桃雌雄花芽分化过程中的表达模式，结果表明JrARF1、JrARF5、JrARF17等在雌花芽形态分化始期(FB-2)...     

春兰AGL6基因的克隆及实时定量表达分析

本研究采用RT-PCR结合RACE技术从春兰(Cymbidium goeringii)中分离到一个AGL6基因。序列分析表明,该基因含有一个729bp长的开放阅读框(ORF),共编码242个氨基酸。系统进化树分析显示,该基因属于MADS-box基因家族AP1/AGL9组的AGL6同源基因,其编码的蛋白与其它植物AGL6类蛋白具有较高的同源性,命名为CgAGL6(基因登录号为HM208533)。实时荧光定量表达分析表明,CgAGL6基因春兰不同组织中均有表达,其中在唇瓣、花芽和子房中的表达量较高,在花瓣和萼片中的表达量次之,在根、叶和蕊柱中的表达量最低,显示了CgAGL6基因可能在春兰成花转变和花器官的形成过程中起着重要作用。     

冷冻干燥速溶蛋花汤的加工技术

介绍了运用冷冻干燥技术进行速溶蛋花汤的加工,研究了生产工艺、特点以及影响产品质量的主要因素。试验表明,采用冷冻干燥技术加工的速溶蛋花汤,具有营养丰富、风味独特、方便快捷等特点。     

Measuring of Quantity of Matter-mass and the Measuring of Inertia of Matter-momentclm

A new definition of inertia,i.e. the momentum is the measuring of inertia of matter, is proposed. The article through and etc., subjects, the correctness of the new notion of inertia:The monentum is the measuring of inertia has been demonstrated, and the unsolved contradictions of the traditional definition of inetia. And the mass is the measuring of inertia has been revealed.     

壳聚糖对石榴果汁澄清效果的影响

利用壳聚糖的絮凝作用对壳聚糖在甜石榴汁澄清中的应用效果进行了研究,试验结果表明,壳聚糖用量为0.3g/L、澄清时间为60min、温度为35℃时,甜石榴汁透光率可达85%以上,且通过对壳聚糖处理前后可溶性固形物、总酸、VC等营养成分含量的比较,确定以上工艺参数为甜石榴汁澄清的最佳选择。     

香蕉遗传转化方法研究进展

香蕉是热带亚热带发展中国家重要的粮食作物和碳水化合物来源。但近年来,香蕉生产受到严重的病虫危害。大多数香蕉栽培品种是三倍体,生长周期长,而且不孕。由于没有种子,给繁殖和育种带来一定的困难。遗传转化技术的发展为香蕉品种的改良提供了一种有效的手段。香蕉的遗传转化方法有电激法、基因枪法、农杆菌介导法等。农杆菌介导法的应用是香蕉品种改良的一个重大突破。香蕉遗传转化的外植体也发展到多种,有原生质体,胚性细胞悬浮系,分生组织,以及横切薄片等。近几年,随着分子生物学的发展,出现了转化效率更高,重复性更好的香蕉遗传转化技术。如农杆菌和基因枪结合法,离心辅助农杆菌介导法、真空渗透技术等。这些新技术新方法的出现,必将推动香蕉产业高速发展。     

新疆布尔津县土地利用格局特征研究

基于RS与GIS技术,利用景观生态学理论及景观格局指数对布尔津县土地利用现状进行定量分析。结果显示为：（1）布尔津县以草地、林地为主要景观类型,镶嵌着耕地、水域等景观类型。（2）四个分区（即高山区、丘陵区、平原区、荒漠区）的林地资源组成差异明显,耕地、居民、交通及工矿用地集中分布在丘陵区和平原区（3）从各项指数来看,高山区的多样性指数较低;平原区是受人文因素最多的区域,景观优势度低,各种土地利用类型比例差异不大,有利于生态可持续发展,但要合理的开发利用;荒漠区生态环境相对脆弱,要加强生态环境的保护与改善。通过该研究对布尔津县的土地利用现状作一个了解,为该县乃至整个地区的景观规划和可持续发展战略提供科学依据。     

酸枣幼根原生质体的制备

以生长6～9 d的酸枣种子幼根为试验材料,0.7 mol·L-1甘露醇作为渗透压稳定剂、pH值5.5～6.0、28℃恒温水浴条件下,以光学显微镜观察的水解总时间、初始产生原生质体的时间、原生质体产量及细胞碎片量为指标,研究通过酶水解来制备酸枣幼根原生质体的方法.结果表明,在含1％果胶酶+4％纤维素酶R-10+3％纤维素...     

影响核桃贮藏品质因素的分析

介绍了几种核桃贮藏方法,综述了影响核桃贮藏品质的几个主要因素,以及针对上述影响因素提出若干解决对策.     

Efficiency of water use of early plantings of sunflower

Rain fed crop production in Mediterranean environments depends to a large extent on strategies that avoid the intense summer drought. Early plantings of sunflower have given consistently higher yields in such environments, but the basis for such yield increases has not been explored. We conducted two field experiments at Cordoba (Spain) to investigate the effects of an early and a late planting date on the components of water-limited crop productivity; namely, water use (T), water use efficiency (TE) and harvest index (HI) of sunflower. The results were generalized by simulating rain fed sunflower yields, under early (1 January) and late (15 March) plantings, for a 25-year period with the aid of a simulation model of the Ceres type (OILCROP-SUN) which has been validated in Cordoba. Experimental seed yields of early plantings in 1989 and 1996 were 2.0 and 3.0 t ha⁻¹, while late plantings yields were 1.3 and 2.4 t ha⁻¹, for the 2 years. Average simulated yields were 2.7 ± 1.1 and 1.9 ± 0.7 t ha⁻¹ for early and late plantings, respectively. For the 2 years, T of early plantings was higher than that of late plantings, but the response of TE and HI to planting date was not the same in the two experiments. In the simulation exercise, T and TE of early plantings were consistently higher than those of late plantings, while there were no differences in the HI for the two planting dates. We conclude that early plantings of sunflower increase rain fed yields by increasing both T and TE, while the impact of planting date on HI very much depends on the crop water stress pattern, which is quite variable from year to year even in the predictable Mediterranean environment.     

Establishment of High-frequency Regeneration System of Explants of Alfalfa

The cotyledon and hypocotyl of eight varieties of alfalfa( Medicago sativa L. )are used to study the effect of different cultivation procedures and genotypes on embryogenic callus and embryoid induction,plant development and transplant of alfalfa.The varieties of alfalfa with high embryoid induction rate and high differentiation rate are screened. A high frequency regeneration system for alfalfa tissue culture is established:which is benifical to the gene transformation of alfalfa.     

The Simulation of Comfort of Nine DOF of Automobile

Automobile comfort dynamic simulation is necessary when we predict and evaluate the comfort of a automobile or optimize performance of automobile. The nine DOF vibration model of automobile is established , which acts root mean square value of body in multiple work conditions as comfort evaluation indices. Based on the comfort simulation, the Hongyan 1160 is predicted in the way of comfort. The programmes can be used in many different automobiles . The computational result indicates that the model can simulate vibration of automobile truly. It is significant to research automobile comfort evaluation to optimize performance of automobile and comfort simulation .The computational program can be applied to optimize or simulate which has some reference value.