PEDV地方流行毒株S1基因的遗传变异分析及HLJ-2012株免疫原性检测

为探讨猪流行性腹泻（Porcine epidemic diarrhea,PED）再次爆发原因,对现阶段黑龙江省和内蒙古自治区的10株猪流行性腹泻病毒（Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）流行毒株S1基因进行扩增、克隆和序列测定,通过序列比对分析其遗传演化特点。选择其中一株毒株进行中和试验,对其免疫原性做初步分析。结果表明,10株PEDV的S1基因与参考毒株相比,核苷酸同源性为86.8%~99.7%;且S1基因均存在点突变、碱基插入及缺失的情况;构建的系统发育树表明PEDV毒株在S1基因水平上共分为两个群,本试验中的10株均处在G1群,与2011~2012年3株其他地区毒株CH/SDQD/2011、CH/HBQHD/2011和HuN亲缘关系较近,而与G2群中的经典毒株CV777及我国以往报道过的LJB/03等亲缘关系较远;通过中和试验,判断出新发毒株HLJ-2012对传统毒株LJB/03具有一定的中和效应,中和效价为1??53.83。     

2010—2013年浙江省猪流行性腹泻病毒临床检测及PEDV S基因型分析

2010年以来,全国大部分地区暴发新生仔猪严重流行性腹泻,给养猪业造成巨大经济损失。为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)在浙江省的流行和遗传变异情况,对2010—2013年收集的临床腹泻样品,以针对PEDV S基因N端序列的RT PCR检测病原,并测序其中的41份样品的扩增序列,分析PEDV S1基因型变异情况。临床检测结果表明：　PEDV临床检出率由2010年的4286%提高到2013年的70%以上,并且浙江省各地的检出率都在50%以上;一年中7至8月份检出率明显降低。 PEDV S1基因N端序列分析结果表明,临床检测株的S1基因与传统毒株PEDV CV777的S基因序列及中国最早检测到的基因序列亲缘关系较远,可能浙江省PEDV的流行株可能属于一个新的基因型。同时研究结果提示PEDV S基因的变异可能是现有CV777毒株疫苗免疫保护力不佳的原因。     

华南地区猪流行性腹泻病毒的分子流行病学调查与分析

为了解华南地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行、变异及进化情况,从该地区的不同猪场采集2 159份样品,利用RT-PCR方法检测PEDV,扩增了部分PEDV阳性样品中的S、M和ORF3基因并测序,利用生物信息学软件进行序列分析.结果显示,PEDV在猪场中的检出率为100％,在所有样品中的平均检出率为53.0％,在哺乳仔猪、断奶仔猪、育肥猪和母猪样品中,PEDV平均阳性率分别为67.6％、42.8％、12.8％和47.2％.根据S、ORF3和M基因建立的进化树,PEDV可分为2个基因群,其中当前样品株为一群,韩国、美国和中国的参考毒株为一群.结果表明,PEDV在华南地区猪场普遍存在,其基因也在不断发生变化.     

江苏省猪流行性腹泻病毒的流行病学调查

[目的]分析江苏省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行和变异情况.[方法]采用RT-PCR方法对2013年3月至2014年12月从江苏省9个不同地区采集的174份病料进行病原学检测和流行病学调查,并对来自不同地区9株病毒的部分M基因进行克隆、测序和分析.[结果]江苏省PEDV的个体阳性率为17.92％,猪场阳性率为61.54％;与经典病毒株CV777相比,9株病毒的核苷酸序列和氨基酸序列都有突变.同源性分析表明,江苏省内PEDV毒株的核苷酸同源性为97.8％ ～ 100.0％,但与欧洲毒株的同源性较低;遗传进化分析表明,江苏省PEDV流行株和参考株可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3个群,7株江苏省毒株和一些其他国内毒株、泰国毒株、韩国毒株以及美国毒株属于Ⅰ群,而另外2株江苏株与2株泰国株构成了Ⅲ群,而现用疫苗株CV777则属于Ⅱ群.[结论]江苏省内PEDV有一定程度的进化和变异,并且需要选择更有效的疫苗株来控制PEDV的流行.     

2012-2014年豫南地区猪流行型腹泻流行毒株的遗传变异分析

本研究成功克隆了来源于豫南地区的3株PEDV的M基因,通过与参考毒株的核苷酸和氨基酸同源性比较来看,与2010年后报道国内其他地方的毒株基本一致,而且与同期美国、韩国等国的报道相近,但与2010年之前报道的毒株存在较大变异。     

闽西地区猪流行性腹泻病毒N基因分子进化及序列分析

分析闽西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)N基因的遗传进化特征,收集闽西地区猪流性腹泻病例组织样品8份,用逆转录PCR(RT-PCR)扩增N基因,连接至pMD-18T载体进行测序,并与国内外已知参考毒株序列进行比对及遗传进化分析。结果显示,8株闽西流行毒株之间N基因核苷酸的同源性为9.8%～100.0%,推导的氨基酸序列的同源性为99.5%～100.0%,而闽西毒株与早期疫苗毒株CV777和SM98的同源性较远。氨基酸序列分析表明,闽西毒株氨基酸序列存在15处突变,与2010年后中国流行毒株变异位点相同。提示闽西地区毒株为目前国内流行毒株,与疫苗毒株亲缘关系较远,可能导致机体针对疫苗毒株产生的抗体不能够有效抵抗变异毒株,不能给猪群提供很好的免疫保护,因此需要基于变异毒株研究出有针对性的疫苗来预防PEDV。     

2020—2022年闽粤赣地区PRRSV ORF5基因的分子流行病学调查

【目的】了解闽粤赣地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子流行动态,为该疫病的科学防控提供参考。【方法】采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法对2020—2022年闽粤赣地区1 475份临床猪组织和血清样品进行检测,对PRRSV阳性样品进行ORF5基因扩增和测序,并对ORF5基因的序列进行系统发育分析。【结果】2020、2021、2022年闽粤赣地区发病猪PRRSV的阳性率分别为24.23%(95/392)、27.69%(162/585)、18.07%(90/498),2020—2022年福建、广东、江西地区PRRSV的阳性率分别为23.20%(272/1 172)、23.96%(52/217)、26.44%(23/87)。挑选来自不同猪场的86份阳性样品进行PCR扩增,成功获得62株PRRSV ORF5基因序列,并下载GenBank已发布的18株2020—2022年闽粤赣地区PRRSV的ORF5基因序列,与127株PRRSV国内外参考株ORF5基因序列构建系统发育树。系统发育树显示,80株闽粤赣PRRSV分离株均属美洲株。其中,40株分布在谱系1(NADC30-like株...     

3株猪流行性腹泻病毒S1基因的克隆及序列分析

猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)可感染各阶段的猪,使患病动物出现水样腹泻、呕吐,并伴随厌食和精神沉郁等临床症状,对哺乳仔猪危害尤为严重。为了解河南某猪场PEDV流行毒株S1基因的变异情况,以江苏农牧科技职业学院动物药学院实验室保存的感染PEDV临床病料为样本,对其进行S1基因扩增、克隆以及序列分析。对S1基因的进化分析结果显示,该猪场PEDV分离株S1基因推导的氨基酸序列之间的同源性高达99%,BLAST搜索结果显示与AHCZ-2株的相似性最高,将获得序列与经典毒株CV777相比在第57位插入了4个氨基酸NQGV,在第134位插入1个氨基酸D,而在第157、158位缺失2个氨基酸,在中和表位区域共有11处氨基酸突变,与国内其他毒株均位于G2-b进化分支,研究结果为进一步掌握该地PEDV的流行毒株和毒力变异情况提供了理论依据。     

乳酸菌表面表达PEDV S1蛋白的研究

猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)可引起猪的急性腹泻和脱水,具有较高的致死率.为了研究基因工程疫苗来预防此病,从pQE-S质粒为模板,PCR扩增了PEDV抗原决定簇基因片段sl基因,并将其克隆到大肠杆菌中.克隆质粒鉴定后,将其连接到pLA载体上,并转化到干酪乳杆菌中,用SDS-PAGE和Western blot方法进行了鉴定.实验结果显示,S1蛋白可在干酪乳杆菌中正确表达,并为PEDV抗血清所识别.     

猪流行性腹泻病毒SHpd/2012株S1和S2基因片段的真核表达

为探究猪流行性腹泻病毒(PEDV)的新毒株SHpd/2012在感染细胞时与细胞的相互作用机制,根据已得到的序列设计引物,克隆了S1和S2基因片段,构建了pCAGGS-S1和pCAGGS-S2真核表达质粒。间接免疫荧光和Western-blot实验表明,转染后S1和S2都能在Vero细胞内表达,且转染48h后的表达量较高;其中S1蛋白分子量约为90kDa,S2蛋白分子量约为60kDa。流行毒株SHpd/2012的S1与S2两肽段的成功表达,为之后进一步研究PEDV与Vero细胞的相互作用奠定了基础。     

华南地区猪圆环病毒3型分子流行病学研究

猪圆环病毒3型(PCV3)是一种新的猪圆环病毒类型,为了解PCV3在华南地区的分布及其分子流行病学,应用荧光定量PCR方法对华南地区的临床样品进行检测,然后对PCV3阳性样品进行全基因组扩增和测序,将获得的7株PCV3核酸序列与国内外参考毒株进行遗传变异分析。结果表明,华南地区送检的临床样品和猪场的PCV3阳性率分别为46.3%和69.2%,7株PCV3毒株与国内外的参考毒株同源性为97.4%~99.8%,而ORF2核苷酸及其推导的氨基酸序列同源性分别为96.6%~99.8%和96.7%~99.5%。由此可见,PCV3在我国华南地区已经广泛存在。     

2011—2015 年我国罗非鱼池塘养殖模式生产成本变动分析…

采用对比分析法对2011-2015年主产区罗非鱼单养、混养和综合经营3种池塘养殖模式的生产成本构成进行分析.结果表明,3种池塘养殖模式中饲料费、人工费和水面费是最主要的生产支出项目,生产成本最高的是单养模式,生产成本最低的是综合经营模式.通过对比分析,提出发展健康生态养殖、加大产品质量安全检测力度、建设产品可追溯体系以提高罗非鱼产品质量、发展电子商务模式、大力开拓国内市场、推动国际认证、提高产品国际竞争力的建议.     

2010-2012年陕西地区猪圆环病毒2型分子流行病学调查

【目的】调查陕西地区猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)的分子流行病学变化趋势,为进一步预防和治疗猪圆环病毒病提供参考。【方法】于2010-2012年采集陕西西安、咸阳、宝鸡、榆林和延安等地区发病猪群中的141份样品。首先,采用PCR检测样品中PCV2感染情况;然后,通过基因型特异的PCR,检测PCV2阳性样品中PCV2a和PCV2b亚型的感染情况;最后,扩增、克隆和测序PCV2 ORF2基因编码序列,并通过生物信息学软件统计分析所获得基因序列的进化情况。【结果】141份样品中,117份检测为PCV2阳性,阳性率达82.9%,其中的33份病死猪样品中有32份检测为PCV2阳性。基因型特异的PCR检测结果显示,117份PCV2阳性样品中单感染PCV2b的为59份,单感染PCV2a的为11份,另外47份样品为PCV2a和PCV2b混合感染。对32份病死猪PCV2阳性样品的PCV2 ORF2基因序列进行比对分析,结果表明,12份为PCV2b-1A/1B亚型,16份为PCV2b-1C亚型,4份为PCV2a亚型。对各亚型ORF2氨基酸序列的分析结果表明,氨基酸的变异位点主要存在于8-47,59-101,134-169,180-210这4个区域。【结论】陕西地区猪群PCV2感染严重,并且PCV2b-1A/1B和PCV2b-1C亚型是主要流行毒株,氨基酸变异位点主要存在于Cap蛋白潜在表位区。     

新发猪流行性腹泻病毒ORF3基因的遗传进化分析

从浙江地区分离的2株代表性样品与全国范围内流行的参考毒株进行比对和遗传进化分析,结果分为4个组,代表性样品与大部分国内的毒株落入G4-2组,与国内早期CH-S毒株核苷酸(氨基酸)同源性为98.4%~98.5%(99.1%~99.6%);以华南地区为主的2011-2012年分离的毒株自成一组,与中国其他地区的毒株的同源性为95.0%~97.2%,与其余3组比较有9个核苷酸的变异。遗传进化分析表明所分离毒株与大部分中国的流行毒株属于一个基因型;以2011-2012年中国华南地区为主的毒株成为PEDV的一个新的基因型;提示2011-2012年中国流行着2种PEDV的基因型。     

猪繁殖与呼吸系统综合征病毒华南株GDgz 的分离鉴定及遗传进化分析

为了解华南地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行株的变异特性,用Marc-145细胞从广东省疑似猪繁殖与呼吸综合征发病猪场采集的肺组织中分离得到1株PRRSV(命名为GDgz),该毒株能产生明显的细胞病变。全基因组进化分析和同源性比对分析结果显示,GDgz与中国高致病性毒株位于同一分支,与欧洲型毒株Lelystad-virus同源性最低、仅为60.3%,与美洲型经典毒株VR-2332的同源性为88.8%,与中国高致病性毒株JXA1和HuN4同源性为98.8% 和98.9%,与JXA1的疫苗株同源性为91.1%,与NADC30和NADC30-like毒株 CHsx1401和JL580同源性分别为84.5%、87.2%和83.6%。NSP2序列比对结果显示,GDgz在高变区存在30个不连续氨基酸缺失。GP5序列比对结果显示,GDgz在GP5抗原表位上有氨基酸突变,表明GDgz属于美洲型高致病性毒株传代致弱的疫苗株,且在抗原表位上有一定程度的突变。     

BPI基因生物信息学分析及其在不同 猪群体中的遗传变异情况

[目的]明确猪杀菌性/通透性增加蛋白(BPI)基因中可能存在的SNP位点,并探讨BPI基因外显子10在上海地区5个猪群体中的多态性及其与抗病相关的优势基因型,为揭示BPI基因在仔猪腹泻抗病机制中的作用及开展猪抗病育种提供理论依据.[方法]采用在线生物信息学软件分别从碱基序列、SNP位点和蛋白氨基酸序列等角度比对分析猪BPI基因全长cDNA序列与电子克隆序列的差异,采用PCR-RFLP检测分析猪BPI基因外显子10的多态性,并检测BPI基因外显子10在杜洛克、长白、大白、申农和梅山猪群体中的基因型及基因频率.[结果]猪BPI基因电子克隆编码区(CDS)序列长度1452 bp,编码483个氨基酸,存在44个SNP位点,其中22个为同义SNP位点、22个为非同义SNP位点.猪BPI基因全长cDNA序列(EF436278.1和FJ810853.1)与电子克隆序列相比存在14处碱基差异,而对应的翻译蛋白序列存在4处氨基酸差异.猪BPI基因外显子10存在AA、BB和AB 3种基因型,各基因型在杜洛克猪、长白猪、大白猪、申农猪和梅山猪群体中的分布情况各不相同.在杜洛克猪群体中AA基因型和AB基因型呈中度多态分布(0.404和0.416),BB基因型检出比例较低(0.180);在长白猪和申农猪群体中均未检测出AA基因型,BB基因型检出比例较高,而AB基因型检出比例较低;在大白猪和梅山猪群体中均以BB基因型检出比例较高,AB基因型次之,AA基因型检出比例最低.总体来看,除了杜洛克猪群体的A等位基因频率较高外,其他4个猪群体均以B等位基因频率较高.[结论]猪BPI基因外显子10 AA基因型频率在杜洛克猪群体中最高,在大白猪和梅山群体中较低,在长白猪和申农猪群体中未检出,即AA基因型在杜洛克猪群体中比例高与其仔猪腹泻发病率低的情况一致.因此,在大白猪和梅山猪育种过程中需提高AA基因型比例,而在长白猪和申农猪育种过程中需引进AA基因型个体,降低BB和AB基因型比例,以增加仔猪的抗病能力.     

《南方农业学报》2011~2015年高被引论文特征分析

[目的]分析《南方农业学报》2011~2015年高被引论文特征,找出与同行期刊的差距,并提出进一步提升期刊影响力的发展措施,以期更好地服务三农,为传承我国的农业科研成果做出贡献.[方法]以《南方农业学报》2011~2015年刊载的论文为研究对象,在中国知网(CNKI)高级检索界面进行检索,导出被引频次≥15次的论文,然后用Excel 2007进行数据整理分析.统计数据截至2016年10月31日.[结果]从中国知网检索到被引频次≥15次的《南方农业学报》刊载论文共49篇,其中2011年刊载的论文27篇(55.1%)、2012年刊载的论文17篇(34.7%)、2013年刊载的论文5篇(10.2%).49篇高被引论文合计涉及发文作者261人次,篇均作者5.33人次,论文作者合作程度较高,但第一作者群的学历/职称水平还有很大提升空间.稿源分布以广西区内来稿为主(30篇),占61.2%;学科发展极不平衡,与栏目责任编辑的选题组稿存在较大关系.49篇高被引论文的基金论文比为93.9%,其中国家级基金论文、省部级基金论文分别占高被引论文总数的22.5%和34.7%,地厅级及以下基金论文占36.7%,且以广西农业科学院(主办主管单位)内设科技发展基金项目最多,达11项.[建议]结合地域优势,打造特色栏目;加快数字转型,提高社会影响;紧跟学科发展,培育核心作者;借助OA平台,缩短出版时滞.     

2014-2017年中国部分地区PEDV流行株S基因遗传进化分析

参考GenBank中PEDV经典CV777毒株基因组序列设计特异性引物,采用RT-PCR方法对临床采集的疑似PEDV样品进行S基因扩增、克隆和测序,拼接获得30条完整S基因序列,并进行遗传进化及同源性分析。结果显示,获得的30条PEDV S基因与25个参考株S基因的核苷酸相似性介于93.6%～99.8%;且各流行毒株与经典毒株比较,具有多处的点突变、插入和缺失。与其他参考株相比,S1区存在157个氨基酸突变位点,占总数的65.7%（157/239）,暗示PEDV的 S1区域比S2区域易发生变异;表明目前中国PEDV流行株已经发生了变异,在一定程度揭示了免疫猪群仍然发病的原因。     

2011-2015年湘西各县烟农生产规模分析

根据2011-2015年湘西州烟草生产收购数据,对湘西各县烟农种植规模及其变化进行了分析.结果表明,湘西不同县份烟农种植规模差异明显,变化不同.2011-2014年,保靖、凤凰、古丈、花垣、龙山、永顺6个县烟农种植规模稳步上升,增长明显;但泸溪县烟农户均种植规模几乎逐年下降,2015年为湘西州总体和户均烟叶生产规模最小县.不同烟农种植规模相差几百倍,种烟规模0.7 hm2以下的烟农占50％.尽量减少小户比例是提高湘西烟农户均规模的有效途径,综合环境条件是影响烟叶生产面积和户均规模的重要因素,人为选择和干预对烟叶生产整体和户均规模有直接决定作用.