大口黑鲈IGF-I基因内含子1、3和4序列多态性研究

根据大口黑鲈IGF-I基因的cDNA序列设计引物,克隆IGF-I基因内含子核苷酸序列,采用PCR产物直接测序方法,在中国养殖群体和美国野生群体中筛选IGF-I基因内含子上的多态位点.应用RFLP、CRS-RFLP和SSCP技术建立多态位点的检测方法,同时比较分析其中4个多态位点在两个群体中基因频率分布.结果表明:(1)IGF-I基因内含子1、3和4序列长分别为1 317 bp、712 bp和1 941 bp;(2)在3个内含子上共发现7个多态位点,其中在内含子1的208和1070位为G-A突变;内含子3的第40个碱基为一个 "A" 的插入-缺失突变,第307位为C-T突变,683位是G-A突变;内含子4上的696碱基处有一个20 bp的插入-缺失突变,在1 563位为G-A突变,表明大口黑鲈IGF-I基因序列上存在较多的SNPs;(3)内含子1上SNP G1070A的A等位基因能为Hind III限制性内切酶识别,采用RFLP技术分型.根据内含子1上SNP G208A侧翼序列,设计错配引物,使错配碱基和A等位基因共同形成Taq I酶切位点,建立CRS-RFLP检测方法.内含子4上SNP G1563A采用SSCP检测方法,同时对内含子4上的插入-缺失突变进行PAGE电泳分型.试验结果显示,RFLP、CRS-RFLP和SSCP三种SNP检测方法简单易行,适于在水产动物SNP标记研究中推广应用;(4)在中国养殖群体中,只有内含子1上的SNP G1070A具有多态性,其它3个多态位点只在美国野生群体中存在多态,证实中国养殖群体的遗传多样性相对较低.     

长顺绿壳蛋鸡ITPR1基因RYDR-ITPR 结构域的多态性对蛋壳品质的影响

为了探究贵州特产长顺绿壳蛋鸡ITPR1基因RYDR-ITPR结构域的多态性对蛋壳品质的影响,采用在线引物设计软件Primer Premier 3.0设计1对引物,扩增ITPR1基因RYDR-ITPR结构域,利用双向直接测序和序列比对法挖掘单核苷酸多态性(SNP)位点,应用SPSS 18.0软件分析SNP位点对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响。结果显示,在ITPR1基因第17～19内含子区共发现3个SNP位点,分别为位于18内含子上的g.18853584 GT、g.18853600 AG突变位点和19外显子上的g.18853848 CT突变位点;3个SNP位点均为中度多态,均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05),共检测到4种单倍型和7种双倍型。关联分析结果显示,位于19外显子上的g.18853848 CT突变对蛋壳厚度有显著影响,TT、CC基因型显著高于TC基因型(P0.05);双倍型H3H3的蛋壳厚度和蛋壳强度测定值最高。综上,长顺绿壳蛋鸡ITPR1基因RYDR-ITPR结构域中g.18853848 CT突变可能是影响蛋壳厚度的标记位点,双倍型H3H3可能是蛋壳厚度和蛋壳强度的有利双倍型。     

大口黑鲈IGF-I基因内含子1、3和4序列多态性研究

根据大口黑鲈IGF-I基因的cDNA序列设计引物,克隆IGFI基因内含子核苷酸序列,采用PCR产物直接测序方法,在中国养殖群体和美国野生群体中筛选IGF-I基因内含子上的多态位点。应用RFLP、CRS—RFLP和SSCP技术建立多态位点的检测方法,同时比较分析其中4个多态位点在两个群体中基因频率分布。结果表明：（1）IGF-I基因内含子1、3和4序列长分别为1317bp、712bp和1941bp;（2）在3个内含子上共发现7个多态位点,其中在内含子1的208和1070位为G—A突变;内含子3的第40个碱基为一个“A”的插入-缺失突变,第307位为C—T突变,683位是G—A突变;内含子4上的696碱基处有一个20bp的插入-缺失突变,在1563位为G—A突变,表明大口黑鲈IGF-I基因序列上存在较多的SNPs;（3）内含子1上SNPG1070A的A等位基因能为HindIII限制性内切酶识别,采用RFLP技术分型。根据内含子1上SNPG208A侧翼序列,设计错配引物,使错配碱基和A等位基因共同形成TaqI酶切位点,建立CRS—RFLP检测方法。内含子4上SNPG1563A采用SSCP检测方法,同时对内含子4上的插入-缺失突变进行PAGE电泳分型。试验结果显示,RFLP、CRS—RFLP和SSCP三种SNP检测方法简单易行,适于在水产动物SNP标记研究中推广应用;（4）在中国养殖群体中,只有内含子1上的SNPG1070A具有多态性,其它3个多态位点只在美国野生群体中存在多态,证实中国养殖群体的遗传多样性相对较低。     

hspA9基因5′侧翼区SNPs对矮脚黄羽肉鸡耐热性的影响

对矮脚黄羽肉鸡纯系hspA9基因5′侧翼区进行PCR测序和PCR–RFLP检测,将检测到的突变位点与矮脚黄羽肉鸡纯系5个耐热性状(T3、皮质酮、异嗜性粒细胞与淋巴细胞比率(H/L)、CD3+T细胞和CD4+T细胞)进行关联分析。结果表明:矮脚黄羽肉鸡纯系hspA9基因5′侧翼区有3个单核苷酸多态性(SNP)位点(C.–85CA、C.–485GA和C.–568GA),根据C.–85CA的酶切位点,这个基因可分为AA、AC、CC型;根据C.–485GA的酶切位点,这个基因可分为GG、GA、AA型;根据C.–568GA的酶切位点,这个基因可分为GG、GA、AA型;热应激状态下,C.–485GA位点与皮质酮极显著相关(P0.01),GG基因型个体的皮质酮值极显著高于GA基因型个体;常温状态下,C.–485GA位点与T3显著相关(P0.05),GA基因型个体的T3值显著高于AA基因型个体,C.–568GA位点与T3显著相关(P0.05),GG基因型个体T3值显著高于GA和AA基因型个体,C.–568GA位点与CD4+T细胞极显著相关(P0.01),GG基因型个体CD4+T细胞值显著高于AA基因型个体。C.–485GA位点和C.–568GA位点对鸡热耐受性有较大的影响,可望用于鸡抗逆性的分子标记辅助选择。     

长顺绿壳蛋鸡OC–116基因变异对蛋壳品质的影响

以长顺绿壳蛋鸡为试验对象,采用PCR产物直接测序法,对OC–116基因g.45670562—g.45670994和g.45669431—g.45670163区域进行单核苷酸多态性筛查;运用一般线性模型,分析多态位点对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的遗传效应。结果显示:OC–116基因存在4个SNP位点,分别为位于第2外显子上的g.45668081 GT、第3外显子上的g.45669143 TC、第3内含子上的g.45669061 AG和g.45669101 TA,g.45668081 GT和g.45669143TC为同义突变,4个SNP位点均表现为中度多态;卡方(χ~2)检验表明,4个SNP位点的基因型分布均未偏离Hardy–Weinberg平衡(P0.05);关联性分析结果表明,g.45669061 AG位点的AA和AG基因型的蛋壳厚度显著高于GG基因型的(P0.05),g.45669143 TC位点的TT和CT基因型的蛋壳强度和蛋壳厚度显著高于CC基因型的(P0.05),揭示g.45669061 AG和g.45669143 TC位点可作为蛋壳性状选择的标记性位点。     

扬州鹅PRL基因内含子2的SNP检测及其与产蛋性状的相关分析

为提高扬州鹅的产蛋性能,采用PCR-SSCP方法检测催乳素基因内含子2上的SNP位点,并分析其与扬州鹅产蛋性状的相关性。结果表明:扬州鹅PRL基因内含子2上存在1个SNP位点,以内含子2的起点开始算起,在第32、33位点上发生了GA碱基的插入/缺失,导致其产生3种基因型。等位基因A、B的频率分别为0.586 3、0.413 7;基因型AA、AB、BB的频率分别为0.461 9、0.248 7、0.289 4。分析表明:这3种基因型的分布不符合哈代温伯格平衡,内含子2的突变位点对扬州鹅的产蛋量和开产日龄都没有显著的基因型效应,但在产蛋量和开产日龄上都有BB型>AA型>AB型的趋势。     

河流型与沼泽型水牛STAT5A基因序列多态性分析

信号转导与转录激活因子家族(STATs)是一组介导靶细胞内多种肽类激素和细胞因子活性的转录因子。因此,STAT5A基因近年被确定为一个与普通奶牛泌乳性状相关的候选基因,但目前在水牛中该基因的研究报道还比较少。本研究采用PCR产物直接测序技术对60头河流型水牛和300头沼泽型水牛样品的STAT5A基因外显子7,8,9,13和16序列及内含子8序列、内含子16部分序列进行了群体变异检测,并对检测结果进行了群体遗传和比较基因组学分析。在水牛STAT5A基因中共检测到12个SNP位点,其中在外显子中检测到4个SNP位点,内含子中检测到8个SNP位点。在外显子8和外显子13中各检测到2个SNP位点,在外显子8中为c.924CT和c.975CT替换,在外显子13中为c.1485AG和c.1551CT替换。它们均为同义替换,只存在于河流型水牛中。在内含子8中检测到7个SNP位点,在内含子16中检测到1个SNP位点。在内含子中检测到的SNP位点全部存在于河流型水牛中,在沼泽型水牛中只存在其中的2个SNP位点(c.989+144GT,c.989+177AG)。本文结果揭示河流型与沼泽型水牛STAT5A基因SNP位点群体遗传组成不同,在河流型水牛中检测到的SNP位点大多在沼泽型水牛中已纯合。比较基因组学分析显示,水牛与普通牛、牦牛和绵羊的STAT5A基因序列差异较大,水牛具有不同的SNP位点分布模式,但水牛与普通牛和牦牛在氨基酸序列水平上差异较小。     

ITPR2基因内含子遗传变异与鸭蛋壳品质关联性分析

Ca~(2+)调控基因ITPR2是细胞内一种重要的配体门控,钙离子跨膜转运活性的关键调控因子,影响钙蛋壳的品质,对ITPR2基因多态性与蛋壳品质间的关联性角度进行深入探究,旨在为利用该基因指导蛋鸭的遗传育种提供参考。本文以三穗鸭(Anas platyrhyncha domestica)为材料,采用常规PCR、直接测序等方法筛查ITPR2基因多态性。结果显示:在ITPR2基因中共发现4个SNP位点,分别处于内含子10的g.128643840 GA、g.128643903 GA和g.128643906 GA,以及内含子14的g.128659401 TG,4个SNP位点中g.128643840 GA和g.128643903 GA位点三穗鸭群体中基因型分布均显著偏离哈代温伯格平衡(Hardy-Weinberg平衡)(P0.05)。4个SNPs均对蛋壳品质有显著影响,其中g.128643840 GA、g.128643903 GA及g.128659401 TG位点能显著提高蛋壳强度(P0.05),g.128643840 GA位点显著影响蛋黄色泽(P0.05)。研究结果可作为蛋壳品质遗传育种的参考。     

牛BBOX1基因3'UTR变异体的克隆及其多态性分析

为鉴定牛BBOX1基因选择性多聚腺苷酸化的不同变异体及其3'UTR的多态性,采用3'RACE的方法检测出BBOX1基因3个不同3'UTR全长的APA变异体,短APA变异体3'UTR长度为229 bp,长APA变异体3'UTR长度分别为664 bp和678 bp。利用SSCP与测序相结合的方法,在BBOX1基因的3'UTR中检测到10个多态性,其中7个为SNP,分别为c.12TC、c.100AG、c.241TC、c.480TC、c.557TC、c.606TC和c.650TC;3个为插入或缺失突变,分别为c.28_29ins C、c.434_435del GT和c.512_513ins TGC。SNP c.650TC定位在Poly(A)加尾信号PAS3中,使加尾信号序列AAUAAA突变成AACAAA,导致3'UTR长度为678 bp的变异体出现。     

家兔ANGPTL4基因多态性及其与生长性状的关联性分析

【目的】探究家兔血管生成素样蛋白4(angiopoietin-like protein 4,ANGPTL4)基因第6外显子内的多态性及其与家兔部分生长性状的关联性。【方法】采用PCR产物测序法检测家兔ANGPTL4基因外显子内的单核苷酸多态性(SNPs)位点,并应用PCRRFLP酶切分型技术对3个家兔品种(天府黑兔、伊拉兔和新西兰兔)共495个群体样本进行酶切分型,分析SNPs与3个家兔品种部分生长性状的关联性。【结果】ANGPTL4基因第6外显子中共检测发现3个遗传变异位点(c.823 GA为非同义突变,c.867 TC和c.975 TC均为同义突变),且完全处于连锁状态(r2≥0.75),由此选择c.823 GA位点作为遗传效应分析位点。关联性分析得出3个家兔群体内AG基因型和GG基因型与3个品种部分生长性状具有较高的遗传效应。【结论】ANPGTL4基因可以是与家兔生长发育相关的候选基因,以此为培育肉兔新品种提供辅助分子遗传选择依据。