应用CRISPR/Cas9 编辑广东 小耳花猪MSTN 基因

MSTN基因是肌肉生长抑制基因,破坏MSTN基因的表达成为提高畜禽肌肉产量的有效途径。通过应用CRISRP/Cas9编辑技术对广东小耳花猪MSTN基因的外显子区域进行编辑,破坏MSTN基因的读码框来抑制其表达,从而提高广东小耳花猪的肌肉产量。共设计了6条靶向MSTN基因3个不同外显子的gRNA,经过T7E1酶切检测和TA克隆分析,发现其中3条gRNA能够发生有效切割,其中切割效率最高的达28.3%,最低为17.0%。gRNA1-1和gRNA3-3突变的广东小耳花猪PEF细胞系,突变效率均在50%以上,其中三号外显子上突变位点的突变率达到61.5%。试验结果为后续进行体细胞核移植,生产MSTN基因编辑的广东小耳花猪奠定了基础。     

淳安花猪5个功能基因的多态性研究

为深入挖掘淳安花猪优良种质特性,运用PCR-RFLP方法,对淳安花猪的雌激素受体(ESR)基因、促卵泡激素β亚基(FSHβ)基因、生长激素(GH)基因、黑素皮质激素受体4(MC4R)基因、兰尼定受体1(RYR1)基因进行分子遗传学检测,结果表明:淳安花猪MC4R,RYR1基因分别只有1种基因型AA,BB;ESR,GH基因各有2种基因型AB和BB;5个基因的基因型分布在淳安花猪群体中符合哈迪-温伯格平衡(P0.05)。结果提示,淳安花猪具备繁殖性能较好、瘦肉率较低、生长周期较长、抗应激性较好等遗传特性。     

猪MC5R基因在7个群体中的基因型分布研究

MC5R基因是黑素皮质素受体家族的一员,与动物肥胖相关。利用PCR-RFLP技术,对该基因在猪7个不同群体的多态性进行了检测,发现在大白、梅山、大梅和梅大群体只有AA型,长大只有AB型,在长白猪群体则3种基因型均有分布。     

可乐猪RYR1基因的群体遗传特性分析

氟烷基因(RYR1基因)是使猪产生劣质肉及应激综合征的主要因素之一。本研究采用PCR-RFLP技术对45头可乐猪RYR1基因的多态性进行了检测,并通过直接测序对检测结果进行了验证。结果表明:试验猪群体中仅存在显性纯合(HalNN)和杂合(HalNn)两种基因型,不存在隐性纯合基因型(Halnn)。其中,HalNN为优势基因型,频率为0.9111;HalN为优势等位基因,频率为0.955 6。同时,在可乐猪群体中,RYR1基因的变异位点为低度多态(PIC<0.25),并偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。本研究结果为可乐猪的选育及开发利用提供了理论依据。     

宗地花猪心脏型脂肪酸结合蛋白基因的表达

为有效提高宗地花猪的肉品质,合理评价养殖模式提供理论依据,参照GenBank中猪H-FABP基因序列设计引物,以猪18SRNA为内参基因,应用实时荧光定量PCR方法检测H-FABP基因在不同饲养条件下宗地花猪不同组织器官中的表达量。结果表明:H-FABP基因在肺脏、心脏、肾脏、小肠、脾脏、肝脏、背最长肌、腰大肌中均有表达,但不同饲养条件下其表达水平各异,放养型背最长肌腰大肌肾脏心脏小肠肺脏脾脏肝脏,背最长肌中表达量显著高于其他组织(P0.05);圈养型腰大肌脾脏心脏肺脏小肠肝脏背最长肌肾脏,腰大肌中表达量显著高于其他组织(P0.05),肝脏中表达量高于背最长肌(P0.05)。两种饲养条件下宗地花猪肺脏、肝脏中表达量相当,而在心脏、肾脏、小肠、脾脏、背最长肌中表达差异较大。     

八个猪种PRLR和RBP4基因PCR-RFLP检测及群体遗传特性研究

本研究采用PCR-RFLP方法,对莱芜黑猪、鲁莱黑猪、里岔黑猪、鲁烟白猪、新沂蒙黑猪5个山东本地猪种和大约克夏、长白、杜洛克3个引进猪种共八个猪种323头繁殖母猪进行PRLR和RBP4基因的多态性检测,并对其遗传多样性进行分析。结果表明:两个基因位点在八个猪种的测定群体中均存在多态性,在三种基因型中AB基因型出现频率最高,山东本地猪种与引进猪种间基因型频率存在显著差异(P<0.05)。八个猪种PRLR和RBP4基因位点的期望杂合度分别在0.3265~0.5062和0.2655~0.5019之间,多态信息含量分别在0.2688~0.4268和0.2264~0.3736之间。研究结果提示:杜洛克猪在这两个基因位点的杂合度最低,其遗传一致性最好,其余猪种均表现为中度多态,表明这些猪种具有较为丰富的遗传多态性。     

从江香猪CYP2A19基因单核苷酸多态性的群体遗传学分析

[目的]评估从江香猪CYP2A 19基因的纯合度及遗传变异,为开发从江香猪药物代谢模型积累基础资料.[方法]应用SNaPshot检测方法对141份从江香猪样本CYP2A 19基因编码区rs323914689、rs81217981、rs333289891、rs343272409位点及3’端非翻译区rs338584662和rs321736682位点进行分型分析,并计算从江香猪种群的基因型频率、等位基因频率、有效等位基因数(Ne)、杂合度(He)、多态位点数及多态位点百分比.[结果]除rs333289891位点表现为单态外,其余5个位点均检测到2种或3种基因型,多态位点百分比为83.33%.X2检验结果显示,5个多态位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05).5个多态位点的Ne介于1.0071~1.3129,He介于0.0071~0.2057.[结论]不同品系猪种由于遗传背景差异而具有不同的单核苷酸变异,其药物代谢特性也因此存在差异.从江香猪群体纯合度高、遗传稳定性好、变异程度低,是其作为药物代谢动物模型的关键基础.     

黔邵花猪BP/基因的cDNA克隆及蛋白质序列分析

从猪血液总RNA中克隆出BPI基因,对该基因的cDNA进行序列分析.结果表明:克隆到的序列全长1 874 bp(基因登录号为FJ810853),其中1452bp的开放阅读框编码483个氨基酸残基,含13.25％的亮氨酸,有一段27个氨基酸的信号肽序列.同源性分析结果显示:猪BPI与人、牛、兔、狗、大鼠、小鼠、鲤鱼、非洲...     

贵州省两个猪种APOA5基因比较分析

根据GenBank中报道的猪载脂蛋白A5 (apoA5)基因序列设计3对引物,通过PCR方法分别对可乐猪和贵州白香猪的apoA5基因进行扩增、测序,将两个猪种apoA5基因序列进行比对,并找出基因变异位点。结果表明：可乐猪apoA5基因DNA长为2474bp,白香猪apoA5基因DNA长为2473bp,分别包含三个外显子,两个内含子。两猪种apoA5基因编码区长皆为1092bp,编码363个氨基酸。白香猪apoA5基因序列与可乐猪相比,存在12个突变位点,其中6个位点为颠换,5个为转换,1个为缺失,两者核苷酸同源性为99.6%。这为进一步研究猪apoA5基因的多态性、生物学活性以及与猪生产性状相关性研究奠定了一定基础。     

贵州白香猪母系与父系遗传检测

采用PCR测序技术分析贵州白香猪两品系(Ⅰ系、Ⅱ系)mtDNA D-loop区和Y染色体SRY基因编码区序列.结果表明,在遵循母系遗传的mtDNA D-loop区,贵州白香猪Ⅰ系具有3种单倍型H1、N2和H3;Ⅱ系具有1种单倍型H1;在遵循父系遗传的SRY基因编码区,两品系共享单倍型GWXP Ⅰ.说明贵州白香猪Ⅰ系具有3个母系血统,Ⅱ系具有1个母系血统;Ⅰ系和Ⅱ系具有1个父系血统.通过与GenBank上收录的其他猪品种的同源序列比对发现,贵州白香猪具有独特的线粒体遗传结构,且其线粒体基因纯合性较高.     

Analysis of genetic distribution and population genetic structure of the MyoD gene in 10 pig breeds

Restriction fragment length polymorphism (RFLP) data was applied to analyze the distribution of the MyoD gene in 10 pig breeds and pig breed crosses. The population genetic information about genetic distribution, variation, and heterozygosity of the MyoD gene in different breed populations were analyzed. Based on the allele frequency, genetic distance and evolution distance among each breed populations were calculated and Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean (UPGMA) phylogenetic tree was gained based on the evolution distances between populations. The results indicated that the distribution of the MyoD genotype kept in Hardy-Weinberg equilibrium in most tested groups but not in Duroc (D) and Duroc6(Landrance × Yorkshire) (DLY) population. Generally, the genetic diversity of the MyoD gene was abundant and these tested breed populations had high genetic variations. The evolution of the MyoD gene was under natural selection pressure. On the phylogenetic tree, 10 pig breeds were divided into 4 clusters. The first cluster consisted of four breeds developed from Landrace. The second cluster was two indigenous Chinese pig breeds. The third cluster was three breeds developed from Duroc. The fourth cluster was a Tibetan pig breed. The constitution of the topology of the phylogenetic tree was consistent with the breeding history of each pig breed. From this experiment, we can conclude that some RFLP data obtained from functional gene can be used in the genetic deviation research between some closely related species or between different populations in certain species. __________ Translated from Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica, 2007, 38(1): 1–7 [译自: 畜牧兽医学报]     

鸡Myogenin基因单核苷酸多态检测及群体遗传分析

肌纤维在决定肌肉生长和肉质方面起主要作用,并受到MyoD基因家族的调控。该家族基因编码螺旋-环-螺旋蛋白。以鸡Myogenin基因为候选基因,通过PCR-SSCP分析该基因5′调控区的变异。结果表明,在鸡Myogenin基因5′调控区存在3处SNPs,这些SNPs产生的不同基因型及等位基因在7个品种鸡间分布存在极显著的差异(P<0.001)。推测该基因的变异对鸡生长发育可能有一定的影响。     

粤西籍人群Fv Leiden基因突变的初步调查

了解ＦｖＬｅｉｄｅｎ基因突变在广东籍正常人群中发生的情况。方法：用两种引物多聚酶链反应方法检测１３０例广东雷州籍正常人和３例静脉血栓患者ＦｖＬｅｉｄｅｎ基因突变情况，结果所有的样本均未检出ＦｖＬｅｉｄｅｎ突变。结论粤西籍正常人中尚未发现ＦｖＬｅｉｄｅｎ突变。     

山猪UCP3基因遗传变异及其与胴体、肉质性状的相关研究

将猪解耦联蛋白3(UCP3)基因作为山猪肉质性状研究的候选基因之一,应用PCR-SSCP技术检测山猪及其杂种猪UCP3基因的多态性,对具有多态性的位点进行测序后,与其他品种猪UCP3基因序列进行比较分析。结果在山猪及其杂种中检测到2种UCP3 PCR-SSCP多态型,测序及比较分析后共找到19处多态位点,其中A型具有独特的4处多态位点。对5个品种猪UCP3基因共有的15处多态位点比较后发现,山猪的B型与长白猪的相应序列相似性最高,15处多态位点中有14处相同(只1567处有一个替换),山猪UCP3的A型与内江猪相应序列相似性最高,15处多态位点中有11处相同。对11个品种猪AυaI的PCR-RFLP基因型分布进行比较,发现山猪与梅山猪、内江猪的分布较一致。利用SAS 6.12软件,对PCR-SSCP不同基因型个体胴体性状与肉质性状进行了显著性检验与多重比较,结果表明UCP3 PCR-SSCP不同基因型间肉质性状差异均不显著,在胴体性状中AA型背膘厚显著低于BB型,因此UCP3有可能作为胴体性状遗传标记用于标记辅助选择。     

山猪群体遗传结构的RAPD分析

应用RAPD标记技术,对山猪群体内遗传结构情况进行分析。利用经过筛选的14个引物,在36个山猪样本内共扩增出105条带,其中多态性带57条,多态性带频率平均为54.29%。根据RAPD扩增结果,计算该群体内个体间平均遗传相似系数为0.903,群体内平均最低杂合度为0.311。结果表明,山猪群体内遗传分化程度较低,遗传变异较小,为防止山猪品种资源灭绝和重要优良基因丢失,应加快开展该品种的保护研究工作。     

利用3个主效基因分析香猪群体遗传结构

采用PCR—RFLP技术分析了香猪的雌激素受体基因（ESR）、促卵泡素β亚基基因（FSHβ）、催乳素受体基因（PRLR）在香猪猪群中的分布情况。结果表明,ESR基因的3个基因型从、AB、BB在香猪猪群中的频率分别为0．0000、0．9310、0．0690;FSHβ基因的3个基因型AA、AB、BB的频率分别为0．6897、0．1034、0．2069;PRLR基因的3个基因型AA、AB、BB的频率分别为0．2800、0．4000、0．3200;香猪猪群中ESR、FSHβ和PRLR基因的基因型分布偏离哈代—温伯平衡状态（P〈0．05）。对不同基因的遗传结构分析表明,ESR、FSHβ和PRLR的多态信息含量分别为0．4357、0．3466、0．4369;群体杂合度分别为0．4976、0．3834、0．4992,属中等多态位点。     

RT-PCR检测金黄色葡萄球菌肠毒素A基因

金黄色葡萄球菌是引起细菌性食物中毒的重要病源菌之一,尤其是肠毒素。国内外由金黄色葡萄球菌肠毒素引发的食物中毒屡屡发生。目前,国内检测食品中金黄色葡萄球菌肠毒素仍采用传统的方法,其操作繁琐、检测时间较长,通常需要3~5 d才能完成,且灵敏度较低。本研究缩短食品中金黄色葡萄球菌肠毒素的检测时间,针对PCR检测的灵敏性、特异性,建立了检测金黄色葡萄球菌肠毒素的方法,为检测食品中金黄色葡萄球菌肠毒素提供了技术支持。分别采用TRIZol法和热酚法提取金黄色葡萄球菌总RNA并进行比较研究,在此基础上反转录获得cDNA,用特异引物对sea基因进行扩增,并优化PCR反应条件,获得理想的sea基因阳性扩增条带。结果表明,热酚法在总RNA提取方面优于TRIZol法,改进PCR反应时间和循环次数,最终初步建立RT-PCR检测金黄色葡萄球菌A基因的方法。     

BPI基因生物信息学分析及其在不同 猪群体中的遗传变异情况

[目的]明确猪杀菌性/通透性增加蛋白(BPI)基因中可能存在的SNP位点,并探讨BPI基因外显子10在上海地区5个猪群体中的多态性及其与抗病相关的优势基因型,为揭示BPI基因在仔猪腹泻抗病机制中的作用及开展猪抗病育种提供理论依据.[方法]采用在线生物信息学软件分别从碱基序列、SNP位点和蛋白氨基酸序列等角度比对分析猪BPI基因全长cDNA序列与电子克隆序列的差异,采用PCR-RFLP检测分析猪BPI基因外显子10的多态性,并检测BPI基因外显子10在杜洛克、长白、大白、申农和梅山猪群体中的基因型及基因频率.[结果]猪BPI基因电子克隆编码区(CDS)序列长度1452 bp,编码483个氨基酸,存在44个SNP位点,其中22个为同义SNP位点、22个为非同义SNP位点.猪BPI基因全长cDNA序列(EF436278.1和FJ810853.1)与电子克隆序列相比存在14处碱基差异,而对应的翻译蛋白序列存在4处氨基酸差异.猪BPI基因外显子10存在AA、BB和AB 3种基因型,各基因型在杜洛克猪、长白猪、大白猪、申农猪和梅山猪群体中的分布情况各不相同.在杜洛克猪群体中AA基因型和AB基因型呈中度多态分布(0.404和0.416),BB基因型检出比例较低(0.180);在长白猪和申农猪群体中均未检测出AA基因型,BB基因型检出比例较高,而AB基因型检出比例较低;在大白猪和梅山猪群体中均以BB基因型检出比例较高,AB基因型次之,AA基因型检出比例最低.总体来看,除了杜洛克猪群体的A等位基因频率较高外,其他4个猪群体均以B等位基因频率较高.[结论]猪BPI基因外显子10 AA基因型频率在杜洛克猪群体中最高,在大白猪和梅山群体中较低,在长白猪和申农猪群体中未检出,即AA基因型在杜洛克猪群体中比例高与其仔猪腹泻发病率低的情况一致.因此,在大白猪和梅山猪育种过程中需提高AA基因型比例,而在长白猪和申农猪育种过程中需引进AA基因型个体,降低BB和AB基因型比例,以增加仔猪的抗病能力.